SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY Vzorová ustanovení

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Velká výzkumná infrastruktura XXXXX.xx je v současné době inherentně zakotvena především v páteřních institucích české akademické medicíny, tj. fakultních nemocnicích nebo významných institucích poskytujících zdravotní péči. XXXXX.xx je součástí Cestovní mapy ČR pro velké infrastruktury pro výzkum, experimentální vývoj a inovace xxxxx://xxx.xxxx.xx/xxxx/00000/, Roadmap str. 88). XXXXX.xx se aktivně podílela na tzv. „Preparatory Phase“ celoevropského konsorcia pro biobanking a Česká republika se tak stala zakládajícím členem BBMRI-XXXX (Biobanking and BioMolecular Resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium, xxxxx://xxx.xxxxx-xxxx.xx/), kde od prosince 2013 působí jako řádný člen (= člen podle stanov BBMRI- XXXX). BBMRI-XXXX je zařazeno na Cestovní mapu Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI), začátkem roku 2023 je plánován tzv. „Monitoring of ESFRI Landmarks“. Hlavním posláním konsorcia BBMRI-XXXX je umožnit zájemcům otevřený přístup k biobankám a biomolekulárním zdrojům. Toto je koordinováno přes Národní uzly, stejně jako je tomu v případě českého národního uzlu (BBM Masarykova onkologického ústavu). Koncept otevřeného přístupu je široce přijímán a podporován organizací ESFRI Landmarks in Health & Food. Členství v konsorciu BBMRI-XXXX současně vyžaduje aktivní podíl XXXXX.xx v tzv. pracovních skupinách zaměřených na různé aspekty biobankování jako např. tvorba a implementace nových norem zaměřených na správnou manipulaci se vzorky, jejich zpracování a skladování, dále systém managementu kvality v biobance a přenos těchto standardů do klinické praxe, převážně v preanalytické fázi, tj. od odběru vzorků na klinickém místě až po příjem vzorku biobankou a jeho archivace, což má zásadní význam pro kvalitu vzorku. V návaznosti na tom se aktivně podílíme na aktualizaci MIABIS Core v2 (The Minimum Information About BIobank data Sharing) na verzi 3 zaměřenou na rozšíření komponent jako je „Sample“, „Sample Donor“, „Event“ a zejména pak se snahou zohlednit skutečnost, že biobanky mohou být také postaveny na datech generovaných ze vzorků a/nebo dárců a nemusí vůbec zahrnovat biologické vzorky. Z toho vyplývá, že nemalý důraz je rovněž kladen na data, která jsou k daným vzorkům k dispozici, nebo jsou v souvislosti s donory generována. Na tomto poli se dlouhodobě angažujeme, neboť na úrovni BBMRI-XXXX působí pracovní skupina zaměřená na tzv. federované vyhledávání, do jejíhož čela byl jmenován zástupce z XXX...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Na úrovni EU i ČR spolupracuje výzkumná infrastruktura EATRIS-CZ s ostatními biomedicínskými výzkumnými infrastrukturami, zejména s INFRAFRONITIER GmbH (European Research Infrastructure for the Generation, Phenotyping, Archiving and Distribution of Model Mammalian Genomes) a EU- OPENSCREEN XXXX (European Infrastructure for Chemical Biology), v oblastech identifikace a validace nových molekulárních cílů a rozvoji inovativních terapií. Obdobně byla spolupráce ustavena rovněž s výzkumnými infrastrukturami BBMRI-XXXX (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure) a ECRIN-XXXX (European Clinical Research Infrastructure Network) pro výzkumné a validační projekty v oblastech biomarkerů, vzácných onemocnění a pokročilého klinického testování. EATRIS-CZ přispívá k rozvoji veřejného zdraví zvyšováním počtu inovativních produktů na trhu, přičemž se soustředí na nenaplněnou medicínskou potřebu v ČR a Evropě. Zvyšuje kvalitu výzkumu a akademické obci poskytuje lepší kontrolu nad jí prováděným výzkumem. Podílí se na školení nové generace výzkumných i odborných pracovníků ve zdravotnictví a farmaceutickém průmyslu. Maximalizuje návratnost investic do základního výzkumu a zvyšuje vyspělost akademických produktů a jejich šance na licencování průmyslem. Instituce EATRIS-CZ přímo spolupracují s průmyslem, byly zapojené i do 3 center kompetence (Centrum vývoje originálních léčiv a Centrum kompetence pro molekulární diagnostiku a personalizovanou medicínu, Personalizovaná medicína – diagnostika a terapie) a nově i v nově udělením centru NCK2 TA ČR „Personalizovaná medicína: Translací poznatků k biomedicínským aplikacím“, ve kterých spolupracují s relevantní částí biofarmaceutického a eHEALTH průmyslu. S orgánem státní správy (Ústav zdravotnických informací a statistiky) a Nadací pro výzkum rakoviny ČR rozvíjíme molekulární skríningový program karcinomu děložního čípku a plic, poskytujeme specializovanou diagnostiku pro klienty zdravotních pojišťoven a spolupracujeme se Státním ústavem pro kontrolu léčiv na regulačních aspektech (pre)klinických studií. EATRIS-CZ se aktivně podílí na studiích směřujících do zvýšení reprodukovatelnosti biomedicínského výzkumu, naše instituce iniciují nebo se účastní globálních studií zaměřených na reprodukovatelnost vysokokapacitního testování chemických sloučenin (HTS-ring test) nebo Microarray Quality Control (známá jako MAQC) zaměřeného na analýzu DNA/RNA sekvenačních dat metodou masivního paralelního sekvenování. Prostřednict...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Od roku 2008 je připravovaná observatoř CTA zařazena do cestovní mapy Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) a od roku 2019 je součástí cestovní mapy jako tzv. „Landmark“. Jedná se současně o jeden z prioritních projektů Evropské strategie pro astročásticovou fyziku, zveřejněnou konsorciem ASPERA, a observatoř je vysoce zařazena i ve strategickém plánu Evropské astronomie - ASTRONET. Mnohé zapojené země zdůrazňují CTA ve svých vnitrostátních plánech nebo poskytují rozsáhlou podporu zúčastněným vědeckýcm skupinám. To platí pro velké i středně velké země včetně sousedního Polska, Německa a Rakouska. Přestože se jedná o původně evropskou VI, observatoř je vysoko hodnocena rovněž ve strategických dokumentech grantových agentur např. v USA. CTA-CZ představuje národní uzel projektu a pokrývá všechny činnosti českých inženýrů, vědců a techniků spojených s CTA. Viditelné a dobře definované příspěvky ČR započaly v letech 2011/2012, kdy se FZÚ AV ČR stal členem konsorcia CTA. Postupně ČR významně přispěla k programu přípravné fáze a nyní se významně podílí i na fázi předkonstrukční. Bylo dosaženo odpovídajícího postavení ČR v rámci vědeckého programu CTA i v řídících strukturách. Za účelem právního zastřešení mezinárodní observatoře se v současnosti dokončují intenzivní jednání směřující k vytvoření Konsorcia evropské výzkumné infrastruktury – XXXX. Evropské komisi byly představeny stanovy projednané na jednáních Výboru vládních zástupců (Board of Govermental Representatives - dále jen „BGR“) a v současnosti se implementují připomínky Evropské komise v rámci tzv. Step2. Přechodné právní zastřešení představuje od roku 2014 nezisková společnost založená podle německého práva - CTAO, gGmbH. Tento subjekt např. jedná a podepisuje smlouvy o umístění observatoře s partnery reprezentujícími hostitelské země a lokality (ESO, Chile a Instituto de Astrofísica de Canarias) a zastupuje observatoř i před místními autoritami na La Palma a v Chile. Součástí činností této právnické osoby je dojednávání kontraktů na budování základní infrastruktury, jako jsou cesty, elektrické vedení apod. ČR je členem CTAO, gGmbH od prosince roku 2014, tj. takřka od založení společnosti. Podílníkem je FZÚ AV ČR jako hostitelská instituce CTA-CZ a pravidelných zasedání councilu CTAO se účastní jak delegát ústavu, tak i zástupce MŠMT. Návaznost na mezinárodní výzkumný prostor je určena mezinárodním charakterem observatoře a předurčuje řadu aspektů spojených s VI. Čeští vědc...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Ve vědně-oborové oblasti „fyzikální vědy a inženýrství“ jsou na aktuální „Cestovní mapě“ velkých výzkumných infrastruktur ČR vedle CEMNAT tři další, které se věnují především materiálové vědě a zejména syntéze, modifikaci a charakterizaci nanomateriálů. Jsou jimi (i) CEPLANT: VaV centrum pro plazmové a nanotechnologické povrchové úpravy, Ústav fyzikální elektroniky, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Brno, CZE, xxxxx://xxxxxxx.xx/, (ii) CEITEC NANO: Core Facility NANO Středoevropského technologického institutu, později přejmenované na „Výzkumná infrastruktura CzechNanoLab“, Vysoké učení technické v Brně xxx.xxxxxxxxxxxx.xx/xxxxxx-xxxx-xxxx/ a (iii) SPL- SMB: Laboratoř povrchové fyziky – Materials Science Beamline, Skupina nanomateriálů Univerzita Karlova, Praha, xxxxx://xxxx.xxx.xxxx.xx/xxxxxxx. Tyto infrastruktury jsou částečně komplementární s CEMNAT, pokud jde o vybavení, ale také do určité míry konkurují CEMNAT, pokud jde o schopnosti a poskytování služeb v oblasti materiálového výzkumu. Nicméně mezi nimi probíhá synergická spolupráce daná specifičností zaměření každé velké infrastruktury a tím i vlastnictví některých unikátních zařízení. Ze strany CEMNAT je to zejména pomoc výše jmenovaným výzkumným infrastrukturám s ALD syntézami různých povlaků a přípravou vláken pomocí odstředivého zvlákňování materiálů studovaných těmito třemi výzkumnými infrastrukturami. Naopak CEMNAT profituje z možnosti přístupu k zařízením instalovaným na těchto pracovištích, které nemá ve svém portfoliu zařízení a které umožňují zcela specifické, unikátní analýzy. Patří sem např. iontové rozptylové spektroskopie, elektronové difrakce, termodesorpční spektrometrie, transmisní elektronová mikroskopie s vysokým rozlišením (HR-TEM). Jen posledně zmíněná technika HR-TEM dosud přispěla díky vysoce profilovaným analýzám na atomární úrovni k publikování více jak 20 článků v mezinárodních časopisech s vysokým impaktním faktorem (IF) operátory a uživateli naší výzkumné infrastruktury CEMNAT. CEMNAT prozatím není uveden na ESFRI Roadmap, v budoucnu máme ambice sem být zařazeni, včetně ustanovení XXXX. Zaměstnanci CEMNAT však již nyní využívají dvě výzkumné infrastruktury, které jsou zařazeny na ESFRI Roadmap (v kategorii „Materials Sciences“) pro realizaci vlastní výzkumné agendy nebo dílčích úkolů uživatelských projektů CEMNAT. Jsou to: 1) European Synchrotron Radiation Facility – ESFRI, Grenoble ve Francii, která provozuje nejvýkonnější vysokoenergetický synchrotronový svět...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Části FAIR-CZ jsou již v současné době využívány pro testy vyvíjených detektorů pro FAIR, který je součásti ESFRI Roadmap. Jako příklad lze uvést testy radiační odolnosti diamantových detektorů pro HADES@FAIR nebo materiálové testy a testy elektroniky pro TOF detektor z CBM, na kterých se podíleli čeští vědci z FAIR-CZ. Některé z testů byly provedeny za využití stávající české VVI CANAM, což lze uvést jako další dobrý příklad spolupráce mezi mezinárodními institucemi a českou VVI. VVI FAIR-CZ výrazně usnadní komunikaci mezi potencionálními uživateli ze strany FAIR a dostupnou infrastrukturou na pracovištích v ČR a koordinací aktivit zlepší efektivitu těchto akcí (například možností sdružit více experimentů do jednoho ozařování apod.). Hostitelská instituce (ÚJF AV ČR) je partnerskou institucí experimentu HADES a také je součástí CBM kolaborace, stejně jako FJFI ČVUT v Praze. Odbornost a zkušenosti českých vědců jsou v komunitě FAIRu dobře známé a velmi kladně hodnocené, což se odráží i v důležitých postech, které čeští vědci zastávají v jednotlivých experimentech. Jako příklad lze uvést mezinárodní experiment HADES, kde vedoucí českého týmu z ÚJF AV ČR působil několik let jako volený předseda výkonné rady experimentu HADES, další český vědec působí jako zástupce mluvčího HADESu, čeští vědci jsou také koordinátoři příslušných projektů v rámci HADESu. Existuje přirozená spolupráce mezi jednotlivými institucemi z různých států na výzkumu a vývoji jednotlivých subdetektorů vyvíjených pro FAIR. Například, elektromagnetický kalorimetr (ECAL) je vyvíjen společně s kolegy z Polska, Ruska a Německa. České týmy přispěly k aktivitám zaměřeným na návrh a vývoj budoucího experimentálního vybavení FAIRu v rámci evropských projektů HadronPhysics, HadronPhysics2, HadronPhysics3, ENSAR. Nově kolega Xxxxx Xxxxxx (UJF AV ČR) koordinuje projekt řídící přístup mezinárodního týmu včetně českého týmu k FAIR Phase 0 v rámci evropského projektu STRONG-2020 (Horizon 2020). Tým VVI FAIR-CZ je zapojen také do projektu EURIZON (Horizon 2020), který je zaměřen na vytvoření a rozšíření spolupráce mezi Evropskými výzkumnými centry včetně FAIR. Všechny vyvíjené detektory budou po svém dokončení zahrnuty do jednotlivých experimentálních sestav a výsledky na nich získané budou sloužit široké fyzikální komunitě. Analýza výsledků bude probíhat v mezinárodní spolupráci a české týmy včetně studentů všech úrovní budou důležitou součástí vědeckých komunit, neboť budou provozovat, udržovat a inovo...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Výzkumná infrastruktura XX-XXX.XX je jedním ze sedmi uzlů Evropského regionální centra ALMA (EU ARC), kterou koordinuje Evropská jižní observatoř (ESO). ESO je evropská mezivládní výzkumná organizace pro pozemní astronomii, která buduje a provozuje největší dalekohledy na světě a vytváří tak vedoucí infrastrukturu v celosvětovém astrofyzikálním výzkumu. Ačkoli ALMA ani její evropská síť nejsou zapojeny do současné cestovní mapy ESFRI, do programu ESFRI Landmarks je zapojen další program ESO, dalekohled ELT (Extremely Large Telescope), a také partnerský projekt CTA (Cherenkov Telescope Array). ESO, a jeho prostřednictvím i EU ARC, jsou jedním ze tří celosvětových mezinárodních partnerů, kteří se podílejí na vybudování, provozu a dalším rozvoji observatoře ALMA. VVI je propojena s ostatními uzly sítě v různých zemích Evropy a s centrálním uzlem v ESO (viz výše). Úlohou hlavního střediska v ESO je koordinovat fungování sítě, rozdělovat pozorovací projekty z observatoře ALMA k podpoře do jednotlivých uzlů, zprostředkovávat komunikaci mezi uzly a samotnou observatoří, rozvíjet společnou strategii sítě, koordinovat a částečně financovat projekty dalšího rozvoje observatoře, zajišťovat podporu mobility uživatelů ALMA v evropské síti (např. prostřednictvím programu OPTICON-Radionet-Pilot) atp. Centrum v ESO také distribuuje do jednotlivých uzlů informace ohledně aktuálního provozu observatoře ALMA, jejího technického stavu, probíhajících aktivit a také informace z vedení observatoře. Za účelem udržení vzájemné informovanosti se konají pravidelné měsíční telekonference zástupců všech uzlů EU ARC a Koordinační komise ACC, jejich pravidelná F2F setkání a každoroční shromáždění všech zaměstnanců sítě (tzv. all- hands F2F setkání). Ve spolupráci jednotlivých uzlů, a s podporou ESO, jsou také organizovány odborné workshopy a semináře určené pro odbornou komunitu, ale také školení pro pracovníky sítě v oblastech postupů zpracování vědeckých dat z interferometru, přípravy SW řešení pro analýzu těchto dat či vytváření tzv. high-level datových produktů z napozorovaných dat umístěných v archivu observatoře. VVI se např. přímo podílí na organizování série on-line seminářů I-TRAIN či na přípravě konference Meeting for XXXX Xxxxx Astronomers (MAYA). Vzájemná spolupráce uzlů je pevně zakotvena ve struktuře EU ARC a je podstatou koordinovaného rozdělování úkolů a služeb mezi jednotlivé uzly. Je nutno dohlížet na to, aby nedocházelo ke konfliktům a duplicitě, a aby bylo zajištěno ...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. VVI ACTRIS-CZ spolupracuje v rámci ČR hned s několika dalšími ústavy. Spolupráce probíhá v oblasti vzdělávání, kdy NAOK slouží jako ukázková a současně výuková stanice ve spolupráci s Karlovou univerzitou pro katedru fyzické geografie a geoekologie, a pro Ústav pro životní prostředí. V rámci spolupráce s Xxxxxxxxxxx Univerzitou je NAOK využívána pro terénní cvičení a letní školu. Těsná spolupráce probíhá s Geologickým ústavem AV ČR, v. v. i. na monitorování koncentrací rtuti v atmosféře. Dlouholetá koordinace aktivit je realizována s Českou geologickou službou, a to v oblasti integrovaného monitoringu. Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i. spolupracuje v rámci sledování koncentrací 14C v atmosféře a dále na výzkumu chemického složení PM2,5 s použitím analýzy PIXE. Specializace na kvalitu ovzduší dala vzniku spolupráce s Centrem dopravního výzkumu při řešení kampaní zaměřených na znečištěné ovzduší v okolí dopravních komunikací. Další cenná spolupráce vznikla s oddělením dynamiky tekutin Ústavu termomechaniky AV ČR, v. v. i. při zlepšování popisu turbulentního transportu v mezní vrstvě atmosféry a hledání anomálií v rozptylu znečištění v mezní vrstvě. Všechny zmíněné kooperace budou nadále rozvíjeny, stejně jako spolupráce s Národním centrem toxických látek, Regionálním centrem Stockholmské úmluvy pro budování kapacit a přenos technologií (SCRC), státní správou (MŽP) a krajskou státní správou (místní úřady). VVI ACTRIS-CZ velmi úzce spolupracuje i s VVI CzeCOS, která je národním uzlem evropské výzkumné infrastruktury ICOS XXXX. Tato vazba je velmi důležitá jak z národního, tak mezinárodního hlediska. ČR je jednou z prvních zemí (kromě skandinávských zemí), kde jsou ACTRIS a ICOS koordinovány na jednom místě. Významný rozvoj přináší spolupráce s VVI RECETOX RI, která se specializuje v oblasti analýzy a dlouhodobého monitoringu částečně těkavých organických látek ve vzorcích životního prostředí v rámci realizace dlouhodobých mezinárodních monitorovacích programů a jejich prezentace ve veřejně přístupných databázích (Genasis, POPs-GMP). Kromě spolupráce na poli vědy probíhá i kooperace s podnikatelským sektorem. Testování nových zařízení pro sledování kvality ovzduší a měření meteorologických parametrů je realizováno ve spolupráci s firmami ENVITECH Bohemia, ENVIMET, Baghirra a Pallas GmbH. V této oblasti očekáváme další vývoj zejména směrem k testování vysoce citlivého přístrojového vybavení v extrémních podmínkách. Vývoj a vylepšení databázových systému probí...

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. Nejvýznamnější uživatelskou skupinou e-INFRA CZ jsou výzkumné infrastruktury uvedené na Cestovní mapě ČR velkých infrastruktur pro výzkum, experimentální vývoj a inovace. Úzká spolupráce s těmito subjekty spočívá především v řešení jejich specifických požadavků v oblasti informačních a komunikačních technologií. Příklady takové spolupráce jsou: • spolupráce s bioinformatickou infrastrukturou ELIXIR CZ, kde jsou zástupci e-INFRA CZ součástí konsorcia, které tuto infrastrukturu buduje; • spolupráce s ÚMG AV ČR na vybudování Evropské chemicko-biologické databáze (ECBD), ve které budou uloženy všechny výstupy z partnerských center konsorcia EU-OPENSCREEN; • memorandum o spolupráci s ÚOCHB AV ČR a ÚMG AV ČR, ve kterém je deklarována společná vůle úzce koordinovat záměry v oblasti ICT a hledat řešení, která umožní efektivní využití zdrojů pokrývající Českou národní infrastrukturu pro biologická data ELIXIR CZ, Národní infrastrukturu chemické biologie CZ-OPENSCREEN, České centrum pro fenogenomiku CCP a Národní infrastrukturu pro biologické a medicínské zobrazování Czech-Bioimaging; • spolupráce s CzechGlobe (Ústav globální změny) na řešení jejich specifických IT problémů, souvisejících zejména s modelováním životního prostředí; • ELI ERIC se na konci roku 2022 stal přidruženým členem CESNET, z.s.p.o. Mimo výše uvedené výzkumné infrastruktury spolupracuje e-INFRA CZ na národní úrovni také s významnými institucemi, jako jsou:

SPOLUPRÁCE VELKÉ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY. V rámci GANIL/SPIRAL2 nyní (2022-) dochází k revizi původně plánované internacionalizace. Znovu začal být projednáván (v roce 2020 pozastavený) program vědeckého partnerství - Scientific Partnership. Na této platformě partnerské (evropské) státy dostanou pravomoci a hlasy při řízení a směřování laboratoře GANIL/SPIRAL2. Partnerem by měla být vždy vybraná instituce země, která přístup organizuje. Laboratoř GANIL/SPIRAL2 byla dosud založena na široké evropské a světové vědecké komunitě, tato spolupráce bude v budoucnosti formalizována a dovolí také větší ovlivňování běhu a směřování GANIL/SPIRAL2 jednotlivými partnery. GANIL/SPIRAL2 je zapojen do partnerství s 21 evropskými státy (17 členy EU) a s instituty v Kanadě, USA, Číně, Indii, Japonsku a Izraeli. Laboratoř se účastní v řadě mezinárodních projektů jako ENSAR2, EUROLABS, EURISOL D. F. (Distributed Facility, sdružující EU laboratoře s ISOL technikami a koordinující vývoj a výzkum a směřující k nové generaci ISOL zařízení) a je součástí sítě evropských laboratoří (projekty jako RADNEXT, XXXXX, kterých se účastní i příjemce projektu ÚJF). Další partnerství probíhají na meziinstitucionální úrovni - (virtuální laboratoře typu LIA - IRP NuAG s Českou Republikou). Infrastruktura GANIL/SPIRAL2 je zařazena na Cestovní mapě ESFRI jako landmark.