Opis przedmiotu zamówienia
A-AZ-22-78/9/20
Załącznik nr 2 do Zaproszenia Załącznik nr 2 do umowy
Opis przedmiotu zamówienia
Przedmiotem zamówienia jest rozbudowa zintegrowanego narzędzia do modelowania epidemii HIV na podstawie danych z nadzoru epidemiologicznego o moduł dotyczący modelowania wpływu migracji. Narzędzie to rozwijane w ramach umowy z Europejskim Centrum ds. Zapobiegania i Zwalczania Chorób (ECDC).
Obecnie narzędzie (wersja robocza) obejmuje:
A. moduł importu danych (możliwe jest wgranie danych surowych oraz danych zagregowanych) i przetworzenia danych (mapowanie zmiennych, zdefiniowanie okresu poddanego analizie, zdefiniowanie grupowania krajów do zmiennej „obszar pochodzenia”)
B. moduł podsumowujący dane
C. moduł wykonujący korektę braków danych 2 metodami imputacji wielokrotnej (wraz z kontrolą poprawności)
D. moduł wykonujący korektę opóźnienia w zgłaszalności 2 metodami (wraz z kontrolą poprawności)
E. moduł umożliwiający określenie parametrów modelowania przez użytkownika (zdefiniowanie populacji, zakresu danych używanych do modelowania, specyfikacja modelu oraz parametry bootstrap)
F. moduł wykonujący modelowanie (dopasowanie modelu, wykonanie bootstrapu, w
przypadku użycia modułów korekt danych – modelowanie na skorygowanych danych i obliczenie ostatecznych skorygowanych oszacowań, przedstawienie wykresów z kontrolą dopasowania i wynikami)
G. moduł raportowy generujący predefiniowane raporty, eksportowalne do kilku formatów.
H. moduł eksportów umożliwiający eksport bazy danych z korektami oraz bazy wyników z
modelowania
Narzędzie jest zaimplementowane w języku programowania R bazując na pakiecie Shiny (xxxxx://xxxxx.xxxxxxx.xxx/), a warstwa interfejsu w JavaScript wykorzystując bibliotekę React (xxxxx://xxxxxxx.xxx/). Kody źródłowe są dostępne na platformie Github: xxxxx://xxxxxx.xxx/xxxxxxxxxxxx/xxxXxxxxxxxxXxxxxxxx (wersja 1.0), xxxxx://xxxxxx.xxx/xxxxxxxxxxxx/xxxXxxxxxxxxXxxxxxxx0 (wersja rozwojowa 2.0).
Narzędzie integruje HIV modelling tool i HIV Estimates Accuracy tool i obejmuje x.xx. funkcjonalności
opisane w następujących dokumentach: xxxxx://xxx.xxxx.xxxxxx.xx/xx/xxxxxxxxxxxx-xxxx/xxx-xxxxxxxxx-xxxx xxxxx://xxx.xxxx.xxxxxx.xx/xx/xxxxxxxxxxxx-xxxx/xxx-xxxxxxxxx-xxxxxxxx-xxxx
Ideą modułu modelowania wpływu migracji jest realizacja następujących etapów: 1) dla każdego zakażonego imigranta estymacja prawdopodobieństwa, że do zakażenia doszło po dacie przyjazdu do kraju docelowego; 2) estymacja liczby nowo-rozpoznawanych przypadków wśród migrantów, u
których do zakażenia doszło przed / po dacie migracji; 3) przetworzenie danych do modułu modelowania z wyłączeniem estymowanych liczb zakażonych przed datą migracji 4) integracja
wyników modelowania z estymowaną liczbą zakażonych przed migracją (przypadki importowane), w celu ustalenia liczby osób żyjących z HIV w kraju, w danym momencie, w tym liczby żyjących z niezdiagnozowanym HIV oraz czasu do rozpoznania HIV. Moduł może być wykorzystywany oddzielnie lub w połączeniu z modułami dotyczącymi korekt braków danych i/lub opóźnień w zgłaszalności i/lub modelowania, a także wraz z modułem raportowania i eksportów.
Rozbudowa narzędzia o moduł dotyczący modelowania wpływu migracji obejmuje:
a) optymalizację i dostosowanie skryptów R dla etapu 1) dostarczonych przez Zamawiającego z
zachowaniem metodyki i w porozumieniu z Zamawiającym.
Wybrana metoda jest opisana w pracy: Pantazis N, Xxxxxxxxxx C, Xxx Xxx J, et al. Determining the likely place of HIV acquisition for migrants in Europe combining subject- specific information and biomarkers data. Stat Methods Med Res. 2019;28(7):1979-1997. doi:10.1177/0962280217746437. Metoda ta została uproszczona do celów wykorzystania w rutynowym nadzorze epidemiologicznym poprzez usunięcie fragmentu modelu dotyczącego informacji behawioralnych.
b) przepływ danych z modułów A), C) i D) do modułu migracji oraz z modułu migracji do modułów F), G) i H). Ścieżki przepływu i sposób agregacji danych (w tym ewentualne filtrowanie danych) zostaną uzgodnione z Zamawiającym;
c) modyfikacja modułu korekty braków danych w celu uwzględnienia daty przyjazdu do kraju
docelowego. Metodyka modyfikacji zostanie wskazana przez Xxxxxxxxxxxxx;
d) modyfikacja modułu modelowania w zakresie postprocesingu danych, by uwzględnić
przypadki importowane
e) rozbudowa interfejsu użytkownika w celu uwzględnienia nowego modułu. Interfejs będzie umożliwiał interaktywne wprowadzenie kilku parametrów modelu przez użytkownika
f) zapewnienie możliwości zapisania stanu narzędzia (wykonane dotąd analizy, w tym analizy w module dot. migracji, dane na etapie procesowanie w momencie wykonania zapisu), zgodnej z obecnie zaimplementowaną funkcjonalnością zapisu.
g) zapewnienie możliwości wczytania stanu narzędzia, w części dot. modułu migracji, zgodniej z obecnie zaimplementowaną funkcjonalnością wczytania poprzednio zapisanego stanu
narzędzia.
h) wytworzenie dokumentu raportu składającego się z 5-10 zestawień tabelarycznych /
wykresów na podstawie danych uwzględniających moduł migracji, z możliwością eksportu to
plików worda, latexa i pdf. Zawartość raportu będzie uzgodniona z Zamawiającym.
i) wytworzenie dokumentu raportu z modelowania z uwzględnieniem migracji składającego się z 5-10 zestawień tabelarycznych / wykresów na podstawie danych uwzględniających moduł migracji, z możliwością eksportu to plików worda, latexa i pdf. Zawartość raportu będzie uzgodniona z Zamawiającym.
j) zapewnienie możliwości eksportu danych surowych z prawdopodobieństwem migracji oraz danych wynikowych z modelu uwzględniającego migracje. Zawartość eksportowanych danych zostanie uzgodniona z Zamawiającym.
k) przeprowadzenie testów narzędzia z wykorzystaniem anonimowych danych rzeczywistych
udostępnionych przez Zamawiającego i korekta błędów
Opcjonalnie Zamawiający może wykorzystać do 190h roboczych w celu:
- implementacji poprawek zasugerowanych przez użytkowników – głównie w zakresie opcji użytkownika, raportów i eksportowanych danych
- udziału w szkoleniach i przygotowaniu szkoleń (face-to-face lub online lub e-learning, język szkoleń
– angielski)
Termin realizacji: 15.09.2020 – 30.05.2021 (zadania opcjonalne 30.05.2021 – 30.03.2022)
Wymagania co do realizatora:
• Doświadczenie w realizacji projektów o zasięgu międzynarodowych związanych z
opracowaniem narzędzi informatycznych do modelowania matematycznego w zakresie
epidemiologii chorób zakaźnych, z interfejsem dla użytkownika umożliwiającym import danych, określenie parametrów, modelowanie i raportowanie - co najmniej 2 zakończone projekty (proszę wskazać funkcjonujące narzędzia oraz przedstawić referencje).
• Co najmniej jedna osoba, która będzie realizować projekt posiada wykształcenie wyższe
(magisterskie) w dziedzinie matematyki, optymalnie matematyki stosowanej.
• Co najmniej jedna osoba, która będzie realizować projekt z ramienia Realizatora powinna posiadać umiejętność programowania w R – udokumentowaną przez co najmniej 1 pakiet autorski opublikowany na CRAN
• Co najmniej jedna osoba, która będzie realizować projekt z ramienia Realizatora powinna posiadać umiejętność programowania w JavaScript używając biblioteki React.
• Doświadczenie w prowadzeniu szkoleń z zakresu proponowanych narzędzi dla odbiorców międzynarodowych, w języku angielskim