Vyřizuje/tel. Bc. Lena Mikušová / +420 545 135 251
Vyřizuje/tel. Xx. Xxxx Xxxxxxxx / x000 000 000 000
V Brně, dne 26. 4. 2019
Veřejná zakázka s názvem
„Rámcová dohoda na zajištění sekvenování DNA – rozděleno na části“ Vysvětlení zadávací dokumentace č.1
Zadavatel poskytuje vysvětlení zadávací dokumentace na základě dotazů vznesených dodavatelem k veřejné zakázce: Rámcová dohoda na zajištění sekvenování DNA – rozděleno na části. Formulace dotazů dodavatele v anglickém jazyce je doslovně převzata.
Zadavatel obdržel dne 24. 4. 2019 žádost o vysvětlení zadávací dokumentace v tomto znění:
Dotaz č. 1 / Question n. 1:
„The ordering part requires that the bid should be place in CZK currency. This violates the fair competition policy, as it eliminates all companies not having its operation centers in the Czech Republic, favouring local providers. Furthermore, extra-territorial companies will not be able to issue the invoice in CZK. Is it possible to allow bidding and/or invoicing in EUR“
Dotaz č. 1 / Question n. 1 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
„Zadavatel požaduje, aby byla nabídka podána v české měně CZK. Toto porušuje pravidla spravedlivé soutěže, protože to vyřazuje všechny společnosti, které nemají pobočku v České republice, ve prospěch místních poskytovatelů. Navíc společnosti mimo Českou republiku nebudou schopné vydávat faktury v české měně CZK.
Je možné podat nabídku a fakturovat v měně EURO?
Odpověď zadavatele č. 1 / Answer n. 1:
Možnost podat nabídku ve veřejné zakázce s názvem „Rámcová dohoda na zajištění sekvenování DNA – rozděleno na části“, není nijak omezeno. Může se přihlásit jakýkoli poskytovatel, který splní zadávací podmínky. Zadavatel konstatuje, že nabídková cena může být v nabídce uvedena v měně EURO i jiné. Zadavatel bude nicméně provádět hodnocení nabídek v české měně CZK . Nabídky podané v měně EURO či jiné budou přepočítány na českou měnu dle kurzu České národní banky, a to ke dni podání nabídky: Zadavatel konstatuje, že i fakturace bude umožněna v měně EURO.
Zadavatel tedy shrnuje, že nabídka i fakturace může být učiněna v měně EURO.
Odpověď zadavatele č. 1 / Answer n. 1 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
The possibility to submit a bid for the public contract called Rámcová dohoda na zajištění sekvenování DNA – rozděleno na části („Framework Agreement to ensure DNA sequencing – divided in parts“) is not limited. Any provider who will meet the procurement conditions of the public contract is allowed to apply for this tender. The Contracting Authority states that the bid price may be stated in EURO or other currency. However, the contracting authority will carry out an evaluation of the bids in the Czech currency CZK. Bids submitted in EURO or other currency will be converted into Czech currency according to the exchange rate of the Czech National Bank current at the day of submission of the bid. The Contracting Authority states that invoicing will also be possible in EURO.
Therefore, the contracting authority summarizes that both the bidding and invoicing can be made in EURO currency.
Dotaz č. 2 / Question n. 2:
„1. Sanger
- Standardně budou používány mikrozkumavky typu eppendorf nebo PCR destičky formátu 96 nebo 48 jamek.
48 well format is rather non-common and we do not have a solution for it. Does the ordering part allow sequencing via the Ez-Bag system (48 samples, primer and template send together)?“
Dotaz č. 2 / Question n. 2 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
„1. Sanger
- Standardně budou používány mikrozkumavky typu eppendorf nebo PCR destičky formátu 96 nebo 48 jamek.
Formát 48 je neobvyklý a my pro něj nemáme řešení. Dovolují zadávací podmínky sekvenování via „Ez-Bag systém“ (48 vzorků, primer a templát smíchány dohromady)?“
Odpověď zadavatele č. 2 / Answer n. 2:
V rámci formátu 48 jamek (polovina 96 jamkové destičky) je požadována purifikace všech 48 vzorků a umožnění sekvenace vzorků více než jedním primerem (obvykle budou objednávány reakce s 2 primery pro každý vzorek).
Odpověď zadavatele č. 2 / Answer n. 2 – PŘEKLAD - TRANSLATION: The 48 well format requires purification of all 48 samples (half of 96 well plate) by company and
possibility of sequencing of all samples by more primers (usually 2 primers for each sample will be ordered).
Dotaz č. 3 / Question n. 3:
„Příprava knihoven vzorků mRNA (stranded mRNA) poskytovatelem. Knihovnou se rozumí sekvenační knihovna kompatibilními se sekvenační platformou Illumina, to jest fragmenty RNA přepsané do dsDNA a vybavené specifickými adapterovými sekvencemi nezbytnými pro sekvenování na platformě Illumina. Poskytovatel je povinen použít Ribo-Zero metodu nebo metodu odvozenou pro odstranění rRNA ze vzorků knihoven.
When using RiboZero we technically do not produce mRNA library but so called total RNA library. RiboZero method depletes rRNA, although it is not compatible with all organisms. Can the ordering part indicate which organisms would be in the focus of analysis, so we can determine whether RiboZero method is applicable?
Phytophora organisms seems not to be compatible“
Dotaz č. 3 / Question n. 3 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
„Příprava knihoven vzorků mRNA (stranded mRNA) poskytovatelem. Knihovnou se rozumí sekvenační knihovna kompatibilními se sekvenační platformou Illumina, to jest fragmenty RNA přepsané do dsDNA a vybavené specifickými adapterovými sekvencemi nezbytnými pro sekvenování na platformě Illumina. Poskytovatel je povinen použít Ribo-Zero metodu nebo metodu odvozenou pro odstranění rRNA ze vzorků knihoven.
Když používáme RiboZero metodu technicky neprodukujeme mRNA knihovnu, ale takzvanou úplnou RNA knihovnu. RiboZero metoda odstraňuje rRNA, ačkoli není kompatibilní se všemi organizmy. Může zadavatel určit, které organizmy budou předmětem analýzy, abychom mohli určit, zda je RiboZero metoda aplikovatelná?
Phytophora organizmy se zdají nebýt kompatibilními.“
Odpověď zadavatele č. 3 / Answer n. 3:
Ačkoli není pro odstranění ribozomální RNA z rodu Phytophthora speciální kit, podle dosavadních zkušeností lze pro odstranění ribozomální RNA (ribodepletion) z rodu Phytophthora použít standardní kity pro lidskou nebo krysí RNA.
Odpověď zadavatele č. 3 / Answer n. 3 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
Although there is not a specific kit for ribodepletion of Phytophthora rRNA based on our experience, the kit for rats and humans works well for Phytophthora.
Dotaz č. 4 / Question n. 4:
„Does the ordering part allows poly-A selection method in order to get rid of rRNA and generate mRNA stranded libraries?“
Dotaz č. 4 / Question n. 4 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
Povoluje zadavatel použití poly-A metody za účelem zbavení se rRNA a generace mRNA oboustranných knihoven?
Odpověď zadavatele č. 4 / Answer n. 4:
Ano, poly-A metoda bude umožněna.
Odpověď zadavatele č. 4 / Answer n. 4 – PŘEKLAD - TRANSLATION:
Yes, it does. The poly-A selection method is allowed.
V souvislosti se tím, že dotazy a jejich zodpovězení nemění parametry předmětu plnění veřejné zakázky, ale umožňují formální změnu – možnost podání nabídky a fakturaci v měně EURO, upozorňuje zadavatel dodavatele, že v souvislosti s uveřejněním vysvětlení zadávací dokumentace Vysvětlení ZD_č.1 mění lhůtu pro podání a otevírání nabídek a prodlužuje ji na: 9. 5. 2019, 10:00 hod.
/
The deadline for submission of tenders is: 9. 5. 2019, 10:00 hod.
Bc. Lena
Digitálně podepsal Xx. Xxxx Xxxxxxxx
Mikušová Datum: 2019.04.26
17:02:09 +02'00'
….……………..………………………………….
Xx. Xxxx Xxxxxxxx
referent oddělení veřejných zakázek rektorát, Mendelova univerzita v Brně na základě plné moci ze dne 19. 6. 2017