DODATOK č. 2 K ZMLUVE O POSKYTNUTÍ DOTÁCIE Z ROZPOČTOVEJ KAPITOLY MINISTERSTVA ZDRAVOTNÍCTVA SLOVENSKEJ REPUBLIKY č. 292/2018

DODATOK č. 2 K ZMLUVE O POSKYTNUTÍ DOTÁCIE Z ROZPOČTOVEJ KAPITOLY MINISTERSTVA ZDRAVOTNÍCTVA SLOVENSKEJ REPUBLIKY č. 292/2018

uzatvorenej v zmysle § 2 ods. 1 písm. a) v spojení s § 5 ods. 4 zákona č. 525/2010 Z. z.

o poskytovaní dotácií v pôsobnosti Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov a podľa § 51 zákona č. 40/1964 Zb. Občianskeho zákonníka

(ďalej len „dodatok č. 2“) medzi:

Zmluvné strany

Názov: Ministerstvo zdravotníctva Slovenskej republiky

Sídlo: Limbová 2, P. O. Box 52, 837 52 Bratislava 37

Štatutárny orgán:

minister zdravotníctva

IČO: 00165565

IBAN:

(ďalej len „poskytovateľ“)

a

Názov: Univerzita Komenského, Jesseniova lekárska fakulta

Sídlo: Malá Hora 10701/4A, 036 01 Martin

Štatutárny orgán:

dekanka

IČO: 00397865

IBAN:

Osoba zodpovedná za riešenie projektu v mene prijímateľa:

zodpovedný riešiteľ

(ďalej len „hlavný riešiteľ“)

a

Názov: Univerzitná nemocnica Martin

Sídlo: Kollárová 2, 036 59 Martin

Štatutárny orgán:

generálny riaditeľ

IČO: 00365327

IBAN:

(ďalej len „spoluriešiteľ“)

(„hlavný riešiteľ“ a „spoluriešiteľ“ ďalej ako „prijímateľ“)

Článok I

Predmet dodatku

1. Zmluvné strany uzatvárajú tento dodatok č. 2 v súlade s článkom VII bodom 10 Zmluvy o poskytnutí dotácie z rozpočtovej kapitoly Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky č. 292/2018 (ďalej len „zmluva“) a v súlade s článkom XIII bodom 5 zmluvy zo dňa 21. decembra 2018 s pridelením registračným číslom projektu 2018/11-UKMT-7.

2. Zmluvné strany sa dohodli na zmene štatutárneho orgánu poskytovateľa, a to nasledovne:

Štatutárny orgán uvedený v zmluve sa v časti poskytovateľa mení z „ministerka zdravotníctva“

na „minister zdravotníctva“.

3. Zmluvné strany sa dohodli na zmene prílohy č. 1, vyplneného projektu, zmluvy, ktorá je jej neoddeliteľnou súčasťou. Zmena prílohy č. 1 zmluvy tvorí prílohu č. 1 k tomuto dodatku č. 2.

Článok II

Záverečné ustanovenia

1. Ustanovenia zmluvy, ktoré neboli dodatkom č. 2 dotknuté sa nemenia, zostávajú zachované, účinné a v platnosti.

2. Tento dodatok č. 2 je neoddeliteľnou súčasťou zmluvy a vyhotovuje sa v piatich rovnopisoch, pričom dva originály ostávajú u prijímateľa a hlavný riešiteľ je zodpovedný za to, aby sa jeden originál dodatku č. 2 k zmluve dostal do rúk spoluriešiteľa, a tri originály ostávajú u poskytovateľa.

3. Tento dodatok č. 2 nadobúda platnosť dňom jeho podpísania všetkými zmluvnými stranami a účinnosť dňom, ktorý nasleduje po dni jeho zverejnenia v Centrálnom registri zmlúv.

4. Zmluvné strany si dodatok č. 2 prečítali, jeho obsahu, právam a povinnostiam z neho vyplývajúcim porozumeli, pričom na znak súhlasu s jeho obsahom ho slobodne, vážne, dobrovoľne a vlastnoručne podpisujú.

V Bratislave dňa ... V Martine dňa ...

........................................................ ........................................................

minister zdravotníctva dekanka

poskytovateľ hlavný riešiteľ

V Martine dňa ... V Martine dňa ...

........................................................ ........................................................ generálny riaditeľ ........................................................

spoluriešiteľ spoluriešiteľ

Príloha č. 1

Vyplnený projekt

(Projektový formulár a Opisný formulár projektu)

PROJEKTOVÝ FORMULÁR Príloha č. 3. 1. A.

PROJECT REQUEST FORM Annex Nr. 3. 1. A.

VV-2018-P1		Základné informácie o projekte
		Basic information about the project
01	Identifikačné číslo projektu	2018/11-UKMT-7
	Project ID
		Mapovanie biogénnych oxidov železa ako biomarkerov
	Názov projektu	neurodegeneratívnych chorôb pomocou pokročilých metód
02		magnetickej rezonancie
	Project Title	Mapping of biogenic iron oxides as biomarkers of neurodegenerative
		diseases using advanced magnetic resonance methods
03	Akronym projektu	FerroMap
	Acronym of the Project	FerroMap
04	Podporovaná oblasť zo schváleného zoznamu na daný rok	Inovatívne diagnostické a terapeutické postupy a produkty personalizovanej medicíny: 1. Včasná, rýchla a validná diagnostika
	Supported priority areas chosen from the approved list for a current year	Innovative diagnostic and therapeutic procedures and personalized medicine products: 1. Early, fast and valid diagnostics
		Projekt sa zaoberá zobrazovaním hypointenzívnych artefaktov
		v mozgu, pomocou techník magnetickej rezonancie, u pacientov s
		neurologickými ochoreniami (AD, PD, SM, ALS) a ich následným
		štatistickým spracovaním a klinickým vyhodnotením. Hypointenzívne
		artefakty na T2 (T2*) vážených obrázkoch sa dávajú do súvislosti
		s prirodzeným starnutím mozgu, ale aj s prítomnosťou
		neurodegeneratívnych procesov. Sú spôsobené najmä akumuláciou
		ferimagnetických nanočastíc v dôsledku narušenej homeostázy
		železa, čo spôsobuje zánik signálu a vytvorenie hypointenzívnych
	Súhrnná informácia o projekte	artefaktov. Biogénne železo vo forme patologického feritínu je tak vhodným neinvazívnym biomarkerom neurodegeneratívnych
		procesov v mozgu. Klinicky nevyriešenou otázkou však ostáva
		kvantifikácia týchto zmien, s cieľom presne odlíšiť
		neurodegeneratívne procesy od fyziologického stavu a od
		prirodzeného starnutia mozgu. Porovnaním dostatočne veľkého
		súboru subjektov s preukázaným neurodegeneratívnym ochorením
		a zdravých subjektov, vrátane subjektov v pokročilom veku, chceme
05		pomocou štatistického spracovania vyvinúť robustnú kvantifikačnú metodiku na neinvazívnu diagnostiku neurodegeneratívnych procesov
		v mozgu, ktoré nesúvisia s prirodzeným starnutím.
		The project deals with imaging of hypointensive artefacts in the brain
		of patients with neurological disease, using MRI techniques.
		Hypointensive artifacts on T2 (T2 *) weighted images are associated
		with natural brain aging, but also with the presence of
		neurodegenerative processes. They are caused by the accumulation
		of iron nanoparticles that cause signal extinction and the formation of
		hypointensive artefacts. Biogenic iron in the form of pathological
	Lay Summary	ferritin is thus a suitable non-invasive biomarker of neurodegenerative processes in the brain. A clinically unresolved question, however,
		remains to quantify these changes in order to precisely distinguish
		neurodegenerative processes from physiological status and from
		natural brain aging. By comparing a sufficiently large set of subjects
		with proven neurodegenerative disease and healthy subjects,
		including subjects of advanced age, we want to develop a robust
		quantification methodology for the non-invasive diagnosis of
		neurodegenerative processes in the brain that are not related to

		natural aging.
06	Ciele navrhovaného projektu	• Štatisticky signifikantne preukázať dôveryhodnosť použitia MRI vyšetrenia pri neinvazívnej diagnostike neurodegeneratích ochorení v dôsledku akumulácie patologického železa v tkanive. • Vytvorenie ucelenej metodiky na neinvazívnu diagnostiku neurodegeneratívnych ochorení s využitím štatistickej analýzy hypointenzívnych artefaktov na T2 (T2*) vážených MRI obrázkoch a analýzou T2 (T2*) máp.
	Objectives of the Proposed Project	• Statistically significant demonstration of the credibility of the use of MRI examinations in the non-invasive diagnostics of neurodegenerative diseases due to the accumulation of pathological iron in the tissue. • Development of a comprehensive methodology for non- invasive diagnostics of neurodegenerative disorders using statistical analysis of hypointensive artifacts on T2 (T2*) weighted MRI images and a T2 (T2*) map analysis.
07	Začiatok riešenia projektu	11/2018
	Start of the Project
08	Koniec riešenia projektu	12/2020
	End of the Project
09	Žiadateľ	Univerzita Komenského v Bratislave Jesseniova lekárska fakulta v Martine
	Applicant	Comenius University in Bratislava Xxxxxxxxx Faculty of Medicine in Martin
10	Zodpovedný riešiteľ
	Principal Investigator
11	Požadované finančné prostriedky z MZ SR (v EUR)	57 900,00
	Required Budget from the Ministry of Health (in EUR)
12	Spolufinancovanie projektu (v EUR)	24 814,29
	Co-financing from other Resources (in EUR)
13	Celkové náklady na projekt (v EUR)	82 714,29
	Total Project Budget (in EUR)

VV-2018-P2.1		Základné informácie o riešiteľských organizáciách
		Basic information about participating organization
Žiadateľ
Applicant
01	Názov organizácie	Univerzita Komenského v Bratislave Jesseniova lekárska fakulta v Martine
	Name of the organization	Comenius University in Bratislava Xxxxxxxxx Faculty of Medicine in Martin

02	Skrátený názov	JLF UK
	Abbreviation	JFMED CU
03	Adresa organizácie / Address of the Organization	Xxxx Xxxx 00000/0X, 036 01 Martin
04	IČO / Organization Identification Number	00000000
05	Právna forma organizácie	Verejnoprávna inštitúcia – Verejná vysoká škola
	Legal form of the Organization	Public institution – Public university
06	Sektor	Sektor vysokých škôl
	Sector	University Sector
07	Platca DPH	Áno/Yes
	VAT Payer
08	Finančný manažér projektu / Financial Project Manager
	Telefón / Phone
	E-mail
09	Oprávnená osoba na podpis zmluvy v mene žiadateľa / Authorized Person to sign the Contract on behalf of the Applicant
	Telefón / Phone
	E-mail
10	Štatutárny zástupca I / Statutory Representative I
	Telefón / Phone
	Email
11	Štatutárny zástupca II / Statutory Representative II	-
	Telefón / Phone	-
	Email	-

VV-2018-P2.2		Základné informácie o zodpovednom riešiteľovi
		Basic information about the principal investigator
01	Meno a priezvisko, Titul
	Name and Surname, Title
02	Funkcia; pozícia	Vedecko-výskumný pracovník
	Funkcion; Position	Research scientist
03	Telefón / Phone

	E-mail
04	Zamestnávateľ / Employer	Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta v Martine / Comenius University in Bratislava, Xxxxxxxxx Faculty of Medicine in Martin
	Address	Malá Hora 4A, 036 01 Martin
	Telefón / Phone
	E-mail
05	Dosiahnuté vzdelanie	VŠ 3. stupňa
	The highest achieved education	PhD.
06	Odborná špecializácia	Biofyzika
	Professional Specialisation	Biophysics
07	Najvýznamnejšie publikácie za posledných 5 rokov alebo ID výskumníka	Thomson Scientific Databases Institute of Scientific Information (ISI ): Xxxxx, D., Xxxxxxxxx, M., Xxxxxx, V., Xxxxxxx, M.P., Xxxxxx, O., Xxxxxxxx, X., Xxxxxxxxx, X. Exploring fingerprints of the extreme thermoacidophile Metallosphaera sedula grown on synthetic martian regolith materials as the sole energy sources (2017) Frontiers in Microbiology, 8 (OCT), art. no. 1918 (IF = 4.076) Cited 0 time. Xxxxxx, X., Xxxxxxxxxxx, X., Xxxxxx, X., Xxxxx, X., Xxxxxxxx- Xxxxxxxx, X., Krafcik, X., Xxxxxxx, D., Xxxxxxxxx, X. Low-field and high-field magnetic resonance contrast imaging of magnetoferritin as a pathological model system of iron accumulation (2017) Journal of Physics D: Applied Physics, 50 (36), art. no. 365401 (CC) Cited 0 time. Xxxxxx, X., Xxxxx, I., Xxxxxx, D., Xxxxxx, X., Xxxxxxxxxxx, M., Xxxxxxxxx, X., Xxxxxxxx, V., Krafcik, X., Xxxxxxxx- Xxxxxxxx, X., Xxxxxxxxx, P., Xxxxxx, X. Measurement of the magnetite nanoparticles’ relaxivity during encapsulation into polylactide carriers (2017) Measurement: Journal of the International Measurement Confederation, 104, pp. 89-92 (CC) Cited 0 time. Xxxxxxxx, X., Krafcik, X., Xxxxxx, M., Xxxxxx, O., Xxxxxx, D., Xxxxxx, P., Xxxxxxx, D., Xxxxxx, I. Comparison of iron oxide-related MRI artifacts in healthy and neuropathological human brain tissue (2017) Acta Physica Polonica A, 131 (4), pp. 1108-1110 (CC) Cited 0 time. Xxxxxxxxxxx, X., Xxxxxx, O., Xxxxxx, X., Xxxxx, X., Xxxxxxxx, X., Krafcik, X., Xxxxxxxxx, P., Xxxxxxx, D., Xxxxxx, I. Differentiation of native and reconstructed ferritin using the MRI gradient echo pulse sequence (2017) Acta Physica Polonica A, 131 (4), pp. 1093-1095 (CC) Cited 0 time. Xxxxxxxxxxx, X., Xxxxxx, O., Xxxxxx, X., Xxxxx, X., Xxxxxxxx, X., Krafcik, X., Xxxxxx, I., Xxxxxxx, X., Xxxxxxxxx, P. Magnetic resonance imaging of reconstructed ferritin as an iron-induced pathological model system (2017) Journal of Magnetism and Magnetic Materials, 427, pp. 127-132 (CC) Cited 1 time: Nanoscale iron particles formed from the metalloprotein-like structures prepared using ferrous ions in the presence of sodium glutamate and bovine serum albumin By: Kiss, Xxxxxxx; Xxxxx, Xxxxx; Boca, Xxxxx; et al. MONATSHEFTE FUR CHEMIE Volume: 148 Issue: 12 Pages: 2019-2029 Published: DEC 2017
	The most significant publications during last 5 years, or ID of researcher

Xxxxxx, O., Xxxxxxxxxxx, M., Xxxxxx, X., Xxxxxx, X., Xxxxxx, X., Xxxxxxxxx, M., Xxxxxxxx, V., Xxxxx, X., Xxxxxxxx, M., Krafcik, X., Xxxxxxxxx, P., Xxxxxxx, D., Xxxxxxx, I. Effect of BSA protein on the contrast properties of magnetite nanoparticles during MRI (2017) Acta Physica Polonica A, 131 (4), pp. 1102-1104 (CC) Cited

0 time.

Xxxxxx, O., Xxxxxxxxx, Z., Krafcik, X. Proton Gradients as a Key Physical Factor in the Evolution of the Forced Transport Mechanism Across the Lipid Membrane (2016) Origins of Life and Evolution of Biospheres, 46 (4), pp. 523-531 (CC) Cited 1 time:

Wavy membranes and the growth rate of a planar chemical garden: Enhanced diffusion and bioenergetics

By: Xxxx, Xxxx; Xxxxxxx, Xxxxx; Xxxxxxxxx, Xxxxxx; et al.

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED

STATES OF AMERICA Volume: 113 Issue: 33 Pages: 9182-9186 Published: AUG 16 2016

Xxxxxx, O., Xxxxxxxx, M., Xxxxxx, X., Xxxxxxxxxx, P., Xxxxxx, X. Influence of saline and glucose molecules to contrast properties of clinically used MRI contrast agents (2015) Measurement: Journal of the International Measurement Confederation, 69, pp. 109-114 (CC) Cited 0 time.

Xxxxxx, X., Xxxxxx, O., Krafčík, X., Xxxxxxx, M., Xxxxxx, I. Magnetic resonance imaging of the static magnetic field distortion caused by magnetic nanoparticles: Simulation and experimental verification (2015) Journal of Magnetism and Magnetic Materials, 380, pp. 261-265 (CC) Cited 0 time.

Xxxxxx, O., Krafcik, X., Xxxxxx, M., Xxxxxx, D., Xxxxxxxxx, P., Xxxxxx, I. Biogenic magnetite nanoparticle ensemble use in MRI diagnostics (2014) Acta Physica Polonica A, 126 (1), pp. 388-389 (CC) Cited 0 time.

Xxxxxx, D., Krafčík, X., Xxxxxx, O., Xxxxxx, I. Magnetic resonance imaging of surgical implants made from weak magnetic materials (2013) Measurement Science Review, 13 (4), pp. 165-168 (IF =

1.344) Cited 16 times:

The Statistical Evaluation of MRI Data of a Plant Tissue By: Marcon, P.; Xxxxxxxx, K.; Xxxxx, P.; et al.

Conference: Progress in Electromagnetic Research Symposium (PIERS) Location: Shanghai, PEOPLES R CHINA Date: AUG 08-11, 2016

2016 PROGRESS IN ELECTROMAGNETICS RESEARCH SYMPOSIUM (PIERS)

Pages: 2908-2911 Published: 2016

GPU-Accelerated Reconstruction of T2 Maps in Magnetic Resonance Imaging By: Mikulka, Xxx

MEASUREMENT SCIENCE REVIEW Volume: 15 Issue: 4 Pages: 210-218

Published: AUG 2015

Automatic Brain Tumor Detection and Segmentation from Multi-Modal MRI Images Based on Region Growing and Level Set Evolution

By: Xxxxx, Xxxxxx; Xxxx, Xxxxx; Xxx Xxxxxx, Md.; et al.

Conference: IEEE International WIE Conference on Electrical and Computer Engineering (WIECON-ECE) Location: Dhaka, BANGLADESH Date: DEC 19-20, 2015 2015 IEEE International WIE Conference on Electrical and Computer Engineering (WIECON-ECE) Pages: 503-506 Published: 2015

Tissue Segmentation of Brain MRI

By: Xxxxxx, Xxxxx; Xxxxxxxx, Xxxxx; Mikulka, Xxx

Conference: 38th International Conference on Telecommunications and Signal Processing (TSP) Location: Prague, CZECH REPUBLIC Date: JUL 09-11, 2015 2015 38TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON TELECOMMUNICATIONS AND

SIGNAL PROCESSING (TSP) Pages: 735-738 Published: 2015

The Correlation of Blood Test Results with the Data Obtained from MRI Images during the Determination of Pathology in Small Bones

By: Xxxxxx, Xxxx; Xxxxxxxx, Xxxxx; Xxxxxxxxx, Xxxxxx; et al.

Conference: 38th International Conference on Telecommunications and Signal Processing (TSP) Location: Prague, CZECH REPUBLIC Date: JUL 09-11, 2015 2015 38TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON TELECOMMUNICATIONS AND SIGNAL PROCESSING (TSP) Pages: 739-742 Published: 2015

RECOGNITION OF MONOCHROME THERMAL IMAGES OF SYNCHRONOUS MOTOR WITH THE APPLICATION OF SKELETONIZATION AND CLASSIFIER BASED ON WORDS

By: Xxxxxxx, A.; Xxxxxxx, A.; Xxxxxxx, Z.

ARCHIVES OF METALLURGY AND MATERIALS Volume: 60 Issue: 1 Pages: 27-

32 Published: 2015

RECOGNITION OF ARMATURE CURRENT OF DC GENERATOR DEPENDING ON ROTOR SPEED USING FFT, MSAF-1 AND LDA

By: Xxxxxxx, Xxxx; Xxxxxxx, Xxxxxx; Xxxxxxx, Zygfryd

EKSPLOATACJA I NIEZAWODNOSC-MAINTENANCE AND RELIABILITY Volume:

17 Issue: 1 Pages: 64-69 Published: 2015

Unsupervised Pathological Area Extraction Using 3D T2 and FLAIR MR Images By: Xxxxxx, Xxxxx; Xxxxxxxx, Xxxxx; Xxxxxx, Xxxxxx

MEASUREMENT SCIENCE REVIEW Volume: 14 Issue: 6 Pages: 357-364

Published: DEC 2014

Diagnostics of DC and Induction Motors Based on the Analysis of Acoustic Signals By: Xxxxxxx, X.

MEASUREMENT SCIENCE REVIEW Volume: 14 Issue: 5 Pages: 257-262

Published: OCT 2014

DIAGNOSTICS OF DIRECT CURRENT MACHINE BASED ON ANALYSIS OF ACOUSTIC SIGNALS WITH THE USE OF SYMLET WAVELET TRANSFORM AND MODIFIED CLASSIFIER BASED ON WORDS

By: Xxxxxxx, Xxxx

EKSPLOATACJA I NIEZAWODNOSC-MAINTENANCE AND RELIABILITY Volume:

16 Issue: 4 Pages: 554-558 Published: 2014

Diagnostics of Synchronous Motor Based on Analysis of Acoustic Signals with the use of Line Spectral Frequencies and K-nearest Neighbor Classifier

By: Xxxxxxx, Xxxx

ARCHIVES OF ACOUSTICS Volume: 39 Issue: 2 Pages: 189-194 Published: 2014

Brain Tumor Locating in 3D MR Volume Using Symmetryl By: Xxxxxx, Xxxxx; Xxxxxxxx, Xxxxx

Conference: Conference on Medical Imaging - Image Processing Location: San Diego, CA Date: FEB 16-18, 2014

MEDICAL IMAGING 2014: IMAGE PROCESSING Book Series: Proceedings of SPIE Volume: 9034 Article Number: UNSP 903432 Published: 2014

RECOGNITION OF MONOCHROME THERMAL IMAGES OF SYNCHRONOUS MOTOR WITH THE APPLICATION OF BINARIZATION AND NEAREST MEAN CLASSIFIER

By: Xxxxxxx, A.; Xxxxxxx, A.; Xxxxxxxx, P.

ARCHIVES OF METALLURGY AND MATERIALS Volume: 59 Issue: 1 Pages: 31-

34 Published: 2014

Automatic Segmentation of Multi-contrast MRI Using Statistical Region Merging By: Xxxxxx, P.; Xxxxxxxx, X.; Xxxxxxxxxxxx, X.

Conference: Progress in Electromagnetics Research Symposium (PIERS) Location: Guangzhou, PEOPLES R CHINA Date: AUG 25-28, 2014

PIERS 2014 GUANGZHOU: PROGRESS IN ELECTROMAGNETICS RESEARCH

SYMPOSIUM Book Series: Progress in Electromagnetics Research Symposium Pages: 1865-1869 Published: 2014

The Statistical Evaluation of Data Obtained via the Manual Segmentation of MRI Images of a Pathological Tissue

By: Marcon, P.; Mikulka, J.; Xxxxxxxxxxxx, X.; et al.

Conference: Progress in Electromagnetics Research Symposium (PIERS) Location: Guangzhou, PEOPLES R CHINA Date: AUG 25-28, 2014

PIERS 2014 GUANGZHOU: PROGRESS IN ELECTROMAGNETICS RESEARCH

SYMPOSIUM Book Series: Progress in Electromagnetics Research Symposium Pages: 1898-1901 Published: 2014

		Using Diffusion-weighted Images to Identify Brain Tumors By: Marcon, P.; Xxxxxxxx, K.; Xxxxxxxxx, X. Conference: Progress in Electromagnetics Research Symposium (PIERS) Location: Guangzhou, PEOPLES R CHINA Date: AUG 25-28, 2014 PIERS 2014 GUANGZHOU: PROGRESS IN ELECTROMAGNETICS RESEARCH SYMPOSIUM Book Series: Progress in Electromagnetics Research Symposium Pages: 2340-2343 Published: 2014 Strbak, X., Xxxxxxxxx, P., Xxxxx, M., Xxxxxx, X. Single biogenic magnetite nanoparticle physical characteristics-a biological impact study (For MagMeet 2012 Participants) (2013) IEEE Transactions on Magnetics, 49 (1), art. no. 6392424, pp. 457-462 (CC) Cited 0 times.
08	Prehľad projektov zodpovedného riešiteľa v oblasti výskumu a vývoja v doméne zdravotníctva	Názov projektu: Vývoj diagnostického nástroja pre kvantitatívne MRI zobrazovanie biogénneho železa v klinickej praxi Grantová schéma: APVV (číslo APVV-0431-12) Roky: 2013 – 2016 Rozpočet: 465 178 EUR Pozícia: Zodpovedný riešiteľ Výsledky: softvérový nástroj FerroQuant na spracovanie a analýzu MRI dát Názov projektu: Európska sieť pre inovatívne využitie elektro- magnetických polí v biomedicínskych aplikáciách Grantová schéma: COST (číslo BM1309) Roky: 2014 – 2018 Rozpočet: NA Pozícia: člen riadiaceho výboru Výsledky: projekt stále prebieha, očakávaným výsledkom je formulácia parametrov EM polí s potenciálnym diagnostickým alebo liečebným účinkom Názov projektu: Meranie biologickej odozvy slabých nízkofrekvenčných elektromagnetických polí Grantová schéma: VEGA (číslo 2/0138/16) Roky: 2016 – 2018 Rozpočet: 19 200 EUR Pozícia: Spoluriešiteľ Výsledky: projekt stále prebieha, očakávaným výsledkom je nájdenie nízkofrekvenčných EM polí s biologickým efektom Názov projektu: Skúmanie fyzikálnych základov interakcií elektromagnetických polí s biomolekulami, bunkami a tkanivom Grantová schéma: MAD Roky: 2015 – 2017 Rozpočet: 4 551 EUR Pozícia: Spoluriešiteľ Výsledky: testovanie komerčne dostupných biorezonančných prístrojov Názov projektu: Meracie a zobrazovacie metódy založené na magnetickej rezonancii pre materiálový a biomedicínsky výskum Grantová schéma: VEGA (číslo 2/0090/11) Roky: 2011 – 2013 Rozpočet: NA Pozícia: Spoluriešiteľ Výsledky: metodika na zobrazovanie oxidov železa Project title: Development of a diagnostic tool for quantitative MRI
	List of projects of the principal investigator in R&D in the domain of health

		imaging of biogenic iron in clinical practice Grant Scheme: APVV (APVV-0431-12) Years: 2013 - 2016 Budget: 465 178 EUR Position: Principal investigator Results: software package FerroQuant for processing and analysis of MRI data Project title: European Network for the Innovative Use of Electromagnetic Fields in Biomedical Applications Grant scheme: COST (number BM1309) Years: 2014-2018 Budget: NA Position: Management Committee Substitute Results: ongoing project, the expected result is the formulation of EM field parameters with potential diagnostic or therapeutic effect Project title: Measurement of the biological response of weak low- frequency electromagnetic fields Grant Scheme: VEGA (Number 2/0138/16) Years: 2016-2018 Budget: 19 200 EUR Position: Co-investigator Results: ongoing project, the expected result is finding low-frequency EM fields with biological effect Project title: Examining physical bases of electromagnetic field interactions with biomolecules, cells and tissues Grant Scheme: MAD Years: 2015-2017 Budget: 4 551 EUR Position: Co-investigator Results: testing of commercially available bioresonance devices Project title: Measurement and imaging methods based on magnetic resonance for material and biomedical research Grant Scheme: VEGA (Number 2/0090/11) Years: 2011 - 2013 Budget: NA Position: Co-investigator Results: methodology for iron oxides imaging
09	Počet – Projekty zodpovedného riešiteľa realizované v priebehu posledných 5 rokov	8
	Number – Projects of the principal investigator executed during the last 5 years
10	Celková citovanosť v SCI / ISI	206
	Total number of citations in SCI / ISI database

VV-2018-P2.3		Základné informácie o zástupcovi zodpovedného riešiteľa
		Basic information about the representative of the principal investigator
01	Meno a priezvisko, Titul
	Name and Surname, Title
02	Funkcia; pozícia	Vedecko-výskumný pracovník
	Funkcion; Position	Research scientist
03	Telefón / Phone
	E-mail
04	Zamestnávateľ / Employer	Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta v Martine / Comenius University in Bratislava, Xxxxxxxxx Faculty of Medicine in Martin
	Address	Malá Hora 4A, 036 01 Martin
	Telefón / Phone
	E-mail
05	Dosiahnuté vzdelanie	VŚ 3. stupňa
	The highest achieved education	PhD.
06	Odborná špecializácia	Biomedicínska fyzika
	Professional Specialisation	Biomedical physics
07	Najvýznamnejšie publikácie za posledných 5 rokov alebo ID výskumníka	N-6680-2018
	The most significant publications during last 5 years, or ID of researcher
08	Prehľad projektov zodpovedného riešiteľa v oblasti výskumu a vývoja v doméne zdravotníctva	1. spoluriešiteľ: grant MZ SR 2012/31-UKMA-8: Vypracovanie multiparametrického diagnostického algoritmu mozgových nádorov pomocou magnetickej rezonancie. (2012 - 2015), (163 276 €) 2. zástupca zodpovedného riešiteľa projektu: grant MZ SR 2007/57- UK-17: Neinvazívne priestorové mapovanie významných metabolitov v mozgu a prostate pri nádorových, neurologických a psychiatrických ochoreniach . MZ SR (2008 - 2010), (253 593, 31 €) 3. spoluriešiteľ: VEGA 1/0287/16. Korelácie MR volumometrie corpus callosum a MR spektroskopie podkôrových šedých hmôt s elektrofyziologickými meraniami a vybranými laboratórnymi markermi u pacientov vo včasných štádiách roztrúsenej sklerózy, s cieľom vyhľadávať vysoko aktívne formy ochorenia, (2016-2018), (BV: 4 524 €) 4. spoluriešiteľ: APVV-14-0088 Multiparametrické mapovanie mozgu pomocou magnetickej rezonancie pri vybraných neurologických ochoreniach. (2015 - 2019), (133 534 €) 5. odborný riešiteľ: Martinské centrum pre biomedicínu,ITMS kód 26220220187, (2013-2015), (24 999 468,15 €) 1. Co-Investigator: Grant MZ SR 2012/31-UKMA-8: Development of
	List of projects of the principal investigator in R&D in the domain of health

		multiparametric diagnostic algorithm of brain tumors by magnetic resonance. (2012 - 2015), (€ 163,276) 2. Deputy responsible project investigator: MZ SR grant 2007/57-UK- 17: Non-invasive spatial mapping of major metabolites in the brain and prostate in cancer, neurological and psychiatric diseases. Ministry of Health of the Slovak Republic (2008 - 2010), (253 593, 31 €) 3. Co-Investigator: VEGA 1/0287/16. Correlation of MR xxxxxxxxx and MR spectroscopy of subcortical gray matter with electrophysiological measurements and selected laboratory markers in patients in early stages of multiple sclerosis to investigate high-activity disease (2016- 2018) (MR: 4,524 €) 4. Co-Investigator: APVV-14-0088 Multiparametric mapping of the brain by magnetic resonance in selected neurological diseases. (2015-2019), (€ 133,534) 5. Researcher: Martin Center for Biomedicine, ITMS Code 26220220187, (2013-2015), (€ 24,999,468.15)
09	Počet – Projekty zodpovedného riešiteľa realizované v priebehu posledných 5 rokov	5
	Number – Projects of the principal investigator executed during the last 5 years	5
10	Celková citovanosť v SCI / ISI	258
	Total number of citations in SCI / ISI database

VV-2018-P2.4		Základné informácie o spoluriešiteľských organizáciách (Je potrebné vyplniť za každú organizáciu zvlášť)
		Basic information about co-operative organizations (To be filled in for each organization separately)
Spoluriešiteľská organizácia
Cooperating organization
01	Názov organizácie	Univerzitná nemocnica Martin
	Name of the Organization	University Hospital Martin
02	Skrátený názov	UNM
	Abbreviation	UHM
03	Adresa organizácie / Adress of the Organization	Kollárova 2, 036 59 Martin
04	IČO / Organization Identification Number	00000000
05	Právna forma organizácie	Príspevková organizácia
	Legal form of the Organization	Allowance organization
06	Sektor	Zdravotníctvo

	Sector	Health
07	Platca DPH	Áno/Yes
	VAT Payer
08	Oprávnená osoba na podpis zmluvy v mene žiadateľa / Authorized person to sign the Contract on behalf of the Applicant for reserach grant
	Telefón / Phone
	E-mail
09	Štatutárny zástupca I / Statutory Representative I
	Telefón / Phone
	Email
10	Štatutárny zástupca II / Statutory Representative II
	Telefón / Phone
	Email

VV-2018-P2.5			Zoznam riešiteľov
			List of Participants
01	Zoznam zamestnancov priamo sa podieľajúcich na riešení projektu
	List of staff directly involved in the Project
Meno a priezvisko	Tituly	Pracovné zaradenie	Dátum narodenia	IČO organizácie	Počet hodín	Počet hodín v rokoch
Name and Surname	Titles	Job / Position	Date of Birth	Organization Identification Number	Hours	Hours in years
	Mgr. PhD.	Samostatný vedecký pracovník / Research scientist		00397865	1040	2018: 80 2019: 480 2020: 480
	Prof. MUDr. CSc.	Vedúci / Head		00397865	780	2018: 60 2019: 360 2020: 360
	Doc. Mgr. PhD.	Docent / Associate professor		00397865	780	2018: 60 2019: 360 2020: 360
	Ing. PhD.	Vedecký pracovník / Research scientist		00397865	780	2018: 60 2019: 360 2020: 360
	Doc. MUDr. PhD.	Docent / Associate professor		00365327	520	2018: 40 2019: 240 2020: 240
	Prof. MUDr. PhD.	Prednosta / Head		00365327	520	2018: 40 2019: 240 2020: 240
	Mgr.	Xxxxxxxxxxx / PhD student		00397865	1040	2018: 80 2019: 480 2020: 480
	Doc. MUDr. PhD.	Zástupca prednostu / Deputy Head		00365327	520	2018: 40 2019: 240 2020: 240
	Doc. MUDr. PhD.	Docent / Associate professor		00365327	520	2018: 40 2019: 240 2020: 240
	MUDr. PhD.	Zástupca prednostu / Deputy Head		00365327	780	2018: 60 2019: 360 2020: 360
	RNDr. PhD.	Samostatný vedecký pracovník / Research scientist		00397865	1300	2018: 100 2019: 600 2020: 600
	Doc. MUDr. PhD.	Prednosta / Head of		00365327	780	2018: 60 2019: 360 2020: 360
	Mgr.	Doktorand / PhD student		00397865	300	2018: 0 2019: 0 2020: 300

VV-2018-P2.5			Zoznam riešiteľov
			List of Participants
02	Ostatní zamestnanci / Other staff	Celkový počet ostatných osôb	2
		Total number of other staff
		Súhrnná kapacita ostatných osôb v hodinách	1000
		Total capacity of other staff in hours
03	Spolu / In total	Celkový počet zamestnancov	15
		Total number of the employed staff
		Súhrnná kapacita zamestnancov v hodinách	10660
		Total capacity of the employed staff in hours

VV-2018-P2.6		Projektový manažér / Vedúci projektu (Kontaktná osoba, ak iná ako zodpovedný riešiteľ, poverená štatutárnym zástupcom žiadateľa vykonávať administratívne vedenie projektu.)
		Project Manager / Project Leader (Contact person, other than the principal investigator, authorized by the statutory representative to conduct the administrative management of the project on behalf of the applicant.)
01	Meno a priezvisko, Xxxxxx / Name and Surname, Titles
	Telefón / Phone
	Email

VV-2018-P2.7	Existujúca infraštruktúra (Opíšte existujúcu infraštruktúru, v členení podľa jednotlivých zapojených organizácií, ktorá sa bude využívať pre prácu na projekte.)
	Existing Infrastructure (Please, describe the existing infrastructure, in details, by listing all the organizations involved in the project work.)
Slovenská verzia / Slovak version: Pracovisko Neurologickej kliniky JLF UK a UNM v súčasnosti zachytáva pacientov vhodných pre uvedenú štúdiu, pričom zabezpečuje ich hospitalizáciu, terapiu, sledovanie počas terapie a kontrolné vyšetrenia. V rámci výskumnej skupiny bud klinickí pracovníci zodpovedať za výber, informovanosť a manažment pacientov. Na Rádiologickej klinike JLF UK a UNM je k dispozícii 1,5-Teslový klinický MR skener Siemens Symphony, s 8-kanálovo hlavovou cievkou a s podporou merania MR spektroskopie, fMRI a zobrazovania difúznych tenzorov. V pracovnom tíme máme biomedicínskeho fyzika s bohatými skúsenosťami so spracovaním MR signálu. Na pracovisku žiadateľskej organizácie JLF UK je na MRI merania k dispozícii MRI/MRS skener BioSpec 701/20 USR 7 od firmy Bruker, ktorý umožňuje parametrické mapovanie relaxačných časov rôznych minerálnych fáz biogénnych oxido železa.
Anglická verzia / English version: The Department of Neurology at JFMED CU and UHM is currently trapping patients eligible for the study, providing hospitalization, therapy, follow-up during therapy and screening. Within the research group, clinicians will be responsible for choosing, informing and managing patients. At the Radiology Clinic of the JFMED CU and UHM, there is a Siemens Siemens Symphony 1.5-TESL Clinical MR Xxxxxxx, with an 8-channel head coil and with the support of MR spectroscopy, fMRI and diffuse tensor imaging. In our

team, we have biomedical physicist with rich experience with MR signal processing.

At the workplace of the applicant organization JFMED CU, MRI / MRS scanner BioSpec 701/20 USR 7 T from Bruker is available for MRI measurements to allow parametric mapping of the relaxation times of different mineral phases of biogenic iron oxides.

OPISNÝ FORMULÁR PROJEKTU Príloha č. 3. 1. B.

DESCRIPTIVE PROJECT FORM Annex Nr. 3. 1. B.

VV-2018-X	Xxxxx zámer projektu
	The project charter
Identifikačné číslo projektu / Project ID	2018/11-UKMT-7
Názov projektu	Mapovanie biogénnych oxidov železa ako biomarkerov neurodegeneratívnych chorôb pomocou pokročilých metód magnetickej rezonancie
Project Title	Mapping of biogenic iron oxides as biomarkers of neurodegenerative diseases using advanced magnetic resonance methods
Akronym projektu	FerroMap
Acronym of the Project	FerroMap

VV-2018-R		Vecný zámer projektu
		The project Charter
A	Východisková situácia	V roku 1992 Kirschvink a spol. objavili v tkanive ľudského mozgu biogénne nanočastice magnetitu [1]. Krátko na to sa zvýšená koncentrácia nanočastíc oxidov železa začala spájať s prítomnosťou neurodegeneratívnych procesov v mozgu, ako je Alzheimerova choroba (AD) [2], Parkinsonova choroba (PD) [3] a Huntingtonova choroba (HD) [4], ale aj s prirodzeným starnutím mozgu [5]. Predpokladá sa, že prekurzorom vzniku týchto nanokryštálov oxidov železa v tkanive je feritín, ktorý sa transformuje ako dôsledok narušenej homeostázy železa [6]. A práve tieto nanočastice oxidov železa, najmä magnetit, svojím magnetickým momentom ovplyvňujú relaxáciu okolitých protónov, čo spôsobuje zánik signálu a vytvorenie hypointenzívnych artefaktov na T2 a T2*vážených MRI obrázkoch [7]. Biologické železo vo forme nano-rozmerných kryštálikov oxidov železa, má tak potenciál stať sa neinvazívnym biomarkerom neurodegeneratívnych procesov v mozgu. V súčasnosti žiadna takáto ucelená metodika neexistuje a jediným 100% potvrdením typu ochorenia je pitva. Napriek dosiaľ publikovaným sľubným výsledkom [8], ostáva naďalej tento prístup iba v akademickej rovine a na prechod do klinickej praxe je nevyhnutné zabezpečiť štatisticky významne porovnanie. Takisto zodpovedný riešiteľ v predchádzajúcom projekte narazil na nejednoznačnosť porovnania T2 (T2*) vážených MRI dát od zdravých a chorých subjektov s predpokladaným neurodegeneratívnym ochorením. Nevyriešenou otázkou je takisto relevantnosť tejto metodiky pre vyššie vekové skupiny subjektov. Hlavným cieľom je preto na dostatočne početnej a štruktúrovanej vzorke subjektov ukázať relevantnosť týchto predpokladov a zároveň vytvoriť ucelenú metodiku, ktorá by umožňovala zatriedenie nového subjektu (neinvazívnu diagnostiku) na základe štatistického porovnania T2 (T2*) vážených MRI obrázkov a T2 (T2*) máp.

		[1] Kirschvink JL, Xxxxxxxxx-Xxxxxxxxxx A and Xxxxxxxx BJ (1992) Magnetite biomineralization in the human brain. Proceedings National Academy of Sciences USA 00 0000-0000. [2] Xxxxxxxxx QA, Hautot D, Xxxx N and Xxxxxx J (2008) Increased levels of magnetic iron compounds in Alzheimer’s disease. Journal of Alzheimer’s Disease 13 49-52. [3] Xxxxxx JM, Xxxxx MNJ, Xxxxxxxxx RA, Xxxxxxx N and Xxxxxxxxx PD (2000) Brain iron deposition in Parkinson's disease imaged using the PRIME magnetic resonance sequence. Brain 000 0000-0000. [4] Xxxxxx W, Xxxxxx D, Xxxxxx J and Xxxxxxxxx QA (2005) Magnetic biomineralisation in Huntington's disease transgenic mice. Journal of Physics: Conference Series 17 50-53. [5] Xxxxxxxxxxx J1, Xxxxxx SS, Xxxxx M, Xxxxx A, Xxxx CE, Xxxxxx R (2007) Iron in chronic brain disorders: imaging and neurotherapeutic implications. Neurotherapeutics 4 371-86. [6] Xxxxxx J (2001) Nanoscale biogenic iron oxides and neurodegenerative disease. FEBS Letters 496 1-5 2001. [7] Xxxxx P, Xxxxxxxxx X, Xxxxxxx J (2013) Imaging of Iron. International Review of Neurobiology 110, 195-239. [8] Xxx X-X, Sun J-Z, Xxx Y-Q, Xxxx H, Xxx X (2012) Evaluation of Brain Iron Content Based on Magnetic Resonance Imaging (MRI): Comparison among Phase Value, R2* and Magnitude Signal Intensity. PLoS ONE 7(2): e31748.
	Background Situation	In 1992, Xxxxxxxxxx et al., found in human brain tissue biogenic nanoparticles of magnetite [1]. Shortly afterwards, increased levels of iron oxide nanoparticles have been associated with neurodegenerative processes in the brain such as Alzheimer's disease (AD) [2], Parkinson's disease (PD) [3] and Huntington's disease (HD) [4], but also during natural brain aging [5]. It is believed that precursor to the formation of these iron oxide nanocrystals in the tissue is ferritin, which is transformed as a result of disrupted iron homeostasis [6]. And these nanoparticles of iron oxides, especially magnetite, due to their magnetic moment, influence the relaxation of the surrounding protons, which causes the extinction of the signal and the formation of hypointensive artifacts on T2 and T2 * weighted MRI images [7]. Biological iron in the form of nano-sized iron oxide crystals has the potential to become a non-invasive biomarker of neurodegenerative processes in the brain. At present, no such comprehensive methodology exists and the only 100% confirmation of the disease is an autopsy. In spite of the promising promise so far [8], this approach remains only on the academic level, and it is essential to provide a statistically significant comparison for the transfer to clinical practice. Also, the responsible investigator in the previous project encountered the ambiguity of a comparison of the T2 (T2 *) weighted MRI data from healthy and diseased subjects with predicted neurodegenerative disease. An unresolved issue is also the relevance of this methodology for older age groups of subjects. The main objective is therefore to demonstrate the relevance of these assumptions on a sufficiently large and structured sample of subjects and to develop a comprehensive methodology that would allow the classification of a new subject (non-invasive diagnosis) based on statistical comparison T2 (T2 *) weighted MRI images and T2 (T2 * ). [1] Kirschvink JL, Xxxxxxxxx-Xxxxxxxxxx A and Xxxxxxxx BJ (1992) Magnetite biomineralization in the human brain. Proceedings National Academy of Sciences USA 00 0000-0000.

		[2] Xxxxxxxxx QA, Hautot D, Xxxx N and Xxxxxx J (2008) Increased levels of magnetic iron compounds in Alzheimer’s disease. Journal of Alzheimer’s Disease 13 49-52. [3] Xxxxxx JM, Xxxxx MNJ, Xxxxxxxxx RA, Xxxxxxx N and Xxxxxxxxx PD (2000) Brain iron deposition in Parkinson's disease imaged using the PRIME magnetic resonance sequence. Brain 000 0000-0000. [4] Xxxxxx W, Xxxxxx D, Xxxxxx J and Xxxxxxxxx QA (2005) Magnetic biomineralisation in Huntington's disease transgenic mice. Journal of Physics: Conference Series 17 50-53. [5] Xxxxxxxxxxx J1, Xxxxxx SS, Xxxxx M, Xxxxx A, Xxxx CE, Xxxxxx R (2007) Iron in chronic brain disorders: imaging and neurotherapeutic implications. Neurotherapeutics 4 371-86. [6] Xxxxxx J (2001) Nanoscale biogenic iron oxides and neurodegenerative disease. FEBS Letters 496 1-5 2001. [7] Xxxxx P, Xxxxxxxxx X, Xxxxxxx J (2013) Imaging of Iron. International Review of Neurobiology 110, 195-239. [8] Xxx X-X, Sun J-Z, Xxx Y-Q, Xxxx H, Xxx X (2012) Evaluation of Brain Iron Content Based on Magnetic Resonance Imaging (MRI): Comparison among Phase Value, R2* and Magnitude Signal Intensity. PLoS ONE 7(2): e31748.
B	Ciele projektu	Hlavným cieľom projektu je štatisticky signifikantne preukázať dôveryhodnosť použitia MRI vyšetrenia pri neinvazívnej diagnostike rôznych typov neurodegeneratívnych ochorení (Skleróza multiplex - SM, Alzhaimerova choroba - AD, Parkinsonova choroba - PD, amyotrofická laterálna skleróza - ALS) a vytvoriť ucelenú metodiku na takéto vyšetrenie. Myšlienka, s cieľom využiť magnetické vlastnosti nanočastíc oxidov železa, ktoré sa v zvýšenej miere akumulujú v tkanive mozgu pri neurodegeneratívnych ochoreniach ako neinvazívny biomarker týchto procesov, už bola načrtnutá v roku 2004 [1]. Avšak napriek uplynutému času a návrhu viacerých postupov [2] stále neexistuje ucelená metodika, ktorá by umožňovala využitie MRI techník na neinvazívnu diagnostiku neurodegeneratívnych procesov. Hlavným problémom je nedostatočná štatistické preukázanie vhodnosti tejto metodiky najmä pre vyššie vekové skupiny, pri ktorých dochádza k prirodzenej akumulácii železa bez neurodegeneratívnych procesov. Našim zámerom je preto s využitím biogénnych nanočastíc oxidov železa ukázať na dostatočne početnej a štruktúrovanej vzorke subjektov, relevantnosť týchto predpokladov a zároveň vytvoriť ucelenú metodiku, ktorá by umožňovala zatriedenie nového subjektu (neinvazívnu diagnostiku) na základe štatistického porovnania T2 (T2*) vážených MRI obrázkov a T2 (T2*) máp.
		[1] Xxxxxxx XX, Xxxxxxxxx EA (2004) High-field magnetic resonance imaging of brain iron: birth of biomarker? NMR in Biomedicine 00 000-000. [2] Xxx X-X, Sun J-Z, Xxx Y-Q, Xxxx H, Xxx X (2012) Evaluation of Brain Iron Content Based on Magnetic Resonance Imaging (MRI): Comparison among Phase Value, R2* and Magnitude Signal Intensity. PLoS ONE 7(2): e31748.
	Objectives of the Project	The main objective of the project is to scientifically prove the credibility of the use of MRI examinations in the non-invasive diagnostics of various types of neurodegenerative diseases (Multiple sclerosis - MS, Alzheimer's disease - AD, Parkinson's disease - PD, amyotrophic lateral sclerosis - ALS), and to develop a robust methodology for such examination. This idea, to utilize the magnetic properties of nanoparticles of iron oxides, which are

		increasingly accumulated in brain tissue in neurodegenerative diseases as a non-invasive biomarker of these processes, was already outlined in 2004 [1]. However, despite the time and design of multiple procedures [2], there is still no comprehensive methodology that would allow the use of MRI techniques for the non-invasive diagnostics of neurodegenerative processes. The main problem is the insufficient statistical demonstration of the suitability of this methodology, especially for older age groups, where natural iron accumulation occurs without neurodegenerative processes. Our intention is therefore to show with a sufficiently large and structured sample of subjects, using the biogenic nanoparticles of iron oxides, the relevance of these assumptions and to create a coherent methodology that would allow the classification of a new subject (noninvasive diagnostics) based on a statistical comparison of T2 (T2 *) weighted MRI images and T2 (T2 *) maps. [1] Xxxxxxx XX, Xxxxxxxxx EA (2004) High-field magnetic resonance imaging of brain iron: birth of biomarker? NMR in Biomedicine 00 000-000. [2] Xxx X-X, Sun J-Z, Xxx Y-Q, Xxxx H, Xxx X (2012) Evaluation of Brain Iron Content Based on Magnetic Resonance Imaging (MRI): Comparison among Phase Value, R2* and Magnitude Signal Intensity. PLoS ONE 7(2): e31748.
C	Relevantnosť k oblastiam podporovaným v danom roku	Predkladaný návrh projektu je v plnom súlade s podporovanou oblasťou schválenou pre daný rok a to: Hlavný trend - inovatívne diagnostické a terapeutické postupy a produkty personalizovanej medicíny Produktová línia - včasná, rýchla a validná diagnostika V návrhu projektu sa jedná o identifikáciu biologického železa ako biomarkera pre neinvazívnu diagnostiku neurodegeneratívnych ochorení (AD, PD, SM, ALS) pomocou vysoko-špecializovaných MRI techník.
	Relevance to the supported priority area(s) for the current year	The submitted project proposal is in full compliance with the approved area approved for the year, namely: Main trend - Innovative diagnostic and therapeutic procedures and personalized medicine products Product line - Early, fast and valid diagnostics The project proposal identifies biological iron as a biomarker for the non-invasive diagnostics of neurodegenerative diseases (AD, PD, SM, ALS) using highly specialized MRI techniques.
D	Potenciálny dopad Vami dosiahnutých výsledkov na medicínsku prax	V súčasnosti stále neexistuje neinvazívna diagnostická metóda, ktorá by bola schopná vierohodne odhaliť neurodegeneratívne procesy v tkanive mozgu. Potenciál techník magnetickej rezonancie v tejto oblasti bol načrtnutý už v roku 2004, ale stále neexistujú štúdie, ktoré by umožnili klinické využitie tejto metodiky. Navrhovaný projekt má za cieľ ukázať vedeckú vierohodnosť použitia metód magnetickej rezonancie (analýza T2 (T2*) vážených obrázkov a T2 (T2*) máp) pri diagnostike neurodegeneratívnych procesov (AD, PD, SM) v tkanive mozgu. Hlavnou výhodou metodiky je jej neinvazívnosť a potenciál na špecifickú diagnostiku (či AD, PD, alebo SM) vzniku neurodegeneratívnych procesov v tkanive už v prvotných štádiách, oproti v súčasnosti existujúcim metodikám, ktoré sa spoliehajú najmä na vonkajšie prejavy ochorenia.
	Potential impact of your results for the clinical practice	Currently, there still does not exist a noninvasive diagnostic methodology that would be able to reliably detect neurodegenerative processes in brain tissue. The potential of magnetic resonance imaging techniques in this field was outlined in 2004, but there are still no studies that would allow clinical use of

		this methodology. The proposed project aims to demonstrate the scientific credibility of using highly specialized magnetic resonance imaging techniques (T2 (T2 *) weighted imaging and T2 (T2 *) mapping) in diagnostics of neurodegenerative processes (AD, PD, SM) in the brain tissue. The main advantage of the methodology is its non-invasiveness and potential for the specific diagnostics (whether AD, PD, or SM) of neurodegenerative processes in the tissues already in the early stages, compared with the existing methods that rely heavily on external manifestations of the disease.
E	Vedecko-technologická excelentnosť	Pri diagnostike neurodegeneratívneho ochorenia, ako je AD, PD, alebo SM sa súčasná klinická prax spolieha najmä na diagnostiku vonkajších prejavov ochorenia. V roku 2003 Hautot a kol. prišli so štúdiou, ktorá spojila prítomnosť neurodegeneratívnych procesov s akumuláciou nanočastíc oxidov železa v tkanive mozgu [1]. Vzápätí na to sa objavil návrh využitia magnetických vlastností týchto častíc a ich vplyv na MRI signál v neinvazívnej diagnostike neurodegeneratívnych procesov [2]. Napriek niekoľkým štúdiám sa však doteraz nepodarilo pretaviť tieto návrhy do klinickej praxe a ustanoviť tak biologické železo ako biomarker neurodegeneratívnych procesov. Cieľom navrhovaného projektu je preto ukázať na štatisticky významnej vzorke subjektov (>100 pre každú sledovanú kategóriu [3]) možnosť použitia navrhovaných MRI techník (analýza T2 (T2*) vážených obrázkov a T2 (T2*) máp) na neinvazívnu diagnostiku neurodegeneratívnych procesov v mozgu, vrátane špecificity ochorenia. Subjekty budú rozdelené podľa veku, diagnózy a progresu ochorenia, vrátane vekovo podobnej kontrolnej skupiny. In-vivo závery budú navyše podporené in-vitro štúdiami na tkanive mozgu s využitím špičkového 7T MRI experimentálneho skenera. [1] Hautot D, Xxxxxxxxx QA, Xxxx N, Xxxxxx J (2003) Preliminary evaluation of nanoscale biogenic magnetite in Alzheimer's disease brain tissue. Proc Biol Sci. 270 Suppl 1:S62-64. [2] Xxxxxxx XX, Xxxxxxxxx EA (2004) High-field magnetic resonance imaging of brain iron: birth of biomarker? NMR in Biomedicine 00 000-000. [3] Xxxxxxxx M, Xxxxxxx X, Xxxxxx M, et al. (2017) Comparison of iron oxide-related MRI artifacts in healthy and neuropathological human brain tissue Acta Phys Pol A 000 0000-0000
	Scientific and Technological Excellence	In the diagnosis of neurodegenerative diseases such as AD, PD, or SM, current clinical practice relies heavily on the diagnosis of external manifestations of the disease. In 2003, Xxxxxx et al. have come up with a study that combined the presence of neurodegenerative processes with the accumulation of iron oxide nanoparticles in brain tissue [1]. A suggestion has been made, to use the magnetic properties of these particles and their influence on the MRI signal in the non-invasive diagnostics of neurodegenerative processes [2]. Despite several studies, however, it has not yet been possible to translate these proposals into clinical practice and to establish biologic iron as a biomarker of neurodegenerative processes. The aim of the proposed project is, therefore, with a use of a statistically significant number of subjects (>100 for each examined group [3]), to demonstrate the possibility of using proposed MRI techniques (T2 (T2 *) weighted images and T2 (T2 *) maps) on a non-invasive diagnosis of neurodegenerative processes in the brain. The subjects would be divided according to the age, diagnosis, and progression of the disease, including the age-related control group of subjects. In-vivo findings will be further

		supported by in-vitro studies on brain tissue using a top 7T MRI experimental scanner. [1] Hautot D1, Xxxxxxxxx QA, Xxxx N, Xxxxxx J (2003) Preliminary evaluation of nanoscale biogenic magnetite in Alzheimer's disease brain tissue. Proc Biol Sci. 270 Suppl 1:S62-64. [2] Xxxxxxx XX, Xxxxxxxxx EA (2004) High-field magnetic resonance imaging of brain iron: birth of biomarker? NMR in Biomedicine 00 000-000. [3] Xxxxxxxx M, Xxxxxxx X, Xxxxxx M, et al. (2017) Comparison of iron oxide-related MRI artifacts in healthy and neuropathological human brain tissue Acta Phys Pol A 000 0000-0000
F	Inovatívnosť projektu	V súčasnosti neexistuje v SR ani inde vo svete klinická metodika schopná neinvazívnej diagnostiky neurodegeneratívnych patologických procesov. Diagnostika neurodegeneratívnych ochorení sa opiera najmä o klinické prejavy ochorenia a jediným 100 % potvrdením typu ochorenia je pitva. Nami navrhovaná MRI metodika má potenciál pomocou štatistickej analýzy T2-vážených MRI dát zaraďovať subjekty do fyziologickej alebo patologickej skupiny, ešte pred samotným klinickým prejavom ochorenia. Je to v dôsledku faktu, že k patologickej akumulácii železa v tkanive dochádza ešte pred samotnou stratou kognitívnych funkcií [1]. Pridanú hodnotu navrhovaného projektu tvorí taktiež parametrické mapovanie relaxačného času T2 (T2*) umožňujúce získanie ďalších prognostických biomarkerov skúmaného tkaniva. Pri mapovaní tkaniva sa meria viac MRI obrazov s rôznym vážením pre všetky rezy tkanivom. Z takéhoto množstva dátových bodov pre každý pixel je možné priemerovaním získať presnú hodnotu parametra T2 (T2*) vo zvolenom vyšetrovanom bode [2]. Hodnoty T2 sú korelované so zastúpením pomaly sa pohybujúcej frakcie molekúl vody v danej vzorke [3]. Čím je v danom roztoku viac pomaly sa pohybujúcich makromolekúl viažucich na seba vodu, tým je nižšia hodnota T2. Hodnota T2* viac súvisí s nehomogenitami statického magnetického poľa, primárne spôsobeného prítomnosťou depozitov kovových iónov. Predpokladá sa, že napríklad progresia SM súvisí s ukladaním železnatých iónov v tkanive mozgu, čo vedie ku bunkovej apoptóze a degradácii tkaniva [4]. Preto aj spomenuté relaxačné časy v postihnutom tkanive dosahujú iné hodnoty ako v zdravom, pričom tieto hodnoty súvisia so zmenami chemického zloženia prostredia [5]. Počítačovo vyhodnotené relaxometrické parametre tak môžu poukázať na patologické štrukturálne zmeny v tkanive skôr, než sa stanú markantými [6]. [1] Xxxxxxx R.J., Xxxxx X., Xxxxxxxxx X.X., et al., 2012. Clinical and biomarker changes in dominantly inherited Alzhemer's disease. N. Engl. J. Med. 367, 795-804. [2] Xxxxx, M.A. a kol. 2003. MRI- Basic Principles and Applications, third edition; Wiley-Liss, ISBN: 0-471 43310-1 [3] Xxxxxxxxx, D. a kol.2009 The correlation between 1H MRS xxxxxxx concentrations and MR diffusion trace values in human brain tumors. Magnetic Resonance Materials in Physics, Biology and Medicine. Volume 22, Number 1 19-31 [4] Xxxxxx, X. a kol. 2013. Iron deposition in the precentral grey matter in patients with multiple sclerosis: A quantitative study using susceptibility-weighted imaging. European Journal of Radiology. 82(2), 95-99 [5] Xxxxx, X. a kol. 2002, Diffusion Tensor MR Imaging of High-

		Grade Cerebral Glioma. AJNR Am J Neuroradiol 23:520–527
		[6] Xxxxxxx J.H., X.X. Xxxxxxx x P.B. Xxxxxx. 2010. Clinical MR Neuroimaging: Physiological and Functional Techniques. Cambridge: Cambridge University Press, 2010
	The Project Innovation	Currently, there does not exist in SR or elsewhere in the world a clinical methodology capable of non-invasive diagnostics of neurodegenerative pathological processes. Diagnosis of neurodegenerative diseases is based mainly on clinical manifestations of the disease and the only 100% confirmation of the disease type is an autopsy. Our proposed MRI methodology has the potential, by statistical analysis of T2-weighted MRI data, to include subjects into a physiological or pathological group before the clinical manifestation of the disease itself. This is due to the fact that the pathological accumulation of iron in the tissue occurs even before the loss of cognitive functions [1]. The added value of the proposed project is also a parametric mapping of the relaxation time T2 (T2 *) allowing the acquisition of other prognostic biomarkers of the examined tissue. When mapping the tissue, multiple MRI images with different weighing are measured for all tissue sections. From such a number of data points for each pixel, the exact value of the parameter T2 (T2 *) can be obtained by the diameter by the selected test point [2]. T2 values are correlated with the representation of the slowly moving fraction of water molecules in a given sample [3]. The more slowly moving macromolecules that are water-bound in the solution, the lower the T2 value. The T2 * value is more related to the non-homogeneities of the static magnetic field, primarily due to the presence of metal ions deposits. It is believed that, for example, SM progression is associated with the deposition of iron ions in the brain tissue, leading to cellular apoptosis and tissue degradation [4]. Therefore, the relaxation times mentioned in the affected tissue also reach other values than in healthy ones, these values being related to changes in the chemical composition of the environment [5]. Computer-processed relaxometric parameters can thus point to pathological structural changes in tissue before they become markers [6].
		[1] Xxxxxxx R.J., Xxxxx X., Xxxxxxxxx X.X., et al., 2012. Clinical and biomarker changes in dominantly inherited Alzhemer's disease. N. Engl. J. Med. 367, 795-804.
		[2] Xxxxx, M.A. a kol. 2003. MRI- Basic Principles and Applications, third edition; Wiley-Liss, ISBN: 0-471 43310-1
		[3] Xxxxxxxxx, D. a kol.2009 The correlation between 1H MRS xxxxxxx concentrations and MR diffusion trace values in human brain tumors. Magnetic Resonance Materials in Physics, Biology and Medicine. Volume 22, Number 1 19-31
		[4] Xxxxxx, X. a kol. 2013. Iron deposition in the precentral grey matter in patients with multiple sclerosis: A quantitative study using susceptibility-weighted imaging. European Journal of Radiology. 82(2), 95-99
		[5] Xxxxx, X. a kol. 2002, Diffusion Tensor MR Imaging of High- Grade Cerebral Glioma. AJNR Am J Neuroradiol 23:520–527
		[6] Xxxxxxx X.X., X.X. Xxxxxxx x P.B. Xxxxxx. 2010. Clinical MR Neuroimaging: Physiological and Functional Techniques. Cambridge: Cambridge University Press, 2010

G	Pracovné činnosti (aktivity a časový harmonogram)	Pracovné aktivity v návrhu projektu môžeme chronologicky rozdeliť do piatich pracovných balíkov, aj keď tie sa v priebehu riešenia projektu budú viac-menej prekrývať, pretože so vzrastajúcim počtom vyšetrených subjektov sa bude spresňovať aj diagnostika: 1. pracovný balík - neurologický Výber vhodných subjektov neurológom. Pri výbere sa musí zohľadniť niekoľko kritérií. Prvým kritériom je dostatočný počet subjektov v každej vekovej kategórii, tak aby to spĺňalo štatistické kritériá. V konzultácií s neurológom budú vytvorené najvhodnejšie vekové skupiny subjektov, kde sa bude brať do úvahy špecifikum ukladania biologického železa aj pri prirodzenom starnutí mozgu. 2. pracovný balík - rádiologický merací Vybraté subjekty z predchádzajúceho balíka podstúpia štandardné a parametrické MRI vyšetrenie pomocou T2 (T2*) vážených protokolov na Rádiologickej klinike UNM. S cieľom spresnenia klinických meraní budú na pracovisku JLF UK prebiehať simultánne merania in-vitro vzoriek s koncentračným gradientom oxidov železa nájdených v patologickom tkanive. 3. pracovný balík - rádiologický vyhodnocovací Namerané dáta sa prvotne spracujú a vytriedia s cieľom vytvorenia prehľadnej databázy dát, ktorá sa bude ďalej štatisticky spracovávať. 4. pracovný balík – štatistický Spracované a vytriedené dáta sa štatisticky spracujú a vyhodnotia. 5. pracovný balík – metodologický Štatisticky spracované dáta sa zanalyzujú s cieľom vytvorenia metodiky zatriedenia nového vyšetrovaného subjektu do fyziologickej alebo patologickej skupiny.
	Work Activities (activities and time schedule)	Project work activities can be chronologically divided into five work packages, although they will overlap in the course of the project because with the increasing number of investigated subjects , diagnostics will be more precise: 1. work package - neurological Selection of suitable subjects by the neurologist. Several criteria must be taken into account when selecting. The first criterion is a sufficient number of subjects in each age category to meet the statistical criteria. Consultation with the neurologist will create the most appropriate age groups of subjects, taking into account the specificity of biological iron deposition even in natural brain aging. 2. work package - radiological measurement Selected subjects from the precursor pack undergo standard and parametric MRI examinations using T2 (T2 *) weighted protocols at the Radiological Clinic UHM. In order to refine the clinical measurements, there will be simultaneously performed in-vitro measurements of the iron oxides concentration gradients found in pathological tissue at the JFM CU. 3. work package - radiological evaluation The measured data is first processed and sorted to create a transparent database of data that will be further processed statistically. 4.  work package - statistical Processed and sorted data are statistically processed and evaluated.

		5. work package - methodological Statistical data will be analyzed to create a methodology for classifying a new investigated subject into a physiological or pathological group.
H	Výsledky projektu	Očakávaným výsledkom projektu je potvrdenie, alebo vyvrátenie hypotézy, že akumulované biologické železo sa dá použiť ako neinvazívny biomarker neurodegeneratívnych ochorení pomocou štandardných MRI techník. Spresnením by malo byť pre aké vekové skupiny to platí, pretože k akumulácií železa dochádza aj fyziologickým starnutím organizmu. Pridanou hodnotou by bola možnosť odlíšenia jednotlivých typov ochorení od seba (AD, PD, SM). Výsledky projektu budú zároveň použité v dizertačnej práci Xxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxxx, spoluriešiteľky projektu.
	Project Results	The expected outcome of the project is to confirm or rebut the hypothesis that accumulated biological iron can be used as a non- invasive biomarker of neurodegenerative diseases using standard and specialized MRI techniques. It should be an indication of what age groups it is valid because the accumulation of iron also occurs through the physiological aging of the organism. The added value would be to distinguish between different types of diseases from one another (AD, PD, SM). The results of the project will be also used in the dissertation thesis of Xxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, co- investigator of the project.
I	Prínosy projektu	Hlavný spoločenský prínos je najmä v možnosti neinvazívnej diagnostiky neurodegeneratívnych procesov v tkanive, ktorá by mohla slúžiť ako doplnok a časom aj ako primárna diagnostická metóda diagnostiky skorých štádií neurodegeneratívnych ochorení, vrátane možnosti ich odlíšenia.
	Project Benefits	The main social benefit is the possibility of a non-invasive diagnostics of neurodegenerative processes in the tissue, which could serve as a supplement and after the time also as a primary diagnostic method for the diagnosis of early stages of neurodegenerative diseases, including the possibility of their differentiation.
J	Iné realizované projekty v danej oblasti	Názov projektu: Vývoj diagnostického nástroja pre kvantitatívne MRI zobrazovanie biogénneho železa v klinickej praxi Grantová schéma: APVV (číslo APVV-0431-12) Roky: 2013 – 2016 Rozpočet: 465 178 EUR Pozícia: Zodpovedný riešiteľ Výsledky: softvérový nástroj FerroQuant na spracovanie a analýzu MRI dát Názov projektu: Meracie a zobrazovacie metódy založené na magnetickej rezonancii pre materiálový a biomedicínsky výskum Grantová schéma: VEGA (číslo 2/0090/11) Roky: 2011 – 2013 Rozpočet: NA Pozícia: Spoluriešiteľ Výsledky: metodika na zobrazovanie oxidov železa
	Other Projects implemented in this area	Project title: Development of a diagnostic tool for quantitative MRI imaging of biogenic iron in clinical practice Grant Scheme: APVV (APVV-0431-12) Years: 2013 - 2016 Budget: 465 178 EUR Position: Principal investigator Results: software package FerroQuant for processing and analysis of MRI data

		Project title: Measurement and imaging methods based on magnetic resonance for material and biomedical research Grant Scheme: VEGA (Number 2/0090/11) Years: 2011 - 2013 Budget: NA Position: Co-investigator Results: methodology for iron oxides imaging
K	Analýza rizík	Realizáciu projektu môže ohroziť jedine nedostatočný počet subjektov v patologickej i kontrolnej skupine vo všetkých vybraných vekových kategóriách.
	Risk Analysis	Implementation of the project may endanger only the insufficient number of subjects in the pathological and control group in all selected age categories.
L	Predpoklad vzniku patentov a stanovisko k otázke duševného vlastníctva	Výsledky tejto štúdie budeme publikovať a voľne šíriť tak, aby boli v súlade s princípmi slobody dostupné čo najširšej vedeckej verejnosti.
	If patent protection foreseen? Your statement on the issue of intellectual property.	We will publish and disseminate the results of this study in a manner consistent with the principles of freedom available to the widest possible scientific community.
M	Informovanosť	Diseminácia výsledkov: Odborná – vedecké publikácie, účasť na konferenciách. Laická – populárno-vedecké články, blogy, prezentácia na podujatiach ako Noc výskumníkov, Den otvorených dveri a pod.
	Awareness	Disemination of results: Scientific - scientific publications, participation in conferences. Public - popular science articles, blogs, presentations at events such as Night of Researchers, Open Doors Day, and more.

VV-2018-R-EK	V prípade potreby efektívna spolupráca s Etickou komisiou
	When necessary the effective cooperation with Ethics Committe
Slovenská verzia / Slovak version:	Projekt bude v prípade schválenia a pred samotnou realizáciou predložený na schválenie Etickej komisii JLF UK. Relevantný doklad o schválení bude následne predložený ako súčasť 1. priebežnej správy projektu.
Anglická verzia / English version:	In case of acceptance, the project will be submitted for approval to the Ethics Committee JFMED UK, prior to its actual implementation. The relevant approval document will then be submitted as part of the 1st progress report of the project.