DELIBERAZIONE N. 899 DEL 15/10/2019 OGGETTO: PRESA D'ATTO DELLA CONVENZIONE E ACCETTAZIONE FINANZIAMEN- TO DI EURO 11.125,12 PER LA REALIZZAZIONE DEL PROGETTO DI RICERCA FINAN- ZIATO DAL MINISTERO DELLA SALUTE DAL TITOLO "GENOMICS RETE ONCOLOGI- CA WG...
DELIBERAZIONE N. 899 DEL 15/10/2019 | |
OGGETTO: PRESA D'ATTO DELLA CONVENZIONE E ACCETTAZIONE FINANZIAMEN- TO DI EURO 11.125,12 PER LA REALIZZAZIONE DEL PROGETTO DI RICERCA FINAN- ZIATO DAL MINISTERO DELLA SALUTE DAL TITOLO "GENOMICS RETE ONCOLOGI- CA WG 9 SARCOMI", NELL'AMBITO DEL PROGETTO DI ALLEANZA CONTRO IL CAN- CRO - ACC, RETE ONCOLOGICA DEGLI IRCCS CUP N. D36C18002000001 EROGATO AGLI IFO-ISTITUTO NAZIONALE TUMORI XXXXXX XXXXX TRAMITE L'ISTITUTO OR- TOPEDICO RIZZOLI, RESPONSABILE SCIENTIFICO IRE, DR.SSA XXXX XXXXXXXX. | |
Esercizi/o 2019 - Conto 401030301 | STRUTTURA PROPONENTE Servizio Amministrativo della Ricerca Il Dirigente Responsabile Xxxxxx Xxxxxxx Responsabile del Procedimento Xxxxxx Xxxxxxx L’Estensore Catia Minutiello Proposta n° DL-924-2019 |
Centri/o di costo 319420 CUP D36C18002000001 | |
- Importo presente Atto: € 11.125,12 | |
- Importo esercizio corrente: € . | |
Budget | |
- Assegnato: € . | |
- Utilizzato: € . | |
- Residuo: € . | |
Autorizzazione n°: . | |
Servizio Risorse Economiche: Xxxxx Xxxxxxxx | |
PARERE DEL DIRETTORE SANITARIO | PARERE DEL DIRETTORE AMMINISTRATIVO |
Positivo | Positivo |
Data 14/10/2019 | Data 11/10/2019 |
IL DIRETTORE SANITARIO Xxxxxx Xxxxxxx | IL DIRETTORE AMMINISTRATIVO Xxxxx Xxxxxxxxx |
Xxxxxx del Direttore Scientifico IRE Xxxxxxx Xxxxxxxxx data 03/10/2019 Positivo Parere del Direttore Scientifico ISG Segreteria Direzione Scientifica ISG data 03/10/2019 Assente | |
La presente deliberazione si compone di n° 6 pagine e dei seguenti allegati che ne formano parte integrante e sostanziale: - Convenzione | |
Il Dirigente della Servizio Amministrativo della Ricerca
Visto il decreto legislativo 30 dicembre 1992, n. 502 e successive modificazioni ed in- tegrazioni;
il decreto legislativo 16 ottobre 2003, n. 288;
Vista la legge regionale del 23 gennaio 2006, n. 2;
Visto il D.M. del Ministero della Salute del 3 aprile 2017 di conferma del riconosci- mento del carattere scientifico dell’IRCCS di diritto pubblico a Istituti Fisiote- rapici Ospitalieri relativamente alla disciplina di “oncologia” per l’Istituto Na- zionale Tumori Regina Xxxxx;
l’art. 7 del decreto legislativo 16 ottobre 2003 n. 288 che contempla le diverse tipologie di ricavi degli IRCCS;
Premesso che il Ministero della Salute con messaggio Workflow Ricerca ID 2018/013100 del 28 novembre 2018 ha comunicato che, nel riparto della Ricerca Corrente 2018, è stato disposto che una parte del fondo sia assegnato alle attività delle "Reti IRCCS" per il proseguimento del lavoro impostato da ciascuno dei Wor- king Group (WG) di Alleanza Contro il Cancro (ACC) negli anni 2017 e 2018;
che nell'ambito del progetto "Alleanza Contro il Cancro – ACC" il Ministero della Salute ha assegnato un importo di euro 116.500,00 al progetto “GENO- MICS RETE ONCOLOGICA WG 7 SARCOMI”, coordinato dalla Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx, Direttore ff della SC Laboratorio di Oncologia Sperimentale di Istituto Ortopedico Rizzoli (IOR), per la definizione Diagnostica dei Sarcomi di difficile caratterizzazione genetica attraverso la tecnologica NGS;
che alla realizzazione del progetto di cui al “WG7 SARCOMI”, partecipano – oltre a IOR - anche i seguenti Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifi- co:
•Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori;
•Ospedale Pediatrico Bambino Gesù;
•Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Regina Elena;
•Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx;
•Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo;
•I.O.V. Istituto Oncologico Veneto;
•Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori - Milano;
•Centro di Riferimento Oncologico di Xxxxxx;
Considerato che, per la disciplina dei reciproci rapporti, è stata predisposta e firmata digital- mente dal Legale Rappresentante di ciascuno degli IRCCS partecipanti al pro- getto una convenzione che, allegata in copia al presente atto, ne costituisce par- te integrante e sostanziale;
che nell’Allegato n. 2 (Budget di Progetto), parte integrante della predetta con- venzione, è stata prevista la ripartizione del finanziamento di euro 116.500,00 tra gli IRCCS partecipanti, secondo il seguente schema:
IRCCS COINVOLTI NEL PROGETTO | Totale Fi- nanziamen- to |
Istituto Ortopedico Rizzoli (IOR) Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori, Milano (INT) Centro di Riferimento Oncologico, Aviano (CRO) | € 49.749,26 |
Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori, Meldola (IRST) | € 11.125,13 |
Ospedale Pediatrico Bambino Gesù, Roma (OPBG) | € 11.125,13 |
IFO Istituto Nazionale Tumori Regina Elena, Roma (IFO-IRE) | € 11.125,12 |
Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx, (INTNA) | € 11.125,12 |
Fondazione del Piemonte per l’Oncologia di Candiolo (FPO) | € 11.125,12 |
Istituto Oncologico Veneto (IOV) | € 11.125,12 |
Totale | € 116.500,00 |
che lo IOR trasferirà agli IRCCS coinvolti la rispettiva quota di finanziamento, secondo lo schema suindicato e secondo le modalità previste dall’art. 4.3 e 4.4 della predetta convenzione;
che il responsabile scientifico delle attività del progetto individuato per IFO- IRE è la Dr.ssa Xxxx Xxxxxxxx;
che le attività progettuali dovranno concludersi entro il 31 dicembre 2019;
che, al termine dell’attività di ricerca, dovrà essere prodotta una relazione fina- le sull’attività scientifica svolta nel corso del progetto di ricerca, unitamente alla rendicontazione economica secondo il modello Allegato n. 3 parte inte- grante della predetta convenzione;
che il piano finanziario approvato per il progetto prevede l’utilizzo dell’intera quota riconosciuta agli IFO-IRE per l’acquisto di materiale di consumo e non prevede alcuna quota a titolo di overhead;
che il codice CUP del progetto, oggetto del presente atto, è D36C18002000001;
Ritenuto opportuno prendere atto della convenzione siglata digitalmente dai Legali Rappresentanti degli IRCCS per la realizzazione del progetto finanziato dal Ministero della Sa- lute dal titolo “GENOMICS RETE ONCOLOGICA WG 9 SARCOMI”
nell’ambito del progetto di "Alleanza Contro il Cancro – ACC, Rete Oncologica degli IRCCS” e accettare il finanziamento complessivo assegnato agli IFO-IRE di Euro 11.125,12, con Responsabile Scientifico per lo svolgimento delle attivi- tà progettuali, la Dr.ssa Xxxx Xxxxxxxx, CUP D36C18002000001;
Attestato che il presente provvedimento, a seguito dell’istruttoria effettuata, nella forma e nella sostanza è totalmente legittimo e utile per il servizio pubblico, ai sensi dell’art. 1 della Legge 14 gennaio 1994, n. 20 e successive modifiche, nonché alla stregua dei criteri di economicità e di efficacia di cui all’art. 1, primo com- ma, della Legge del 7 agosto 1990, n. 241, come modificata dalla Legge 11 febbraio 2005, n. 15;
Attestato in particolare, che il presente provvedimento è stato predisposto nel pieno ri- spetto delle indicazioni e dei vincoli stabiliti dai decreti del Commissario ad
acta per la realizzazione del Piano di Rientro dal disavanzo del settore sanitario della Regione Lazio;
Propone
Per i motivi di cui in narrativa che si intendono integralmente confermati di:
• prendere atto della convenzione siglata digitalmente dai Legali Rappresentanti degli IRCCS per la realizzazione del progetto finanziato dal Ministero della Salute dal titolo “GE- NOMICS RETE ONCOLOGICA WG 9 SARCOMI” nell’ambito del progetto di "Alleanza Contro il Cancro – ACC, Rete Oncologica degli IRCCS” e accettare il finanziamento com- plessivo assegnato agli IFO-IRE di Euro 11.125,12, con Responsabile Scientifico per lo svolgimento delle attività progettuali, la Dr.ssa Xxxx Xxxxxxxx, CUP D36C18002000001
• dare mandato al Servizio Risorse Economiche di iscrivere al piano dei conti n. 401030301 la somma di Euro 11.125,12 (undicimilacentoventicinque/12);
La UOSD Servizio Amministrativo per la Ricerca curerà tutti gli adempimenti per l’esecuzione della presente deliberazione.
Il Dirigente della Servizio Amministrativo della Ricerca Xxxxxx Xxxxxxx
Il Direttore Generale
Visto il decreto legislativo 30 dicembre 1992, n. 502 e successive modificazioni ed integrazioni; Visto il decreto legislativo 16 ottobre 2003, n. 288;
Vista la legge regionale 23 gennaio 2006, n. 2;
In Virtù dei poteri conferitigli dal Presidente della Regione Lazio con Decreto del 23 novembre 2016, n. T00248;
Preso atto che il Dirigente proponente il presente provvedimento, sottoscrivendolo, attesta che lo stesso a seguito dell’istruttoria effettuata, nella forma e nella sostanza è totalmente legitti- mo e utile per il servizio pubblico, ai sensi della legge 14 gennaio 1994, n. 20 art. 1 e suc- cessive modifiche, nonché alla stregua dei criteri di economicità e di efficacia di cui alla legge 7 agosto 1990, n. 241 art. 1, primo comma come modificata dalla legge 11 febbraio
2005, n. 15;
Preso atto altresì che il Dirigente proponente il presente provvedimento, sottoscrivendolo attesta, in particolare, che lo stesso è stato predisposto nel pieno rispetto delle indicazioni e dei vinco- li stabiliti dai decreti del Commissario ad acta per la realizzazione del Piano di Rientro dal disavanzo del settore sanitario della Regione Lazio;
Visto il parere favorevole del Direttore Amministrativo e del Direttore Sanitario Aziendale; ritenuto di dover procedere;
Delibera
di approvare la proposta così formulata concernente “PRESA D'ATTO DELLA CONVENZIONE E ACCET- TAZIONE FINANZIAMENTO DI EURO 11.125,12 PER LA REALIZZAZIONE DEL PROGETTO DI RICERCA FINAN- ZIATO DAL MINISTERO DELLA SALUTE DAL TITOLO "GENOMICS RETE ONCOLOGICA WG 9 SARCOMI", NELL'AMBITO DEL PROGETTO DI ALLEANZA CONTRO IL CANCRO - ACC, RETE ONCOLOGICA DEGLI IRCCS CUP N. D36C18002000001 EROGATO AGLI IFO-ISTITUTO NAZIONALE TUMORI REGINA XXXXX TRAMITE L'ISTITUTO ORTOPEDICO RIZZOLI, RESPONSABILE SCIENTIFICO IRE, DR.SSA XXXX XXXXXXXX.” e di ren-
derla disposta.
Il Direttore Generale Xxxx. Xxxxxxxxx Xxxx di Meana
Documento firmato digitalmente ai sensi del D.Lgs 82/2005 s.m.i. e norme collegate
TRA
L’IRCCS “ISTITUTO ORTOPEDICO RIZZOLI” (di seguito nominato anche IOR)
– SC Laboratorio di Oncologia Sperimentale, con sede in Bologna, Via di Barbiano n. 1/10 – CAP 40136, C.F. e P.I. 00302030374, legalmente rappresentato dal Direttore Generale Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx, nato a Bologna il 25/08/1955;
e:
Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS, (di seguito nominato anche IRST), con sede legale in Meldola (FC) Via Xxxxx Xxxxxxxxxx n. 40 - CAP 47014, C.F. e P.I.: 03154520401, legalmente rappresentata dal Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx, in qualità di Direttore Generale, nato a Medicina (BO) il 03/04/1959;
Ospedale Pediatrico Bambino Gesù - Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (di seguito nominato anche “OPBG”), con sede legale in Roma, Piazza S. Onofrio n. 4, - CAP 00165, Codice Fiscale 80403930581, zona extraterritoriale in base al Trattato del Laterano, legalmente rappresentata dal Presidente del Consiglio di Amministrazione e Legale Rappresentante pro tempore Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxx, nata a Novara il 27/01/1944;
Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Regina Elena (di seguito nominato anche IFO-IRE), con sede legale in Roma Xxx Xxxx Xxxxxxxx x.00 - XXX 00000, X.X. 00000000000, C.F. 02153140583, legalmente
rappresentati dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxxxx Xxxx xx Xxxxx, nato a Roma il 02/05/1951;
Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx (di seguito nominato anche INTNA), con sede legale in Napoli, alla Via Xxxxxxx Xxxxxxx, n.49. - CAP 80131, C.F. e P.I.: 00911350635, legalmente rappresentata dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Futani (SA) il 17/06/1958;
la Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo (di seguito nominato anche "FPO"), con sede legale in Xxxxxx Xxxxxxxxxxx, 000, – 10060 Candiolo – Torino, codice fiscale n° 95596990010, partita IVA 10202940010, ,
legalmente rappresentata dal Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxx in qualità di Direttore Generale
Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS (di seguito nominato anche IOV), con sede legale in Padova Via Gattamelata n.64 - CAP 35128, C.F. e P.I.: 04074560287, legalmente rappresentato dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Oderzo (TV), il 01/09/1956;
Centro di Riferimento Oncologico di Aviano (di seguito nominato anche CRO), con sede legale in Xxxxxx (XX) Xxx Xxxxxx Xxxxxxx x. 0. - CAP 33081, C.F. e P.I.: 00623340932, legalmente rappresentata dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, nato a Cadoneghe il 10/04/1956;
Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori (di seguito nominato anche INT), con sede legale in Milano Via X. Xxxxxxxx n. 1. - CAP 20133, C.F. 80018230153 e P. IVA n. 04376350155, rappresentata dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Cremona il 12/04/1962;
di seguito nominati collettivamente “IRCCS” e congiuntamente anche "i Partner" o " le Parti"
PREMESSO CHE:
il Ministero della Salute con messaggio WFR ID 2018/013100 del 28 novembre 2018 ha comunicato che, nel riparto della ricerca corrente 2018, è stato disposto che una parte del fondo sia assegnata alle attività delle "Reti IRCCS"per il proseguimento del lavoro impostato da ciascuno dei Working Group (WG) di ACC negli anni 2017 e 2018;
nell'ambito del progetto " Alleanza Contro il Cancro – ACC" il Ministero della Salute ha assegnato un importo di euro 116.500,00 al progetto “GENOMICS RETE ONCOLOGICA WG 7 SARCOMI”, (coordinato dalla Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx, Direttore ff della SC Laboratorio di Oncologia Sperimentale di IOR), per la definizione Diagnostica dei Sarcomi di difficile caratterizzazione genetica attraverso la tecnologica NGS (disegno di uno studio multicentrico per la identificazione di fusioni geniche su tutti i sarcomi dell’osso e dei tessuti molli con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali) riportato nell’Allegato 1 e di seguito definito “Progetto”.
Alla realizzazione del progetto di cui al “WG7 SARCOMI”, partecipano – oltre a IOR - anche i seguenti Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico: Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l.; Ospedale Pediatrico Bambino Gesù; Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Regina Elena; Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx; Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo; I.O.V. - Istituto Oncologico Veneto; Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori - Milano; Centro di Riferimento Oncologico di Aviano;
CONSIDERATO CHE:
▪ il Progetto di Ricerca ““GENOMICS RETE ONCOLOGICA WG SARCOMI 7, di seguito anche "WG7":
- è stato condiviso ed accettato da ciascun IRCCS firmatario - partecipante al progetto;
- sarà svolto secondo quanto dettagliato nel relativo protocollo di studio, approvato da tutti i Partner ed in possesso di ciascuno di essi;
- prevede la ripartizione tra gli IRCCS firmatari del finanziamento come ripartito in allegato n. 2;
▪ Per INT la gestione della relativa quota di budget finalizzata all’acquisto di reagenti e alla relativa consegna presso la s.c. Anatomia Patologica 2 sarà a cura dello IOR;
▪ Il Centro Oncologico di Aviano partecipa allo sviluppo concettuale del progetto ma non alla parte sperimentale in essere nell’anno 2019 e pertanto rinuncia alla sua quota che viene pertanto ripartita fra gli altri enti partecipanti
▪ le Parti, per lo svolgimento del Progetto concordano di procedere alla stipula della presente Convenzione;
▪ le attività di cui alla presente Convenzione pertanto sono conformi a quanto indicato nel protocollo di studio del sopracitato Progetto e si presentano altresì coerenti con le finalità istituzionali perseguite dalle Parti;
▪ le Parti si impegnano ad onorare tutte le scadenze e le procedure previste dal Ministero della Salute
TUTTO CIÒ PREMESSO E CONSIDERATO, SI CONVIENE E SI STIPULA QUANTO SEGUE
Art. 1 - OGGETTO DELLA CONVENZIONE
Oggetto della presente Convenzione è l'attuazione del Progetto richiamato in premessa, con il coordinamento scientifico e gestionale della Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx. In particolare, il WG7 si propone di dare continuità e di portare a conclusione il percorso avviato estendendo la casistica in esame ed il lavoro di net-working all’interno del gruppo. Tutti gli IRCCS del WG7 sono dotati delle facilities necessarie alla validazione degli NGS fusion panel. Pertanto il Progetto
si propone di completare lo studio clinico prospettico multicentrico per la identificazione di fusioni (mediante il test selezionato) su tutti i sarcomi dell’osso e dei tessuti molli con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali e/o con caratterizzazione genetica ancora deficitaria, con analisi di 40-50 casi. Per i tumori che risulteranno negativi, si procederà con analisi genomiche complete (Whole genome sequencing e RNAseq: previsti 10 casi). Il Progetto si concluderà con la definizione di SOPs e linee guida per l’utilizzo del pannello con migliori performance nella identificazione di traslocazioni di difficile rilevazione, rispondendo così ad un’esigenza primaria dei pazienti di sarcoma, ovvero il diritto ad avere una diagnosi certa sulla cui base indirizzare la migliore terapia.
ART. 2 - DURATA
2.1 La presente Convenzione entrerà in vigore alla data della sua ultima sottoscrizione e terminerà i suoi effetti il 31.12.2019 data entro la quale dovranno essere concluse tutte le attività inerenti il Progetto e dovrà essere inviata al Ministero della Salute la Rendicontazione delle spese.
ART. 3 - RESPONSABILI SCIENTIFICI E AMMINISTRATIVI
3.1 Per le finalità di cui alla presente Convenzione, le Parti designano quali Responsabili scientifici delle attività di Progetto:
- per IOR: Dott. ssa Xxxxx Xxxxxxxxx, Coordinatore Scientifico del WG7 (telefono – 000-0000000; email – xxxxx.xxxxxxxxx@xxx.xx)
- per Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST), IRCCS: Dr. Xxxx Xxxxxxx, Responsabile SSD Centro di Osteoncologia, Xxxxxx Xxxx e Testa Collo (CDO-TR) (Telefono: 0000 00 0000; email: xxxx.xxxxxxx@xxxx.xxx.xx; PEC: xxxxxxx.xxxxxxx@xxxx.xxxxxxxxx.xx)
- per Ospedale Pediatrico Bambino Gesù - IRCCS: Dott. Xxxxxx Xx Xxxxxxx (telefono – 0000000000; email – xxxxxx.xxxxxxxxx@xxxx.xxx )
- per gli Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Xxxxxx Xxxxx: - Roma: Dott.ssa Xxxx Xxxxxxxx (telefono – 0000000000; email – xxxx.xxxxxxxx@xxx.xxx.xx)
- per Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx: Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxx (telefono 0000000000 - Mobile: 0000000000; mail x.xxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxx.xx.xx)
- per la Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo: Dott.ssa Ymera Pignochino (telefono – 000 0000000; email – xxxxx.xxxxxxxxxx@xxxx.xx)
- per Istituto Oncologico Veneto: Dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxxx (telefono – 000 000 0000; email – xxxxxxx.xxxxxxxx@xxx.xxxxxx.xx)
- per Centro di Riferimento Oncologico di Xxxxxx: responsabile scientifico: Dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxx (telefono – 0000 000000; email – xxxxxxx@xxx.xx;);
3.2 In relazione agli aspetti amministrativi del presente Accordo, I Partner designano quali Responsabili amministrativi:
- per IOR: dott.ssa Xxxxxxxxx X’Xxxxxxxxxx, Direttore della SC Amministrazione della Ricerca (contatti: telefono – 0000000000; email - xxxxxxxxxxxxxx@xxx.xx; PEC – xxxxxxx.xxxxxxx@xxx.xxx.xx);
- per Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori: Dott.ssa Xxxxxxxx Xxxxx, Responsabile SSD Ufficio Ricerca, Trasferimento Tecnologico e Formazione (telefono: 0000 00 0000; email – xxxxxxx.xxxxxxx@xxxx.xxx.xx; PEC: xxxxxxx.xxxxxxx@xxxx.xxxxxxxxx.xx)
- per Ospedale Pediatrico Bambino Gesù: Dr. Xxxxx Xxxx Xxxxxx (telefono – 00 0000 0000/2577; email – xxxxxxxxx.xxxxxx@xxxx.xxx; xxxxxxxxx.xxxxxxxxxxx@xxxx.xxx;
- per gli Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Xxxxxx Xxxxx: Dott.ssa Xxxxxx Xxxxxxx (telefono: 0000000000; email: xxx@xxx.xxx.xx; email pec: xxxxxxxx@xxxx.xxx.xx )
- per Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx: Dott.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxxx (telefono – 081/0000000; email – x.xxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxx.xx.xx; PEC: xxxxxxxxxxxxxxxxx@xxx.xxxxxxxxxxxxxx.xx.xx);
- per la Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo: Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxx (telefono – 0000000000; email: xxxxx.xxxxxxxx@xxxx.xx)
- per Istituto Oncologico Veneto: Uff. Relazioni Internazionali e Gestione Grant (telefono – 000 000 0000-0000; email – xxxxxxxxxxx@xxx.xxxxxx.xx)
- per Centro di Riferimento Oncologico di Aviano: referente amministrativo: Xxxx Xxxx (telefono: 0000 000000; email xxxxx@xxx.xx, xxxxxxxxxx@xxx.xx; xxxxxxxxxx@xxx.xxx.xx )
- per INT: Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, Responsabile ad interim s.s. Trasferimento Tecnologico (TTO) (telefono – 00-00000000; email – xxxxxxx.xxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxx.xx.xx, PEC: xxxxxxxxxxxxx.xxxxxxxxxxx@XXX.xxxxxxxxxxxxxx.xx.xx)
3.3 L’eventuale sostituzione dei Responsabili sopracitati dovrà essere comunicata per iscritto agli altri Partner, ove possibile, con un ragionevole preavviso.
ART. 4 – MODALITA’ DI EROGAZIONE DEL CONTRIBUTO
4.1 Il finanziamento assegnato dal Ministero della Salute è di euro 116.500,00;
4.2 Come già riportato: INT affida la gestione della propria quota di budget a IOR; il Centro di Riferimento Oncologico di Xxxxxx partecipa allo sviluppo concettuale del progetto ma non alla parte sperimentale in essere nell’anno 2019 e pertanto rinuncia alla sua quota che viene pertanto ripartita fra gli altri enti partecipanti.
4.3 Il Ministero della Salute, a valere sui fondi Ricerca Corrente anno 2018, ha
– al momento – coperto un finanziamento di Euro 75.750,00, che IOR trasferirà come acconto ai Partner qui di seguito indicati (IRST, OPBG, IFO-IRE, INTNA, FPO, IOV).
4.4 Successivamente all’erogazione dal parte del Ministero della Salute della quota a saldo, IOR provvederà al trasferimento dei saldi alle UO di Progetto di cui al punto 4.3.
4.5 Nel caso di eventuale riduzione del finanziamento le quote a saldo verranno proporzionalmente ridotte. In ogni caso la ripartizione delle quote a saldo sarà oggetto di specifica comunicazione PEC.
4.6 Per quanto riportato al punto 4.3 la ripartizione delle quote di finanziamento è dettagliata nella tabella allegato n. 2, parte integrante della presente convenzione.
4.7 Il trasferimento degli importi alle UO di progetto indicate al punto 4.3 avverrà in presenza di nota di addebito ricevuta da ciascun partner e mediante bonifico bancario secondo le seguenti coordinate:
- per Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori: Banca Intesa S Paolo – Forlì– Corso della Repubblica, 14
ABI: 030 69 CAB: 13 298 IBAN:
XX00 X000000000000000 0000 000
Swift Code: XXXXXXXX
XX00 X000 0000 0000 0000 0000 000
- per Ospedale Pediatrico Bambino Gesù: IBAN: XX00 X000 0000 0000 0000 0000 000
- per gli Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Xxxxxx Xxxxx:
IBAN: IT 58 J 02008 05316 000400000886;
- per Istituto Tumori Napoli Fondazione X. Xxxxxxx IBAN Banca d’Italia – Tesoreria dello Stato di Napoli – IBAN XX00X0000000000000000000000 - Codice di riscontro: CC: 0306331;
- la Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - IRCCS di Candiolo IBAN: IT 59 V 03268 30680 0B2878104050 - intestato a Fondazione del Piemonte per l’Oncologia - SWIFT: XXXXXX0XXXX;
- per Istituto Oncologico Veneto IBAN: IT82Y01030121340000011003544.8 Per la rendicontazione vanno rispettate tutte le direttive impartite dal Ministero della Salute e tassativamente le spese devono essere sostenute entro la data di fine progetto.
4.8 Gli IRCCS (i Partner) si impegnano a trasmettere a IOR nota di rendicontazione con tutti gli estremi dei costi sostenuti con le istruzioni che saranno impartite.
4.9 In ogni spesa sarà da indicare il CUP di progetto
4.10 Il trasferimento avverrà in regime di esclusione dal campo IVA, ai sensi del DPR 622/1972, e successive modificazioni, in quanto ricade nella gestione dei fondi stanziati per attività di ricerca e sperimentazione. Questa specifica destinazione ne esclude l’utilizzo per fini diversi da quelli stabiliti nel piano economico del Progetto.
4.11 IOR si occuperà, nell’interesse comune, delle problematiche connesse all’eventuale mancato o ritardato invio da parte dei Partner delle rispettive relazioni e rendiconti finali, che rallenti, impedisca, o comunque incida negativamente sull'invio entro 31/12/2019 della relazione scientifica e del rendiconto complessivo finale per tutto il WG7.
ART. 5 – RELAZIONE SCIENTIFICA E RENDICONTAZIONE ECONOMICA
5.1 Per gli aspetti legati alla predisposizione e stesura della relazione scientifica finale i Partner dovranno relazionarsi con il Coordinatore Scientifico del WG7 Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx.
ART. 6 - TRACCIABILITA’
6.1 Il Codice Unico di Progetto (CUP) è il seguente: D36C18002000001
6.2 Ai sensi degli artt. 3 e 6 del D.lgs. n.136/2010 (Tracciabilità dei flussi finanziari nell’ambito del Piano straordinario contro le mafie, nonché delega al Governo in materiale di normativa antimafia), si richiede l’indicazione del conto corrente bancario o postale dedicato ai pagamenti della presente Convenzione, nonché i nominativi con i rispettivi codici fiscali delle persone dedicate ad operare sul suddetto conto. Si fa presente che in mancanza di tali dati non sarà possibile procedere alla liquidazione delle richieste di pagamento emesse nell’ambito della presente Convenzione.
ART. 7 - NORME APPLICABILI ALLA RICERCA E AUTORIZZAZIONI ALLO SVOLGIMENTO DELLE ATTIVITA':
7.1 Il Progetto dovrà essere condotto secondo le vigenti disposizioni in materia e nel più scrupoloso rispetto del protocollo, dei principi etici e deontologici che ispirano l’ attività medica.
7.2 Nel caso in cui per lo svolgimento delle attività previste dalla presente convenzione siano necessari autorizzazioni/pareri preventivi da parte del Comitato Etico competente o di altro organismo di sorveglianza o controllo, ciascun partner, per le attività di propria competenza, si farà carico di ottenere tali autorizzazioni, che saranno comunicate formalmente e per iscritto al Coordinatore del WG7: le attività in questione potranno essere avviate unicamente dopo l’ottenimento di tali autorizzazioni/pareri.
7.3 Nel caso in cui le autorizzazioni/pareri preventivi di cui all'art. 7.2 non siano necessari, ciascun partner dovrà darne comunicazione formale e scritta al Coordinatore del WG7.
ART. 8 - RISOLUZIONE
8.1 Ciascuna delle Parti può risolvere la presente convenzione prima della data di estinzione di effettività di cui all'art. 2, inviando a IOR lettera-raccomandata
A.R con preavviso di almeno 30 (trenta) giorni prima del giorno previsto dalla parte risolvente come data di risoluzione anticipata del contratto stesso. In caso di conclusione anticipata del Progetto, la presente convenzione sarà conclusa anticipatamente di conseguenza.
8.2 Sono fatti salvi gli impegni assunti in base alla presente convenzione, fino alla data di comunicazione della risoluzione, nei limiti in cui essi non possono essere annullati. Nessuna ulteriore pretesa o rivendicazione può essere avanzata, ad alcun titolo, dalla parte risolvente in conseguenza dell’ anticipata cessazione del rapporto.
ART. 9 - MODIFICHE
9.1 Le disposizioni di cui alla presente convenzione potranno essere successivamente modificate soltanto in forma scritta delle Parti, da persone munite di poteri di rappresentanza in nome e per conto delle Parti. Il presente
xxxx viene firmato dalle parti contraenti e sottoscritto anche, per presa visione ed accettazione, dal Coordinatore Scientifico del WG7, Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx.
Art.10 - PROPRIETÀ, UTILIZZAZIONE E PUBBLICAZIONE DEI RISULTATI
10.1 Proprietà industriale e intellettuale: Ciascun Partner resterà unica titolare dei diritti di proprietà industriale e intellettuale relativi:
• alle proprie conoscenze pregresse (“background knowledges”);
• alle proprie conoscenze parallele (“sideground knowledges”).
10.2 La titolarità di tutte le informazioni, invenzioni, cognizioni, ancorché non brevettabili, nonché dei brevetti e di ogni altro diritto di privativa industriale risultanti dal Progetto (i "Risultati") sarà quella della comproprietà fra i Partner in pari quota, salvo che si possa stabilire una diversa ripartizione della titolarità sulla base di un’accertata diversità dell'importanza del contributo prestato da ciascun Partner al conseguimento del risultato inventivo e fatti salvi i diritti morali di autore o di inventore ai sensi della normativa vigente, con particolare riferimento alle disposizioni contenute nell’art. 2590 c.c., nella Legge n. 633/1941 e nell’art. 62 del Codice della Proprietà Industriale di cui al d.lgs. 30/2005 in tema di diritti morali dell’autore/inventore. I Partner concorderanno in un accordo successivo alla presente Convenzione le clausole specifiche relative alle modalità di protezione, di ripartizione degli oneri e dei proventi derivanti dallo sfruttamento dei Risultati e le regole per la tutela e difesa dei diritti di proprietà industriale.
10.3 Nel corso dello svolgimento delle attività, i Responsabili scientifici dovranno prontamente comunicare reciprocamente i trovati suscettibili di protezione derivanti dal Progetto.
10.4 Nell’ipotesi in cui un Partner cui la presente Convenzione accorda la titolarità dei Risultati non abbia interesse a chiedere a nome proprio la domanda di privativa relativamente a detti Risultati, gli altri Partner, previa comunicazione alla prima, potranno procedere autonomamente alla domanda di privativa, acquisendo tutti i diritti collegati alla titolarità.
10.5 Utilizzazione e pubblicazione dei Risultati: trattandosi di Progetto multicentrico, nell’ipotesi di Risultati realizzati congiuntamente, in piena ed effettiva collaborazione, costituiti da contributi omogenei ed oggettivamente non distinguibili, i Partner si impegnano ad effettuare congiuntamente le pubblicazioni, purché tali pubblicazioni non compromettano la protezione dei Risultati. Le pubblicazioni congiunte dovranno riportare il nominativo degli autori e inventori.
10.6 In ipotesi di risultati derivanti da contributi autonomi e separabili dei Partner, ancorché organizzabili in forma unitaria, ogni Partner potrà
autonomamente pubblicare e/o rendere noti i risultati degli studi delle proprie attività, riconoscendo espressamente il contributo degli altri Partner e dandone opportuna comunicazione. Se tali pubblicazioni contengano dati ed Informazioni Riservate di altri Partner agli altri confidenzialmente, il Partner che sta provvedendo alla pubblicazione dovrà chiedere preventiva autorizzazione.
Art. 11 - DIRITTI DI ACCESSO ALLE CONOSCENZE
11.1 Ciascun Partner ha accesso libero, non esclusivo, gratuito, senza diritto di sub-licenza, limitato alla durata e alla realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione, alle informazioni, conoscenze tecniche preesistenti ed ai diritti di proprietà intellettuale a queste riferite, detenute dagli altri Partner prima della sottoscrizione della Convenzione e necessarie per lo svolgimento delle attività, ad eccezione di quelle contenute nell’apposita lista eventualmente inserita nel Progetto – se presente. Qualsiasi accesso al background per ragioni diverse da quelle sopra indicate dovrà essere negoziato con accordo separato.
Art. 12 - SEGRETEZZA DELLE INFORMAZIONI E DEI RISULTATI
12.1 I Partner si impegnano a mantenere la più assoluta confidenzialità e riservatezza per un periodo di 5 anni, decorrente dal momento del ricevimento, su qualsiasi aspetto, di notizia ed informazione di cui venissero a conoscenza durante l’esecuzione del Progetto, nonché sul know-how, sui materiali, dispositivi, tecnologia e attrezzature apportate dai Partner o messe a disposizione reciprocamente, nonché su qualsiasi “Informazione Riservata” (intendendosi per "informazioni riservate" tutte le informazioni, dati o conoscenze di natura tecnico-scientifica, commerciale o finanziaria, in qualsiasi forma espressi e/o su qualsiasi supporto memorizzati, che siano stati comunicati da una Parte all’altra nell’ambito del rapporto oggetto della presente Convenzione e in ragione di esso, anche quando non specificamente e visibilmente qualificati ed indipendentemente dall’apposizione sugli stessi della dicitura “confidenziali” o “riservati” o “segreti”), fatto salvo un diverso accordo tra i Contraenti.
12.2 I Partner si impegnano a non rivelare o comunicare in alcun modo a terzi per qualsivoglia scopo o ragione qualsiasi Informazione Riservata reciprocamente trasmessa durante lo svolgimento della presente Convenzione.
12.3 Le Informazioni Riservate potranno tuttavia essere divulgate ai dipendenti ed ai consulenti delle Parti che abbiano necessità di conoscerle purché siano vincolati dai Partner agli stessi obblighi di riservatezza previsti
dalla presente convenzione, comunque rispondendone i Partner in caso di violazioni.
Nessuna delle Informazioni Riservate potrà essere utilizzata dai Prtner per scopi diversi da quelli previsti dalla presente Convenzione.
12.4 I Partner non potranno utilizzare, copiare, duplicare, riprodurre o registrare in qualsivoglia forma e con qualsiasi mezzo le Informazioni Riservate reciprocamente trasmesse, salvo che nella misura strettamente necessaria per consentire la realizzazione degli obiettivi oggetto della presente Convenzione.
12.5 I Partner si impegnano ad adottare tutte le cautele e le misure di sicurezza necessarie a proteggere le Informazioni Riservate e ad assicurare che non venga in alcun modo leso il carattere della loro riservatezza. Ciascun Partner comunicherà tempestivamente per iscritto alla Parte divulgante ogni eventuale uso non autorizzato o divulgazione delle Informazioni Riservate di cui giunga a conoscenza e fornirà tutta la ragionevole assistenza per far cessare tale uso e/o divulgazione non autorizzati.
12.6 Gli obblighi di riservatezza di cui alla presente Convenzione si intendono estesi a qualsiasi persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner.
12.7 Le obbligazioni previste dalla presente Convenzione non si applicano alle Informazioni Riservate che:
• al momento della comunicazione siano già note al Partner che le riceve, purché tale precedente conoscenza possa essere adeguatamente provata;
• al momento della comunicazione siano di pubblico dominio o che dopo la comunicazione, siano divenute di pubblico dominio per fatti diversi dall’inadempimento della presente Convenzione;
• al momento della comunicazione, siano facilmente accessibili agli esperti e agli operatori del settore o che, dopo la comunicazione, siano divenute facilmente accessibili agli esperti e agli operatori del settore;
• siano divulgate secondo quanto previsto da leggi, regolamenti o da ordini di autorità giudiziarie o amministrative o di altri Enti Pubblici;
• siano comunicate ad uno dei Partner da terzi che xxxxx prova di esserne in possesso legalmente e/o di poterne disporre senza violare i diritti dei Partner.
12.8 In tali casi, il Partner che ne abbia avuto notizia dovrà darne preventiva informativa agli altri Partner e concordare con gli stessi, per quanto possibile, i tempi, le modalità ed il contenuto di tali Informazioni Riservate e l’opportunità di eventuali opposizioni.
12.9 I Partner sono responsabili e si impegnano a mantenere e trattare tutti i dati e le informazioni fornite o comunque acquisite in assoluta riservatezza
impegnandosi ad estendere tale obbligo a qualunque altra persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner, che per qualsiasi motivo venisse a conoscenza di tali dati riservati.
Art. 13 - ASSICURAZIONI E SICUREZZA
13.1 Il Progetto rientra nell'ambito della normale copertura assicurativa prevista per l'attività di ricerca in essere in ciascuna parte. Nella fattispecie Le parti dichiarano di essere coperte da apposita polizza assicurativa per responsabilità civile verso terzi (morte, lesioni personali e danneggiamenti a cose) per tutte le proprie attività istituzionali, comprese le attività di sperimentazione, finalizzate al miglioramento della pratica clinica quale parte integrante dell'assistenza sanitaria e non a fini industriali, autorizzate per le stesse a norma di legge.
13.2 Ciascun Partner provvederà alla copertura assicurativa di legge del proprio personale che, in virtù della presente Convenzione verrà chiamato a frequentare la/le sede/i di esecuzione delle attività. Resta inteso che il Responsabile scientifico delle attività di ciascun Partner comunicherà agli altri Partner i nominativi del personale suddetto, con anticipo non inferiore a 15 (quindici) giorni dall’effettivo inserimento nell’attività stessa.
13.3 Il personale di un Partner, coinvolto nelle attività oggetto della presente Convenzione e che si recherà presso la sede di altro Partner per l’esecuzione di lavori e/o attività relative alla presente Convenzione, sarà tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nella sede dell’altro Partner, fermo restando che la copertura assicurativa rimane a carico dell'IRCCS di appartenenza.
13.4 Il personale di ciascun Partner è tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nelle sedi di esecuzione delle attività attinenti alla presente Convenzione. Ai sensi delle disposizioni contenute nel
D. Lgs. 81/2008 la disponibilità di dispositivi di protezione individuale (DPI), in relazione ai rischi specifici presenti nella struttura ospitante, sono attribuiti al soggetto a cui è attribuita, per legge e/o per regolamento, tale responsabilità nell’ambito della struttura ospitante.
Articolo 14 - ANTICORRUZIONE
14.1 I Partner si impegnano a rispettare reciprocamente la disciplina normativa in maniera di anticorruzione, di cui alla L. 190/2012 e ad astenersi da qualsiasi comportamento che sia vietato dalle norme nazionali o da altre norme contro la corruzione applicabili (di seguito collettivamente “Norme contro la corruzione”).
14.2 A solo titolo esemplificativo e non esaustivo, i Partner si asterranno dall’effettuare o promettere qualsiasi pagamento o dal prestare o promettere
altro bene o utilità, in favore di qualsiasi dirigente, funzionario o dipendente pubblico, membro di partito politico o candidato ad elezioni politiche o amministrative o in favore di qualsiasi altra terza parte rispetto alla presente convenzione che possa comportare la violazione delle Norme contro la corruzione.
14.3 Ciascun partner dichiara di aver preso visione dei piani triennali di prevenzione della corruzione e dei codici di comportamento degli altri Partner e di essere a conoscenza dei relativi contenuti e prescrizioni.
14.4 I Partner riconoscono ed accettano reciprocamente che riconoscono che il puntuale rispetto degli obblighi previsti al paragrafo precedente riveste carattere essenziale e che qualsiasi violazione delle disposizioni di cui al presente articolo autorizzerà i Partner adempienti a tali obblighi a risolvere unilateralmente la presente Convenzione ai sensi dell’art. 1456 c.c..
ART. 15 - TRATTAMENTO DATI PERSONALI:
15.1 I Partner provvedono al trattamento, alla diffusione e alla comunicazione dei dati relativi al presente Contratto nell’ambito del perseguimento dei propri fini istituzionali e di quanto previsto dal D.Lgs. 196 del 30 giugno 2003
«Codice in materia di protezione dei dati personali»), e successive modifiche ed integrazioni, e del Regolamento EU nr. 679 del 2016 (GDPR).
15.2 I Partner dichiarano reciprocamente di essere informati (e, per quanto di ragione, espressamente acconsentire) che i “dati personali” forniti, anche verbalmente, per l’attività precontrattuale o comunque raccolti in conseguenza e nel corso dell’esecuzione della presente Convenzione, vengano trattati esclusivamente per le finalità della Convenzione.
15.3 Ciascun partner, come sopra individuato, denominato e domiciliato, sarà autonomo titolare dei dati dallo stesso forniti sia in fase precontrattuale sia in fase contrattuale.
15.4 Referente interno del Trattamento per IOR sarà la Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx, Coordinatore Scientifico del WG7.
Articolo 16 LEGGE APPLICABILE E FORO COMPETENTE
16.1 Le Parti concordano di definire amichevolmente qualsiasi vertenza che possa nascere dall’esecuzione della presente Convenzione. Nel caso in cui non sia possibile raggiungere un accordo, sarà applicabile esclusivamente la legge italiana ed il Foro esclusivamente competente sarà quello di Bologna.
Articolo 17 REGISTRAZIONE E SPESE
17.1 La presente Convenzione viene sottoscritta con firma digitale ai sensi dell’art. 24 D.Lgs. 82/2005, in virtù dell’art. 15, comma 2bis della Legge 241/1990 come aggiunto dall’art. 6, D.L. 18 ottobre 2012, n. 179, convertito in Legge 17 dicembre 2012, n. 22.
17.2 L’imposta di bollo, a cui è soggetta la presente Convenzione ai sensi dell’art. 2 del DPR 642/72- Tariffa, Parte I, è ripartita tra gli IRCCS firmatari nella misura di 1/9 ciascuno dell'importo complessivo. Al versamento all’Erario dell’imposta di bollo provvederà IOR con modalità virtuale ai sensi dell’art. 15 del DPR 26/10/1972 n. 642 come da Autorizzazione n. 4351 del 15/01/2018, rilasciata dall’Agenzia delle Entrate, Direzione Provinciale di Bologna, Ufficio Territoriale di Bologna 2, con sede in vix Xxxxx 00, Xxxxxxx. IOR richiederà il rimborso della quota di 1/9 delle spese sostenute a ciascuno degli altri IRCCS firmatari, trasmettendo loro idonea documentazione.
Articolo 18 DISPOSIZIONI FINALI
18.1 La presente Convenzione sostituisce, ad ogni effetto, ogni precedente accordo o intesa tra i Partner con riferimento al suo oggetto, scritti o orali che siano.
18.2 Qualora una o più clausole della presente Convenzione siano dichiarate nulle, annullabili, invalide o comunque inefficaci, in nessun caso tale nullità, annullabilità, invalidità o inefficacia avrà effetto sulle restanti clausole della Convenzione, dovendosi intendersi le predette clausole come modificate, in senso conforme alla presunta o presumibile comune intenzione dei Partner, nella misura e nel senso necessari affinché esse possano essere ritenute valide ed efficaci.
18.3 I Partner prendono reciprocamente atto del contenuto della presente Convenzione e si obbligano a darvi esecuzione secondo buona fede.
18.4 L’eventuale tolleranza di uno dei Partner di comportamenti da altro o altri Partner posti in essere in violazione delle disposizioni contenute nella presente Convenzione non costituisce rinuncia ai diritti derivanti dalle disposizioni violate né al diritto di esigere l’esatto adempimento delle obbligazioni qui previste.
18.5 La presente Convenzione potrà essere modificata solo per iscritto e con il consenso dei Partner.
18.6 Con la sottoscrizione della presente Convenzione i Partner dichiarano che il suo contenuto è stato congiuntamente predisposto e negoziato in ogni sua parte.
IRCCS ISTITUTO ORTOPEDICO RIZZOLI
Data:
ISTITUTO SCIENTIFICO ROMAGNOLO PER LO STUDIO E LA CURA DEI TUMORI (IRST) S.r.l., IRCCS
Data:
Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx
Direttore Generale e Legale Rappresentante
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx Direttore Generale
OSPEDALE PEDIATRICO BAMBINO GESÙ
Data:
Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxx
ISTITUTI FISIOTERAPICI OSPITALIERI – ISTITUTO NAZIONALE TUMORI REGINA XXXXX
Data:
Presidente del Consiglio di
Amministrazione e Legale Rappresentante pro tempore
Dr. Xxxxxxxxx Xxxx di Meana Legale Rappresentante
ISTITUTO TUMORI - FONDAZIONE X. XXXXXXX - NAPOLI
Data:
ISTITUTO ONCOLOGICO VENETO
Data:
Dr. Xxxxxxx A.M. Bianchi Legale Rappresentante
Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Legale Rappresentante
FONDAZIONE DEL PIEMONTE PER L’ONCOLOGIA-IRCCS DI CANDIOLO
CENTRO DI RIFERIMENTO ONCOLOGICO DI AVIANO
Data:
Data:
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx
Dr. Xxxxxxxx Xxxxxxx Direttore Generale
Direttore Generale Legale Rappresentante
FONDAZIONE IRCCS ISTITUTO NAZIONALE DEI TUMORI
Data:
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx Direttore Generale
Per presa visione ed accettazione
Il Coordinatore Scientifico del WG7
Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx
- Le Parti dichiarano di aver esatta conoscenza di tutte le clausole contrattuali ed approvano espressamente in modo specifico quelle di cui agli artt. 7, 8, 10, 11, 12, 14, 17, 18.
IRCCS ISTITUTO ORTOPEDICO RIZZOLI
Data:
ISTITUTO SCIENTIFICO ROMAGNOLO PER LO STUDIO E LA CURA DEI TUMORI (IRST) S.r.l., IRCCS
Data:
Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx
Direttore Generale e Legale Rappresentante
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx Direttore Generale
OSPEDALE PEDIATRICO BAMBINO GESÙ
Data:
Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxx
ISTITUTI FISIOTERAPICI OSPITALIERI – ISTITUTO NAZIONALE TUMORI REGINA XXXXX
Data:
Presidente del Consiglio di
Amministrazione e Legale Rappresentante pro tempore
Dr. Xxxxxxxxx Xxxx di Meana Legale Rappresentante
ISTITUTO TUMORI - FONDAZIONE X. XXXXXXX - NAPOLI
Data:
ISTITUTO ONCOLOGICO VENETO
Data:
Dr. Xxxxxxx A.M. Bianchi Legale Rappresentante
Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Legale Rappresentante
FONDAZIONE DEL PIEMONTE PER L’ONCOLOGIA-IRCCS DI CANDIOLO
Data:
Dr. Xxxxxxxx Xxxxxxx Direttore Generale
CENTRO DI RIFERIMENTO ONCOLOGICO DI AVIANO
Data:
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx Direttore Generale Legale Rappresentante
FONDAZIONE IRCCS ISTITUTO NAZIONALE DEI TUMORI
Data:
Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx Direttore Generale
Per presa visione ed accettazione
Il Coordinatore Scientifico del WG7
Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx
(Riproduzione di documento sottoscritto digitalmente ai sensi degli artt. 20 e 22 del D.Lgs. 82/2005)
- Allegato 1: il Progetto
- Allegato 2: budget di progetto
- Allegato n. 3: modello per la rendicontazione economica
Progetto di Alleanza Contro il Cancro - ACC La Rete Oncologica degli IRCCS
5 ottobre 2018
Progetto di Alleanza Contro il Cancro – ACC la Rete Oncologica degli IRCCS
Indice
Sommario | p. | 3 | |
Workpackage | 1 - Tumori della Mammella | p. | 5 |
Workpackage | 2 - Glioblastoma | p. | 12 |
Workpackage | 3 - Tumori del colon-retto | p. | 14 |
Workpackage | 4 - Melanoma | p. | 18 |
Workpackage | 5 - Immunoterapia | p. | 23 |
Workpackage | 6 - Tumori Polmonari | p. | 29 |
Workpackage | 7 - Sarcomi | p. | 34 |
Workpackage | 8 - Tumori Ematologici | p. | 39 |
Workpackage | 9 - Genomics/Bioinformatics | p. | 45 |
Workpackage 10 - Anatomia Patologica p. 49
Meeting ACC 2019 p. 51
Budget generale p. 52
Sommario
Il progetto di rete ACC per il 2019 rappresenta il proseguimento del lavoro impostato da ciascuno dei Working Group (WG) di ACC negli anni 2017 e 2018. In questo biennio, ACC ha perseguito i seguenti obiettivi:
1. Allestimento di laboratori in grado di eseguire analisi NGS in ciascuno degli istituti partecipanti, sulla base di una piattaforma tecnologica condivisa.
2. Creazione di una comunità di bioinformatici, distribuiti nei vari istituti afferenti per la elaborazione e condivisione di workflow di dati NGS.
3. Organizzazione di un Data Center condiviso per storage e analisi di dati NGS, presso Cineca
4. Promozione di studi clinici multicentrici guidati da informazioni genomiche.
Tutti gli obiettivi sono in fase avanzata di realizzazione; esemplificativo è il lancio, a partire dai primi mesi del 2018, di uno studio clinico multicentrico basato su analisi NGS di pazienti con tumore al polmone in stadio avanzato. In parallelo, ciascuno dei WG dedicati a specifiche patologie ha disegnato, e in alcuni casi iniziato, analoghi studi clinici specifici per la propria patologia, che sono alla base della presente richiesta di finanziamento. Per il 2019 prevediamo in particolare, per ciascun WG, le seguenti attività:
- Workpackage 1 – Tumori della mammella (ACC-WG BREAST CANCER): Stratificazione molecolare del carcinoma mammario mediante next generation sequencing su DNA e RNA (analisi genomiche e fenotipiche su tumore primitivo e sul residuo post terapia neo- adiuvante in pazienti con neoplasia della mammella HER2+i/RO- o TN; Reingegnerizzazione su RNA-seq dei classificatori prognostici attualmente basati su altre tecnologie, mediante approcci biostatistici e di machine learning).
- Workpackage 2 - Glioblastoma (ACC-WG GLIOBLASTOMA): Implementazione trasversale di test genomici per il GBM: dalla caratterizzazione genetica di linee derivate dai pazienti alla biopsia liquida (caratterizzazione genetica dei glioblastomi dell’adulto e dei gliomi d’alto grado pediatrici e delle linee tumorali da essi derivati per una migliore definizione diagnostico/prognostica del singolo caso, e per l’identificazione dei marcatori genetici o biomarcatori necessari per il reclutamento mirato dei pazienti nei trials di “oncologia di precisione”).
- Workpackage 3 – Tumori del colon-retto (ACC-WG COLON): Valutazione retrospettiva del profilo di alterazioni genetiche e trascrittomiche in lesioni primitive e secondarie di cancro del colon (valutazione dell’impatto relativo e combinato nella prognosi e stratificazione terapeutica dei due approcci omics - genomics vs transcrittomics - comprensivi delle signature molecolari associate a componenti stromali del tumore .
- Workpackage 4 – Melanoma (WG ACC Melanoma): Predittori di risposta terapeutica nel melanoma metastatico attraverso tecnologie di NGS e organoidi (prosecuzione dello studio clinico retrospettivo su melanoma metatstatico (Studio Mela-NGS) e messa a punto e disseminazione di un protocollo di generazione di organoidi da materiale metastatico di pazienti affetti da melanoma).
- Workpackage 5 – Immunoterapia (WG ACC IMMUNOTERAPY): SCORE Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico (Identificazione di biomarcatori altamente predittivi di risposta al trattamento in prima linea con checkpoint inhibitors (CI) nella coorte dei pazienti trattati in prima linea con CI (TRIAL WG LUNG).
- Workpackage 6 – Tumori Polmonari (WG ACC LUNG): Validazione del panello genico- polmone di ACC in pazienti con carcinoma del polmone a piccole cellule (NSCLC) (Validazione
dell’Oncochip ACC per il polmone come strumento di screening molecolare. La validazione sara‘ basata principalmente sulla valutazione dell’accuratezza diagnostica del pannello nell’individuare due tipi di alterazioni molecolari per le quali sono disponibili test diagnostici di routine, mutazioni che attivano EGFR e riarrangiamenti di EML4-ALK).
- Workpackage 7 – Sarcomi (WG ACC SARCOMA): Definizione Diagnostica dei Sarcomi Attraverso la tecnologica NGS (disegno di uno studio clinico prospettico multicentrico per la identificazione di fusioni geniche su tutti i sarcomi dell’osso e dei tessuti molli con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali).
- Workpackage 8 – Tumori Ematologici (WG ACC -Haemato-Oncology): Valutazione del rischio di leucemia secondaria in pazienti guariti da tumore (definizione del valore predittivo per lo sviluppo di t-MN di: i) mutazioni a livello della linea germinale di geni di suscettibilità tumorale, e ii) cellule staminali ematopoietiche (HSC) pre-esistenti con mutazioni somatiche acquisite - CHIP).
- Workpackage 9 – Genomics/Bioinformatics (ACC WG Genomics): Implementazione del pannello GerSom2 e della relativa piattaforma di analisi e interpretazione dei dati genomici (Validazione iniziale di un pannello di targeted enrichment comprensivo dell'intero spazio genomico clinicamente rilevante e parallela implementazione di una infrastruttura informatica di supporto all'intera progettualita' ACC genomics).
- Workpackage 10 – Anatomia Patologica: La conservazione dei tessuti per analisi molecolari e per biobancaggio: coinvolgimento dell’Anatomia Patologica regolamentazione, coordinamento e sviluppo delle attività di Anatomia Patologica e delle Biobanche nell’ambito dei progetti di rete di ACC).
- E’ inoltre prevista ima richiesta di finanziamento per il Meeting Nazionale ACC-2019
Workpackage 1 – Tumori della mammella (ACC-WG BREAST CANCER)
Coordinamento progetto: Azienda Ospedaliera Universitaria San Xxxxxxx IST, IRCCS, Genova, Dr.ssa Xxxxx Xxx Xxxxxx
Stratificazione molecolare del carcinoma mammario mediante next generation sequencing su DNA e RNA
Introduzione
Nuovi approcci tecnologici, quali ad es la Next Generation Sequiencing (NGS), hanno permesso l'analisi del profilo molecolare, sia analizzando il tessuto tumorale sia gli acidi nucleici presenti in nei fluidi corporei (es il DNA tumorale circolante nel sangue), e si sono rivelati come tools potenzialmente molto promettenti per l'identificazione di nuovi biomarcatori prognosticii/predittivi, che il WG ha articolato in due studi traslazionali.
• Progetto NEOGENE. Diversi studi hanno dimostrato la forte associazione tra la risposta completa patologica (pCR) dopo terapia neo-adiuvante e l'outcome a lungo termine, in pazienti con sottotipi di carcinoma mammario aggressivo. In particolare il mancato ottenimento della pCR dopo terapia neo- adiuvante si associa ad una prognosi molto sfavorevole nelle pazienti con tumore mammario triplo negativo (TN) e con tumore HER2+ senza espressione di recettori ormonali (HER2+i/RO-) [Xxxxxxxx et al 2014]. In questi due sottotipi la pCR si ottiene in circa il 50% dei casi e ad oggi non sono noti i fattori in grado di identificare quali tumori saranno resistenti al trattamento, e non sono disponibili trattamenti personalizzati di dimostrata efficacia da poter effettuare dopo la chirurgia.
L'identificazione di mutazioni specifiche nei tumori resistenti alle terapie, in particolare analizzando la popolazione cellulare residua al trattamento, riveste un ruolo fondamentale per porre le basi allo sviluppo ed utilizzo di trattamenti mirati contro le specifiche mutazioni da effettuare nei tumori non responsivi alla terapia neo-adiuvante. Inoltre, l'analisi ed il confronto delle alterazioni di pathway molecolari pre- e post- trattamento rappresenta una ulteriore fonte di informazioni rilevanti per una migliore pianificazione terapeutica. In quest'ottica si possono utilizzare diversi approcci molecolari [Shi et al, 2016; Xxx et al, 2015; Xxxxx et al, 2014; Xxxxxxxxx et al, 2017; Xxxxxxxx et al, 2017], basati sulla biopsia liquida (in particolare DNA tumorale circolante [Xxxxxx SJ et al. 2013] ed microRNA), o sull'analisi di DNA e RNA tumorale su paraffinato, sul quale e possibile effettuare anche il confronto della presenza di popolazione linfocitaria (linfociti infiltranti il tumore (TILs)) nel tumore pre e post terapia neo-adiuvante [Xxxxxxx et al, 2017].
• Progetto STRA-RNA. Negli ultimi quindici anni, l analisi trascrizionale del carcinoma mammario ha portato allo sviluppo di una serie di test molecolari prognostici basati sull analisi dell espressione multigenica nel tessuto tumorale. I test multigenici piu comunemente impiegati sono quattro: (i) Mammaprint (Agendia), che misura l espressione di 70 geni mediante microarray; (ii) EndoPredict (Sividon), che misura 8 geni per PCR quantitativa; (iii) Oncotype DX (Genomic Health), che misura 21 geni per PCR quantitativa; (iv) Prosigna (Nanostring), che misura 58 geni sulla piattaforma nCounter. Gli studi di validazione hanno dimostrato che ognuno di questi test ha valore prognostico clinicamente utile nei casi di carcinoma mammario in stadio precoce, positivo al recettore per gli estrogeni e negativo per amplificazione di HER2. In questo contesto, un test multigenico puo indicare un basso rischio di recidiva post-operatoria ed evitare la chemioterapia adiuvante in circa il 25% dei casi. I quattro classificatori
prognostici summenzionati presentano notevoli differenze: (i) si basano su diverse metodologie di misurazione dell'espressione genica; (ii) quantificano l'espressione di geni differenti; (iii) sono stati sviluppati e successivamente validati su coorti diverse di pazienti;
(iv) quando applicati sugli stessi casi forniscono una stratificazione prognostica scarsamente sovrapponibile, nonostante ciascuno di essi resti significativamente correlato con la prognosi [Xxxxxxx et al,2013]. E quindi verosimile che un test piu accurato possa evitare la chemioterapia adiuvante a un numero maggiore di pazienti senza il rischio di recidiva post-operatoria a breve termine.
Obbiettivo Generale
Obbiettivo generale del progetto e implementare tecniche di NGS presso gli IRCCS di ACC, sia su campioni tumorali paraffinati, sia su biomolecole ottenibili tramite prelievi ematici, che consentano di individuare biomarcatori prognostici e predittivi e condurre approcci personalizzati di diagnosi e cura per le pazienti con carcinoma mammario.
Obbiettivi specifici
• Progetto NEOGENE
Studio prospettico
- Analisi del ctDNA da plasma prima, durante e dopo il trattamento neo-adiuvante
- Valutazione dei TILs su campioni di tumore pre e post terapia
- Analisi dei xxXXX da plasma pre, durante e post terapia neo-adiuvante
- Studio retrospettivo:
- Analisi genomiche su tumore primitivo e sul residuo post terapia neo-adiuvante in pazienti con neoplasia della mammella HER2+i/RO- o TN
- Individuazione di mutazioni specifiche potenzialmente "actionable" nella malattia residua
- Estrazione e raccolta dell RNA per futuri studi
• Progetto STRA-RNA :
- Standardizzazione negli IRCCS partecipanti delle procedure di selezione campioni FFPE e estrazione acidi nucleici
- Ottimizzazione e standardizzazione delle procedure RNA-seq: QC acidi nucleici, generazione librerie, sequenziamento
- Disegno della pipeline analitica per generare e analizzare profili di espressione genica a partire dai dati grezzi RNA-seq
- Reingegnerizzazione su RNA-seq dei classificatori prognostici attualmente basati su altre tecnologie), mediante approcci biostatistici e di machine learning
Risultati Preliminari
• Progetto NEOGENE
- Stesura del protocollo sperimentale
- Stesura delle SOPs per la raccolta del material biologico: la standardizzazione dei materiali e delle procedure all'interno del WG e fondamentale per ottenere materiale di qualita e integrita e non introdurre bias di raccolta e quindi garantire l'affidabilita dei risultati.
- Individuazione della CRO di riferimento con la quale si e proceduto alla stesura del protocollo e delle procedure operative, e al completamento degli adempimenti burocratici finalizzati alla presentazione e approvazione dello studio presso il CE del centro coordinatore e la presentazione dello studio ai comitati etici dei centri coinvolti.
- Stipula di accordi con l'azienda Foundation One ed estensione il protocollo di ulteriori cento pazienti, che verranno analizzati con ACC platform.
- Attivazione del centro coordinatore e avviamento per l'apertura degli altri centri.
- Analisi ctDNA tramite biospia liquida. La metodica che verra utilizzata nello studio e stata messa a punto al laboratorio centrale all'INT di Milano, presso cui sono gia in corso studi analoghi su ctDNA.
Uno studio pilota retrospettivo condotto da INT su 40 pazienti con carcinoma mammario T1-T2i/N0i/M0 sottoposte a chirurgia radicalei/conservativa con follow-up di 15 anni ha mostrato che la presenza di ctDNA durante il follow-up post-operatorio consente di anticipare la diagnosi di ripresa di malattia sia locale che a distanza. E' anche in corso uno studio prospettico per determinare il valore predittivo dell'analisi del ctDNA sulla ricaduta locale ei/o a distanza in pazienti con carcinoma mammario TN localmente avanzato in terapia neo-adiuvante che vede arruolate ad oggi 12 pazienti (Daidone MG et al. 2017). Tramite NGS si sono individuate mutazioni somatiche nel tessuto tumorale pre- trattamento in tutte le pazienti prese in esame (i geni TP53 e PI3KCA sono risultati mutati a piu' alte frequenze). Il ctDNA (analizzato tramite digital PCR su 3 ml di plasma) era rilevabile nel prelievo pre-trattamento neo-adiuvante in 7 pazienti. Dopo chirurgia e stata determinata la presenza di ctDNA in 4 pazienti e due di esse sono successivamente andate incontro a progressione di malattia dimostrando che la presenza del ctDNA puo anticipare la diagnosi di metastasi a distanza. Tali dati supportano quindi la strategia proposta nello studio.
• Progetto STRA-RNA :
- Messa a punto protocollo RNA-seq: abbiamo ultimato una serie di test preliminari volti a identificare il protocollo per RNA-seq piu affidabile su campioni fissati e di archivio. I test hanno previsto il confronto fra sette diverse metodiche da tre fornitori (Illumina, Lexogen, Thermo) su una serie di 24 RNA estratti da 8 tumori mammari, in cui per ogni tumore un frammento e stato congelato, uno fissato in condizioni standard (FFPE comunemente in uso presso le anatomie patologiche) e uno fissato a freddo (condizione in cui l'RNA presenta una degradazione piu limitata rispetto all'FFPE standard). Sugli stessi campioni l'espressione dei geni del classificatore PAM-50 e stata valutata con la tecnologia Nanostring come riferimento. Criteri di valutazione dei protocolli sono stati, in ordine di priorita: (i) consistenza fra campione congelato e fissato; (ii) consistenza, per i geni PAM- 50, con il profilo Nanostring; (iii) facilita, rapidita e riproducibilita di implementazione; (iv) economicita d'uso. Da queste analisi e emerso chiaramente come preferibile un protocollo basato su un kit della ditta Illumina che prevede ribodeplezione ("RiboZero").
- Censimento casistica: da un censimento presso gli IRCCS del WG risulta che, aggregando 12 centri che hanno dimostrato interesse al progetto, sono presenti 373 casi profilati con Oncotype DX, 160 con Mammaprint, 50 con Endopredict e 22 con Prosigna. Una prima valutazione su 80 casi profilati con Xxxxxxxxxx ha evidenziato la presenza di RNA adeguato per l'analisi NGS in 70 campioni; si puo quindi stimare conservativamente un tasso di successo dell'80-85%.
Piano Sperimentale
• Progetto NEOGENE. Una volta attivato il centro coordinatore, che dovrebbe essere seguito a breve dagli altri centri che hanno dato adesione, si iniziera l'arruolamento delle pazienti e la raccolta del materiale biologico. Si prevede di arruolare 70 -100 pazienti nel 2019
- Saranno registrate centralmente le pazienti con stadio II or III affette da tumore della mammella TN o HER2 positivoi/recettori ormonali negativi, in terapia neo-adiuvante, trattate presso le strutture del Working Group Mammella di ACC.
- Nell'ambito dello studio prospettico saranno raccolti i campioni ematici a diversi time points (prima, durante e dopo la terapia e nel corso di follow up - time point finale 24 mesi). L'analisi del ctDNA xxxx effettuata presso l'INT di Milano con la procedura gia standardizzata presso il Laboratorio. Si prevede di:
(i) Valutare la frequenza di rilevamento del ctDNA in base alle mutazioni determinate nel tumore primario
(ii) Correlare i livelli di ctDNA e le caratteristiche clinico -patologiche del tumore (es Dimensione, stato linfonodale, grading istologico, indice di proliferazione);
(iii) Valutare la variazione dei livelli di ctDNA durante il trattamento neo-adiuvante. Per ottenere una misura assoluta delle copie totali di ctDNA sara utilizzata la Digital PCR (dPCR). Tale approccio necessita di test individuali basati sull'identificazione di mutazioni nel tumore primario e garantisce accurate quantificazioni (sensibilita di misurazione della frazione di alleli mutati nel plasma inferiore allo 0.01%. ). Dati ottenuti dalle serie completa dei campioni raccolti durante la terapia verranno messi in correlazione con la pCR tramite regressione logistica.
- Analisi del tumore primario e del tumore residuo tramite test genomico.
Le pazienti che non avranno raggiunto la pCR saranno arruolate nello studio restrospettivo e il tumore verra analizzato con il test genomico FoundationOne. In genere la meta delle pazienti trattate con terapia neo-adiuvante non ottengono la pCR per cui si prevede che verranno analizzati circa 35-50 campioni. Il test selezionato fornisce un'ampia profilazione genomica con l'analisi di 315 geni ed e in grado di identificare oltre 300 mutazioni genetiche potenziali bersaglio di farmaci. Il risultato del test riporta non solo le mutazioni identificate ma anche le terapie disponibili legate a tali mutazioni e gli studi clinici in corso. I campioni verranno preparati secondo le FoundationOne Specimen Guidelines presso le Unita di Anatomia Patologica degli istituto partecipanti. I campioni (blocchetto o sezioni) verranno inviati a FoundationOne per l'analisi.
- Il numero di pazienti da arruolare per il Test FoundationOne e di 100. Lo studio prevede di analizzare il tessuto tumorale di ulteriori 100 pazienti arruolate nello studio retrospettivo, con il test GERSOM, di ACC, in fase di validazione.
- Nelle pazienti che non raggiungeranno la pCR, verra condotta valutazione dei TILs (sia CD8+ che FOXP+) prima e dopo terapia neo-adiuvante.
• Progetto STRA-RNA : Le analisi preliminari e il censimento indicano la fattibilita dello sviluppo di emulatori RNA- seq solo per Oncotype DX e Mammaprint, che sono i piu impiegati; per Endopredict e Prosigna la numerosita al momento e troppo bassa. Immaginando di suddividere le casistiche in almeno 40 campioni di training rispettivamente per Oncotype DX e Mammaprint, e altrettanti di validazione, si prevede di generare profili RNA-seq su almeno 160 campioni per un primo sviluppo degli emulatori. Si prevede quindi di:
- Verificare i requisiti etici e di consenso informato relativi all'analisi NGS sui campioni, e ove necessario far approvare un protocollo per studio retrospettico osservazionale.
- Generare profili RNA-seq, secondo il protocollo selezionato (Illumina Truseq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Gold), su una casistica di tumori mammari per i quali sia gia stata eseguita l'analisi con Oncotype DX o Mammaprint a scopo diagnostico
- Utilizzare i risultati dei test diagnostici sugli stessi campioni come riferimento per sviluppare i rispettivi emulatori basati su RNA-seq in una prima serie di training di 40 campioni per ogni classificatore.
- Sviluppo degli emulatori RNA-seq secondo due strategie in parallelo:
(i) Adattamento delle signature esistenti (quindi degli stessi geni originariamente impiegati) alla quantificazione mediante RNA-seq, con relativo aggiustamento dei pesi e delle formule degli algoritmi;
(ii) ricostruzione degli emulatori in RNA-seq a partire da tutti i geni misurati, non solo quelli dei classificatori, secondo tecniche di machine learning per identificare nuove signature geniche che emulino i classificatori esistenti. Il razionale del secondo approccio e che passando da PCR (Oncotype DX) o microarray (Mammaprint) a RNA-seq la quantificazione dell'espressione di alcuni geni potrebbe non corrispondere, rischiando di compromettere la corretta emulazione.
- Validare gli emulatori RNA-seq di Oncotype DX e Mammaprint in set indipendenti, inizialmente di 40 campioni per ciascun classificatore, per confermarne la corrispondenza con i classificatori originali. I risultati di queste analisi consentiranno di valutare l'adeguatezza della piattaforma e della numerosita della casistica utilizzata, aprendo la strada a ulteriori studi di consolidamento verso l'applicazione clinica.
- Effettuare test di benchmarking e validazione tecnicoi/analitica per una diffusione del protocollo RNA-seq presso i centri partecipanti. Allo scopo aliquote di campioni di RNA di riferimento verranno distribuite ai centri partecipanti, insieme ai reagenti necessari, per la generazione di librerie RNA-seq, che verranno poi sequenziate presso i centri dotati di sequenziatori Illumina. Si valuteranno il tasso di successo, i parametri di QC di base pre- sequenziamento, e una serie di QC effettuati sui dati di sequenziamento. Questo consentira successivi studi multicentrici in cui gli istituti partecipanti saranno in grado di generare autonomamente i profili di espressione RNA-seq, secondo protocolli condivisi e standardizzati-
Organizzazione dell'attività di rete
• Progetto NEOGENE: Lo Studio Neogene e trial osservazionale prospettico-retrospettivo, multicentrico, condotto nell'ambito dei centro afferenti al Working Group Mammella di ACC coordinato dal Policlinico San Xxxxxxx di Genova. Hanno dato disponibilita a prendere parte al progetto 14 Centri per un totale di 15 centri partecipanti:
1. HSM Xxxxxx - Xxxxxx Xxxxxxxxxxxx
0. Istituto Europeo Oncologia (IEO) Milano
3. Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx Xxxx - Oncologia Medica
4. Istituto Oncologico Veneto Padova
5. ICS Xxxxxxx SpA SB Pavia
6. I.N.T. Fondazione X. Xxxxxxx Xxxxxx
7. Fondazione IRCCS INT Milano
8. IRCCS - Ospedale San Xxxxxxxx Milano
9. IRCCS - Oncologico Bari
10. FPO - Istituto Oncologico Candiolo ( IRCCS)
11. IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza San Xxxxxxxx Xxxxxxx FG
12. CRO Aviano
13. IRST IST Scientifico Romagnolo Meldola
14. Istituto Nazionale Tumori Regina Elena - Roma - U.O.C. Oncologia Medica2
15. Humanitas Cancer Center Milano
Tutti i centri partecipanti, attualmente in via di apertura, provvederanno all'arruolamento delle pazienti e al reperimento dei campioni biologici che saranno conservati presso ai centri e richiesti poi centralmente.
- tessuto paraffinato: i campioni delle prime cento pazienti dello studio retrospettivo verranno analizzati con il test genomico di Foundation One; a seguire i campioni verranno analizzati con piattaforma GERSOM, ACC.
- campioni ematici: saranno processati centralmente per l'analisi dei ctDNA e xxXXX presso l'istituto INT di Milano.
Si prevedono riunioni e/o teleconferenze per valutare lo stato di avanzamento dello studio e discutere preliminarmente i dati.
• Progetto STRA-RNA : In un censimento interno al WG mammella abbiamo individuato gli IRCCs interessati, le piattaforme NGS disponibili allo scopo e la casistica di ca mammari primitivi gia analizzati con almeno uno dei quattro test prognostici di espressione multigenica attualmente considerati nelle raccomandazioni ministeriali: Oncotype DX, Prosigna, Mammaprint, Endopredict. I centri intenzionati a partecipare allo studio sono i seguenti:
1. FPO Candiolo - Centro coordinatore (piattaforma NGS Illumina disponibile)
2. HSM Genova (piattaforma NGS Illumina disponibile)
3. IEO Milano (piattaforma NGS Illumina disponibile)
4. INT Milano (piattaforma NGS Illumina disponibile)
5. HSR Milano (piattaforma NGS Illumina disponibile)
6. IFO Roma (piattaforma NGS Illumina disponibile)
7. ICH Rozzano (piattaforma NGS Illumina disponibile)
8. IRST Meldola (piattaforma NGS Illumina disponibile)
9. CRO Aviano (piattaforma NGS Illumina disponibile)
10. CSS San X. Xxxxxxx (piattaforma NGS Illumina disponibile)
11. IRCCS Oncologico Bari (Piattaforma Illumina non disponibile)
12. ISS Roma ( Piattaforma Illumina non disponibile)
I centri dall'1 al 7 hanno in archivio campioni da contribuire allo studio, e provvederanno a processare questi campioni fino all'estrazione degli RNA, che invieranno per il QC e le rimanenti procedure NGS presso il Centro Coordinatore (FPO Candiolo). I dati di NGS verranno condivisi sulla piattaforma ACC Genomics presso CINECAi/INFN. Tutti i centri parteciperanno alle analisi dei dati ei/o alla valutazione dei risultati, e alle procedure di benchmarking, che prevederanno riunioni ed eventuali sessioni di training ove necessarie.
Budget justification
• Progetto NEOGENE: Il Budget richiesto servira a coprire l'attivita di coordinamento presso il Policlinico San Xxxxxxx di Genova e per le analisi sperimentali che saranno condotte presso INT di Milano, suddivise come segue
Personale € 40 000 per una unita di personale medico presso il San Xxxxxxx, che seguira e coordinera le attivita legate all'arruolamento delle pazienti e fara fronte ad eventuali esigenze cliniche.
Materiale € 12 000 come risorse addizionali per analisi di liquid biopsy (saggio a punto; dPCR) per stimate 20 pazienti
• Progetto STRA-RNA : Il budget del progetto STRA-RNA verra gestito da FPO-IRCCS, Candiolo. Le voci di spesa sono giustificate secondo quanto segue:
Materiali € 55 000, include: (i) costi per il processamento dei campioni, inclusi taglio al microtomo di sezioni FFPE, estrazione dell'RNA e relativi QC mediante Bioanalyzer e Qubit; (ii) kit e reagenti per la generazione delle librerie RNA-seq, e relativi QC; (iii) Kit e reagenti per il sequenziamento con tecnologia Illumina. Piu in dettaglio € 53 000 saranno impiegati per i 160 RNA-seq e € 2 000 per il processamento campioni.
Personale € 30 000, per un bioinformatico che applichera tecniche di machine learning per l'ingegnerizzazione di classificatori prognostici
Servizi € 3 000 per le spedizioni dei campioni
Viaggi/pubblicazioni € 5 000, per coprire i costi di trasferimento del personale dei vari IRCCS coinvolti nel progetto, per meeting operativi e training sui protocolli RNA-seq, e
una pubblicazione open-access.
Referenze
1. Xxxxxxxx P et al; Pathological complete response and long-term clinical benefit in breast cancer: the CTNeoBC pooled analysis. Lancet. 2014 Jul 12;384(9938):164-72.
2. Xxx W, Xxxxx T, Xxxxxxxx P, et al. Pathway level alterations rather than mutations in single genes predict response to HER2-targeted therapies in the neo-ALTTO trial. Ann Oncol. 2016
3. Xxx SH, Xxxxxx NS, Xxxx H et al. High-Throughput Mutation Profiling Changes before and 3
4. Weeks after Chemotherapy in Newly Diagnosed Breast Cancer Patients. PLoS One. 2015 5. Dec 2;10(12):e0142466.
6. Xxxxx XX, Xxxxxxxx XX, Xxxx K, et al. Molecular profiling of the residual disease of triple negative breast cancers after neoadjuvant chemotherapy identifies actionable therapeutic targets. Cancer Discov. 2014 Feb;4(2):232-45
7. Xxxxxxxxx X, Xxxxxxx S, Siena S, Xxxxxxxx A. Integrating liquid biopsies into the management of cancer. Nat Rev Clin Oncol. 2017 Sep;14(9):531-548 Review
8. Xxxxxxxxx RE, Xxxxxxxxx HL, Xxxxxxx CD, Soon-Shiong P, Xxxxxxxxx DL. Molecular heterogeneity in breast cancer: State of the science and implications for patient care. Semin Cell Dev Biol. 2017 Apr;64:65-72.
9. XX Xxxxxx, DW Xxxx, M Xxxxxxx, X Xxxxx, OM Xxxxx, SF Chin, XX Xxxxxxx, X Xxxx, T Xxxxxxx, X Xxxxxx-Xxxxxx, X Xxxxx, S Xxxxxxxx, X Xxxx, D Xxxxxxx, X Xxxxxx, X Xxxxxxx, X Xxxxxx, X Xxxxxxxxx. Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer. N Engl J Med. 2013; 368:1199-209
10. Xxxxxxx M, Xxxxxx I, Xxxxx-Xxxxxxx E, Xxxxx X, Xxxxxxx AK, Xxxxxx JW, Xxxxxx S, Xxxxxxxx J, Xxxxxxx C, Xxxxxx J. Comparison of PAM50 risk of recurrence score with oncotype DX and IHC4 for predicting risk of distant recurrence after endocrine therapy. J Clin Oncol.
11. 2013;31:2783-90.
12. Daidone MG et al. San Xxxxxxx Breast Cancer Symposium. 2017; P2-02-2019
Workpackage 2 - Glioblastoma (ACC-WG GLIOBLASTOMA)
Coordinamento progetto: Istituto Oncologico Veneto IOV, IRCCS, Padova, Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx
Implementazione trasversale di test genomici per il GBM: dalla caratterizzazione genetica di linee derivate dai pazienti alla biopsia liquida
Introduzione
Il glioblastoma (GBM) rappresenta la forma tumorale a più elevato grado di malignità tra le neoplasie intracraniche e quasi invariabilmente recidiva dopo il trattamento standard di Xxxxx che prevede chirurgia, seguita da radioterapia e chemioterapia con Temozolomide. La genetica del GBM in particolare al momento della diagnosi è stata ben caratterizzata e molte mutazioni “driver” sono state identificate, senza però che finora questo si traducesse in un miglioramento della sopravvivenza dei pazienti (1). L’elevato grado di eterogeneità genetica intra-tumorale è uno dei fattori che contribuisce a tale risultato, poiché favorisce l’adattamento del tumore alle terapie a bersaglio molecolare (2). Tale eterogeneità favorisce anche l’evoluzione genetica del tumore a seguito dei trattamenti standard ed è di grande interesse la caratterizzazione genetica del GBM alla recidiva (3).
Obiettivo Generale
Una completa caratterizzazione genetica dei glioblastomi dell’adulto e dei gliomi d’alto grado pediatrici e delle linee tumorali da essi derivati può garantire sia una migliore definizione diagnostico/prognostica del singolo caso, sia l’identificazione dei marcatori genetici o biomarcatori necessari per il reclutamento mirato dei pazienti nei trials di “oncologia di precisione”.
Obiettivi Specifici
1. Completamento della caratterizzazione genetica di linee di GBM, specialmente derivate da recidiva
2. Continuazione del progetto di studio dei pazienti con glioblastoma lungo-sopravviventi (>5 anni)
3. Avvio di un progetto di liquid biopsy su liquor utilizzando un pannello NGS sviluppato dal WG
Risultati preliminari
Nel corso del 2017 e parte del 2018 il WG ha: i) caratterizzato tramite WES 106 linee di GBM; ii) disegnato ed avviato uno studio multicentrico per l’analisi genetica e la profilatura del microambiente tumorale su circa 100 pazienti con GBM lungo-sopravviventi; iii) sviluppato un pannello NGS dedicato ai gliomi; iv) disegnato un approccio di biopsia liquida su liquor mediante ddPCR ed il pannello a 51 geni.
Piano sperimentale
Conclusione del progetto di caratterizzazione genetica delle linee di GBM, includendo ulteriori 30- 40 linee in particolare derivate da GBM recidivato. Le attività prevedono il sequenziamento del DNA tramite WES e lo studio del trascrittoma mediante RNAseq.
Continuazione del progetto sui LTS, con arruolamento dei pazienti ed esecuzione dei test genetici (WES) e di caratterizzazione del microambiente tumorale (IHC e pannello Nanostring) per un massimo di 100 pazienti.
Avvio del progetto liquid biopsy su liquor con sequenziamento del cfDNA mediante il pannello NGS sviluppato dal WG iniziando da campioni di liquor in cui la presenza di specifiche mutazioni sia
stata dimostrata mediante ddPCR. Si stima di mettere a punto il metodo utilizzando inizialmente circa 30 campioni.
Organizzazione attività di rete
Obiettivo 1
• Fornitura di DNA/RNA dalle linee e relative informazioni: ISS-UCSC, Besta, IST-Genova, HSR, IEO, IRST, Candiolo.
• Creazione e mantenimento database info delle linee GBM: IOV.
• Sequenziamento NGS: WES presso IOV, RNAseq affidato da IOV a ditta esterna.
• Analisi dei dati WES presso IOV, analisi dati RNAseq Ospedale Bambin Gesù (Dr.ssa Xxxxxx Xxxxx).
Obiettivo 2
• Centro coordinatore studio GBM LTS: Besta
• Centri partecipanti: Humanitas, IOV, IRE, IRST Meldola
• Centralizzazione campioni biologici: Besta
• Analisi immunoistochimiche e estrazione acidi nucleici: Besta
• Analisi genetiche: IOV
• Analisi Nanostring: IRST Meldola
Obiettivo 3
• Centro coordinatore liquid biopsy: IRCC Candiolo
• Centri partecipanti con fornitura campioni: Humanitas, IRST, Besta
• Centro esecuzione panel NGS ed analisi dati: IOV
Budget justification
Obiettivo 1
Costi previsti per reagenti di sequenziamento circa 40 Keuro più 30 K Euro per personale (biologo e bioinformatico).
Obiettivo 2
Costi previsti per biologo 5 KEuro (prestazione occasionale), per psico-oncologa/data manager 30 K Euro.
Obiettivo 3
Costi per reagenti di estrazione acidi nucleici, NGS e ddPCR circa 30 K Euro. Costo per personale part-time (biologo) 15K Euro.
Obiettivi 1-3
Costi per meeting del gruppo e periodi di training dei ricercatori coinvolti nell’esecuzione dei test NGS 9.5 K Euro.
Referenze
1. X. Xxxxxxxxx, K. D. Xxxxxx, J Clin Oncol 35, 2386 (Jul 20, 2017).
2. M. A. Xxxx et al., Xxx Xxxxx 28, 1448 (Jul 01, 2017).
3. X. Xxxx et al., Xxx Xxxxx 48, 768 (Jul, 2016).
Workpackage 3 – Tumori del colon-retto (ACC-WG COLON)
Coordinamento progetto: IRCCS Humanitas Cancer Center, IRCCS, Rozzano, Dr. Xxxxx Xxxxx
Titolo: Valutazione retrospettiva del profilo di alterazioni genetiche e trascrittomiche in lesioni primitive e secondarie di cancro del colon.
Introduzione
Il CRC rappresenta un modello di implementazione delle conoscenze in oncologia da quasi tre decadi. Uno dei motivi per cui il CRC riveste questo ruolo è legato alla semplicità del modello di progressione (adenoma->cancro) e della stadiazione, cui correlare il danno genico come driver di malattia. Ancorchè semplicistica, questa visione che ha consentito modalità di comprensione e classificazione della malattia innovative è ancora attuale (1).
L’implementazione tecnologica occorsa con l’avvento delle tecniche di NGS ha reso infatti più complessa le modalità di quanto sopra, ma non ne altera la sostanza (2). Si è quindi assistito ad una progressiva riclassificazione della malattia, tutt’ora in corso, secondo profili più articolati, ma che concettualmente tendono a ri-catalogare le conoscenze prodottesi negli ultimi anni secondo profili più complessi e più accurati (3). In quest’ottica, la complessità e molteplicità dei dati segue due linee, una sulla tipologia del danno somatico, l’altra su quello germinale. In entrambi i casi, la tecnologia ha consentito una miglior dissezione della patologia. Ad esempio, nell’ambito del danno germ-line, l’uso di pannelli (relativamente semplici) ha portato la stima del burden di patologia legata alle predisposizioni ereditarie al 10% (4). Appare quindi evidente che la possibilità di usufruire di tools che consentano di intercettare questa quota di patologia è oggi di fondamentale importanza. Sul piano della caratterizzazione del danno somatico, c’è un importante sbilanciamento della mole di dati disponibili verso la patologia avanzata, ovvero metastatica (5). Appare tuttavia ovvio che uno sguardo rivolto alla fase finale della patologia non sia informativo sul comportamento clinico della stessa, nella sua globalità. La visione dei dati raccolti dai pazienti in IV stadio rappresenta l’end-point di condizioni eterogenee, e non è in grado di valutare il rischio relativo di progressione, che è differente stadio per stadio (ovvero tra stadi II e III). La progettualità del WG parte da questa semplice considerazione ed è volta a valutare l’eterogeneità genetica delle condizioni che sottostanno alla malattia metastatica.
Lo studio si avvale di due metodologie parallele (DNA e RNA seq) sulla stessa casistica, retrospettiva. Infatti le aberrazioni genetiche all’origine dell’evoluzione neoplastica comportano alterazioni quantitative e qualitative dello stato funzionale dei geni, e di conseguenza delle cellule tumorali e del microambiente neoplastico. Partendo da questa considerazione, oltre a valutare il danno genico saranno valutati anche i profili di espressione genica, per catturare le alterazioni funzionali che si vengono a creare, ed ottenere una lettura complessiva dello stato del tumore in tutte le sue componenti, comprensive delle signature stromali (6, 7).
Nell’ un’ottica di una progressiva implementazione delle tecniche NGS, tesa alla loro penetrazione nella clinica appare razionale sviluppare un progetto sinergico che veda la caratterizzazione iniziale del danno genico seguita dalla definizione delle relative alterazioni trascrittomiche, utilizzando la medesima casistica di lesioni neoplastiche primitive e secondarie da CRC. Questa sinergia comporta vantaggi strategici sia sul versante scientifico (non esistono dati in letteratura nella comparazione globale DNA-mRNA changes su una casistica di questo tipo) che gestionali, unificando il campionamento della casistica, la gestione dei dati clinici, e le comparazioni bioinformatiche.
Obiettivo generale
Valutare, retrospettivamente, il profilo genico –come danno in coding region selezionate e come alterata espressione- di coppie di lesioni primitive e secondarie (metastasi epatiche), generatisi a vari stadi di malattia, in pazienti sottoposti a diversi trattamenti medici oltre a quello chirurgico.
Obbiettivi specifici
Il raggiungimento dell’obiettivo generale punta al confronto tra il burden del danno genico presente nei tumori primitivi (stadi II/III e IV) e nelle relative lesioni metastatiche (metacrone per stadi II-III, sincrone per stadio IV).
Lo studio parallelo del profilo di espressione di lesioni primitive-secondarie fornirà informazioni sulla traduzione funzionale del danno a livello di espressione. Questo consentirà di confrontare la valenza prognostica dei due approcci omics (genomics vs transcrittomics, comprensivi delle signature molecolari associate a componenti stromali del tumore e determinanti peggior prognosi) per valutarne l’impatto sulla gestione clinica.
Non secondariamente, l’utilizzo del pannello messo a punto da ACC Genomics consentirà anche di individuyare la patologia legata a predisposizioni (inherited), e costituirà quindi un presupposto importante par la validità dell’uso della metodologia NGS nella pratica clinica per la profilazione sistematica di queste condizioni, oggi attuata in modo parcellare e disomogeneo sul territorio nazionale.
Risultati Preliminari
Le metodologie idonee all’esecuzione del progetto sono state messe a punto dai partner deputati (WG Genomics e Candiolo per la parte di transcrittomica). La disponibilità di tecnologie e metodologie wet e dry ottimizzate è fondamentale per l’attuazione del progetto.
Sono disponibili i reagenti per la parte di genomics (Gersom2), mentre a Candiolo è in atto una serie di pre-test su coppie di lesioni primitivo-secondario.
Separatamente, è stata già valutata una casistica historically perspective di oltre 400 casi di tumori stadio II e III, caratterizzati per risposta immunitaria e progressione a metastasi, che sarà valutata per il profilo transcrittomico, per comprendere il fenomeno dell’immuno-evasion.
La collaborazione e lo scambio di dati è attivo su questo fronte con componenti afferenti al GISCAD, e che può rilanciare progettualità precedentemente arenatisi. Lo studio dei profili di risposta immune –già completo per popolazioni linfocitarie T e macrofagi- in comparazione ai profili genomico e trascrittomico rappresenta un valore aggiunto per il WG.
E’ in corso negli IRCCS aderenti al WG il censimento della casistica idonea all’attuazione dl progetto. L’obiettivo finale dello studio è di valutare 250 coppie (120 tumori primitivi e 120 relative metastasi da questi originantesi)
E’ in fase di avviamento a Candiolo la prima valutazione del profilo di espressione in campioni di metastasi metacrone in pazienti seguiti preso lo stesso Istituto (in questa sezione verranno studiate almeno 50 coppie). E’ allo studio l’ottimizzazione del protocollo di estrazione di mRNA da utilizzarsi nello studio.
E’ in sottomissione il protocollo finale al CE (IRCCS Humanitas / Padova).
Piano Sperimentale
Censimento della casistica disponibile. Questo è in essere negli IRCCS aderenti attenendosi ad un data-base distribuito ai componenti del WG (elaborato da Xxxxxx Xxxxxxxx e condiviso).
Revisione dei campioni disponibili e selezione della casistica. Verranno raccolti i data base – anonimizzati- compilati dai vari IRCCS e la casistica verrà rivalutata da un comitato operativo comprendente figure indicate dai singoli IRCCS in un gruppo congiunto, votato all’operatività.
Si stima, in base ai riscontri dai singoli IRCCS che la disponibilità dei campioni sarà superiore alle quantità di analisi corrispondenti al budget erogato. Tale eccesso di casistica, se le aspettative fossero rispettate, viene considerato un plus che potrebbe essere in futuro utilizzato come validation set.
Raccolta e preparazione dei campioni. I campioni verranno allestiti dai singoli IRCCS ed inviati seconda le disponibilità. Qualora vi fossero difficoltà in questa fase, sarebbero risolte con l’invio di una figura tecnica a disposizione del WG, unitamente ai fondi disponibili per l’allestimento del campione. Gli acidi nucleici, una volta estratti, verranno inviati per l’analisi agli istituti devoluto di tale compito, referenti per ACC Genomics e per la parte di transcrittomica (seconda le progettualità precedentemente approvate).
Le analisi NGS saranno condotte nei siti competenti per struttura, per dotazioni tecnologiche e per know-how metodologico, tanto per DNA seq (ACC Genomics) che per RNA seq (Candiolo).
Inoltre, per un sottogruppo di casi è stata proposta l’analisi parallela mediante WES dei primi 20+20 campione, come controllo per messa a punto di analisi di burden mutazionale.
Si specifica che la risorsa aggiuntiva richiesta come unità di personale si intende a velocizzare la fase di esecuzione delle analisi molecolari.
Condivisione dei risultati. I risultati originatisi dalla pipeline di analisi verranno quindi condivisi con i referenti dei singoli IRCCS per le analisi statistiche, che si baseranno sia su metodologie classiche (calcolo OR/ HR per il rischio di sviluppo di metastasi) che innovative (cluster analysis) per le tipologie di alterazioni genomiche e trascrittomiche osservate.
Organizzazione dell’attività di rete. Come sopra descritto l’attività di rete si basa sulla sinergia tra i centri deputati all’analisi wet&dry e gli IRCCS che contribuiscono la casistica oggetto di studio. Trattandosi di uno studio retrospettivo, la casistica, una volta selezionata verrà approntata (estrazione acidi nucleici) in modo centralizzato (Humanitas) e quindi questi saranno trasferiti presso i centri deputati alle analisi NGS. I dati saranno quindi valutati in relazione alle caratteristiche clinico-patologiche dei campioni (stadio, tempo di insorgenza della lesione secondaria, trattamenti ed outcome) ed i dati saranno in primis condivisi con i membri del comitato operativo del WG.
Budget justification
L’unica risorsa aggiuntiva richiesta per il 2019 (dato che si considerano coperte dai precedenti finanziamenti le attività a venire) si intende destinata a velocizzare le attività di NGS (fase wet), in modo da rendere attuativo lo studio retrospettivo in parallelo con l’arrivo dei campionamenti, fornendo il debito supporto ad ACC Genomics.
Referenze
1. Xxxxxxxxx C, Xxxxxxxxxx L, Xxxxx MA, et al. Only three driver gene mutations are required for the development of lung and colorectal cancers. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Xxx 6;112(1):118-23.
2. Xxxx LD, Xxxxxxx XX, Xxxxx S, et al. The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers. Science. 2007 Nov 16;318(5853):1108-13.
3. Xxxxxxx J, Xxxxxxxxxx R, Xxxx X, et al. The consensus molecular subtypes of colorectal cancer. Nat Med. 2015 Nov;21(11):1350-6.
4. Xxxxxxxx MB, Xxxxx MH, et al. Cancer Susceptibility Gene Mutations in Individuals With Colorectal Cancer. J Clin Oncol. 2017;35(10):1086-1095
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6. Xxxxxx C, Xxxxxxx A, Xxxxxxx SE, et al. Stromal contribution to the colorectal cancer transcriptome. Xxx Xxxxx. 2015 Apr;47(4):312-9
7. Xxxxxx C, Xxxxxx F, Xxxxxxx SE, et al. Selective analysis of cancer-cell intrinsic transcriptional traits defines novel clinically relevant subtypes of colorectal cancer. Nat Commun. 2017 May 31;8:15107.
Workpackage 4 – Melanoma (WG ACC Melanoma)
Coordinamento progetto: Istituto Dermopatico dell'Immacolata IDI, IRCCS, Roma, Dr. Xxxxxxxxxxxx Xxxxx – Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxxxxxx
Predittori di risposta terapeutica nel melanoma metastatico attraverso tecnologie di NGS e organoidi.
Introduzione
Nonostante il notevole successo di farmaci inibitori dei checkpoint immunologici (ICPi)nel melanoma (dove le risposte cliniche sono durature) e altri tumori, superare la resistenza innata (primaria) rimane una sfida importante e mancano biomarcatori solidi per guidare il trattamento . Le combinazioni immunoterapiche, come il doppio blocco del checkpoint immunitario (anti-PD-1 + anti-CTLA-4), hanno mostrato un miglioramento dei tassi di risposta nei pazienti con melanoma metastatico, tuttavia il reale beneficio di sopravvivenza per questo approccio rispetto alla monoterapia con PD-1 deve ancora essere dimostrata e oltre la metà dei pazienti ha presentato tossicità significativa dal regime di trattamento. Numerosi trials clinici sono in corso di valutazione per la combinazione "razionale" di strategie per superare la resistenza innata , ma dato il crescente numero di nuove terapie e studi di combinazione, c'è necessità di sviluppare nuovi biomarcatori in grado di predire la risposta farmacologica e anche di modelli pre-clinici, che consentano di predire in tempi rapidi quali farmaci o combinazione di farmaci possano dare una risposta efficace e in quale paziente. Lo sviluppo dell’ oncochip di ACC e’ un passo avanti nella diagnostica di sequenziamento NGS a basso costo per la identificazione di possibili biomarcatori mutati.
Una recente alternativa, che non prevede l' uso di animali di laboratorio almeno in una prima fase, e' rappresentata da colture tumorali tridimensionali ex-vivo (Organotypic Tumor Spheroids, OTS) ottenute da tumori umani (Xxxxxxx RW et al. Cancer Discov. 2017 Nov 3. pii: CD-17-0833.) Gli OTS mantengano la originale popolazione di cellule mieloidi e linfocitarie e permettono di studiare la risposta ad inibitori dei checkpoints immunologici in condizioni sperimentali molto vicini a quanto si verifica nel paziente. Gli OTS permettono inoltre una caratterizzazione molecolare e fenotipica dettagliata del tumore (es. profilo mutazionale, trascrittomico e proteomico, secrezione citochinica, eterogenità clonale, ecc).
Obiettivo generale
Estendere lo studio clinico retrospettivo su melanoma metatstatico (Studio Mela-NGS) e lo studio sugli organoidi passando dalla disseminazione di un protocollo condiviso di generazione di organoidi nel melanoma alla produzione di 100 organoidi da materiale metastatico di pazienti affetti da melanoma.
Obiettivi specifici
1. Estendere l’analisi con Oncochip ACC a ulteriori 50 campioni per sttabilire l’utilità di tale screening molecolare nella predizione dell’outcome terapeutico (best response, progression-free survival, overall survival) e nell’identificazione di mutazioni actionable
2.Generare OTSs a partire da almeno 100 lesioni metastatiche
3.Comparare le caratteristiche fenotipiche e molecolari degli OTSs con le caratteristiche fenotipiche e genetico molecolari del tumore dal quale sono stati derivati.
4. Utilizzare gli OTSs generati per identificare geni actionable
Risultati Preliminari
Disegno sperimentale e specifiche tecniche del Mela-Chip. Lo Studio Oncochip (lung derived) finanziato da Alleanza Contro il Cancro per il Working Group Melanoma, ha ottenuto l’approvazione del Protocollo da parte del Comitato Etico dell’Istituto Dermopatico dell’Immacolata (Istituto coordinatore del WG Melanoma) in data 21/12/2017 con Prot. n.54/CE/2017 in prima istanza, e, in seconda istanza, l’approvazione della modifica con emendamento approvato in data 21/5/2018 con Prot. n. 32/CE/2017. Il protocollo approvato è stato inviato dall’istituto coordinatore a tutti i centri afferenti al Working Group Melanoma che hanno aderito al Progetto (IST Genova, IRCCS Candiolo, IDI Roma, IEO Milano, INT Napoli, INT Napoli, IFO Roma, IOV Padova, IRST Meldola).
Il contributo dei 9 istituti partecipanti ha consentito sino ad ora di selezionare in totale 170 pazienti, di cui 100 pazienti sottoposti a immunoterapia ( Pembrolizumab o Nivolumab) e 70 sottoposti a targeted therapy (Dabrafenib+Trametinib o Vemurafenib+Cobimetinib). I campioni tumorali totali disponibili sono invece 187 (considerando più di una metastasi pre-terapia per paziente), di cui 107 da pazienti sottoposti ad immunoterapia e 82 da pazienti sottoposti a targeted therapy. Sono inoltre risultati disponibili 155 campioni da tessuto sano o sangue periferico, che sommati al numero dei campioni metastatici portano ad un totale di 342 campioni. Gli istituti partecipanti hanno anche fornito le informazioni riguardanti i pazienti (sesso, età, stato mutazionale di BRAF, stadio alla data di inizio della terapia, tipo di terapia,data inizio terapia, data fine terapia, best response, data progressione clinica, time to progression, sito di progressione, data morte, se deceduto per melanoma o meno, data ultimo follow-up) e le informazioni riguardanti i campioni (descrizione, data prelievo, percentuale cellule tumorali, data preparazione del DNA, kit di estrazione, concentrazione del campione, volume, numero di aliquote). Al fine di valutare le peculiarità e la fattibilità del pannello NGS target sviluppato nell’ambito del progetto Alleanza contro il cancro, è stato progettato un esperimento pilota effettuato con lo strumento Xxx Xxx S5™ System. Il disegno sperimentale ha come scopo la definizione dello status mutazione del DNA di 8 pazienti affetti da melanoma, ciascuno dei quali analizzato sia per la linea germinale che per il tessuto tumorale. Il DNA è stato estratto ed inviato dall’Istituto Dermopatico dell’Immaccolata seguendo i parametri tecnici richiesti. I campioni sono stati successivamente processatti presso l’Istituto di Candiolo (FPO-IRCCS). In particolare, è stato seguito il protocollo ACC Lung, rivisitato ad hoc per il progetto Melanoma. Per tutti i campioni di DNA derivati da tessutti FFPE sono stati utilizzati 40 ng di acido nucleico, indipendente dalla natura tumorale o non tumorale del tessuto. Per il DNA estratto dal sangue, la quantità richiesta invece è di 20 ng totali. I campioni inviati sono stati scelti in maniera specifica, selezionando 4 pazienti che presentavano una mutazione a carico del gene BRAF e 4 pazienti risultati WT per il suddetto gene, secondo l’analisi effettuata con le metodiche standard. Per tutti i campioni è stato possibile processare la corretta quantità di materiale. La creazione delle librerie, la formazione del templato e il sequenziamento hanno richiesto circa due giorni e mezzo di lavoro.
Risultati tecnici e Metriche di sequenziamento Le 16 librerie generate sono state sequenziate in utilizzando due CHIP 540 che permettono di ottenere tra i 60 e gli 80 milioni di reads di sequenziamento. Il CHIP 1 ha generato 74497176 reads utili mentre il CHIP 2 86850158 reads utili. In entrambi i casi, sia i valori di policlonalità che di reads di bassa qualità sono nel range ottimale. Per entrambi i sequenziamenti il 97% delle basi sono state allineate in maniera corretta al genoma umano di riferimento GCR37, hg19. Quindici campioni su 16 hanno superato ottimamente i QC bioinformatici di reads e coverage medio. Un solo campione FFPE tumorale caratterizzato da una bassa qualità del DNA imput ha ottenuto valori più bassi, ma comunque accettabili ai fini dell’analisi di chiamata delle varianti.
Risultati Mutazionali Il DNA da tumore e il DNA della linea germinale derivati dallo stesso paziente sono stati inseriti nella medesima corsa di sequenziamento. I dati grezzi sono stati correttamente recuperati dallo strumento e caricati sul Web Software di analisi IonReporter. L’analisi di chiamata di varianti è stata effettuata con la Pipeline bioinformatica sviluppata dal gruppo ACC bioinformatics. Nella pipeline sono è stato inserito un filtro di analisi che permette di visualizzare rapidamente tutte le varianti nelle regioni geniche ritenute “hot spot” mutazionali. Tramite questa analisi, abbiamo confermato in maniera ottimale (8/8) lo status di del gene BRAF. Più nel dettaglio, i tre pazienti che che le metodiche di analisi standard avevano definito BRAFV600E si sono confermati mutati; il pannello è risucito a confermare anche lo status mutazionale del paziente con mutazione BRAFV600K. Inoltre, tutti i campioni WT per il gene BRAF si sono confermati come tali. Tra questi, in due campioni l’analisi delle regioni hot-spot ha permesso di identificare la presenza di mutazioni a carico del gene NRAS ( una p.Q61K e una mutazione p.Q61L). Nessuna delle varianti a carico di questi due geni è stata riscontrata nel campioni di DNA non tumorale.
ORGANOIDI: sono stati generati OTS da tessuto tumorale di pazienti tramite blanda dissociazione meccanica ed enzimatica e successiva selezione, tramite filtrazione, degli aggregati cellulari delle dimensioni comprese tra 40 e 100 um. Gli OTS cosi’ ottenuti sono stati mantenuti in coltura in un idrogel di collagene inserito all’interno di dispositivi 3D di microfludica. E’ stata quindi analizzata la loro composizione cellulare, l’infiltrazione delle cellule del sistema immunitario e la percentuale di vitalita’/mortalita’ tramite immunofluorescenza al microscopio confocale attraverso la colorazione con anticorpi specifici. L’analisi comparata eseguita al giorno 0 fino ad un massimo di 8 giorni ha confermato il mantenimento della vitalita’ cellulare e la permanenza di linfociti T CD8 positivi all’interno degli OTS. Questo sistema rappresenta quindi una potenziale piattaforma per testare nuove combinazioni terapeutiche e studiare la risposta del microambiente tumorale ed in particolare della componente immunitaria. Prevediamo di implementare:
- il pannello di anticorpi per una piu’ completa caratterizzazione fenotipica;
- il tipo di read out per rendere possibili analisi funzionali piu’ specifiche;
- il sistema di microfluidica per estendere la durata delle colture ex vivo attraverso co-colture multicellulari (in particolare la componente vascolare tumorale)
Piano Sperimentale
1. Estendere ad altri 50 casi le analisi con ONCOCHIP
2. Generare OTS a partire da almeno 100 lesioni metastatiche ottenute da pazienti con melanoma prima dell’inizio della terapia con BRAFi+MEKi o ICPi e/o alla progressione e caratterizzarli a livello fenotipico, molecolare e funzionale. Quando la dimensione del campione lo consentira’, si fara’ una prima caratterizzazione immuno-fenotipica del tessuto mediante citometria a flusso con gli anticorpi utili a rivelare tutte le popolazioni tumorali e del microambiente circostante. Questa metodica consente infatti non soltanto di evidenziare le popolazioni cellulari all’interno del tessuto, ma di quantizzarle. Gli OTS verranno mantenuti all’interno di dispositivi microfluidici appositi, che consentono sia la coltura a breve termine, sia il trattamento in vitro. I dispositivi microfluidici verranno creati come precedentemente descritto (Xxxx et al, Integr. Biol., 2013; Xxxxxxx et al, Plos One 2012). Il tessuto tumorale del paziente verra’ sottoposto a breve digestione e gli OTS generati verranno mantenuti su piastre che non consentono l’adesione, per poi analizzarne la composizione cellulare e infiltrazione di cellule del sistema immunitario. Gli OTS saranno suddivisi in base alla loro dimensione (S1 >100μm, S2 40- 100μm e S3 <40μm) e quelli di dimensione intermedia (S2) caricati nel dispositivo in presenza di collagene per successivi trattamenti, come descritto.
3. Confrontare le caratteristiche fenotipiche e molecolari degli OTS con le caratteristiche fenotipiche e genetico-molecolari del tumore dal quale sono stati derivati. La composizione degli
OTS verra’ analizzata mediante immunofluorescenza al microscopio confocale con anticorpi specifici per riconoscere le varie popolazioni di cellule che compongono lo sferoide. Un primo pannello di anticorpi e’ gia’ stato approntato e valutato per la sua specificita’ (vedi Risultati Preliminari). Il pannello verra’ ampliato per poter riconoscere le cellule tumorali di melanoma (S100, MLANA e HMB-45), cellule endoteliali, fibroblasti, cellule mieloidi e linfoidi, macrofagi e cellule NK. Una piccola percentuale degli OTS piu’ grandi (S1 >100μm) verra’ anch’essa caratterizzata fenotipicamente, per poi utilizzare la maggior parte di questi sferoidi per la caratterizzazione genomica attraverso tecnologie di Next Generation Sequencing (NGS). Una prima analisi verra’ condotta su un gruppo iniziale di pazienti per verificare che gli sferoidi riproducano il pattern mutazionale del paziente, per poi estendere lo studio al profilo trascrizionale degli OTS, sia a livello basale, sia dopo trattamento. E’ stato infatti dimostrato che questa metodica puo’ essere condotta sugli OTS estratti dalla camera microfluidica (Aref et al, Lab Chip, 2018).
Questi OTS S1 verranno inoltre utilizzati per il set-up di protocolli di congelamento. E’ infatti importante poter mantenere a lungo termine il materiale derivato dal paziente.
Allo stato basale verranno analizzati i rapporti cellula-cellula e cellula-matrice mediante microscopia confocale, dopo colorazione con anticorpi specifici, e la produzione di citochine, chemochine e fattori di crescita, per poi verificarne il cambiamento in seguito ai trattamenti. Il terreno di coltura verra’ raccolto dopo la semina degli OTS nelle camere microfluidiche e dopo i vari trattamenti, per poi analizzarne la composizione mediante profilazione delle citochine, chemochine e fattori di crescita con assay ELISA.
All’interno del dispositivo potra’ anche essere analizzata la percentuale di cellule morte, vive e proliferanti. Cio’ e’ partoicolarmente rilevante per poter stabilire quali popolazioni di cellule risentono del trattamento e quali invece rimangono vitali. Questo puo’ essere fatto mediante l’uso di colorazioni doppie con marcatori fluorescenti, quali l’arancio di acridina (AO) e il propidio ioduro (PI). Con questi coloranti e’ possibile valutare sia qualitativamente sia quantitativamente le popoazione vive e morte.
Xxxxx’ inoltre studiata la capacita’ degli sferoidi di generare tumore nell’animale immuno compromesso prima e dopo il trattamento. Xxx’ consentira’ di studiare in vivo il comportamento delle popolazioni tumorali che sono risultate resistenti al trattamento.
4. Utilizzare gli OTS generati per identificare geni actionable (ossia bersaglio di farmaci già disponibili, o in sperimentazione clinica), potenziali nuovi targets terapeutici e biomarcatori di risposta/resistenza alla terapia, e per la valutazione dell’attività di farmaci antitumorali e loro combinazioni. Il sistema descritto consentira’ di sottoporre gli OTS a stimoli diversi, sia cellulari, sia farmacologici. Attraverso i canali esterni della camera sara’ infatti possibile aggiungere popolazioni cellulari specifiche per modulare eventualmente la risposta sia del tumore, sia delle cellule del microambiente. E’ stato infatti recentemente descritto un ruolo pro-tumorigenico, cosi’ come anti- tumorigenico, delle cellule mesenchimali staminali (rivisto in Xxx et al, Cancer Science 2017). Questo sistema potrebbe consentire di verificarne l’attivita’ nel melanoma. Sara’ inoltre possibile condurre trattamenti sia singoli, sia combinati che normalmente vengono utilizzati nel tarattamento del melanoma metastico (ad esempio farmaci trageted e immuno checkpoint disponibili) e verificarne l’efficacia e il ruolo del sistema immune nella risposta o resistenza. Questo tipo di esperimenti richiedono un accurato set-up che consenta la corretta diffusione delle cellule e dei farmaci all’interno dell’idrogel.
Organizzazione dell’attività di rete
Le attivita’ di rete sono gia’ state implementate negli scorsi due anni e si basano sulla raccolta comune di campioni di melanoma , il loro sequenziamento e la analisi dei risultati che ne derivera’.
Il coordinamento e’ assicurato dalla segreteria del WG del Melanoma che ha sede c/o l’ IDI di Roma. La parte sperimentale delle sequenze NGS e’ stata centralizzata a Torino c/o il lab del Prof. Medico. Poiche’ l’ Oncochip attualmente utilizzato e’ quello sviluppato da ACC, tutti gli Istituti che si sono forniti delle attrezzature necessarie a utilizzare questo pannello potranno in un futuro prossimo utilizzarlo in house.
Per quanto riguarda il progetto organoidi ci si sta muovendo invece sul set up di protocolli e tecnologie che poi verranno condivisi da tutti i gruppi partecipanti. Il set-up avviene presso il laboratorio della Dr.ssa Xxxxxxxxxxx e dalla Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxx allo IEO di Milano e dalla Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxx dell IRST di Meldola. I protocolli quindi verranno condivisi e ogni laboratorio partecipante condurra’ esperimenti su set di pazienti concordati fra tutti i componenti del WG del melanoma. Poiche’ gli OTS rappresentano colture a breve termine e non consentono, almeno adesso in cui il sistema di Bio-bancaggio non e’ ancora stato messo in atto, di riprodurre gli esperimenti sullo stesso paziente, e’ estremamente rilevante avere una rete di istituti che abbiano la volonta’ di condurre esperimenti in parallelo su una larga casistica di pazienti e condividere i risultati. Xxx’ consentira’ un rapido avanzamento nel set-up prima, e nell’analisi della risposta al trattamento dopo.
Budget justification
Il WG melanoma si e’ organizzato gia’ da due anni per discutere periodicamente i dati scientifici, cosi’ come le criticita’, mediante videoconferenze. Recentemente si e’ invece tenuto un incontro c/o l’ IDI di Roma per discutere i primi risultati ottenuti sugli organoidi. La riunione ha consentito, oltre alla visualizzazione e discussione dei dati nel dettaglio, uno scambio di esperienze che consente una migliore interazione fra i gruppi. Per questo motivo si intende continuare periodicamente con l’organizzazione di questi incontri: una parte del budget e’ quindi allocata alle spese di viaggio e di organizzazione della riunione, che verra’, se possibile, ospitata ogni volta in un’istituzione diversa all’interno del WG.
Il comitato esecutivo di ACC ha accolto la nostra richiesta per la presenza di un bioinformatico (1 FTE a 25 K) che possa analizzare i dati derivanti dall’ utilizzo dell’ Oncochip . Inoltre e’ previsto il supporto per 0,5 FTE a 16 KE) per l’organizzazione, raccolta di campioni, gestione ordini, collegamenti tra i vari Istituti, raccolta ed organizzazione dei dati
Gli acquisti sono mantenuti centralizzati a seconda delle esigenze dei vari gruppi, maniera che risulta al momento piu’ efficace che la stipula di convenzioni ad hoc con singoli istituti.
Workpackage 5 – Immunoterapia (WG ACC IMMUNOTERAPY)
Coordinamento progetto: Ospedale Bambino Gesù, IRCCS, Roma, Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx
SCORE Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico
Introduzione
Il carcinoma polmonare è una delle prime cause di mortalità al mondo con 1.5 milioni di decessi all’anno. La sopravvivenza (OS) a 5 anni non supera il 20% dei casi di nuova diagnosi. Chemioterapia citostatica basata su cis-platino in front-line e docetaxel in seconda linea, per pazienti con carcinoma polmonare a non-piccole cellule (NSCLC) non asportabile o metastatico ha mostrato buoni risultati ma un beneficio limitato in termini di OS (Durm et al, 2017). La terapia molecolare per pazienti con mutazione EGFR o ALK ha mostrato risultati migliori quando comparati alla chemioterapia standard, anche se la maggior parte dei pazienti ricade e necessita di trattamento chemioterapico (Hirsch et al, 2017). L’immunoterapia costituisce l’approccio più innovativo per il trattamento dei pazienti con tumore solido. Le cellule di carcinoma polmonare hanno multipli meccanismi immunosoppressivi che portano all’evasione del sistema immunitario e alla sopravvivenza, tuttavia il blocco del segnale CTLA-4 con anticorpi in monoterapia non è riuscito a raggiungere gli stessi risultati conseguiti nel contesto dei pazienti con melanoma. L’espressione del checkpoint PD-1 è stato dimostrato in differenti tumori, suggerendo che il pathway PD-1/PD-L1 è un meccanismo comune usato dai tumori per superare la sorveglianza immunitaria e favorire la crescita del tumore. Anticorpi anti-PD1 e anti-PDL1 hanno mostrato una rilevante attività in pazienti NSCLC con un significativo beneficio in termini di OS, risposte a lungo termine e buon profilo di sicurezza, sia in pazienti front-line che pre-trattati indipendentemente dal sottotipo istologico (Xxxxx e al, 2015). Inoltre, anche pazienti con espressione negativa del PD-1 ottengono risultati simili per OS quando comparati con pazienti trattati con chemioterapia convenzionale. Dall’altro lato, bisognerebbe considerare che pazienti con alta espressione del PD-1 che vengono sottoposti a trattamento con immunoterapia raggiungono risultati migliori in termini di OS con minore tossicità (Iafolla et al, 2017).
La FDA ha approvato pembrulizomab come trattamento di prima linea per pazienti con NSCLC il cui tumore primario sia caratterizzato da un’espressione maggiore del 50% di PDL1 (Keynote trial) (Xxxxxxxxx et al, 2017. Sul et al. 2015). Tale elevata espressione del PDL1 è osservata in circa il 30% dei pazienti con NSCLC, limitando l’utilizzo di tali farmaci a meno di un terzo dei pazienti di nuova diagnosi.
Sarebbe auspicabile condurre una ricerca atta ad individuare nuovi marcatori e algoritmi in grado di discriminare alla diagnosi i pazienti che potrebbero beneficiare del trattamento immunoterapico per offrire a quest’ultimi un piano terapeutico personalizzato. Inoltre, bisognerebbe considerare anche che i costi del SSN relativi all’utilizzo dell’immunoterapia non sono trascurabili. Attualmente non è ancora chiaro se il paziente può beneficiare realmente di un trattamento prolungato con checkpoint inhibitors, o se la tossicità possa essere limitata applicando l’interruzione del farmaco in seguito all’attivazione di un’appropriata risposta immunologica anti-neoplastica. Infatti, sebbene la monoterapia con alcuni immune checkpoint inhibitors sia in genere ben tollerata, il rischio di tossicità severa aumenta considerevolmente con terapie combinate o con altre forme di immunoterapia, quali TIL (tumor infiltrating lymphocytes) e CAR (Chimeric antibody receptor).
Obiettivo Generale
Identificare biomarcatori altamente predittivi di risposta al trattamento in prima linea con checkpoint inhibitors (CI) nella coorte dei pazienti trattati in prima linea con CI (TRIAL WG LUNG). Tali biomarcatori saranno importanti sia per evitare di esporre pazienti a trattamenti potenzialmente tossici in assenza di efficacia, sia per ridurre la spesa farmaceutica, dati i costi molto elevati di queste terapie.
Obiettivi specifici
Nei campioni bioptici dei primi 80 pazienti arruolati nel trial si conseguiranno i seguenti Obiettivi:
- Obiettivo 1: Analisi del mutational load mediante whole exome sequencing (WES)
- Obiettivo 2: Analisi dei pattern di espressione tumorale mediante RNA-seq e tecnologia NanoString (con trans-validazione dei due approcci)
- Obiettivo 3: Analisi HLA typing nei campioni bioptici e nelle cellule mononucleate del sangue periferico
- Obiettivo 4: Analisi TCR clonality nei campioni bioptici e nelle cellule T del sangue periferico
- Obiettivo 5: Analisi delle caratteristiche metaboliche e dei marcatori solubili
- Obiettivo 6: Eseguire pannello di digital patology per l’identificazione delle sottopopolazioni infiltranti il tumore e correlate con l’outcome
- Obiettivo 7: Valutare il microbiota intratumorale
- Obiettivo 8: Sviluppare un panello di citometria a flusso per identificare sottopopolazioni cellulari nel sangue periferico dei pazienti responders o fast progressor.
- Obiettivo 9: Valutare l’infiltrato immunitario in biopsie di pazienti che sviluppano tossicità cutanea dopo trattamento con checkpoint inhibitor.
- Obiettivo 10: Valutare il viroma polmonare associato allo stato tumorale
- Obiettivo 11: Integrare i dati in un algoritmo di immunoscore e cross-validazione oncochip di ACC-Genomics.
Risultati Preliminari
• Il WG ha disegnato due studi retrospettivi per la valutazione dell’immunoscore in NSCLC:
i) retrospettivo in pazienti con NSCLC primitivo e linfonodi negativi per la validazione del pannello di marcatori IHC. Tale studio prevede la validazione di un pannello a 8 marcatori in una coorte di 150 pazienti.
ii) retrospettivo in pazienti trattati con checkpoint inhibitors per il disegno di uno score comprensivo di test Low and High-Throughput. La coorte dei pazienti (n=80) è stata identificata tra tutti gli IRCCS afferenti e i pazienti sono suddivisi in due categorie di outcome: Good responders e Fast progressor.
• Il WG ha disegnato uno studio prospettico per la valutazione dell’immunoscore in pazienti NSCLC trattati con checkpoint inhibitors per il disegno di uno score comprensivo di test Low and High- Throughput. La coorte dei pazienti (valore atteso 250) è stata identificata nell’ambito dello studio clinico del WG Lung, ed è rappresentata da tutti i pazienti che saranno trattati in prima linea con checkpoint inhibitor.
• Tutte e tre gli studi sono stati approvati alla fine di Luglio 2018 presso il CE del HSR. Ora le approvazioni sono al vaglio dei singoli IRCCS.
• E’ stato concluso lo studio pilota per valutare i test di WES, RNAseq, immunoistochimica, HLA typing, TCR sequencing su campioni paraffinati di pazienti NSCLC. Tale studio pilota condotto su due campioni ha permesso di : 1) definire quantitativamente e qualitativamente il materiale di partenza, 2) dimostrare la fattibilità degli studi su descritti su un numero limitato di slide di
paraffina; 3) garantire la fattibilità degli approcci nonostante la natura paraffinata del materiale biologico.
• Il pannello di citochine cosi come l’analisi dei metaboliti in High-Throughput verranno eseguiti su siero e sono stati già validati su un numero ampio di campioni.
• Sono in esecuzione i test IHC del primo studio retrospettivo in pazienti con NSCLC primitivo e linfonodi negativi, e i test WES, RNAseq, immunoistochimica, HLA typing, TCR sequencing dell’infiltrato intratumorale nella coorte retrospettiva del secondo studio.
Piano Sperimentale
Tipologia di tumore. L’attività sarà focalizzata sui pazienti inclusi nello studio clinico prospettivo del WG Lung e trattati in prima linea con checkpoint inhibitors.
Tipi di biomarcatori analizzati. Verranno di seguito elencati i biomarcatori che verranno analizzati nello studio, raggruppati per tipo di campione analizzato (DNA, RNA, cellule, sezioni di biopsie paraffinate, siero), origine del campione (tumore o tessuti non-tumorali) e tecnologia (NGS, immunocitochimica, proteomica, metabolomica, altro).
Lo studio sarà condotto nei campioni biologici di circa 40 pazienti.
1. Analisi immunoistochimica di sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico). Saranno analizzate sezioni di tumore mediante analisi morfologica convezionale e immunoistichimica al fine di: i) determinare l’espressione di proteine coinvolte nella regolazione dei checkpoint immunitari (in particolare PD1, PDL1); ii) caratterizzare il tipo, la quantità e la sede (con particolare riferimento al margine tumore-tessuto normale) dell’infiltrato CD4+ e CD8+, e delle sottopopolazioni cellulari mieloidi (macrofagi TAM sottotipo M1 o M2, monociti, monociti del sottotipo TEM).
2. Analisi del sangue periferico (analisi dello stato immunologico e metabolico). Verranno raccolti i dati alla diagnosi di: i) Livelli sierici di LDH ed altri indicatori di metabolismo; ii) Stato immunologico: analisi del rapporto Neutrophil-to-Lymphocyte; iii) Livelli di marcatori solubili: diversi studi hanno dimostrato che la crescita neoplastica non è solo un fattore intrinseco della cellula tumorale, ma risente del microambiente tumorale, particolarmente quando quest’ultimo ha le caratteristiche di infiammazione (ad esempio produzione di PTX3). Per tanto, diversi analiti solubili associati a infiammazione saranno studiati dal centro di Humanitas sul plasma dei pazienti inclusi nello studio, al fine di evidenziare una specifica signature prognostica di risposta al trattamento. iv) Metabolomica del siero. Recenti lavori hanno messo in evidenza un ruolo determinante del metabolismo nella regolazione della risposta immunologica alla crescita tumorale (competizione metabolica nel microambiente tumorale come driver di crescita del tumore; ruolo del fosfoenolpiruvato nella regolazione della risposte T-cellulari).
3. Analisi di popolazioni linfoidi isolate dal tumore e dal sangue periferico (analisi della clonalita’ di cellule T e comparazione tra clonotipi intratumorali e periferici). Linfociti T infiltranti il tumore e del sangue periferico saranno caratterizzate per clonalita’ (mediante analisi NGS dei geni del TCR). Inoltre, per integrare i dati di omica con quelli della clonalità T, i dati prodotti saranno comparati con le analisi di WES e RNA-seq.
4. Analisi della perdita di espressione di aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche rispetto alle cellule del sangue periferico. Sarà applicato un approccio NGS per studiare in maniera comparativa gli aplotipi HLA del tessuto tumorale e delle cellule mononucleate del sangue periferico dei pazienti inclusi nello studio, al fine di verificare se l’alterazione nella presentazione degli epitopi tumorali da parte delle cellule neoplastiche, sia un fattore associato a regolazione della risposta alla terapia.
5. Analisi di DNA e RNA su biopsie tumorali (analisi del mutational load, analisi specifiche mutazioni, analisi del pattern di espressione del tumore e dell’infiltrato linfoide).
WES e RNAseq. Campioni di DNA e RNA estratti da biopsie tumorali verranno analizzate mediante WES e RNAseq. Tali analisi consentiranno la determinazione di mutational load, specifiche mutazioni e pattern di espressione del tumore. L’analisi quantitativa dei livelli di espressione di trascritti specificamente espressi da varie sottopolazioni di cellule T, B e mieloidi normali consentirà una valutazione e quantizzazione del tipo di infiltrato linfoide.
Per quanto riguarda i pattern di espressione del tumore, particolare attenzione verrà posta a proteine con domini di localizzazione transmembrana al fine di individuare proteine potenzialmente bersaglio per terapia con CAR T cells. I dati ottenuti verranno, infatti, valutati mediante l'analisi contemporanea di tessuti sani della stessa origine della biopsia e/o delle banche dati presenti relative ad espressione di trascritti in tessuti normali (approfondimento effettuato da IRE e OPBG).
6. Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei. Le reazioni avverse cutanee sono tra i più comuni eventi avversi dell'immunoterapia dei tumori con gli inibitori di checkpoint immunologico. Questo studio riguarderà i casi nei quali nel corso della terapia si sviluppasse una reazione avversa cutanea del tipo vitiligine, psoriasi, lichen planus o pemfigoide. Le biopsie cutanee dei pazienti saranno valutate mediante IHC per infiltrato linfocitario e tale parametro sarà incluso nello score finale.
7. Analisi del microbial signature intratumorale. E’ stata recentemente descritta una maggiore diversità di tipi di batteri nel microbioma (bocca e intestino) di pazienti con melanoma responsivi al trattamento con immune checkpoint inhibitors, e, nell’intestinto, la presenza di specifici tipi di batterio (Clostridiales vs Bacteroidales). Inoltre, recentemente è stato dimostrata una stretta relazione tra infiltrato immune e microbial signature in biopsie di colon cancer (Xxxxxx et al, 2018). Nel nostro progetto, sara’ valutata la correlazione tra risposta al trattamento immunoterapico ed enterotipo (signature del microbiota intratumorale) del paziente mediante l’uso di analisi 16S rRNA (in caso di disponibilità di tessuto tumorale congelato) e validazione con probe-FISH su vetrino (in caso di sisponibilità di materiale neoplastico paraffinato).
8. Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale. Tutti i soggetti adulti sono infettati da molteplici RNA e DNA virali, che comprendono i comuni patogeni e quelli innocui nei più ma deleteri in una ristretta frazione della popolazione (Virgin et al., 2009). Per viroma respiratorio umano si intende l’insieme di tutti i virus eucariotici e batteriofagi che si trovano nel tratto respiratorio superiore e nei polmoni. Così come per le componenti batteriche, la diffusione di tecniche di NGS e della metagenomica hanno rivelato la straordinaria diversità genetica intra ed inter individuale delle specie virali, sia residenti che associate a particolari stati patologici. Oltre al controllo esercitato su altre specie microbiche presenti nei polmoni (Basic M et al., 2014), il viroma respiratorio contribuisce al priming ed alla modulazione delle risposte immuni dell’ospite. Poiché l’immunomodulazione virale può favorire lo sviluppo di neoplasie danneggiando l’integrità genomica, inducendo l’attivazione di oncogeni (Xxxxxx et al., 2011) o alterando il contesto molecolare (Xxxxxxxx and Xxxxxxx, 2006; Ganem, 2010), in questo studio utilizzeremo dati di RNAseq per evidenziare correlazioni tra il viroma polmonare e la risposta all’immunoterapia.
Tipi di studio clinico e casistica. Nello studio saranno reclutati i pazienti affetti da NSCLC arruolati nel trial clinico del WG Lung e trattati in prima linea con checkpoint inhibitors.
Si prevede di arruolare almeno 250 pazienti, e di testare almeno 40 pazienti nella prossima annualità. Il campionamento del materiale biologico avverrà alla diagnosi (resezione chirurgica del tumore in paraffina, sangue periferico), e durante il follow-up di trattamento con checkpoint inhibitors (sangue periferico nei tempi della prima valutazione strumentale, e al tempo della recidiva se presente).
Organizzazione dell’attività di rete
Il WG Immunoterapia ripartirà le attività tra gli IRCCS che al momento hanno già testato e validato i diversi saggi al fine di riuscire a completare le analisi in un arco temporale ristretto. In particolare:
• Analisi immunoistochimica di sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico): Tale indagine sarà eseguita su una piattaforma di digital pathology ad oggi disponibile negli IRCCS di IRE, OSR e INT.
• Analisi del sangue periferico (analisi dello stato immunologico e metabolico): Lo studio di Metabolomica sarà eseguito con un approccio di larga scala, che è stato già ottimizzato presso IRCCS Xxxxxxx.
• Analisi di popolazioni linfoidi isolate dal tumore e dal sangue periferico (analisi della clonalita’ di cellule T e comparazione tra clonotipi intratumorali e periferici): La clonalità del TCRab sarà valutata mediante analisi NGS dei geni del TCR presso OPBG.
• Analisi della perdita di espressione di aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche rispetto alle cellule del sangue periferico: Tale indagine sarà eseguita presso OSR con un approccio già ottimizzato dal IRCCS.
• Analisi di DNA e RNA su biopsie tumorali (analisi del mutational load, analisi specifiche mutazioni, analisi del pattern di espressione del tumore e dell’infiltrato linfoide): L’indagine di WES sui tessuti paraffinati sarà eseguita presso IEO, mentre RNAseq e analisi di espressione in string presso IRE.
• Analisi del microbial signature intratumorale: Tale studio sarà eseguito presso Humanitas.
• Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei: Tale studio sarà eseguito presso IDI.
• Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale: Tale studio sarà eseguito presso IEO.
• Analisi Bioinformatica: Le attività di bioinformatica e creazione di un algoritmo di predizione di outcome saranno ripartite tra IRE e IEO.
Il WG organizzerà TC periodiche in modo da interscambiare in progress i dati e le analisi, creare network lavorativi, sviluppare nuove pipe-line che saranno la base per prossime progettualità.
Budget justification
Materiali: 155.000. L’acquisto di materiale consumabile includerà: anticorpi, kit per immunoistochimica, kit di deparaffinazione, kit di estrazione di acidi nucleici, kit di biologia molecolare, kit di sequenziamento NGS, probe fish, kit per elisa, reagenti per spettrometria di massa.
In particolare, il budget per le attività sarà ripartito come segue:
IHC: 19.000 (IRE, HSR, INT, IDI) WES: 40.000 (IEO)
RNAseq: 40.000 (IRE) HLA typing: 10.000 (HSR)
TCR sequencing: 10.000 (OPBG) Metabolomica: 4.000 (Xxxxxxx)
Microbiota: 10.000 (Humanitas) Fenotipo: 22.000 (HSR, Humanitas)
Personale: 18.000. Il budget sarà utilizzato per dare continuità al personale bioinformatico che ha avviato le attività per l’annualità precedente.
Pubblicazioni/Viaggi: 3.500. Il budget sarà utilizzato per coprire le spese di viaggio per missioni o congresso per il personale che partecipa al progetto.
Coordinamento (incluso corrieri per materiale biologico): 5.000. Il budget sarà utilizzato per adempiere alle necessità del WG in termini di logistica.
Referenze
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Workpackage 6 – Tumori Polmonari (WG ACC LUNG)
Coordinamento progetto: Ospedale San Xxxxxxxx - OSR, IRCCS, Milano, Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx
Validazione del panello genico-polmone di ACC in pazienti con carcinoma del polmone a piccolo cellule (NSCLC).
Introduzione
Il cancro al polmone è la causa primaria di mortalità ascrivibile al tumore nel mondo (Torre, Xxxxxx et al. 2016), e NSCLC rappresenta circa l’ 80-85% dei casi. La maggioranza dei pazienti sono diagnosticati con malattia avanzata o metastatica. Nonostante i progressi nel trattamento del NSCLC, la prognosi rimane infausta, con una sopravvivenza stimata (OS) del 16% .
Grazie ai progressi tecnologici, negli ultimi dieci anni nel NSCLC sono state identificate diverse alterazioni molecolari responsabili dello sviluppo dei tumori dipendenti dagli oncogeni (Rosell and Karachaliou 2016). Attualmente, NSCLC non è considerato una singola entità, ma una patologia eterogenea, che include sottocategorie di tumori del polmone caratterizzati dal punto di vista molecolare, suscettibili ad una inibizione mirata (Xxxx, Xxxxx et al. 2004, Xxxx, Xxxx et al. 2010, Xxxxxxxxx, Xxxx et al. 2012, Xxxxxx, Xxxxxxxxx et al. 2012).
Grazie al lancio di programmi nazionali e‘ stata verificata la fattibilita‘ di screening molecolari su larga scala. Una delle prime analisi genotipiche su larga scala, il Lung Cancer Mutation Consortium, ha valutato driver “actionable” in 10 geni su 1102 pazienti NSCLC provenienti da 14 centri americani. Un driver oncogenico e’ stato identificato in 64% dei casi, 44% dei quali hanno ricevuto targeted therapy (Xxxx, Xxxxxxx et al. 2014). Quei pazienti portatori di alterazioni molecolari oncogeniche che hanno ricevuto targeted therapy hanno mostrato un miglioramento significativo in termini di OS sia rispetto a quelli portatori di alterazioni genetiche non trattati con targeted therapy, sia rispetto a quelli privi di effettivi target druggable.
Questi dati suggeriscono che la caratterizzazione molecolare è necessaria per il trattamento, e consentire quindi ai pazienti di essere inseriti in studi clinici. Lo sviluppo di programmi nazionali e la creazione di un consorzio tra diversi istituti sono risultati essere una strategia vincente per aumentare il numero di pazienti classificati dal punto di vista molecolare, determinando pertanto una aumentata sopravvivenza dei pazienti.
L’uso di Next Generation Sequencing (NGS), che si basa sul sequenziamento di massa parallelo di milioni di diverse molecole di DNA, è entrato nella routine, consentendo così la valutazione contemporanea di mutazioni multiple in geni multipli. NGS è al momento la metodologia di preferenza in diversi paesi, in partenariato con compagnie farmaceutiche e concepito come umbrella programs (lo studio clinico francese SAFIRO2 Lung, l‘inglese Lung Matrix trial e l‘americano Lung Map study etc.).
ACC ha recentemente sviluppato un pannello di sequenziamento per l’identificazione di alterazioni genomiche in 182 geni. I target includono:
-161 geni, considerati “actionable” da una revisione accurata della letteratura. Per ogni gene, l’actionability è stata definita come la presenza di almeno un farmaco con evidente attività clinica associata con una alterazione di quel gene. Tali evidenze cliniche includono l’approvazione da parte di linee guida di FDA o NCCN, studi clinici pubblicati che utilizzano l’alterazione identificata come biomarcatore di stratificazione prospettico, analisi retrospettive che sfruttano tali alterazioni come marcatori di stratificazione a posteriori o case reports di risposta eccezionale.
- 33 geni aggiuntivi, considerati come driver (es geni fondamentali per la biologia del NSCLC), da almeno due di sei pipeline bioinformatiche (Xxxxxxxx et al., 2014, Xxxx et al., 2012; Xxxxxxxx- Xxxxx et al., 2012; Xxxxxx et al., 2013; Xxxxxxx et al., 2014; Xxxxxxxxxx et al., 2013);
- 89 trascritti di fusioni geniche considerati come “actionable” con lo stesso criterio di cui sopra, estratti da database TCGA di fusione relativi a NSCLC (xxxx://00.00.00.000/XxxXxxXxxX0/);
- 141 varianti germinali da 86 geni associati, in campo oncologico, a risposta farmacocinetica alterata a farmaci, estratti dal database PharmGKB (xxxxx://xxx.xxxxxxxx.xxx/).
Obiettivo generale
Validazione dell’Oncochip ACC per il polmone come strumento di screening molecolare. La validazione sarà basata principalmente sulla valutazione dell’accuratezza diagnostica dello strumento nell’individuare due tipi di alterazioni molecolari per le quali sono disponibili test diagnostici standard.
Obiettivi specifci
1. Determinare la percentuale di pazienti NSLC reclutati di cui è disponibile una quantità adeguata di tessuto per effettuare analisi molecolari con metodi standard.
2. Definire le criticità che hanno determinato il fallimento di biopsie con una adeguata quantità di tessuto.
3. Investigare la percentuale di casi classificati dal punto di vista molecolare tramite NGS.
4. Valutare la frequenza delle alterazioni oncogeniche identificate tramite NGS rispetto ai dati di letteratura.
5. Valutare la frequenza di alterazioni oncogeniche (presenza di mutazioni KRAS, fusioni ROS- 1, MET exon 14 skipping mutations, amplificazioni MET e mutazioni BRAF), identificate tramite NGS, rispetto a metodi standard.
6. Valutare, in ogni centro, la sensibilità e specificità della tecnologia NGS per alterazioni molecolari considerate nell’obiettivo primario.
7. Misurare l’intervallo di tempo necessario per ottenere i risultati molecolari (dalla biopsia alla classificazione molecolare standard).
8. Valutare la proporzione di pazienti portatori di alterazioni molecolari, per cui è disponibile una targeted therapy approvata, che hanno ricevuto la terapia raccomandata in accordo alle line guida nazionali ed internazionali o che sono stati reclutati in studi clinici.
9. Valutare il risultato prognostico dei pazienti in accordo alla caratterizzazione molecolare.
Risultati preliminari
Il protocollo e’ stato approvato dal Comitato Etica dell’IRCSS Ospedale San Xxxxxxxx il 13 luglio 2017, e corretto il 9 settembre 2017.
Ad oggi, 20 istituti hanno adottato il protocollo (Ospedale Santa Xxxxx Nuova, IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza, Istituto Xxxxxxxx Xxxxx XX, Istituto Oncologico Veneto, AOU Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxxx, Istituto Nazionale dei Tumori, Ospedale Xxxxxxxxxx, CRO-IRCCS, IRCCS CROB Centro di Riferimento della Basilicata, Istituto Europeo di Oncologia, I.N.T. Fondazione X. Xxxxxxx, Istituto Clinico Humanitas, Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori, Istituto Scientifico Tumori di Genova, Istituto Oncologico Candiolo, Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx, Ospedali Riuniti Villa Sofia - Cervello, La Maddalena S.p.A., IDI-IRCCS). In tutti gli istituti è stata effettuata la site initiation visit.
Il primo paziente è stato reclutato al San Xxxxxxxx l’11 gennaio 2018. Ad oggi, 94 pazienti sono stati inclusi nel trial, 49 dei quali all’IRCCS Xxxxxxxx Xxx Xxxxxxxx, 00 all’XXXXX Xxxx Xxxxxxxx xxxxx Xxxxxxxxxx, 0 all’Istituto Xxxxxxxx Xxxxx XX, 2 al AOU Xxxxxxxxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxx, 0 all’Xxxxxxxx Xxxxxxxxxx, 0 all’Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori, 14 all’Istituto Nazionale Tumori Regina Elena.
Piano sperimentale
- E’ atteso il reclutamento di 200 pazienti nel corso del 2019.
- E’ prevista la raccolta di campioni di sangue per i progetti di ricerca traslazionale satellite.
- Il protocollo sarà corretto per includere la descrizione degli obiettivi dei progetti di ricerca traslazionale.
- In particolare, la rettifica includerà le analisi che saranno effettuate in pazienti che riceveranno inibitori di immune checkpoint, e progettato in accordo con il WG di immunoterapia (valutazione dello stato metabolico dei pazienti, raccolta di feci, brushing bronchiale, monitoraggio di tossicità della cute, analisi di cellule mononucleari periferiche).
- Nel corso del 2019, il DNA circolante isolato dai pazienti reclutati sarà isolato ed analizzato con pannello NGS, e confrontato con i risultati ottenuti nei tessuti.
- L’analisi delle discrepanze tra metodi standard ed NGS sarà effettuato nel 2020.
Organizzazione delle attività di rete
L’IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx è il centro che coordina lo studio clinico. Il protocollo è stato scritto dalla dottoressa Xxxxxxx, in accordo con altri membri della rete ACC, mentre la parte traslazionale pianificata in pazienti che ricevono inibitori di immune checkpoint è stata ideata in collaborazione con il WG di immunoterapia. Il CRF elettronico, che include dati molecolari e clinici dei pazienti reclutati, è stato creato in accordo con la CRO High Research. High Research ha contribuito alla preparazione dei documenti sottomessi ed approvati dalle commissioni etiche di tutti gli istituti coinvolti.
Giustificazione del budget
30.000 euro per il data management (Xxxxxxxx Xxxxxxx)
240.000 euro sono previsti come “fee” di arruolamento di ogni singolo paziente (Eur 1.500) a sostegno dei test/attività non attualmente coperti dal finanziamento ACC-2017, secondo il seguente schema:
ACC WG LUNG fee per paziente arruolato | ||
VOCI DI COSTO PER SINGOLO PAZIENTE | QUOTAZIONI | |
PDL 1 (IMMUNOSTOCHIMICA RECETTORI CELLULE TUMORALI) | € | 60,00 |
DATA MANAGER (MEDIA COSTO AIOM PER PROGETTO) | € | 197,00 |
PREPARAZIONE TESSUTO TUMORALE | € | 20,00 |
Storage Digitale - Analisi Bioinformatica - Reporting | € | 50,00 |
STORAGE BIOBANCA (esclusi costi di conservazione) | € | 15,00 |
SERVIZIO & REAGENTI NGS NON COPERTI DA GENOMICA Qubit® RNA Assay kit (200 reazioni), Qubit® Assay tubes set of 500, High Sensitivity DNA Kit (110 samples), ScreenTape DNA genomico (105 reazioni),Reagenti DNA genomico per TapeStation (105 reazioni), SuperScript™ IV VILO™ Master Mix (50 rxn) (200ul) Screen Tape per RNA ad alta sensibilità (112 reazioni),High Sensitivity RNA ScreenTape Sample Buffer (112 reazioni), High Sensitivity RNA ScreenTape Ladder (112 reazioni), Agencourt AMPure XP 60ml | € | 120,00 |
MUTAZIONI STANDARD (K-RAS B-RAF MET A & MET MU) | € | 760,00 |
PERSONALE_ TECNICO DI LABORATORIO PER CONSERVAZIONE PRELIEVO MATERIALE EMATICO | € | 10,00 |
PERSONALE_MEDICO (Prima visista "screening e successive 10 visite di controllo a paz.) | € | 180,00 |
PERSONALE_BIOLOGIA MOLECOLARE | € | 80,00 |
PERSONALE_INFERMIERISTICO (nr. 3 prelievi "processamento materiale") | € | 8,40 |
TOTALE | € | 1.500,40 |
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Workpackage 7 – Sarcomi (WG ACC SARCOMA)
Coordinamento progetto: Istituti Ortopedici Rizzoli IOR, IRCCS, Bologna, Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxxxx
Definizione Diagnostica dei Sarcomi attraverso la tecnologica NGS Introduzione
I sarcomi sono neoplasie rare la cui incidenza è inferiore a 5 casi su 100.000. Il termine sarcoma di
fatto identifica oltre 100 neoplasie diverse, di cui il 60% maligne (WHO, 2013). Esiste un elevato grado di incertezza nella diagnosi dei sarcomi. Studi recenti (Ducimetiere et al., 2011; Xxxxxxxxxxx et al., 2010; Xxx-Xxxxxxx et al., 2012;) indicano che dal 30 al 50% delle diagnosi di sarcoma effettuate in centri non accreditati risulta erroneo o inaccurato. Questo per scarsa esperienza ma anche per la mancata effettuazione di appropriate indagini molecolari che possono modificare una diagnosi effettuata anche da un patologo esperto in una significativa frazione di casi (circa 13%) ed impattare sulla strategia terapeutica e/o sulla prognosi (Italiano et al, 2016). Non a caso, le linee guida ESMO relative ai sarcomi (ESMO/European Sarcoma Network Working Group, 2014) raccomandano di complementare la diagnosi morfologica con indagini molecolari, specialmente quando il dato molecolare è cruciale per una diagnosi differenziale, ha valenza prognostica o predittiva o la presentazione patologia è inusuale.
In particolare, la rilevazione di traslocazioni cromosomiche e dei loro prodotti (trascritti di fusione), presenti in circa 1/3 dei sarcomi delle parti molli e in alcuni tumori primitivi dell’ osso, di delezioni piu’ o meno ampie (come nel caso di SMARCB1 nei sarcomi epiteliodi) o di mutazioni di KIT, PDGFRA, BRAF, SDH e NF1 nei GIST rappresenta ormai un complemento importante nel workflow diagnostico, prognostico e predittivo dei sarcomi (Xxxxxxxx et al., 2004; Xxxxxx et al., 2015; Xxxxxx et al., 2016) e hanno permesso l’identificazione di sottotipi tumorali a diverso andamento clinico. Nell’ambito dei sarcomi pediatrici la recente identificazione delle traslocazioni CIC-DUX e BCOR-CCN3 hanno permesso di selezionare tumori oggi definiti tumori atipici della famiglia del sarcoma di Xxxxx che mostrando profili immunologici e caratteristiche clinicopatologiche particolari richiedono trattamenti differenziali rispetto al sarcoma di Xxxxx convenzionale (Xxxxxxx I et al, 2016). Tale risultato è stato possibile grazie all’applicazione delle tecniche di sequenziamento parallelo massivo (noto anche come next generation sequencing, NGS), che stanno avendo un impatto significativo nella identificazione di alterazioni che si sono rivelate avere significato diagnostico, prognostico e predittivo.
Le tecniche attualmente in uso per rilevare le specifiche anomalie genetiche ed i geni di fusione che caratterizzano i sarcomi (FISH or RT-PCR) hanno un basso throughput e costi elevati, ed il numero sempre crescente di target molecolari di interesse rendono questi approcci difficilmente impiegabili come metodiche di screening. Per contro l’applicazione della tecnologia NGS agevola in maniera significativa la complementazione della diagnostica molecolare con quella classica (Xxxxxx et al., 2015; Xxxxx et al., 2016; Xxxxxx et al., 2016) ed accelera la scoperta di nuove anomalie genetiche coinvolte nel cancro e potenzialmente utilizzabili ai fini terapeutici grazie all’impiego di farmaci bersaglio-specifici. Una caratterizzazione genica estaustiva è particolarmente rilevante per i sarcomi, che ancora vedono oltre 30 tipologie tumorali prive di una specifica comoscenza.
In questo contesto la rilevazione di transcritti di fusione puo’ avvenire a) mediante l’impiego di pannelli specifici (NGS fusion panel) che sono in grado di rilevare la presenza di trascritti di fusione tra geni comunemente coinvolti nei sarcomi; b) mediante un approccio omico di tipo RNAseq, che consente la rilevazione di tutti i trascritti di fusione, senza alcun bias di preselezione.
Obiettivo Generale
L’obiettivo primario del progetto è il disegno per la realizzazione di uno studio clinico prospettico multicentrico per la identificazione di fusioni geniche (mediante il test selezionato) su tutti i sarcomi dell’osso e dei tessuti molli con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali. I casi che risultarenno negativi verranno studiati approfonditamente (whole exome sequencing e RNAseq) per identificare la presenza di altre alterazioni geniche.
Obiettivi Specifici
Obiettivo 1: Dare continuità al percorso recentemente avviato e prevede di applicare il pannello scelto (Xxxxxx® FusionPlex® Sarcoma kit) su tutti i sarcomi dell’osso e dei tessuti molli (ad es. sarcoma di Xxxxx, sarcoma sinoviale, liposarcoma, sarcomi a cellule, osteosarcoma e condrosarcoma) con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali e/o con caratterizzazione genetica ancora sconosciuta
Obiettivo 2: Applicare le analisi omiche di whole exome sequencing (WES) e RNAseq, nei casi risultati negativi al pannello di fusione (obiettivo 1). Queste tecnologie rispondono alla necessità di ottenere nuova conoscenza per patologie geneticamente ancora non ben caratterizzate Obiettivo 3: Studiare nei modelli sperimentali che il WG sarcomi ha sviluppato in questi due anni di attività (patient-derived xenografts; colture 3D) il significato biologico dei potenziali nuovi drivers patogenetici identificati attraverso l’obiettivo 1 e 2.
Risultati Preliminari. Il WG sarcomi di ACC Genomics ha lavorato in questi ultimi due anni per assicurare ai pazienti con sarcoma il primario diritto ad avere una diagnosi certa. In particolare, Il WG sarcoma ha disegnato due studi retrospettivi per la valutazione delle fusioni genetiche. Lo studio compiuto nel primo anno di attività ha permesso l’ analisi comparativa di efficacia di pannelli NGS in grado di rilevare con elevata sensibilità e specificità fusioni geniche. Lo studio pilota è stato eseguito in Centri specializzati (CRO Aviano, IRE Roma), ha riguardato 20 casi di genetica nota e valutati in parallelo fra i due Centri al fine di ottenere una cross-valutazione dei pannelli utilizzati per la valutazione comparativa. Questo primo studio ha portato alla definizione di un protocollo e alla selezione del kit tecnologicamente più affidabile fra quelli commercialmente disponibili. Nel corso del secondo anno di attività, le procedure sono state estese a tutti i Centri partecipanti al WG sarcomi per procedere alla validazione delle stesse. In questo caso il kit prescelto è stato utilizzato da utenti diversi su tumori diversi, scelti dai diversi Centri sulla base della loro esperienza e delle esigenze diagnostiche. Il processo di validazione, oltre all’utilizzo dello specifico pannello di fusione scelto, comprende anche l’applicazione di tecnologia gene-specifica (qPCR, Digital PCR) e di tecniche tradizionali di immunoistochimica su tissue microarray in modo da meglio integrare le nuove conoscenze con le informazioni della diagnostica morfologica tradizionale. Tutti i centri partecipanti al progetto dispongono di biobanche rappresentative delle diverse patologie. Lo studio avviato nei primi due anni è stato di tipo retrospettivo.
In parallelo, il WG sarcoma attraverso la partecipazione di alcuni Centri (IOR Bologna, INT Milano, OPBG Roma) al progetto europeo IMI2-ITCCP4 ha iniziato un percorso per l’ottenimento di patient-derived xenografts da osteosarcomi, sarcomi di Xxxxx e rabdomiosarcomi pediatrici. La caratterizzazione genetica di questi modelli, operata in parallelo alla caratterizzazione del tumore umano, avverrà attraverso l’impiego delle più complete tecniche omiche (exone-sequencing; RNAseq; Methylation array) e centralizzata presso il Centro X. Xxxxxx di Parigi. Attualmente il gruppo di ACC che partecipa a questo progetto ha provveduto ad inviare 4 modelli da osteosarcoma e 2 modelli da sarcoma di Xxxxx. Tali modelli verranno utilizzati nell’ambito del progetto ACC genomics per lo screening di nuovi farmaci in relazione a specifiche alterazioni generiche. Inoltre presso il Xxxxxxx di Napoli e lo IOR di Bologna sono stati allestite colture in 3D di
cellule di sarcoma, con l’intento di ottenere anche in questo caso dei protocolli d’uso condivisi per una valutazione il più possibile omogenea sia delle caratteristiche di malignità delle cellule di sarcoma in condizioni diverse dal monostrato sia della risposta ad agenti terapeutici.
Piano Sperimentale
Tipologia di tumore. L’attività sarà focalizzata sui pazienti di sarcoma inclusi negli studi clinici prospettici dell’Italian Sarcoma Group. Si analizzeranno sia sarcomi dell’osso che delle parti molli con traslocazione di difficile rilevazione mediante le tecniche tradizionali e/o con caratterizzazione genetica ancora deficitaria
Tipologia di analisi. Lo studio prospettico multicentrico per la identificazione di fusioni verrà eseguito su 35 sarcomi dell’osso e dei tessuti molli.
Obiettivo 1. Verranno applicate le procedure definite nello studio pregresso. In questo modo ci si propone sia di rilevare prodotti chimerici noti risultati negativi alle analisi precedenti (PCR, FISH) sia di identificare nuove fusioni geniche riguardanti i 26 geni rappresentati nel pannello utilizzato al fine di fornire nuove indicazioni diagnostiche. Lo studio prevederà in parallelo sia l’analisi del tessuto tumorale che degli acidi nucleici circolanti nel sangue in modo da stabilire, fra l’altro il livello di sensibilità e di specificità del pannello per la rilevazione delle fusioni nella valutazione di prodotti di fusione circolanti. La disponibilità nei diversi Centri di campioni abbinati di tessuto tumorale e sangue periferico dello stesso paziente rappresenta un valore aggiunto e consentirà di consolidare l’utilizzo della biopsia liquida anche nei sarcomi.
Obiettivo 2. Nei casi risultati negativi alle analisi precedenti, si prevede l’applicazione di analisi omiche mediante WES e RNAseq. Queste tecnologie rispondono alla necessità di ottenere nuova conoscenza per patologie geneticamente ancora non ben caratterizzate. Si prevede di analizzare 5 tumori nel corso del 2019. Tali analisi verranno centralizzate. Il Centro di riferimento per questo tipo di analisi verrà identificato nel xxxxx xxxxx xxxxx, xxxxx xxxx xxxxx xxxxxxxxxx tecniche o cliniche.
Obiettivo 3. Particolare attenzione verrà posta all’identificazione di nuovi drivers patogenetici la cui presenza verrà validata con tecniche tradizionali ed il cui significato studiato nei modelli sperimentali che il WG sarcomi ha sviluppato in questi due anni di attività (patient-derived xenografts; colture 3D). Tali informazioni costitutiranno la base per il disegno di nuovi schemi di trattamento terapeutico da sviluppare nell’ambito dell’Italian Sarcoma Group (partner clinico unico del WG sarcomi). Si vuole in questo modo rispondere a un’esigenza terapeutica importante in quanto i sarcomi a cellule rotonde negativi per le traslocazioni note hanno a tutt’oggi un decorso clinico completamente insoddisfacente a conferma della necessità di identificare nuovi bersagli molecolari verso cui indirizzare trattamenti mirati.
L’obiettivo finale è la definizione di standard operating procedures (SOP)s condivise fra tutti i Centri afferenti a Alleanza contro il Cancro da trasferire sul territorio nazionale per una pratica diagnostica uniforme nei sarcomi di difficile definizione genetica. Questo è essenziale per programmare un esatto piano terapeutico. Ad oggi infatti i pazienti con sarcomi che sfuggono ad una precisa classificazione genetica hanno spesso una prognosi avversa.
Organizzazione dell’attività di rete
Oltre all’esperienza ampiamente documentata sulle tematiche in oggetto da parte dei componenti il WG sarcomi (Xxxxxx M et al, 2015; Xxxxxx M et al. 2016; Xxxxxx M et al, 2017a; Xxxxxx M et al,
2017b), elemento essenziale è la collaborazione con i patologi ed i clinici di riferimento dell’Italian Sarcoma Group (ISG) che garantisce l’accesso a serie ben caratterizzate di sarcomi con revisione patologica centralizzata e follow-up completo. Questo fatto consentirà non solo un adeguato reclutamento di casi di queste rare patologie ma anche una rapida validazione e traslazione clinica delle nuove scoperte. Vista la rarità della maggior parte dei sarcomi oggetto dello studio, questa connessione risulta essenziale per operare a livello nazionale, superando le barriere di territorialità, ed ottenere una mole significativa di risultati in tempi non eccessivamente lunghi.
In particolare:
• Analisi di fusioni geniche: L’indagine verrà eseguita in ogni singolo Centro sulla base di procedure condivise. Ogni Centro si riserva anche di validare i dati genetici mediante tecniche tradizionali (qPCR; FISH) e/o mediante analisi immunoistochimiche su materiale conservato in paraffina. L’analisi delle fusioni nel sangue periferico verranno ottimizzate presso Candiolo Torino e IOR Bologna ed estese successivamente agli altri Centri.
• Analisi di DNA e RNA su biopsie tumorali (analisi del mutational load, analisi specifiche mutazioni, analisi del pattern di espressione del tumore): L’indagine di WES ed di RNAseq sui tessuti congelati e/o paraffinati e relativa analisi bioinformatica sarà eseguita presso i Centri di maggiore esperienza nel settore (presumubilmente CRO Aviano e IRE, Roma)
Il WG organizzerà TC periodiche in modo da inter scambiare in progress i dati e le analisi, creare network lavorativi, sviluppare nuove pipe-line che saranno la base per prossime progettualità.
Budget justification.
Materiale di Consumo: 89.000 euro. Ipotesi di 35 casi per il fusion clinical trial: 73.000 euro. Utilizzabili per l’acquisto di materiale consumabile che includerà l’acquisto del kit per la rilevazione delle fusioni, kit di estrazione di acidi nucleici, kit di biologia molecolare, kit per la preparazione delle library geniche, probe FISH e primers per PCR; anticorpi per validazioni a livello proteico. Ipotesi di 5 casi per WES e RNAseq (+ 5 controlli): 16,000. Utilizzabili per l’acquisto di materiale consumabile che includerà kit di sequenziamento NGS e di biologia molecolare. Il budget relativo al materiale di consumo verrà ripartito fra i Centri che opereranno le analisi, sulla base del numero di casi analizzati, fino al raggiungimento dell’obiettivo.
Personale: 25.000. Il budget sarà utilizzato per dare continuità al personale FTE wet che ha avviato le attività per l’annualità precedente.
Pubblicazioni/Viaggi: 2.500. Il budget sarà utilizzato per coprire le spese di pubblicazione.
Referenze:
1. Ducimetière F1, Xxxxxx A, Ranchère-Xxxxx X, Xxxxxxxxxxxx AV, Xxxx'h M, Xxxxxx L, Xxxxxxxxxxxx P, Xxxxxx C, Xxxxxxx L, Xxxxxxxxx PP, Xxxxxxx JY, Xxxxxx AM, Xxxxxxxx C, Xxxxxxx D, Xxxx JY, Xxx-Xxxxxxx X.
2. Incidence of sarcoma histotypes and molecular subtypes in a prospective epidemiological study with central pathology review and molecular testing. PLoS One. 2011;6(8):e20294. doi: 10.1371/journal.pone.0020294. Epub 2011 Aug 3.
3. Xxxxxxxxxxx G, Xxxxx E, Xxxxxxx L, Xxxxxxxx MC, Xxx-Xxxxxxx I, Xxxx A, Xxxxxx U, Xxxxxxx A, Xxxxxxxx P, Xxxxx CR. A European project on incidence, treatment, and outcome of sarcoma. BMC Public Health. 2010 Apr 12;10:188. doi: 10.1186/1471-2458-10-188. PubMed PMID: 20384990; PubMed Central PMCID: PMC2882909.
4. Xxx-Xxxxxxx I, Xxxx JY, Italiano A, Le Cesne A, Penel N, Xxx J, Xxxx F, Rueger R, Xxxxxx B, Xxxx M, Xxxx D, Xxxxxxxxx SA, Xxxxxxxx LT, Xxxxxxx GL, Bui BN. Conticanet group. Sarcoma: concordance between initial diagnosis and centralized expert review in a population-based
study within three European regions. Ann Oncol. 2012 Sep;23(9):2442-9. Epub 2012 Feb
13. PubMed PMID: 22331640; PubMed Central PMCID: PMC3425368.
5. Xxxxxxxx A, Xx Xxxxx I, Xxxx J, Xxxxxxx G, Xxxxx N, Xxxxxxx L, Xxxxxx F, Xxxxxxx F, Xxxxxxx AC, Xxxxxxxx JP, Xxxxxxx F, Xxx M, Ranchère-Xxxxx D, Xxxxxxx P, Xxxxxxx S, Xxxxxxx JM, Pedeutour F. Clinical effect of molecular methods in sarcoma diagnosis (GENSARC): a prospective, multicentre, observational study. Lancet Oncol. 2016 Apr;17(4):532-8. doi: 10.1016/S1470-2045(15)00583-5. Epub 2016 Mar 10. PubMed PMID: 26970672.
6. Xxxxxx X, Maestro X. Xxxxxxx parallel sequencing in sarcoma pathobiology: state of the art and perspectives. Expert Rev Anticancer Ther. 2015;15(12):1473-88. doi: 10.1586/14737140.2015.1108192. Epub 2015 Nov 4. Review. PubMed PMID: 26536249.
7. Xxxxxx M, Xxxxx S, Xxxxxx M, Xxxxxxxxxx D, Xxxxxxx L, Xxxxxxxxx D, Xxxxxx L, Lamon S, Dei Tos AP, Maestro R. Transcriptome sequencing identifies ETV6-NTRK3 as a gene fusion involved in GIST. J Pathol. 2016 Mar;238(4):543-9. doi: 10.1002/path.4677. Epub 2016 Xxx
25. PubMed PMID: 26606880.
8. Xxxxxx M, Xxxxxxx A, Xxxxx V, Xxxxxxxxx X, Xxxxxxxxxx S, Xxxxxxxx M, Xxxxxxx M, Xxxxxxx A, Xxxxx M, Xxxxxxx R, Xxxxxx M, Dei Tos AP, Xxxxxxx GP, Xxxxx T, Xxxxxxx S, Xxxxxx PG, Xxxxxx G, Xxxxxxx A, Xxxxxxxxxxx S, Xxxxxxxx MA. Identification of SRF-E2F1 fusion transcript in EWSR-negative myoepithelioma of the soft tissue. Oncotarget. 2017a May 17;8(36):60036- 60045. doi: 10.18632/oncotarget.17958. eCollection 2017 Sep 1. PubMed PMID: 28947952; PubMed Central PMCID: PMC5601120.
9. Urbini M, Astolfi A, Pantaleo MA, Serravalle S, Dei Tos AP, Picci P, Indio V, Xxxxxxxxx M, Xxxxxx S, Xxxxx A, Xxxxxxxxxx M, Xxxxxxx A, Xxxxxxx C, Xxxxxxx GP, Xxxxxxx S, Xxxxxxx R, Xxxxxx M, Xxxxxxxx M, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxx A, Xxxxxx G, Xxxxxx PG, Xxxxxxxxxxx X. XXXX0 as a novel fusion partner of NR4A3 in extraskeletal myxoid chondrosarcoma. Genes Chromosomes Cancer. 2017b Jul;56(7):582-586. doi: 10.1002/gcc.22462. Epub 2017 May 4. PubMed PMID: 28383167.
Workpackage 8 – Tumori Ematologici (WG ACC -Haemato-Oncology)
Coordinamento progetto: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Xxxx. Xxxx Xxxxxxxx Xxxxxxx ad interim
Valutazione del rischio di leucemia secondaria in pazienti guariti da tumore Introduzione
I pazienti guariti da tumore sono in continuo aumento, come conseguenza del miglioramento delle cure oncologiche e dell’allungamento progressivo della durata della vita, che a sua volta determina un incremento dell’incidenza dei tumori. Sfortunatamente, come conseguenza delle terapie chemioterapiche e/o radioterapiche eseguite per il tumore iniziale, le persone guarite da tumore, sia bambini che adulti, hanno un rischio elevato di sviluppare varie malattie del sangue, rappresentate da uno spettro continuo di patologie ematologiche, comprese acute myeloid leukemia (t-AML), myelodysplastic syndrome (t-MDS), e myelodysplastic syndrome/myeloproliferative neoplasms (t-MDS/MPN), categorizzate dalla classificazione WHO come therapy-related myeloid neoplasms (t-MN). Queste malattie sono frequenti (10-20% per citopenie e sindromi mielodisplastiche; 1-5% per leucemie), spesso non diagnosticate o diagnosticate troppo tardi, e rappresentano una sfida per la qualità della vita e la sopravvivenza delle persone guarite da tumore (Xxxxxx et al, 2013; Xxxxxx et al, 2011; Xxxxxxxxx et al, 2015; XxXxxxxx et al, 2017; Xxxxxxx et al, 2018). Si suppone che l’incidenza di t-MN aumenterà progressivamente con l’invecchiamento della popolazione e con il progressivomiglioramento delle terapie oncologiche.
Le t-MN possono emergere in seguito al trattamento di diversi tipi di tumore primario, ma i più comuni con rischio associato di sviluppare t-MN sono i tumori del seno e le malattie linfoproliferative (linfomi non-Hodgkin e Hodgkin, in particolare) (Xxxxxx et al, 2013; Xxxxxxxxx et al, 2015; XxXxxxxx et al, 2017; Xxxxxxx et al, 2018). L’incidenza di t-MN è molto variabile e fortemente influenzata dal tipo di tumore primario e dal tipo di trattamento associato, sia in termini di farmaco utilizzato che in termini di intensità e di dosi cumulative utilizzate: da 0.5-1% nel tumore al seno o in pazienti affetti da linfomi di Hodgkin, al 10% in linfomi non Hodgkin (Xxxxxxxx et al, 2014; McNerney et al, 2017; Fianchi et al, 2018). Gli agenti alchilanti e gli inibitori della topoisomerasi II sono i farmaci più strettamente collegati ad un incremento del rischio di t- MN. Gli agenti alchilanti sono associati a t-MN con un periodo di latenza più lungo e si presentano con MDS, mentre gli inibitori della topoisomerasi mostrano periodi di latenza più brevi e si presentano come AML conclamata. Inoltre, l’aggiunta di radioterapia alla chemioterapia aumenta il rischio di t-MN in alcuni, sebbene non tutti, i tumori (Xxxxxx et al, 2012; XxXxxxxx et al, 2017; Xxxxxxx et al, 2018). Poiché le t-MN si sviluppano in meno del 10% degli individui che hanno subito trattamenti anche pesanti, che circa il 10% dei pazienti hanno avuto diagnosi di più di un tumore nel periodo che precede la prima diagnosi di t-MN e che la latenza della malattia sia in alcuni casi molto lunga (decenni) ha fatto ipotizzare che esistano dei fattori ereditari predisponenti alla sua insorgenza. Mutazioni a livello della linea germinale in geni di suscettibilità tumorale (BRCA1/2, TP53, PALB2, CHEK2, geni della anemia di Xxxxxxx, XX0, XXX00X, XXXX0, XXXX0X) sono stati riscontrati in pazienti che sviluppano t-MN, ma solo nel 20% dei casi, sottolineando come l’ereditarietà sia un fattore importante, ma non l’unico che possa spiegare un aumentato rischio di sviluppare t-MN (reviewed in McNerney et al, 2017).
Le analisi genomiche condotte fino ad oggi non confermano l’ipotesi secondo cui la t-MN emergerebbe a causa di mutazioni indotte da trattamento chemio- e/o radioterapico. Infatti, sia il numero di mutazioni, sia lo spettro di mutazioni risultano simili in t-MN e in AML de novo e i geni mutati in t-MN corrispondono completamente a quelli della AML de novo. In particolare, la t-MN
presenta le stesse caratteristiche genomiche di altre AML de novo ad alto rischio, con circa il 40% con mutazioni di TP53 e circa il 70% dei casi con del(5q) o -7/del(7q), anomalie e cariotipi complessi (che emergono tipicamente successivamente al trattamento con agenti alchilanti) (Xxxxx et al, 2003; Xxxx et al, 2015; Ok et al, 2015; Xxxxxxxx et al, 2015; XxXxxxxx et al, 2017).
L’ematopoiesi clonale con potenziale indeterminato (CHIP) e’ una condizione recentemente descritta associata ad una aumentata frequenza di AML. La CHIP si riferisce alla presenza nel sangue periferico di individui sani di popolazioni clonali di cellule ematopoietiche con mutazioni somatiche in geni associati a neoplasie ematologiche (es. XXXX0X, XXXX0, XXX0, XX00 e altri), in assenza di evidenti segni di patologia ematologica. La CHIP viene riscontrata nell’1% circa di individui sani con meno di 40 anni, ma la sua frequenza aumenta con l’età fino a raggiungere il 2- 3% negli individui oltre i 60 anni e il 10-14% sopra i 70 anni d’età. Il sequenziamento ultrasensibile ha rivelato CHIP in circa il 95% degli individui sani di 50-60 anni di età (reviewed in Xxxxxx et al, 2018). La CHIP è associata ad una maggiore probabilità di sviluppare tumori ematologici ed è stato evidenziato che il 60% dei pazienti che sviluppano t-MN mostrano CHIP ancor prima di ricevere il trattamento per il tumore primario (analisi limitata ad un numero ristretto di pazienti; Xxxxxxxxx et al, 2017). Inoltre, il 15% di pazienti affetti da tumore al seno e/o ovarico sviluppano CHIP dopo un ciclo di chemioterapia, il 27% dei pazienti dopo due cicli (Xxxxx et al, 2013; Xxxxxxx et al, 2016; Xxxxxxx et al, 2016). Il trattamento chemioterapico sembra, quindi, aumentare l’incidenza della CHIP.
La nostra ipotesi di lavoro è che chemioterapia e/o radioterapia promuovano la selezione clonale di cellule staminali ematopoietiche con mutazioni somatiche acquisite prima del trattamento. La concomitante presenza di mutazioni a livello della linea germinale in geni di suscettibilità tumorale potrebbe aumentare il pool di cloni ematopoietici (CHIP) pre-esistenti e/o favorire l’accumulo di successive mutazioni somatiche.
Obbiettivo Generale
L’obiettivo generale del progetto è la definizione del valore predittivo per lo sviluppo di t-MN di: i) mutazioni a livello della linea germinale di geni di suscettibilità tumorale, e ii) cellule staminali ematopoietiche (HSC) pre-esistenti con mutazioni somatiche acquisite (CHIP).
Obbiettivi specifici
Nello specifico, verrà definito il ruolo dei seguenti fattori nello sviluppo di t-MN: i) Tipo di alterazioni genetiche nella linea germinale (varianti ereditarie); ii) Numero e dimensioni dei cloni CHIP, numero e tipo di geni CHIP mutati (a diversi intervalli temporali prima e dopo chemioterapia); iii) Interazione tra mutazioni germinali e mutazioni somatiche CHIP; iv) Accumulo di danno al DNA successivo al trattamento chemioterapico; iv) Correlazione tra alterazioni genetiche pre-esistenti (linea germinale, CHIP) e successive (t-MN).
Risultati Preliminari
Ad oggi abbiamo completato lo studio per il disegno dei pannelli genici necessari per le analisi genomiche previste dallo studio. In particolare:
1) Analisi di varianti germinali. E’ stato disegnato un pannello genico per analisi NGS di DNA della linea germinale ottenuto dalla saliva dei pazienti reclutati. Sono stati inseriti circa 130 geni di suscettibilità tumorale, inclusi quelli più frequentemente associati con il rischio di sviluppare tumori solidi (n=52) e tumori ematologici (n=78). Il disegno del pannello è stato discusso con la Dr.ssa Xxxxxxxx X. Xx Xxxxx (MD Xxxxxxxx) del Department of Leukemia, Hereditary Hematologic Malignancy Clinic.
2) Analisi di emopoiesi clonale (CHIP). Sono stati disegnati due pannelli genici: i) pannello genico ad alta densità. Tale pannello comprende 80 geni, identificati come mutati in almeno due dei 19 studi pubblicati fino ad oggi sull’analisi genomica dell’emopoiesi clonale. Tale pannello verrà utilizzato con tecnologia NGS convenzionale, caratterizzata da una sensibilità del 5%. ii) pannello genico a bassa densità. Tale pannello comprende l’intera sequenza codificante e le posizioni hotspot dei 25 geni più frequentemente mutati in emopoiesi clonale. Tale pannello verrà utilizzato con tecnologia di sequenziamento ad alta sensibilità (Duplex), che permette di ricostruire la molecola di dsDNA complementare ed identificare le varianti genetiche solo se identificate su entrambe le eliche, riducendo così l’errore del NGS fino a 106 volte. Abbiamo applicato la tecnologica del Duplex per identificare mutazioni specificamente associate a ricaduta in 30 pazienti affetti da AML ed abbiamo identificato varianti con frequenze dello 0.003%.
3) Analisi mutazionale di t-MN. E’ stato disegnato un pannello NGS per analizzare il panorama mutazionale dello sviluppo di t-MN durante il corso dello studio. Tale pannello comprende 181 geni, che includono tutti i geni drivers di AML, tutti i geni definiti actionable (cioè geni per i quali è noto un rischio aumentato, rischio relativo superiore alle 5 volte, rispetto alla popolazione generale di sviluppare tumori e per i quali siano disponibili linee guida internazionali di management di validata efficacia), più i trascritti di fusione che derivano dalle traslocazioni identificate in tumori ematopoietici. Tale pannello verrà utilizzato con tecnologia NGS convenzionale.
Piano Sperimentale
Sarà messo a punto uno studio prospettico di biomarcatori:
1) Coorte di pazienti: I) pazienti affetti da tumore al seno sotto trattamento adiuvante e neo- adiuvante con protocolli di trattamento che includano antracicline (1,000 pazienti). Saranno reclutati solo pazienti non precedentemente trattati con terapia anti-tumorale; II) pazienti affetti da linfomi non-Hodgkin sotto trattamento chemioterapico e immunoterapico (anti-CD20) (1,000 pazienti). Saranno reclutati solo pazienti non precedentemente trattati con terapia anti tumorale.
2) Timing di analisi: Per seguire nel tempo l’impatto del trattamento chemioterapico sull’evoluzione della CHIP, i campioni per le analisi verranno raccolti nei seguenti momenti:
i) cellule della mucosa boccale: al momento della diagnosi (prima del trattamento chemioterapico); ii) cellule del sangue periferico: al momento della diagnosi (prima del trattamento chemioterapico), prima di ogni ciclo di chemioterapia, per 4/6 cicli (eccetto il primo ciclo), 3 mesi dopo l’ultimo ciclo di chemioterapia, 6, 12, 24, 36, 48, 60 mesi dopo l’ultimo ciclo di chemioterapia, all’eventuale sviluppo di neoplasie mieloidi secondarie
3) Campioni: da ogni campione di sangue periferico, mediante un gradiente di densità per centrifugazione, usando Ficoll-Paque Plus, isoleremo le cellule mononucleate e il plasma, come fonte di biopsia liquida per eventuali ulteriori analisi. Per stoccaggio a lungo termine il plasma verrà congelato a -80°C e le cellule mononucleate saranno congelate vitali e stoccate in azoto liquido. Il DNA genomico e l’RNA verranno estratti sia dalle cellule della mucosa boccale che dalle cellule del sangue utilizzando il kit della Qiagen AllPrep DNA/RNA mini, seguendo le istruzioni del produttore. Dopo quantificazione con il Qubit (Invitrogen), da 200 ng a 1 µg di DNA saranno frammentati a una dimensione media di circa 200 pb con il Covaris e soggetti a preparazione delle librerie per il sequenziamento su Illumina NovaSeq.
4) Analisi genetiche: i) analisi delle mutazioni germinali su DNA delle cellule della mucosa boccale tramite sequenziamento con tecnologia NGS convenzionale (Ion AmpliSeq
technology, ThermoFisher Scientific, per targeted enrichment), caratterizzata da una sensibilità del 5%. Targeted enrichment verrà effettuato con il pannello custom di geni per l’analisi di varianti germinali descritto sopra. Ii) analisi genomica della CHIP sul sangue periferico, utilizzando o il pannello genico ad alta densità e tecnologia NGS convenzionale (Ion AmpliSeq technology, ThermoFisher Scientific, per targeted enrichment) o il pannello per il sequenziamento ultrasensibile, Duplex. Per il Duplex, le librarie verranno preparate secondo il protocollo descritto in (Xxxxxxx et al, 2014) con alcune modifiche riportate in (Xxxx et al, 2014) and (Xxxxxxx et al, 2015). Due round consecutivi di enrichment verranno eseguiti con il pannello custom con i 25 geni più frequentemente mutati in CHIP (Integrated DNA Technologies) secondo le indicazioni del produttore. Iii) analisi mutazionale di t-MN. Un’analisi mutazionale di t-MN sarà effettuata nel midollo osseo e nel sangue periferico all’insorgenza della patologia. Utilizzeremo tecnologia NGS convenzionale (Ion AmpliSeq technology, ThermoFisher Scientific, per targeted enrichment) con il pannello custom di 181 geni descritto sopra.
5) Attivita’ 2019. Per l’anno 2019 è prevista la validazione dei pannelli di geni custom di cui è stato completato il disegno (ottobre 2018-maggio 2019), la validazione del Duplex mediante droplet digital PCR (Biorad) e l’inizio del reclutamento dei pazienti a partire da settembre 2019. Lo studio clinico è stato approvato dal CE IEO il 26/settembre/2018 (protocollo n. R849/18-IEO 893) e verra’ esteso ai centri partecipanti nel 2019. E’ previsto l’arruolamento di ~50 casi IEO nel 2019.
Organizzazione dell’attività di rete
Un meeting del WG per la discussione della logistica di tale studio e’ previsto in occasione del Meeting ACC di ottobre 2018. In generale, e’ previsto che IEO termini la validazione dei vari pannelli e che le analisi dei pazienti siano poi eseguite presso i centri afferenti allo studio, secondo un modello organizzativo gia’ sperimentato per il clinical trail Lung Cancer (Vedi WG Lung Cancer).
Budget justification
Per il 2019 si richiede il finanziamento per:
- copertura del salario di un tecnico. In particolare, il costo/salario del tecnico (19,000 E/anno) dedicato a questo studio è coperto fino a maggio del 2019, per cui si richiede la copertura del costo 2019 rimanente (11,000 E).
- costo reagenti. Il costo/paziente per il sequenziamento del DNA con i pannelli previsti non è ancora definito, in particolare per la tecnologia Duplex, che è in corso di validazione. Approssimativamente, si calcola un costo/paziente per i tre pannelli di circa 1,500 E. E’ previsto l’arruolamento di ~50 casi nel 2019, ma in considerazione di possibili ritardi nel reclutamento si richiede la copertura per il sequenziamento di 25 pazienti. Per la purifica delle cellule mononucleate dal sangue periferico e l’estrazione e la quantificazione di acidi nucleici (DNA/RNA): 2,000 E. Per la preparazione delle librerie di NGS e di sequenziamento: 31,000 E. Per la validazione di alcune delle mutazioni identificate: 2,000 E. Il WG cerchera’ altri finanziamenti per la copertura dei costi di sequenziamento dei pazienti previsti (contatti in corso).
- Spese di viaggio per le riunioni del WG: 20,000 E per i
Referenze
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Workpackage 9 – Genomics/Bioinformatics (ACC WG Genomics)
Coordinamento progetto: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dr. Luca Mazzarella
Implementazione del pannello GerSom2 e della relativa piattaforma di analisi e interpretazione dei dati genomici
Introduzione
Le informazioni ottenute nell'ambito di ampi studi multicentrici di sequenziamento dei genomi tumorali e germinali, in particolare nel progetto The Cancer Genome Atlas e nella sua ri-analisi nel progetto Pan Cancer Atlas (Gao et al. 2018; Bailey et al. 2018; Huang et al. 2018; Hoadley et al. 2018), recentemente conclusi, hanno notevolmente ampliato la nostra conoscenza delle alterazioni molecolari alla base della storia naturale dei tumori, gettando le basi per una completa mappatura sia del rischio che della sensibilita' a differenti farmaci, inclusi i piu' recenti immunoterapici (Rizvi et al. 2015; Thorsson et al. 2018). Il Pan Cancer Atlas, in particolare, offre oggi la possibilita' di una classificazione genoma-centrica dei tumori, piuttosto che basata sulla istologia come da attuale prassi. E' possibile quindi oggi idnvidiuare tre categorie di varianti genomiche rilevanti dal punto di vista clinico e biologico: i) varianti associate a rischio tumorale (cancer predisposing genes), identificabili nel genoma; ii) varianti in grado di influenzare la storia naturale della malattia (driver genes), identificabili nel DNA tumorale ed assenti nella linea germinale; iii) varianti in grado di indirizzare il trattamento (actionable genes e varianti farmacogenomiche), identificabili sia nella linea germinale che somatica. Il raffinamento delle tecnologie di sequenziamento consente oggi di integrare il processo di valutazione del rischio tumorale con quello di analisi prognostica/predittiva, che possono essere condotti sulla medesima piattaforma di sequenziamento. Questo processo integrato necessita tuttavia di un notevole salto di qualita' sul piano computazionale, poiche' la quantita' di informazione generata dal sequenziamento dell'intera gamma delle possibili varianti clinicamente rilevanti non e' gestibile dal cervello umano. Il supporto computazionale puo' essere idealmente diviso in due livelli:
- un primo livello finalizzato all'immagazzinamento e della analisi dei dati di sequenziamento. Alcune problematiche specifiche di questo livello sono la gestione efficiente (in termini di tempo e costi), sicura (in termini di protezione della privacy e altre problematiche bioetiche) e riproducibile dei dati genetici;
- un secondo livello finalizzato alla interpretazione di tali dati, ossia alla corretta quantificazione del rischio e/o dell'identificazione del trattamento con maggiori possibilita' di riuscita o minore tossicita'. Aspetti importanti di questo livello sono la necessita' di integrare multiple tipologie di dati (dati anatomopatologici, dati clinici, dati di diverse metodologie analitiche, efficacia e tossicita' dei farmaci in associazione a precisi biomarker, disponibilita' geografica di farmaci e trials, etc) e la necessita' di rivedere peridocamente gli algoritmi interpretativi man mano che viene accumulata nuova conoscenza. Ad esempio, varianti germinali o somatiche rare possono essere identificate come chiaramente patogenetiche o actionable solo dopo che un numero sufficiente di soggetti abbia presentato la condizione di interesse, e dopo che tali dati siano stati acquisiti dalla comunita' scientifica. Pertanto, una variante considerata ad incerto significato o non informativa oggi potrebbe diventare informativa domani. E' quindi necessario immaginare una struttura in grado di assorbire rapidamente nuove nozioni da implementare continuamente nei propri algoritmi
ACC genomics ha quindi progettato una piattaforma che consenta l'analisi simultanea sia di varianti della linea germinale che somatica (il genoma tumorale), a cui e' associata una infrastruttura informatica di supporto per archiviazione e interpretazione del dato.
Obbiettivo Generale
Validazione iniziale di un pannello di targeted enrichment comprensivo dell'intero spazio genomico clinicamente rilevante e parallela implementazione di una infrastruttura informatica di supporto all'intera progettualita' ACC genomics.
Obbiettivi specifici
- Validazione della sensibilita' analitica di un pannello di analisi combinata di varianti germinali e somatiche (pannelo GerSom2) su 48 campioni in totale con pannello Gersom
- Ottimizzazione delle relative pipeline bioinformatiche di analisi
- Creazione di un database mutazionale con implementazione infrastrutture cBioportal e Beacon per rapida esplorazione dei dati
- Creazione di un prescription database con matching automatico ai trial clinici disponibili nella rete ACC
Risulati Preliminari
- E' stato disegnato un pannello di targeted enrichment ottimizzato per utilita' clinica in tumori polmonari (ACC lung). Il pannello e' stato testato confrontando due tecnologie distinte, consentendo di individuare nel workflow fornito dalla ThermoFisher (arricchimento mediante PCR seguito da sequenziamento mediante semiconduttore a ioni) il miglior compromesso fra costi, semplicita' di esecuzione e performance
- Sono state condotte una serie di corse di validazione per un totale di 55 campioni, di cui 16 tuttora in corso, che hanno consentito di valutare piu' in dettaglio la performance del workflow ThermoFisher, ottenendo parametri utili per il disegno del trial clinico
- E' stato intrapreso il trial clinico pilota in collaborazione con il WG lung, con arruolamento di circa 100 pazienti fino ad oggi. E' prevista una analisi ad interim dei risultati e delle procedure al termine del sequenziamento dei primi 100 pazienti
- E' stata individuata una pipeline analitica dotata di sensibilita' clinicamente accettabile basata su software fornito dall'azienda. Tale pipeline e' tuttavia ulteriormente ottimizzabile testando algoritmi di piu' recente introduzione.
- E' stato finalizzato il disegno bioinformatico del pannello Gersom2, che copre il 99% dell'intera coding sequence di 467 geni e 196 varianti farmacogenomiche e associate al rischio per uno spazio complessivo di 1.6 Mb. Per 110 geni il disegno e' stato ulteriormente ottimizzato per consentire la chiamata delle copy number variants
- E' stato implementato un sistema informatico di Laboratory management (LIMS), che attualmente funge da nucleo per l'intera struttura e che consentira' in futuro di automatizzare quality check centralizzato sia il trasferimento dei dati ai database mutazionale e di prescrizione, in maniera automatica e compliante con le piu' recenti normative sulla protezione dei dati sensibili.
- Sono in corso di testing delle nuove pipeline bioinformatiche di analisi mutazionale che consentiranno di centralizzare la generazione del dato
Piano Sperimentale
Il WG si propone di ampiare notevolmente la funzionalita' della struttura informatica di condivisione e analisi dei dati, dotandosi di strumenti che consentano la massimizzazione dell'
utilita' clinica delle informazioni genomiche ottenute. Particolare attenzione e' dedicata allo sviluppo di procedure che velocizzino la condivisione dei dati genetici in maniera sicura e la loro integrazione con dati clinici. Inoltre, il WG si propone di validare il pannello Gersom2, cosi da renderlo fruibile per gli altri WG clinici che su di esso basano parte della loro progettualita'. In particolare,
- La piattaforma informatica verra' trasmigrata su una infrastruttura a maggiore efficienza fornita dall'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), con cui e' in corso di finalizzazione un contratto di servizio
- Verranno ottimizzate e distribuite nuove pipeline analitiche per ottenere performance superiori alle attuali, anche utilizzando i dati nel frattempo accumulati nell'ambito del progetto ACC lung, che e' probabile superino i 500 pazienti nell'anno 2019. In particolare verranno testate pipeline innovative come DeepVariant e/o volte all'identificazione di nuovi biomarker clincamente rilevanti come il Tumor Mutational Burden (Rizvi et al. 2015)
- Verranno installate e distribuite delle strutture di condivisione dei dati con interfacce facilmente navigabili. A tale fine sono stati individuati i sistemi del consorzio Beacon e l'architettura del database cBioportal, attualmente utilizzato per la navigazione dei dati del TCGA
- Verra' intrapreso un programma di codificazione dei clinical trials disponibili in ACC e altrove mediante Clinical Trial Markup Language, cosi da progettare uno strumento di matching automatico ai clinical trial
- Verra' intrapreso un programa di validazione tecnica del pannello Gersom3 su 48 campioni, includendo campioni da patologie per cui e' gia' previsto l'impiego del pannello (breast, colon)
Organizzazione dell’attività’ di rete
Attualmente il sottogruppo di bioinformatica nell'ambito del WG genomics consta di almeno un bioinformatico per ogni IRCCS, che svolge funzione di referente locale, piu' un nucleo di bioinformatici, biologi, oncologi e computer scientist concentrato presso lo IEO di Milano e con una collaborazione full-time da Catania. Il gruppo centrale svolge la maggior parte delle attivita' descritte nel presente progetto, incluse le attivita' di natura "wet" e non computazionale richieste dalla validazione del pannello Gersom. Il gruppo avra' poi la responsabilita' di disseminare le informazioni ottenute e condividere le nuove piattaforme di analisi e interpretazione con la rete ACC, sia mediante strumenti informatici che attraverso l'organizzazione di periodiche riunioni e un workshop all'anno, modalita' gia' sperimentate negli ultimi due anni.
Budget justification
- Materiali: Si richiede di sostenere i costi necessari per la validazione iniziale del pannello GerSom2 su 48 campioni, per circa 75 mila euro. Il costo comprende l'acquisto in blocco di reagenti (nella fattispecie, i primer di enrichment) in grado di coprire parte delle esigenze di processamento di circa 3000 campioni. Tale costo e' quindi da ammortizzare nell'ambito delle progettualita' di tutti gli IRCCS partecipanti a progetti che contemplano il pannelo GerSom
- Personale: si richiede il finanziamento dei salari per il personale correntemente impiegato specificamente per la progettualita' ACC (circa 3.5 FTE), relativamente alla quota 2019 non gia' coperta da altri finanziamenti ACC, per circa 83 mila euro
- Servizi: Si richiede esternalizzazione di implementazione locale cBioportal (servizio erogato da aziende private, richiesto preventivo). Costo stimato in circa 15 mila euro. Tale servizio verra' reso attivo per tutti i partecipanti alla rete ACC
- Viaggi: si richiedono circa 5 mila euro per organizzare workshop dove sara' richiesta la presenza di almeno un rappresentante per ogni istituto afferente
Referenze
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Workpackage 10 – ANATOMIA PATOLOGICA
Coordinamento progetto: Istituto di Candiolo, FPO, IRCCS, Prof.ssa Anna Sapino
La conservazione dei tessuti per analisi molecolari e per biobancaggio: coinvolgimento dell’Anatomia Patologica
Introduzione
Vari WG hanno auspicato la presenza o un maggior coinvolgimento (ove presenti) degli Anatomo Patologici all’interno dei vari WG. Due sono le problematiche emerse: i) la
necessita’ di coinvolgere le Anatomie Patologiche nei flussi di raccolta/analisi dei campioni e, piu’ in generale, nel disegno degli studi; ii) l’imminente utilizzo in routine diagnostica dei nuovi pannelli attualmente testati da ACC in un contesto di ricerca. E’ opinione comune che le anatomie patologiche siano poco coinvolte in quanto la loro attività e’ assorbita al 100% dalla diagnostica. E’ affidato al WP Anatomia Patologica il
compito di elaborare una strategia ed un piano per il maggior coinvolgimento delleanatomie patologiche nei WG.
Obbiettivo Generale
Il WG AP ha lo scopo di regolare e coordinare lo sviluppo delle attività di Anatomia Patologica e delle Biobanche nell’ambito dei progetti di rete di ACC.
Obbiettivi specifici
(i) istruire sulle problematiche relative alla conservazione del materiale per l’utilizzo nell’ambito di una diagnostica molecolare avanzata. (ii) coordinare e progettare la costituzione di Biobanche al fine di favorire la raccolta e conservazione di materiale di qualità.
Risultati Preliminari
Regolare i rapporti con la Società Italiana di Anatomia Patologica e Citologia (SIAPEC). A tale scopo è già stato contattato dal Presidente di ACC Dr. De Paoli il Presidente SIAPEC Dr. Truini ed è stata formalizzata la possibilità di collaborazione per il punto 2.
Piano Sperimentale
Valutazione della qualità dei tessuti per analisi moleocolari (RING STUDY) (vedi allegato): Lo studio prevede l’invio dai centri partecipanti di un campione di tessuto FFPE e del vetrino colorato con ematossilina eosina (per valutare cellularità) per procedere all’estrazione di DNA e RNA. Supponendo 30 centri si attiverebbero 6 gruppi di 5 AP+ Reference center (qualunque centro si proponga a fare 150 (5 centri x 5 round x 6 gruppi) volte l’estrazione e a valutare la qualità del materiale.
Sono programmati 5 round (1 al mese) affinchè tutti possano procedere all’estrazione e valutare: (i)Riproducibilità estrazione rispetto al reference center (centro 6) e rispetto agli altri centri
(ii) Riproducibilità qualità/quantità acidi nucleici dei singoli centri nei vari round
Organizzazione dell’attività di rete
• Creare un Working Group Anatomia Patologica operativo (vedi elenco allegato dei nominativi forniti dai Direttori Scientifici) che possa produrre procedure comuni al fine di garantire una conservazione ottimale dei campioni (primariamente tissutali) per analisi in NGS.
• Favorire il raggiungimento dei risultati del punto 2 attraverso la formazione dei membri del WG, tramite un incontro-didattico con esperti internazionali coinvolti alla stesura di procedure ISO approvate da UNI sull’argomento della pre-analitica su tessuti. In tale occasione potranno essere reclutati come docenti
o Carol Foy, Institute LGC Ltd. (LGC) UK esperta di biobanche (vedi lavoro in allegato),
o Kurt Zatlouka direttore del Diagnostic & Research Center for Molecular BioMedicine; Institute of Pathology Graz;
o Uwe Oelmueller responsabile di EU SPIDIA Project - Standardization and Improvement of Generic Preanalytical Tools and Procedures for In Vitro Diagnostics e direttore MDx Sample Preparation Technologies - QIAGEN GmbH.
• Promuovere attraverso il WG un’analisi del presente sulla qualità dei tessuti fissati e inclusi in paraffina per l’estrazione di acidi nucleici per analisi NGS e controlli di qualità “Ring Quality Control” (vedi allegato) che facilitino la coesione del gruppo e il raggiungimento e la validità dei risultati.
MEETING ACC 2019
E’ prevista l’organizzazione del terzo meeting nazionale di ACC. In considerazione del successo delle due precedenti edizioni, si prevede una ulteriore articolazione del meeting 2019, con apertura a contributi scientifici anche al di fuori di ACC. L’obiettivo finale è quello di trasformare il Meeting ACC nel Meeting Italiano di Oncologia Traslazionale. Per il 2019 si prevede Roma come sede del meeting e l’affidamento della sua organizzazione a IFO.
Budget richiesto: 60.000 Eur
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DiKe - Digital Key
(Software per la firma digitale di documenti)
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Certificato Sottoscrizione : SI
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Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 05/09/2019 11.38.49 (UTC Time)
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Esito Verifica : Firma CADES OK Data di verifica: 27/09/2019 09.31.03 (UTC Time) Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : ADRIANO MARCOLONGO
Ente Certificatore : Actalis Qualified Certificates CA G1 Cod. Fiscale : TINIT-MRCDRN56D10B345N
Stato : IT
Organizzazione : Regione Autonoma Friuli Venezia Giulia - Agenzia Regionale della Sanita Cod. Ident. : fvgclnt20190619145419
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 19/06/2019 12.49.00 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 19/06/2020 12.49.00 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa
Limite D'uso : L'uso dei certificati emessi da Actalis S.p.A. (REA n.1 669411, Trib. Milano) e' soggetto alle condizioni precisate nel Manuale Operativo.
Data e Ora Firma : 13/09/2019 09.36.41 (UTC Time)
Esito Verifica : Firma CADES OK Data di verifica: 27/09/2019 09.31.24 (UTC Time) Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : STEFANO MANFREDI
Ente Certificatore : Servizio di Certificazione per la Firma Digitale - CA2 Cod. Fiscale : MNFSFN62D12D150X
Stato : IT
Organizzazione : Non presente Cod. Ident. : LIf2a0a8d26c Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 04/01/2016 08.50.29 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 03/01/2021 08.50.29 (UTC Time) Data CRL : 27/09/2019 08.54.29 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa
DiKe - Digital Key
(Software per la firma digitale di documenti)
Esito Verifica Firme 27 settembre 2019
Limite D'uso : The present qualified certificate of digital signature is issued in Lombardy Region Health Information System. Data e Ora Firma : 19/09/2019 10.36.43 (UTC Time)
Esito Verifica : Certificato di CA non trovato Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : ATTILIO ANTONIO MONTANO BIANCHI
Ente Certificatore : ArubaPEC EU Qualified Certificates CA G1 Cod. Fiscale : TINIT-BNCTLN58H17D832K
Ruolo : DIRETTORE GENERALE
Stato : IT
Organizzazione : IRCCS INT Fondazione G. Pascale Cod. Ident. : WSREF-24834415819959
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 08/10/2018 13.27.37 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 08/10/2021 13.27.37 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 30/07/2019 13.36.56 (UTC Time)
Esito Verifica : Firma CADES OK Data di verifica: 27/09/2019 09.31.24 (UTC Time) Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : MARIELLA ENOC
Ente Certificatore : ArubaPEC S.p.A. NG CA 3 Cod. Fiscale : TINIT-NCEMLL44A67F952B
Stato : IT
Cod. Ident. : 19129612 Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 05/11/2018 00.00.00 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 04/11/2021 23.59.59 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 08/07/2019 15.35.36 (UTC Time)
Esito Verifica : Firma CADES OK Data di verifica: 27/09/2019 09.31.24 (UTC Time) Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : FRANCESCO RIPA DI MEANA
Ente Certificatore : InfoCert Firma Qualificata 2 Cod. Fiscale : RPDFNC51E02H501B
Stato : IT
Organizzazione : NON PRESENTE Cod. Ident. : 201650235027
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 13/12/2016 10.27.00 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 13/12/2019 00.00.00 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 12/07/2019 11.18.25 (UTC Time)
Esito Verifica : Firma CADES OK Data di verifica: 27/09/2019 09.31.25 (UTC Time) Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : GIORGIO MARTELLI
Ente Certificatore : InfoCert Firma Qualificata 2 Cod. Fiscale : TINIT-MRTGRG59D03F083W
Stato : IT
Organizzazione : I.R.S.T/03154520401 Cod. Ident. : 20155005436
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 09/04/2018 11.44.59 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 25/05/2021 21.59.59 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 17/06/2019 14.09.31 (UTC Time)
Esito Verifica : Certificato di CA non trovato Algoritmo Digest : SHA-256
DiKe - Digital Key
(Software per la firma digitale di documenti)
Esito Verifica Firme 27 settembre 2019
Firmatario : KATIA SCOTLANDI
Ente Certificatore : Actalis EU Qualified Certificates CA G1 Cod. Fiscale : TINIT-SCTKTA62P55A944U
Stato : IT
Cod. Ident. : WSREF-80497334176914
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 22/05/2018 09.54.45 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 20/05/2024 09.54.45 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 10/06/2019 10.28.33 (UTC Time)
Esito Verifica : Certificato di CA non trovato Algoritmo Digest : SHA-256
Firmatario : MARIO CAVALLI
Ente Certificatore : Actalis EU Qualified Certificates CA G1 Cod. Fiscale : TINIT-CVLMRA55M25A944F
Stato : IT
Cod. Ident. : WSREF-58820529113419
Certificato Sottoscrizione : SI
Validità Cert dal: : 27/12/2017 11.15.25 (UTC Time) Validità Cert fino al: : 26/12/2023 11.15.25 (UTC Time)
Certificato Qualificato : Certificato Qualificato conforme alla normativa Data e Ora Firma : 13/06/2019 08.09.16 (UTC Time)