TRA

CONVENZIONE PER LA REALIZZAZIONE DEL PROGRAMMA NAZIONALE DI ONCOLOGIA PERSONALIZZATA PER GLI IRCCS DELLA RETE ALLEANZA CONTRO IL CANCRO (ACC) FINANZIATO DAL MINISTERO DELLA SALUTE CON FONDI RICERCA CORRENTE 2019

TRA

- Istituto Europeo di Oncologia S.r.l., con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxxxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 08691440153, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxx. Xxxxx Xxxxx, nato ad Ancona il 9/02/1955 (di seguito nominato anche “Capofila”);

E

- Alleanza Contro il Cancro, con sede legale in Roma, Via Xxxxxxx Xxxxxxx n. 5, CAP 00144 P. C.F. 97262520584, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxx Xx Xxxxx, nato a Udine il 18/11/1955 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Emilia, con sede legale in Reggio Xxxxxx, Via Xxxxxxxx Xxxxxxxx n. 2, CAP 42122, P. IVA/C.F. 01598570354, legalmente rappresentato, con Delibera n. 115 del 20/03/2019, ai fini del presente atto dal Coordinatore della Struttura Complessa Infrastruttura Ricerca e Statistica, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxx, nato a Serravalle Scrivia il 08/11/1955 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Centro di Riferimento Oncologico, con sede legale in Xxxxxx (XX), Xxx Xxxxxx Xxxxxxx x. 0, CAP 33081, P. IVA/C.F. 00623340935, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Dott.ssa Xxxxxxxxx Xxxxxxxx, nata a Udine (UD) il 14/08/1968 (di seguito nominato anche “Partner”)

- Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo, con sede legale in Candiolo (TO), Xxx. Xxxx 000, xx 0,00, XXX 00000, P. IVA10202940010, C.F.95596990010, legalmente

rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxx, nato a Messina (ME) il 04/06/1963 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 80018230153, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Cremona il 12/04/1962 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxx x. 00 XXX 00000 X. XXX 00000000000 C.F. 01668320151, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Scientifico, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxxxxx, nato a Traversetolo il 04/09/1950 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Pavia, Xxx Xxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX/X.X. 00396070187, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato e Direttore Generale Xxxx. Xxxxx Xxxxxx Xxxxxxxx, nato a Pavia (PV) il 20/06/1965 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituti Clinici Scientifici Xxxxxxx, con sede legale in Pavia, Xxx Xxxxxxxxx Xxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX/X.X. 02631650187, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore

Scientifico Centrale ed Amministratore Delegato Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxxx, nato a Pavia il 10/08/1958 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata, con sede legale in Rionero in Vulture (PZ), Xxx Xxxxx Xxx x. 0, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 93002460769, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Dott.ssa Xxxxxxxxx Xxxxx, nata a Potenza il 12/12/1969 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Roma, Xxxxx Xxxxxxxxx Xxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX/X.X. 13109681000, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Presidente del Consiglio di Amministrazione, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Desenzano del Garda (BS) il 16/08/1958 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center, con sede legale in Rozzano (MI), Xxx Xxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX XX00000000000, C.F. 10125410158, legalmente

rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxx, nato a Vercelli il 22/07/1965 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx, con sede legale in Genova, Xxxxx Xxxxxxx Xxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 02060250996, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxx, nato a Palo del Colle (BA) il 23/04/1957 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 07636600962, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxx. Xxxxx Xxxxxxxxxx, nata a Milano il 30/07/1966 (di seguito nominato anche “Partner”);

- IRCCS Xxxxxxx De Bellis, con sede legale in Castellana Grotte (BA), Xxx Xxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 00565330727, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Bisceglie il 28/08/1964 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena, con sede legale in Roma, Xxx Xxxx Xxxxxxxx x.00, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 02153140583, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxxxx Xxxx xx Xxxxx, nato a Roma il 2/05/1951 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Ortopedico Rizzoli, con sede legale in Bologna, Via di Barbiano n. 1/10, CAP 40136, P. IVA/C.F. 00302030374, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx, nato a Bologna il 25/08/1955 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Dermopatico dell'Immacolata, Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico di proprietà e gestito dalla Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx, Ente Morale dotato di personalità giuridica di diritto privato con sede legale in Roma, Xxx xxx Xxxxx xx Xxxxx 000, XXX 00000, X. XXX 00000000000/X.X. 97831400581, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Presidente, Prof. Avv. Xxxxxxx Xxxxx Xxxxxxxx, nato a Ostuni (BR) il 26/10/1967 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS, con sede legale in Napoli, Via Xxxxxxxxx Xxxxxx n. 8, CAP 80121, P. IVA/C.F. 01288650631, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, nato a Napoli il 03/05/1968 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Genova, Xxx Xxxxxxxx Xxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX 00000000000, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Legale Rappresentante (per delega), Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, nato a Xxx Xxxxxxxx Xxxxxxxx (XX) il 02/09/1965. (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx, con sede legale in Napoli, Via Xxxxxxx Xxxxxxx, CAP 80131, C.F. 00911350635, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Futani (SA) il 17/06/1958 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS, con sede legale in Padova, Xxx Xxxxxxxxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 04074560287, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Oderzo (TV), il 01/09/1956 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS, con sede legale in Meldola, Xxx Xxxxx Xxxxxxxxxx, 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 03154520401, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Medicina (BO) il 03/04/1959 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico, con sede legale in Bari, Xxxxx Xxxxxx Xxxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. IT00727270720, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxx Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Bitonto (BA) il 27/02/1952 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS, con sede legale in San Xxxxxxxx Xxxxxxx (FG), Xxxxx Xxxxxxxxxx x. x., XXX 00000 X. XXX 00000000000, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a San Xxxxxxxx Xxxxxxx (FG) il 22/11/1967 (di seguito nominato anche “Partner”);

- Ospedale Pediatrico Bambino Gesù, con sede legale in Roma, Piazza S. Onofrio n. 4, CAP 00165,

C.F. 80403930581, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Presidente del Consiglio di Amministrazione e Legale Rappresentante pro tempore, Dott.ssa Xxxxxxxx Xxxx, nata a Novara il 27/01/1944 (di seguito nominato anche “Partner”).

di seguito nominati congiuntamente anche come i “Partner” o le “Parti”

PREMESSO CHE

- il Ministero della Salute ha disposto che una quota dei fondi di Ricerca Corrente venga annualmente assegnata alle attività delle “Reti IRCCS” per la realizzazione di specifici progetti;

- nell’ambito delle Reti IRCCS, la rete tematica “Alleanza Contro il Cancro – ACC la Rete Oncologica degli IRCCS” ha presentato in data 19/11/2019 con messaggio WFR ID 2019012925 un programma articolato nei seguenti 12 progetti (definiti anche Workpackage o WG).

 WG1 – Coordinamento e formazione: Meeting Nazionale ACC-2020 e attività di formazione.

 WG2 – Tumori della mammella (ACC WG BREAST): Ruolo del follow-up intensivo e della biopsia liquida nell’anticipazione diagnostica in pazienti con tumore mammario in stadio I- III ad alto rischio di ricaduta: uno studio randomizzato, prospettico, multicentrico, di fase II.

 WG3 – Glioblastoma (ACC WG GLIOBLASTOMA): Biopsia Liquida del Glioblastoma.

 WG4 – Tumori del colon-retto (ACC WG COLON): Stratificazione molecolare del carcinoma colorettale per la medicina di precisione.

 WG5 – Melanoma (ACC WG MELANOMA): Biobanca di Organoidi e analisi NGS nella rete ACC.

 WG6 – Immunoterapia (ACC WG IMMUNOTHERAPY): ACC-ImmunoPortal: un repository italiano per un’immunoterapia più efficace e Score Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico.

 WG 7 – Tumori Polmonari (ACC WG LUNG): Prosecuzione dell’arruolamento dello Studio Prospettico “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” volto all’applicazione di NGS su biopsia liquida; avvio del progetto “Development and Validation of Radiomics Models in non Small Cell lung cancer” e studio di fattibilità del progetto “Validazione di Biomarcatori di Risposta a Chemioterapia di Induzione (CTI) in NSCLC”.

 WG 8 – Sarcomi (ACC WG SARCOMA): SMS: Stratificazione molecolare dei sarcomi per lo sviluppo di approcci histotype-tailored.

 WG 9 – Oncoematologia (ACC WG ONCOHEMATOLOGY): Costituzione di una Rete per lo Sviluppo della Medicina di Precisione e Trial Clinici Innovativi basati su “synthetic lethalities” nei linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule e nelle Leucemie Acute Mieloidi.

 WG 10 – Genomica/Bioinformatica (ACC WG GENOMICS): Tackling Unmet Needs in Cancer genomics. The UNIC program.

 WG 11 – Anatomia Patologica e Biobanche (ACC WG PATHOLOGY AND BIOBANKING): Standardizzazione della fase preanalitica in anatomia patologica per una patologia sperimentale di qualità.

 WG 12 – Radiomica (ACC WG RADIOMICS): Sviluppo e validazione di modelli radiomici con “real world data” nel tumore del retto localmente avanzato.

- l’Istituto Europeo di Oncologia è stato identificato quale ente capofila del finanziamento assegnato;

- il Ministero della Salute con messaggio WFR ID 2019013530del 26/11/2019 (Allegato 1) ha comunicato all’Istituto Europeo di Oncologia che la quota assegnata per la realizzazione del sopracitato programma ammonta complessivamente ad € 2.615.000,00 (Euro duemilioniseicentoquindicimila/00).

CONSIDERATO CHE

il Programma nazionale di oncologia personalizzata per gli IRCCS della rete Alleanza Contro il Cancro, di seguito anche “Programma”:

 è stato condiviso ed accettato da ciascun IRCCS sopra elencato;

 sarà svolto secondo quanto dettagliato nel relativo testo, approvato da tutti i Partner ed allegato alla presente Convenzione (Allegato 2);

 prevede la ripartizione tra i predetti 25 IRCCS, oltre ad Alleanza Contro il Cancro, del finanziamento di euro € 2.615.000,00 (Euro duemilioniseicentoquindicimila/00) suddiviso per voci di spesa;

 le attività previste dal presente rapporto si inseriscono nell’ambito del sopracitato Programma e si presentano altresì coerenti con le finalità istituzionali perseguite dalle Parti;

 le Parti si impegnano ad onorare tutte le scadenze e le procedure previste dal Ministero della Salute.

TUTTO CIÒ PREMESSO E CONSIDERATO, SI CONVIENE E SI STIPULA QUANTO SEGUE ART. 1 - OGGETTO DELLA CONVENZIONE

1.1 Oggetto della presente Convenzione è l'attuazione del Programma richiamato in premessa, così come descritto nell’Allegato 2.

ART. 2 - DURATA

2.1 La presente Convenzione entrerà in vigore alla data della sua ultima sottoscrizione e terminerà i suoi effetti alla conclusione di tutte le attività inerenti il Programma, incluso l’invio al Ministero della Salute della rendicontazione scientifica ed economica del Programma stesso.

ART. 3 – DIRETTORI SCIENTIFICI

3.1 I Direttori Scientifici delle Parti supervisionano e coordinano le procedure operative, svolgono verifiche di congruità e validano la rendicontazione sia scientifica che economica delle attività svolte all’interno dell’IRCCS di appartenenza.

ART. 4 - RESPONSABILI SCIENTIFICI

4.1 Per le finalità di cui alla presente Convenzione, vengono individuati i seguenti Responsabili Scientifici di WG (di seguito anche “Segretari” di WG):

WG1	COORDINAMENTO E FORMAZIONE	Xxxxxxx Xx Xxxxx	ACC
WG2	ACC WG BREAST	Xxxxx Xxx Xxxxxx	X. Xxxxxxx-Genova
WG3	ACC WG GLIOBLASTOMA	Xxxxxxx Xxxxxxxxxxx	Besta-Milano
WG4	ACC WG XXXXX	Xxxx Xxxxxx	FPO-Candiolo
WG5	ACC WG MELANOMA	Xxxxxxxxxxxx Xxxxx	IDI-Roma
WG6	ACC WG IMMUNOTHERAPY	Xxxxx Xxxxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx	IRE-Roma OPBG-Roma
WG7	ACC WG LUNG	Xxxxxx Xxxxxxx	OSR-Milano
WG8	ACC WG SARCOMA	Xxxxxxx Maestro	CRO-Aviano
WG9	ACC WG ONCOHEMATOLOGY	Xxxxxx Xxxxxxxxx	IEO-Milano
WG10	ACC WG GENOMICS	Xxxx Xxxxxxxxxx	IEO-Milano
WG11	ACC WG PATHOLOGY AND BIOBANKING	Xxxxxxxx Xxxxxxx	IRCC-Candiolo
WG12	ACC WG RADIOMICS	Xxxx Xxxxxxxx	Gemelli-Roma

4.2 L’eventuale sostituzione dei Responsabili sopracitati dovrà essere comunicata per iscritto agli altri Partner, ove possibile, con un ragionevole preavviso.

4.3 Per lo svolgimento delle attività previste dal presente Programma, ciascun WG è composto dai membri elencati nell’Allegato 3, così come identificati dalle Direzioni Scientifiche delle Parti.

ART. 5 – MODALITA’ DI EROGAZIONE DEL CONTRIBUTO

5.1 Il finanziamento di € 2.615.000,00 (Euro duemilioniseicentoquindicimila/00) è stato ripartito tra i Partner come riportato nella scheda budget del Programma di cui in allegato (Allegato 4).

IEO trasferirà ai Partner la rispettiva quota di finanziamento in presenza di nota di addebito ricevuta da ciascun Partner e mediante bonifico bancario.

5.2 Ciascun Partner provvederà a generare il CUP (Codice Unico di Progetto) collegato al CUP master J38D19000710001 per la quota di finanziamento di propria competenza, così come indicata nell’Allegato 4.

5.3 La nota di addebito dovrà riportare il CUP generato, nonché l’indicazione dell’IBAN.

5.4 Il trasferimento avverrà in regime di esclusione dal campo IVA, ai sensi del DPR 622/1972, e successive modificazioni, in quanto ricade nella gestione dei fondi stanziati per attività di ricerca e sperimentazione. Questa specifica destinazione ne esclude l’utilizzo per fini diversi da quelli stabiliti nel piano economico del Programma.

ART. 6 – MODALITA’ DI UTILIZZO DEL CONTRIBUTO

6.1 L’intero contributo erogato a ciascun Partner deve essere speso e/o impegnato entro e non oltre il 31/10/2020.

6.2 Ogni documento di spesa dovrà riportare il CUP generato dal singolo Partner.

6.3 Per la rendicontazione, ciascun Partner si impegna a rispettare tutte le direttive impartite dal Ministero della Salute e a produrre il rendiconto economico nei modi e nei tempi richiesti dal Ministero stesso.

In particolare, il termine per la rendicontazione degli importi assegnati, da effettuare sulla base della apposita modulistica disponibile sul Workflow della Ricerca è fissato al 31/10/2020. Come disposto dal Ministero della Salute (vedi Allegato 1), qualsiasi anomalia o irregolarità nella rendicontazione determinerà il recupero, da parte del Ministero stesso, delle somme non rendicontate o non eleggibili sulla quota della RC 2020 e la sospensione del pagamento delle quote dovute (anticipo e/o saldo) fino a completamento dell’iter di verifica.

ART. 7 – RELAZIONE SCIENTIFICA

7.1 Per gli aspetti legati alla predisposizione e stesura della relazione scientifica i Partner dovranno relazionarsi con i Responsabili Scientifici di WG.

Il termine per la presentazione della relazione scientifica al Ministero della Salute è fissato al 31/10/2020.

ART. 8 - NORME APPLICABILI ALLA RICERCA E AUTORIZZAZIONI ALLO SVOLGIMENTO DELLE ATTIVITA'

8.1 La ricerca dovrà essere condotta secondo le vigenti disposizioni in materia e nel più scrupoloso rispetto del protocollo, dei principi etici e deontologici che ispirano l’attività medica.

8.2 Nel caso in cui per lo svolgimento delle attività previste dalla presente Convenzione siano necessari autorizzazioni/pareri preventivi da parte del Comitato Etico competente o di altro organismo di sorveglianza o controllo, ciascun Partner, per le attività di propria competenza, si farà carico di ottenere tali autorizzazioni, che saranno comunicate formalmente e per iscritto al Segretario del WG di afferenza. Le attività in questione potranno essere avviate unicamente dopo l’ottenimento di tali autorizzazioni/pareri.

ART. 9 - RECESSO

9.1 Ciascuna delle Parti può recedere dalla presente Convenzione prima della data di estinzione, inviando alle altre Parti lettera-raccomandata A.R. con preavviso di almeno 30 (trenta) giorni. Sono fatti salvi gli impegni assunti dalle Parti fino alla data di comunicazione del recesso.

ART. 10 - MODIFICHE

10.1 Le disposizioni della presente Convenzione potranno essere successivamente modificate soltanto con il consenso di tutte le Parti e in forma scritta, da persone munite di poteri di rappresentanza in nome e per conto delle Parti stesse.

ART. 11 - PROPRIETÀ, UTILIZZAZIONE E PUBBLICAZIONE DEI RISULTATI

11.1 Ciascun Partner resterà unico titolare dei dati, conoscenze, invenzioni, materiali, know-how e diritti di proprietà industriale e intellettuale relativi:

 alle proprie conoscenze pregresse, cioè generate prima della stipula della presente Convenzione (“Background”);

 alle proprie conoscenze parallele, cioè generate durate il periodo di validità della presente Convenzione ma non oggetto della stessa (“Sideground”).

11.2 I risultati, le conoscenze, il know-how e le invenzioni, ancorché non brevettabili o non brevettate, nonché dei brevetti e di ogni altro diritto di privativa industriale risultanti dall’attività oggetto della presente Convenzione (“Risultati”), saranno di proprietà del Partner o dei Partner che hanno contribuito al loro conseguimento. In caso di Risultati generati congiuntamente da due o più Partner, la titolarità sarà condivisa tra i Partner che li hanno generati, in misura proporzionale al contributo prestato da ciascun Partner (c.d. criterio di proporzionalità rispetto ai pazienti arruolati e alle attività svolte, oltre che contributo inventivo del personale coinvolto di ciascun Partner) al conseguimento di tali Risultati e fatti salvi i diritti morali di autore o di inventore ai sensi della normativa vigente, con particolare riferimento alle disposizioni contenute nell’art. 2590 c.c., nella Legge n. 633/1941 e nell’art. 62 del Codice della Proprietà Industriale di cui al D.Lgs. 30/2005 in tema di diritti morali dell’autore/inventore. I Partner concorderanno in un accordo successivo alla presente Convenzione le clausole specifiche relative alle modalità di protezione, di ripartizione degli oneri e dei proventi derivanti dallo sfruttamento dei Risultati generati congiuntamente e le regole per la tutela e difesa dei diritti di proprietà industriale di titolarità congiunta. In caso di brevetti o altro diritto di privativa industriale relativi a Risultati congiunti, i co-titolari si accorderanno mediante stipula di un accordo inter-istituzionale su modalità di protezione e valorizzazione del trovato a titolarità congiunta.

11.3 Nel corso dello svolgimento delle attività, i Responsabili delle attività dovranno prontamente comunicare reciprocamente i trovati suscettibili di protezione derivanti dai Risultati raggiunti nello svolgimento delle attività.

11.4 Nell’ipotesi in cui i Partner cui la presente Convenzione accorda la titolarità dei Risultati della ricerca non abbia interesse a chiedere a nome proprio la domanda di privativa relativamente a detti Risultati, l’altro/altri Partner, previa comunicazione alla prima, potrà/potranno procedere autonomamente alla domanda di privativa, acquisendo tutti i diritti collegati alla titolarità.

11.5 Utilizzazione e pubblicazione dei Risultati: nell’ipotesi di Risultati realizzati congiuntamente, in piena ed effettiva collaborazione, i Partner si impegnano ad effettuare congiuntamente le pubblicazioni, purché tali pubblicazioni non compromettano la protezione dei Risultati e/o non contengano Informazioni Riservate. A tale scopo, i Partner si impegnano ad informarsi reciprocamente almeno trenta (30) giorni prima della sottomissione del manoscritto o di altra forma di divulgazione al fine di consentire l’eventuale protezione dei Risultati mediante deposito di domande di brevetto e/o la rimozione di Informazioni Riservate. Le pubblicazioni dovranno riportare il nominativo degli autori che hanno contribuito ai Risultati oggetto delle pubblicazioni, secondo gli standard scientifici e accademici.

11.6 In ipotesi di Risultati realizzati e costituiti da contributi dei Partner autonomi e separabili, ancorché organizzabili in forma unitaria, ogni Partner potrà autonomamente pubblicare e/o rendere noti i Risultati dei propri studi, ricerche, riconoscendo espressamente il contributo degli altri Partner e dandone opportuna comunicazione. Nel caso in cui tali pubblicazioni dovessero contenere dati ed informazioni resi noti da un Partner agli altri confidenzialmente, i Partner dovranno chiedere preventiva autorizzazione.

ART. 12 - DIRITTI DI ACCESSO ALLE CONOSCENZE

12.1 Ciascun Partner ha accesso libero, non esclusivo, gratuito, senza diritto di sub-licenza, limitato alla durata e alla realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione, alle informazioni, conoscenze tecniche preesistenti ed ai diritti di proprietà intellettuale a queste riferite, detenute dagli altri Partner prima della sottoscrizione della Convenzione e necessarie per lo svolgimento delle attività, ad eccezione di quelle contenute nell’apposita lista eventualmente inserita nel Programma

– se presente. Qualsiasi accesso al Background per ragioni diverse da quelle sopra indicate dovrà essere negoziato con accordo separato; resta inteso che la Parte titolare del Background non sarà obbligata a concedere accesso al proprio Background per ragioni diverse da quelle della presente Convenzione.

ART. 13 - SEGRETEZZA DELLE INFORMAZIONI E DEI RISULTATI

13.1 Fermi restando i diritti di accesso di cui all’articolo 12 della presente Convenzione, i Partner si impegnano a mantenere la più assoluta confidenzialità e riservatezza per un periodo di cinque (5) anni, decorrente dal momento del ricevimento, su qualsiasi aspetto, di notizia ed informazione di cui venissero a conoscenza durante l’esecuzione dei progetti ed iniziative, nonché sul know-how, sui materiali, dispositivi, tecnologia e attrezzature apportate dai Partner o messe a disposizione reciprocamente, nonché su qualsiasi “Informazione Riservata” (intendendosi per “informazioni riservate” tutte le informazioni, dati o conoscenze di natura tecnico-scientifica, commerciale o finanziaria, in qualsiasi forma espressi e/o su qualsiasi supporto memorizzati, che siano stati comunicati da una Parte all’altra nell’ambito del rapporto oggetto della presente Convenzione e in ragione di esso, anche quando non specificamente e visibilmente qualificati ed indipendentemente dall’apposizione sugli stessi della dicitura “confidenziali” o “riservati” o “segreti”), fatto salvo un diverso accordo tra le Parti.

13.2 I Partner si impegnano a non rivelare o comunicare in alcun modo a terzi per qualsivoglia scopo o ragione estranea alla realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione qualsiasi Informazione Riservata reciprocamente trasmessa e ricevuta durante lo svolgimento della presente Convenzione. Nel caso sia necessario comunicare a terzi qualsiasi Informazione Riservata ai fini della realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione, questi ultimi saranno vincolati dagli stessi obblighi di confidenzialità previsti dalla presente Convenzione.

13.3 Le informazioni Riservate potranno tuttavia essere divulgate ai dipendenti ed ai consulenti delle Parti che abbiano necessità di conoscerle purché siano vincolati dai Partner agli stessi obblighi di riservatezza previsti dal presente Accordo, comunque rispondendone i Partner in caso di violazioni.

Nessuna delle Informazioni Riservate potrà essere utilizzata dai Partner per scopi diversi da quelli previsti dalla presente Convenzione.

13.4 I Partner non potranno utilizzare, copiare, duplicare, riprodurre o registrare in qualsivoglia forma e con qualsiasi mezzo le Informazioni Riservate reciprocamente trasmesse, salvo che nella misura strettamente necessaria per consentire la realizzazione degli obiettivi oggetto della presente Convenzione.

13.5 I Partner si impegnano ad adottare tutte le cautele e le misure di sicurezza necessarie a proteggere le Informazioni Riservate e ad assicurare che non venga in alcun modo leso il carattere

della loro riservatezza. Ciascun Partner comunicherà tempestivamente per iscritto agli altri Partner ogni eventuale uso non autorizzato o divulgazione delle Informazioni Riservate di cui giunga a conoscenza e fornirà tutta la ragionevole assistenza per far cessare tale uso e/o divulgazione non autorizzati.

13.6 Gli obblighi di riservatezza di cui alla presente Convenzione si intendono estesi a qualsiasi persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner.

13.7 Le obbligazioni previste dalla presente Convenzione non si applicano alle Informazioni Riservate che:

• al momento della comunicazione siano già note al Partner che le riceve, purché tale precedente conoscenza possa essere adeguatamente provata;

• al momento della comunicazione siano di pubblico dominio o che dopo la comunicazione, siano divenute di pubblico dominio per fatti diversi dall’inadempimento della presente Convenzione;

• siano divulgate secondo quanto previsto da leggi, regolamenti o da ordini di autorità giudiziarie o amministrative o di altri Enti Pubblici;

• siano comunicate ad uno dei Partner da terzi che xxxxx prova di esserne in possesso legalmente e/o di poterne disporre senza violare i diritti dei Partner.

13.8 In tali casi, il Partner che ne abbia avuto notizia dovrà darne preventiva informativa agli altri Partner e concordare con gli stessi, relativamente al contenuto di tali Informazioni Riservate, l’opportunità di eventuali opposizioni.

13.9 I Partner sono responsabili e si impegnano a mantenere e trattare tutti i dati e le informazioni sia fornite agli altri Partner sia acquisite dagli altri Partner in assoluta riservatezza impegnandosi ad estendere tale obbligo a qualunque altra persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner, che per qualsiasi motivo venisse a conoscenza di tali dati riservati.

ART. 14 - ASSICURAZIONI E SICUREZZA

14.1 Ciascun Partner provvederà alla copertura assicurativa di legge del proprio personale che, in virtù della presente Convenzione verrà chiamato a frequentare la/le sede/i di esecuzione delle attività.

14.2 Il personale di un Partner, coinvolto nelle attività oggetto della presente Convenzione, che si recherà presso una sede di altro Partner per l’esecuzione di lavori e/o attività relative alla presente Convenzione, sarà tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nella sede dell’altro Partner, fermo restando che la copertura assicurativa rimane a carico della struttura di appartenenza.

14.3 Il personale di ciascun Partner è tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nelle sedi di esecuzione delle attività attinenti alla presente Convenzione. Ai sensi delle disposizioni contenute nel Testo unico 81/2008 la disponibilità di dispositivi di protezione individuale (DPI), in relazione ai rischi specifici presenti nella struttura ospitante, viene assegnata al soggetto al quale, per legge e/o per regolamento, è attribuita tale responsabilità nell’ambito della struttura ospitante.

ART. 15 - ANTICORRUZIONE

15.1 I Partner si impegnano a rispettare reciprocamente la normativa in materia di anticorruzione, di cui alla L. 190/2012 e al D.Lgs. 231/2001, e ad astenersi da qualsiasi comportamento che sia vietato dalle norme nazionali o da altre norme contro la corruzione applicabili (di seguito collettivamente “Norme contro la corruzione”).

15.2 A solo titolo esemplificativo e non esaustivo, i Partner si asterranno dall’effettuare o promettere qualsiasi pagamento o dal prestare o promettere altro bene o utilità, in favore di qualsiasi dirigente, funzionario o dipendente pubblico, membro di partito politico o candidato ad

elezioni politiche o amministrative o in favore di qualsiasi altra terza parte rispetto alla presente Convenzione che possa comportare la violazione delle Norme contro la corruzione.

15.3 Ciascun Partner dichiara di aver preso visione dei piani triennali di prevenzione della corruzione e dei codici di comportamento degli altri Partner e di essere a conoscenza dei relativi contenuti e prescrizioni.

15.4 I Partner riconoscono ed accettano reciprocamente che il puntuale rispetto degli obblighi previsti al paragrafo precedente riveste carattere essenziale e che qualsiasi violazione delle disposizioni di cui al presente articolo autorizzerà i Partner adempienti a tali obblighi a risolvere unilateralmente la presente Convenzione ai sensi dell’art. 1456 c.c.

ART. 16 - TRATTAMENTO DATI PERSONALI

16.1 I Partner provvedono al trattamento dei dati personali per l’esecuzione della presente Convenzione nell’ambito del perseguimento dei propri fini istituzionali e nel rispetto di quanto previsto dal D.Lgs. 196 del 30 giugno 2003 «Codice in materia di protezione dei dati personali», e successive modifiche ed integrazioni, e del Regolamento EU n. 679 del 2016 (GDPR) insieme con l’attuativo D.Lgs. 101/2018.

16.2 I Partner dichiarano reciprocamente di essere informati (e, per quanto di ragione, espressamente acconsentire) che i “dati personali”, anche di natura particolare, forniti anche verbalmente per l’attività precontrattuale o comunque raccolti in conseguenza e nel corso dell’esecuzione della presente Convenzione, vengano trattati esclusivamente per le finalità proprie della Convenzione.

16.3 Ciascun Partner, come sopra individuato, denominato e domiciliato, sarà autonomo titolare dei dati dallo stesso raccolti e forniti sia in fase precontrattuale sia in fase contrattuale.

16.4 Le Parti prendono atto che, relativamente ai dati personali, anche di natura particolare, trattati per la conclusione ed esecuzione della presente Convenzione, la persona fisica cui si riferiscono i dati (“interessato”) gode del diritto di accesso, rettifica, limitazione, cancellazione, portabilità ed opposizione (artt. 15-22 del GDPR), nonché del diritto di reclamo al Garante Privacy.

I Partner dichiarano di essere a conoscenza, ai sensi degli artt. 13 e 14 del GDPR, che i dati personali comunicati da ciascuna per la conclusione ed esecuzione della presente Convenzione sono raccolti e trattati dall’altra, quale Titolare, esclusivamente per tali finalità e per i correlati adempimenti normativi, amministrativi e contabili, mediante idonee modalità e procedure (anche informatizzate), attraverso il personale interno appositamente autorizzato e tramite collaboratori esterni designati quali responsabili del trattamento o autorizzati a svolgere singole operazioni dello stesso ai sensi degli artt. 28 e 29 del GDPR.

ART. 17 - LEGGE APPLICABILE E FORO COMPETENTE

17.1 La presente Convenzione è disciplinata dalla legge italiana.

Le Parti concordano di definire amichevolmente qualsiasi vertenza che possa nascere circa l’interpretazione e/o l’esecuzione della presente Convenzione. Nel caso in cui non sia possibile raggiungere un accordo tramite bonario componimento, sarà applicabile esclusivamente la legge italiana ed il Foro esclusivamente competente sarà quello di Milano, con espressa esclusione di qualsiasi altro Foro, generale e facoltativo.

ART. 18 – FIRMA DIGITALE

18.1 La presente Convenzione viene sottoscritta con firma digitale ai sensi dell’art. 24 D.Lgs. 82/2005, in virtù dell’art. 15, comma 2bis della Legge 241/1990 come aggiunto dall’art. 6, D.L. 18 ottobre 2012, n. 179, convertito in Legge 17 dicembre 2012, n. 22.

18.2 L’imposta di bollo è assolta in modo virtuale dal Capofila ai sensi dell’art. 15 del D.P.R. n. 642/1972 – Aut. Int. Fin. Milano n. 3/17848/95 del 10/1/96.

ART. 19 – REGISTRAZIONE

19.1 La presente Convenzione è soggetta a registrazione solo in caso d’uso. Le spese di registrazione sono a carico delle Parti interessate.

Milano, (data della sottoscrizione come quella dell’ultima firma digitale apposta)

per Istituto Europeo di Oncologia S.r.l.

(Xxx. Xxxxx Xxxxx)

per Alleanza Contro il Cancro

(Dott. Xxxxx Xx Xxxxx)

per Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx

(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxx)

per Centro di Riferimento Oncologico

(Dott.ssa Xxxxxxxxx Xxxxxxxx)

per Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo

(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxx)

per Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)

per Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx

(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxxxxx)

per IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxx Xxxxxx Xxxxxxxx)

per Istituti Clinici Scientifici Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxxx)

per IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata

(Dott.ssa Xxxxxxxxx Xxxxx)

per IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxxx)

per IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxx)

per…IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxx)

per…IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx

(Xxx. Xxxxx Xxxxxxxxxx)

per…IRCCS Xxxxxxx De Bellis

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxxx)

per Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena

(Xxxx. Xxxxxxxxx Xxxx di Meana)

per Istituto Ortopedico Rizzoli

(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx)

per Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata

(Prof. Avv. Xxxxxxx Xxxxx Xxxxxxxx)

per Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS

(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx)

per Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx)

per Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx)

per Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx)

per Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)

per Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico

(Xxxx. Xxxx Xxxxxxx Xxxxxxx)

per Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS

(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)

per Ospedale Pediatrico Bambino Gesù

(Dott.ssa Xxxxxxxx Xxxx)

Riepilogo comunicazione

Risposta al messaggio
ID invio	2019013530
Data	26/11/2019 17:48
Stato	Inviata
Mittente	Ministero della Salute (10128)
Destinatario	Istituto Europeo di Oncologia (10043)
Progetto	UFF5-2019-2366755 - UFF5 comunicazioni destinate all'Ufficio5 della DGRIC
Tipo	Informazioni
Oggetto	Ricerca Corrente Reti - richiesta attestazione di credito. Scadenza 28 novembre 2019.
Messaggio	Si allega la nota concernente le procedure per la RC Reti. Al fine di consentire l¿erogazione dei fondi della RC Reti entro il 5 dicembre 2019, termine stabilito per il corrente esercizio finanziario, si invita a far pervenire entro e non oltre il 28 novembre 2019 l¿attestazione di credito. Il direttore dell¿Ufficio 5 dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxx

Allegato nota IEO.zip

Stampato il 15/01/2020 15.04.43

Ministero della Salute

DIREZIONE GENERALE DELLA RICERCA E DELL’INNOVAZIONE IN SANITA’

UFFICIO V

OGGETTO: Ricerca Corrente Reti 2019- richiesta attestazione di credito. Scadenza 28 novembre 2019.

Istituto Europeo di Oncologia

e.p.c. RETE ACC Trasmissione tramite WF

La Rete Alleanza contro il cancro, per le spese correnti connesse all’attività di Rete per l’anno 2019 ha proposto le progettualità da finanziare, i rispettivi IRCCS capofila cui sarà erogato il finanziamento e l’elenco degli IRCCS partecipanti, con il budget spettante a ciascun Istituto. (allegato).

In particolare ha indicato il seguente progetto:

Programma nazionale di oncologia personalizzata per gli IRCCS della rete ACC - IRCCS Capofila Istituto Europeo di Oncologia – importo: euro 2.615.000,00

A tale riguardo, si segnala che per lo svolgimento del progetto, il predetto importo sarà erogato in favore di codesto IRCCS, in qualità di capofila. Il termine per la rendicontazione degli importi assegnati, da effettuare sulla base della apposita modulistica disponibile sul WF della ricerca, cui dovrà anche accompagnarsi la relazione scientifica, è fissato al 31 ottobre 2020. Qualsiasi anomalia o irregolarità nella rendicontazione determinerà il recupero delle somme non rendicontate o non eleggibili sulla quota della RC 2020 e la sospensione del pagamento delle quote dovute (anticipo e/o saldo) fino a completamento dell’iter di verifica. Al fine di consentire l’erogazione dei fondi entro il 5 dicembre 2019, termine stabilito per il corrente esercizio finanziario, si invita a far pervenire entro e non oltre il 27 novembre 2019 l’attestazione di credito per l’importo sopra indicato.

IL DIRIGENTE UFFICIO V

Dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxx

RC 2019 PROPOSTE PROGRAMMI DI RETE
TITOLO PROGETTO Programma nazionale di oncologia personalizzata per gli IRCCS della rete ACC
DURATA 1 anno
RETE IRCCS Proponente Alleanza Contro il Cancro (ACC)
Codice fiscale Rete		97262520584
Sede Legale Rete		Xxx Xxxxxxx Xxxxxxx, 0 - Xxxx
COORDINATORE della Rete
Cognome	De Xxxxx Xxxxxxxxx	Nome	Xxxxxxx
Codice fiscale	XXXXXX00X00X000X
LEGALE RAPPRESENTANTE della Rete
Cognome	De Paoli	Nome	Xxxxx
Codice fiscale	XXXXXX00X00X000X
IRCCS Capofila di progetto Istituto Europeo di Oncologia
Codice fiscale		08691440153		Tipo soggetto: privato
P.I. di progetto
Cognome	Pelicci	Nome	Xxxx Xxxxxxxx
PREMESSA E RAZIONALE
Il sequenziamento del genoma (avvenuto nel 2001) e dell’epigenoma (iniziato nel 2011) umano hanno aperto una nuova era della biomedicina che, a parere unanime, porterà a una rivoluzione epocale nella comprensione delle malattie umane e, conseguentemente, nella capacità di prevenirle e trattarle. L’elemento fondante di questa rivoluzione è rappresentato dalla possibilità di decifrare le malattie sulla base di meccanismi causali genetici (analisi genomica) e ambientali (analisi epigenomica). La genomica fornisce quindi alla Medicina nuovi strumenti per la quantificazione del rischio genetico e ambientale di malattia (Medicina Molecolare). La disponibilità di strumenti di analisi quantitativa consente di trasferire la valutazione del rischio di malattia dalla popolazione all’individuo, e la scelta del trattamento dalla malattia al malato (Medicina Personalizzata). L’Oncologia è il settore della Medicina dove l’impatto della Medicina Molecolare/Personalizzata è maggiormente evidente, come esemplificato dalla introduzione di numerose terapie personalizzate nella attività clinica di routine, basate su specifiche alterazioni genetiche responsabili della crescita tumorale. Alcune di queste terapie hanno modificato radicalmente la storia naturale di specifici tipi di tumore. Mutazioni Somatiche e Farmaci Molecolari. L’iniziazione del processo di tumorigenesi ed il mantenimento del fenotipo trasformato sono dovuti all’accumulo di alterazioni strutturali (mutazioni somatiche) a carico di specifici geni (oncogeni e geni soppressori). Le cosiddette “Targeted Cancer Therapies” comprendono piccolo molecole o anticorpi (Farmaci Molecolari) che interferiscono con specifiche proteine (bersagli molecolari) coinvolte nella crescita, progressione e diffusione dei tumori. Tali bersagli molecolari sono direttamente o indirettamente connessi ai geni mutati dei tumori. Siccome tumori diversi sono portatori di mutazioni diverse, i Farmaci Molecolari sono alla base della Personalizzazione delle cure in Oncologia. Numerosi Farmaci Molecolari sono stati approvati dalle agenzie regolatorie europea e americana per il trattamento di specifici tipi di tumori. Altri sono in corso di valutazione clinica (Clinical Trials), e molti altri sono in fase di test pre-clinico. I farmaci molecolari hanno cambiato la storia naturale di molti tipi di tumore. Esempi sono l’imatinib in pazienti con la mutazione BCR–ABL1 nella leucemia mieloide cronica, il trastuzumab in pazienti con tumore del seno positive per HER2, erlotinib e gefitinib in pazienti con tumore del polmone portatore di mutazioni di EGFR, vemurafenib e dabrafenib in pazienti con melanoma portatore di mutazioni di BRAFV600E. Più recentemente, lo sviluppo clinico di immune checkpoint inhibitors (anticorpi

anti-CTLA-4 e anti-PD-1/PDL1) ha aperto una nuova ed eccitante era per la terapia dei tumori. Risposte durevoli in una percentuale significativa di pazienti sono state osservate nel melanoma, nel cancro al rene, nei tumori ipermutati del colon e del polmone. Questi studi hanno condotto alla approvazione di alcuni anticorpi per il trattamento di diverse neoplasie (Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab). Sulla base di questi primi risultati clinici, gli stessi anticorpi, ed altri in sviluppo, sono attualmente in sperimentazione clinica per molti altri tipi di tumore, in alcuni casi con risultati molto incoraggianti (mieloma, linfoma di Hodgkin, etc). Anche altre forme di immunoterapia sono in fase di sperimentazione clinica, in alcuni casi con significativi risultati clinici preliminari (Adoptive cell therapy with TILs; CAR T-cell therapy; T cells with artificial TCR for cancer-associated antigens, Therapeutic Antibodies; Cancer Treatment Vaccines; Interleukins, Interferons).

Varianti germline e rischio genetico di tumore. La comprensione della suscettibilità ereditaria ai tumori è cresciuta notevolmente negli ultimi 20 anni, con la progressiva identificazione di decine di varianti geniche germline a carico di geni che predispongono all’insorgenza di tumori (cancer predisposing genes; CPGs). Due esempi: se una persona eredita da uno dei due genitori specifiche varianti del gene MSH, avrà l’80% di probabilità di ammalarsi di tumore dell'intestino nel corso della propria vita; se una donna eredita alcune varianti del gene BRCA1, avrà una probabilità di ammalarsi di tumore del seno del 90%. Ad oggi, sono noti circa 120 CPGs, nei quali sono state identificate varianti patogeniche rare che conferiscono un rischio moderato o alto di cancro (da 2 a 20 volte) ed una penetranza elevata, seppure nella maggior parte dei casi incompleta, e che, insieme, sono responsabili di non più del 10% di tutti i tumori. L’identificazione di mutazioni ereditarie (germinali) a carico di CPGs nei pazienti con tumore consente di studiare la presenza delle stesse nei loro familiari, e la programmazione di piani di sorveglianza diagnostica (per esempio, imaging diagnostica nel tumore della mammella o del colon) o di riduzione del rischio (per esempio, aspirina nel tumore del colon).

Priorità. Le recenti applicazioni della Genomica in oncologia hanno evidenziato non solo la potenzialità di questo nuovo approccio, ma anche le sfide che la Medicina di Precisione dovrà affrontare nei prossimi anni. Tra le più critiche: i) il numero ridotto di tipi di tumore per i quali sono oggi disponibili trattamenti molecolari; ii) il limitato numero di pazienti che hanno effettivamente accesso ai trattamenti molecolari disponibili, pur essendo eleggibili; iii) la difficoltà di tradurre in trattamenti clinici i continui avanzamenti della ricerca genomica (estendendo quindi i benefici della medicina personalizzata); iv) i costi elevati dei trattamenti disponibili e quelli in sperimentazione. La medicina personalizzata è ancora percepita come un settore medico-specializzato molto costoso che pesa sempre di più dal punto di vista economico sul sistema sanitario nazionale, minacciando la sostenibilità economica e di conseguenza l’effettivo potenziale nel miglioramento della salute pubblica. Pertanto, sebbene sia atteso un cambiamento radicale da parte della genomica del modo in cui la salute pubblica sarà gestita in un futuro prossimo (ed una razionalizzazione della spesa), ad oggi non riveste un ruolo guida nella trasformazione del sistema sanitario pubblico. Infine, gli sviluppi della genomica medica evidenziano una serie di questioni etiche, legali e sociali che devono essere affrontati urgentemente, inclusi la modalità di accesso all’informazione genomica, il bisogno di fornire agli operatori pubblici e sanitari appropriati strumenti interpretativi, e la difficoltà di assicurare che sia i benefici della genomica sia i costi associati siano equamente distribuiti nella società. Tutte queste questioni devono essere affrontate urgentemente affinché la medicina personalizzata possa espletare il suo pieno potenziale in termini sanitari e di valore economico. Ciò richiederà la mobilitazione di conoscenze, expertise e risorse finanziarie che vanno ben oltre quelle che un singolo centro di ricerca o ospedale sia in grado di sostenere, la necessità di un coordinamento stabile tra le varie istituzioni cliniche e scientifiche del paese (networks), ed il coinvolgimento di tutte le parti interessate (politiche, amministrative, regolamentari, industriali, pazienti).

Promozione di programmi di screening genomico nazionali (stratificazione per trattamenti e mappatura del rischio genetico di tumore). Uno degli obbiettivi critici dei prossimi anni e’ il raggiungimento della piena implementazione della medicina genomica in oncologia, per accelerare la transizione verso la medicina di precisione. Cio’ comporta la mappatura del genoma actionable in tutti i pazienti, l’analisi cioe’ dei geni le cui mutazioni nel tumore predicono l’esito di specifici trattamenti, e di quelle varianti alleliche individuali che predicono il rischio di tumore o di tossicità legata ai farmaci. Cio’ puo’ essere realizzato mediante: a) profiling molecolare di campioni tumorali, al fine di identificare mutazioni geniche che predicono la sensibilità a farmaci molecolari, inclusi farmaci approvati e farmaci attualmente in via di sperimentazione (actionable genome somatico; ad oggi poche centinaia di geni); b) profiling molecolare del DNA di individui con sospetto di tumori familiari, al fine di identificare varianti germinali che predicano la suscettibilità tumorale (actionable genome germinale, ad oggi poche centinaia di geni). A lungo termine, l’obiettivo è quello di offrire un profiling molecolare a tutti i pazienti ed ai loro parenti nel caso di sospetti tumori familiari.

Messa a punto di tecnologie affidabili per l’analisi genomica nel DNA circolante (liquid biopsy). La possibilita’ di analizzare le alterazioni genomiche dei tumori nel DNA circolante ha la potenzialita’ di modificare radicalmente il nostro approccio alla diagnosi dei tumori, diagnosi precoce e monitoraggio dei trattamenti. E’ pertanto stratetegico che vengano messi a punto protocolli robusti, sensibili e specifici per liquid bipsy, e che la loro validita’ sia testata in vari contesti clinici: i) pazienti per i quali il tessuto tumorale non sia accessibile (diagnostica); ii) durante la terapia (monitoraggio e anticipazione delle recidive); iii) per l’identificazione di malattia minima residua in pazienti sottoposti a chirurgia con intento curativo; iv) per lo screening di individui asintomatici a rischio di sviluppare tumori.

Identificazione di altri biomarcatori omici actionable. L’aspetto centrale della oncologia di precisione è l’identificazione di biomarcatori che possano essere utilizzati per stimare il rischio di insorgenza della malattia, per una diagnosi precoce, per la selezione del trattamento più adeguato, ed il controllo dell’esito del trattamento. Infatti, i farmaci molecolari più efficaci sono collegati a biomarcatori di risposta- predizione, ed il numero di farmaci disponibili associati a marcatori di stratificazione sta aumentando rapidamente. Mentre i pazienti sono stati (e sono tuttora) stratificati su singoli marcatori genomici (DNA), e’ necessaria una transizione verso una diagnostica su scala omica per la medicina personalizzata, inclusi approcci di trascrittomica, epigenomica, proteomica, metabolomica, e lipidomica. Tali approcci, infatti, forniscono una descrizione piu’ dettagliata della dell’eterogeneità biologica e genomica dei tessuti tumorali, e sono potenzialmente piu’ informativi ai fini della stratificazione dei pazienti. Non sono pero’ sufficientemente standardizzati per uso clinico, e richiedono notevoli risorse in termini di costi, tempo e impegno umano. E’ pertanto necessario lanciare programmi dedicati alla messa a punto di protocolli robusti e a basso costo per l’introduzione delle varie omiche nella pratica clinica.

Identificazione di biomarcatori predittivi di risposta/resistenza a trattamenti immunoterapici. I problemi clinici principali relativamente all’uso dei checkpoint inhibitors sono la percentuale relativamente bassa di pazienti che risponde al trattamento, la variabilità della risposta da tumore a tumore e, soprattutto nel caso degli inibitori dell’asse PD1/PD-L1, lo sviluppo di resistenza dopo una iniziale risposta. E’ pertanto prioritario identificare biomarcatori altamente predittivi di risposta e recidiva, al fine di ridurre sia il numero di trattamenti potenzialmente tossici in assenza di efficacia, sia la spesa farmaceutica, dati i costi molto elevati di queste terapie. Nonostante siano stati pubblicati molti studi, nessun marcatore singolo ha mostrato una efficacia predittiva soddisfacente della sensibilità o resistenza a trattamenti immunoterapici. E’ verosimile che la stratificazione dei pazienti eleggibili a trattamenti immunoterapici, con particolare riferimento ai checkpont inhibitors, dipenderà dalla combinazione di molti marcatori, compresi: i) Mutational load (correlazione tra numero di mutazioni e risposta clinica); ii) Specifiche mutazioni genetiche del tumore (per

es. le mutazioni di EGFR, ALK e KRAS sono associate a una ridotta risposta; iii) lo stato immunologico del

paziente (Neutrophil-to-Lymphocyte e livelli di MDSC); iii) l’infiltrato immunitario del tumore (tumori che presentano abbondante infiltrato immunitario rispondono meglio); iv) Pattern di espressione del tumore (l’attivazione di pathway oncogenici come beta-catenina e STING sono in grado anche di modulare l’eliminazione delle cellule neoplastiche da parte del sistema immune); v) Espressione e Mutazioni dei HLA nel tumore (bassa espressione di HLA correla con tumor-escape e specifici genotipi HLA correlano con la risposta al trattamento con checkpoint inhibitors; vi) Caratteristiche metaboliche del paziente (per es. è stata osservata una correlazione inversa tra livelli sierici di LDH e risposta terapeutica).

Analisi del microbiota. Studi recenti hanno dimostrato che esistono delle signature del microbiota intestinale che correlano con la risposta o resistenza ad immuno checkpoint inhibitors. Più in generale, dati preliminari suggeriscono che il microbiota contribuisca allo sviluppo del tumore a alla sua diffusione metastatica. Per esempio, specifici batteri del microbiota sono sovra-rappresentati in pazienti affetti da cancro al colon retto e presenti anche in metastasi distali; e il trattamento di tumore al colon con l’antibiotico metronidazole riduce la crescita tumorale in modelli preclinici. E’ stato recentemente dimostrato che sia tumori al seno (BC) che adenocarcinomi pancreatici (PDAC) contengono un microbiota; in campioni di BC il microbiota risulta meno abbondante e qualitativamente diverso dal tessuto normale, in PDAC influenza la risposta a terapia. Sarà determinante studiare il microbiota intestinale e quello tumorale al fine di identificare nuovi marcatori di sensibilità/resistenza alle varie terapie anti-tumorali, con particolare riferimento alla immunoterapia.

Promozione di clinical trials basati sulla genomica. Il valore clinico dell’actionable genome attualmente conosciuto è relativamente basso. La prescrizione in silico di nuovi farmaci, dopo il profiling di genomi tumorali pubblicamente disponibili (circa 15.000 campioni), mostra che meno del 20% circa di pazienti può usufruire di terapie mirate approvate. Se si considera però la pipeline dei nuovi farmaci attualmente in clinical trials, o il repourposing di farmaci approvati per altre indicazioni terapeutiche, o la possibilità di combinare farmaci molecolari, la percentuale di pazienti che possono beneficiare di trattamenti basati sulla genomica sale al 70% circa. Pertanto, la esecuzione clinical trial basati sulla genomica (specialmente quelli accademici) rappresentano uno strumento fondamentale sia per estendere le applicazioni della oncologia personalizzata, che per garantire l’accesso dei nostri pazienti all’innovazione in oncologia. L’implementazione di programmi di screening genomici deve quindi essere collegata alla promozione di clinical trials genomici, al fine di massimizzare il loro valore in termini di benefici per i pazienti. I clinical trials genomici hanno però caratteristiche uniche, quali la estrema frammentazione della popolazione di pazienti su base genomica, imponendo quindi il design di clinical trials innovativi (che consentano di valutare efficacemente e rapidamente nuovi farmaci, nuove combinazioni e biomarcatori molecolari, quali Platform Clinical Trials, Adaptive Clinical Trials, N-of-1 Clinical Trials) e la pianificazione di clinical trials multicentrici. L’obiettivo primario dovrebbe essere quindi quello di creare strutture di rete che facilitino l’aggregazione del maggior numero possibile di istituzioni cliniche.

Translational Research. I recenti dati ottenuti dal sequenziamento del genoma tumorale sottolineano il grado di complessità genetica caratteristica dei tumori. L’eterogeneità genetica esiste su livelli multipli: nel singolo tumore (eterogeneità intratumorale), tra pazienti con lo stesso tipo di tumore (eterogeneità interpaziente), nelle metastasi (eterogeneità intrametastatica) e tra metastasi (eterogeneità intermetastatica) dello stesso paziente. Ad oggi sono state identificate mutazioni in circa 200 geni che contribuiscono allo sviluppo tumorale, e verosimilmente molti altri restano ancora da scoprire. Alla complessità genomica dei tumori si sovrappone un ulteriore livello di complessità, rappresentato dalla complessità biologica, come testimoniato dall’esistenza di una gerarchia biologica all’interno del tumori (ipotesi delle cellule staminali tumorali) ed una notevole plasticità della cellula tumorale (reprogramming, transdifferenziamento). Tale complessità limita gli effetti della terapia, risultando spesso in una resistenza

immediata o tardiva ai farmaci. Sono pertanto prioritari programmi coordinati che affrontino questi livelli di

complessità a livello dei singoli tumori, mediante analisi omiche su campioni tumorali primari e correlazioni con le caratteristiche cliniche del paziente e la risposta ai trattamenti. In questo contesto, è auspicabile che vengano intensificate le attività di biobanking, e le attività di collegamento tra le banche di tessuto esistenti. Elemento critico collegato alle attività di bioanking è la generazione di depository di alta qualità (cellule staminali, xenotrapianti).

ABSTRACT PROGETTO

Il progetto di rete ACC per il 2020 rappresenta il proseguimento e l’estensione del lavoro impostato da ciascuno dei Working Group (WG) di ACC negli anni 2017-2019. In questo triennio, ACC ha perseguito i seguenti obiettivi:

1) Allestimento di laboratori in grado di eseguire analisi NGS in ciascuno degli istituti partecipanti, sulla base di una piattaforma tecnologica condivisa.

2) Creazione di una comunità di bioinformatici, distribuiti nei vari istituti afferenti per la elaborazione e condivisione di workflow di dati NGS.

3) Organizzazione di un Data Center condiviso per storage e analisi di dati NGS, presso INFN, Bologna.

4) Promozione di studi clinici multicentrici guidati da informazioni genomiche

5) Creazione di un nuovo Working Group, dedicato alla Radiomica.

Ciascun WG, inoltre, ha sviluppato progettualità specifiche di specifica pertinenza. I principali obiettivi sono stati realizzati o sono in fase avanzata di realizzazione.

Per il 2020 prevediamo il consolidamento dei risultati ottenuti, e il lancio di nuove progettualità all’interno di ciascun WG. In particolare verranno avviati i seguenti progetti:

- WP1 – Coordinamento e formazione: Meeting Nazionale ACC-2020 e attività di formazione

- WP2 – Tumori della mammella (ACC WG BREAST): Ruolo del follow-up intensivo e della biopsia liquida nell’anticipazione diagnostica in pazienti con tumore mammario in stadio I-III ad alto rischio di ricaduta: uno studio randomizzato, prospettico, multicentrico, di fase II.

- WP3 – Glioblastoma (ACC WG GLIOBLASTOMA): Biopsia Liquida del Glioblastoma;

- WP4 – Tumori del colon-retto (ACC WG COLON): Stratificazione molecolare del carcinoma colorettale per la medicina di precisione;

- WP5 – Melanoma (ACC WG MELANOMA): Biobanca di Organoidi e analisi NGS nella rete ACC;

- WP6 – Immunoterapia (ACC WG IMMUNOTHERAPY): ACC-ImmunoPortal: un repository italiano per un’immunoterapia più efficace e Score Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico;

- WP7 – Tumori Polmonari (ACC WG LUNG): Prosecuzione dell’arruolamento dello Studio Prospettico “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” volto all’applicazione di NGS su biopsia liquida; avvio del progetto “Development and Validation of Radiomics Models in non Small Cell lung cancer” e studio di fattibilità del progetto “Validazione di Biomarcatori di Risposta a Chemioterapia di Induzione (CTI) in NSCLC”.

- WP8 – Sarcomi (ACC WG SARCOMA): SMS: Stratificazione molecolare dei sarcomi per lo sviluppo di approcci histotype-tailored;

- WP9 – Oncoematologia (ACC WG ONCOHEMATOLOGY): Costituzione di una Rete per lo Sviluppo della Medicina di Precisione e Trial Clinici Innovativi basati su “synthetic lethalities” nei linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule e nelle Leucemie Acute Mieloidi.

- WP10 – Genomica/Bioinformatica (ACC WG GENOMICS): Tackling Unmet Needs in Cancer genomics. The UNIC program.

- WP11 – Anatomia Patologica e Biobanche (ACC WG PATHOLOGY AND BIOBANKING): Standardizzazione della fase preanalitica in anatomia patologica per una patologia sperimentale di qualità;

- WP12 – Radiomica (ACC WG RADIOMICS): Sviluppo e validazione di modelli radiomici con “real world data” nel tumore del retto localmente avanzato.

ENTI ATTUATORI	n.
Fondazione X.X.X.X.X. Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxxxx Xxxxx, Xxxxxx	0
Xxxxxxxx Xx Xxxxxxxx, FPO – IRCCS	2
Centro Di Riferimento Oncologico, CRO IRCCS	3
IRCCS Crob	4
Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx	5
IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx	6
IRCCS Xxxxxxxx Xxxxx XX	7
IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx	8
IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center	9
Istituto Dermopatico Dell’immacolata – Xxxxxxxxxx Xxxxx Xxxxx Xxxxx	00
Istituto Europeo Di Oncologia	11
Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Dei Tumori, INT	12
Istituti Ortopedici Rizzoli	13
Istituto Nazionale Tumori Regina Elena	14
Istituto Oncologico Veneto	15
Fondazione Xxxxxxxxx Xxxxxxx	16
Istituto Scientifico Romagnolo Per Lo Studio E La Cura Dei Tumori (IRST) IRCCS	17
Fondazione Mondino – Istituto Neurologico Nazionale IRCCS	18
Ospedale Bambino Gesù	19
Istituto Nazionale Tumori Fondazione Xxxxxxx	20
IRCCS Xxxxxxx De Bellis	21
IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx, San Xxxxxxx	22
Ospedale Casa Sollievo Xxxxx Xxxxxxxxxx – IRCCS	23
Istituto Di Ricerca Diagnostica E Nucleare – SDN, IRCCS	24
Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx	25
OBIETTIVI
Obiettivo generale e relativo indicatore
L’obiettivo generale del Programma di Rete è l’implementazione di un progetto nazionale di Oncologia di Precisione che coinvolga gli IRCCS della rete ACC. Viene descritto di seguito l’obbiettivo generale di ciascuno WG. WP1 – Coordinamento e formazione. Coordinamento: ACC. Formazione e organizzazione del Meeting annuale ACC 2020. WP2 – Tumori della mammella (ACC WG BREAST); Coordinamento progetto: Azienda Ospedaliera Universitaria San Xxxxxxx IST, IRCCS, Genova, Dr.ssa Xxxxx Xxx Xxxxxx: Ruolo del follow-up intensivo e della biopsia liquida nell’anticipazione diagnostica in pazienti con tumore mammario in stadio I-III ad alto rischio di ricaduta: uno studio randomizzato, prospettico, multicentrico, di fase II. Obbiettivo Generale: Valutare l’impatto in termini di anticipazione diagnostica della biopsia liquida (ctDNA) e di un follow-up intensivo con esami strumentali (TC total body) nelle pazienti ad alto rischio di ricaduta. WP3 – Glioblastoma (ACC WG GLIOBLASTOMA); Coordinamento progetto: Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx, IRCCS, Milano, Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxxxx: Biopsia Liquida del Glioblastoma (GBM_LIB). Obiettivo generale: introdurre la GBM liquid biopsy nell’armamentario clinico in neuro-oncologia. WP4 – Tumori del colon-retto (ACC WG COLON); Coordinamento progetto: Istituto di Candiolo, FPO, IRCCS, Dr. Xxxx Xxxxxx; Stratificazione molecolare del carcinoma colorettale per la medicina di precisione. Obbiettivo Generale: implementare in un contesto di pratica clinica su casistica consecutiva, inizialmente retrospettiva e poi prospettica, la fattibilità a livello di più IRCCS e la potenziale informatività prognostica e terapeutica di profili integrati NGS su DNA e RNA di tumori colorettali. WP5 – Melanoma (ACC WG Melanoma); Coordinamento progetto: Istituto Dermopatico dell'Immacolata

IDI, IRCCS, Roma, Dr. Xxxxxxxxxxxx Xxxxx: Melanoma : Biobanca di Organoidi e analisi NGS nella rete ACC. Obiettivo Generale: Creazione di una biobanca tessutale di OTS derivati da pazienti con melanoma primario e metastatico, non trattati o in corso di trattamento con terapia neoadiuvante e/o adiuvante.

WP6 – Immunoterapia (ACC WG IMMUNOTHERAPY); Coordinamento progetto: Ospedale Bambino Gesù, IRCCS, Roma, Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx; Istituto Regina Elena, IRCCS, Roma, Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxx: ACC- ImmunoPortal: un repository italiano per un’immunoterapia più efficace e Score Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico. Obiettivo generale:

Creazione di un repository/portale multicentrico comprendente dati clinici e biologici di 2000 pazienti trattati con ICB in accordo con le attuali linee guida (i.e. Xxxxxxx, Xxxxxxxx, Xxxx, Testa-Collo). Identificare biomarcatori altamente predittivi di risposta nella coorte dei pazienti NSCLC trattati con ICB (TRIAL WG LUNG).

WP7 – Sarcomi (ACC WG SARCOMA); Coordinamento progetto: CRO, IRCCS, Aviano, Dr.ssa Xxxxxxx Xxxxxxx: SMS: Stratificazione molecolare dei sarcomi per lo sviluppo di approcci histotype-tailored. Obbiettivo generale: implementazione di una piattaforma molecolare che si interfacci con ISG per lo sviluppo di attività di diagnostica avanzata e ricerca traslazionale orientate al miglioramento della gestione dei pazienti affetti dai diversi istotipi di sarcoma.

WP8 – Tumori Polmonari (ACC WG LUNG); Coordinamento progetto: Ospedale San Xxxxxxxx - OSR, IRCCS, Milano, Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx: Prosecuzione dell’arruolamento dello Studio Prospettico principale “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” e dello studio volto all’applicazione di NGS su Biopsia Liquida; AVVIO Progetto “Development and Validation of Radiomics Models in non Small Cell lung cancer”.

WP9 – Tumori Ematologici (ACC WG ONCOHEMATOLOGY); Coordinamento progetto: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dr. Xxxxxx Xxxxxxxxx: Costituzione di una Rete per lo Sviluppo della Medicina di Precisione e Trial Clinici Innovativi basati su “synthetic lethalities” nei linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule e nelle Leucemie Acute Mieloidi. Obbiettivo Generale: Date le attuali notevoli difficoltà nello sviluppo della ricerca indipendente in campo oncoematologico, la costituzione di un network ad alta tecnologia per lo sviluppo coordinato di trial innovativi è una priorità. Verrà creata una rete per il profiling molecolare integrato (per diagnosi e ricerca) mirata allo sviluppo coordinato di clinical trials “investigator initiated” e verrà condotto uno studio di profiling multi-omics mirato a definire possibili strategie di “synthetic lethality” nei linfomi non Hodgkin B aggressivi e nelle leucemie acute mieloidi con disfunzione del pathway di TP53. Verranno proposti clinical trials basati su inibizione della DDR +/- BCL-2 +/- immunoterapia.

WP10 – Genomica/Bioinformatica (WG ACC GENOMICS); Coordinamento progetto: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dr. Xxxx Xxxxxxxxxx: Tackling Unmet Needs in Cancer genomics. The UNIC program. Obbiettivo Generale: Identificazione e caratterizzazione molecolare di tumori ad alto interesse clinico-biologico.

WP11 – Anatomia Patologica e Biobanche (WG ACC PATHOLOGY & BIOBANKING); Coordinamento progetto: Istituto di Candiolo, FPO, IRCCS, Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxx: Standardizzazione della fase preanalitica in anatomia patologica per una patologia sperimentale di qualità. Obbiettivo generale: ottenere campioni biologici di qualità ottimale uniformando i protocolli di preservazione dei campioni tissutali per indagini molecolari e le procedure di biobancaggio. Inoltre si intende lavorare al fine di massimizzare l’utilizzo di dati ottenibili dai campioni tissutali, creando un repository di immagini digitali di ACC.

WP12 – Radiomica (ACC WG RADIOMICS); Coordinamento progetto: Fondazione Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxx, IRCCS, Roma, Dr. Xxxx Xxxxxxxx: Radiomics in rEctal Cancer real wORld Data - RECORD Study: Sviluppo e validazione di modelli radiomici con “real world data” nel tumore del retto localmente avanzato. Obiettivo Generale: realizzare modelli predittivi per outcome clinici basati sull’analisi radiomica di esami di Risonanza Magnetica di stadiazione in pazienti affetti da neoplasie del retto localmente avanzato.

Obiettivi specifici e relativi indicatori

WP1 – Coordinamento e formazione. ACC intende organizzare programmi di formazione per fornire aggiornamenti in ambito di ricerca traslazionale avanzata agli IRCCS della rete, in modo tale da garantire una migliore collocazione nei progetti.

Meeting ACC 2020: l’obiettivo è di trasformare il Meeting ACC nel Meeting Italiano di Oncologia Traslazionale.

WP2 – Tumori della mammella: valutare l’impatto in termini di anticipazione diagnostica della biopsia liquida (ctDNA) e di un follow-up intensivo con esami strumentali (TC total body) nelle pazienti ad alto rischio di ricaduta. In particolare:

- Valutare l’impatto del follow-up intensivo sull’anticipazione diagnostica

- Valutare il tasso di falsi positivi nel follow-up intensivo e il tasso di metastasi resecabili

- Valutare i costi totali delle procedure di follow-up intensivo

- Valutare e confrontare l’impatto sull’anticipazione diagnostica del follow-up intensivo rispetto alla biopsia liquida

WP3 – Glioblastoma: obiettivo generale del progetto è quello di introdurre la GBM liquid biopsy nell’ armamentario clinico in neuro-oncologia. In particolare:

- Ottimizzazione delle tecniche di preparazione e congelamento di CSF da rachicentesi in anestesia immediatamente prima della chirurgia

- Raccolta parallela di plasma per analisi di EV-DNA.

- Messa a punto pannello gliomi 2.0 su DNA tumorale e su CSF in parallelo a diverse profondità di analisi.

- Messa a punto delle condizioni per utilizzo pannello GerSom (467 geni, 1.6 Mb di DNA) su Next Seq550 Illumina; Analisi WES del DNA da frammento tumorale delle recidive.

- Ottimizzazione del metodo di isolamento delle EV plasmatiche per la pratica clinica.Valutazione pilota della presenza di RNA libero o in EV nel mezzo di coltura di GBM stem-like cells.

WP4 – Tumori del Colon-retto: implementare in un contesto di pratica clinica su casistica consecutiva, inizialmente retrospettiva e poi prospettica, la fattibilità a livello di più IRCCS e la potenziale informatività prognostica e terapeutica di profili integrati NGS su DNA e RNA di tumori colorettali. In particolare:

- Sequenziamento mirato di geni-bersaglio terapeuticamente rilevanti e determinazione del mutational load;

- Profilazione del copy number globale mediante sWGS;

- Profilazione trascrittomica mediante RNA-seq globale;

- Analisi integrativa di tutti i profili molecolari per un inquadramento prognostico e terapeutico ottimale di ogni singolo caso.

WP5 – Melanoma: creazione di una biobanca tessutale di OTS derivati da pazienti con melanoma primario e metastatico, non trattati o in corso di trattamento con terapia neoadiuvante e/o adiuvante. In particolare:

- confronto di diversi tipi di tecnologie per la messa a punto di OTS specifici.

- condivisione dei protocolli attraverso attività di rete (video, training couses, meeting) per favorire set- up c/o i vari Istituti di ACC di colture organotipiche.

- inclusione nella preparazione della coltura organotipica di campioni provenienti da pazienti con tumori primari e/o sottoposti a protocolli di terapia neoaudiuvante e/o adiuvante

- utilizzo degli OTS per testare l’efficacia di nuove terapie, in vitro ed in vivo.

WP6 – Immunoterapia: creazione di un repository/portale multicentrico comprendente dati clinici e biologici di 2000 pazienti trattati con ICB in accordo con le attuali linee guida (i.e. Xxxxxxx, Xxxxxxxx, Xxxx, Testa-Collo). Identificare biomarcatori altamente predittivi di risposta nella coorte dei pazienti NSCLC trattati con ICB (TRIAL WG LUNG). In particolare:

1. Continuità sperimentale rispetto alla progettualità 2018/2019

Analisi Immunoistochimica campioni tissutali pazienti NSCLC trattati con ICI

- Analisi del mutational load mediante whole exome sequencing (WES)

- RNA-seq e tecnologia NanoString (con trans-validazione dei due approcci)

- HLA typing, TCR clonality, metabolomica, microbiota intratumorale

- Valutazione dell’infiltrato immunitario in biopsie di pazienti che sviluppano tossicità cutanea dopo trattamento con ICI

- Valutazione del viroma polmonare associato allo stato tumorale

- Valutazione del microbioma tissutale

2. Creazione del primo e più importante repository multicentrico sui pazienti trattati con Immuno- Checkpoint inhibitors: almeno 1000 pazienti nel primo anno. I dati clinici inseriti nell' ACC ImmunoPortal saranno relativi ai pazienti trattati con ICI in terapia standard.

WP7 – Tumori Polmonari: prosecuzione dell’arruolamento dello Studio Prospettico principale “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” e dello studio volto all’applicazione di NGS su Biopsia Liquida; avvio del progetto “Development and Validation of Radiomics Models in non Small Cell lung cancer” e studio di fattibilità del progetto “Validazione di Biomarcatori di Risposta a Chemioterapia di Induzione (CTI) in NSCLC”. In particolare ci proponiamo di:

- avanzare l’arruolamenti di almeno 200 pazienti nell’arco del 2020 e raggiungere circa 500 pazienti totali nello studio principale e raggiungere il 50% del target previsto.

- procedere con il confronto dei risultati delle analisi molecolari ottenuti sul tessuto con NGS su biopsia liquida all’interno (gia analizzati 40 in 5 mesi di quest’anno, target 2020 altri 60 pazienti).

- emendare il Protocollo ed introdurre lo Studio della Radiomica: “Development and validation of radiomic models in non small cell lung cancer”.

- estendere le analisi molecolari nel setting chirurgico limitatamente allo stadio III tramite uno studio di fattibilità su circa 100 pazienti.

WP8 – Sarcomi: l’implementazione di una piattaforma molecolare che si interfacci con ISG per lo sviluppo di attività di diagnostica avanzata e ricerca traslazionale orientate al miglioramento della gestione dei pazienti affetti dai diversi istotipi di sarcoma. In particolare:

- Obiettivo Diagnostico: Sviluppo di un pannello custom per la rilevazione di trascritti di fusione, diagnostici in oltre 1/3 dei sarcomi. Questo obiettivo rappresenta la naturale evoluzione del precedente progetto di validazione di pannelli commerciali (vedi risultati preliminari).

- Obiettivo Prognostico: Identificazione di una signature prognostica “core”, estratta dalla signature CINSARC, implementabile nella routine diagnostica.

- Obiettivo Predittivo: Profiling molecolare di tumori inclusi in trial clinici ISG per l’identificazione di predittori di risposta e nuovi potenziali bersagli terapeutici.

WP9 – Onco-ematologia:

- la creazione di una rete ad alta tecnologia in campo ematologico, con focus su: a) linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule (DLBCL); b) leucemie acute mieloidi (AML) per l’implementazione di una piattaforma per studi di medicina di precisione.

- Studio di nuove strategie di “synthetic lethality” e immunoterapia in un piano di medicina di precisione per AML e DLBCL con disfunzione del pathway di p53.

WP10 – Genomica/Bioinformatica: identificazione e caratterizzazione molecolare di tumori ad alto interesse clinico-biologico. In paticolare:

- identificazione degli "unmet needs in cancer genomics" tramite expert consensus

- identificazione di criteri condivisi per la definizione di long responders/istologie rare

- sequenziamento retrospettivo di tumori long responders/istologie rare tramite Whole Genome Sequencing (WGS)/ Whole Exome Sequencing (WES) + RNAseq

- disegno e avvio di trial prospettici per raccolta ed analisi dei campioni

WP11 – Anatomia Patologica e Biobanche: ottenere campioni biologici di qualità ottimale uniformando i protocolli di preservazione dei campioni tissutali per indagini molecolari e le procedure di biobancaggio. Inoltre si intende lavorare al fine di massimizzare l’utilizzo di dati ottenibili dai campioni tissutali, creando un repository di immagini digitali di ACC. In particolare:

- Organizzare la raccolta dei campioni a fresco per la fissazione a freddo.

- Validare la qualità di DNA e RNA dei campioni tissutali fissati in modo “standard” e “a freddo” dello studio Gersom, anche in collaborazione con il WG Genomics.

- Eseguire un censimento delle tecnologie di imaging.

- Attivare il gruppo delle biobanche con esperti nazionali del settore per guidare al processo di certificazione.

WP12 – Radiomica: realizzare modelli predittivi per outcome clinici basati sull’analisi radiomica di esami di

Risonanza Magnetica di stadiazione in pazienti affetti da neoplasie del retto localmente avanzato. In

particolare:

- Stesura del protocollo multicentrico definitivo e sottomissione al Comitato Etico del centro coordinatore.

- Implementazione architettura sistema di anonimizzazione e upload delle immagini per analisi radiomica per upload su server protetto INFN e/o distributed radiomics. Un referente per centro partecipante riceverà le credenziali per l’upload completamente anonimo delle immagini e delle informazioni cliniche sul database

- Ottimizzazione tecnica della piattaforma d’analisi radiomica MODDICOM

- Segmentazione ed upload prima coorte di pazienti anonimi sull’apposito sistema informatico e relativa verifica

- Avvio del progetto “Controllo di Qualità Interno ed Esterno in teleradiologia per Servizi di Diagnostica

per Immagini”

Risultati attesi e Milestones

WP1 – Coordinamento e formazione.

1) Programmi di formazione

2) Meeting ACC 2020

WP2 – Tumori della mammella:

1) Stesura del protocollo (6 mo).

2) Stesura delle SOPs per la raccolta del materiale biologico: la standardizzazione dei materiali e delle procedure all’interno del Working Group è fondamentale per ottenere materiale di qualità ed integrità e non introdurre bias di raccolta e quindi garantire l’affidabilità dei risultati (6 mo).

3) Individuazione della CRO di riferimento con la quale si procede alla stesura del protocollo e delle procedure operative, ed al completamento degli adempimenti burocratici finalizzati alla presentazione ed approvazione dello studio presso il Comitato Etico del centro coordinatore e la presentazione dello studio ai Comitati Etici dei centri coinvolti (6 mo).

4) Stesura delle schede raccolta dati elettroniche (eCRF) della procedura di randomizzazione elettronica e della piattaforma web in collaborazione con la CRO (6 mo).

5) Attivazione del centro coordinatore e avviamento per l’apertura degli altri centri (12 mo).

6) Arruolamento dei pazienti presso il centro coordinatore (si stima di arruolare circa 10 pazienti nel primo anno - 12 mo).

WP3 – Glioblastoma:

1) Trimestri 1-3: stesura e approvazione del protocollo per l’ottenimento di CSF da pazienti neuro- oncologici durante anestesia immediatamente prima dell’intervento neurochirurgico.

2) Trimetri 1-4. Raccolta dei campioni: CSF da pazienti neuro-oncologici che richiedono rachicentesi diagnostica (trimestre 1-4; n ≥ 9) o in anestesia (trimestre 3-4; n ≥ 3).

3) Ottimizzazione delle tecniche di estrazione e conservazione del DNA ottenuto.

4) Disponibilità di campioni di EV-DNA paralleli CSF-plasma (n ≥ 10)

5) Analisi di n ≥3 trio di tumori/CSF/linfociti (DNA costitutivo) sul pannello gliomi 2.0.

6) Analisi di 2 coppie di tumori/recidive su pannello GerSom e WES.

7) Analisi di 2 coppie di tumori CSF/EV (n ≥2).

8) Dati RNA libero o in EV su linee di GBM-GSC (n ≥2).

WP4 – Tumori del Colon-retto:

1) Attività 1 (M1-3): Nel primo trimestre del progetto si andrà a definire in dettaglio il contributo di ogni IRCCS del WG al progetto triennale e in termini di caratteristiche e contesto della casistica (casistica retrospettiva o prospettica, consecutiva non selezionata o afferente a studio clinico). Il target per il primo anno è la generazione concomitante di profili DNA e RNA su 65 casi, distribuiti fra i vari IRCCS partecipanti, inclusi alcuni campioni di benchmarking per validazione analitica multicentrica.

Elenco Deliverables: D1 (M3): documento condiviso con definizione dettagliata della partnership e della casistica oggetto di studio per il primo anno e per il triennio.

2) Attività 2 (M1-6): Nel secondo trimestre del progetto si definiranno le SOPs relative a manipolazione del campione, selezione delle regioni di interesse, estrazione e QC degli acidi nucleici, preparazione delle

librerie, sequenziamento, processamento e analisi dei dati NGS. Questo Task prevede anche training sulle SOPs per i centri che debbano acquisirle.

Elenco Deliverables: D2 (M6): documento condiviso con SOPs per la filiera analitica.

3) Attività 3 (M6-12): selezione e processamento dei campioni, fino all’estrazione di DNA e RNA e dei relativi controlli di qualità. Il protocollo di riferimento prevede l’utilizzo del sistema Xxxxxxx di Promega. Alcuni campioni di benchmarking verranno processati da più centri per un confronto e validazione analitica della riproducibilità delle procedure in laboratori diversi.

Elenco Deliverables: D3 (M12) Report con i risultati di QC dell’estrazione di DNA e RNA per 50 campioni di CRC, inclusi campioni utilizzati per validazione analitica multicentrica.

4) Attività 4 (M8-12): preparazione delle librerie e sequenziamento NGS per profilazione mutazionale, sWGS e RNA-seq. Per la profilazione mutazionale si prevede l’utilizzo di un pannello di ampliconi ThermoFisher, ma questa scelta può essere rivista alla luce di nuove opportunità tecnologiche/commerciali competitive che dovessero emergere dal mercato. Per lo sWGS si prevede un protocollo standard whole genome sequencing di Illumina, e per l’RNA-seq si prevede l’utilizzo del protocollo TruSeq Illumina con ribodeplezione.

Elenco Deliverables: D4 (M12) Elenco dei 65 profili di sequenziamento DNA e RNA generati per 65 campioni di CRC, inclusi i campioni di validazione analitica multicentrica.

5) Attività 5 (M9-12): Processamento e iniziale controllo di qualità dei dati NGS. Costituzione di un archivio condiviso e valutazione del success rate e dei campioni di benchmarking per la validazione analitica.

Elenco Deliverables: D5 (M12) Documento con i risultati del QC bioinformatico sui dati di sequenziamento mutazionale, sWGS e RNA-seq, e analisi della riproducibilità fra centri dei campioni di benchmarking.

WP5 – Melanoma:

1) Generazione di OTS da lesioni di melanoma metastatico mediante tecnica hanging drop o su matrigel o su idrogel di nuova sintesi (polimeri naturali altamente compatibili o in miscele di PEG e polimeri naturali), già caratterizzati sotto l’aspetto chimico-fisico. Ciò consentirà una distribuzione e crescita omogenea degli OTS all’interno della matrice;

2) Generazione di strutture tridimensionali dinamiche, basate sull’ uso di Rotary Cell Culture System Bioreactor, che consentono di preservare il microambiente tumorale del paziente che, in assenza di un’interfaccia aria-liquido come succede nelle colture tradizionali, e alla presenza di forze idrodinamiche, permette uno scambio efficiente ed una migliore distribuzione dei gas, dei nutrienti ed eventualmente dei farmaci all’interno del campione;

3) Generazione di modelli organotipici di melanoma partendo da scaffold dermici decellularizzati;

4) Ricomposizione dell’ambiente tumorale mediante co-culture di OTS con varie popolazioni cellulari, all’interno di gocce di collagene di tipo I mantenute in coltura in piastre da 96 pozzetti.

5) Test preliminare di farmaci con anti PD-1, per ricapitolare ciò che è già stato pubblicato (Xxxxxxx et al, Cancer Discovery 2018) su colture a 9 giorni (9-12 mese). I trattamenti verranno poi implementati durante il secondo anno di attività, studiando anti PD-1 in combinazione con SD-101 (inibitore di TLR9, associazione in studio in trials clinici di fase Ib, Ribas et al, Cancer Discovery 2018) o Encorafenib e Binimetinib (inibitori di BRAF mutato e MEK, rispettivamente). Verranno inserite eventuali nuove combinazioni emergenti da studi clinici in corso o specifiche per gruppi di pazienti già in corso di trattamento.

6) Protocollo sperimentale iniziale e nuovi protocolli emergenti durante il primo anno di attività

7) Video tutorial

8) Riunioni semestrali per aggiornamento all’intero WG e verifica dei progressi nella generazione dei OTS nei centri coinvolti.

9) Derivazione di PDX dal tessuto del paziente (prevediamo la creazione di almeno una decina di modelli) e dagli OTS (prevediamo di iniziare a generarli verso la fine del primo anno e di decidere il numero totale dopo la prima serie di caratterizzazioni fenotipiche e genomiche dei modelli). Quest'ultimo anticipiamo sarà uno degli obiettivi primari del 2o anno

WP6 – Immunoterapia:

1) Collezione dei campioni dei pazienti già arruolati nello studio Trial LUNG: Mese 4-12

2) Analisi immunoistochimica di almeno 40 sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei

checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico): Mese 4-9

3) Analisi di Metabolomica del siero di 40 pazienti: Mese 4-9

4) Analisi della clonalità del TCR in TIL di almeno 40 pazienti: Mese 4-9

5) Analisi degli aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche: Mese 4-9

6) Analisi di WES e RNASeq su biopsie tumorali: Mese 4-12

7) Analisi del microbial signature intratumorale: Mese 4-9

8) Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei: Mese 1-12

9) Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale: Mese 4-19

10) Analisi Bioinformatica: Mese 1-12

11) Set-up database multicentrico sui pazienti trattati con Immuno-Checkpoint inhibitors e iter autorizzativo Mese 1-3

12) Inserimento dati pazienti in accordo con previsioni dichiarate dagli Istituti partecipanti come da tabella inviata Mese 1-12

WP7 – Tumori Polmonari:

1) Arruolamento di almeno 200 pazienti nell’arco del 2020

2) Confronto dei risultati delle analisi molecolari ottenuti con NGS sul tessuto e su biopsia liquida (60 pazienti).

3) Avviare lo Studio di Radiomica in non small cell lung cancer

4) Estendere le analisi molecolari nel setting chirurgico allo stadio III tramite su circa 100 pazienti.

WP8 – Sarcomi:

1) Il primo anno sarà dedicato alla creazione della rete integrata ACC/ISG ed all’avvio del progetto, dopo la nomina formale per ogni istituto dei referenti clinici, patologi e/o preclinici che saranno attivamente coinvolti nel WG (1° trimestre).

2) Verrà organizzato un incontro tra rappresentanti dei vari centri coinvolti nel WG e verranno individuati i trial clinici ISG suscettibili di approfondimenti traslazionali nel corso del triennio (1° trimestre)

3) Verranno effettuati gli adempimenti burocratici necessari (emendamento trial clinico ed eventuale approvazione da parte dei comitati etici, ecc) per l’implementazione dell’attività integrata ACC/trial clinici ISG (1°- 3° trimestre).

4) Nel frattempo, verranno iniziate attività di profiling per un inquadramento preliminare di istologie di sarcoma incluse in trial clinici ISG approvati che già prevedono una componente traslazionale: ISG STS 10.01; ISG-EPISObs; ISG-XXXXX 2. Si prevede di profilare per RNAseq almeno 20 casi e per xxXXX seq almeno 10 casi (3°-4°trimestre).

5) Verrà dato avvio al disegno (1° trimestre) ed implementazione (3° trimestre) di un pannello custom (Pannello fusioni custom) che includa geni target di fusioni sarcoma-associate che sono assenti o sono rilevate con bassa efficienza nel pannello “sarcoma” commerciale già valutato.

6) Verrà implementato di un pannello per la rilevazione di mutazioni a carico dei geni del riparo del DNA (DDR) che potrebbero essere predittive di sensibilità a trattamenti combinati con PARP-inhibitors (3°-4° trimestre)

7) Verrà avviata la generazione di modelli preclinici (PDX e zebrafish) di istologie tumorali incluse nei trial. Questi modelli serviranno alla valutazione preclinica dell’efficacia delle combinazioni terapeutiche oggetto dei trial, nuove combinazioni e alla validazione di ipotesi via via generate dagli studi di profiling (marcatori) (3°-4° trimestre).

WP9 – Onco-ematologia:

1) Attivazione dei comitati etici per studio omnicomprensivo, che copra le attività di tutto il triennio, entro primi 6 mesi. Consenso e stesura di protocolli condivisi per la processazione dei tessuti (0-6 mesi). Definizione pannelli genici T-NGS e T-GEP (0-3 mesi). Creazione database centralizzato 0-6 mesi.

2) N° casi potenziale/anno stimato per tutto il consorzio: DLBCL n= 280/anno; AML n= 70/anno. Dal 6° al 12° mese la rete inizierà arruolamento dei pazienti e porterà effettivamente a termine T-GEP e T-NGS di 30 casi di DLBCL e T-NGS di 10-15 casi di AML. Negli anni successivi ci attendiamo un input max di 100-120 casi/anno di DLBCL e 30-40/anno di AML.

3) Dal 6° al 9° mese vi sarà una fase preliminare di test e quality check per ottimizzare la processazione dei tessuti per metodiche molecolari complesse come scRNA-seq e metabolomica che consentirà una maggiore

efficienza di arruolamento nelle fasi successive. Dal 9° al 12 mese arruolamento di n= 5 DLBCL; 5 AML nello

studio multi-omics.

4) Consensus su analisi bioinformatiche e test di cross validation (9-12 mesi). Generazione di dati su T-NGS e T-GEP e analisi preliminari su presenza di alterazioni del pathway di TP53. Quest’analisi servirà come iniziale screening per arruolamento dei pazienti nello studio di caratterizzazione multi-omics.

5) studio già in corso a cui verrà destinata una parte del budget. Attualmente monocentrico IEO, con possibilità di estensione.

WP10 – Genomica/Bioinformatica:

1) Organizzazione di un workshop per la definizione degli unmet needs

2) Disegno e presentazione di uno o più trial clinici prospettici di raccolta campioni (a partenza da fine 2020-inizio 2021)

3) Sequenziamento di 10 tumori long responders/istologie rare tramite whole genome sequencing (wgs) + rnaseq

4) Sequenziamento di 80 tumori long responders/istologie rare tramite whole exome sequencing (wes) + rnaseq

5) Comparazione o creazione di applicativi software appropriati per la gestione pseudonimizzata dei campioni e dei dati personali (evoluzione degli attuali sistemi di lims)

6) Popolazione di un registro mutazionale nazionale, con adeguati strumenti di query (attività in continuità con le attuali attività del wg)

7) Creazione di un "knowledge database" italiano (attività in continuità con le attuali attività del wg)

WP11 – Anatomia Patologica e Biobanche:

1) Descrizione criticità di ciascuna anatomia patologica e identificazione dei clinici interlocutori nell’ambito dello studio Gersom, 3mo

2) Condivisione del protocollo di fissazione a freddo, 6mo

3) Raccolta di un terzo dei campioni stimati dai vari IRCCS, 9-12mo

4) Estrazione DNA/RNA da coppie di campioni FFPE (fissazione a freddo e fissazione standard), mo12

5) Valutazione della frammentazione di DNA e RNA in coppie di campioni FFPE, mo12

6) Elenco dettagliato delle tecnologie di imaging, individuazione referenti della digital pathology nei singoli IRCCS, mo3

7) Kick-off del gruppo di lavoro specifico, raccolta di adesioni da parte di patologi e biologi molecolari, mo3

8) Identificazioni delle specifiche aree di expertise e delle attività di digital pathology ad oggi in atto negli IRCCS, mo3-6

WP12 – Radiomica:

1) Stesura del protocollo multicentrico definitivo e sottomissione al Comitato Etico del centro coordinatore.

2) Implementazione architettura sistema di anonimizzazione e upload delle immagini per analisi radiomica per upload su server protetto INFN e/o distributed radiomics

3) Completamento test tecnici di compatibilità con tutti i centri aderenti e produzione di report scritto

4) Ottimizzazione tecnica della piattaforma d’analisi radiomica MODDICOM

5) Segmentazione ed upload prima coorte di pazienti anonimi sull’apposito sistema informatico e relativa verifica

6) Avvio progetto Controllo di Qualità Interno ed Esterno in teleradiologia.

Descrizione impatto

L’elemento innovativo che può fare la differenza rispetto al successo delle varie attività è quello della realizzazione di un coordinamento tra i vari Centri e la strutturazione di un Piano Nazionale di Medicina di Precisione. La creazione di un livello stabile di coordinamento è indispensabile sia per motivi scientifici (legati alla frammentazione della popolazione dei pazienti e la conseguente necessità di studi multicentrici), che per motivi economici (condivisione di risorse e know how) e può avere ricadute immediate sul paziente (che diventerebbe, rispetto alle competenze, paziente di un network) che sulla competitività e attrattività dei singoli Centri. In questo contesto un ruolo importante è svolto da Alleanza Contro il Cancro (ACC). La missione di ACC è la promozione di attività di rete tra gli Istituti, Ospedali e Associazioni italiane dedicate

alla ricerca oncologica e/o alla cura dei pazienti oncologici, al fine di sviluppare progetti di ricerca clinica e

traslazionale, e favorire la diffusione dell’innovazione diagnostica e terapeutica sul territorio nazionale. ACC ha avviato il progetto ACC-Genomics, la cui finalità è l’implementazione di programmi di Medicina di Precisione a livello nazionale, con particolare riferimento alla realizzazione di programmi nazionali di screening genomico di pazienti oncologici. ACC-Genomics ha sviluppato nuove metodiche di analisi genomica per l’analisi mutazionale dei tumori, che sono attualmente eseguite presso gli IRCCS italiani della rete ACC. Il disegno di un Programma Nazionale di Medicina Personalizzata all’interno di ACC puo’ facilitare, per il suo ruolo istituzionale, il coinvolgimento di tutte le componenti critiche per il successo del Progetto (Ministero della Salute; AIFA; Conferenza Stato Regione; Associazione Pazienti; Industrie Farmaceutiche).

WP1 – Coordinamento e programma di formazione (ACC)

È prevista l’organizzazione del quarto meeting nazionale di ACC. In considerazione del successo delle precedenti edizioni, si prevede una ulteriore articolazione del meeting 2020.

Per il 2020 la sede del meeting non è stata ancora definita.

Inoltre verranno effettuati dei programmi di formazione per alcuni IRCCS che si potrebbero giovare di

aggiornamenti in ambito di ricerca traslazionale avanzata, in modo tale da garantire una migliore collocazione nei progetti della rete

IRCCS coinvolti

Per il Meeting 2020: tutti gli IRCCS della rete.

Per il programma formazione ricerca traslazionale avanzata: CROB, Xxxxxxx, Xxxxxxx, Xxxxxxx.

Obiettivi

L’obiettivo finale è quello di trasformare il Meeting ACC nel Meeting Italiano di Oncologia Traslazionale.

WP2 – Tumori della mammella (ACC WG BREAST)

Coordinamento: Azienda Ospedaliera Universitaria San Xxxxxxx IST, IRCCS, Genova, Dr.ssa Xxxxx Xxx Xxxxxx

Ruolo del follow-up intensivo e della biopsia liquida nell’anticipazione diagnostica in pazienti con tumore

mammario in stadio I-III ad alto rischio di ricaduta: uno studio randomizzato, prospettico, multicentrico, di fase II.

Descrizione

L’incremento dell’incidenza e la riduzione della mortalità hanno portato ad un aumento dei pazienti con pregressa diagnosi di tumore della mammella, candidate quindi a ricevere un follow-up a lungo termine. Le attuali linee guida sconsigliano, in assenza di segni o sintomi specifici, l’utilizzo routinario di esami strumentali al di fuori dell’esame clinico e della mammografia, indipendentemente dal rischio di ricaduta, sulla base di due studi randomizzati di circa 20 anni fa. (Linee Guida AIOM Mammella 2019; Givio investigators, JAMA 1994; Xxx Xxxxx MR, JAMA 1994).

In considerazione della maggiore sensibilità degli esami strumentali e della maggiore efficacia dei trattamenti ad oggi disponibili nella malattia metastatica non si può escludere che l’anticipazione diagnostica della malattia metastatica possa avere un impatto favorevole sulla prognosi.

Da dati recentemente pubblicati, emerge come l’identificazione del DNA tumorale circolante sia una potenziale metodica non invasiva per l’identificazione precoce delle metastasi (Xxxxxxx et al. Clin Cancer Res 2019). Questi risultati derivano da studi condotti su un ridotto numero di pazienti e necessitano di essere confermati su una più ampia coorte di pazienti.

Gli studi in questo campo sono carenti a causa della ridotta disponibilità di fondi, ad oggi utilizzati principalmente per lo sviluppo di nuove strategie terapeutiche piuttosto che sulla sorveglianza dei pazienti post- trattamento. Quindi, studi su questo argomento possono essere promossi esclusivamente da finanziamenti pubblici.

Lo scopo di questo studio è di valutare il ruolo del follow-up intensivo e della biopsia liquida nell’anticipazione diagnostica nei pazienti con tumore della mammella ad alto rischio di ricaduta. La definizione del ruolo di un follow-up intensivo porterà, in caso di risultato negativo ad una riduzione della

prescrizione non basata su evidenze scientifiche di indagini strumentali, e in caso di risultato positivo alla promozione di uno studio di efficacia di fase III.

Risultati Preliminari

Il presente studio sarà condotto dai centri ACC, centri già in collaborazione per altri progetti a carattere traslazionale. Inoltre saranno coinvolti, anche alcuni centri appartenenti al Gruppo Italiano Mammella (GIM), dato il loro coinvolgimento attivo in progetti nazionali multicentrici volti alla cura e caratterizzazione del tumore mammario.

Referenze

- Linee Guida AIOM Mammella 2019;

- Givio investigators, JAMA 1994;

- Del Turco MR, JAMA 1994;

- Xxxxxxx et al. Clin Cancer Res 2019

IRCCS coinvolti

Lo studio è un trial prospettico, randomizzato, multicentrico, di fase II, condotto nell’ambito dei centri afferenti al Working Group Mammella di ACC coordinato dall’ Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx xx Xxxxxx. Allo studio parteciperanno anche Istituti afferenti al GIM e che già collaborano con il centro coordinatore. Centri partecipanti (18 dei 19 centri del Working Group Mammella):

1. Policlinico Xxx Xxxxxxx Xxxxxx

0. Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx Xxxx – Oncologia Medica

3. Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx Xxxx – Oncologia Medica 2

4. ICS Xxxxxxx

5. INT Fondazione X. Xxxxxxx Napoli

6. Fondazione IRCCS INT Milano

7. IRCCS – Xxxxxxxx Xxx Xxxxxxxx Xxxxxx

0. IRCCS Oncologico Bari

9. CRO Aviano

10. FPO – Istituto Oncologico Candiolo (IRCCS)

11. IRCCS Xxxx Xxxxxxxx xxxxx Xxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxxx Xxxxxxx (XX)

00. IRST IST Scientifico Romagnolo Meldola

13. Humanitas Cancer Center Rozzano

14. Policlinico Gemelli – Roma

15. Istituto Oncologico Veneto (IOV) Padova

16. Isituto Europeo di Oncologia (IEO)

17. IRCCS – Centro Regionale Oncologico Basilicata (CROB)

18. Istituto Superiore di Sanità – Roma

Il centro coordinato dal segretario del WG Mammella di ACC risponde dell’organizzazione dello studio.

Tutti i centri partecipanti provvederanno all’arruolamento delle pazienti, alle procedure di follow-up come da protocollo ed al reperimento dei campioni biologici che saranno conservati presso i centri.

I campioni ematici saranno processati da ciascun centro per l’analisi di ctDNA. Per i centri non attrezzati, l’analisi avverrà in maniera centralizzata presso l’IRCCS CRO di Aviano.

In relazione alle eventuali ulteriori analisi esplorative tramite biopsia liquida, la caratterizzazione degli esosomi sarà presa in carico dall’IRCCS Fondazione Xxxxxxx, la caratterizzazione metabolomica dall’Istituto Superiore di Sanità e l’espressione dei microRNA presso l’IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza S.G. Rotondo. Si prevedono riunioni e/o teleconferenze per valutare lo stato di avanzamento dello studio e discutere preliminarmente i dati.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obbiettivo Generale

Xxxxxxxx l’impatto in termini di anticipazione diagnostica della biopsia liquida (ctDNA) e di un follow-up

intensivo con esami strumentali (TC total body) nelle pazienti ad alto rischio di ricaduta.

Obbiettivi specifici

1) Valutare l’impatto del follow-up intensivo sull’anticipazione diagnostica

2) Valutare il tasso di falsi positivi nel follow-up intensivo e il tasso di metastasi resecabili

3) Valutare i costi totali delle procedure di follow-up intensivo

4) Xxxxxxxx e confrontare l’impatto sull’anticipazione diagnostica del follow-up intensivo rispetto alla biopsia liquida

Piano Sperimentale

- Studio randomizzato multicentrico di fase II per valutare se l’utilizzo di un follow-up intensivo (con TC total body annuale) è associato ad un’anticipazione diagnostica delle recidive, rispetto un follow-up standard minimalista, nelle pazienti operate con alto rischio di ricaduta (definito come rischio cumulativo a 5 anni >25%). L’obiettivo primario è di valutare l’incidenza cumulativa di metastasi a distanza in tutto lo studio. Abbiamo stimato l’arruolamento di 800 pazienti, in modo da avere 160 eventi (ricadute a distanza), sufficienti per ottenere un incremento del 50% nel tasso di identificazione di metastasi a distanza (equivalenti all’anticipazione di 1 anno nel tasso cumulativo di recidive a 3 anni).

- L’aumento dei falsi positivi nel braccio sperimentale sarà calcolato dalla differenza tra i due bracci in termini di incidenza di “recall” (definita come ciascun evento in cui un test diagnostico/esame è prescritto con conseguenza di una procedura inclusa nel protocollo di follow-up assegnato alla randomizzazione) che non sono successivamente confermate come recidive. L’aumento della diagnosi di metastasi resecabili sarà calcolato come la differenza nel tasso di recidive non suscettibili di chirurgia. L’incidenza di metastasi non resecabili nei due bracci sarà confrontata in totale, e in base al sito di recidiva (locale, epatica, polmonare).

- In riferimento all’obiettivo 4 di cui sopra, campioni di plasma saranno prelevati ogni 6 mesi in tutte le pazienti. Le valutazioni del ctDNA sarà effettuata nelle pazienti ricadute e in altrettanti controlli accoppiati con caratteristiche analoghe, per valutare la differenza in termini di ctDNA quantitativo e per valutare l’eventuale anticipo diagnostico rispetto alle metodiche di imaging.

- Un’analisi esploratoria volta a determinare il profilo mutazionale qualitativo tramite NGS sarà effettuata sul tumore primitivo e su ctDNA nelle pazienti ricadute.

- Eventuali studi aggiuntivi basati sulla biopsia liquida riguarderanno la caratterizzazione/quantificazione degli esosomi attraverso single-object digital ELISA, l’espressione dei microRNA e uno studio di metabolomica su siero delle pazienti

Obiettivi specifici Anno 1

• Stesura del protocollo (6 mo).

• Stesura delle SOPs per la raccolta del materiale biologico: la standardizzazione dei materiali e delle procedure all’interno del Working Group è fondamentale per ottenere materiale di qualità ed integrità e non introdurre bias di raccolta e quindi garantire l’affidabilità dei risultati (6 mo).

• Individuazione della CRO di riferimento con la quale si procede alla stesura del protocollo e delle procedure operative, ed al completamento degli adempimenti burocratici finalizzati alla presentazione ed approvazione dello studio presso il Comitato Etico del centro coordinatore e la presentazione dello studio ai Comitati Etici dei centri coinvolti (6 mo).

• Stesura delle schede raccolta dati elettroniche (eCRF) della procedura di randomizzazione elettronica e della piattaforma web in collaborazione con la CRO (6 mo).

• Attivazione del centro coordinatore e avviamento per l’apertura degli altri centri (12 mo).

• Arruolamento dei pazienti presso il centro coordinatore (si stima di arruolare circa 10 pazienti nel primo anno - 12 mo).

Budget justification

L’IRCCS coordinatore (Policlinico San Xxxxxxx di Genova) userà il finanziamento previsto per coprire il costo di:

• Personale: un medico presso il San Xxxxxxx, che si occuperà della stesura del protocollo, delle

riunioni coi centri partecipanti, e che seguirà e coordinerà le attività legate all’attivazione dei centri ed all’arruolamento dei pazienti, facendo fronte ad eventuali esigenze cliniche.

• Servizi: una CRO che si occupi delle procedure burocratiche correlate all’ approvazione del protocollo, alla sua attivazione presso tutti i centri e per la gestione dell’arruolamento e delle eCRF.

Ogni centro riceverà il finanziamento per coprire il costo /paziente (TC torace e addome con mdc annuale) in base all’arruolamento dei pazienti.

L’IRCCS CRO Aviano utilizzerà il finanziamento ricevuto per coprire i costi dell’analisi del DNA tumorale circolante.

Per le eventuali analisi esploratorie il finanziamento sarà assegnato come segue:

- all’ IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza S.G. Rotondo per effettuare l’analisi dei xxXXX,

- all’ IRCCS Fondazione Xxxxxxx per l’analisi degli esosomi,

- all’ Istituto Superiore di Sanità per i costi delle analisi di metabolomica.

WP3 – Glioblastoma (ACC WG GLIOBLASTOMA)

Coordinamento: Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx, IRCCS, Milano, Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxxxx

Biopsia Liquida del Glioblastoma (GBM_LIB)

Descrizione

La biopsia liquida (LIB) svolge un ruolo di crescente importanza per il monitoraggio e per il trattamento dei tumori (Siravegna et al. 2017). Nei tumori cerebrali primitivi e secondari, la LIB potrebbe dimostrarsi particolarmente rilevante data la difficoltà di accesso a queste neoplasie (Xxxxxxx et al. 2017; Xxxxxx et al. 2019)], e supporterebbe: i. la diagnosi differenziale (GBM vs linfoma, GBM vs metastasi) (Hiemcke-Jiwa et al. 2018) ; ii. l’identificazione di mutazioni associate ad un trattamento specifico (BRAFV600E); iii. l’identificazione di casi con carico mutazionale (tumor mutational burden, TMB) elevato (Khagi et al. 2017);

iv. la caratterizzare di tumori non accessibili chirurgicamente (tronco cerebrale) (Xxxxxxxxxxxxx et al. 2018);

v. la definizione dell’assetto genetico di metastasi cerebrali con riferimento al tumore primitivo (De Mattos- Xxxxxx 2017) .

Il DNA è presente nei fluidi corporei sia in forma libera (CT DNA) che incapsulato in vescicole extracellulari (EV DNA). La ricerca del DNA Tumorale Circolante (CT DNA) su sangue non ha dato finora risultati per la sua scarsa abbondanza (De Mattos-Xxxxxx et al. 2015) . Lo studio del CT DNA ottenuto dal liquido cefalo- rachidiano (CSF) e dell’EV DNA plasmatico potrebbero completarsi.

I GBM modulano il proprio panorama mutazionale e trascrizionale in accordo con la necessità di sopravvivenza nel tessuto cerebrale ed in risposta agli “stimoli” terapeutici. La LIB può monitorare l’eterogeneità e l’evoluzione di gliomi mediante l’utilizzo di pannelli genici complessi.

Risultati preliminari

IOV. Il pannello ACC GBM su DNA estratto da FFPE di 35 campioni tumorali e 10 non tumorali ha consentito la rilevazione di mutazioni/ amplificazioni/ delezioni dei geni comunemente associati al GBM e mutazioni patogeniche in geni del MMR (in particolare MSH6 e MSH2) che si associano ad elevato carico mutazionale. La co-delezione 1p/19q è stata riconosciuta dall’algoritmo di analisi.

Candiolo-Humanitas. Sono stati raccolti durante intervento chirurgico campioni di CSF da 31 pazienti adulti con glioma. In 16/25 campioni valutabili per la presenza di almeno una lesione genetica, abbiamo ritrovato con PCR digitale un match CSF/tumore. In 12 campioni di CSF è stata confermata la possibilità di studiare la metilazione del promotore del gene MGMT mediante beaming PCR.

IEO-Besta. In 43 pazienti con GBM e 33 controlli sani sono state isolate vescicole extracellulari plasmatiche (EV) mediante ultracentrifugazione. Le EV sono state caratterizzate con microscopia elettronica, Nanoparticle Tracking Analysis e spettrometria di massa. Il GBM rilascia nel plasma EV in concentrazione maggiore rispetto ai controlli sani. Dopo l’asportazione del tumore, la concentrazione delle EV torna al livello dei controlli sani e aumenta di nuovo alla recidiva (Osti et al. 2019).

E' stata messa a punto la digital PCR per la ricerca su CSF della mutazione Myd88 (L265P) per la diagnosi differenziale GBM vs linfoma.

ISS-OPBG. Analisi di RNA da mezzo di coltura di GSC e analisi RNA editing da XXX xx XXX.

Xxxxxxxxx

- Xx Xxxxxx-Xxxxxx, X. 0000. Liquid biopsy for HER2-positive breast cancer brain metastasis: the role of the cerebrospinal fluid. ESMO open 2(4), p. e000270.

- Xx Xxxxxx-Xxxxxx, X., Mayor, R., Xx, C.K.Y., et al. 2015. Cerebrospinal fluid-derived circulating tumour DNA better represents the genomic alterations of brain tumours than plasma. Nature Communications 6, p. 8839.

- Xxxxxxxxx, B.M., Xxx, P.Y. and Xxxxxxxxx, T.F. 2017. Modified criteria for radiographic response assessment in glioblastoma clinical trials. Neurotherapeutics 14(2), pp. 307–320.

- Hiemcke-Jiwa, L.S., Xxxxxxx, M.C., Xxxxxxxx-xxx Xxxx, X.X., et al. 2018. The use of droplet digital PCR in liquid biopsies: A highly sensitive technique for MYD88 p.(L265P) detection in cerebrospinal fluid. Hematological Oncology 36(2), pp. 429–435.

- Xxxxx, X., Xxxxxxx, A.M., Xxxxxxx, X.X., et al. 2017. Hypermutated Circulating Tumor DNA: Correlation with Response to Checkpoint Inhibitor-Based Immunotherapy. Clinical Cancer Research 23(19), pp. 5729– 5736.

- Osti, D., Xxx Xxxx, M., Xxxxx, X., et al. 2019. Clinical Significance of Extracellular Vesicles in Plasma from Glioblastoma Patients. Clinical Cancer Research 25(1), pp. 266–276.

- Panditharatna, X., Kilburn, L.B., Xxxxxx, M.S., et al. 2018. Clinically Relevant and Minimally Invasive Tumor Surveillance of Pediatric Diffuse Midline Gliomas Using Patient-Derived Liquid Biopsy. Clinical Cancer Research 24(23), pp. 5850–5859.

- Xxxxxxxxxx, S., Xxxx, M., Xxxxxxxxx, X., et al. 2018. Survival gain in glioblastoma patients treated with dendritic cell immunotherapy is associated with increased NK but not CD8+ T cell activation in the presence of adjuvant temozolomide. Oncoimmunology 7(4), p. e1412901.

- Xxxxxxxxxx, S., Xxxx, M., Xxxxxxxx, X., et al. 2013. The natural killer cell response and tumor debulking are associated with prolonged survival in recurrent glioblastoma patients receiving dendritic cells loaded with autologous tumor lysates. Oncoimmunology 2(3), p. e23401.

- Xxxxxx, X., Xx Xxxxxx-Xxxxxx, X., Xx Xxxx, X., Xxxxxxxx, X. and Xxxxxx, M. 2019. Cerebrospinal fluid cell- free tumour DNA as a liquid biopsy for primary brain tumours and central nervous system metastases. Annals of Oncology 30(2), pp. 211–218.

- Xxxxxxx, G.M., Xxxxx, X., Xxxxx, S.L., Xxxxx, B. and Xxxxxx, B.S. 2017. Liquid biopsy for brain tumors. Expert Review of Molecular Diagnostics 17(10), pp. 943–947.

- Siravegna, G., Xxxxxxx, S., Siena, S. and Xxxxxxxx, A. 2017. Integrating liquid biopsies into the management of cancer. Nature Reviews. Clinical Oncology 14(9), pp. 531–548.

IRCCS coinvolti

Besta; IOV; IEO;; Candiolo; Humanitas; OPBG (in collaborazione con ISS). Collaborazioni previste nel 2020: IRCCS Regina Xxxxx; XXXXX Xxxxxxx.

1. IOV, Humanitas. Analisi NGS col pannello 2.0 di campioni di ctDNA da CSF forniti da Humanitas e analisi bioinformatica dei dati.

2. Candiolo. Raccolta dei campioni di CSF da diversi centri, estrazione del DNA secondo il protocollo messo a punto, in collaborazione con facility dedicata e valutazione dell’appropriatezza per analisi mirate ddPCR o di NGS. Studio dell’origine del DNA presente nel CSF.

3. Besta. analisi di liquor con il pannello 2.0 su campioni dagli stessi pazienti il cui plasma verrà analizzato da IEO (vedi punto 4). WES e il pannello GerSom con IEO per l’analisi del TMB.

4. IEO, ISS e OPBG: Valutazione del contenuto di DNA e RNA da EV. Ottimizzazione del metodo di isolamento delle EV (cromatografia di esclusione di dimensione vs ultracentrifugazione differenziale), caratterizzazione delle EV. Messa a punto di metodi di estrazione di EV DNA, controllo qualitativo con bioanalyzer e analisi mirate mediante sequenziamento o ddPCR.

5. Per RNA è prevista una fase pilota in vitro (ISS-OPBG).

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obiettivo generale del progetto è quello di introdurre la GBM liquid biopsy nell’armamentario clinico in neuro-oncologia.

Tre sono gli obiettivi specifici su scala triennale:

1. Xxxxxxxx se un pannello “minimo” (pannello 2.0) possa aumentare il numero di pazienti che forniscono dati rispetto al 50% di MSK-IMPACT (WP1).

2. Xxxxxxxx se un pannello “large” 8GerSom) possa essere informativo dello sviluppo di Tumor Mutational Burden (TMB) in corso di chemioterapia alchilante (confronto con pannello piccolo per vedere se mutazioni MMR sono sempre associate a TMB elevato) (WP2)

3. Valutare se EV plasmatiche tumorali contengono DNA e RNA e presentano mutazioni identificate nel tessuto tumorale e nel CT DNA di CSF (WP3).

Aim1. IOV, Candiolo, Humanitas, Besta (Xxxxxx Xxxxx e Xxxxxxx)

● Candiolo e gli altri centri ottimizzeranno le tecniche di preparazione e congelamento di CSF da rachicentesi in anestesia immediatamente prima della chirurgia, con attenzione a volume minimo, tempi e modalità di centrifugazione, e definizione della soglia minima di DNA utile (quantità e qualità). Iniziale messa a punto su DNA da tumore di un pannello genico ridotto (2.0) rappresentativo delle principali mutazioni dei gliomi.

● Estensione dell’utilizzo del pannello 2.0 su CSF e tumore in parallelo.

● Valutazione su CSF del pannello 2.0 con profondità di analisi elevata (fino a 1000x) per verificare la frazione di pazienti con DNA informativo.

Aim2. Besta, IOV, Humanitas

● Identificazione di pazienti a cui verrà proposta al momento recidiva clinica e MRI (Xxxxxxxxx et al. 2017) una rachicentesi pre-chirurgica in anestesia per analisi con il pannello GerSom (467 geni, 1.6 Mb di DNA) e successiva analisi WES del DNA da frammento tumorale.

● Si prevede di ampliare il numero di pazienti studiati nell’arco del triennio. È ipotizzato il trattamento di immunoterapia con cellule dendritiche in questi pazienti, già in corso presso il Besta (Pellegatta et al. 2013; Xxxxxxxxxx et al. 2018) con attenzione alle risposte cliniche (sopravvivenza) e immunologiche in presenza e assenza di TMB elevato (> 10 mut/Mb).

Aim3.IEO, Besta, ISS, OPBG

● Raccolta parallela di plasma e CSF. Analisi di EV DNA da plasma con tecniche di short e long read sequencing per la ricerca delle mutazioni identificate nei tessuti e nei CSF. ISS e OPBG: valutazione pilota della presenza di RNA libero o in EV nel mezzo di coltura di linee di GBM stem-like cells.

● L’analisi plasma/DNA verrà estesa. La validazione, mediante ddPCR, favorirà il l’uso del pannello 2.0.

● Dati positivi su RNA in vitro supporteranno il passaggio all’analisi in vivo.

Obiettivi specifici anno 1

Attività (A) e Deliverables (D)

A1. Ottimizzazione delle tecniche di preparazione e congelamento di CSF da rachicentesi in anestesia immediatamente prima della chirurgia: i.volume minimo; ii. tempi e modalità di centrifugazione; iii. definizione della quantità minima di DNA utile (quantità e qualità).

D1. Trimestri 1-3: stesura e approvazione del protocollo per l’ottenimento di CSF da pazienti neuro- oncologici durante anestesia immediatamente prima dell’intervento neurochirurgico.

D2. Trimetri 1-4. Raccolta dei campioni: CSF da pazienti neuro-oncologici che richiedono rachicentesi diagnostica (trimestre 1-4; n ≥ 9) o in anestesia (trimestre 3-4; n ≥ 3).

D3. Ottimizzazione delle tecniche di estrazione e conservazione del DNA ottenuto. A2. Raccolta parallela di plasma per analisi di EV-DNA.

D4. Disponibilità di campioni paralleli CSF-plasma (n ≥ 10)

A3. Messa a punto pannello gliomi 2.0 su DNA tumorale e su CSF in parallelo a diverse profondità di analisi. D5. Analisi di n ≥3 trio di tumori/CSF/linfociti (DNA costitutivo).

A4. Messa a punto delle condizioni per utilizzo pannello GerSom (467 geni, 1.6 Mb di DNA) su Next Seq550 Illumina; Analisi WES del DNA da frammento tumorale delle recidive.

D6. Analisi di 2 coppie di tumori GerSom/WES.

A5. Ottimizzazione del metodo di isolamento delle EV plasmatiche per la pratica clinica: i plasmi congelati saranno processati per isolare le EV con (i) ultracentrifugazione differenziale secondo le procedure ISEV, e

(ii) cromatografia di esclusione di dimensione. Messa a punto di metodi di estrazione di EV-DNA, controllo

qualitativo con bioanalyzer e stima del contenuto di EV-DNA. Sequenziamento con tecniche di short e long read sequencing per la ricerca delle mutazioni già identificate nei tessuti e/o nei CSF (vedi WP1). Nei casi di scarsità di EV-DNA, analisi NGS col pannello 2.0 (vedi WP1).

D7. Analisi di 2 coppie di tumori CSF/EV (n ≥2).

A6. Valutazione pilota della presenza di RNA libero o in EV nel mezzo di coltura di GBM stem-like cells. D8. Dati RNA su linee di GBM-GSC (n ≥2).

Giustificazione del budget

Materiali:

CSF:

• Raccolta CSF, Estrazione quantificazione DNA

• Messa a punto Pannello 2.0 su tumore e CSF

• Messa a punto pannello GerSom su Illumina

• Beaming PCR EV:

• Raccolta plasma, Estrazione EV, Estrazione EV-DNA,

• caratterizzazione EV: Western Blot, Microscopia elettronica,

• Nanoparticle Tracking Analysis

• NGS

RNA libero o in EV :

• colture di GBM, Estrazione DNA e RNA,

• RNA+microRNA Seq, analisi bioinformatica di trascrittoma e miRnoma

Noleggi/Servizi:

• CSF: reagenti ddPCR.

• EV: cromatografia di esclusione di dimensione

Personale a contratto: 79.000€

• Biologo/Bioinformatico

• Bioinformatico (tempo parziale)

• Borsa di studio

• Segreteria (tempo parziale)

• Data entry (tempo parziale)

Meeting/Missioni e Pubblicazioni:

Attività istituzionali

Viaggi/pubblicazioni. spese per la partecipazione al meeting ACC nazionale e ad una riunione del WG e per 1-2 pubblicazioni.

Servizi. Collaborazione con il gruppo ACC genomica presso IEO per il “decollo” nel WG del pannello GerSom. Attività “hub” di Humanitas per la raccolta e catalogazione di CSF per il WG GBM ma potenzialmente anche per altri gruppi (CSF da pazienti con metastasi cerebrali).

Personale. Un assistente amministrativo al 50% per cooperare al coordinamento del WG; un collaboratore al 50% in Humanitas per raccolta dati e collegamento con gli altri gruppi.

Reagenti. E’ prevista un’attività di analisi su pannello genico 2.0 da parte di Besta e IOV anche per altri centri del WG. La messa a punto della LIB da parte di Candiolo ha una valenza per il WG GBM e per altri WG (metastasi cerebrali). I reagenti per Humanitas sono usati nel contesto del suo ruolo di hub nel progetto LIB.

WP4 – Tumori del colon-retto (ACC WG COLON)

Coordinamento: Istituto di Candiolo, FPO, IRCCS, Dr. Xxxx Xxxxxx

Stratificazione molecolare del carcinoma colorettale per la medicina di precisione

Descrizione

Negli ultimi tre anni, ACC ha intrapreso una serie di attività cruciali per portare le tecnologie di profilazione molecolare dei tumori mediante next-generation sequencing (NGS) verso la concreta applicazione clinica. Al riguardo, il WG colon ha fornito un importante contributo, avviando la profilazione mutazionale su DNA,

mediante il chip GerSom-1, di coppie di tumore primitivo-metastatico, e successivamente la loro concomitante profilazione mediante RNA-seq per generare profili di espressione utili a stratificare i casi, ampliare lo spettro delle analisi sull’evoluzione metastatica del carcinoma colorettale (CRC) ed evidenziare potenziali bersagli terapeutici aggiuntivi. Il presente progetto si innesta quindi sulle linee di ricerca già intraprese, con l’obbiettivo di fare un ulteriore passo verso l’implementazione “real world” di queste tecnologie. Infatti, importanti informazioni prognostiche e predittive si possono ottenere dall’analisi NGS integrata DNA/RNA, del CRC, quali: (i) mutazioni a carico di geni-bersaglio di terapia mirata, e mutational load, evidenziabili con chip di sequenziamento tipo GerSom o simile, oppure mediante sequenziamento dell’esoma (Bertotti et al., 2015) (ii) amplificazioni o delezioni di rilevanza terapeutica, evidenziabili con “shallow whole genome sequencing” (sWGS, Xxxx et al., 2018), (iii) iperespressione costitutiva di geni riarrangiati, evidenziabile mediante RNA-seq (Picco et al., 2016), e (iv) stratificazione prognostica mediante classificatori e firme molecolari, sempre su base RNA-seq (Xxxxxx et al, 2017).

Risulta quindi particolarmente rilevante valutare mediante un progetto strategico la fattibilità e potenziale rilevanza clinica di una procedura standardizzata di analisi molecolare integrata che consenta, mediante profili NGS su RNA e DNA, di generare un profilo predittivo e prognostico il più completo possibile, per l’inquadramento molecolare sistematico dei casi di CRC afferenti ai centri ACC in un contesto “real world”.

Risultati Preliminari

Sono disponibili risultati preliminari che confermano la fattibilità, in linea di principio, di tutte le procedure di profilazione molecolare proposta:

i. DNA-seq: è già stata condotta con successo presso l’Istituto di Candiolo l’analisi mutazionale mediante oncochip di ACC su base ThermoFisher di oltre 100 casi di melanoma del rispettivo WG, con un tasso di successo vicino al 100%. La piattaforma Thermofisher è disponibile presso molti IRCCS di ACC, e la standardizzazione della fase preanalitica può trarre vantaggio da procedure ampiamente consolidate presso alcuni centri fra cui Candiolo (Corti et al., 2019);

ii. sWGS: abbiamo già eseguito questa analisi a Candiolo su 300 campioni di CRC, e la pipeline bioinformatica per ricavare i valori di copy number è consolidata (manoscritto in preparazione);

iii. RNA-seq: abbiamo eseguito una serie di test per identificare il protocollo RNA-seq ottimale per campioni FFPE. Questo protocollo è già stato applicato con successo su RNA da 70 campioni di carcinoma mammario e 30 campioni di CRC, tutti da archivio FFPE e non recenti. Dal momento che il protocollo selezionato, un kit Illumina che utilizza ribodeplezione, genera molte reads non utilizzabili per calcolare l’espressione genica, è necessaria la generazione di 30-40 milioni di reads per campione.

La principale sfida di questo progetto strategico non risiederà quindi nello sviluppo/implementazione di nuove procedure di analisi NGS, ma nella condivisione e implementazione di procedure già collaudate da singoli centri, a generare una “competenza di rete” che renda possibile l’offerta presso multipli IRCCS di profili NGS integrati e standardizzati per la medicina di precisione del CRC.

Referenze

- Xxxxxxxx A, Xxxx E, Xxxxx S, Xxxxxx V, Anagnostou V, Xxxx B, Xxxxxx M, Xxxxxxx J, Xxxxxx CA, Xxxxxxx C, Xxxxxxx N, Xxxxxxxxxx M, Xxxxx K, Xxxxx F, Xxxxxxx F, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxx ER, Xxxxxx D, Xxxxxxxxxx N, Xxxxxxx A, Xxxxxxxx A, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxxxx M, Xxxxxxx S, Xxxxx M, Xxxxxx J, Xxxxxxxxxx A, Xx XX, Xxxxxxx R, Xxxxxxx R, Sartore-Bianchi A, Siena S, Xxxx XX Xx, Xxxxxxxxx L, Xxxxxxxxxx VE. The genomic landscape of response to EGFR blockade in colorectal cancer. Nature 526:263-7, 2015

- Chin SF, Xxxxxxxx A, Xxxxxxx M, Xxx S, Xxxxxx SJ, Xxxxxxxx H, Xxxxx OM, Xxxx M, Goldgraben MA, Xxxxxxxx HA, Cho EY, Xxxxxxxxxx E, Xxxx F, Xxxx E, Caldas C. Shallow whole genome sequencing for robust copy number profiling of formalin-fixed paraffin-embedded breast cancers. Exp Mol Pathol. 104:161-169, 2018

- Xxxxx X, Bartolini A, Xxxxxxxxxx X, Novara L, Xxxxx G, Xxxxxxx M, Xxxxxxx C, Xxxxxxxx B, Xxxxxxxxx M,

Xxxxxx C, Xxxxxxx L, Xxxxxxxxx G, Siena S, Xxxxxxx S, Xx Xxxxxxxxxxxx X, Xxxxxx E, Xxxxxxxx X. A Genomic Analysis Workflow for Colorectal Cancer Precision Oncology. Clin Colorectal Cancer. 18:91-101, 2019

- Isella C, Xxxxxxx A, Xxxxxxx SE, Xxxxx C, Xxxxxxxx G, Xxxxxxxx A, Xxxxxxx A, Xxxxxxx R, Cassenti A, Xxxxxxx C, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxxxx L, Xxxxxx Z, Xx Xxxxxx M, Xxxxxxx P, Xxxxxx G, Xxxxxxxx A, Xxxxxx X. Xxxxxxx contribution to the colorectal cancer transcriptome. Xxx Xxxxx. 47:312-9, 2015

- Xxxxxx C, Xxxxxx F, Xxxxxxx SE, Xxxxxx F, Xxxxxxx E, Porporato R, Xxxxx C, Xxxxx A, Xxxxx F, Xxxxxxx R, Xxxxxxxxx C, Xxxxxxx E, Xxxxxxxxxx L, Xxxxxxxxx L, Xxxxxx E, Xxxxxxxx A. Selective analysis of cancer-cell intrinsic transcriptional traits defines novel clinically relevant subtypes of colorectal cancer. Nat Commun. 8:15107, 2017.

- Xxxxxxx ER, Xxxxxx F, Xxxxx F, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxx F, Xxxx SM, Xxxx B, Xxxxxxxx J, Xxxxxx C, Xxxxxxxx PM, Xxxxxx E, Xxxxxx S, Xxxxxxxx E, Xxxxxxxxx L, Xxxxxxxx A. IGF2 is an actionable target that identifies a distinct subpopulation of colorectal cancer patients with marginal response to anti-EGFR therapies. Sci Transl Med. 7:272ra12, 2015

IRCCS coinvolti

1. Candiolo

2. CRO

3. Gemelli

4. Humanitas

5. IDI

6. IEO

7. INT

8. IOV

9. IRE

10. Meldola

11. Xxxxxxx

12. S. De Bellis

13. USL RE

Per far fronte alle importanti sfide scientifiche e organizzative poste dal progetto strategico e dal progetto GerSom, il WG colon si doterà di un Gruppo di Coordinamento (GC) composto dal Segretario, dai Coordinatori Clinico e Preclinico, e dai referenti clinici e preclinici dei centri che contribuiranno maggiormente con casistica, piattaforme tecnologiche e personale qualificato. Il GC si riunirà fisicamente ogni quattro mesi, e mediante TC ogni mese e/o quando particolari esigenze lo richiederanno. Inoltre il GC interagirà strettamente con i Segretari dei WG Genomica/Bioinformatica e Patologia, in particolare per il coordinamento del progetto GerSom. Si prevede un incontro plenario del WG colon a gennaio-febbraio 2020 per organizzare distribuzione dei compiti, definizione dettagliata della casistica e della logistica, tracciamento e monitoraggio delle attività, raccolta e analisi dei dati. Ulteriori meeting plenari avranno luogo ogni sei mesi per valutare le attività del WG e organizzare le fasi successive.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obbiettivo Generale del progetto è implementare in un contesto di pratica clinica su casistica consecutiva, inizialmente retrospettiva e poi prospettica, la fattibilità a livello di più IRCCS e la potenziale informatività prognostica e terapeutica di profili integrati NGS su DNA e RNA di tumori colorettali.

Gli obbiettivi specifici sono finalizzati a standardizzare e implementare procedure per eseguire in contesto multicentrico: (i) Sequenziamento mirato di geni-bersaglio terapeuticamente rilevanti e determinazione del mutational load; (ii) Profilazione del copy number globale mediante sWGS; (iii) Profilazione trascrittomica mediante RNA-seq globale; (iv) Analisi integrativa di tutti i profili molecolari per un inquadramento prognostico e terapeutico ottimale di ogni singolo caso.

Attività previste:

- Attività 1 (M1-3): Definizione della parthership e individuazione della casistica di riferimento. In una prima fase si andrà a definire il contributo di ogni IRCCS del WG, in termini di casistica e contesto (casistica retrospettiva o prospettica, consecutiva non selezionata o afferente a studio clinico). Il target per il triennio

è la generazione concomitante di profili DNA e RNA su 195 casi (65 per anno), distribuiti fra i vari IRCCS partecipanti. Nel caso di casistica prospettica è prevista anche la raccolta e contestuale archiviazione di plasma e PBMC;

- Attività 2 (M1-6): Standard operating procedures (SOPs). Si definiranno a partire da protocolli consolidati tutte le procedure relative a manipolazione del campione, selezione delle regioni di interesse, estrazione e QC degli acidi nucleici, preparazione delle librerie, sequenziamento, processamento e analisi dei dati NGS. Questo Task prevede anche training sulle SOPs per i centri che debbano acquisirle.

- Attività 3 (M6-24): selezione e processamento dei campioni, fino all’estrazione di DNA e RNA e dei relativi controlli di qualità. Il protocollo di riferimento prevede l’utilizzo del sistema Xxxxxxx di Promega. Alcuni campioni di benchmarking verranno processati da più centri per un confronto e validazione analitica della riproducibilità delle procedure in laboratori diversi.

- Attività 4 (M8-30): preparazione delle librerie e sequenziamento NGS per profilazione mutazionale, sWGS e RNA-seq. Per la profilazione mutazionale si prevede l’utilizzo del chip GerSom di ACC sul solo DNA tumorale, avendo però in caso di casistica prospettica cura di preservare PBMC e plasma per future analisi sul germinale e biopsia liquida. Per lo sWGS si prevede un protocollo validato whole genome sequencing di Illumina (Chin et al., 2018), e per l’RNA-seq si prevede l’utilizzo del protocollo TruSeq Illumina con ribodeplezione.

- Attività 5 (M9-36): Processamento e analisi integrativa dei dati NGS. Costituzione di un archivio condiviso e valutazione del potenziale prognostico e predittivo dei profili molecolari.

Obbiettivi specifici Anno 1

Attività 1 (M1-3)

- Descrizione Attività: Nel primo trimestre del progetto si andrà a definire in dettaglio il contributo di ogni IRCCS del WG al progetto triennale e in termini di caratteristiche e contesto della casistica (casistica retrospettiva o prospettica, consecutiva non selezionata o afferente a studio clinico). Il target per il primo anno è la generazione concomitante di profili DNA e RNA su 65 casi, distribuiti fra i vari IRCCS partecipanti, inclusi alcuni campioni di benchmarking per validazione analitica multicentrica.

- Elenco Deliverables: D1 (M3): documento condiviso con definizione dettagliata della partnership e della casistica oggetto di studio per il primo anno e per il triennio.

Attività 2 (M1-6)

- Descrizione Attività: Nel secondo trimestre del progetto si definiranno le SOPs relative a manipolazione del campione, selezione delle regioni di interesse, estrazione e QC degli acidi nucleici, preparazione delle librerie, sequenziamento, processamento e analisi dei dati NGS. Questo Task prevede anche training sulle SOPs per i centri che debbano acquisirle.

- Elenco Deliverables: D2 (M6): documento condiviso con SOPs per la filiera analitica. Attività 3 (M6-12)

- Descrizione Attività: selezione e processamento dei campioni, fino all’estrazione di DNA e RNA e dei relativi controlli di qualità. Il protocollo di riferimento prevede l’utilizzo del sistema Xxxxxxx di Promega. Alcuni campioni di benchmarking verranno processati da più centri per un confronto e validazione analitica della riproducibilità delle procedure in laboratori diversi.

- Elenco Deliverables: D3 (M12) Report con i risultati di QC dell’estrazione di DNA e RNA per 50 campioni di CRC, inclusi campioni utilizzati per validazione analitica multicentrica.

Attività 4 (M8-12)

- Descrizione Attività: preparazione delle librerie e sequenziamento NGS per profilazione mutazionale, sWGS e RNA-seq. Per la profilazione mutazionale si prevede l’utilizzo di un pannello di ampliconi ThermoFisher, ma questa scelta può essere rivista alla luce di nuove opportunità tecnologiche/commerciali competitive che dovessero emergere dal mercato. Per lo sWGS si prevede un protocollo standard whole genome sequencing di Illumina, e per l’RNA-seq si prevede l’utilizzo del protocollo TruSeq Illumina con ribodeplezione.

- Elenco Deliverables: D4 (M12) Elenco dei 65 profili di sequenziamento DNA e RNA generati per 65 campioni di CRC, inclusi i campioni di validazione analitica multicentrica.

Attività 5 (M9-12)

- Descrizione Attività: Processamento e iniziale controllo di qualità dei dati NGS. Costituzione di un archivio condiviso e valutazione del success rate e dei campioni di benchmarking per la validazione analitica.

- Elenco Deliverables: D5 (M12) Documento con i risultati del QC bioinformatico sui dati di sequenziamento mutazionale, sWGS e RNA-seq, e analisi della riproducibilità fra centri dei campioni di benchmarking.

Budget justification

Il budget per il primo anno di attività andrà a coprire i costi delle attività relative al Programma Scientifico e al Programma Istituzionale.

Programma Scientifico:

- Materiali: reagenti e materiali per processamento campioni, esecuzione di 65 profili mutazionali, 65 profili sWGS e 65 profili RNA-seq

- Servizi: spedizioni e accesso a risorse computazionali

- Personale: 8 mesi-uomo per training, data management, esecuzione e analisi dei profili NGS

- Viaggi/Pubblicazioni: Riunioni periodiche, pubblicazioni

Programma Istituzionale:

- Materiali: processamento campioni ed esecuzione di 65 profili sWGS e 65 RNA-seq su parte della casistica GerSom.

- Personale: 4 mesi-uomo per data management, esecuzione e analisi dei profili NGS.

- Servizi: spedizioni e accesso a risorse computazionali

- Viaggi/Pubblicazioni: partecipazione di referenti dei WG coinvolti nel progetto GerSom

WP5 – Melanoma (ACC WG Melanoma)

Coordinamento: Istituto Dermopatico dell'Immacolata IDI, IRCCS, Roma, Dr. Xxxxxxxxxxxx Xxxxx

Melanoma : Biobanca di Organoidi e analisi NGS nella rete ACC

Descrizione

In continuazione con quanto previsto e già iniziato lo scorso anno e facendo seguito alle decisioni prese durante il meeting del Working group melanoma tenutosi per teleconferenza in data 14/10/2019 il WG ha deciso di proporre per il prossimo trienno cosi come richiesto dalla Direzione Scientifica di ACC le seguenti attività:

Attività Istituzionale: Utilizzo a livello locale, dopo la fase centralizzata, di pannelli ideati da ACC (Xxxxxx) o in alternativa di pannelli commerciali per lo studio mutazionale di melanomi sporadici e familiari e per il potenziale uso come marcatore prognostico di Tumor Mutation Burden. Definizione di una pipeline bioinformatica condivisa (IRCC_Candiolo, IFO, WG Bionformatics) Questo progetto sarà effettuato in concomitanza con l’inizio delle attività previste da altri progetti finanziati da ACC (Italia-USA).

Attività Strategica: L’attività strategica si concentrerà sulla messa a punto di colture organotipiche tridimensionali generate da materiale tumorale ex-vivo (Organotypic Tumor Spheroids, OTS). Come evidenziato da (1), gli OTS mantengono la popolazione originale di cellule mieloidi e linfocitarie e permettono di studiare la risposta ad inibitori dei checkpoints immunologici in condizioni sperimentali molto vicini a quanto si verifica nel paziente. Gli OTS permettono inoltre una caratterizzazione molecolare e fenotipica dettagliata del tumore (es. profilo mutazionale, trascrittomico e proteomico, secrezione citochinica, eterogeneità clonale, ecc) e quindi rappresentano lo strumento ideale per lo studio in vitro di caratteristiche tumorali e di potenziale risposta farmacologica. Molte pubblicazioni hanno validato gli organoidi come modello preclinico in grado di rappresentare il background genetico, l'eterogeneità e la risposta alle terapie osservati nei pazienti di origine. Risultati importanti si sono ottenuti su vari tipi di tumore, come cancro colorettale (2), o cancro della vescica(3).

Durante la prima parte del progetto ottimizzeremo i protocolli correntemente in uso nei laboratori dello IEO a Milano e dell’ IRST a Meldola, incrementando la caratterizzazione fenotipica e funzionale di questi organoidi. La stabilizzazione di protocolli robusti e riproducibili richiede, infatti, una precisa caratterizzazione dell’organoide, che può essere variabile per composizione cellulare, eventuale risposta

alla terapia e sede di metastasi.

Per questo motivo estenderemo lo studio delle interazioni cellulari, della risposta al microambiente tumorale ed eventuale risposta alla terapia generando organoidi di melanoma con diversi protocolli che sfruttano le competenze specifiche dei diversi laboratori che compongono il WG melanoma. Inoltre utilizzeremo melanomi metastatici, come precedentemente programmato, ma anche tumori primari, per verificare eventuali differenze sia nella generazione degli OTS, sia nella risposta ai trattamenti.

Risultati Preliminari

Per generare OTS in coltura 3D su chip, sono stati processati 21 pazienti con melanoma metastatico di cui 16 analizzabili; i primi 10 ci hanno permesso di:

• definire la quantità minima di tessuto tumorale da processare al fine di ottenere materiale sufficiente per le colture organotipiche, e cioè 0.5 cm3.

• Scegliere un terreno adeguato per il trasporto dei materiali bioptici fra istituti, che consentisse di mantenere vitale il tessuto tumorale, l’infiltrato immunitario e lo stroma del microambiente (MACS Media, Tissue Storage Solution).

• Definire tempistiche e metodiche adeguate per un protocollo di digestione meccanica ed enzimatica al fine di ottenere la giusta dimensione e qualità di OTS (collagenasi di tipo IV 1mg/ml per 5-15’ max)

• Testare diverse matrici e scegliere quella più adeguata per il mantenimento degli OTS (rat tail Collagen di tipo I)

• Testare un pannello di anticorpi specifici e settare un protocollo di marcatura sia in termini di tempi di incubazione che di concentrazione degli anticorpi per ottenere un’efficiente marcatura degli OTS e quindi una chiara analisi in microscopia confocale (CD45-CD8-PanMel-LiveDead-DAPI)

• Identificare e testare i chip commerciali disponibili per coltura micro-fluidica

• Testare e definire le migliori condizioni di coltura cellulare per mantenere adeguatamente gli aggregati tumorali e la componente del sistema immune fino a 5 giorni, tempo necessario per poter valutare eventuali effetti di trattamenti sul microambiente tumore-sistema immune

Una volta stabilito il protocollo abbiamo generato OTS da altri 6 pazienti tramite blanda dissociazione meccanica ed enzimatica e successiva selezione, tramite filtrazione, degli aggregati cellulari delle dimensioni comprese tra 40 e 70 um. Gli OTS cosi’ ottenuti sono stati mantenuti in coltura in un idrogel di collagene inserito all’interno di dispositivi 3D di micro-fluidica (AIM Biotech). Abbiamo analizzato la loro composizione cellulare, l’infiltrazione delle cellule del sistema immunitario e la percentuale di vitalità/mortalità tramite immunofluorescenza al confocale attraverso la colorazione con anticorpi specifici. L’analisi comparata eseguita al giorno 0 fino ad un massimo di 5 giorni ha confermato il mantenimento della vitalità cellulare e la permanenza di linfociti T CD8 positivi all’interno degli OTS.

Referenze

(1) Xxxxxxx RW et al Cancer Discov. 2018 Feb;8(2):196-215.

(2) Xxxxx et al., Cancer Discovery, 2017 May;7(5):462-477 (3) Xxx et al., 2018, Cell 173, 515–528

(4) Xxxxxxxxx M et al. Methods Mol Biol 2017;1612:177-90.

(5) Xxxxxxxxx M et al. PLoS One 2013;8:e71613.

(6) Xx Xxxxxx , Xxxxxxx M et al . 2019 submitted

IRCCS coinvolti

Al progetto hanno dato la loro adesione 11 IRCCS:

1. Candiolo

2. CRO

3. GPII Bari

4. IDI

5. IEO

6. INT

7. IOV

8. IRE

9. Meldola

10. Xxxxxxx

11. X. Xxxxxxx

Per quanto riguarda l’attività strategica in questo anno alcuni Istituti (IFO, INT-MI, IRST, INT-BA, IDI) hanno dato la loro disponibilità ad agire come centri sperimentali per lo sviluppo delle tecnologie suindicate, mentre gli altri centri si sono dichiarati disponibili alla fornitura di materiale bioptico in questa prima fase. Più specificamente IEO, IRST ed IDI si dedicheranno allo sviluppo degli organoidi su microfluidica e al testing di mezzi di shipment di campioni e alla preparazione di saggi farmacologici , l’ INT-MI all’utilizzo del Cell Culture System Bioreactor, un sistema che sfrutta l’assenza di un'interfaccia aria-liquido e le forze idrodinamiche che agiscono all'interno dei recipienti di coltura consentendo scambi di gas efficienti, apporto di nutrienti, rimozione di cataboliti e distribuzione del tessuto farmacologico. INT-BA sarà coinvolto della messa a punto delle tecniche di ottenimento di organoidi su matrici commerciali (Matrigel) o idrogel di nuova sintesi che permetterebbero di avere risultati più riproducibili utilizzando matrici con composizioni fisse dei vari componenti. A questa fase gli altri Istituti coinvolti nel progetto parteciperanno con l’invio di campioni (5-10 campioni a Istituto) e laddove interessati verranno seguiti attraverso training specifico (sia con stages che con tutorial audiovisivi e protocolli) a stabilire in house le metodiche per generare OTS in house. Si prevede inoltre una attività di arruolamento di altri centri interessati in organoidi in melanoma (per esempio come fornitori di biopsie) sia all’ interno di IRCCS che all’ interno di altri centri di Ricerca nazionali (SSN, Università, IMI).

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obiettivo Generale

Creazione di una biobanca tessutale di OTS derivati da pazienti con melanoma primario e metastatico, non trattati o in corso di trattamento con terapia neoadiuvante e/o adiuvante.

Obiettivi specifici

- confronto di diversi tipi di tecnologie per la messa a punto di OTS specifici

- condivisione dei protocolli attraverso attività di rete (video, training couses, meeting) per favorire set-up c/o i vari Istituti di ACC di colture organotipiche.

- inclusione nella preparazione della coltura organotipica di campioni provenienti da pazienti con tumori primari e/o sottoposti a protocolli di terapia neoaudiuvante e/o adiuvante

- utilizzo degli OTS per testare l’efficacia di nuove terapie, in vitro ed in vivo.

Obiettivi specifici 1° anno

Il piano sperimentale, del 1° anno prevede le seguenti attività sottoelencate e i relativi deliverables (D1..Dn):

Attività 1: Estendere le tipologie di colture 3D al fine di ottenere non soltanto un sistema che rappresenti il paziente nel modo più preciso possibile, ma che consenta di recuperare facilmente le cellule dopo crescita e/o trattamento in 3D per ulteriori analisi (profilo immunofenotipico al FACS, RNA single cell sequencing, analisi trascrittomica e proteomica in situ).

D1) generazione di OTS da lesioni di melanoma metastatico mediante tecnica hanging drop o su matrigel o su idrogel di nuova sintesi (polimeri naturali altamente compatibili o in miscele di PEG e polimeri naturali), già caratterizzati sotto l’aspetto chimico-fisico. Ciò consentirà una distribuzione e crescita omogenea degli OTS all’interno della matrice;

D2) generazione di strutture tridimensionali dinamiche, basate sull’ uso di Rotary Cell Culture System

Bioreactor, che consentono di preservare il microambiente tumorale del paziente che, in assenza di

un’interfaccia aria-liquido come succede nelle colture tradizionali, e alla presenza di forze idrodinamiche, permette uno scambio efficiente ed una migliore distribuzione dei gas, dei nutrienti ed eventualmente dei farmaci all’interno del campione;

D3) generazione di modelli organotipici di melanoma partendo da scaffold dermici decellularizzati;

D4) ricomposizione dell’ambiente tumorale mediante co-culture di OTS con varie popolazioni cellulari, all’interno di gocce di collagene di tipo I mantenute in coltura in piastre da 96 pozzetti. Attività 2: implementare il protocollo precedentemente descritto nei risultati preliminari per mantenere gli OTS in coltura per tempi più lunghi (9 giorni) nei chip di micro-fluidica e/o piastra al fine di valutare correttamente l’eventuale effetto predittivo dei farmaci utilizzati.

D5) test preliminare di farmaci con anti PD-1, per ricapitolare ciò che è già stato pubblicato (Xxxxxxx et al, Cancer Discovery 2018) su colture a 9 giorni (9-12 mese). I trattamenti verranno poi implementati durante il secondo anno di attività, studiando anti PD-1 in combinazione con SD-101 (inibitore di TLR9, associazione in studio in trials clinici di fase Ib, Ribas et al, Cancer Discovery 2018) o Encorafenib e Binimetinib (inibitori di BRAF mutato e MEK, rispettivamente). Verranno inserite eventuali nuove combinazioni emergenti da studi clinici in corso o specifiche per gruppi di pazienti già in corso di trattamento.

Attività 3: disseminazione della tecnologia degli organoidi nel melanoma agli IRCCS potenzialmente interessati

D6) protocollo sperimentale iniziale e nuovi protocolli emergenti durante il primo anno di attività D7) Video tutorial

D8) riunioni semestrali per aggiornamento all’intero WG e verifica dei progressi nella generazione dei OTS nei centri coinvolti.

Attività 4: un utilizzo, ove consentito dalla quantità di materiale iniziale, del campione tumorale per trapianto in animali immuno-compromessi per propagazione del tessuto tumorale. La creazione di una piattaforma di modelli che ricapitolano il tumore del paziente avrà un duplice scopo: 1) consentire uno studio in vivo di alcune delle terapie target testate sugli OTS, 2) l’eventuale creazione di modelli tumorali umanizzati.

D9) derivazione di PDX dal tessuto del paziente (prevediamo la creazione di almeno una decina di modelli) e dagli OTS (prevediamo di iniziare a generarli verso la fine del primo anno e di decidere il numero totale dopo la prima serie di caratterizzazioni fenotipiche e genomiche dei modelli). Quest'ultimo anticipiamo sarà uno degli obiettivi primari del 2o anno.

Budget justification

Personale: costi previsti per coprire in parte i costi di personale dedicato allo sviluppo degli OTS (IEO, INT- MI, INT-BA, IRST, IDI). Le differenze sono basate sul numero di OTS stimati in ogni centro. Previsti costi di servizi per due Unità (IFO-RM e IRCC-TO) per la gestione dei dati bioinformatici provenienti dalle chip- analisi.

Materiali: I costi previsti tengono conto dei materiali utilizzati dai 5 centri che metteranno a punto le tecnologie e al coordinamento e gli altri centri che invece hanno aderito alla spedizione di campioni e/o analisi di chip.

Servizi: si prevede l’utilizzo di risorse specifiche per la realizzazione di un video-tutorial che possa illustrare le fasi della messa a punto di OTS da distribuire all’ interno di ACC

Attività istituzionali

Oltre a meeting virtuali su piattaforme web il WG melanoma organizza presso la sede dell’IDI di Roma meeting specifici per la presentazione dei risultati da parte dei vari gruppi. Questa attività ritenuta molto importante sarà continuata nel corso del progetto con la organizzazione di due meeting nel corso del 2020. Sono previsti costi in questa sezione per l’utilizzo di pannelli quali il Gersom o comunque indicati per lo

studio oltre che di mutazioni somatiche di mutazioni germinali nel melanoma. Tutti gli Istituti del WG

melanoma hanno invece dichiarato la loro disponibilità all’ utilizzo di Gersom per gli studi descritti all’ inizio.

WP6 – Immunoterapia (ACC WG IMMUNOTHERAPY)

Coordinamento: Ospedale Bambino Gesù, IRCCS, Roma, Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx; Istituto Regina Elena, IRCCS, Roma, Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxx

Titolo: ACC-ImmunoPortal: un repository italiano per un’immunoterapia più efficace e Score Immunologico predittivo di risposta clinica in pazienti trattati in prima linea con checkpoint inhibitors: studio prospettico

Descrizione

L'immunoterapia, grazie agli inibitori dei checkpoint immunologici (ICB) rappresenta un efficace trattamento in alcune neoplasie. Considerati i costi per il SSN e la risposta clinica di cui beneficia solo una percentuale di pazienti, si rende necessario identificare biomarcatori predittivi di risposta. I meccanismi di resistenza a tali farmaci possono essere intrinsici e/o estrinsici alle cellule tumorali [Kalbasi & Ribas 2019]. L’identificazione di profili di genomica e trascrittomica della componente tumorale, ottenuta in parallelo alla deconvolution e distribuzione spaziale della componente immunitaria presente nel microambiente tumorale può contribuire alla definizione di biomarcatori di sensibilità/resistenza e possibili nuovi druggable pathways. Uno dei tumori solidi target degli ICB è il tumore del polmone non a piccole cellule (NSCLC), una neoplasia in cui i network di Alleanza Contro il Cancro hanno investito nella creazione del primo chip per la ricerca di azionabilità genomiche (ACC-LUNG).

Nonostante gli sforzi della Ricerca Internazionale e la disponibilità di tecnologie High-Throughput, ad oggi non sono disponibili dei robusti biomarcatori di risposta (e.g. AUC>0.7) [Xxxxxxxx et. al 2019]. Diverse le cause di questo insuccesso: tra queste la variazione nella classificazione clinica di risposta e la mancanza di dataset di adeguata dimensionalità annotati con risposta ICB, dati clinici, genomici e di immunoprofiling. Recenti analisi bioinformatiche hanno dimostrato che, partizionando i pazienti e definendo sottoclassi di Microambiente Tumorale, permissivo o ostile al reclutamento di linfociti T all’interno del nido tumorale (i.e., T-cell exclusion o T-cell disfunction), si può migliorare la performance predittiva [Xxxxx et al. 2018].

Per permettere la validazione e la traslazione in clinica degli algoritmi e delle signatures derivanti dai diversi studi, si rende sempre più necessaria l’armonizzazione della raccolta dei dati clinici e biologici su una vasta coorte di pazienti trattati con ICB.

Un esempio di tale modello su larga scala è il Xxxxxx Institute For Cancer Immunotherapy, consorzio di eccellenza che ha l’obiettivo di rendere sempre più efficaci i trattamenti immunoterapici. Il network di ACC potrebbe rappresentare una Task Force italiana in grado di diventare un riferimento di eccellenza nel panorama dell’immunoterapia internazionale.

Risultati Preliminari

• Il WG ha disegnato due studi retrospettivi per la valutazione dell’immunoscore in NSCLC:

i) retrospettivo in pazienti con NSCLC primitivo e linfonodi negativi per la validazione del pannello di marcatori IHC. Tale studio prevede la validazione di un pannello a 8 marcatori in una coorte di 150 pazienti. Tale studio è in fase di analisi.

ii) retrospettivo in pazienti trattati con checkpoint inhibitors per il disegno di uno score comprensivo di test Low and High-Throughput. La coorte dei pazienti (n=80) è stata identificata tra gli IRCCS HSR e IRE.

• Il WG ha disegnato uno studio prospettico per la valutazione dell’ImmunoScore in pazienti NSCLC trattati con checkpoint inhibitors in prima linea per il disegno di uno score comprensivo di test Low and High-Throughput. La coorte dei pazienti (valore atteso 250) è stata identificata nell’ambito dello studio clinico del WG Lung.

• Tutte e tre gli studi sono stati approvati alla fine di Luglio 2018 presso il CE del HSR, ed inseguito dai singoli IRCCS coinvolti.

• è stato concluso lo studio pilota per valutare i test di WES, RNA-seq, immunoistochimica, HLA typing, TCR sequencing su campioni paraffinati di pazienti NSCLC. Tale studio pilota condotto su due campioni ha permesso di: 1) definire quantitativamente e qualitativamente il materiale di partenza, 2) dimostrare la fattibilità degli studi su descritti su un numero limitato di slide di 25 paraffina; 3) garantire la fattibilità degli

approcci nonostante la natura paraffinata del materiale biologico.

• Sono stati sequenziati in RNA-seq 15 campioni di adenocarcinoma polmonare provenienti dagli istituti IRE e HSR. Gli acidi nucleici saranno spediti a fine ottobre 2019 a IEO per analisi WES e OPBG per analisi aggiuntive immunologiche. Analisi preliminari sui dati prodotti mostrano una discreta signature (N<20) di geni fortemente modulati e ben espressi nei due gruppi di responder e non responder. Analisi aggiuntive, quali la deconvoluzione del microambiente tumorale da RNA-seq, sono in corso.

• Il WG ha, inoltre, condotto uno studio preliminare su tutti i biomarcatori proposti per risposta ad ICB, sui dataset disponibili, pubblicando una “meta-analisi bioinformatica” nel 2019 [Pallocca et. al 2019].

Referenze

1. Tumour-intrinsic resistance to immune checkpoint blockade. Xxxxxx Xxxxxxx & Xxxxxx Xxxxx. Nature Reviews Immunology 2019

2. Combinations of immuno-checkpoint inhibitors predictive biomarkers only marginally improve their individual accuracy. Xxxxxx Xxxxxxxx, Xxxxxx Xxxxxx, Xxxxx Xxxxxxx, Xxxxxxxxx Xxxxxxx, Xxxxxxx Xxxxxxx, Xxxxxx Xxxxxx, Xxxxxxxxx Xx Xxxxxx, Xxxxxxxx Xxxxxxxxx, Xxxxx Xxxxxxx, Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx & Xxxxxxx Xxxxxxxxx. Journal of Translational Medicine 2019

3. Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response. Xxxx Xxxxx, Xxxxxxxxx Xx, Xxxx Xxx, Xxxxxxx Xx, Xxxxxxx Xxxx, Xxxxx Xx, Xxxx Xx, Xxxxxx Xxxxxx, Xxx Xx, Xx Xx, Xxx Xxx, Xxxxxx X. Xxxxxxx, Xxxxx A. Xxxxx, Xxx X. Xxxxxxxxxxxxx & X. Xxxxxxx Xxx. Nature Medicine 2018

4. Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types. Xxxxxx X. Xxxxxxxx, et. Al. Nature Genetics 2019

IRCCS coinvolti

1) Candiolo

2) CRO

3) CROB

4) Gemelli

5) HSR

6) Humanitas

7) IDI

8) IEO

9) INT

10) IOV

11) IRE

12) Meldola

13) OPBG

14) Xxxxxxx

15) USL RE

Organizzazione dell’attività di rete

Il WG Immunoterapia ripartirà le attività tra gli IRCCS che al momento hanno già testato e validato i diversi saggi al fine di riuscire a completare le analisi in un arco temporale ristretto. In particolare:

• Analisi immunoistochimica di sezioni di biopsie paraffinate di tumore:IRE e OSR.

• Analisi del sangue periferico (analisi dello stato immunologico e metabolico): IRCCS Xxxxxxx.

• Analisi della clonalità T: OPBG.

• Analisi della perdita di espressione di aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche rispetto alle cellule del sangue periferico: HSR

• Analisi di DNA e RNA su biopsie: WES presso IEO, mentre RNAseq e analisi di espressione in string presso IRE.

• Analisi del microbial signature intratumorale: Humanitas.

• Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei: IDI.

• Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale: IEO.

• Analisi Bioinformatica: IRE e IEO

• Creazione ACC-ImmunoPortal: IRE (Bioinformatica) più tutto il WG per raccolta pazienti

• Data Entry e Mantenimento ACC-ImmunoPortal: IRE

Il WG organizzera TC periodiche in modo da discutere in itinere i dati e le analisi preliminari, creare network lavorativi, sviluppare nuove pipeline che saranno la base per prossime progettualità.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obiettivo generale

Creazione di un repository/portale multicentrico comprendente dati clinici e biologici di 2000 pazienti trattati con ICB in accordo con le attuali linee guida (i.e. Xxxxxxx, Xxxxxxxx, Xxxx, Testa-Collo). Identificare biomarcatori altamente predittivi di risposta nella coorte dei pazienti NSCLC trattati con ICB (TRIAL WG LUNG).

Obiettivi specifici

Nei campioni bioptici dei pazienti arruolati nel trial Lung (n=40), si conseguiranno i seguenti Obiettivi: Obiettivo 1: Continuità sperimentale rispetto alla progettualità 2018/2019 (Analisi del mutational load mediante whole exome sequencing (WES), RNA-seq e tecnologia NanoString (con trans-validazione dei due approcci), HLA typing, TCR clonality, metabolomica, microbiota intratumorale, citometria a flusso combinata con gene expression su base single-cell per identificare sottopopolazioni cellulari nel angue periferico che correlino con l’outcome dei pazienti, valutare l’infiltrato immunitario in biopsie di pazienti che sviluppano tossicità cutanea dopo trattamento con checkpoint inhibitor, Valutare il viroma polmonare associato allo stato tumorale.

Obiettivo 2: Integrare i dati in un algoritmo di immunoscore e cross-validazione oncochip di ACC-Genomics. Obiettivo 3. Creazione del primo e più importante repository multicentrico sui pazienti trattati con Immuno-Checkpoint inhibitors, di 2000 pazienti in tre anni. La collezione dei dati riguarderà pazienti affetti dalle patologie neoplastiche in cui il trattamento ICB è approvato in terapia standard, (melanoma, carcinoma polmonare, renale e tumori testa-collo).

Piano Sperimentale

Tipologia di tumore. L’attività sarà focalizzata sui pazienti inclusi nello studio clinico prospettivo del WG Lung e trattati in prima linea con checkpoint inhibitors.

Tipi di biomarcatori analizzati. Verranno di seguito elencati i biomarcatori che verranno analizzati nello studio, raggruppati per tipo di campione analizzato (DNA, RNA, cellule, sezioni di biopsie paraffinate, siero), origine del campione (tumore o tessuti non-tumorali) e tecnologia (NGS, immunistochimica, proteomica, metabolomica, altro).

Lo studio sarà condotto nei campioni biologici di circa 40 pazienti.

1. Analisi immunoistochimica di sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico).

i) Determinare l’espressione di proteine coinvolte nella regolazione dei checkpoint immunitari (in particolare PD1, PDL1);

ii) caratterizzare il tipo, la quantità e la sede (con particolare riferimento al margine tumore- tessuto normale) dell’infiltrato CD4+ e CD8+, e delle sottopopolazioni cellulari mieloidi

(macrofagi TAM sottotipo M1 o M2, monociti, monociti del sottotipo TEM).

2. Analisi del sangue periferico (analisi dello stato immunologico e metabolico). Verranno raccolti i dati alla diagnosi di: i) Livelli sierici di LDH ed altri indicatori di metabolismo; ii) Stato immunologico: analisi del rapporto Neutrophil-to-Lymphocyte; iii) Livelli di marcatori solubili (ad esempio produzione di PTX3. iv) Metabolomica del siero.

3. Analisi di popolazioni linfoidi isolate dal tumore e dal sangue periferico (analisi della clonalità di cellule T e comparazione tra clonotipi intratumorali e periferici), mediante analisi NGS dei geni del TCR.

4. Analisi della perdita di espressione di aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche rispetto alle cellule del sangue periferico.

5. Analisi di DNA e RNA su biopsie tumorali (analisi del mutational load, analisi specifiche mutazioni, analisi

del pattern di espressione del tumore e dell’infiltrato linfoide) mediante WES e RNAseq.

6. Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei.

7. Analisi della microbial signature intratumorale.

8. Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale.

Creazione di ACC-ImmunoPortal

In questa piattaforma dovranno confluire diverse misurazioni, tradizionali e derivanti da Big Data, in particolare:

• Dati clinici:

o Trattamenti farmacologici e beneficio derivante dagli stessi

o Comorbidità

o Informazioni minime sulla dieta ed eventuale assunzione di integratori e probiotici

• Dati bio-molecolari:

o Mutazioni (derivanti da pannelli NGS routinari, se presenti)

o Score immunologici derivanti da IHC (e.g. PD-L1 levels)

• Dati -omici

o Profilazione del Microbiota, se presente

o RNA-seq, se presente

o WES, se presente

Il repository si baserà dal punto di vista infrastrutturale sulla piattaforma congiunta di ACC Bioinformatics, mentre verranno implementati da parte del WG dei servizi cloud aggiuntivi, accessibili ai membri della rete, in particolare una piattaforma Cloud Clinico-Genomica per esplorazione delle feature cliniche più rilevanti in risposta ad ICI, per ricercare particolari marcatori molecolari o mutazioni già rilevate in pazienti profilati in altri punti della rete. La piattaforma farà uso di innovativi paradigmi di creazione banche dati, come i Graph-Like DBs, superando la concezione di database relazionale, dimostratasi fallimentare nello stoccaggio e interrogazione di dati genomici. La piattaforma sarà implementata in ottemperanza alle norme GPDR sulla privacy.

Una volta creato, il repository si attesterà come uno dei maggiori sforzi multi-centrici di collezione dati clinici e -omici per pazienti trattati ad ICI, dello stesso ordine di grandezza degli attuali maggiori database [TMB MSKCC 2019 Nat Genetics]. La forza del nuovo repository sarà la riproducibilità e la mitigazione del batch effect sui dati finali, vista la distribuzione degli sforzi su tutta la rete e non su un solo istituto.

Obiettivi e Deliverables 1° anno

1. Continuità sperimentale rispetto alla progettualità 2018/2019

- Analisi Immunoistochimica campioni tissutali pazienti NSCLC trattati con ICI

- Analisi del mutational load mediante whole exome sequencing (WES)

- RNA-seq e tecnologia NanoString (con trans-validazione dei due approcci)

- HLA typing, TCR clonality, metabolomica, microbiota intratumorale

- Valutazione dell’infiltrato immunitario in biopsie di pazienti che sviluppano tossicità cutanea dopo trattamento con ICI

- Valutazione del viroma polmonare associato allo stato tumorale

- Valutazione del microbioma tissutale

- Collezione dei campioni dei pazienti gia' arruolati nello studio Trial LUNG: Mese 4-12

- Analisi immunoistochimica di almeno 40 sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico): Mese 4-9

- Analisi di Metabolomica del siero di 40 pazienti: Mese 4-9

- Analisi della clonalita' del TCR in TIL di almeno 40 pazienti: Mese 4-9

- Analisi degli aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche: Mese 4-9

- Analisi di WES e RNASeq su biopsie tumorali: Mese 4-12

- Analisi del microbial signature intratumorale: Mese 4-9

- Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei: Mese 1-12

- Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale: Mese 4-19

- Analisi Bioinformatica: Mese 1-12

2. Creazione del primo e più importante repository multicentrico sui pazienti trattati con Immuno- Checkpoint inhibitors: almeno 1000 pazienti nel primo anno. I dati clinici inseriti nell' ACC ImmunoPortal saranno relativi ai pazienti trattati con ICI in terapia standard.

- Set-up database e iter autorizzativo Mese 1-3

- Inserimento dati pazienti in accordo con previsioni dichiarate dagli Istituti partecipanti come da tabella inviata Mese 1-12

Budget justification

Materiali: reagenti per analisi di immuno-istochimica, reagenti per estrazione degli acidi nucleici, NanoString, reagenti per la quantizzazione delle librerie per NGS, WES, RNAseq, HLA Typing, TCR seq, reagenti per analisi single-cell RNAseq, reagenti per citofluorimentria, reagenti per spettrometria di massa per metabolomica del siero, reagenti per FISH per microbial signature intratumorale.

Personale a contratto: Data manager e bioinformatici per analisi dati ottenuti e costituzione Immunoportal

Servizi: Consulenza bioinformatici per strutturazione e inserimento dati clinici per ImmunoPortal

Meeting e Missioni: Organizzazione kick-off meeting per sensibilizzazione al lavoro in network e definizione data set clinici per ImmunoPortal

Varie: spedizioni e spese varie

Pubblicazioni

Attività istituzionali

I Bioinformatici del WG Immuno parteciperanno attivamente alla validazione del chip ACC-Lung e GerSom, partecipando a call, incontri “bootcamp” e lavoro da remoto.

Per la creazione dell’ImmunoPortal, verranno impiegate delle voci del budget per estendere le risorse di storage già disponibili per ACC, più eventuali collaborazioni informatiche per lavoro infrastrutturale sul cloud condiviso.

WP7 – Tumori Polmonari (ACC WG LUNG)

Coordinamento: Ospedale San Xxxxxxxx - OSR, IRCCS, Milano, Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx

Xxxxxx progetto: Prosecuzione dell’arruolamento dello Studio Prospettico principale “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” e dello studio volto all’applicazione di NGS su Biopsia Liquida.

AVVIO Progetto “Development and Validation of Radiomics Models in non Small Cell lung cancer”. STUDIO DI FATTIBILITÀ del progetto “Validazione di Biomarcatori di Risposta a Chemioterapia di

Induzione (CTI) in NSCLC”.

Descrizione

Il tumore polmonare non a piccole cellule rappresenta l’80%-85% dei casi di tumore polmonare. La maggior parte dei pazienti sono diagnosticati con una malattia in stadio avanzato e la prognosi a 5 anni resta del 16%.

Negli ultimi dieci anni, lo sviluppo tecnologico ha consentito di migliorare la conoscenza della biologia dei tumori polmonari e di identificare alterazioni molecolari driver, responsabili della crescita del tumore stesso. Il tumore polmonare non a piccole cellule non è più pertanto considerato come una singola malattia, ma come un complesso di malattie rare, classificate sulla base delle alterazioni molecolari presenti, alcune delle quali bersaglio di farmaci biologici specifici altamente efficaci. I pazienti con alterazioni molecolari, che ricevono un trattamento personalizzato, hanno una sopravvivenza nettamente superiore rispetto ai pazienti con le stesse caratteristiche molecolari ma che non ricevono una terapia mirata, o per i pazienti per i quali non era stato identificato un bersaglio molecolare.

Diversi programmi nazionali hanno valutato la fattibilità dello screening molecolare su larga scala. Il primo tra questi, uno studio condotto in 14 centri americani, ha valutato la presenza di alterazioni molecolari in 14

geni in 1102 pazienti con NSCLC in stadio avanzato. Negli ultimi anni, l’uso di Next Generation Sequencing

(NGS), che consente di analizzare più geni contemporaneamente con quantità relativamente piccole di tessuto, è entrato nella pratica clinica e diversi protocolli su scala nazionale, disegnati in collaborazione con aziende farmaceutiche, sono attualmente in corso (SAFIRO2 in Francia, il Lung Matrix in Gran Bretagna e lo studio Lung Map negli Stati Uniti).

È evidente che un programma di screening organizzato su base nazionale, guidato da un consorzio comprendente istituzioni differenti, consente ad un maggior numero di pazienti di ricevere farmaci target e questo determina un aumento della sopravvivenza globale.

Alleanza contro il cancro (ACC) ha sviluppato un oncochip, che analizza contemporaneamente le sequenze in 182 geni, 89 traslocazioni geniche e 141 variazioni germinali. L’oncochip ACC è già stato validato in modo retrospettivo su campioni tumorali di tessuto paraffinato, contenenti specifiche alterazioni molecolari. I campioni analizzati avevano diversi gradi di degradazione del DNA. I risultati hanno dimostrato che l’oncochip discrimina il numero di copie del gene, la presenza di delezioni e alterazioni molecolari con una frequenza del 2%. La tecnologia utilizzata consente di identificare alterazioni molecolari anche in presenza di severa degradazione del DNA.

La missione che si è posto WG LUNG è quello di migliorare la performance della diagnostica molecolare negli Istituti italiani, al fine di incrementare il numero di pazienti classificati dal punto di vista molecolare, accorciare il tempo necessario per ottenere una diagnosi istologica e molecolare, ottimizzare la quantità di tessuto tumorale e analizzare un numero maggiore di alterazioni molecolari, con lo scopo di offrire migliori e nuove opportunità terapeutiche ai pazienti con tumore polmonare non a piccole cellule e creare le basi per studi clinici e preclinici innovativi in rete.

Aggiornamento dello stato di avanzamento dello studio

L’obiettivo PRINCIPALE dello studio prospettico nazionale disegnato a giugno 2017, approvato dal comitato etico del centro coordinatore–IRCCS OSR il 13/7/2017 “Validation of the Alliance Against Cancer Lung Panel in patients with Non Small Cell Lung Cancer” è quello di validare prospetticamente l’oncochip sviluppato dall’ACC in 1000 casi di pazienti con diagnosi di tumore polmonare non a piccole cellule in stadio localmente avanzato o metastatico afferenti agli Istituti appartenenti ad ACC.

Si tratta del PRIMO studio prospettico italiano che valuta l’uso di NGS per classificare i pazienti con tumore polmonare non a piccole cellule. L’assessment per lo studio ha richiesto grandi sforzi organizzativi interni negli istituti con la creazione di nuovi gruppi di lavoro preclinici e clinici.

L’arruolamento attivo dei pazienti nello studio è iniziato dopo l’approvazione del CE dei rispettivi Centri e a seguire dopo l’apertura del centro da parte della SIV.

Ad oggi e alla luce di quanto sopra il Protocollo, che vede coinvolti 23 Centri, è stato emendato nella versione 3.2 e fino a settembre 2019 sono stati arruolati 271 pazienti (nel 2018= 133; n. 138 dal 01.01.2019 al 30.09.2019 ed entro 10/2019) ovvero quasi il 30% del numero totale dei pazienti previsti per lo Studio.

L’Ospedale San Xxxxxxxx (n. 82 pz - PI Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx – Studio approvato 13/07/2017) e l’Ospedale Casa Sollievo della Sofferenza (n. 50 pz – PI Dr. Xxxxx Xxxxxxxx – Studio approvato 04/12/2017) hanno raggiunto il numero teorico di 50 pazienti arruolati, seguiti dall’Ospedale San Xxxxxxx (n. 26 pz – PI Dr. Xxxxx Xxxxxx – Studio approvato 07/05/2018), dal Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxxx (n. 24 pz – PI Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx – Studio approvato 13/11/2017) e dall’Istituto Xxxxxx Xxxxx (n. 18 pz – PI Dr.ssa Xxxxxxx Xxxxxx - Studio approvato 26/09/2017). Sostanziale incremento si evidenza negli arruolamenti anche per l’Istituto Oncologico Veneto (n. 18 pz – PI Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxx – Studio approvato 16/04/2018) e l’Istituto di Candiolo (n. 10 pz – PI Dr. Xxxxxxx Xxxxx – Studio approvato 17/04/2018.) Nonostante sia stata documentata la fattibilità dello studio (visti gli arruolamenti sopra indicati), alcuni Centri non hanno ancora iniziato ad arruolare come I.N.T. Fondazione X. Xxxxxxx di Napoli (PI Dr. Xxxxxx Xxxxxxxx – Studio approvato 20/12/2017), La Maddalena di Palermo (PI Dr. Xxxxxxxx Xxxxxx – Studio approvato 17/01/2018), l’Istituto Nazionale Tumori di Milano ( PI Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxx – Studio approvato 29/01/2018), IDI- IRCCS di Roma (PI Dr.ssa Xxxxxxxx Xx Xxxxxxxx – Studio approvato 27/03/2018) e l’Arcispedale Santa Xxxxx Nuova, Reggio Xxxxxx (Dr.ssa Xxxxxxxxx Xxxxxxx – Studio approvato 26/06/2018).

Si riportano per ogni Centro, data di approvazione del Protocollo, il numero totali dei pazienti arruolati al 30 Settembre 2019 e rispettivo PI:

2017

- IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx – Milano 13/07/2017 – n. 82 pz – PI Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx

- Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx OM 1 – Roma 26/09/2017 – n. 18 pz – PI Dr.ssa Xxxxxxx Xxxxxx

- IRCCS Istituto Tumori Xxxxxxxx Xxxxx XX – Bari 07/11/2017 – n. 4 pz – PI Dr. Xxxxxxxx Xxxxxxx

- AOU Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxxx – Catania 13/11/2017 – n. 24 pz – PI Xxxx. Xxxxx Xxxxxxx

- Ospedale Xxxxxxxxxx – Catania 13/11/2017 – n. 5 pz – PI Dr. Xxxxxxxx Xxxxx

- IRST - Meldola (FC) -15/11/2017 – n. 13 pz – PI Dr. Xxxxxx Xxx Xxxxx

- IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza – San Xxxxxxxx Xxxxxxx 04/12/2017 – n. 50 pz – PI Dr. Xxxxx Xxxxxxxx

- AO "Villa Sofia - Cervello" – Palermo 18/12/2017 – n. 3 pz – PI Dr. Xxxxxxxxx Xxxxxxxxx

- CRO-IRCCS - Aviano (PN) – 19/12/2017 – n. 3 pz – PI Dr.ssa Xxxxxxxxxx Xxxxx

- I.N.T. Fondazione X. Xxxxxxx – Napoli – 20/12/2017 – n. 0 pz – PI Dr. Xxxxxx Xxxxxxxx

2018

- La Maddalena S.p.A. –Palermo – 17/01/2018 – n. 0 pz – PI Dr. Xxxxxxxx Xxxxxx

- Istituto Clinico Humanitas - Rozzano (MI) – 23/01/2018 – n. 12 pz – PI Dr. Xxxx Xxxxxx

- Istituto Nazionale Tumori – Milano 29/01/2018 – n. 0 pz – PI Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxx

- Istituto Europeo di Oncologia – Milano 28/02/2018 – n. 1 pz – PI Dr. Xxxxxxx Xxxxxxx

- IDI-IRCCS – Roma 27/03/2018 - n. 0 pz – PI Dr.ssa Xxxxxxxx Xx Xxxxxxxx

- IRCCS CROB - Rionero in Vulture – 11/04/2018 – n. 4 pz – PI Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxxx

- Istituto Oncologico Veneto – Padova 16/04/2018 – n. 15 pz – PI Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxx

- FPO-IRCCS – Candiolo 17/04/2018 – n. 10 pz – PI Dr. Xxxxxxx Xxxxx

- IRCCS AOU San Xxxxxxx - IST Genova 07/05/2018 – n. 26 pz – PI Dr. Xxxxx Xxxxxx

- Xxxxxxxxxxx Santa Xxxxx Nuova – Reggio Xxxxxx 26/06/2018 – n. 0 pz – PI Dr.ssa Xxxxxxxxx Xxxxxxx

2019

- Policlinico Gemelli Roma - 06/06/2019 - n. 0 pz – PI Dr. Xxxxxx Xxxx

- Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx OM2 – Roma 18/06/2019 - n. 1 pz - PI Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx

- A.O.U di Parma - Protocollo Valutato 02/07/2019, parere favorevole condizionato, in attesa di rivalutazione - n. 0 pz – PI Dr. Xxxxxxxx Xxxxx

Xxxx’arco dell’anno 2019 è stata inoltre avviata l’analisi di DNA circolante nei pazienti arruolati. Tale studio si basa sull’evidenza che ottenere il materiale istologico adeguato per consentire l’effettuazione della diagnostica molecolare talvolta riscontra problematiche cliniche. Negli ultimi anni sono state identificate metodiche poco invasive ed economicamente sostenibili per ottenere una classificazione molecolare anche in quei pazienti che, per co-morbidità, non possono essere sottoposti a procedure invasive. Dati recenti mostrano che analizzando il DNA circolante risulta possibile identificare alterazioni molecolari per definire la strategia terapeutica dei pazienti dall’analisi del DNA circolante.

Per questo motivo, ci siamo posti l’obiettivo di isolare il DNA circolante nei pazienti arruolati e analizzarlo usando un pannello di NGS, Oncomine Lung cfTNA Assay, in grado di valutare la presenza di 150 mutazioni in 11 geni (ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, and TP53), la presenza di

traslocazioni (ALK, RET, ROS1), l’amplificazione di MET e la presenza di mutazioni skipping nell’esone 14 del gene MET. I risultati ottenuti verranno confrontati con quelli osservati sul tessuto sia tramite metodica standard che tramite NGS. Ad oggi sono stati analizzati i primi 40 dei pazienti arruolati nello studio ACC ed é stata osservata una concordanza di circa 80%. Il sotto-progetto è stato guidato dalla dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx dell’IRCCS San Xxxxxxxx-Mi.

IRCCS coinvolti

1) Candiolo

2) CRO

3) CROB

4) Gemelli

5) GPII Bari

6) HSR

7) Humanitas

8) IDI

9) IEO

10) INT

11) IOV

12) IRE

13) Meldola

14) Xxxxxxx

15) X. Xxxxxxx

16) S.G. Rotondo

17) USL RE

Per la realizzazione di tale progetto sarà necessaria la cooperazione tra i diversi IRCCS che sono attivamente presenti nel WG Lung.

Relativamente a questa proposta progettuale, il WG si interfaccerà i WG di genomica e radiomica di ACC.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Il primo Obiettivo che ci proponiamo è quello di avanzare l’arruolamenti di almeno 200 pazienti nell’arco del 2020 e raggiungere circa 500 pazienti totali nello studio principale e raggiungere il 50% del target previsto. Tale obiettivo può essere facilmente raggiunto se si conferma l’arruolamento mensile raggiunto negli ultimi mesi ma anche superato se avvenisse il contributo degli istituti attualmente non attivi. Lo sforzo dei Principal Investigators e del Segretario Generale saranno indirizzati su questo tema congiuntamente sarò richiesto massimo supporto al Board of Directors. Tale attività saranno principalmente condotte dalla dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx – IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx.

Il secondo Obiettivo è di procedere con il confronto dei risultati delle analisi molecolari ottenuti sul tessuto con NGS su biopsia liquida all’interno (gia analizzati 40 in 5 mesi di quest’anno, target 2020 altri 60 pazienti) in due centri (OSR e IRE).

Il terzo Obiettivo è di emendare il Protocollo ed introdurre lo Studio della Radiomica: “Development and validation of radiomic models in non small cell lung cancer”.

Recentemente, dati di Letteratura hanno dimostrato come la radiomica sia in grado di definire, partendo dall’analisi di immagini radiologiche, l’eterogeneità dei tumori. Il XX Xxxx ha sviluppato una proposta di studio che riguarda la validazione radiomica come secondo STUDIO SATELLITE del progetto principale di cui testo esteso sé disponibile nell’allegato n1. Questo progetto è stato proposto e sarò guidato dal dr. Xxxx Xxxxxxxx e dr. Xxxxxxxx Xxxxxxxxx dell’IRCCS Policlinico Universitario “X. Xxxxxxx” Roma in collaborazione con Prof. Xxxxxxx Xxxxx dell’ IRCCS Candiolo-Torino.

Il quarto Obiettivo è di estendere le analisi molecolari nel setting chirurgico limitatamente allo stadio III tramite uno studio di fattibilità su circa 100 pazienti.

Il working group ha inoltre avanzato la volontà di estendere le analisi molecolari dei biomarkatori di risposta a terapia di induzione in pazienti con tumore del polmone (NSCLC) localmente avanzato (Stadio IIIA) in una casistica retrospettiva di campioni di mediastinoscopia con l’obiettivo di identificare le popolazioni chemiosensibili e chemioresistenti. Questo progetto è stato proposto e sarà guidato dal dr. Xxxxxxxx Xxxxxxx dell’IRCCS Casa Sollievo della Sofferenza-Foggia che ha già presentato dati preliminari al Congresso Annualle di ACC a Milano nel 2018.

Piano Sperimentale

Per lo studio NGS su Biopsia liquida: il DNA circolante è analizzato utilizzando il pannello Oncomine Lung cfTNA Assay V.

Per lo studio “Development and validation of radiomics models in non small cell lung cancer” verranno analizzate centralmente le TAC eseguite dai pazienti arruolati nello studio. Verranno prese in esame le seguenti variabili: media, varianza, uniformità, energia, asimmetria, curtosi, il minimo livello di grigio, il

massimo livello di grigio, la media, l’uniformità, il volume, l’area di superficie, il rapporto tra superficie e volume, la compattezza, la sfericità, il dimetro tridimensionale.

Questi parametri verranno confrontati con i risultati delle analisi molecolari, al fine di correlare i dati radiologici con i dati molecolari. Le alterazioni molecolari di interesse sono quelle che ad oggi hanno un ruolo prognostico o predittivo nella scelta del trattamento dei pazienti con NSCLC metastatic (EGFR; XXX0- XXX, XXX0, XXXX, XXX, XXX, XXX0, XXXX).

Per lo studio restrospettivo Validazione di Biomarcatori di Risposta a Chemioterapia di Induzione (CTI) in NSCLC: L'RNA viene estratto da aree microdissezionate provenienti da due sezioni di tessuto ottenuto in mediastinoscopia (spessore 10 μm) su vetrini con adeguata cellularità tumorale (> 60%), selezionato da un patologo. L'RNA totale viene estratto dai campioni di tessuto FFPE utilizzando il kit AllPrep DNA / RNA FFPE, utilizzando il sistema automatico QIAcube, secondo le istruzioni del produttore (Qiagen, Hilden, Germania). Successivamente, 10ng di RNA totale vengono retrotrascritti con primers specifici per i xxXXX - Megaplex Human Pool A (Thermo Xxxxxx Scientific) e con il kit di trascrizione inversa TaqMan® MicroRNA (Thermo Xxxxxx Scientific), secondo le istruzioni del produttore; 5 μL di cDNA vengono poi preamplificati per 14 cicli utilizzando i pool di primers TaqMan PreAMP Mastemix e Megaplex PreAMP secondo le istruzioni del produttore (Thermo Xxxxxx Scientific). La reazione PCR viene eseguita utilizzando TaqMan Universal Master Mix II, No AmpErase UNG (Thermo Xxxxxx Scientific), caricando 100 μL della miscela preamplificata (diluizione finale 1: 200) in ciascuna delle otto corsie del TaqMan® Low Density Human Array xxXXX cards v

3.0 (Thermo Xxxxxx Scientific). La PCR quantitativa viene eseguita con il sistema QuantStudio 12k (Thermo Xxxxxx Scientific) utilizzando le impostazioni raccomandate dal produttore (95° C per 10 minuti, seguite da 40 cicli a 97 ° C per 30 secondi, e 59,7 ° C per 1 minuto) e con una soglia automatica per il calcolo del Cq.

Casistica

Entro il 2020 si programma il raggiungimento di n. 500 pazienti totali nello studio principale prospettico: 300 entro dicembre 2019 mentre sono attesi circa 200 nuovi arruolamenti nel 2020.

Nello studio dedicato all’analisi di DNA circolante si prevede di analizzare altri n. 60 pazienti nel 2020 (attualmente sono stati analizzati n. 40 pazienti nei 5 mesi di anno corrente).

Nello studio di radiomica si attende l’identificazione di 300 pazienti potenzialmente arruolabili. Nello studio retrospettivo dedicato al III stadio A, saranno arruolati circa 100 pazienti.

Budget. Si propone la allocazione di un budget specifico per consolidamento del progetto di validazione in corso e per le sopradescritte specifiche progettualità. Tutti IRCCS che si faranno carico di eseguire le indagini descritte in questo progetto riceveranno il supporto per i consumabili in relazione al numero dei pazienti sequenziati nello studio principale. Sono stati inseriti i costi relativi agli studi Cell-free DNA e radiomica e al studio di fattibilità per il stadio IIIA attribuiti al centro coordinatore dello stesso.

WP8 – Sarcomi (ACC WG SARCOMA)

Coordinamento: CRO, IRCCS, Aviano, Dr.ssa Xxxxxxx Xxxxxxx

Titolo - SMS: Stratificazione molecolare dei sarcomi per lo sviluppo di approcci histotype-tailored

Descrizione

Il termine sarcoma identifica un gruppo molto eterogeneo di neoplasie rare (~1% dei tumori dell’adulto) (Xxxxxxxx et al., 2013). La rarità e l’elevata eterogeneità di questi tumori (>60 sottotipi) impattano negativamente sia sulla diagnosi che sulla prognosi. Infatti, ~40% delle diagnosi di sarcoma effettuate in centri non accreditati risulta erroneo o inaccurato, determinando scelte terapeutiche inappropriate. Questo è attribuibile in parte a scarsa esperienza, ma anche alla mancata complementazione della diagnosi morfologica con indagini molecolari (Xxxxxxxxxxx et al., 2011; Xxx-xxxxxxx et al., 2012; Italiano et al., 2016).

Anche i criteri convenzionali di stratificazione prognostica (TNM, grading) risultano poco efficaci nel contesto dei sarcomi. Sistemi di profiling molecolare (es CINSARC) sembrano meglio stratificare per rischio (Chibon et al., 2019), ma sono raramente applicati per complessità di esecuzione.

Se quindi da un lato esiste la necessità di attivare dei percorsi diagnostico-prognostici più accurati e

accessibili, dall’altro esiste la necessità di disporre di strategie terapeutiche che tengano conto del fatto che

il termine “sarcoma” non identifica una singola patologia, ma numerose entità biologicamente e clinicamente difformi. La terapia a base di antracicline rimane ad oggi l’approccio standard per le forme avanzate, ma la sopravvivenza a 5 anni è ancora insoddisfacente (Xxxxxxxx et al., 2013). Il paradigma one- size-fits-all è quindi decisamente inidoneo ed è mandatorio implementare approcci terapeutici più mirati.

In quest’ottica alcune nazioni, Francia in primis con NetSarc, hanno avviato programmi ad hoc per i sarcomi volti ad integrare ricerca e percorsi diagnostico-prognostico-terapeutici.

ACC e Italian Sarcoma Group (ISG) rappresentano i contesti ideali per operare questa declinazione in ambito italiano.

Risultati preliminari

Obiettivo Diagnostico

In oltre 100 casi di sarcoma è stata valutata sensibilità e specificità di diversi pannelli NGS (next generation sequencing) per la rilevazione dei trascritti di fusione con valenza diagnostico-prognostica nei sarcomi.

Approcci tipo “primer extension” (es: Xxxxxx, Qiagen) hanno dimostrato buone sensibilità, specificità e maggior praticità (ridotto hands-on time; semplificata analisi del dato; throughput adeguato) rispetto a pannelli di tipo “target enrichment” (es: Illumina). Sfortunatamente, i pannelli commerciali coprono un numero limitato di alterazioni rilevanti nei sarcomi ed hanno quindi parziale efficacia diagnostica.

Obiettivo Prognostico

Un’analisi preliminare su dati di trascrittomica di una serie in house (30 casi) ha supportato la capacità della signature CINSARC di discriminare tumori ad alto vs basso rischio. Dei 67 geni costituenti la signature, un subset ha mostrato un significativo differenziale di espressione (fold-change >4; p<10-6) tra le due categorie di rischio, rappresentando quindi un promettente “core” da validare.

Obiettivo Predittivo

Un esempio significativo di studio traslazionale condotto in collaborazione con ISG è lo studio GEIS32, che ha dimostrato l’efficacia terapeutica di pazopanib nel condrosarcoma mixoide extrascheletrico. Il profiling trascrizionale di 10 casi ha consentito di evidenziare una peculiare attivazione del pathway di VEGF e Notch nei casi responsivi (Xxxxxxxxxxx et al., 2019), ponendo quindi le basi quindi per una stratificazione predittiva, come sottolineato nell’editoriale dedicato (Xxxxx, 2019).

Referenze

- Xxxxxxxx CDM, Bridge JA, Hogendoorn P, et al. (eds).World Health Organization (WHO) Classification of Tumours of Soft Tissue and Bone. Pathology and Genetics. IARC Press: Xxxx, 0000.

- Xxxxxxxxxxx G, Xxxxx E, Xxxxxxx L, Xxxxxxxx MC, Xxx-Xxxxxxx I, Xxxx A, Xxxxxx U, Xxxxxxx A, Xxxxxxxx P, Xxxxx CR. A European project on incidence, treatment, and outcome of sarcoma. BMC Public Health. (2010)10:188.

- Ray-Coquard I, Xxxxxxxx MC, Xxxxxxx JM, Dei Tos AP, Xxxxxx A, Ranchère-Vince D, Xxxxxxxxx A, Decouvelaere AV, Xxxxxxxxx-Xxxxxxxxx S, Xxxxxx S, Xxxxxx P, Xxxxxxx D, Xxxxxxxxxx L, Xxxxx CR, Xxxx JY; Conticanet group. Sarcoma: concordance between initial diagnosis and centralized expert review in a population-based study within three European regions. Ann Oncol. (2012) 23:2442-9.

- Italiano A, Xx Xxxxx I, Xxxx J, Xxxxxxx G, Xxxxx N, Xxxxxxx L, Xxxxxx F, Xxxxxxx F, Xxxxxxx AC, Xxxxxxxx JP, Xxxxxxx F, Xxx M, Ranchère-Xxxxx D, Xxxxxxx P, Xxxxxxx S, Xxxxxxx JM, Pedeutour F. Clinical effect of molecular methods in sarcoma diagnosis (GENSARC): a prospective, multicentre, observational study. Lancet Oncol. (2016) 17:532-538.

- Chibon F, Xxxxxxxx T, Xxxxxxxx X, Le Guellec X. XXXXXXX signature as a prognostic marker for clinical outcome in sarcomas and beyond. Genes Chromosomes Cancer. (2019) 58:124-129.

- Stacchiotti S, Xxxxxxx S, Xxxxxxx A, Hindi N, Xxxxxxxxx E, Xxx Xxxxxxx MA, Xxxxxx AM, Xxxxxx PG, Xxxxxxxxx A, Xxxxx-Xxxxx A, Xxxxxxxx G, Xxxxxxxx A, XxXxxxx A, Xxxxxx S, Xxxx JY, Xxxxx N, Xxxxxxxx D, de Xxxxx E, Xxxxxxxx M, Xxxxxx C, Xxxxx S, Xxxxxxx GP, Xxxxxxxxx V, Xxxxxxxx C, Xxxxxx M, Xxxxxxxxx D, Maestro R, Xxxxxxx P, Xxxx J, Xxxxxx-Xxxxx X. Xxxxxxxxx for treatment of advanced extraskeletal myxoid chondrosarcoma: a multicentre, single-arm, phase 2 trial. Lancet Oncol. (2019) 20:1252-1262.

- Araki N. Fusion gene-oriented precision medicine in soft tissue sarcoma. Lancet Oncol. (2019) 20:1189-

1190.

- Brenca M, Stacchiotti S, Fassetta K, Xxxxxxxxx M, Janjusevic M, Xxxxxxxxx D, Xxxxxx M, Xxxxx S, Xxxxx S, Xxxxxxx GP, Xxxxxxx P, Xxxxxxx C, Xxxxxxx A, Xxxxxxx A, Xxxxx V, Xxxxxxxx MA, Xxxxx P, Xxxxxx PG, Dei Tos AP, Xxxxxxx S, Maestro R. NR4A3 fusion proteins trigger an axon guidance switch that marks the difference between EWSR1 and TAF15 translocated extraskeletal myxoid chondrosarcomas. J Pathol. (2019) 249:90- 101.

IRCCS coinvolti

1) CRO Aviano

2) IRE Roma

3) IOV Padova

4) IRCC Candiolo

5) INT Milano

6) OPBG Roma

7) IOR Bologna

8) IRST Meldola

9) Xxxxxxx Xxxxxx

Organizzazione dell’attività di rete

• Fondamentale sarà un’adeguata presenza all’interno del WG di figure rappresentative delle varie anime del progetto (ricercatore, patologo, clinico). Ogni IRCCS indicherà 2 referenti, un clinico/patologo ed un ricercatore esperti nel settore.

• I membri del WG potranno essere coinvolti in uno o più obiettivi, in funzione delle dotazioni strumentali e delle specifiche competenze.

• I partecipanti all’obiettivo diagnostico dovranno assicurare il profiling di almeno 12 casi entro 4 mesi dalla consegna del kit.

• Per ogni trial selezionato per l’obiettivo predittivo verrà individuato un referente preclinico con documentata esperienza nel settore.

• Analisi ed integrazione dei dati grezzi saranno effettuati dai referenti preclinici dei trial e dal segretario del WG.

• Si effettueranno periodiche web-conference per data sharing e discussione.

• I membri del WG si incontreranno annualmente in occasione dei meeting ACC e ISG.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obbiettivo generale

Obiettivo primario di questo progetto ACC è l’implementazione di una piattaforma molecolare che si interfacci con ISG per lo sviluppo di attività di diagnostica avanzata e ricerca traslazionale orientate al miglioramento della gestione dei pazienti affetti dai diversi istotipi di sarcoma.

Obbiettivi specifici

• Diagnostico: Sviluppo di un pannello custom per la rilevazione di trascritti di fusione, diagnostici in oltre 1/3 dei sarcomi. Questo obiettivo rappresenta la naturale evoluzione del precedente progetto di validazione di pannelli commerciali (vedi risultati preliminari).

• Prognostico: Identificazione di una signature prognostica “core”, estratta dalla signature CINSARC, implementabile nella routine diagnostica.

• Predittivo: Profiling molecolare di tumori inclusi in trial clinici ISG per l’identificazione di predittori di risposta e nuovi potenziali bersagli terapeutici.

Piano sperimentale

Obiettivo Diagnostico

Si propone di migliorare la performance del “pannello fusioni diagnostiche”, disegnando un pannello

custom di tipo “primer extension” con un numero maggiore di alterazioni a valenza diagnostico-predittiva

rispetto al pannello commerciale. Il pannello verrà validato su un centinaio di sarcomi di diverse istologie. Obiettivo Prognostico Una serie selezionata di sarcomi di diverso istotipo e adeguato follow-up clinico (~120 casi) verrà profilata mediante RNAseq profiling e DNA-CNV per valutare l’efficacia della signature CINSARC, e quindi arrivare all’ individuazione di una signature prognostica minima (“core”) che possa essere implementata nella routine diagnostica con approcci standard (es qRT-PCR). Allo scopo, oltre a casi in house, verranno inclusi anche casi in trial ISG (vedi sotto). La validazione potrà avvalersi anche di dati pubblici (es TCGA). Obiettivo Predittivo • Si propone di contribuire, tramite approcci di profiling molecolare (RNA, xxXXX, DNA-CNV, GERSOM), a 2-4 trial clinici ISG per l’identificazione di elementi predittivi di risposta e nuovi potenziali bersagli terapeutici. Il profiling verrà eseguito utilizzando protocolli e workflow già ottimizzati (Xxxxxx et al., 2019). La rarità dei sarcomi rende inattuabili studi su larga scala. Tuttavia lo studio citato sopra (Xxxxxxxxxxx et al., 2019) indica che elementi molecolari suggestivi di predizione di risposta possono emergere anche dall’analisi di serie contenute. • L’individuazione dei trial ISG sarà concordata con il direttivo ISG ed i coordinatori clinici degli studi. In questa fase progettuale si possono quindi solo suggerire trial suscettibili di approfondimenti traslazionali. Si citano, a titolo esemplificativo, lo studio di fase II sul condrosarcoma mesenchimale, lo studio EPISObs sul sarcoma epitelioide e lo studio ISG1001 sui sarcomi degli arti, trials che prevedono già una componente traslazionale dello studio finalizzata all’identificazione di nuovi marcatori molecolari di stratificazione. Obiettivi Specifici Anno 1 • Il primo anno sarà dedicato alla creazione della rete integrata ACC/ISG ed all’avvio del progetto, dopo la nomina formale per ogni istituto dei referenti clinici, patologi e/o preclinici che saranno attivamente coinvolti nel WG (1° trimestre). • Verrà organizzato un incontro tra rappresentanti dei vari centri coinvolti nel WG e verranno individuati i trial clinici ISG suscettibili di approfondimenti traslazionali nel xxxxx xxx xxxxxxxx (0x xxxxxxxxx) • Verranno effettuati gli adempimenti burocratici necessari (emendamento trial clinico ed eventuale approvazione da parte dei comitati etici, ecc) per l’implementazione dell’attività integrata ACC/trial clinici ISG (1°- 3° trimestre). • Nel frattempo, verranno iniziate attività di profiling per un inquadramento preliminare di istologie di sarcoma incluse in trial clinici ISG approvati che già prevedono una componente traslazionale: ISG STS 10.01; ISG-EPISObs; ISG-XXXXX 2. Si prevede di profilare per RNAseq almeno 20 casi e per xxXXX seq almeno 10 casi (3° trimestre). • Verrà dato avvio al disegno (1° trimestre) ed implementazione (3° trimestre) di un pannello custom (Pannello fusioni custom) che includa geni target di fusioni sarcoma-associate che sono assenti o sono rilevate con bassa efficienza nel pannello “sarcoma” commerciale già valutato. • Verrà implementato di un pannello per la rilevazione di mutazioni a carico dei geni del riparo del DNA (DDR) che potrebbero essere predittive di sensibilità a trattamenti combinati con PARP-inhibitors (3° trimestre) • Verrà avviata la generazione di modelli preclinici (PDX e zebrafish) di istologie tumorali incluse nei trial. Questi modelli serviranno alla valutazione preclinica dell’efficacia delle combinazioni terapeutiche oggetto dei trial, nuove combinazioni e alla validazione di ipotesi via via generate dagli studi di profiling (marcatori) (3° trimestre). Obiettivi specifici per centro – anno 1
	CENTRO	Attività	Nr analisi al 12/2020
	CRO Aviano	1) RNAseq (espressione e fusioni) profiling delle istologie incluse nei trial 2) xxXXX profiling delle istologie incluse nei trial 3) Contributo al disegno e validazione pannello fusioni custom	1) ≥ 20 casi 2) ≥ 10 casi 3) ≥ 3 casi

	IRE Roma	1) Centro coordinatore per il disegno di un pannello fusioni custom per la rilevazione di fusioni non comprese in Pannello Xxxxxx Sarcoma. 2) Reclutamento casi per avvio processo profiling molecolare (pre-validazione)	1) Disegno 2) ≥ 18 casi
	IOV Padova	Contributo alla validazione del pannello fusioni custom	≥ 3 casi
	IRCC Candiolo	1) Centro coordinatore per l’implementazione e pre-validazione di un pannello per lo studio dello status mutazionale dei geni del riparo del DNA (DDR) 2) Reclutamento casi per avvio processo profiling molecolare	≥ 12 casi
	INT Milano	1) Contributo alla validazione di un pannello per lo studio dello status mutazionale dei geni del DDR 2) Sviluppo di PDX da lesioni tumorali primarie di istologie incluse nei trial	1) ≥ 6 casi 2) ≥ 4 casi
	OPBG Roma	1) Sviluppo di PDX da lesioni tumorali primarie di istologie incluse nei trial (in collaborazione con IRE Roma) 2) Contributo alla validazione del pannello fusioni custom	1) ≥ 2 casi 2) ≥ 3 casi
	IOR Bologna	1) Sviluppo di PDX da lesioni tumorali primarie di istologie incluse nei trial 2) Contributo alla validazione del pannello fusioni custom	1) ≥ 2 casi 2) ≥ 3 casi
	IRST Meldola	1) Culture primarie 3 D, xenograft di zebrafish con screening di farmaci in istologie di sarcomi inclusi nei trials 2) Contributo alla validazione del pannello fusioni custom	1) risultati per 3 modelli 2) ≥ 3 casi
	Xxxxxxx Xxxxxx	1) Avvio della procedura di sviluppo di PDX da lesioni tumorali primarie di istologie incluse nei trial	>1 caso
Budget justification Design e pre-validazione pannello fusioni custom RNAseq e xxXXX seq profiling Materiali per esperimenti in vivo (PDX, zebrafish) ed in vitro (PCR, FISH ecc) Design e pre-validazione panello mutazioni DDR Partecipazione a meeting ISG e/o ACC Pubblicazioni Personale Servizi
WP9 – Tumori Ematologici (ACC WG ONCOHEMATOLOGY) Coordinamento: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dr. Xxxxxx Xxxxxxxxx Titolo: Costituzione di una Rete per lo Sviluppo della Medicina di Precisione e Trial Clinici Innovativi basati su “synthetic lethalities” nei linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule e nelle Leucemie Acute Mieloidi
Descrizione Gli obiettivi fondamentali del presente progetto sono: 1- la creazione di una rete ad alta tecnologia in campo ematologico, con focus su: a) linfomi non Hodgkin B Diffusi a Grandi Cellule (DLBCL); b) leucemie acute mieloidi (AML) per l’implementazione di una piattaforma per studi di medicina di precisione. 2- Studio di nuove strategie di “synthetic lethality” e immunoterapia in un piano di medicina di precisione per AML e DLBCL con disfunzione del pathway di p53. Razionale per un progetto unitario: 1-Il 40% dei DLBCL e il 50% delle AML sono incurabili. Le attuali terapie si basano su farmaci che determinano un accumulo “esogeno” di DNA damage (antracicline e analoghi purinici) (review in Derenzini et al, 2018). 2- Instabilità genomica, riprogrammazione metabolica e iperespressione di componenti della BCL-2 family in DLBCL e AML (Xx Xxxxxxx et al, 2013; Xxxxxxx et al 2003; Xxxxxxxx et al. 2019; Xxxx et al. 2012; Xxxxxx et al, 2018).

3- Disfunzione del checkpoint G1/S con alterazioni genomiche di TP53 come meccanismo fondamentale di resistenza alle attuali terapie e di riprogrammazione metabolica (review in Prokocimer et al. 2017; Xx Xxxx et al 2017; Xxxxxxxxx et al. 2015; Xxx et al. 2017)

Ipotesi: mutazioni/delezioni di TP53 inducono instabilita’ genomica determinando fenomeni adattativi [attivazione DNA damage response (DDR), overespressione di BCL-2, overespressione di neoantigeni] che possono rappresentare un possibile bersaglio terapeutico in strategie di “synthetic lethality”.

Risultati Preliminari

Dati preliminari prodotti in IEO e presentati al congresso ASH 2018 (Derenzini et al, ASH 2018) mostrano come i DLBCL abbiano elevati livelli di DNA damage spontaneo ossidativo. I livelli di fosforilazione dell’istone H2AX, un marker di DNA damage e stress replicativo, sono infatti elevati in un sottogruppo di DLBCL a cattiva prognosi e correlano con i livelli di 8-OHDG nucleare, un marker di danno ossidativo. Ciò suggerisce che il metabolismo cellulare possa avere un ruolo fondamentale nel favorire instabilità genomica. Inoltre linfomi a più elevato DNA damage ossidativo esprimono livelli significativamente più alti di BCL-2, implicando un possibile ruolo di BCL-2 come meccanismo adattativo allo stress ossidativo. Questi dati si basano su analisi di 2 casistiche indipendenti (tot=135 pazienti), e rappresentano un forte razionale per l’utilizzo combinato di farmaci che inibiscano la DNA damage response associati ad inibitori dei meccanismi antiapoptotici (es. inibitori di BCL-2 o MCL-1). Esperimenti in vitro e in vivo su modelli PDX confermano l’efficacia di questa strategia e mostrano come la risposta a queste combinazioni di farmaci sia indipendente dallo stato mutazionale di TP53.

Per quanto riguarda le leucemie acute mieloidi dati preliminari in vitro suggeriscono meccanismi similari, supportando l’implementazione di una strategia sperimentale e potenziali approcci terapeutici comuni tra DLBCL e AML.

Referenze

1- Alcalay M et al. Acute myeloid leukemia fusion proteins deregulate genes involved in stem cell maintenance and DNA repair. J Clin Invest 2003; 112:1751–1761.

2- Xxxxxxxx et al. Mubritinib Targets the Electron Transport Chain Complex I and Reveals the Landscape of OXPHOS Dependency in Acute Myeloid Leukemia. Cancer Cell. 2019 Jul 8;36(1):84-99.e8.

3- Xxxxx JS et al. Targeting DNA Repair in Cancer: Beyond PARP Inhibitors. Cancer Discov. 2017 Xxx;7(1):20-37.

4- Xxxx P et al. Metabolic signatures uncover distinct targets in molecular subsets of diffuse large B cell lymphoma. Cancer Cell. 2012 Oct 16;22(4):547-60.

5- Xx Xxxxxxx et al. DNA repair genes are selectively mutated in diffuse large B cell lymphomas. J Exp Med. 2013 Aug 26;210(9):1729-42.

6- Xxxxxxxxx E et al. Treating hematological malignancies with drugs inhibiting ribosome biogenesis: when and why. J Hematol Oncol. 2018 May 31;11(1):75.

7- Xxxxxxxxx E et al. Constitutive activation of the DNA damage response pathway as a novel therapeutic target in diffuse large B-cell lymphoma. Oncotarget. 2015 Mar 30;6(9):6553-69.

8- Xxxxxxxxx E et al. (2018). Integration of Nanostring Profiling and Functional Characterization of Oxidative and Replicative Stress Biomarkers Identifies Poor Prognosis MYC/BCL-2 Positive Diffuse Large B- Cell Lymphoma Subsets, Providing Opportunities for Precision Therapies. Blood. 132. 676-676. 10.1182/blood-2018-99-118329.

9- Ghelli Luserna Di Rorà A et al. The cell cycle checkpoint inhibitors in the treatment of leukemias. J Hematol Oncol 2017 Mar 29;10(1):77.

10- Xxx X et al. Tumor suppressor p53 and metabolism. J Mol Cell Biol. 2019 Apr 1;11(4):284-292.

11- PeriniGF et al. BCL-2 as therapeutic target for hematological malignancies. J Hematol Oncol. 2018 May 11;11(1):65.

Prokocimer et al. Dysfunctional diversity of p53 proteins in adult acute myeloid leukemia: projections on diagnostic workup and therapy. Blood 2017; Aug 10;130(6):699-712.

IRCCS coinvolti

Tutte le IRCCS potranno contribuire all’arruolamento dei pazienti e produzione dei dati nelle fasi 1 e 2 del progetto, secondo il proprio livello di esperienza (processazione tessuto, T-GEP/T-NGS, WES, scRNA-seq, metabolomica), e proporre disegni di trial clinici da discutere collegialmente.

IRCCS partecipanti:

1- Istituto Europeo di Oncologia, Milano 2- IRST, Meldola

3- XXXXX Xxxxxxxx

0- Xxx Xxxxxxxx, Xxxxxx

5- IRCCS Bambin Gesu’, Roma 6- CRO, Aviano

7- Regina Elena, Roma 8- INT, Milano

9- IRCCS Policlinico San Xxxxxxx, Genova 10- Istituto Xxxxxxx, Napoli

11- Xxxxxxxx Xxxxx XX, Bari 12- IRCCS Gemelli, Roma

13- IRCCS Arcispedale Santa Xxxxx Nuova, Reggio Xxxxxx 14- IOV, Padova

15- CROB, Rionero in Vulture 16- Humanitas, Milano

17- San Xxxxxxxx Xxxxxxx 18- Gaslini, Genova

Verrà organizzato un kick-off meeting di 1 giorno (entro 3 mesi), che sancirà l’inizio delle attività del WG. Sono prevedibili riunioni annuali del WG e conference calls periodiche (ogni 3 mesi) per attivare azioni correttive nel caso emergessero criticità.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Piano scientifico triennale

Date le attuali notevoli difficoltà nello sviluppo della ricerca indipendente in campo oncoematologico, la costituzione di un network ad alta tecnologia per lo sviluppo coordinato di trial innovativi è una priorità. Nel corso del triennio verrà creata una rete per il profiling molecolare integrato (per diagnosi e ricerca) mirata allo sviluppo coordinato di clinical trials “investigator initiated” e verrà condotto uno studio di profiling multi-omics mirato a definire possibili strategie di “synthetic lethality” nei linfomi non Hodgkin B aggressivi e nelle leucemie acute mieloidi con disfunzione del pathway di TP53. Verranno proposti clinical trials basati su inibizione della DDR +/- BCL-2 +/- immunoterapia.

Piano Sperimentale

A) Creazione di una rete di centri ad alta tecnologia.

1) Consensus su profilazione diagnostica di routine [inclusi pannelli di targeted gene expression profiling (T-GEP) (nanostring) e targeted next generation sequencing (T-NGS] con creazione di una rete ad alta tecnologia per la diagnosi e il trattamento di DLBCL e AML.

2) Database centralizzato per lo stoccaggio dei campioni e la raccolta dei dati clinici e di diagnostica molecolare.

Risultati Attesi: La creazione di una rete di questo tipo costituirà un riferimento in campo oncoematologico e un asset più appetibile nell’ottica della collaborazione con pharma companies per l’implementazione di trial clinici indipendenti “investigator initiated”.

B) Studio multi-omics su “synthetic lethalities” in DLBCL e AML con disfunzione di TP53.

1) Identificazione, con applicazione di metodiche diagnostiche comuni stabilite al punto A, di casi con TP53

mutation/deletion (mut/del) in DLBCL e AML, con o senza altre alterazioni specifiche.

2) Single Cell RNASeq (sc-RNASeq), whole exome sequencing (WES), Mass Spec Proteomics/Metabolomics di una discovery cohort di casi di DLBCL e AML con/senza TP53 mut/del:

- 40 DLBCL: 20 TP53 Mut/del [5 casi DLBCL GCB + 5 DLBCL ABC, diagnosi e relapse]; 20 TP53 wild type (WT) [5 GCB + 5 ABC, diagnosi e relapse].

- 40 AML 20 TP53 Mut/Del, (10 casi diagnosi e relapse); 20 TP53 WT (5 con alterazioni di FLT3, 5 FLT3 WT diagnosi e relapse)

3) Data integration e validazione su casistiche indipendenti con T-NGS e T-GEP (nanostring), anche in silico. Eventuali in vitro & in vivo models

4) Disegno di 2 studi clinici interventistici basati su strategie di “synthetic lethality” in DLBCL e AML con disfunzione di TP53.

Risultati attesi: identificazione e studio delle correlazioni tra disfunzione G1/S, DDR, espressione di geni antiapoptotici e immunechekpoints, come razionale per combinare inibizione della DDR, inibizione della BCL-2 family e immunoterapia in DLBCL e AML con disfunzione di p53.

C) Attività di ricerca in corso:

Studio su emopoiesi clonale nei pazienti precedentemente sottoposti a chemioterapia: “Valutazione del rischio di leucemia secondaria in pazienti guariti da tumore”. Principal investigators: Xxxxxxxxxx Xxxxxxx; Xxxxxx Xxxxxxx, Xxxxxxx Xxxxxxx

Xxxxxxxxxx specifici Anno 1

Attività 1: Kick off meeting in cui si discuterà:

1- consenso su utilizzo di pannelli genici condivisi per caratterizzazione di AML e DLBCL (T-NGS e T- GEP NanoString);

2- coordinamento tra centri per a) gestione dei campioni e privacy; b) attivazione coordinata dei vari comitati etici;

3- maggiore definizione del ruolo dei vari centri all’interno delle attività del WG;

4- implementazione del programma di caratterizzazione multi-omics di AML e DLBCL con alterazioni di TP53, stesura di protocolli condivisi per la preparazione dei campioni (WES, sc-RNAseq, mass spec metabolomics);

5- database centralizzato che integri dato clinico e biologico-molecolare.

Deliverables attività 1 (0-6 mesi): Attivazione dei comitati etici per studio omnicomprensivo, che copra le attività di tutto il triennio, entro primi 6 mesi. Consenso e stesura di protocolli condivisi per la processazione dei tessuti (0-6 mesi). Definizione pannelli genici T-NGS e T-GEP (0-3 mesi). Creazione database centralizzato 0-6 mesi.

Attività 2: Inizio attività di profiling T-NGS e T-GEP (NanoString) per DLBCL e AML, dal 6° al 12° mese. Le varie IRCCS con esperienza in T-GEP e T-NGS condurranno il lavoro in parallelo utilizzando gli stessi pannelli. FISH e citogenetica classica verranno utilizzate per valutare presenza/assenza di delezioni di TP53 in DLBCL e AML.

Deliverables attività 2 (6-12 mesi): N° casi potenziale/anno stimato per tutto il consorzio: DLBCL n= 280/anno; AML n= 70/anno. Dal 6° al 12° mese la rete inizierà arruolamento dei pazienti e porterà effettivamente a termine T-GEP e T-NGS di 30 casi di DLBCL e T-NGS di 10-15 casi di AML. Negli anni successivi ci attendiamo un input max di 100-120 casi/anno di DLBCL e 30-40/anno di AML.

Attività 3: Dal 6° mese test e quality check per scRNA-seq e metabolomica; Dal 9° mese: inizio reclutamento pazienti nello studio di profiling multi-omics.

Deliverables attività 3 (6-12 mesi): Dal 6° al 9° mese vi sarà una fase preliminare di test e quality check per ottimizzare la processazione dei tessuti per metodiche molecolari complesse come scRNA-seq e metabolomica che consentirà una maggiore efficienza di arruolamento nelle fasi successive. Dal 9° al 12 mese arruolamento di n= 5 DLBCL; 5 AML nello studio multi-omics.

Attività 4: Consensus su analisi bioinformatica di T-NGS e T-GEP tra i vari centri aderenti.

Deliverables attività 4 (0-12 mesi). Consensus su analisi bioinformatiche e test di cross validation (9-12 mesi). Generazione di dati su T-NGS e T-GEP e analisi preliminari su presenza di alterazioni del pathway di TP53. Quest’analisi servirà come iniziale screening per arruolamento dei pazienti nello studio di

caratterizzazione multi-omics.

Attività 5: Studio su emopoiesi clonale nei pazienti precedentemente sottoposti a chemioterapia. Deliverables attività 5 (0-12 mesi): studio già in corso a cui verrà destinata una parte del budget. Attualmente monocentrico IEO, con possibilità di estensione.

Budget justification

1- Attività istituzionale e Kick-off meeting. Spese atte a coprire le trasferte per i vari meeting delle IRCCS aderenti (n=18).

2- Biologia molecolare a scopo diagnostico di rete: implementazione delle metodiche T-NGS e T-GEP: processazione e invio + tests di ottimizzazione metodiche + 30 DLBCL & 10 AML profilati in T-NGS e T- GEP.

3- Per il piano sperimentale su AML e DLBCL con disfunzione di p53): scRNA-seq, WES, Mass Spect Metabolomics. Copertura per borsa (6-12 mese) per 2 bioinformatici. Eventuali esperimenti in vitro o in vivo non sono compresi nel budget in quanto non preventivabili a priori.

4- Supporto del progetto già in corso: “Valutazione del rischio di leucemia secondaria in pazienti guariti da tumore”.

WP10 – Genomica/Bioinformatica (WG ACC GENOMICS)

Coordinamento: Istituto Europeo di Oncologia, IRCCS, Milano, Dr. Xxxx Xxxxxxxxxx

Titolo: Tackling Unmet Needs in Cancer genomics. The UNIC program

Descrizione

La pubblicazione di vasti progetti di mappatura del genoma tumorale tramite sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha radicalmente modificato la nostra comprensione della biologia dei tumori, dei fattori di rischio genetici e delle alterazioni trattabili farmacologicamente. Tuttavia, nonostante la maggiore facilità di accesso alle metodiche NGS, l'Italia è tuttora uno dei pochi paesi industrializzati privo di un programma nazionale di mappatura delle alterazioni genetiche associate ai tumori. Questa carenza priva il paese di una importante fonte di informazioni su cui basare scelte di politica sanitaria, sempre più rilevanti per il crescente impatto degli approcci di medicina di precisione, come la reale prevalenza di pazienti suscettibili di specifiche terapie mirate o di programmi di prevenzione secondaria.

L’attività del WG genomics è stata mirata a promuovere l'implementazione di metodologie di analisi molecolare avanzata nella pratica clinica, previlegiando tecnologie sostenibili e facilmente inter-operabili in contesti clinici di ampio interesse, su patologie di elevata incidenza e mortalità. I progetti già avviati con tali finalità hanno consentito l'iniziale creazione di una infrastruttura nazionale di raccolta ed interpretazione dei dati strumentale per numerose altre attività di ACC.

Rimangono tuttavia insufficientemente esplorati numerosi contesti clinico-biologici in cui l'applicazione di tecnologie più avanzate di sequenziamento potrebbe consentire un incremento significativo della nostra comprensione di meccanismi clinicamente molto rilevanti, come quelli alla base di risposte complete e prolungate a trattamenti convenzionali o targeted (cosiddetti "long responders") o istologie estremamente rare, per cui non esistano sufficienti dati in letteratura per identificare alterazioni potenzialmente actionable.

Risultati Preliminari

1) Creazione infrastruttura centralizzata di condivisione dati genomici:

▪ definiti i termini e le procedure di scambio dati con l'ente fornitore del servizio

▪ sviluppato un sistema di LIMS nazionale per la gestione dei dati e dei campioni

▪ sviluppato un software di automazione delle analisi di qualità e di chiamata delle alterazioni ("bot curator").

2) ottimizzazione procedure analitiche

▪ identificata una procedura standardizzata di analisi (laboratoristica e bioinformatica) per i pannelli di sequenziamento ACC

▪ ultimato un software di chiamata del Tumor Mutational Burden (TMBler, presentato al SITC 2019 e il cui manoscritto e' in via di sottomissione)

3) co-coordinamento del progetto ACC lung:

▪ finalizzato il disegno e la validazione analitica del pannello di sequenziamento

▪ finalizzato il sequenziamento di ~50 campioni prospettici di tumori polmonari (presentato a WCLC 2019) 2

▪ arruolati ~283 pz a settembre 2019

4) partecipazione al progetto ACC melanoma

▪ finalizzato il sequenziamento di ~100 campioni retrospettivi di xxxxxxxx, in collaborazione col WG melanoma (presentato ad ASCO 2019)

5) GerSom

▪ finalizzato il disegno e la validazione analitica del pannello di sequenziamento, che integra regioni genomiche con utilità nella valutazione del rischio, della suscettibilità a terapie mirate e della biologia tumorale

▪ presentato il protocollo clinico, che prevede la valutazione genomica di 4000 pazienti con ca mammella, colon e ovaio

Referenze

1. Fancello L et al TMBler: a bioinformatic tool for measuring and optimizing Tumor Mutational Burden quantification from targeted sequencing panels SITC 2019, P99

2. Xxxxxxx X et al Expanding Access to Large-Scale Genomic Mutational Analyses for Patients with Advanced NSCLC in Italy, Journal of Thoracic Oncology 14(10):S381

3. Xxxxxxxxx I et al The ACC melanoma pilot project: “Real-world” evaluation of an NGS platform for molecular characterization of melanoma in Italy Journal of Clinical Oncology 37(15_suppl):e14600-e14600

IRCCS coinvolti

1) CRO

2) GPII Bari

3) HSR

4) Humanitas

5) IDI

6) IEO

7) IOR

8) IOV

9) IRE

10) Xxxxxxx

11) Meldola

12) Xxxxxxx

13) X. Xxxxxxx

14) S.G. Rotondo

15) USL RE

Per le attività di sequenziamento, è previsto un coinvolgimento dei singoli IRCCS a tre livelli, a seconda delle disponibilità tecnologiche locali:

1. sola preparazione del campione, estrazione del DNA/RNA, revisione istologica, eventuale spedizione. Tali attività verranno svolte da tutti i centri che hanno manifestato interesse (15). I centri che non sono dotati di tecnologia e/o expertise per le analisi di secondo livello contribuiranno con un numero maggiore di campioni

2. WES tumore+normale+RNAseq, per centri che abbiano almeno un Hiseq o un Nextseq

3. WGS tumore+normale. Verrà centralizzato per via del costo elevato e della particolare expertise richiesta, in essere solo in pochi centri fra cui il San Xxxxxxxx che ha dato piena disponibilità in merito.

4. Organizzazione del workshop, affidato all' Humanitas che ha dato disponibilita' in merito

5. Attività di raccolta dati, analisi bioinformatica centralizzata e coordinamento, affidata in prima battuta allo IEO

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Obbiettivo Generale

Identificazione e caratterizzazione molecolare di tumori ad alto interesse clinico-biologico.

Obbiettivi specifici:

• identificazione degli "unmet needs in cancer genomics" tramite expert consensus

• identificazione di criteri condivisi per la definizione di long responders/istologie rare

• sequenziamento retrospettivo di tumori long responders/istologie rare tramite Whole Genome Sequencing (WGS)/ Whole Exome Sequencing (WES) + RNAseq

• disegno e avvio di trial prospettici per raccolta ed analisi dei campioni

Piano Sperimentale

• organizzazione di un workshop per la definizione degli unmet needs

• disegno e presentazione di uno o più trial clinici prospettici di raccolta campioni (a partenza da fine 2020-inizio 2021)

• sequenziamento di 10 tumori long responders/istologie rare tramite Whole Genome Sequencing (WGS) + RNAseq

• sequenziamento di 80 tumori long responders/istologie rare tramite Whole Exome Sequencing (WES) + RNAseq

• continua ottimizzazione di pipeline, mediante:

o sviluppo di routine centralizzate e automatizzate

o sviluppo o perfezionamento di pipeline per quantificazione di parametri complessi (TMB, HRD, mutational signatures, copy number, translocations, etc)

• comparazione o creazione di applicativi software appropriati per la gestione pseudonimizzata dei campioni e dei dati personali (evoluzione degli attuali sistemi di LIMS)

• popolazione di un registro mutazionale nazionale, con adeguati strumenti di query (attività in continuità con le attuali attività del WG)

• creazione di un "knowledge database" italiano (attività in continuità con le attuali attività del WG)

Budget justification

• Xxxxxxxxxxxx xxx xxxxxxxx, xxxxxxxxxx xxx XXX/XXX, revisione istologica, spedizione WES tumore+normale+RNAseq

• WGS 50x tumore+normale

• Personale (vioinformatico dedicato al progetto)

• Organizzazione del workshop

• Viaggi per 2 riunioni annuali

• Pubblicazioni

WP11– Anatomia Patologica e Biobanche (WG ACC PATHOLOGY & BIOBANKING)

Coordinamento: Istituto di Candiolo, FPO, IRCCS, Dr.ssa Xxxxxxxx Xxxxxxx

Titolo: Standardizzazione della fase preanalitica in anatomia patologica per una patologia sperimentale di qualità

Descrizione

Per garantire i risultati della ricerca biomedica su campioni biologici non è sufficiente utilizzare tecnologie avanzate o test di ultima generazione, ma occorre operare a garanzia della qualità dei campioni analizzati. I tessuti umani possono subire alterazioni nei loro costituenti fondamentali durante le fasi di prelievo, specialmente quando si tratta di campioni ottenuti con la chirurgia (Neumeister & Xxxx 2018). Il successivo trasporto dei tessuti freschi ai laboratori di Anatomia Patologica (AP), sia per biobancaggio sia per le procedure di fissazione, può essere eseguito con metodiche di preservazione sottovuoto a bassa

temperatura (Annaratone et al 2019), purché siano garantite le condizioni ottimali. La fissazione del campione in formalina è un momento critico per la conservazione degli acidi nucleici e delle proteine e agire abbassando la temperatura di fissazione (cold fixation) può nettamente migliorarne la preservazione (Xxxxxxxxx et al, 2011).

In parallelo è importante aumentare l’educazione al biobancaggio di campioni biologici di diverso tipo per essere competitivi in ambito internazionale e quindi definire le procedure idonee per tale attività (Grizzle et al, 2010).

Infine, la produzione di una banca di immagini digitali dei campioni istologici e immunoistochimici sta diventando cruciale per lo sviluppo di analisi computazionali e di intelligenza artificiale per ottenere dati diagnostici, prognostici e predittivi anche combinati con analisi genomiche (Xxxxxx et al, 2016).

Risultati Preliminari

1. Abbiamo recentemente dimostrato che la cold fixation (fissazione in formalina a 4°C) supera la fissazione in formalina a temperature ambiente nel garantire la qualità del DNA. Questo dato è particolarmente evidente sui tessuti di archivio. Il dato di migliore conservazione dell’RNA è stato riportato in precedenza (Xxxxxxxxx et al, 2011).

A B

Figura 1. A) QC score più bassi si osservano in campioni di DNA estratti da tessuti fissati in formalina a temperatura ambiente (nero) rispetto a quelli corrispondenti a DNA estratto da fissati in formalina a 4°C (grigio). B) Ri-estrazione del DNA dopo 6 mesi: i QC score dei DNA estratti dopo 6 mesi da campioni fissati in formalina sono significativamente più bassi rispetto ai QC score dei DNA estratti al momento della fissazione. Nessuna differenza statisticamente significativa si osserva invece per i campioni fissati con formalina a 4°C.

2. Xxxxxxx partecipato come ACC a un progetto Europeo per IMI2 - Call 18 (ID: H2020-JTI-IMI2-2019-18- two-stage): "Central repository of digital pathology slides to support the development of artificial intelligence tools" (xxxxx://xxx.xxx.xxxxxx.xx/xxxxx-xxxxxxx/xxxx-xxxxx/xxx0-xxxx-00).

3. Per il gruppo di lavoro specifico su Biobanche abbiamo preso contatti con esperti del settore: Xxxx. Xxxxxx Xxxxxxxx, Dr.ssa Xxxxxxx Xxxxxx, Prof.ssa Xxxxx Xxxxxx Xxxxxxx, Dr. Xxxxxxxx Xxxxxxxxxx a cui si prevede di affidare l’organizzazione del braccio “biobanche”.

Referenze

- Annaratone L, Marchiò C, Xxxxxx X. Xxxxxxx under-vacuum to overcome suboptimal preservation. N Biotechnol. 2019;52:104-109. doi: 10.1016/j.nbt.2019.05.007.

- Bussolati G, Annaratone L, Xxxxxx E, D'Armento G, Sapino A. Formalin fixation at low temperature better preserves nucleic acid integrity. PLoS One. 2011;6(6):e21043. doi: 10.1371/journal.pone.0021043.

- Grizzle WE, Xxxx WC, Xxxxxx KC. Issues in collecting, processing and storing human tissues and associated information to support biomedical research. Cancer Biomark. 2010; 9(1-6): 531–549. doi: 10.3233/CBM-2011-0183

- Neumeister VM, Xxxx X. Tumor Pre-Analytics in Molecular Pathology: Impact on Protein Expression and Analysis.Curr Pathobiol Rep. 2018;6(4):265-274. doi: 10.1007/s40139-018-0179-5.

- Savage RS, Xxxx X. Predicting chemoinsensitivity in breast cancer with ’omics/digital pathology data fusion. R Soc Open Sci. 2016;3:140501. doi: 10.1098/rsos.140501.

IRCCS coinvolti

1) Besta

2) Candiolo

3) CRO

4) CROB

5) Gaslini

6) Gemelli

7) GPII Bari

8) HSR

9) Humanitas

10) IDI

11) IEO

12) INT

13) IOR

14) IOV

15) IRE

16) Xxxxxxx

17) Meldola

18) Mondino

19) OPBG

20) Xxxxxxx

21) S. De Bellis

22) X. Xxxxxxx

23) S.G. Rotondo

24) SDN

25) USL RE

L’attività sarà coordinata da FPO-IRCCS che effettuerà:

• coordinamento e supporto tecnico per gli altri IRCCS per procedure di fissazione a freddo e se necessario corsi educazionali per i tecnici di laboratorio

• nei primi 6 mesi un censimento di tecnologie di imaging ad oggi disponibili nelle AP di ACC (o previste nell’anno 2020)

Questa prima fase è fondamentale per poter organizzare le attività in maniera organica ed è dettata:

• dalla recente costituzione del WG

• dalle caratteristiche del WG stesso, che non è focalizzato su una patologia ma piuttosto abbraccia in maniera trasversale i WG ed è funzionale alla buona riuscita delle analisi molecolari previste dal WG genomics e da singoli WG patologia-correlati.

Seguirà l’organizzazione delle attività presso gli IRCCS e si disegnerà un piano di attivazione delle attività per gli IRCCS secondo una timeline disegnata sulle risorse disponibili presso gli IRCCS.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Piano Scientifico triennale

L’Obbiettivo generale è ottenere campioni biologici di qualità ottimale uniformando i protocolli di preservazione dei campioni tissutali per indagini molecolari e le procedure di biobancaggio. Inoltre si intende lavorare al fine di massimizzare l’utilizzo di dati ottenibili dai campioni tissutali, creando un repository di immagini digitali di ACC.

A) Introduzione della fissazione a freddo in AP

In tutti gli IRCCS che aderiscono al progetto Xxxxxx si procederà al campionamento della lesione tumorale da fissare in formalina a 4°C. Il campione chirurgico dovrà pervenire in Anatomia Patologica a fresco (in contenitori o buste sottovuoto).

Il campionamento avverrà secondo i protocolli stabiliti dalle linee guida. Il patologo effettuerà un prelievo (spessore: 5 mm) sulla lesione tumorale e sulla controparte normale, entrambi trasferiti in biocassette immediatamente immerse in formalina neutra tamponata (4% concentrazione finale) pre-raffreddata a 4°C. Seguirà:

1) fissazione in formalina a 4°C (20h-24h);

2) disidratazione in etanolo 95% pre-raffreddato a 4°C (max 4h);

3) inserimento delle inclusioni in processatore automatico evitando lo step in formalina ed il primo passaggio in etanolo 95%;

4) inclusione in paraffina;

5) taglio, allestimento colorazioni, consegna dei preparati cold fixed e standard fixed al patologo.

Si effettuerà infine l’estrazione del DNA ed RNA dai prelievi e l’analisi di QC per valutare l’integrità degli acidi nucleici (DEPArray FFPE QC Kit-Menarini e Bioanalyzer). L’estrazione dell’RNA avverà con sistema Xxxxxxx di Promega, secondo dati preliminary ottenuti dal WG Colon in collaborazione con il WG Genomics (Prof. Xxxx Xxxxxx).

B) Digitalizzazione dei campioni

FPO-IRCCS sarà centro coordinatore della scannerizzazione nella prima fase del progetto procedendo poi a una diffusione capillare della scannerizzazione secondo il censimento delle tecnologie di imaging delle AP di ACC effettuato i primi 6 mesi. La completa digitalizzazione dei campioni raccolti sarà fondamentale per una più agevole revisione dei preparati, valutazione della cellularità e dello stroma tumorale, e non da ultimo possibilità di proporre agli IRCCS di partecipare a progetti di “artificial intelligence” nell’ambito della digital

pathology. ACC dovrà progettare la costituzione di un repository in cui le immagini possano essere

conservate.

C) Organizzazione del gruppo Biobanche

Censimento della struttura delle diverse biobanche afferenti agli IRCCS secondo questionario del Ministero della Salute, coordinato da esperti del settore.

Obbiettivi specifici Anno 1

a. Organizzare la raccolta dei campioni a fresco per la fissazione a freddo.

b. Validare la qualità di DNA e RNA dei campioni tissutali fissati in modo “standard” e “a freddo” dello studio Gersom, anche in collaborazione con il WG Genomics.

c. Eseguire un censimento delle tecnologie di imaging.

d. Attivare il gruppo delle biobanche con esperti nazionali del settore per guidare al processo di certificazione.

Attività 1: Organizzare la raccolta dei campioni a fresco per permettere la fissazione a freddo

Descrizione: L’introduzione della metodica comporta una ricognizione a livello di tutti gli Istituti dell’organizzazione della fase pre-analitica nelle AP degli IRCCS. Ciò è propedeutico ad organizzare ed armonizzare il workflow dei campioni che saranno oggetto dello studio Gersom. L’attività sarà espletata dal Segretario per via telematica/telefonica dialogando con i responsabili delle AP e con i referenti del WG per singolo Istituto. Seguirà condivisione del protocollo della fissazione e freddo con eventuale supporto tecnico da parte del centro coordinatore. Si identificheranno i clinici interlocutori nell’ambito dello studio Gersom per ciascun istituto che dovranno segnalare l’inserimento dello specifico paziente nello studio in maniera che l’anatomopatologo possa essere pre-allertato dell’arrivo del pezzo operatorio per il campionamento a fresco da sottoporre a fissazione a freddo.

Deliverables:

- Descrizione criticità di ciascuna anatomia patologica e identificazione dei clinici interlocutori nell’ambito dello studio Gersom, 3mo

- Condivisione del protocollo di fissazione a freddo, 6mo

- Raccolta di un terzo dei campioni stimati dai vari IRCCS, 9-12mo

- Estrazione DNA/RNA da coppie di campioni FFPE (fissazione a freddo e fissazione standard), mo12

- Valutazione della frammentazione di DNA e RNA in coppie di campioni FFPE, mo12

Attività 2: Attività di Digital Pathology

Descrizione: Allo scopo di preparare le Anatomie Patologiche ad essere coinvolte in progetti che prevedano l’utilizzo di immagini istopatologiche dinamiche si provvederà ad effettuare un censimento degli strumenti correlati all’attività di scannerizzazione dei vetrini istologici presenti in ciascun istituto. Questo sara1 anche propedeutico ad eseguire negli anni successivi la digitalizzazione dei campioni inseriti nello studio Gersom. Deliverables:

- Elenco dettagliato delle tecnologie di imaging, individuazione referenti della digital pathology nei singoli IRCCS, mo3

- Identificazioni delle specifiche aree di expertise e delle attività di digital pathology ad oggi in atto negli IRCCS, mo3-6

Attività 3: Attivazione gruppo biobanche

Descrizione: Per poter effettivamente iniziare una attività correlata alla qualità delle Biobanche e alla loro certificazione si identificheranno degli esperti del settore a cui affidare un sottogruppo di lavoro specifico. Deliverables: Kick-off del gruppo di lavoro specifico, raccolta di adesioni da parte di patologi e biologi molecolari, mo3

Budget justification

Il budget verrà allocato secondo la numerosità prevista dall’arruolamento nello studio Gersom per la parte relativa alla fissazione e freddo. I centri che non aderiscono per ora allo studio Gersom (focalizzato a

carcinoma del colon, carcinoma dell’ovaio, carcinoma della mammella) non saranno coinvolti in tale

attività.

Il centro coordinatore si farà carico per il primo anno di effettuare l’estrazione di DNA e RNA dai campioni raccolti e l’analisi di frammentazione di DNA e RNA, coordinandosi anche con gli altri WG coinvolti nello studio Gersom. Il budget del centro coordinatore prevederà anche un costo di servizi per organizzare la spedizione dei campioni.

Ogni AP dei singoli IRCCS aderenti al WG riceverà:

1) una quota per la raccolta dei campioni con fissazione a freddo (campioni previsti dai singoli Istituti per lo studio Gersom in tabella 1, numerosità stimata per anno);

2) una quota per missioni (partecipazione a riunioni di avanzamento lavori del WG).

WP12– Radiomica (ACC WG RADIOMICS)

Coordinamento: Fondazione Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxx, IRCCS, Roma, Dr. Xxxx Xxxxxxxx

Radiomics in rEctal Cancer real wORld Data - RECORD Study: Sviluppo e validazione di modelli radiomici con “real world data” nel tumore del retto localmente avanzato

Descrizione

La radiomica consiste nell’analisi quantitativa di bioimmagini, realizzata attraverso specifici software in grado di estrarre features dalla regione oggetto dell’analisi.

Questa metodica di analisi si colloca tra le più moderne scienze omiche, rappresentando una significativa innovazione nel processo decisionale oncologico, verso la personalizzazione dei trattamenti oncologici multimodali (Lambin et al., 2012).

La radiomica può essere applicata con successo alla predizione di out come clinici (come la overall survival o la probabilità di risposta ad un determinato trattamento) o alla caratterizzazione tissutale della regione d’interesse in esame, ivi compresi i suoi aspetti genomici (radiogenomica).

In questo contesto, le neoplasie del retto rappresentano un promettente campo di applicazione delle tecniche radiomiche, ma nonostante i risultati positivi riportati in letteratura, gli studi sinora prodotti risentono di numerosi bias, sia di disegno che relativi alla metodica d’analisi (Dinapoli et al., 2016).

Nello specifico:

• dimensioni del campione in esame ridotte (raramente sopra i 150 pazienti)

• analisi delle immagini realizzata con software non aderenti alle iniziative di standardizzazione internazionali (Zwanenburg et al., 2019).

• modellistica sviluppata su coorti generalmente monocentriche, con significativa limitazione della riproducibilità dell’analisi e riduzione dello score TRIPOD per modelli predittivi (Xxxxxxx et al., 2015).

Uno studio multicentrico basato sull’uso di “real world data” sarà pertanto un’utile occasione di indagine radiomica e consentirà di valutare il peso clinico e traslazione dei modelli radiomici esistenti.

Si prevede inoltre l’avvio di un progetto volto al Controllo di Qualità Interno ed Esterno in teleradiologia per Servizi di Diagnostica per Immagini coordinato dal IRCCS SDN.

Razionale: Un monitoraggio di qualità che identifichi la % di errore è indispensabile al fine di determinare appropriatezza, qualità̀ dei dati, accuratezza dell'interpretazione, appropriatezza della valutazione, sicurezza con la quale le prestazioni di diagnostica per immagini vengono erogate. Un metodo valido, sostenibile ed accessibile per garantire un controllo di qualità a distanza sulle prestazioni è la teleradiologia,

già utilizzata per la fornitura di servizi sanitari quali teleconsulto, la second opinion, e telegestione. Il monitoraggio non può essere eseguito per ogni prestazione ma dovrebbe essere effettuato almeno nel 20% del volume di prestazioni annue di quel Servizio. Richiedere un programma di CQE rappresenta un valore aggiunto che potrebbe incrementare la qualità dei risultati.

Al fine di erogare in servizio di controllo di qualità in telemedicina è indispensabile disporre di un Pool di professionisti Radiologi e Medici Nucleari formati, qualificati e competenti che vengono reclutati in base alla qualifiche professionali, esperienze lavorative precedenti documentate non inferiori a 10 anni, volumi di prestazioni annue a seconda della superspecializzazione (es:un radiologo che supervisiona una

mammografia deve aver refertato almeno 300 mammografie/anno nei tre anni precedenti a quello del

ingaggio); il volume delle prestazioni/annue di un professionista radiologo/medico nucleare è di norma inversamente proporzionale all'errore nella diagnosi.

Per i Servizi di Diagnostica per Immagini, siano essi pubblici, privati, convenzionati, ospedalieri o territoriali l’adesione a programmi di monitoraggio della qualità (CQI -CQE) prevede l’impegno di risorse più o meno ingenti, pertanto, è legittimo che ciascuna Struttura possa richiedere di aderire al programma CQI/CQE per il monitoraggio degli esiti attesi in relazione al tipo di struttura, con il grado di qualità che esse desidera e per il benchmarking con organizzazioni simili allo scopo di indirizzare i miglioramenti di sistema

• - Livello Accademico

• - Livello Emergenza/Urgenza

• - Livello Territoriale

Sono molteplici ed intuitive dal momento che è Impensabile che il CQE possa essere garantito dall’interno sia per un problema di obiettività di chi dovrebbe controllare (colleghi di lavoro) sia soprattutto perché nella maggior parte delle realtà del Paese all’interno di un Servizio di Diagnostica. Non esistono le superspecializzazioni, che rimangono il requisito fondamentale per il CQE (es. la RM del cranio deve essere revisionata da un neuroradiologo etc).

1. Consapevolezza, largamente condivisa, che indagini soggettive sulla “soddisfazione” del paziente siano meno attendibili ed informative rispetto alle indagini oggettive sull’“esperienza”, cioè su ciò che il paziente ha sperimentato realmente (il ritorno di immagine di un esame errato è disastroso).

2. Coperture assicurative più basse per i professionisti e le strutture che operano all’interno di procedure di CQE.

3. Approccioampiamenteaccettatocheconsentemisurazionidiqualitàdaeseguire nella pratica di routine, attraverso il riconoscimento di risultati osservati e nell'identificazione di adeguate misure correttive.

4. Oggettività della revisione.

5. La valutazione della discrepanza si basa su peer indipendenti in cieco.

Il modello creato permette di realizzare una peer review al fine di monitorare gli errori e passare dal semplice conteggio degli errori e alla prevenzione degli stessi.

Risultati preliminari

Le neoplasie rettali localmente avanzate sono state recentemente oggetto di vari tipi di analisi, rivolte alla predizione di risposta al trattamento chemioradioterapico (CRT) ed alla sua caratterizzazione tissutale (Xxxxxxxx et al., 2018; Xxxxxxxx et al., 2018; Dinapoli et al., 2018). Più specificatamente:

- Predizione di pCR in 221 pazienti con validazione esterna : AUC 0.75 (Xxxxxxxx et al., 2018).

- Predizione di pCR con features frattali in 178 pazienti con validazione esterna : AUC 0.79 (Xxxxxxxx et al., 2018).

- Hypothesis generating study per predizione di cCR attraverso metodiche di delta radiomics (Xxxxxxxx et al., 2018).

- Predizione stato mutazionale RAS mediante tecniche di radiogenomica con sensibilità, specificità ed accuratezza pari a 84%, 80%, and 81.7%, rispettivamente (Oh et al., 2019).

- Studi metodologici d’integrazione di variabili radiomiche in modelli decisionali modulari (Xxxxx et al., 2018).

IRCCS coinvolti

1. Ospedale San Xxxxxxxx IRCCS (Milano)

2. Istituto Nazionale Tumori Fondazione Xxxxxxx (Napoli)

3. FPO IRCCS (Candiolo)

4. Centro di Riferimento Oncologico (Aviano)

5. Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (Meldola)

6. Azienda XXX-XXXXX xx Xxxxxx Xxxxxx (Xxxxxx Xxxxxx)

0. IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center (Milano)

8. Istituto Europeo di Oncologia (Milano)

9. IRCCS SDN (Napoli)

Sono identificate 2 tipologie di centro all’interno dello studio: coordinatore e partecipante. Sarà richiesto ai centri partecipanti di:

• Identificare in modo retrospettivo Pazienti affetti da neoplasie del retto localmente avanzate sottoposti a trattamento CRT neoadiuvante.

• Esportare le immagini selezionate (dicom) e segmentare la neoplasia (Gross Tumor Volume, GTV)

• Inviare le immagini anonime per l’analisi ed i dati clinici anonimi per la creazione del modello

Il centro coordinatore eseguirà l’analisi radiomica centralizzando le immagini e suddividendo il campione in training e validation set (attraverso metodiche di random selection).

Tutte le operatività saranno eseguite previa anonimizzazione dei dati e in ossequio alle linee guida prodotte dalla commissione ACC GDPR.

Obiettivi e Risultati attesi/deliverables

Piano Scientifico triennale

Obiettivo principale del piano scientifico è realizzare modelli predittivi per outcome clinici basati sull’analisi radiomica di esami di Risonanza Magnetica di stadiazione in pazienti affetti da neoplasie del retto localmente avanzato.

L’attività di ricerca sarà realizzata nell’arco di un triennio, e più specificatamente:

• Nel corso del primo anno saranno portati avanti la mappatura completa della casistica disponibile presso i centri partecipanti e la sua completa anonimizzazione.

Sarà poi realizzata l’architettura informatica per data uploading ed exchange, utilizzando un framework web based e storage informatico protetto, grazie al coinvolgimento dell’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN).

• Nel secondo anno di ricerca si procederà all’estrazione delle features radiomiche attraverso la piattaforma MODDICOM e le stesse saranno correlate alle variabili cliniche considerate.

• Il terzo anno sarà invece dedicato al completamento all’analisi degli obiettivi secondari.

E’ previsto un totale di circa 1000 Pazienti ed è previsto l’ingresso di altri centri al secondo e terzo anno di attività dello studio.

Obiettivi primari

• Realizzazione di un modello predittivo di risposta patologica completa (pCR).

• Realizzazione di un modello predittivo di Overall Survival (OS) a 2 e 5 anni.

• Realizzazione di un modello predittivo di Metastasis Free Survival (MFS) e loco-regional control (LRC) a 2 e 5 anni.

Il raggiungimento degli obiettivi primari prefissati rappresenta un importante strumento traslazionale nella modulazione dei trattamenti personalizzati e nel management multimodale del paziente affetto da neoplasie del retto localmente avanzato.

La predizione della risposta patologica completa conseguente a trattamento neoadiuvante (che attualmente si attesta a circa il 15-20%) consentirebbe di modulare il trattamento stesso ottimizzando le strategie di preservazione d’organo (“organ sparing”), con evidenti benefici in termini di qualità della vita del paziente, riduzione delle tossicità e contenimento della spesa sanitaria.

Parimenti significativi, sono i benefici attesi dalla predizione di variabili cliniche quali LRC, MFS e OS. La conoscenza di questa variabili ha infatti immediate ricadute assistenziali, soprattutto nel planning degli esami di follow up in termini di frequenza ed intensità, argomento tuttora oggetto di dibattito.

Raccolta dati imaging

• Image test pre-upload: sono richieste immagini di risonanza magnetica con campo 1.5 T (con requisiti tecnici minimi: sequenza T2/ T2HR con pixel spacing inferiore a 0.76 mm). Dataset campione saranno inviati al centro coordinatore per test pre analisi: per ogni centro partecipante sarà prodotto un report di

conferma.

• Contornazione ed upload anonimizzato delle immagini: le neoplasie dovranno essere segmentate mediante software suggeriti dal centro coordinatore. Una volta segmentate, le immagini saranno caricate sul server INFN.

Raccolta dati clinici

• Raccolta CRF comprendenti : età, sesso, cTNM, pTNM, tipo di trattamento neoadiuvante eseguito, OS a 2 e 5 anni, MFS e LC a 2 e 5 anni, DFS a 2 e 5 anni, grading su biopsia e patologico e stato mutazionale RAS e MSI.

Estrazione delle features radiomiche

• Tutte le features radiomiche saranno calcolate mediante piattaforma MODDICOM e testate differenti livelli di discretizzazione (Dinapoli et al., 2015).

Tali parametri quantitativi si suddividono in diverse classi: features statistiche; morfologiche; texturali; frattali.

Le features saranno calcolate secondo ontologie validate dalla International biomarker standardisation initiative e dal Radiomics Quality Score (Zwanenburg, 2016), (Xxxxxx et al., 2017)

Modellizzazione predittiva con correlazione features radiomiche-variabili cliniche

Obiettivi secondari

• Realizzazione di classificatori radiogenomici (RAS,MSI)

• Realizzazione di un classificatore di grading istologico

• Realizzazione di modellistica “field strenght independent” (1.5 versus 3 T)

• Realizzazione di un modello di autosegmentazione delle neoplasie rettali basato su CNN.

Obiettivi specifici Anno 1

Centro coordinatore

Fondazione Policlinico Universitario “X. Xxxxxxx” IRCCS

• Descrizione attività 1: Stesura del protocollo multicentrico definitivo e sottomissione al Comitato Etico del centro coordinatore.

Deliverable: Mese 3 Stesura del protocollo multicentrico;

Mese 6 Validazione del protocollo da parte del Comitato Etico

• Descrizione attività 2: Implementazione architettura sistema di anonimizzazione e upload delle immagini per analisi radiomica per upload su server protetto INFN e/o distributed radiomics. Un referente per centro partecipante riceverà le credenziali per l’upload completamente anonimo delle immagini e delle informazioni cliniche sul database.

Deliverable: Mese 6 Implementazione software anonimizzazione e upload immagini.

Mese 9 Completamento test tecnici di compatibilità con tutti i centri aderenti e produzione

di report scritto

• Descrizione attività 3: Ottimizzazione tecnica della piattaforma d’analisi radiomica MODDICOM.

Deliverable: Mese 12 Release versione ottimizzata MODDICOM

• Descrizione attività 4: Segmentazione ed upload prima coorte di pazienti anonimi sull’apposito sistema informatico e relativa verifica

Deliverable: Mese 12 Verifica upload completo della prima coorte di pazienti anonimizzata

Budget justification

Centro coordinatore

- Borsa a progetto per Project manager-image scientist

- Studio preliminare di fattibilità tecnica su imaging RM vendor-independent a campione con produzione di report per singolo centro partecipante

- Modifiche ed ottimizzazione piattaforma MODDICOM per adeguamento a caratteristiche dicom in esame

- Realizzazione software in web service per upload e anonimizzazione di file dicom collegata al CRF con connettore server INFN (GDPR approved)

- Verifica ed assistenza upload anonimizzato

- Segmentazione e upload prima coorte di pazienti anonimi

- Spese di viaggio e meeting

- Spese di pubblicazione

Centro partecipante

- Segmentazione e upload prima coorte di pazienti anonimi (vedi budget allegato per singolo centro)

- Spese di viaggio e meeting (fisse)

Avvio progetto Controllo di Qualità Interno ed Esterno in teleradiologia per Servizi di Diagnostica per Immagini: Personale e Missioni

Gantt chart

WP	Milestone	Mese
		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10
WP1	Formazione
	Meeting ACC
WP2 Mammella	Stesura del protocollo
	Stesura delle SOPs per la raccolta del materiale biologico.
	Individuazione della CRO di riferimento con la quale si procede alla stesura del protocollo e delle procedure operative, ed al completamento degli adempimenti burocratici finalizzati alla presentazione ed approvazione dello studio presso il Comitato Etico del centro coordinatore e la presentazione dello studio ai
	Stesura delle schede raccolta dati elettroniche (eCRF) della procedura di randomizzazione elettronica e della piattaforma web in collaborazione con la CRO.
	Attivazione del centro coordinatore e avviamento per l’apertura degli altri centri.
	Arruolamento dei pazienti presso il centro coordinatore.
WP3 Glioblastoma	Stesura e approvazione del protocollo per l’ottenimento di CSF da pazienti neuro-oncologici durante anestesia immediatamente prima dell’intervento neurochirurgico.
	Raccolta dei campioni: CSF da pazienti neuro-oncologici che richiedono rachicentesi diagnostica o in anestesia.
	Ottimizzazione delle tecniche di estrazione e conservazione del DNA ottenuto.
	Disponibilità di campioni di EV-DNA paralleli CSF-plasma (n ≥ 10).
	Analisi di n ≥3 trio di tumori/CSF/linfociti (DNA costitutivo) sul pannello gliomi 2.0.
	Analisi di 2 coppie di GBM su pannello GerSom e WES.
	Analisi di 2 coppie di GBM CSF/EV (n ≥2).
	Dati RNA libero o in EV su linee di GBM-GSC (n ≥2).
WP4 Colon	Documento condiviso con definizione dettagliata della partnership e della casistica oggetto di studio per il primo anno e per il triennio.
	Documento condiviso con SOPs per la filiera analitica.
	Report con i risultati di QC dell’estrazione di DNA e RNA per 50 campioni di CRC, inclusi campioni utilizzati per validazione analitica multicentrica.
	Elenco dei 65 profili di sequenziamento DNA e RNA generati per 65 campioni di CRC, inclusi i campioni di validazione analitica multicentrica.
	Documento con i risultati del QC bioinformatico sui dati di sequenziamento mutazionale, sWGS e RNA-seq, e analisi della riproducibilità fra centri dei campioni di benchmarking.
WP5 Melanoma	Generazione di OTS da lesioni di melanoma metastatico mediante tecnica hanging drop o su matrigel o su idrogel di nuova sintesi.
	Generazione di strutture tridimensionali dinamiche, basate sull’ uso di Rotary Cell Culture System Bioreactor.
	Generazione di modelli organotipici di melanoma partendo da scaffold dermici decellularizzati.
	Ricomposizione dell’ambiente tumorale mediante co-culture di OTS con varie popolazioni cellulari.
	Colture microfluidiche in idrogels.
	Colture in pozzetti in matrici extracellulari.
	Test preliminare di farmaci con anti PD-1.
	Condivisione dei protocolli iniziali e dei nuovi protocolli emergenti durante il primo anno di attività.
	Video tutorial
	Riunioni semestrali per aggiornamento all’intero WG e verifica dei progressi nella generazione dei OTS nei centri coinvolti.
	PDX da tessuto di pazienti.
	PDX da OTS
WP6 Immunoterapia	Collezione dei campioni dei pazienti già arruolati nello studio Trial LUNG.
	Analisi immunoistochimica di almeno 40 sezioni di biopsie paraffinate di tumore (espressione dei checkpoint immunitari; analisi dell’infiltrato immunologico).
	Analisi di Metabolomica del siero di 40 pazienti.
	Analisi della clonalità del TCR in TIL di almeno 40 pazienti.
	Analisi degli aplotipi HLA nelle cellule neoplastiche.
	Analisi di WES e RNASeq su biopsie tumorali.
	Analisi del microbial signature intratumorale.
	Analisi delle biopsie in pazienti con EA cutanei.
	Analisi del viroma polmonare associato allo stato tumorale.
	Analisi Bioinformatica.
	Set-up database multicentrico sui pazienti trattati con Immuno-Checkpoint inhibitors e iter autorizzativo.
	Inserimento dati pazienti in accordo con previsioni dichiarate dagli Istituti partecipanti come da tabella inviata.
WP7 Polmone	Arruolamento di almeno 200 pazienti nell’arco del 2020.
	Confronto dei risultati delle analisi molecolari ottenuti con NGS sul tessuto e su biopsia liquida (60 pazienti).
	Avvio dello Studio di Radiomica in non small cell lung cancer.
	Estensione dele analisi molecolari nel setting chirurgico allo stadio III tramite su circa 100 pazienti.
WP8 Sarcoma	Ccreazione della rete integrata ACC/ISG ed all’avvio del progetto.
	Incontro tra rappresentanti dei vari IRCCS coinvolti nel WG, e individuazione dei trial clinici ISG suscettibili di approfondimenti traslazionali.
	Adempimenti burocratici necessari (emendamento trial clinico ed eventuale approvazione da parte dei comitati etici, ecc) per l’implementazione dell’attività integrata ACC/trial clinici ISG.
	Attività di profiling per un inquadramento preliminare di istologie di sarcoma incluse in trial clinici ISG approvati che già prevedono una componente traslazionale.
	Disegno ed implementazione di un pannello custom che includa geni target di fusioni sarcoma-associate.
	Implementazione di un pannello per la rilevazione di mutazioni a carico dei geni del riparo del DNA (DDR) che potrebbero essere predittive di sensibilità a trattamenti combinati con PARP-inhibitors.
	Generazione di modelli preclinici (PDX e zebrafish) di istologie tumorali incluse nei trial.

WP9 Ematologia	Attivazione dei comitati etici per studio omnicomprensivo. Consenso e stesura di protocolli condivisi per la processazione dei tessuti. Definizione pannelli genici T-NGS e T-GEP. Creazione database centralizzato .
	Arruolamento dei pazienti e per T-GEP e T-NGS di 30 casi di DLBCL e T-NGS di 10-15 casi di AML.
	Fase preliminare di test e quality check per ottimizzare la processazione dei tessuti per metodiche molecolari complesse come scRNA-seq e metabolomica . Dal 9° al 12 mese arruolamento di n= 5 DLBCL; 5 AML nello studio multi-omics.
	Consensus su analisi bioinformatiche e test di cross validation . Generazione di dati su T-NGS e T-GEP e analisi preliminari su presenza di alterazioni del pathway di TP53.
	Studio già in corso a cui verrà destinata una parte del budget. Attualmente monocentrico IEO, con possibilità di estensione.
WP10 Genomica	Organizzazione di un workshop per la definizione degli unmet needs
	Disegno e presentazione di uno o più trial clinici prospettici di raccolta campioni.
	Sequenziamento di 10 tumori long responders/istologie rare tramite Whole Genome Sequencing (WGS) + RNAseq
	Sequenziamento di 80 tumori long responders/istologie rare tramite Whole Exome Sequencing (WES) + RNAseq
	Comparazione o creazione di applicativi software appropriati per la gestione pseudonimizzata dei campioni e dei dati personali (evoluzione degli attuali sistemi di LIMS)
	Popolazione di un registro mutazionale nazionale, con adeguati strumenti di query (attività in continuità con le attuali attività del WG)
	Creazione di un "knowledge database" italiano (attività in continuità con le attuali attività del WG)
WP11 Anatomia Patologica	Descrizione criticità di ciascuna anatomia patologica e identificazione dei clinici interlocutori nell’ambito dello studio Gersom.
	Condivisione del protocollo di fissazione a freddo.
	Raccolta di un terzo dei campioni stimati dai vari IRCCS.
	Estrazione DNA/RNA da coppie di campioni FFPE (fissazione a freddo e fissazione standard).
	Valutazione della frammentazione di DNA e RNA in coppie di campioni FFPE.
	Elenco dettagliato delle tecnologie di imaging, individuazione referenti della digital pathology nei singoli IRCCS.
	Kick-off del gruppo di lavoro specifico, raccolta di adesioni da parte di patologi e biologi molecolari.
	Identificazioni delle specifiche aree di expertise e delle attività di digital pathology ad oggi in atto negli IRCCS.
WP12 Radiomica	Stesura del protocollo multicentrico definitivo e sottomissione al Comitato Etico del centro coordinatore.
	Implementazione architettura sistema di anonimizzazione e upload delle immagini per analisi radiomica per upload su server protetto INFN e/o distributed radiomics.
	Completamento test tecnici di compatibilità con tutti i centri aderenti e produzione di report scritto.
	Ottimizzazione tecnica della piattaforma d’analisi radiomica MODDICOM.
	Segmentazione ed upload prima coorte di pazienti anonimi sull’apposito sistema informatico e relativa verifica.
	Avvio progetto Controllo di Qualità Interno ed Esterno in teleradiologia.

Tabella budget
N.	Denominazione estesa IRCCS	Codice fiscale o P.IVA	Tipo soggetto: Pubblico/ Privato	Quota prevista (€)
1	Fondazione I.R.C.C.S. Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx, Milano	01668320151	Pubblico	76.000
2	Istituto Di Candiolo, FPO – IRCCS	95596990010	Privato	255.250
3	Centro Di Riferimento Oncologico, CRO IRCCS	00623340932	Pubblico	114.400
4	IRCCS CROB	93002460769	Pubblico	33.300
5	Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx	00577500101	Pubblico	22.000
6	IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx	13109681000	Privato	144.810
7	Istituto Tumori Bari “Xxxxxxxx Xxxxx XX” IRCCS	00727270720	Pubblico	81.300
8	IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx	07636600962	Privato	198.700
9	IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center	10125410158	Privato	121.300
10	Istituto Dermopatico Dell’immacolata – Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx	97831400581	Privato	90.350
11	Istituto Europeo Di Oncologia	08691440153	Privato	254.750
12	Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Dei Tumori, INT	80018230153	Pubblico	105.900
13	Istituti Ortopedici Rizzoli	00302030374	Pubblico	35.800
14	Istituto Oncologico Veneto	04074560287	Pubblico	114.650
15	Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx	02153140583	Pubblico	256.750
16	Fondazione Xxxxxxxxx Xxxxxxx	00305700189	Privato	22.000
17	Istituto Scientifico Romagnolo Per Lo Studio E La Cura Dei Tumori (IRST) IRCCS	03154520401	Privato	145.950
18	Fondazione Mondino – Istituto Neurologico Nazionale IRCCS	00396070187	Privato	22.000
19	Ospedale Bambino Gesù	80403930581	Privato	58.600
20	Istituto Nazionale Tumori Fondazione Xxxxxxx	00911350635	Pubblico	90.550
21	IRCCS Xxxxxxx De Bellis	00565330727	Pubblico	22.000
22	IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx	02060250996	Pubblico	137.300

23	Ospedale Casa Sollievo Della Sofferenza – IRCCS	00138660717	Privato	70.700
24	Istituto Di Ricerca Diagnostica E Nucleare – SDN, IRCCS	95067470633	Privato	30.000
25	Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx	01598570354	Pubblico	50.400
ACC				60.240
Totale complessivo		2.615.000

Data,

Firma digitale del Coordinatore della Rete Firma digitale Rappresentante della Rete

WG2 ‐ ACC WG BREAST

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Xxxxxxxx	Xxxx	IRCCS IRE	xxxxxxxx.xxxx@xxx.xxx.xx
IEO, Milano	Xxxxxxxx	Xxxxx	IEO‐Milano	xxxxxxxx.xxxxx@xxx.xx
Arcispedale, Reggio Xxxxxx	Xxxxx	Xxxxxxxxx	AUSL‐IRCCS	Xxxxx.Xxxxxxxxx@xxxx.xx.xx
CRO, Aviano	Fabio	Puglisi	CRO Aviano	fabio.puglisi@cro.it
CROB, Potenza	Michele	Aieta	IRCCS‐CROB	michele.aieta@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Emilio	Bria	Policlinico Gemelli (RM)	emilio.bria@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Giampaolo	Bianchini	OSR‐Milano	bianchini.giampaolo@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Rita	De Sanctis	Humanitas	rita.de_sanctis@hunimed.eu
IT G.Paolo II, Bari	Francesco	Giotta	IRCCS‐ BARI	francescogiotta@libero.it
INT Milano	Serena	Di Cosimo	INT ‐ Milano	Serena.DiCosimo@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Gaia	Griguolo	Iov	gaia.griguolo@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Filippo	Montemurro	FPO‐Candiolo	filippo.montemurro@ircc.it
IRST, Meldola	Andrea	Rocca	IRST	andrea.rocca@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Giulia	Buzzatti	IST‐Genova	giulia.buzzatti@gmail.com
INT Pascale, Napoli	Michelino	De Laurentiis	INT Pascale	m.delaurentiis@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Maria	Morritti	IRCCS CSS	maria.morritti@gmail.com

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Giovanni	Blandino	IRCCS IRE	giovanni.blandino@ifo.gov.it
IEO, Milano	PierPaolo	DiFiore	IEO‐Milano	pierpaolo.difiore@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Moira	Ragazzi	AULS‐IRCCS	Moira.Ragazzi@ausl.re.it
CRO, Aviano	Barbara	Belletti	CRO Aviano	bbelletti@cro.it
CROB, Potenza	Raffaele	Ardito	IRCCS‐CROB	raffaele.ardito@
Pol. A. Gemelli, Roma	Claudio	Sette	Policlinico Gemelli (RM)	claudio.sette@unicatt.it
	Luca	Tamagnone	Policlinico Gemelli (RM)	luca.tamagnone@unicatt.it
OSR, Milano	Rosa	Bernardi	OSR‐Milano	bernardi.rosa@hsr.it
IT G.Paolo II, Bari	Stefania	Tommasi	IRCCS‐ BARI	s.tommasi@oncologico.bari.it
INT Milano	Maria Grazia	Daidone	INT ‐ Milano	MariaGrazia.Daidone@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Arcangela	Denicolo	Iov	arcangela.denicolo@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Caterina	Marchiò	FPO‐Candiolo	caterina.marchio@ircc.it
IRST, Meldola	Sara	Bravaccini	IRST	sara.bravaccini@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Lucia	Del Mastro	IST‐Genova	lucia.delmastro@hsanmartino.it
	Gabriele	Zoppoli	IST‐Genova	gabriele.zoppoli@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Francesco	Perrone	INT Pascale	f.perrone@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Paola	Parrella	IRCCS CSS	pparrella@operapadrepio.it

WG3 ‐ ACC WG GLIOBLASTOMA

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Andrea	Pace	IRCCS IRE	andrea.pace@ifo.gov.it
Fond. C. Besta, Milano	Antonio	Silvani	Besta‐Milano	antonio.silvani@istituto‐besta.it
CRO, Aviano	Maurizio	Mascarin	CRO Aviano	mascarin@cro.it
Ist. G. Gaslini, Genova	M Luisa	Garrè	IRCCS Gaslini	mluisagarre@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	Roberto	Pallini	Policlinico Gemelli (RM)	roberto.pallini@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Michele	Reni	OSR‐Milano	reni.michele@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Matteo	Simonelli	Humanitas	matteo.simonelli@hunimed.eu
IOV, Padova	Giuseppe	Lombardi	Iov	giuseppe.lombardi@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Marco	Gatti	FPO‐Candiolo	marco.gatti@ircc.it
IRST, Meldola	Toni	Ibrahim	IRST	toni.ibrahim@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Elisa	Bennicelli	IST‐Genova	elisa.bennicelli@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Angela	Mastronuzzi	OPBG‐Roma	angela.mastronuzzi@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Ester	Simeone	INT Pascale	ester.simeone@gmail.com
CSS, S. Giovanni Rotondo	Leonardo	Gorgoglione	IRCCS CSS	l.gorgoglione@operapadrepio.it
Fond. Mondino, Pavia	Enrico	Marchioni	Mondino‐Pavia	enrico.marchioni@mondino.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Marco	Paggi	IRCCS IRE	marco.paggi@ifo.gov.it
IEO, Milano	Giuliana	Pelicci	IEO‐Milano	giuliana.pelicci@ieo.it
Fond. C. Besta, Milano	Gaetano	Finocchiaro	Besta‐Milano	Gaetano.Finocchiaro@istituto‐besta.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Andrea	Petretto	IRCCS Gaslini
Pol. A. Gemelli, Roma	Marco	Gessi	Policlinico Gemelli (RM)	marco.gessi@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Galli	Rossella	OSR‐Milano	galli.rossella@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Lorena	Passoni	Humanitas	lorena.passoni@humanitasresearch.it
IOV, Padova	Stefano	Indraccolo	Iov	stefano.indraccolo@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Carla	Boccaccio	FPO‐Candiolo	carla.boccaccio@ircc.it
IRST, Meldola	Anna	Tesei	IRST	anna.tesei@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Paolo	Malatesta	IST‐Genova	paolo.malatesta@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Mara	Vinci	OPBG‐Roma	maria.vinci@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Gabriella	Aquino	INT Pascale	gabryaquino@gmail.com
CSS, S. Giovanni Rotondo	Elena	Binda	IRCCS CSS	e.binda@operapadrepio.it

WG4 ‐ ACC WG COLON

	CLINICI
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Marcello	Maugeri Saccà	IRCCS IRE	marcello.maugeri@ifo.gov.it
IEO, Milano	Nicola	Fazio	IEO‐Milano	nicola.fazio@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Damato	Angela	AUSL‐IRCCS	Angela.damato@ausl.re.it
CRO, Aviano	Angela	Buonadonna	CRO Aviano	abuonadonna@cro.it
	Claudio	Belluco	CRO Aviano	cbelluco@cro.it
	Renato	Cannizzaro	CRO Aviano	rcannizzaro@cro.it
CROB, Potenza	Italo	Sarno	IRCCS‐CROB	italo.sarno@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Lisa	Salvatore	Fondazione Gemelli	lisa.salvatore@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Martina	Cavestro	OSR‐Milano	cavestro.giuliamartina@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Luigi	Laghi	Humanitas	luigi.laghi@humanitas.it
IDI, Roma	Maurizio	Elia	IDI	m.elia@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Nicola	Silvestris	IRCCS‐ BARI	n.silvestris@oncologico.bari.it
	Oronzo	Brunetti	IRCCS‐ BARI	dr.oronzo.brunetti1983@gmail.com
INT Milano	Filippo	Pietrantonio	INT ‐ Milano	Filippo.Pietrantonio@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Fotios	Loupakis	Iov	fotios.loupakis@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Dario	Ribero	FPO‐Candiolo	dario.ribero@ircc.it
IRST, Meldola	Giovanni Luca	Frassineti	IRST	luca.frassineti@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Alberto	Sobrero	IST‐Genova	alberto.sobrero@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Antonio	Avallone	INT Pascale	a.avallone@istitutotumori.na.it
S. De Bellis, Bari	Claudio	Lotesoriere	IRCCS "S. De Bellis"	claudio.lotesoriere@irccsdebellis.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Tiziana	Latiano	IRCCS CSS	t.latiano@operapadrepio.it

	PRE‐CLINICI
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Anna	Biroccio	IRCCS IRE	anna.biroccio@ifo.gov.it
IEO, Milano	Teresa	Manzo	IEO‐Milano	teresa.manzo@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Teresa	Rossi	AUSL‐IRCCS	Teresa.Rossi@ausl.re.it
CRO, Aviano	Guiseppe	Toffoli	CRO Aviano	gtoffoli@cro.it
CROB, Potenza	Valentina	Condelli	IRCCS‐CROB	valentina.condelli@crob.it
	Francesca	Maddalena	IRCCS‐CROB	francesca.maddalena@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Riccardo	Ricci	Fondazione Gemelli	riccardo.ricci@unicatt.it
OSR, Milano	Luca	Albarello	OSR‐Milano	albarello.luca@hsr.it
IDI, Roma	Giandomenico	Russo	IDI	g.russo@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Stefania	Tommasi	IRCCS‐ BARI	s.tommasi@oncologico.bari.it
INT Milano	Manuela	Gariboldi	INT ‐ Milano	Manuela.Gariboldi@istitutotumori.mi.it
FPO, Candiolo	Enzo	Medico	FPO‐Candiolo	enzo.medico@ircc.it
	Livio	Trusolino	FPO‐Candiolo	livio.trusolino@ircc.it
IRST, Meldola	Chiara	Molinari	IRST	chiara.molinari@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Alessandro	Poggi	IST‐Genova	alessandro.poggi@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Alfredo	Budillon	INT Pascale	a.budillon@istitutotumori.na.it
S. De Bellis, Bari	Grazia	Serino	IRCCS "S. De Bellis"	grazia.serino@irccsdebellis.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Orazio	Palmieri	IRCCS CSS	o.palmieri@operapadrepio.it

WG5 ‐ ACC WG MELANOMA

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Virginia	Ferraresi	IRCCS IRE	virginia.ferraresi@ifo.gov.it
IEO, Milano	Paola	Queirolo	IEO‐Milano	paola.queirolo@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Francesco	Iachetta	AUSL‐IRCCS	francesco.iachetta@ausl.re.it
CRO, Aviano	Maria Antonietta	Pizzichetta	CRO Aviano	pizzichetta@cro.it
CROB, Potenza	Raffaele	Conca	IRCCS‐CROB	raffaele.conca@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Giovanni	Schinzari	Policlinico Gemelli (RM)	giovanni.schinzari@policlinicogemelli.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Maria Chiara	Tronconi	Humanitas	maria_chiara.tronconi@cancercenter.humanitas.it
IDI, Roma	Alba	Zappala		a.zappala@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Michele	Guida	IRCCS‐ BARI	micguida@libero.it
INT Milano	Gianfranco	Gallino	INT ‐ Milano	Gianfranco.Gallino@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Vanna	Chiarion Sileni	Iov	vanna.chiarion@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Fabrizio	Carnevale	FPO‐Candiolo	fabrizio.carnevale@ircc.it
IRST, Meldola	Massimo	Guidoboni	IRST	massimo.guidoboni@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Ferdinando	Cafiero	IST‐Genova	ferdinando.cafiero@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Corrado	Caracò	INT Pascale	corrado.caraco@istitutotumori.na.it
	Paolo	Ascierto	INT Pascale	p.ascierto@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Gabriele	Di Maggio	IRCCS CSS	gabrieledm@tiscali.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Patrizio	Giacomini	IRCCS IRE	patrizio.giacomini@ifo.gov.it
IEO, Milano	Luisa	Lanfrancone	IEO‐Milano	luisa.lanfrancone@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Alessia	Ciarrocchi	AUSL‐IRCCS	Alessia.Ciarrocchi@ausl.re.it
CRO, Aviano	Elisabetta	Fratta	CRO Aviano	efratta@cro.it
CROB, Potenza	Giuseppina	Improta	IRCCS‐CROB	giuseppina.improta@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma Alessandro Di Stefani			Policlinico Gemelli (RM)	alessandro.distefani@gmail.com
OSR, Milano	Vincenzo	Russo	OSR‐Milano	russo.vincenzo@hsr.it
IDI, Roma	Giandomenico	Russo	IDI‐Roma	G.Russo@idi.it
	Stefania	D'Atri	IDI	s.datri@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Amalia	Azzariti	IRCCS‐ BARI	a.azzariti@oncologico.bari.it
INT Milano	Licia	Rivoltini	INT ‐ Milano	Licia.Rivoltini@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Chiara	Menin	Iov	chiara.menin@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Tiziana	Venesio	FPO‐Candiolo	tiziana.venesio@ircc.it
IRST, Meldola	Jenny	Bulgarelli	IRST	jenny.bulgarelli@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Paola	Ghiorzo	IST‐Genova	paola.ghiorzo@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Gabriele	Madonna	INT Pascale	g.madonna@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Paola	Parrella	IRCCS CSS	pparrella@operapadrepio.it

WG6 ‐ ACC WG IMMUNOTHERAPY

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Virginia	Ferraresi	IRCCS IRE	virginia.ferraresi@ifo.gov.it
IEO, Milano	Giuseppe	Curigliano	IEO‐Milano	giuseppe.curigliano@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Emanuela	Fantinel	AUSL‐IRCCS	emanuela.fantinel@ausl.re.it
CRO, Aviano	Lucia	Fratino	CRO Aviano	lfratino@cro.it
CROB, Potenza	Giovanni	Bozza	IRCCS‐CROB	giovanni.bozza@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Stefano	Giardino	IRCCS Gaslini	stefanogiardino@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	Giampaolo	Tortora	Policlinico Gemelli (RM)	giampaolo.tortora@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Gregorc	Vanesa	OSR‐Milano	gregorc.vanesa@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Armando	Santoro	Humanitas	armando.santoro@cancercenter.humanitas.it
	Paolo	Zucali	Humanitas	paolo.zucali@cancercenter.humanitas.it
IDI, Roma	Cristiana	Di Rocco	IDI	c.dirocco@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Domenico	Galetta	IRCCS‐ BARI	galetta@oncologico.bari.it
INT Milano	Massimo	Di Nicola	INT ‐ Milano	Massimo.DiNicola@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Maria Vittoria	Dieci	Iov	mariavittoriadieci@gmail.com
FPO, Candiolo	Fabrizio	Carnevale	FPO‐Candiolo	fabrizio.carnevale@ircc.it
IRST, Meldola	Giovanni	Martinelli	IRST	giovanni.martinelli@irst.emr.it
	Massimo	Guidoboni	IRST	massimo.guidoboni@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Francesco	Spagnolo	IST‐Genova	francesco.spagnolo@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Franco	Locatelli	OPBG‐Roma	franco.locatelli@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Paolo Antonio	Ascierto	INT Pascale	p.ascierto@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Concetta	Di Micco	IRCCS CSS	doctor.dimicco@email.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Paola	Nisticò	IRE‐Roma	paola.nistico@ifo.gov.it
IEO, Milano	Luigi	Nezi	IEO‐Milano	luigi.nezi@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Valentina	Sancisi	AUSL‐IRCCS	Valentina.Sancisi@ausl.re.it
Fond. C. Besta, Milano	Serena	Pellegatta	Besta‐Milano	serena.pellegatta@istituto‐besta.it
CRO, Aviano	Stefania	Zanussi	CRO Aviano	szanussi@cro.it
CROB, Potenza	Giacomo	Lettini	IRCCS‐CROB	giacomo.lettini@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Marina	Podestà	IRCCS Gaslini	marinapodesta@gaslini.org
	Mirco	Ponzoni	IRCCS Gaslini	mircoponzoni@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	Tobias	Haas	Policlinico Gemelli (RM)	tobiaslongin.haas@unicatt.it
OSR, Milano	Russo	Vincenzo	OSR‐Milano	russo.vincenzo@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Paola	Allavena	Humanitas	paola.allavena@humanitasresearch.it
	Barbara	Bottazzi	Humanitas	barbara.bottazzi@humanitasresearch.it
IDI, Roma	Stefania	D'Atri	IDI	s.datri@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Stefania	Tommasi	IRCCS‐ BARI	s.tommasi@oncologico.bari.it
INT Milano	Andrea	Anichini	INT ‐ Milano	Andrea.Anichini@istitutotumori.mi.it;
	Giacarlo	Pruneri	INT ‐ Milano	Giancarlo.Pruneri@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Antonio	Rosato	Iov	antonio.rosato@unipd.it
FPO, Candiolo	Dario	Sangiolo	FPO‐Candiolo	dario.sangiolo@ircc.it
IRST, Meldola	Massimiliano	Mazza	IRST	massimiliano.mazza@irst.emr.it
	Marcella	Tazzari	IRST	marcella.tazzari@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Gabriella	Pietra	IST‐Genova	gabriella.pietra@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Concetta	Quintarelli	OPBG‐Roma	concetta.quintarelli@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Mariaelena	Capone	INT Pascale	me.capone@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Vincenzo	Giambra	IRCCS CSS	v.giambra@operapadrepio.it
	Paolo	Graziano	IRCCS CSS	p.graziano@operapadrepio.it

WG7 ‐ ACC WG LUNG

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Marcello	Maugeri Saccà	IRCCS IRE	marcello.maugeri@ifo.gov.it
IEO, Milano	Francesco	Petrella	IEO‐Milano	francesco.petrella@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Francesca	Zanelli	AUSL‐IRCCS	Francesca.Zanelli@ausl.re.it
CRO, Aviano	Alessandra	Bearz	CRO Aviano	abearz@cro.it
CROB, Potenza	Alfredo	Tartatone	IRCCS‐CROB	alfredo.tartarone@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Emilio	Bria	Policlinico Gemelli (RM)	emilio.bria@ xxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx
OSR, Milano	Vanesa	Gregorc	OSR‐Milano	gregorc.vanesa@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Luca	Toschi	Humanitas	luca.toschi@cancercenter.humanitas.it
IDI, Roma	Federica	DE Galitiis	IDI	f.degalitiis@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Domenico	Galetta	IRCCS‐ BARI	galetta@oncologico.bari.it
IOV, Padova	Giulia	Pasello	Iov	giulia.pasello@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Daniele	Regge	FPO‐Candiolo	daniele.regge@ircc.it
IRST, Meldola	Angelo	DelMonte	IRST	angelo.delmonte@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Carlo	Genova	IST‐Genova	carlo.genova@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Alessandro	Morabito	INT Pascale	a.morabito@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Concetta	Di Micco	IRCCS CSS	doctor.dimicco@email.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Paola	Nisticò	IRCCS IRE	paola.nistico@ifo.gov.it
IEO, Milano	Tiziana	Bonaldi	IEO‐Milano	tiziana.bonaldi@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Valentina	Sancisi	AUSL‐IRCCS	Valentina.Sancisi@ausl.re.it
CRO, Aviano	Gustavo	Baldassarre	CRO Aviano	gbaldassarre@cro.it
CROB, Potenza	Agela	Zupa	IRCCS‐CROB	angela.zupa@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Guido	Rindi	Policlinico Gemelli (RM)	guido.rindi@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Claudio	Doglioni	OSR‐Milano	doglioni.claudio@hsr.it
IDI, Roma	Elisabetta	Caprini	IDI	e.caprini@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Stefania	Tommasi	IRCCS‐ BARI	s.tommasi@oncologico.bari.it
INT Milano	Giancarlo	Pruneri	INT ‐ Milano	Giancarlo.Pruneri@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Vincenzo	Ciminale	Iov	V.ciminale@unipd.it
FPO, Candiolo	Enrico	Berrino	FPO‐Candiolo	enrico.berrino@ircc.it
IRST, Meldola	Paola	Ulivi	IRST	paola.ulivi@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Mariella	Dono	IST‐Genova	maria.dono@hsanmartino.it
INT Pascale, Napoli	Nicola	Normanno	INT Pascale	n.normanno@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Paolo	Graziano	IRCCS CSS	p.graziano@operapadrepio.it

WG8 ‐ ACC WG SARCOMA

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Virginia	Ferraresi	IRCCS IRE	virginia.ferraresi@ifo.gov.it
IEO, Milano	Elisabetta	Pennacchioli	IEO‐Milano	elisabetta.pennacchioli@ieo.it
CRO, Aviano	Antonino	De Paoli	CRO‐Aviano	adepaoli@cro.it
	Federico	Navarria	CRO‐Aviano	federico.navarria@cro.it
CROB, Potenza	Annamaria	Bochicchio	IRCCS‐CROB	annamaria.bochicchio@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Loredana	Amoroso	IRCCS Gaslini	loredanaamoroso@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	M. Gabriella	Ferrandina	Policlinico Gemelli (RM)	gabriella.ferrandina@gmail.com
	Michela	Quirino	Policlinico Gemelli (RM)	michela.quirino@policlinicogemelli
Humanitas Cancer Center, Milano	Alexia	Bertuzzi	Humanitas	alexia.bertuzzi@cancercenter.humanitas.it
	Ferdinando	Cananzi	Humanitas	ferdinando.cananzi@humanitas.it
IT G.Paolo II, Bari	Michele	Guida	IRCCS‐ BARI	micguida@libero.it
INT Milano	Silvia	Stacchiotti	INT ‐ Milano	Silvia.Stacchiotti@istitutotumori.mi.it
IOR, Bologna	Emanuela	Palmerini	IOR‐Bologna	emanuela.palmerini@ior.it
IOV, Padova	Antonella	Brunello	Iov	antonella.brunello@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Enrico	Grignani	FPO‐Candiolo	enrico.grignani@ircc.it
IRST, Meldola	Toni	Ibrahim	IRST	toni.ibrahim@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Nicola	Solari	IST‐Genova	nicola.solari@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Angela	Di Giannatale	OPBG‐Roma	angela.digiannatale@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Anna	De Chiara	INT Pascale	a.dechiara@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Annamaria	Capotorto	IRCCS CSS	amcapotorto@gmail.com
ISG	Giovanni Enrico	Grignani		giovanni.grignani@ircc.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Rita	Falcioni	IRCCS IRE	rita.falcioni@ifo.gov.it
IEO, Milano	Tommaso	De Pas	IEO‐Milano	tommaso.depas@ieo.it
CRO, Aviano	Roberta	Maestro	CRO‐Aviano	maestro@cro.it
CROB, Potenza	Simona	Laurino	IRCCS‐CROB	simona.laurino@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Giovanni	Sette	Policlinico Gemelli (RM)	giovanni.sette@gmail.com
IT G.Paolo II, Bari	Amalia	Azzariti	IRCCS‐ BARI	a.azzariti@oncologico.bari.it
INT Milano	Elena	Tamborini	INT ‐ Milano	Elena.Tamborini@istitutotumori.mi.it;
	Nadia	Zaffaroni	INT ‐ Milano	Nadia.Zaffaroni@istitutotumori.mi.it;
IOR, Bologna	Katia	Scotlandi	IOR‐Bologna	katia.scotlandi@ior.it
IOV, Padova	Cecilia	Garofalo	Iov	cecilia.garofalo@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Ymera	Pignochino	FPO‐Candiolo	ymera.pignochino@ircc.it
IRST, Meldola	Laura	Mercatali	IRST	laura.mercatali@irst.emr.it
OPBG, Roma	Biagio	De Angelis	OPBG‐Roma	biagio.deangelis@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Maria Vincenza	Carriero	INT Pascale	m.carriero@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Domenico	Trombetta	IRCCS CSS	d.trombetta@operapadrepio.it
ISG	Angelo Paolo	Dei Tos	UniPD	angelo.deitos@unipd.it

WG9 ‐ ACC WG ONCOHEMATOLOGY

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Francesco	Marchesi	IRCCS IRE	francesco.marchesi@ifo.gov.it
IEO, Milano	Enrico	Derenzini	IEO‐Milano	enrico.derenzini@ieo.it
	Corrado	Tarella	IEO‐Milano	corrado.tarella@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Stefano	Luminari	AUSL‐IRCCS	Stefano.Luminari@ausl.re.it
CRO, Aviano	Michele	Spina	CRO Aviano	mspina@cro.it
CROB, Potenza	Giuseppe	Pietrantuono	IRCCS‐CROB	giuseppe.pietrantuono@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Carlo	Dufour	IRCCS Gaslini	carlodufour@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	Luciana	Teofili	FP Gemelli ‐ ROMA	luciana.teofili@unicatt.it
	Patrizia	Chiusolo	FP Gemelli ‐ ROMA	patrizia.chiusolo@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Fabio	Ciceri	OSR‐Milano	ciceri.fabio@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Armando	Santoro	Humanitas	armando.santoro@cancercenter.humanitas.it
IT G.Paolo II, Bari	Attilio	Guarini	IRCCS‐ BARI	attilioguarini@oncologico.bari.it
INT Milano	Paolo	Corradini	INT ‐ Milano	Paolo.Corradini@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Dario	Marino	Iov	dario.marino@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Fabrizio	Carnevale	FPO‐Candiolo	fabrizio.carnevale@ircc.it
IRST, Meldola	Gerardo	Musuraca	IRST	gerardo.musuraca@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Roberto	Lemoli	IST‐Genova	roberto.lemoli@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Mattia	Algeri	OPBG‐Roma	mattia.algeri@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Antonello	Pinto	INT Pascale	a.pinto@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Giovanni	Rossi	IRCCS CSS	giovannirossi.fr@gmail.com

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Maurizio	Fanciulli	IRCCS IRE	maurizio.fanciulli@ifo.gov.it
IEO, Milano	Stefano	Pileri	IEO‐Milano	stefano.pileri@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Benedetta	Donati	AUSL‐IRCCS	Donati.Benedetta@ausl.re.it
CRO, Aviano	Valter	Gattei	CRO Aviano	vgattei@cro.it
CROB, Potenza	Fiorella	D'Auria	IRCCS‐CROB	fiorella.dauria@crob.it
	Antonella	Caivano	IRCCS‐CROB	antonella.caivano@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Marina	Lanciotti	IRCCS Gaslini	marinalanciotti@gaslini.org
Pol. A. Gemelli, Roma	Stefan	Hohaus	FP Gemelli ‐ ROMA	stefan.hohaus@unicatt.it
OSR, Milano	Luca	Vago	OSR‐Milano	vago.luca@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Carmelo	Carlo‐Stella	Humanitas	carmelo.carlostella@hunimed.eu
IT G.Paolo II, Bari	Sabino	Ciavarella	IRCCS‐ BARI	s.ciavarella@oncologico.bari.it
INT Milano	Cristiana	Carniti	INT ‐ Milano	Cristiana.Carniti@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Eric	Piovan	Iov	eric.piovan@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Alberto	Pisacane	FPO‐Candiolo	alberto.pisacane@ircc.it
IRST, Meldola	Giorgia	Simonetti	IRST	giorgia.simonetti@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Gilberto	Fronza	IST‐Genova	gilberto.fronza@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Concetta	Quintarelli	OPBG‐Roma	concetta.quintarelli@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Stefania	Crisci	INT Pascale	s.crisci@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Vincenzo	Giambra	IRCCS CSS	v.giambra@operapadrepio.it

WG10 ‐ ACC WG GENOMICS

IEO, Milano	Luca	Mazzarella	IEO‐Milano	luca.mazzarella@ieo.it
	WET
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Simonetta	Buglioni	IRCCS IRE	simonetta.buglioni@ifo.gov.it
IEO, Milano	GianMaria	Frige'	IEO‐Milano	gianmaria.frige@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Alessia	Ciarrocchi	AULS‐IRCCS	Alessia.Ciarrocchi@ausl.re.it
Fond. C. Besta, Milano	Rosina	Paterra	Besta‐Milano	rosina.paterra@istituto‐besta.it
CRO, Aviano	Roberta	Maestro	CRO Aviano	maestro@cro.it
	Gustavo	Baldassarre	CRO Aviano	gbaldassarre@cro.it
CROB, Potenza	Francesco	Larocca	IRCCS‐CROB	francesco.larocca@crob.it
	Luciana	Deluca	IRCCS‐CROB	luciana.deluca@crob.it
Ist. G. Gaslini, Genova	Isabella	Ceccherini	IRCCS Gaslini	isa.c@unige.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Maurizio	Martini	Policlinico Gemelli (RM)	maurizio.martini@policlinicogemelli.it
	Angelo	Minucci	Fondazione Gemelli	angelo.minucci@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Silvia	Bonfiglio	OSR‐Milano	bonfiglio.silvia@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Francesco	Colotta	Humanitas	francesco.colotta@humanitasresearch.it
ICS Maugeri, Pavia	Sandra	Atlante	ICS Maugeri ‐ Pavia	sandra.atlante@icsmaugeri.it
IDI, Roma	Elisabetta	Caprini	IDI	e.caprini@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Stefania	Tommasi	IRCCS‐ BARI	s.tommasi@oncologico.bari.it
INT Milano	Loris	De Cecco	INT ‐ Milano	Loris.DeCecco@istitutotumori.mi.it
IOR, Bologna	Claudia	Hattinger	IOR‐Bologna	claudia.hattinger@ior.it
IOV, Padova	Francesca	Schiavi	Iov	francesca.schiavi@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Enzo	Medico	FPO‐Candiolo	enzo.medico@ircc.it
IRST, Meldola	Matteo	Canale	IRST	matteo.canale@irst.emr.it
	Eugenia	Franchini	IRST	eugenia.franchini@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Ulrich	Pfeffer	IST‐Genova	ulrich.pfeffer@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Marco	Tartaglia	OPBG‐Roma	marco.tartaglia@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Annamaria	Rachiglio	INT Pascale	am.rachiglio@istitutotumori.na.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Massimo	Carella	IRCCS CSS	m.carella@operapadrepio.it

	BIOINFORMATICS
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Matteo	Pallocca	IRCCS IRE	matteo.pallocca@ifo.gov.it
IEO, Milano	Valentina	Favalli	IEO‐Milano	valentina.favalli@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Federica	Torricelli	AUSL‐IRCCS	Federica.Torricelli@ausl.re.it
CROB, Potenza	Pietro	Zoppoli	IRCCS‐CROB	pietro.zoppoli@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Gabriele	Babini	Fondazione Gemelli	gabriele.babini@guest.policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Gabriele	Bucci	OSR‐Milano	bucci.gabriele@hsr.it
	Giovanni	Tonon	OSR‐Milano
Humanitas Cancer Center, Milano	Paolo	Kunderfranco	Humanitas	paolo.kunderfranco@humanitasresearch.it
ICS Maugeri, Pavia	Alessandro Aldo	Caldarone	ICS Maugeri ‐ Pavia	alessandro.caldarone@icsmaugeri.it
IDI, Roma	Gianluca	Scaglione	IDI	g.scaglione@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Simona	De Summa	IRCCS‐ BARI	desumma.simona@gmail.com
INT Milano	Matteo	Dugo	INT ‐ Milano	Matteo.Dugo@istitutotumori.mi.it
IOR, Bologna	Antonella	Laginestra	IOR‐Bologna	antolaginestra3@gmail.com
FPO, Candiolo	Claudio	Isella	FPO‐Candiolo	claudio.isella@ircc.it
IRST, Meldola	Michela	Tebaldi	IRST	michela.tebaldi@irst.emr.it
	Davide	Angeli	IRST	davide.angeli@irst.emr.it
INT Pascale, Napoli	Riziero	Esposito Abate	INT Pascale	riziero.ea@gmail.com
SDN, Napoli	Mario	Zanfardino	SDN Napoli	mzanfardino@sdn‐napoli.it
CSS, S. Giovanni Rotondo	Tommaso	Mazza	IRCCS CSS	t.mazza@operapadrepio.it

WG11 ‐ ACC WG PATHOLOGY AND BIOBANKING

	CLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Laura	Conti	IRCCS IRE	laura.conti@ifo.gov.it
IEO, Milano	Massimo	Barberis	IEO‐Milano	massimo.barberis@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Simonetta	Piana	AUSL‐IRCCS	Simonetta.Piana@ausl.re.it
Fond. C. Besta, Milano	Bianca	Pollo	Besta‐Milano	bianca.pollo@istituto‐besta.it
CRO, Aviano	Vincenzo	Canzonieri	CRO Aviano	vcanzonieri@cro.it
CROB, Potenza	Giuseppe	Patitucci	IRCCS‐CROB	giuseppe.patitucci@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Rindi	Guido	Fondazione Gemelli	guido.rindi@policlinicogemelli.it
OSR, Milano	Claudio	Doglioni	OSR‐Milano	doglioni.claudio@hsr.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Annarita	Destro	Humanitas	annarita.destro@humanitas.it
IDI, Roma	Francesca	Ricci	IDI	francesca.ricci@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Alfredo	Zito	IRCCS‐ BARI	a.zito@oncologico.bari.it
INT Milano	Andrea	Vingiani	INT ‐ Milano	Andrea.Vingiani@istitutotumori.mi.it
IOV, Padova	Antonio	Scapinello	Iov	antonio.scapinello@iov.veneto.it
FPO, Candiolo	Caterina	Marchiò	IRCC‐Candiolo	caterina.marchio@ircc.it
	Anna	Sapino	FPO‐Candiolo	anna.sapino@ircc.it
IRST, Meldola	Massimo	Guidoboni	IRST	massimo.guidoboni@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Luca	Mastracci	IST‐Genova	luca.mastracci@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Rita	Alaggio	OPBG‐Roma	rita.alaggio@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Maurizio	Di Bonito	INT Pascale	m.dibonito@istitutotumori.na.it
S. De Bellis, Bari	Raffaele	Armentano	IRCCS "S. De Bellis"	raffaele.armentano@irccsdebellis.it

	PRECLINICO
	Nome	Cognome	Istituto	email
IRE, Roma	Simona	Di Martino	IRCCS IRE	simona.dimartino@ifo.gov.it
IEO, Milano	Elena	Guerini‐Rocco	IEO‐Milano	elena.guerinirocco@ieo.it
Arcispedale, Reggio Emilia	Eleonora	Zanetti	AUSL‐IRCCS	Eleonora.Zanetti@ausl.re.it
CROB, Potenza	Valentina	Condelli	IRCCS‐CROB	valentina.condelli@crob.it
	Luciana	Possidente	IRCCS‐CROB	luciana.possidente@crob.it
Pol. A. Gemelli, Roma	Rindi	Guido	Fondazione Gemelli	guido.rindi@policlinicogemelli.it
Humanitas Cancer Center, Milano	Salvatore Lorenzo	Renne	Humanitas	salvatore.renne@humanitas.it
IDI, Roma	Stefania	D'Atri	IDI	s.datri@idi.it
IT G.Paolo II, Bari	Angelo Virgilio	Paradiso	IRCCS‐ BARI	a.paradiso@oncologico.bari.it
INT Milano	Maria Grazia	Daidone	INT ‐ Milano	MariaGrazia.Daidone@istitutotumori.mi.it
FPO, Candiolo	Carlotta	Cancelliere	FPO‐Candiolo	carlotta.cancelliere@ircc.it
IRST, Meldola	Valentina	Ancarani	IRST	valentina.ancarani@irst.emr.it
S. Martino, Genova	Barbara	Parodi	IST‐Genova	barbara.parodi@hsanmartino.it
OPBG, Roma	Tiziana	Franchin	OPBG‐Roma	tiziana.franchin@opbg.net
INT Pascale, Napoli	Giosuè	Scognamiglio	INT Pascale	giosue.scognamiglio@istitutotumori.na.it
	Francesca	Collina	INT Pascale	f.collina@istitutotumori.na.it
S. De Bellis, Bari	Pasqua Letizia	Pesole	IRCCS "S. De Bellis"	pesoleletizia@gmail.com
CSS, S. Giovanni Rotondo	Paolo	Graziano	IRCCS CSS	p.graziano@operapadrepio.it

WG12 ‐ RADIOMICS

Cognome

Nome

IRCCS

WG2

WG3

WG4

WG5

WG6

WG7

WG8

WG10

WG11

Ovaio

CT

MRI

PET

Dosomics

Software R&D

Aiello

Marco

SDN

X

X

X

X

X

Cerciello

Vincenzo

Pascale

X

Petrillo

Antonella

Pascale

X

X

X

X

Massafra

Raffaella

Bari

X

X

X

X

X

La Forgia

Daniele

Bari

X

X

X

Marchioni

Enrico

Mondino

X

Farina

Lisa Maria

Mondino

X

X

X

X

Bastianello

Stefano

Mondino

X

X

X

Vidiri

Antonello

IRE

X

X

X

X

X

Bellomi

Massimo

IEO

X

X

X

Jereczek‐Fossa

Barbara

IEO

X

X

Scorsetti

Marta

Humanitas

X

X

X

X

Reggiori

Giacomo

Humanitas

X

X

Navarria

Pierina

Humanitas

X

Loi

Mauro

Humanitas

X

X

Franzese

Ciro

Humanitas

X

Franceschini

Davide

Humanitas

X

X

Cozzi

Luca

Humanitas

X

X

Sollini

Martina

Humanitas

X

X

X

X

Kirienko

Margarita

Humanitas

X

X

X

X

Lenkowicz

Jacopo

Gemelli

X

X

X

X

X

Dinapoli

Nicola

Gemelli

X

X

Barbaro

Brunella

Gemelli

X

X

X

Colosimo

Cesare

Gemelli

X

X

X

X

Valentini

Vincenzo

Gemelli

X

X

X

X

Manfredi

Riccardo

Gemelli

X

X

X

Calandrelli

Rosalinda

Gemelli

X

X

Belli

Paolo

Gemelli

X

X

Avesani

Giacomo

Gemelli

X

X

X

Farchione

Alessandra

Gemelli

X

X

Simeone

Anna

CSS

X

X

X

X

X

X

X

Giuliani

Francesco

CSS

X

Avanzo

Michele

CRO

X

X

De Paoli

Antonino

CRO

X

Regge

Daniele

Candiolo

X

X

X

X

X

X

X

Sghedoni

Roberto

Reggio Emilia

X

Botti

Andrea

Reggio Emilia

X

X

Iori

Mauro

Reggio Emilia

Tacchetti

Carlo

HSR

X

X

X

X

X

Esposito

Antonio

HSR

X

X

X

X

X

Alessi

Alessandra

INT

X

X

X

Avuzzi

Barbara

INT

X

Carrara

Mauro

INT

X

X

De Santis

Maria Carmen

INT

X

X

Iacovelli

Nicola

INT

X

X

Ingargiola

Rossana

INT

X

X

Messina

Antonella

INT

X

Orlandi

Ester

INT

X

X

Pappalardi

Brigida

INT

X

Piccolo

Federica

INT

X

Rancati

Tiziana

INT

X

X

Tartaglione

Tommaso

IDI

X

X

X

Russo

Giandomenico

IDI

X

Fusco

Vincenzo

CROB

Ivaldi

Giovanni Battista

Maugeri

Gori

Stefania

Negrar

Uccelli

Antonio

San Martino

Tagliafico

Alberto

San Martino

Paiusco

Marta

IOV

Granata

Claudio

Gaslini

Garaventa

Alberto

Gaslini

Rossi

Andrea

Gaslini

Magnano

Gian Michele

Gaslini

Colafati

Giovanna

OPBG

Voicu

Ioan

OPBG

Di Paolo

Pier Luigi

OPBG

Secinaro

Antonio

OPBG

Tomà

Paolo

OPBG

Menghi

Enrico

IRST

Sarnelli

Anna

IRST

	TOTALE RICHIESTA‌	ACC	Besta	Candiolo	CRO	CROB	Gaslini	Gemelli	GPII Bari	HSR	Humanitas
WG2 ‐ Mammella		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10
Personale a contratto	40.000,00
Materiali	1.500,00
Noleggi/Servizi	20.000,00
Meeting e Missioni	0,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG2	61.500,00

WG3 ‐ Glioblastoma
Personale a contratto	79.000,00		29.000,00	0,00							10.000,00
Materiali	132.000,00		44.000,00	23.000,00							0,00
Noleggi/Servizi	23.000,00		0,00	10.000,00							3.000,00
Meeting e Missioni	5.000,00		1.000,00	1.000,00							1.000,00
Pubblicazioni	5.000,00		1.000,00	1.000,00							1.000,00
TOTALE WG3	244.000,00		75.000,00	35.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00	15.000,00

WG4 ‐ Colon
Personale a contratto	24.000,00			24.000,00
Materiali	92.000,00			31.500,00	4.250,00			4.250,00			4.250,00
Noleggi/Servizi	2.000,00			2.000,00
Meeting e Missioni	8.500,00			1.200,00	600,00			600,00			500,00
Pubblicazioni	2.000,00			2.000,00
TOTALE WG4	128.500,00			60.700,00	4.850,00	0,00	0,00	4.850,00	0,00	0,00	4.750,00

WG5 ‐ Melanoma
Personale a contratto	115.000,00								21.000,00
Materiali	174.000,00			12.000,00	12.000,00				22.000,00
Noleggi/Servizi	12.000,00			6.000,00
Meeting e Missioni	13.000,00			1.000,00	1.000,00				1.000,00
Pubblicazioni	4.000,00
TOTALE WG5	318.000,00			19.000,00	13.000,00	0,00	0,00	0,00	44.000,00	0,00	0,00

WG6 ‐ Immunoterapia
Personale a contratto	64.000,00									12.000,00
Materiali	157.500,00									30.500,00	21.000,00
Noleggi/Servizi	76.000,00			5.000,00	3.000,00	4.000,00		10.000,00		3.000,00	10.000,00
Meeting e Missioni	11.000,00
Pubblicazioni	3.500,00
TOTALE WG6	312.000,00			5.000,00	3.000,00	4.000,00	0,00	10.000,00	0,00	45.500,00	31.000,00

WG7 ‐ Polmone
Personale a contratto	30.000,00									30.000,00
Materiali	243.000,00		na	10.000,00	5.000,00	5.000,00	na	3.000,00	5.000,00	56.000,00	8.000,00
Noleggi/Servizi	59.500,00			16.000,00				26.500,00
Meeting e Missioni	14.000,00			1.000,00	1.000,00	1.000,00		1.000,00	1.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	1.500,00									1.500,00
TOTALE WG7	348.000,00			27.000,00	6.000,00	6.000,00	0,00	30.500,00	6.000,00	88.500,00	8.000,00

WG8 ‐ Sarcomi
Personale	17.000,00			17.000,00
Materiali	113.000,00				25.000,00
Servizi	21.000,00				4.000,00
Viaggi/Pubblicazioni	14.000,00			1.000,00	6.000,00
Altro	25.000,00			1.800,00	12.000,00
TOTALE WG8	190.000,00			19.800,00	47.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00

WG9 ‐ Oncoematologia
Personale a contratto	30.000,00
Materiali	145.000,00			2.500,00	2.500,00	2.500,00	2.500,00	15.000,00	10.000,00	10.000,00	10.000,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	10.100,00			300,00	300,00	300,00	300,00	300,00	300,00	300,00	300,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG9	185.100,00			2.800,00	2.800,00	2.800,00	2.800,00	15.300,00	10.300,00	10.300,00	10.300,00

WG10 ‐ Genomica
Personale a contratto	27.000,00
Materiali	198.000,00			14.000,00	14.000,00				14.000,00	30.000,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	44.000,00			1.000,00	1.000,00				1.000,00	1.000,00	30.000,00
Pubblicazioni	1.500,00
TOTALE WG10	270.500,00			15.000,00	15.000,00	0,00	0,00	0,00	15.000,00	31.000,00	30.000,00

WG11 ‐ Anatomia Patologica
Personale a contratto	0,00
Materiali	175.700,00		0,00	55.950,00	3.750,00	2.500,00	0,00	19.100,00	5.000,00	4.400,00	12.250,00
Noleggi/Servizi	3.000,00			3.000,00
Meeting e Missioni	26.000,00		1.000,00	3.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG11	204.700,00		1.000,00	61.950,00	4.750,00	3.500,00	1.000,00	20.100,00	6.000,00	5.400,00	13.250,00

WG12 ‐ Radiomica
Personale a contratto	53.560,00			0,00	0,00			28.560,00		0,00	0,00
Materiali	0,00			0,00	0,00			0,00		0,00	0,00
Noleggi/Servizi	141.500,00			8.000,00	17.000,00			32.500,00		17.000,00	8.000,00
Meeting e Missioni	14.000,00			1.000,00	1.000,00			1.000,00		1.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	2.000,00			0,00	0,00			2.000,00		0,00	0,00
TOTALE WG12	211.060,00			9.000,00	18.000,00	0,00	0,00	64.060,00	0,00	18.000,00	9.000,00

WG1 ‐ Meeting ACC 2020 e formazione 141.640,00 60.240,00 17.000,00 18.200,00 0,00

		Acc	Besta	Candiolo	CRO	CROB	Gaslini	Gemelli	GPII Bari	HSR	Humanitas
TOTALE	€2.615.000,00	60.240,00	76.000,00	255.250,00	114.400,00	33.300,00	22.000,00	144.810,00	81.300,00	198.700,00	121.300,00

	TOTALE RICHIESTA	IDI	IEO	INT	IOR	IOV	IRE	Maugeri	Meldola	Mondino	OPBG
WG2 ‐ Mammella		11	12	13	14	15	16	17	18	19	20
Personale a contratto	40.000,00
Materiali	1.500,00
Noleggi/Servizi	20.000,00
Meeting e Missioni	0,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG2	61.500,00

WG3 ‐ Glioblastoma
Personale a contratto	79.000,00		0,00			30.000,00					10.000,00
Materiali	132.000,00		32.000,00			18.000,00					15.000,00
Noleggi/Servizi	23.000,00		10.000,00			0,00
Meeting e Missioni	5.000,00		1.000,00			1.000,00
Pubblicazioni	5.000,00		1.000,00			1.000,00
TOTALE WG3	244.000,00	0,00	44.000,00	0,00	0,00	50.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	25.000,00

WG4 ‐ Colon
Personale a contratto	24.000,00
Materiali	92.000,00	4.250,00	4.250,00	4.250,00		4.250,00	4.250,00		4.250,00
Noleggi/Servizi	2.000,00
Meeting e Missioni	8.500,00	600,00	500,00	500,00		600,00	600,00		600,00
Pubblicazioni	2.000,00
TOTALE WG4	128.500,00	4.850,00	4.750,00	4.750,00	0,00	4.850,00	4.850,00	0,00	4.850,00	0,00	0,00

WG5 ‐ Melanoma
Personale a contratto	115.000,00	26.000,00	26.000,00	21.000,00					21.000,00
Materiali	174.000,00	22.000,00	20.000,00	22.000,00		6.000,00	12.000,00		22.000,00
Noleggi/Servizi	12.000,00						6.000,00
Meeting e Missioni	13.000,00	3.000,00	1.000,00	1.000,00		1.000,00	1.000,00		1.000,00
Pubblicazioni	4.000,00	4.000,00
TOTALE WG5	318.000,00	55.000,00	47.000,00	44.000,00	0,00	7.000,00	19.000,00	0,00	44.000,00	0,00	0,00

WG6 ‐ Immunoterapia
Personale a contratto	64.000,00						40.000,00
Materiali	157.500,00	3.000,00	40.000,00				49.000,00				10.000,00
Noleggi/Servizi	76.000,00	4.000,00	10.000,00	2.000,00		5.000,00	5.000,00		7.000,00
Meeting e Missioni	11.000,00			1.000,00			10.000,00
Pubblicazioni	3.500,00						3.500,00
TOTALE WG6	312.000,00	7.000,00	50.000,00	3.000,00	0,00	5.000,00	107.500,00	0,00	7.000,00	0,00	10.000,00

WG7 ‐ Polmone
Personale a contratto	30.000,00
Materiali	243.000,00	3.000,00	5.000,00	3.000,00	na	18.000,00	48.000,00	na	8.000,00	na	na
Noleggi/Servizi	59.500,00
Meeting e Missioni	14.000,00	2.000,00				1.000,00	1.000,00		1.000,00
Pubblicazioni	1.500,00
TOTALE WG7	348.000,00	5.000,00	5.000,00	3.000,00	0,00	19.000,00	49.000,00	0,00	9.000,00	0,00	0,00

WG8 ‐ Sarcomi
Personale	17.000,00
Materiali	113.000,00			25.000,00	17.000,00	3.000,00	20.000,00		17.000,00
Servizi	21.000,00										17.000,00
Viaggi/Pubblicazioni	14.000,00			1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00		1.000,00		1.000,00
Altro	25.000,00			2.600,00	1.800,00	400,00	2.100,00		1.800,00		1.800,00
TOTALE WG8	190.000,00	0,00	0,00	28.600,00	19.800,00	4.400,00	23.100,00	0,00	19.800,00	0,00	19.800,00

WG9 ‐ Oncoematologia
Personale a contratto	30.000,00		15.000,00				15.000,00
Materiali	145.000,00		25.000,00	15.000,00		2.500,00	15.000,00		20.000,00		2.500,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	10.100,00		5.000,00	300,00		300,00	300,00		300,00		300,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG9	185.100,00		45.000,00	15.300,00		2.800,00	30.300,00		20.300,00		2.800,00

WG10 ‐ Genomica
Personale a contratto	27.000,00		27.000,00
Materiali	198.000,00	14.000,00			14.000,00	14.000,00	14.000,00		14.000,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	44.000,00	1.000,00	1.000,00		1.000,00	1.000,00	1.000,00		1.000,00
Pubblicazioni	1.500,00		1.500,00
TOTALE WG10	270.500,00	15.000,00	29.500,00	0,00	15.000,00	15.000,00	15.000,00	0,00	15.000,00	0,00	0,00

WG11 ‐ Anatomia Patologica
Personale a contratto	0,00
Materiali	175.700,00	2.500,00	19.500,00	6.250,00	0,00	5.600,00	7.000,00	0,00	7.000,00	0,00	0,00
Noleggi/Servizi	3.000,00
Meeting e Missioni	26.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG11	204.700,00	3.500,00	20.500,00	7.250,00	1.000,00	6.600,00	8.000,00	1.000,00	8.000,00	1.000,00	1.000,00

WG12 ‐ Radiomica
Personale a contratto	53.560,00		0,00						0,00
Materiali	0,00		0,00						0,00
Noleggi/Servizi	141.500,00		8.000,00						17.000,00
Meeting e Missioni	14.000,00		1.000,00						1.000,00
Pubblicazioni	2.000,00		0,00						0,00
TOTALE WG12	211.060,00	0,00	9.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00	18.000,00	0,00	0,00

WG1 ‐ Meeting ACC 2020 e formazione 141.640,00 21.000,00 21.000,00

		IDI	IEO	INT	IOR	IOV	IRE	Maugeri	Meldola	Mondino	OPBG
TOTALE	€2.615.000,00	90.350,00	254.750,00	105.900,00	35.800,00	114.650,00	256.750,00	22.000,00	145.950,00	22.000,00	58.600,00

BUDGET

	TOTALE RICHIESTA	Pascale	S. De Bellis	S. Martino	S.G. Rotondo	SDN	USL RE
WG2 ‐ Mammella		21	22	23	24	25	26
Personale a contratto	40.000,00			40.000,00
Materiali	1.500,00			1.500,00
Noleggi/Servizi	20.000,00			20.000,00
Meeting e Missioni	0,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG2	61.500,00			61.500,00

WG3 ‐ Glioblastoma
Personale a contratto	79.000,00
Materiali	132.000,00
Noleggi/Servizi	23.000,00
Meeting e Missioni	5.000,00
Pubblicazioni	5.000,00
TOTALE WG3	244.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00

WG4 ‐ Colon
Personale a contratto	24.000,00
Materiali	92.000,00	4.250,00	15.000,00				3.000,00
Noleggi/Servizi	2.000,00
Meeting e Missioni	8.500,00	800,00	800,00				600,00
Pubblicazioni	2.000,00
TOTALE WG4	128.500,00	5.050,00	15.800,00	0,00	0,00	0,00	3.600,00

WG5 ‐ Melanoma
Personale a contratto	115.000,00
Materiali	174.000,00	12.000,00		12.000,00
Noleggi/Servizi	12.000,00
Meeting e Missioni	13.000,00	1.000,00		1.000,00
Pubblicazioni	4.000,00
TOTALE WG5	318.000,00	13.000,00	0,00	13.000,00	0,00	0,00	0,00

WG6 ‐ Immunoterapia
Personale a contratto	64.000,00	12.000,00
Materiali	157.500,00	4.000,00
Noleggi/Servizi	76.000,00	3.000,00					5.000,00
Meeting e Missioni	11.000,00
Pubblicazioni	3.500,00
TOTALE WG6	312.000,00	19.000,00	0,00	0,00	0,00	0,00	5.000,00

WG7 ‐ Polmone
Personale a contratto	30.000,00
Materiali	243.000,00	3.000,00	na	27.000,00	31.000,00	na	5.000,00
Noleggi/Servizi	59.500,00				17.000,00
Meeting e Missioni	14.000,00	1.000,00		1.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	1.500,00
TOTALE WG7	348.000,00	4.000,00	0,00	28.000,00	49.000,00	0,00	5.000,00

WG8 ‐ Sarcomi
Personale	17.000,00
Materiali	113.000,00	6.000,00
Servizi	21.000,00
Viaggi/Pubblicazioni	14.000,00	1.000,00
Altro	25.000,00	700,00
TOTALE WG8	190.000,00	7.700,00	0,00	0,00	0,00	0,00	0,00

WG9 ‐ Oncoematologia
Personale a contratto	30.000,00
Materiali	145.000,00	2.500,00		2.500,00	2.500,00		2.500,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	10.100,00	300,00		300,00	300,00		300,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG9	185.100,00	2.800,00		2.800,00	2.800,00		2.800,00

WG10 ‐ Genomica
Personale a contratto	27.000,00
Materiali	198.000,00	14.000,00		14.000,00	14.000,00		14.000,00
Noleggi/Servizi	0,00
Meeting e Missioni	44.000,00	1.000,00		1.000,00	1.000,00		1.000,00
Pubblicazioni	1.500,00
TOTALE WG10	270.500,00	15.000,00	0,00	15.000,00	15.000,00	0,00	15.000,00

WG11 ‐ Anatomia Patologica
Personale a contratto	0,00
Materiali	175.700,00	5.000,00	1.000,00	16.000,00	2.900,00	0,00	0,00
Noleggi/Servizi	3.000,00
Meeting e Missioni	26.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	1.000,00	0,00	1.000,00
Pubblicazioni	0,00
TOTALE WG11	204.700,00	6.000,00	2.000,00	17.000,00	3.900,00	0,00	1.000,00

WG12 ‐ Radiomica
Personale a contratto	53.560,00	0,00				25.000,00	0,00
Materiali	0,00	0,00					0,00
Noleggi/Servizi	141.500,00	17.000,00					17.000,00
Meeting e Missioni	14.000,00	1.000,00				5.000,00	1.000,00
Pubblicazioni	2.000,00	0,00					0,00
TOTALE WG12	211.060,00	18.000,00	0,00	0,00	0,00	30.000,00	18.000,00

WG1 ‐ Meeting ACC 2020 e formazione 141.640,00 4.200,00

		Pascale	S. De Bellis	S. Martino	S.G. Rotondo	SDN	USL RE
TOTALE	€2.615.000,00	90.550,00	22.000,00	137.300,00	70.700,00	30.000,00	50.400,00

TOTALE PER CIASCUN IRCCS