TRA
CONVENZIONE PER LA REALIZZAZIONE DEL PROGETTO RETE ACC - ACCORD, THE ACC OMICS REGISTRY: A DIGITAL ENVIRONMENT TO LEVERAGE OBSERVATIONAL CANCER “OMICS” DATA TO DEVELOP COMPUTER-ASSISTED DIAGNOSTIC AND PREDICTIVE MODELS FINANZIATO DAL MINISTERO DELLA SALUTE CON FONDI RICERCA CORRENTE RETI 2022
TRA
- Istituto Europeo di Oncologia S.r.l., con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxxxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 08691440153, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxx. Xxxxx Xxxxx, nato ad Ancona il 9/02/1955 (di seguito nominato anche “Capofila”);
E
- Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 80018230153, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxx Xxxxxx, nato a Varese il 06/10/1958 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Roma, Xxxxx Xxxxxxxxx Xxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX/X.X. 13109681000, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Procuratore Speciale, Prof. Xxxxx Xxxxxxxx, nato a Piacenza il 07/10/1962 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena, con sede legale in Roma, Xxx Xxxx Xxxxxxxx x.00, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 02153140583, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx.ssa Xxxxxx Xxxxxxxx nata il Roma il 15/03/1959 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico, con sede legale in Bari, Xxxxx Xxxxxx Xxxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. IT00727270720, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Avv. Xxxxxxxxxx Xxxxx Xxxxx, nato a Pescara il 22/07/1970 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx, con sede legale in Genova, Xxxxx Xxxxxxx Xxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 02060250996, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Scientifico, Prof. Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Genova il 18/11/1964, autorizzato alla stipula del presente atto giusta poteri conferiti con nota prot. n. 5796 del 08/02/2021 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 07636600962, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Ricerca, Dott.ssa Xxxx Xxxxxx d’Xxxxxx Xxxxxxx, nata a Roma il 22/06/1982 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Mirasole S.p.A., con sede legale in Rozzano (MI), Xxx Xxxxxxx x. 00, XXX 00000, X. XXX XX00000000000, C.F. 10125410158, legalmente
rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxx, nato
a Vercelli il 22/07/1965 (di seguito nominato anche “Partner”);
- SYNLAB SDN S.p.A., IRCCS, con sede legale in Napoli, Via Xxxxxxxxx Xxxxxx n. 8, CAP 80121, P. IVA/C.F. 01288650631, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, nato a Napoli il 03/05/1968 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS, con sede legale in San Xxxxxxxx Xxxxxxx (FG), Xxxxx Xxxxxxxxxx x. x., XXX 00000 X. XXX 00000000000, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a San Xxxxxxxx Xxxxxxx (FG) il 22/11/1967 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Ospedale Pediatrico Bambino Gesù, Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico, Istituzione della Santa Sede, con sede legale in Roma, Piazza S. Onofrio n. 4, zona extraterritoriale in base al Trattato del Laterano, CAP 00165, C.F. 80403930581, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Scientifico e Procuratore Speciale, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxxxxxx, nato a Bricherasio (TO) il 07/05/1941 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo, con sede legale in Candiolo (TO), Xxx. Xxxx 000, xx 0,00, XXX 00000, P. IVA10202940010, C.F.95596990010, legalmente
rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxx, nato a
Messina (ME) il 04/06/1963 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS, con sede legale in Padova, Xxx Xxxxxxxxxxx 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 04074560287, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx.ssa Xxxxxxxx Xxxxxx, nata ad Arco (TN) il 10/06/1959 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Istituto Ortopedico Rizzoli, con sede legale in Bologna, Via di Barbiano n. 1/10, CAP 40136,
P. IVA/C.F. 00302030374, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Modena il 08/09/1968 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Istituto Romagnolo per lo Studio dei Tumori "Xxxx Xxxxxxx" (IRST), con sede legale in Meldola, Xxx Xxxxx Xxxxxxxxxx, 00, XXX 00000, X. XXX/X.X. 03154520401, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Medicina (BO) il 03/04/1959 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata, con sede legale in Rionero in Vulture (PZ), Xxx Xxxxx Xxx x. 0, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 93002460769, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Commissario Straordinario, Dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, nata a Roma il 05/05/1966 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituto Dermopatico dell'Immacolata, Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico di proprietà e gestito dalla Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx, Ente Morale dotato di personalità giuridica di diritto privato con sede legale in Roma, Xxx xxx Xxxxx xx Xxxxx 000, XXX 00000, X. XXX 00000000000/X.X. 97831400581, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Presidente, P. Xxxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Villanovaforru (CA) il 07/05/1956 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Centro di Riferimento Oncologico, con sede legale in Xxxxxx (XX), Xxx Xxxxxx Xxxxxxx x. 0, CAP 33081, P. IVA/C.F. 00623340935, legalmente rappresentato - giusta delibera n. 450 del 29/09/2022 - ai fini del presente atto dal Direttore Scientifico, Dott.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxxx, nata a Milano (MI) il 09/02/1955 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Fondazione I.R.C.C.S. Policlinico “San Xxxxxx”, con sede legale in Pavia, Xxxxx Xxxxx 00, XXX 00000, X. XXX 00000000000, C.F. 00303490189, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx, nato a Cremona (CR) il 12/04/1962 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Pavia, Xxx Xxxxxxx x. 0, XXX 00000, X. XXX/X.X. 00396070187, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dall’Amministratore Delegato e Direttore Generale Xxxx. Xxxxx Xxxxxx Xxxxxxxx, nato a Pavia (PV) il 20/06/1965 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Emilia, con sede legale in Reggio Xxxxxx, Via Xxxxxxxx Xxxxxxxx n. 2, CAP 42122, P. IVA/C.F. 01598570354, legalmente rappresentato ai fini del presente atto, come da Delibera n. 224 del 30.05.2022, dal Direttore f.f. della S.C. Infrastruttura Ricerca e Statistica, Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxx, nata a Formigine (MO) il 21/07/1977 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx, con sede legale in Genova, Via Xxxxxxxx Xxxxxxx n. 5, CAP 16147, P.IVA 00577500101, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale e Procuratore Speciale dell'IRCCS Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx (giusta Procura Speciale Repertorio n. 34642 - Raccolta n. 16146 registrata presso l'Agenzia delle Entrate di Genova in data 26.05.2022 al n. 19272 Serie 1T), Xxxx. Xxxxxx Xxxxx, nato a Caracas (VEN) il 30/12/1957 (di seguito nominato anche "Partner");
- Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx, con sede legale in Xxxxxx, Xxx Xxxxxxx x. 00 XXX 00000 X. XXX 00000000000 C.F. 01668320151, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Scientifico, Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxx Xxxxxx, nato a Belluno il 22/03/1965 (di seguito nominato anche “Partner”);
- Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx, con sede legale in Napoli, Via Xxxxxxx Xxxxxxx, CAP 80131, C.F. 00911350635, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx, nato a Futani (SA) il 17/06/1958 (di seguito nominato anche “Partner”);
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Policlinico di Sant’Orsola, con sede legale in Bologna, Via Albertoni n. 15, CAP 40138, P. IVA02553300373, C.F. 92038610371, legalmente rappresentato ai fini del presente atto dal Direttore Generale, Xxxx.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxx, nata a Modena (MO) il 19/07/1966 (di seguito nominato anche “Partner”)
di seguito nominati congiuntamente anche come i “Partner” o le “Parti”
PREMESSO CHE
- il Ministero della Salute ha disposto che una quota dei fondi di Ricerca Corrente venga annualmente assegnata alle attività delle “Reti IRCCS” per la realizzazione di specifici progetti;
- in data 13/04/2022, il Ministero della Salute ha trasmesso, tra le altre, anche alla Rete Alleanza Contro il Cancro (ACC) la Procedura di assegnazione fondi per spese correnti connesse ad attività di Rete anno 2022 (protocollo 1401-13/04/2022 - Allegato 1);
- in data 27/05/2022, ACC ha trasmesso al Ministero, tra gli altri, anche il progetto ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer “omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models (di seguito anche Progetto) coordinato dal Xxxx. Xxxx Xxxxxxxxxx, con capofila Istituto Europeo di Oncologia;
- in data 09/08/2022, il Ministero della Salute ha trasmesso, tra le altre, anche ad ACC il decreto direttoriale di approvazione della graduatoria dei progetti di ricerca corrente reti - Fondo progetti 2022, che vede il Progetto collocato in posizione utile per il finanziamento;
- al predetto Progetto è stato assegnato un finanziamento da parte del Ministero della Salute di Euro 1.851.950,00;
- in data 29/09/2022 il Capofila ha trasmesso al Ministero della Salute il progetto in lingua inglese aggiornato sulla base dei commenti dei revisori (Allegato 2) e la scheda sintetica del Progetto redatta in italiano (Allegato 3);
- in data 12/10/2022 il Capofila ha trasmesso al Ministero della Salute il cronoprogramma del Progetto (Allegato 4);
- al presente Xxxxxxxx partecipano i seguenti IRCCS (Partner), con le relative quote di finanziamento
IRCCS (denominazione breve WF) | Quota prevista (€) |
I.E.O. | 283.775,00 |
ISTITUTO TUMORI MILANO | 49.500,00 |
FONDAZIONE GEMELLI | 142.650,00 |
REGINA XXXXX | 138.875,00 |
ONCOLOGICO DI BARI | 33.000,00 |
Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | 192.000,00 |
SAN XXXXXXXX MILANO | 160.650,00 |
HUMANITAS | 167.800,00 |
SYNLAB SDN | 22.000,00 |
CASA SOLLIEVO SOFFERENZA | 104.000,00 |
OSPEDALE BAMBINO GESU | 38.500,00 |
Istituto Oncologico Candiolo | 31.900,00 |
I.O.V. | 108.900,00 |
RIZZOLI | 30.250,00 |
Istituto Scientifico Romagnolo | 22.000,00 |
CROB | 33.000,00 |
I.D.I. | 17.600,00 |
C.R.O. AVIANO | 121.550,00 |
X. XXXXXX | 22.000,00 |
MONDINO | 17.600,00 |
AUSLRE Ist. Tecnologie Avanzate | 22.000,00 |
GASLINI | 22.000,00 |
XXXXX XXXXX | 33.000,00 |
PASCALE | 16.500,00 |
AOU BOLOGNA | 20.900,00 |
Totale | 1.851.950,00 |
- in data 30/09/2022 il Ministero della Salute ha comunicato all’Istituto Europeo di Oncologia la rettifica della procedura di assegnazione dei fondi RCR 2022 (Allegato 5).
CONSIDERATO CHE
il Progetto ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer
“omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models:
▪ è stato condiviso ed accettato da ciascun IRCCS sopra elencato;
▪ sarà svolto secondo quanto dettagliato nel relativo testo, approvato da tutti i Partner ed allegato alla presente Convenzione (Allegato 2);
▪ prevede la ripartizione tra i predetti 25 IRCCS del finanziamento di euro € 1.851.950,00 suddiviso per voci di spesa;
▪ le Parti si impegnano ad onorare tutte le scadenze e le procedure previste dal Ministero della Salute.
TUTTO CIÒ PREMESSO E CONSIDERATO, SI CONVIENE E SI STIPULA QUANTO SEGUE ART. 1 - OGGETTO DELLA CONVENZIONE
1.1 Oggetto della presente Convenzione è l'attuazione del Progetto richiamato in premessa, così
come descritto nell’Allegato 2.
ART. 2 – DURATA
2.1 Il Progetto ha avuto inizio in data 1° gennaio 2022 e terminerà il 30 giugno 2023, così come
indicato nell’Allegato 5, salvo eventuali proroghe concesse dal Ministero della Salute.
2.2 La presente Convenzione ha efficacia a far data dal 1° gennaio 2022, contestualmente con la decorrenza del Progetto, e terminerà i suoi effetti alla conclusione di tutte le attività inerenti al Progetto, incluso l’invio al Ministero della Salute della rendicontazione scientifica ed economica del Progetto stesso.
ART. 3 – DIRETTORI SCIENTIFICI
3.1 I Direttori Scientifici delle Parti supervisionano e coordinano le procedure operative, svolgono verifiche di congruità e validano la rendicontazione sia scientifica che economica delle attività svolte all’interno dell’IRCCS di appartenenza.
ART. 4 - RESPONSABILI SCIENTIFICI
4.1 Per le finalità di cui alla presente Convenzione, ciascuna Direzione Scientifica provvederà ad identificare il proprio Responsabile Scientifico del Progetto e a comunicarlo al Capofila.
4.2 L’eventuale sostituzione del Responsabile Scientifico dovrà essere comunicata per iscritto al Capofila, ove possibile, con un ragionevole preavviso.
ART. 5 – MODALITA’ DI EROGAZIONE DEL CONTRIBUTO
5.1 Il finanziamento di € 1.851.950,00 è stato ripartito tra i Partner come riportato nella scheda budget del Progetto di cui in allegato (Allegato 6).
5.2 Il finanziamento verrà erogato dal Ministero della Salute al Capofila con le seguenti modalità:
- anticipo pari al 60% del finanziamento assegnato entro la fine del 2022;
- saldo pari al 40% del finanziamento assegnato previa positiva valutazione della relazione scientifica e della rendicontazione delle spese sostenute.
5.3 Il Capofila trasferirà ai Partner le rispettive quote di finanziamento in presenza di attestazione di credito ricevuta da ciascun Partner e mediante bonifico bancario. L’attestazione di credito dovrà riportare il CUP generato, nonché l’indicazione dell’IBAN.
5.4 Il trasferimento avverrà solo dopo che il Capofila lo avrà effettivamente ricevuto e in regime di esclusione dal campo IVA, ai sensi del DPR 622/1972, e successive modificazioni, in quanto ricade nella gestione dei fondi stanziati per attività di ricerca e sperimentazione. Questa specifica destinazione ne esclude l’utilizzo per fini diversi da quelli stabiliti nel piano economico del Progetto.
ART. 6 – MODALITA’ DI UTILIZZO DEL CONTRIBUTO
6.1 L’intero contributo erogato a ciascun Partner deve essere speso e liquidato entro e non oltre il 30/06/2023.
6.2 Ogni documento di spesa dovrà riportare il CUP generato dal singolo Partner.
6.3 Per la rendicontazione, ciascun Partner si impegna a rispettare tutte le direttive impartite dal Ministero della Salute, a trasmettere il rendiconto economico tramite Workflow della Ricerca entro e non oltre il 25 luglio 2023, e, entro la medesima data, ad inviare al Capofila una copia del rendiconto economico sottoscritto dal proprio Legale Rappresentante.
6.4 Per la rendicontazione delle spese del personale e degli overheads, ciascun Partner si impegna a rispettare quanto indicato nella comunicazione protocollo n. 2302 del 23/06/2020 (Allegato 7).
6.5 Come disposto dal Ministero della Salute (vedi Allegato 1), qualsiasi anomalia o irregolarità nella rendicontazione determinerà il recupero per compensazione a valere sui fondi della RC 2023, da parte del Ministero stesso, delle somme non utilizzate o non eleggibili.
ART. 7 – RELAZIONE SCIENTIFICA
7.1 Il termine per la presentazione della relazione scientifica al Ministero della Salute è fissato al 31 luglio 2023. Ciascun Partner si impegna di conseguenza a trasmettere il proprio contributo al Capofila entro il 30 giugno 2023.
7.2 La relazione scientifica sarà soggetta a valutazione da parte del Ministero della Salute secondo i criteri di cui al punto 3 Valutazione Ricerca Corrente Reti 2022: penalità e compensazioni dell’Allegato 1.
ART. 8 - NORME APPLICABILI ALLA RICERCA E AUTORIZZAZIONI ALLO SVOLGIMENTO DELLE ATTIVITA'
8.1 Il Progetto dovrà essere condotto secondo le vigenti disposizioni in materia e nel più scrupoloso rispetto del protocollo, dei principi etici e deontologici che ispirano l’attività medica.
8.2 Nel caso in cui per lo svolgimento delle attività previste dalla presente Convenzione siano necessari autorizzazioni/pareri preventivi da parte del Comitato Etico competente o di altro organismo di sorveglianza o controllo, ciascun Partner, per le attività di propria competenza, si farà carico di ottenere tali autorizzazioni, che saranno comunicate formalmente e per iscritto al Capofila. Le attività in questione potranno essere avviate unicamente dopo l’ottenimento di tali autorizzazioni/pareri.
ART. 9 - RECESSO
9.1 Ciascuna delle Parti può recedere dalla presente Convenzione prima della data di estinzione, inviando al Capofila lettera-raccomandata A.R. con preavviso di almeno 30 (trenta) giorni. Sono fatti salvi gli impegni assunti dalle Parti fino alla data di comunicazione del recesso.
In caso di somme non utilizzate alla data del recesso, troverà applicazione quanto previsto all’art
6.5 che precede.
ART. 10 - MODIFICHE
10.1 Le disposizioni della presente Convenzione potranno essere successivamente modificate soltanto con il consenso di tutte le Parti e in forma scritta, da persone munite di poteri di rappresentanza in nome e per conto delle Parti stesse.
ART. 11 - PROPRIETÀ, UTILIZZAZIONE E PUBBLICAZIONE DEI RISULTATI
11.1 Ciascun Partner resterà unico titolare dei dati, conoscenze, invenzioni, materiali, know-how e diritti di proprietà industriale e intellettuale relativi:
• alle proprie conoscenze pregresse, cioè generate prima della stipula della presente Convenzione (“Background”);
• alle proprie conoscenze parallele, cioè generate durate il periodo di validità della presente Convenzione ma non oggetto della stessa (“Sideground”).
11.2 I risultati, le conoscenze, il know-how e le invenzioni, ancorché non brevettabili o non brevettate, nonché i brevetti e ogni altro diritto di privativa industriale risultanti dall’attività oggetto della presente Convenzione (“Risultati”), saranno di proprietà del Partner o dei Partner che hanno contribuito al loro conseguimento. In caso di Risultati generati congiuntamente da due o più Partner, la titolarità sarà condivisa tra i Partner che li hanno generati, in misura proporzionale al contributo prestato da ciascun Partner (c.d. criterio di proporzionalità rispetto ai materiali/dati forniti e alle attività svolte, oltre che contributo inventivo del personale coinvolto di ciascun Partner) al conseguimento di tali Risultati e fatti salvi i diritti morali di autore o di inventore ai sensi della normativa vigente, con particolare riferimento alle disposizioni contenute nell’art. 2590 c.c., nella Legge n. 633/1941 e nell’art. 62 del Codice della Proprietà Industriale di cui al D.Lgs. 30/2005 in tema di diritti morali dell’autore/inventore. In caso di brevetti o altro diritto di privativa industriale relativi a Risultati congiunti, i co-titolari si accorderanno mediante stipula di un accordo inter- istituzionale su titolarità, modalità di protezione e valorizzazione del trovato a titolarità congiunta, nonché ripartizione degli oneri e degli eventuali proventi derivanti dal loro sfruttamento, in conformità con i rispettivi regolamenti interni, nonché nel rispetto di eventuali diritti di terzi e della normativa vigente.
11.3 I Responsabili delle attività dovranno prontamente comunicare reciprocamente i trovati suscettibili di protezione derivanti dai Risultati raggiunti nello svolgimento delle attività.
11.4 Nell’ipotesi in cui il/i Partner cui la presente Convenzione accorda la titolarità dei Risultati della ricerca non abbia/abbiano interesse a chiedere a nome proprio la domanda di privativa relativamente a detti Risultati, l’altro/altri Partner, previa comunicazione al/i primo/i, potrà/potranno procedere autonomamente alla domanda di privativa, acquisendo tutti i diritti collegati alla titolarità, fatto salvo il diritto morale degli inventori o autori ad essere riconosciuti come tali. La rinuncia dovrà essere formalizzata mediante apposito atto scritto di cessione tra il/i Partner cedente e il/i Partner cessionario/i.
11.5 Utilizzazione e pubblicazione dei Risultati: nell’ipotesi di Risultati realizzati congiuntamente, in piena ed effettiva collaborazione, i Partner si impegnano ad effettuare congiuntamente le pubblicazioni, purché tali pubblicazioni non compromettano la protezione dei Risultati e/o non contengano Informazioni Riservate degli altri Partner. A tale scopo, i Partner si impegnano ad informarsi reciprocamente almeno trenta (30) giorni prima della sottomissione del manoscritto o di altra forma di divulgazione al fine di consentire l’eventuale protezione dei Risultati mediante deposito di domande di brevetto o altra privativa e/o la rimozione di Informazioni Riservate. Qualora entro tale termine non pervengano osservazioni o commenti scritti, la pubblicazione/divulgazione potrà avvenire liberamente. Le pubblicazioni dovranno riportare il nominativo degli autori che hanno contribuito ai Risultati oggetto delle pubblicazioni, secondo gli standard scientifici e accademici.
11.6 In ipotesi di Risultati realizzati e costituiti da contributi dei Partner autonomi e separabili, ancorché organizzabili in forma unitaria, ogni Partner potrà autonomamente pubblicare e/o rendere noti i Risultati dei propri studi, ricerche, riconoscendo espressamente il contributo degli altri Partner e dandone opportuna comunicazione. Nel caso in cui tali pubblicazioni dovessero contenere dati ed informazioni resi noti da un Partner agli altri confidenzialmente, il/i Partner che intendono divulgare tali dati e informazioni dovranno chiedere preventiva autorizzazione scritta agli altri Partner.
11.7 Le pubblicazioni scientifiche inerenti alla Ricerca Corrente Reti 2022, oltre a contenere l’indicazione del finanziamento ministeriale, alla fine delle affiliazioni degli autori dovranno contenere la dicitura “on behalf of Alliance Against Cancer, nome del progetto/WP”.
ART. 12 - DIRITTI DI ACCESSO ALLE CONOSCENZE
12.1 Ciascun Partner ha accesso libero, non esclusivo, gratuito, senza diritto di sub-licenza, limitato alla durata e alla realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione, alle informazioni, conoscenze tecniche preesistenti ed ai diritti di proprietà intellettuale a queste riferite, detenute dagli altri Partner prima della sottoscrizione della Convenzione e necessarie per lo svolgimento delle attività, ad eccezione di quelle contenute nell’apposita lista eventualmente inserita nel Progetto – se presente. Qualsiasi accesso al Background per ragioni diverse da quelle sopra indicate dovrà essere negoziato con accordo separato; resta inteso che la Parte titolare del Background non sarà obbligata a concedere accesso al proprio Background per ragioni diverse da quelle della presente Convenzione.
ART. 13 - SEGRETEZZA DELLE INFORMAZIONI E DEI RISULTATI
13.1 Fermi restando i diritti di accesso di cui all’articolo 12 della presente Convenzione, i Partner si impegnano a mantenere la più assoluta confidenzialità e riservatezza per un periodo di cinque (5) anni, decorrente dal momento del ricevimento, su qualsiasi aspetto, di notizia ed informazione di cui venissero a conoscenza durante l’esecuzione dei progetti ed iniziative, nonché sul know-how, sui materiali, dispositivi, tecnologia e attrezzature apportate dai Partner o messe a disposizione reciprocamente, nonché su qualsiasi “Informazione Riservata” (intendendosi per “informazioni riservate” tutte le informazioni, dati o conoscenze di natura tecnico-scientifica, commerciale o finanziaria, in qualsiasi forma espressi e/o su qualsiasi supporto memorizzati, che siano stati comunicati da una Parte all’altra nell’ambito del rapporto oggetto della presente Convenzione e in ragione di esso, anche quando non specificamente e visibilmente qualificati ed indipendentemente dall’apposizione sugli stessi della dicitura “confidenziali” o “riservati” o “segreti”), fatto salvo un diverso accordo tra le Parti.
13.2 I Partner si impegnano a non rivelare o comunicare in alcun modo a terzi per qualsivoglia scopo o ragione estranea alla realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione qualsiasi Informazione Riservata reciprocamente trasmessa e ricevuta durante lo svolgimento della presente Convenzione. Nel caso sia necessario comunicare a terzi qualsiasi Informazione Riservata ai fini della realizzazione delle attività oggetto della presente Convenzione, questi ultimi saranno vincolati dagli stessi obblighi di confidenzialità previsti dalla presente Convenzione.
13.3 Le informazioni Riservate potranno tuttavia essere divulgate ai dipendenti ed ai consulenti delle Parti che abbiano necessità di conoscerle purché siano vincolati dai Partner agli stessi obblighi di riservatezza previsti dal presente Accordo, comunque rispondendone i Partner in caso di violazioni.
Nessuna delle Informazioni Riservate potrà essere utilizzata dai Partner per scopi diversi da quelli previsti dalla presente Convenzione.
13.4 I Partner non potranno utilizzare, copiare, duplicare, riprodurre o registrare in qualsivoglia forma e con qualsiasi mezzo le Informazioni Riservate reciprocamente trasmesse, salvo che nella
misura strettamente necessaria per consentire la realizzazione degli obiettivi oggetto della presente Convenzione.
13.5 I Partner si impegnano ad adottare tutte le cautele e le misure di sicurezza necessarie a proteggere le Informazioni Riservate e ad assicurare che non venga in alcun modo leso il carattere della loro riservatezza. Ciascun Partner comunicherà tempestivamente per iscritto agli altri Partner ogni eventuale uso non autorizzato o divulgazione delle Informazioni Riservate di cui giunga a conoscenza e fornirà tutta la ragionevole assistenza per far cessare tale uso e/o divulgazione non autorizzati.
13.6 Gli obblighi di riservatezza di cui alla presente Convenzione si intendono estesi a qualsiasi persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner.
13.7 Le obbligazioni previste dalla presente Convenzione non si applicano alle Informazioni Riservate che:
• al momento della comunicazione siano già note al Partner che le riceve, purché tale precedente conoscenza possa essere adeguatamente provata;
• al momento della comunicazione siano di pubblico dominio o che dopo la comunicazione, siano divenute di pubblico dominio per fatti diversi dall’inadempimento della presente Convenzione;
• siano divulgate secondo quanto previsto da leggi, regolamenti o da ordini di autorità giudiziarie o amministrative o di altri Enti Pubblici;
• siano comunicate ad uno dei Partner da terzi che diano prova di esserne in possesso legalmente e/o di poterne disporre senza violare i diritti dei Partner.
13.8 In tali casi, il Partner che ne abbia avuto notizia dovrà darne preventiva informativa agli altri Partner e concordare con gli stessi, relativamente al contenuto di tali Informazioni Riservate, l’opportunità di eventuali opposizioni.
13.9 I Partner sono responsabili e si impegnano a mantenere e trattare tutti i dati e le informazioni sia fornite agli altri Partner sia acquisite dagli altri Partner in assoluta riservatezza impegnandosi ad estendere tale obbligo a qualunque altra persona fisica o giuridica in qualsiasi modo collegata con uno dei Partner, che per qualsiasi motivo venisse a conoscenza di tali dati riservati.
ART. 14 - ASSICURAZIONI E SICUREZZA
14.1 Ciascun Partner provvederà alla copertura assicurativa di legge del proprio personale che, in virtù della presente Convenzione verrà chiamato a frequentare la/le sede/i di esecuzione delle attività.
14.2 Il personale di un Partner, coinvolto nelle attività oggetto della presente Convenzione, che si recherà presso una sede di altro Partner per l’esecuzione di lavori e/o attività relative alla presente Convenzione, sarà tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nella sede dell’altro Partner, fermo restando che la copertura assicurativa rimane a carico della struttura di appartenenza.
14.3 Il personale di ciascun Partner è tenuto ad uniformarsi ai regolamenti disciplinari e di sicurezza in vigore nelle sedi di esecuzione delle attività attinenti alla presente Convenzione. Ai sensi delle disposizioni contenute nel Testo unico 81/2008 la disponibilità di dispositivi di protezione individuale (DPI), in relazione ai rischi specifici presenti nella struttura ospitante, viene assegnata al soggetto al quale, per legge e/o per regolamento, è attribuita tale responsabilità nell’ambito della struttura ospitante.
ART. 15 - ANTICORRUZIONE
15.1 I Partner si impegnano a rispettare reciprocamente la normativa in materia di anticorruzione, di cui alla L. 190/2012 e al D.Lgs. 231/2001, e ad astenersi da qualsiasi comportamento che sia
vietato dalle norme nazionali o da altre norme contro la corruzione applicabili (di seguito
collettivamente “Norme contro la corruzione”).
15.2 A solo titolo esemplificativo e non esaustivo, i Partner si asterranno dall’effettuare o promettere qualsiasi pagamento o dal prestare o promettere altro bene o utilità, in favore di qualsiasi dirigente, funzionario o dipendente pubblico, membro di partito politico o candidato ad elezioni politiche o amministrative o in favore di qualsiasi altra terza parte rispetto alla presente Convenzione che possa comportare la violazione delle Norme contro la corruzione.
15.3 Ciascun Partner dichiara di aver preso visione dei piani triennali di prevenzione della corruzione e dei codici di comportamento degli altri Partner e di essere a conoscenza dei relativi contenuti e prescrizioni.
15.4 I Partner riconoscono ed accettano reciprocamente che il puntuale rispetto degli obblighi previsti al paragrafo precedente riveste carattere essenziale e che qualsiasi violazione delle disposizioni di cui al presente articolo autorizzerà i Partner adempienti a tali obblighi a risolvere unilateralmente la presente Convenzione ai sensi dell’art. 1456 c.c.
ART. 16 - TRATTAMENTO DATI PERSONALI
16.1 I Partner provvedono al trattamento dei dati personali per l’esecuzione della presente Convenzione nell’ambito del perseguimento dei propri fini istituzionali e nel rispetto di quanto previsto dal D.Lgs. 196 del 30 giugno 2003 «Codice in materia di protezione dei dati personali», e successive modifiche ed integrazioni, e del Regolamento EU n. 679 del 2016 (GDPR) insieme con l’attuativo D.Lgs. 101/2018.
16.2 I Partner dichiarano reciprocamente di essere informati (e, per quanto di ragione, espressamente acconsentire) che i “dati personali”, anche di natura particolare, forniti anche verbalmente per l’attività precontrattuale o comunque raccolti in conseguenza e nel corso dell’esecuzione della presente Convenzione, vengano trattati esclusivamente per le finalità proprie della Convenzione.
16.3 Ciascun Partner, come sopra individuato, denominato e domiciliato, sarà autonomo titolare dei dati dallo stesso raccolti e forniti sia in fase precontrattuale sia in fase contrattuale.
16.4 Le Parti prendono atto che, relativamente ai dati personali, anche di natura particolare, trattati per la conclusione ed esecuzione della presente Convenzione, la persona fisica cui si riferiscono i dati (“interessato”) gode del diritto di accesso, rettifica, limitazione, cancellazione, portabilità ed opposizione (artt. 15-22 del GDPR), nonché del diritto di reclamo al Garante Privacy.
I Partner dichiarano di essere a conoscenza, ai sensi degli artt. 13 e 14 del GDPR, che i dati personali comunicati da ciascuna per la conclusione ed esecuzione della presente Convenzione sono raccolti e trattati dall’altra, quale Titolare, esclusivamente per tali finalità e per i correlati adempimenti normativi, amministrativi e contabili, mediante idonee modalità e procedure (anche informatizzate), attraverso il personale interno appositamente autorizzato e tramite collaboratori esterni designati quali responsabili del trattamento o autorizzati a svolgere singole operazioni dello stesso ai sensi degli artt. 28 e 29 del GDPR.
ART. 17 - LEGGE APPLICABILE E FORO COMPETENTE
17.1 La presente Convenzione è disciplinata dalla legge italiana.
Le Parti concordano di definire amichevolmente qualsiasi vertenza che possa nascere circa l’interpretazione e/o l’esecuzione della presente Convenzione. Nel caso in cui non sia possibile raggiungere un accordo tramite bonario componimento, sarà applicabile esclusivamente la legge italiana ed il Foro esclusivamente competente sarà quello di Milano, con espressa esclusione di qualsiasi altro Foro, generale e facoltativo.
ART. 18 – FIRMA DIGITALE
18.1 La presente Convenzione viene sottoscritta con firma digitale ai sensi dell’art. 24 D.Lgs. 82/2005, in virtù dell’art. 15, comma 2bis della Legge 241/1990 come aggiunto dall’art. 6, D.L. 18 ottobre 2012, n. 179, convertito in Legge 17 dicembre 2012, n. 22.
18.2 L’imposta di bollo è assolta in modo virtuale dal Capofila ai sensi dell’art. 15 del D.P.R. n.
642/1972 – Aut. Int. Fin. Milano n. 3/17848/95 del 10/1/96.
ART. 19 – REGISTRAZIONE
19.1 La presente Convenzione è soggetta a registrazione solo in caso d’uso. Le spese di registrazione sono a carico delle Parti interessate.
Milano, (data della sottoscrizione come quella dell’ultima firma digitale apposta)
per Istituto Europeo di Oncologia S.r.l.
(Xxx. Xxxxx Xxxxx)
per Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori
(Xxxx. Xxxxx Xxxxxx)
per IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx
(Prof. Xxxxx Xxxxxxxx)
per Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena
(Dott.ssa Xxxxxx Xxxxxxxx)
per Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico
(Avv. Xxxxxxxxxx Xxxxx Xxxxx)
per IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx
(Prof. Xxxxxxx Xxxxxxx)
per IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx
(Dott.ssa Xxxx Xxxxxx d’Xxxxxx Xxxxxxx)
per IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Mirasole S.p.A.
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxx)
per SYNLAB SDN S.p.A., IRCCS
(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx)
per Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)
per Ospedale Pediatrico Bambino Gesù
(Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxxxxxx)
per Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo
(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxxx)
per Istituto Oncologico Veneto IOV – IRCCS
(Dott.ssa Xxxxxxxx Xxxxxx)
per Istituto Ortopedico Rizzoli
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)
per IRCCS Istituto Romagnolo per lo Studio dei Tumori "Xxxx Xxxxxxx" (IRST)
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)
per IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata
(Dott.ssa Xxxxxxx Xxxxxxxxxx)
per Istituto Dermopatico dell'Immacolata
(P. Xxxxxxxx Xxxxxxxx)
per Centro di Riferimento Oncologico
(Dott.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxxx)
per Fondazione I.R.C.C.S. Policlinico “San Xxxxxx”
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxx)
per IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx
(Xxxx. Xxxxx Xxxxxx Xxxxxxxx)
per Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx
(Dott.ssa Xxxxx Xxxxxxx)
per Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx
(Xxxx. Xxxxxx Xxxxx)
per Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx
(Xxxx. Xxxxxxxx Xxxxxx Xxxxxx)
per Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx
(Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxx)
per IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Policlinico di Sant’Orsola
(Dott.ssa Xxxxxx Xxxxxxxxx)
DIREZIONE GENERALE DELLA RICERCA E
DELL’INNOVAZIONE IN SANITA’
Ufficio 5
Pec: xxxxx@xxxxxxxxx.xxxxxx.xx
Fascicolo: I.9.a.a.1/2022/5
Alle Reti Tematiche IRCCS
Alleanza contro il Cancro (ACC)
Associazione per lo Studio delle malattie Cardiovascolari
- Rete Cardiologica (CARDIO)
Associazione ltalian DEvelopmental Age Health Network (IDEA Network) - Rete Italiana Salute dell'età evolutiva Rete delle Neuroscienze e della Neuroriabilitazione (RIN) Rete AGING
Rete Apparato Muscolo-Scheletrico (RAMS)
Trasmissione tramite Workflow
Oggetto: Procedura di assegnazione fondi per spese correnti connesse ad attività di Rete anno 2022
La scrivente Direzione procede ogni anno a destinare risorse per il potenziamento delle attività di ricerca svolte dalle reti tematiche degli IRCCS. Per il corrente anno, acquisito al riguardo il positivo avviso del CTS nella riunione del 22 marzo 2022, si è ritenuto opportuno avviare un nuovo percorso per l’accesso al predetto finanziamento, introducendo criteri che tengono conto:
- per la maggior quota (80%) delle risorse, denominata “Fondo progetti di ricerca” (di seguito Fondo progetti), di una valutazione operata da un panel di esperti per la scelta dei progetti da ammettere al finanziamento
- per la quota più limitata di finanziamento (20%), denominata “Fondo attività delle Reti” (di seguito Fondo Reti), della complessiva attività svolta in questi anni dalle Reti medesime, relazionata tramite una apposta procedura ricognitiva, nonché della numerosità degli IRCCS aderenti.
Pertanto, sulla base di detti nuovi criteri, tutte le Reti saranno destinatarie della quota spettante del Fondo Reti, a sostegno delle complessive attività svolte, ma solo alcuni progetti proposti dalle Reti medesime saranno ammessi al Fondo più cospicuo. I beneficiari delle predette risorse saranno, inoltre, gli IRCCS all’uopo indicati da ciascuna Rete.
L’allegato documento riporta dettagliatamente tutte le indicazioni operative per la presentazione delle proposte di progetti e per procedura ricognitiva, si ritiene, comunque, opportuno richiamare di seguito taluni aspetti rilevanti.
Fondo progetti
La quota riservata al Fondo progetti è pari a euro 14.818.000,00, corrispondente al 80 % delle risorse assegnate alle Reti a valere sul cap. 3398, pg.3, esercizio 2022. Ciascuna Rete può proporre fino ad un massimo di tre progetti, individuati tra i programmi di ricerca già in corso, indicando anche l’IRCCS capofila e il C.S.P.; il valore massimo di ciascuna proposta non può essere superiore a euro 1.852.250,00.
Fondo Reti
La quota riservata al Fondo Reti è pari a euro 3.704.500,00, corrispondente al 20% delle risorse assegnate alle Reti, a valere sul cap. 3398, pg.3., esercizio 2022. L’importo del finanziamento spettante a ciascuna Rete è determinato tenendo conto della consolidata attività di ricerca congiunta realizzata dalle Reti IRCCS e della complessità delle attività espressa dal criterio della numerosità degli IRCCS aderenti a ciascuna Rete. Il predetto criterio è parzialmente corretto con un coefficiente che tiene conto del divario di dimensione numerica delle Reti (tabella 1).
Rete | n. IRCCS | % relativa | I. | II. |
coefficiente di numerosità | riparto Fondo Reti | |||
Alleanza Contro il Cancro | 27 | 25,00 | 0,5 | 612.271,00 |
Rete Cardiologica | 20 | 18,52 | 0,8 | 698.025,00 |
Rete Neurologica | 30 | 27,78 | 0,5 | 663.724,00 |
Rete IDEA | 11 | 10,19 | 1,5 | 715.174,00 |
Rete AGING | 13 | 12,04 | 0,8 | 505.938,00 |
Rete RAMS | 7 | 6,48 | 1,5 | 509.368,00 |
Totale | 108 | 100,00 | 3.704.500,00 |
Tabella 1: Riparto del Fondo Reti e le modalità di calcolo
Ciascuna Rete trasmette la Relazione sulle attività scientifica svolta da ciascuna Rete negli ultimi 5 anni o comunque a decorrere dall’anno di costituzione, corredata della proposta di finalizzazione del finanziamento assegnato e del budget, con gli importi spettanti agli IRCCS per i relativi compiti.
Erogazione e rendicontazione dei finanziamenti
L’erogazione degli importi spettanti a valere del Fondo progetti e del Fondo Reti avviene in favore dell’IRCCS capofila.
Le modalità e le tempistiche relative all’erogazione e alla rendicontazione degli importi assegnati
saranno oggetto di una separata comunicazione indirizzata ai beneficiari dei finanziamenti.
Nell’anno corrente è erogata una rata pari al 50% del finanziamento a titolo di acconto contestualmente alla comunicazione di ammissione al finanziamento. Il saldo è erogato qualora entro il 31/10/2022 pervenga una rendicontazione delle spese effettivamente sostenute di importo non inferiore all’80% del finanziamento assegnato. Laddove alla verifica della suddetta rendicontazione, l’ammontare dei costi eleggibili sia inferiore alla suddetta percentuale dell’80% del finanziamento assegnato, si procede all’erogazione del rimborso dell’importo rendicontato, al netto dell’acconto. La quota rimanente è erogata dopo la presentazione della rendicontazione finale del progetto.
Valutazione
Degli esiti della valutazione della relazione scientifica si terrà conto in sede di riparto Reti nell’annualità 2023 a valere sul finanziamento spettante alla Rete interessata mentre, per la rendicontazione economica, l’eventuale recupero degli importi corrispondenti a spese non ammissibili o di somme erogate ma non utilizzate nell’anno 2022 sarà effettuato per compensazione a valere sulla assegnazione della Ricerca Corrente 2023 agli IRCCS interessati.
Si segnala inoltre che nel documento allegato “Programmazione Ricerca Corrente Reti IRCCS 2022” sono anche illustrate le regole per la valutazione dei risultati delle annualità pregresse.
Il termine ultimo per la trasmissione via Workflow della ricerca delle proposte progettuali afferenti al Fondi Progetti e della documentazione afferente al Fondo Reti è fissato al 27 maggio 2022. Detto termine non potrà prorogato, stante la ristretta tempistica disponibile per l’attuazione e perfezionamento degli adempimenti propedeutici alla erogazione del finanziamento.
1Il Direttore Generale (Xxxxxxxx Xxxxxxxx)
1 Firma digitale
Partecipanti: Reti IRCCS, riportate nella seguente tabella:
Rete | FONDAZIONE (ANNO) | n. IRCCS aderenti |
Alleanza Contro il Cancro “ACC” | 2002 | 27 |
Rete IRCCS Delle Neuroscienze E Della Neuroriabilitazione “RIN” | 2017 | 30 |
Associazione Per Lo Studio Delle Malattie Cardiovascolari “Rete CARDIO” | 2017 | 20 |
Rete Idea - Italian Developmental Age Health Network (Idea Network) - Rete Italiana Salute Dell'età Evolutiva “IDEA” | 2017 | 11 |
“Rete AGING” | 2017 | 13 |
Rete Apparato Muscolo Scheletrico “RAMS” | 2019 | 7 |
Tabella 1: Reti IRCCCS (aggiornamento marzo 2022)
1. Programmazione della Ricerca corrente Reti IRCCS
1.1 Fondo progetti: procedure di presentazione e di valutazione delle proposte
ii. Le proposte vengono presentate in lingua inglese, utilizzando il format apposito (Allegato 4).
iii. Il valore massimo di ciascuna proposta non può essere superiore a €1.852.250.
ii. La DGRIC procede alla relativa comunicazione di ammissione al finanziamento
1.2 Fondo Reti: procedure di presentazione e di valutazione delle proposte
Rete | n. IRCCS | % relativa | I. | II. |
coefficiente di numerosità | riparto Fondo Reti | |||
Alleanza Contro il Cancro | 27 | 25,00 | 0,5 | 612.271,00 |
Rete Cardiologica | 20 | 18,52 | 0,8 | 698.025,00 |
Rete Neurologica | 30 | 27,78 | 0,5 | 663.724,00 |
Rete IDEA | 11 | 10,19 | 1,5 | 715.174,00 |
Rete AGING | 13 | 12,04 | 0,8 | 505.938,00 |
Rete RAMS | 7 | 6,48 | 1,5 | 509.368,00 |
Totale | 108 | 100,00 | 3.704.500,00 |
Tabella 1.2: Riparto del Fondo Reti e le modalità di calcolo
ii. La DGRIC procede alla relativa comunicazione di ammissione al finanziamento
3. Valutazione Ricerca corrente Reti 2022: penalità e compensazioni
4. Erogazione dei finanziamenti
5. Valutazione RCR annualità precedenti: penalità e compensazioni
La valutazione delle relazioni scientifiche si articola in:
⎯ valutazione di processo, espressa secondo quanto di seguito descritto.
x = {1, n}, dove n=numero totale di indicatori
L’indicatore si considera completato per α𝑖 ≥ 1. Quindi, la valutazione di processo è
j = {1, m}; m=numero totale di item della griglia
𝑮𝒊𝒖𝒅𝒊𝒛𝒊𝒐 𝒄𝒐𝒎𝒑𝒍𝒆𝒔𝒔𝒊𝒗𝒐 (%) = (𝑽𝒂𝒍. 𝒅𝒊 𝒑𝒓𝒐𝒄𝒆𝒔𝒔𝒐 ∗ 𝟎. 𝟕 + 𝑽𝒂𝒍. 𝒒𝒖𝒂𝒍𝒊𝒕𝒂𝒕𝒊𝒗𝒂 ∗ 𝟎. 𝟑) ∗ 𝟏𝟎𝟎
I coefficienti 0.7 e 0.3 sono attribuiti rispettivamente alla valutazione di processo e a quella
6. Trasmissione documentazione via Workflow della ricerca: indicazioni operative
Allegato 1 – Scala di punteggi per compilazione della griglia di valutazione
VALUTAZIONE | PUNTEGGIO |
Excellent | (81-100) |
Very good | (61-80) |
Satisfactory | (41-60) |
Not satisfactory | (21-40) |
Incomplete | (0-20) |
Allegato 2 – a) Griglia di valutazione (ex ante) - Evaluation form (ex ante)
ITEM | Excellent | Very good | Satisfactory | Not satisfactory | Incomplete | SCORE | |
I. | QUALITY AND ORIGINALITY OF THE RESEARCH PROPOSED | ||||||
1 | Originality of the research proposed related to the knowledge available | ||||||
2 | Quality of indicators | ||||||
3 | Clarity of objectives and research hypotheses | ||||||
4 | Innovative nature and potential for progress with regard to the state of the art | ||||||
5 | Feasibility, particularly with regard to methods and management of scientific risks | ||||||
II. | PROJECT ORGANISATION AND RESOURCES IMPLEMENTED | ||||||
1 | Skills, expertise, and involvement of the Scientific coordinator | ||||||
2 | Ability of the Research Group to carry out the project considering the related expertise demonstrated, the structures, facilities and equipment/resources available for research | ||||||
3 | Appropriate resources for objectives | ||||||
4 | Scientific validity and consistency of the methodology with the overall program and the proposed objectives, considering the preliminary data presented and bibliographical references. | ||||||
Allegato 2- b) Score calculation -formula
Allegato 3 - Griglia di valutazione (ex post)
ITEM | Eccellente | Ottimo | Sufficiente | Insufficiente | Incompleto | PUNTEGGIO ASSEGNATO |
Coerenza delle attività svolte con gli obiettivi specifici | ||||||
Rilevanza degli obiettivi specifici raggiunti rispetto a quelli previsti | ||||||
Corrispondenza tra la percentuale di WP realizzata indicata con le attività svolte | ||||||
Milestones realizzate | ||||||
Allineamento con il Cronoprogramma e valutazione sugli scostamenti rispetto al cronoprogramma |
Allegato 4 Fondo progetti di ricerca: Proposal Form
Allegato 5 Nota DGRIC n.2206 del 22/6/2020
Allegato 6 Fondo attività delle Reti IRCCS: Questionario
Allegato 7 Fondo attività delle Reti IRCCS: Piano esecutivo
Instructions: Please use font type Times New Roman, font 12, interline spacing 1, text adjusted. | ||
Section A | GENERAL INFORMATION | |
NETWORK [double-click 1 box, select ‘checked’] | X Rete Alleanza Contro il Cancro Rete Neurologica Rete Cardiologica Rete IDEA Rete Aging Rete RAMS | |
Legal Representative Network | Dott. Xxxxx Xx Xxxxx | |
Project Leader: IRCCS | Istituto Europeo di Oncologia | |
Legal Representative IRCCS leader | Xxx. Xxxxx Xxxxx | |
Point of Contact (Name, e-mail, tel.) | Xxxxxx Xxxx – xxxxxx.xxxx@xxx.xx - +39/0257489295 | |
RESEARCH PROGRAM DESCRIPTION | ||
Research Program Title | National personalized oncology program for IRCCSs in the ACC network | |
Abstract | The research plan described in this application derives from the Ricerca Corrente program entitled "National Personalized Oncology Program for IRCCSs (National Cancer Research Hospitals) of the ACC Network ". Launched in 2018, the program aimed to facilitate the transfer of the latest discoveries and technological breakthroughs from the IRCCSs to the entire national healthcare system, to provide cancer patients with access to personalized treatments, ideally more effective because tailored to the genomic and immunological profile of each patient’s tumor. The current research proposal entitled “ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer “omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models” represents the extension of activities launched by several ACC Working Groups (Genomics, Radiomics, Haematology, Sarcoma, Glioblastoma, Breast and Melanoma) under the “Personalized Medicine” program. The project brings together key Italian experts in cancer genomics, radiomics and clinical research and aims to advance the implementation of high throughput diagnostic tools such as DNA/RNA sequencing, radiomics and computational analyses in the clinic and reduce technological barriers and inequalities among institutes | |
Keywords (max. 5) | 1. precision medicine | |
2. biomarkers | ||
3. liquid biopsy | ||
4. real world data | ||
5. | ||
Main, measurable research products and activities | The current research proposal stems from activities within the “National personalized oncology program for the IRCCS of the ACC network”, supported by the MoH RCR-201 -2021. Some of the most relevant achievements of the program include: • Sample collection for multi-omics analyses by several Working Groups; • Molecular profiling and omics analyses for the discovery of | |
prognostic/predictive biomarkers; • Validation of the prognostic/predictive utility of disease-specific biomarkers • Design of specific gene panels for molecular stratification of patients; • Design of innovative clinical trials based on personalized medicine; • Generation of national registries for data collection and sharing (Immunoportal, national mutational registry, knowledge database); • Generation of bioinformatics data analysis pipelines; • Development of preclinical models, including organoids and PDX | |
WG MELANOMA Xxxxxxx E, Xxxxxxxx S, Xxxx M, Xxxxxxxx A, Xxxxxxx E, De Cecco L, Xxxxxxxxx V, Xxxxx M, Xx Xxxxxx L, Xxxxxxxxx S, Xxxxxxx B, Xxxxxxx A, Xxxxxxx G, Maurichi A, Rivoltini L, Sensi M, Xxxxxxx X. Genetic Variants and Somatic Alterations Associated with MITF-E318K Germline Mutation in Melanoma Patients. Genes (Basel). 2021 Sep 18;12(9):1440. doi: 10.3390/genes12091440 | |
Xxxxxxx E, Xxxxxx E, Xxxxxxxxx V, Xxxxxxxxxxx L, Xxxxx L, Xxxxxxxx C, Xxxxxxx X, Rivoltini L, Xxxxx V. Extracellular vesicles in anti-tumor immunity. Semin Cancer Biol. 2021 Sep 9:S1044-579X(21)00228-5. doi: 10.1016/j.semcancer.2021.09.004. Online ahead of print. | |
WG LUNG Gregorc V, Xxxxxxxxxx L, Xxxxxxx C, Xxxxxxxx P, Xxxxxxx P, Genova C, Xxxxxx L, Xxxxxxxxx G, Xxxxxxx L, Xxxxxxxx A, Xxxxx G, Xxxxx A, Xxxxx G, Xxxx S, Xxxxxxxxx A, Xxxxxxxx S, Xxxxx MG, Di Micco C, Xxxxxxxx A, Xxxxxxxxx S, Pecciarini L, Xxxxx A, Xxxx A, Xxxxx' G, Xx Xxxxx X, Xxxxxxx PG. Prospective Validation of the Italian Alliance Against Cancer Lung Panel in Patients With Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer. Clin Lung Cancer. 2021 Jul;22(4):e637-e641. doi: 10.1016/j.cllc.2020.12.007. | |
Scientific output | Gregorc V, Xxxxxxx C, Xxxxxxx M, Xxxxxx S, Bulotta A, Xxxxx MG, Xxxxxx A, Xxxxxx MG, Xxxxxxxx A, Pecciarini L, Xxxxxxx FR, Xxxxxxxx G, Xxxxxxxx G, Xxxxxxxx G, Xxxxxxxx X. Intratumoral Cellular Heterogeneity: Implications for Drug Resistance in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer. Cancers (Basel). 2021 Apr 22;13(9):2023. doi: 10.3390/cancers13092023. |
WG SARCOMA Minopoli M, Sarno S, Xxxxxxxx L, Xxxxxx S, Xxxxxxxxxxxx G, Xxxxx M, Xxxxxxx F, Xxxxxx R, Xxxxx G, Xx Xxxxxxx B, Xxxxxxxxx E, Xxxxxxxx C, Xxxxxxxxxx Y, Xxxxxxxxx L, Xxxxxxx T, Xxxxxxxx R, Xxxxxxx B, Xxxxxxx R, Scotlandi K, Xx Xxxxxx A, Xxxxxxxx MV. Crosstalk between Macrophages and Myxoid Liposarcoma Cells Increases Spreading and Invasiveness of Tumor Cells. Cancers (Basel). 2021 Jun 30;13(13):3298. doi: 10.3390/cancers13133298. | |
Minopoli M, Sarno S, Xxxxxxxx L, Xxxxxx S, Xxxxxxxxxxxx G, Xxxxx M, Xxxxxxx F, Xxxxxx R, Xxxxx G, Xx Xxxxxxx B, Xxxxxxxxx E, Xxxxxxxx C, Xxxxxxxxxx Y, Xxxxxxxxx L, Xxxxxxx T, Xxxxxxxx R, Xxxxxxx B, Xxxxxxx R, Scotlandi K, Xx Xxxxxx A, Xxxxxxxx MV. Crosstalk between Macrophages and Myxoid Liposarcoma Cells Increases Spreading and Invasiveness of Tumor Cells. Cancers (Basel). 2021 Jun 30;13(13):3298. doi: 10.3390/cancers13133298. | |
De Vita A, Xxxxx S, Xxxxxx V, Xxxxxx C, Xxxxxx F, Xxxxxxxxxx G, Xxxxxxxx C, Xxxxxxxx C, Xxxxx M, Gessaroli M, Xxxxxxxxxx A, Xx Xxxx X, Xxxxx F, Xxxxxxx A, Xxxxxxxxx E, Xxxxxxx A, Xxxxxxx C, |
doi: 10.1186/s13046-021-01963-1.
doi: 10.3389/fphar.2020.01230.
doi: 10.1186/s13046-019-1506-3.
WG GENOMICS
doi: 10.1093/bioinformatics/btab836.
Hum Xxxxx. 2021 Apr 1;108(4):682-695. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.03.010. Xxxxxxxx L, Xxxxxxx S, Xxxxxxx PG, Xxxxxxxxxx L. Tumor mutational burden quantification from targeted gene panels: major advancements and challenges. J Immunother Cancer. 2019 Jul 15;7(1):183. doi: 10.1186/s40425-019-0647-4. WG PATHOLOGY & BIOBANKING Annaratone L, Xx Xxxxx G, Xxxxxxx G, Xxxxxx A, Xxxxx G, Xxxxxxx E, Xxxxxxxx C, Xxxxxxx P, Xx Xxxxxxx S, Xxxxxxx A, Daidone MG, Canzonieri V, Xxxxxx B, Xxxxxxxx AV, Barberis M, Marchiò C; Alleanza Contro il Cancro (ACC) Pathology and Biobanking Working Group. Basic principles of biobanking: from biological samples to precision medicine for patients. Virchows Arch. 2021 Aug;479(2):233-246. doi: 10.1007/s00428-021-03151-0 WG RADIOMICS Di Giannatale A, Xx Xxxxx XX, Xxxxxxx D, Xxxxxxxxx J, Xxxxxxxxxx A, Secinaro A, Xxxx X, Xxxxxxxxx F, Xxxxxxxxxx A, Xxxxxxxx L. Radiogenomics prediction for MYCN amplification in neuroblastoma: A hypothesis generating study. Pediatr Blood Cancer. 2021 Sep;68(9):e29110. doi: 10.1002/pbc.29110 Xxxxxxx, L.; Xxxxxxx, E.; Xxxxxxxxx, C.; Xxxxxxx, T.; Xxxxxxx, A.; Xxxxxxx, D.; Massafra, R.; Xxxxxx, E.; Mirandola, A.; Xxxxxxxx, G.; Xxxxxxxx, R.; Xxxxxxxx, P.; Xxxx, S.; Xxxxxxxxx, J.; Xxxxxxxx, L.; Xxxxxx, M. A Multicentre Evaluation of Dosiomics Features Reproducibility, Stability and Sensitivity. Cancers 2021, 13, 3835. doi: 10.3390/cancers1315383 | ||
IRCCS INVOLVED | 29 | |
1. | IRCCS Centro Di Riferimento Oncologico di Aviano | |
2. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri - Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | |
3. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori | |
4. | IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx | |
0. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | |
6. | Istituto Tumori “Xxxxxxxx Xxxxx XX” IRCCS | |
7. | Azienda Unità Sanitaria Locale di Reggio Xxxxxx - IRCCS Istituto in tecnologie avanzate e modelli assistenziali in oncologia | |
8. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | |
9. | IRCCS Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | |
10. | Istituto Oncologico Veneto – IRCCS | |
11. | Istituti Clinici Scientifici Xxxxxxx IRCCS Spa | |
12. | Centro Di Riferimento Oncologico della Basilicata | |
13. | IRCCS Humanitas Mirasole S.P.A. | |
14. | Ospedale San Xxxxxxxx s.r.l | |
15. | Xxxxxxxxxx Xxxxx Xxxxx Xxxxx XXX - XXXXX | |
00. | Istituto Europeo Di Oncologia | |
17. | IRCCS "Istituto Ortopedico Rizzoli" | |
18. | Istituto Romagnolo per lo Studio dei Tumori "Xxxx Xxxxxxx", IRST IRCCS | |
19. | Fondazione del Piemonte per l'oncologia (FPO) IRCCS | |
20. | Fondazione IRCCS Casa Sollievo Xxxxx Xxxxxxxxxx | |
21. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | |
22. | IRCCS SDN S.p.A. | |
23. | Ente ospedaliero specializzato in gastroenterologia IRCCS "Xxxxxxx De Bellis" | |
24. | Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx, IRCCS | |
25. | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | |
26. | Istituto di ricerche farmacologiche Xxxxx Xxxxx | |
27. | IRCCS Ospedale Sacro Cuore Don Calabria | |
28. | IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna | |
29. | Fondazione Mondino – Istituto Neurologico Nazionale IRCCS | |
Start Date and duration | 2019- | |
TOTAL AMOUNT OF FUNDS RECEIVED FROM THE MOH FOR THE PROGRAM | € 7.034.311,92 | |
Other Sources of Funds | source of funding | (€) |
Scientific program coordinator | Xxxx Xxxxxxxx Xxxxxxx birth date: 05/09/1956 | |
AFFILIATION INSTITUTION DEPARTMENT/UNIT | Istituto Europeo di Oncologia | |
POSITION TITLE | Director, Research Area and Chairman, Dpt. Experimental Oncology | |
TELEPHONE AND E-MAIL | ||
PERSONAL STATEMENT & short presentation of the Scientific program coordinator Xxxx. Xxxxxxx is the Scientific Coordinator of Alleanza Contro il Cancro (ACC). He also holds the position of Director of Research and chairman of Experimental Oncology Xxxx.xx Istituto Europeo di Oncologia (IEO), Full Professor of Pathology at the Milan University and President of theEuropean School of Molecular Medicine (SEMM). His current research focus is on the characterization of genetic mechanisms altering the function of normal and cancer stem cells. He is author of 554 peer-reviewed manuscripts and his H-index is currently 110 with 51609 total citations. He is holder of 10 granted patents. | ||
Section B | RESEARCH PROJECT DESCRIPTION | |
Research Project Title | ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer “omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models | |
Keywords (max. 5) | 1. genomics | |
2. cancer | ||
3. machine learning | ||
4. radiomics | ||
5. liquid biopsy | ||
IRCCS INVOLVED | 25 | |
1. | Istituto Europeo di Oncologia | |
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | |
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | |
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | |
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | |
6. | IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx | |
0. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | |
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | |
9. | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | |
10. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | |
11. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | |
12. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | |
13. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | |
14. | Istituto Ortopedico Rizzoli | |
15. | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | |
16. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | |
17. | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | |
18. | Centro di Riferimento Oncologico | |
19. | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | |
20. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | |
21. | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | |
22. | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | |
23. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | |
24. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | |
25. | IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola | |
Start Date | 01.01.2022 | |
End date | 31.12.2022 | |
Scientific project coordinator | Xxxx Xxxxxxxxxx MD PhD, 19/07/1980 | |
affiliation institution department/unit | Istituto Europeo di Oncologia Department of Experimental Oncology | |
position title | Group Leader | |
telephone and e-mail | ||
PERSONAL STATEMENT & short presentation of the Scientific project coordinator Briefly indicate the overall goals of the project and responsibilities of the key person Dr. Xxxxxxxxxx MD PhD is a clinician scientist with expertise in both basic/translational research and clinical oncology. He has been the head of the Laboratory of Translational Oncology at IEO since 2019, and the secretary of the Genomics Working Group of Alleanza Contro il Cancro, a network of 29 Italian cancer centers, since 2019. He leads a highly multidisciplinary group that aims at developing and validating diagnostic and predictive biomarkers in oncology through the integration of laboratory and computational approaches. Particularly relevant to the present project, he is the co-PI of several prospective observational trials in cancer genomics, including multicentric trials within ACC (ACC-lung, Gregorc, Xxxxxxxxxx et al Clin Lung Cancer. 2021, ACC GerSom, UNIC projects funded through RCR 2019-21) and the monoinstitutional PERSONA Ovary and Breast trials; he acts as the Italian coordinator for several European projects such as OncNGS, CanHEAL and the Beyond 1 Million Genomes initiative; he has a published track record on machine learning applied to biomedical research in genomics and radiomics (Fancello L et al Bioinformatics 2021, Xxxxx F et al Cancers 2021, Favalli V et al Am J Hum Gen 2021, Xxxxxxx et al Cell Reports 2019, Xxxxxxx et al JCO Prec Onc 2018, Xxxxxxx G et al Breast Can Res Treat 2017, Xxxxxxx G et al Genome Medicine 2014) . He will be responsible for coordinating the project and will be directly involved in Next Generation Sequencing and the application of machine learning-based analytics. | ||
TOTAL FINANCING REQUEST TO THE MOH | € 1.851.950,00 | |
Other Sources of Funds | source of funding | (€) |
OVERALL SUMMARY | Despite falling cost of omics-based diagnostic approaches, impact on patients remains limited, as clinical validation lags behind technological advancements, and heterogeneous, both between- disease (data-rich diseases e.g lung cancer vs data-poor diseases e.g rare tumors with low information content) and within-disease, due to unequal access to technology and expertise (e.g. bioinformatics, sequencing). Computer-assisted workflows (e.g. based on machine learning) can reduce the technological divide and extract nontrivial knowledge from existing data, often more accurate and reproducible than human judgement. These methods, however, rely on large numbers of properly standardized and annotated datasets across multiple diseases and institutes. ACC has initiated several retro/prospective observational trials in clinical settings and diseases considered worthy of integrated data analyses based on clinical need, lack of definitive evidence, high suspicion of potential clinical improvement and high-quality sample availability. These datasets can now be leveraged to develop computer-based diagnostic tools. The present project proposes to create an ACC national Omics Registry (ACCORD) that will allow to easily construct adequately sized and richly annotated patient cohorts to train computer-based models. ACCORD will provide an environment with standardized data from multiple sources, to answer key questions enabling the transition of complex -omics analyses (such as genome/exome/transcriptome sequencing or radiomics) from research to clinical routine. These techniques are technologically feasible but lack solid and extensive validation in large and diverse clinical datasets. Work is distributed along 3 packages aimed at infrastructure building (WP1), data generation (WP2) and analysis optimization (WP3). To maximise feasibility in the short term allowed by the call, the WPs are independent from each other and are conceived as the evolution of data, methods and infrastructures in continuity with existing projects within the network. In the short term, the aim is to allow the mapping and rapid query of simple information (sample/data availability, technique used, quality parameters), and to demonstrate feasibility of automated computational analyses. | |
However, the long-term aim is to build a computational infrastructure able to store and analyse complex omics data as a service for the whole network. ACCORD complements ongoing projects aimed at providing the country with biomedical data analysis infrastructures, such as Health Big Data, by rapidly providing a map of diverse samples, data and methods currently employed for research (and not healthcare) purposes. The project will also allow to maximise the different resources available within the large ACC network, which includes institutes with diverse but often non self-sufficient capabilities in terms of patient referral patterns, sample availability, technological and computational resources and bioinformatic expertise. ACCORD will enable the next steps in precision medicine and lead to effective allocation of resources for the national health system. | |
STATE OF THE ART | Despite falling cost of high-level “omics” (e.g. Whole Exome/Genome Sequencing, RNAseq, radiomics), impact on patients remains limited and heterogeneous, both between diseases (data-rich diseases e.g lung cancer vs data-poor diseases e.g rare tumors with low information content) and between institutes, due to unequal access to technology and expertise (e.g. bioinformatics, sequencing). Thus, these diagnostic tools remain confined to very few high-level academic centers and specific disease contexts1,2, awaiting a clinical validation to keep up with technological advancements. Computational methods such as machine learning can reduce the technological divide and extract nontrivial knowledge from existing data, often more accurate and reproducible than human judgement3. These methods, however, rely on large numbers of properly standardized and annotated datasets across multiple diseases and institutes. ACC has initiated several observational trials in clinical settings and diseases considered worthy of integrated data analyses based on clinical need, lack of definitive evidence and sample availability. These datasets can now be leveraged to implement computational tools. A national registry that allows to easily construct adequately sized and richly annotated patient cohorts to train computer-based models may be an invaluable resource across the cancer spectrum. For both data-rich and data-poor environments, large amounts of data and samples are available across the network for basic and advanced (e.g. ctDNA sequencing, Whole Genome Sequencing, sc- RNAseq) analyses, for which technological barriers must be first overcome. Existing and newly generated datasets will be analyzed through a series of recently developed analytical pipelines, with the aim of optimizing knowledge generation specifically tailored for the needs of clinicians and patients. |
We here provide two examples of preliminary data generated with datasets harmonized according to procedures to be implemented in the ACCORD registry: -for variant interpretation in cancer genomics data, we tested the performance of our RENOVO algorithm (3), a Random forest-based classifier for genetic variants which we previously showed overperforms all other algorithms on public datasets. RENOVO was executed on 3622 variants obtained on 94 genes in 634 patients within the PERSONA ovary and breast trials at IEO, two parallel prospective observational trials aimed at assessing the prevalence of germline actionable variants in populations unselected for familiarity. RENOVO classified 1544 variants (98.53%) coherently with the standard reference (ClinVar). For 8 variants, discordance between RENOVO and ClinVar was shown; individual re- assessment by a geneticist confirmed unequivocally the correct interpretation by RENOVO in 4 cases (50%), based on either the prevalence of the variant in the internal dataset (incompatible with current definitions of pathogenicity and likely due to geographic enrichment) or the emergence of additional evidence subsequent to variant insertion in ClinVar. Additionally, RENOVO re-classified 1828 variants (50.47%) as high confidence pathogenic (179, 9.79%) or high confidence benign (1649, 90.21%), based on precision parameters previously estimated (3) -for radiomics, the ACC Radiomics WG has already set up an optimized a dedicated imaging platform, privacy preserving by design, that allows researchers to store and analyze the most used image formats. As an example, 962 T 1.5 MRI studies (.dcm format) of patients affected by locally advanced rectal cancer enrolled in 10 institutions of the network have been uploaded and image pre-preprocessing procedures are ongoing to launch radiomics analysis and set up a robust multicentric validation of multimodal treatment response (pCR) prediction models, which currently achieved AUCs 0.75 on smaller single center external datasets. Furthermore, the feasibility of a merged storage of genomics and radiomics data on a single ACC data platform for multiomics analysis has also been demonstrated in the ongoing RATIONALE study about the radiogenomics investigation of patients enrolled in the ACC Lung trial in which an original oncochip has been developed. There are currently 273 CT image datasets (.dcm format) with the corresponding genomic analysis data. |
IMPACTS | ACCORD will provide an environment with standardized data from multiple sources, to answer key questions enabling the transition of complex -omics analyses (such as genome/exome/transcriptome sequencing or radiomics) from research to clinical routine. These techniques are technologically feasible but lack solid and extensive validation in large and diverse clinical datasets. Several questions can be addressed through ACCORD: which aspects of omics analyses should be tailored to specific diseases and which can be generalised to optimize resources? Are there significant heterogeneities in sample preparation or data acquisition between centers and diseases that may prevent omics adoption in the clinic? Is it possible to maximise clinical value through data visualization tools? Is high-throughput ctDNA sequencing equally feasible across diseases? Work is distributed along 3 packages aimed at infrastructure building (WP1), data generation (WP2) and analysis optimization (WP3). To maximise feasibility in the short term allowed by the call, the WPs are independent from each other and are conceived as the evolution of data, methods and infrastructures in continuity with existing projects within the network. In the short term, the aim is to allow the mapping and rapid query of simple information (sample/data availability, technique used, quality parameters), and to demonstrate feasibility of automated computational analyses. However, the long-term aim is to build a computational infrastructure able to store and analyse complex omics data as a service for the whole network. ACCORD complements ongoing projects aimed at providing the country with biomedical data analysis infrastructures, such as Health Big Data, by rapidly providing a map of diverse samples, data and methods currently employed for research (and not healthcare) purposes. ACCORD will enable the next steps in precision medicine and lead to effective allocation of resources for the national health system. Furthermore early stage researchers involved in the project will benefit from the exposure to a research environment going from basic to clinical research. They will navigate through daily research activities, data privacy and ethics issues, dissemination of results and communication with stakeholders (from patients to healthcare system). Learning opportunities will come from a continuous exchange among researchers and institutions constituting the ACCORD network |
EXPECTED RESULTS | This project represents a great innovation for the current personalized medicine paradigms, taking advantage of high- throughput methods for cancer data generation. The efforts so far made by clinical and data scientists for the development of appropriate data analysis tools, still do not offer ideal decisional support systems for cancer care. The use of computer-based tools for diagnosis and outcome prediction may represent an effective answer, improving the accuracy of clinical decision and overall treatment outcomes. The expected results include: gain in health (diagnostic accuracy; |
therapy personalization; toxicities reduction; decision making optimization) and for the national health system (reduction of direct and indirect costs). An impact on the stakeholder industry is also foreseen (i.e. pharma, advanced diagnostics, IT). This proposal aims to share the research strategies and competences of several primary research institutions in the framework of personalized cancer care | |||
GENERAL AIM | Develop a structured data environment for omics-based computational tools to improve diagnosis and outcome prediction using data obtained through ongoing observational trials | ||
SPECIFIC OBJECTIVES & HYPHOTESIS | |||
specific objective 1 | indicator | expected value | |
Create national omics registry | Number of NGS sample metadata collected | 986 | |
Number of radiomics metadata collected | 440 | ||
Number of plasma metadata collected | 288 | ||
specific objective 2 | |||
Omics data generation for data-poor settings | Number of new conventional omics libraries/sequences generated | 500 | |
Number of novel omics libraries/sequences generated | 110 | ||
specific objective 3 | |||
Feasibility of distributed genomics, radiomics and radiogenomics analytical pipelines | Number of VUS re-analysed | 200 | |
Number of radiomics characterized bio- images (features extraction) | 500 | ||
Data Visualization reports finalized | 50 | ||
Milestones of the project | Milestones | Month | |
1. Registry architecture finalized (WP1) | 9 | ||
2. Finalization of 30% of WP2 | 10 | ||
3. Finalization of 100% of WP2 | 12 | ||
4. Finalization of WP3 | 12 | ||
Major Activities | • Define a minimal set of metadata for omics data classification • Elaborate a computational architecture able to rapidly query for data and samples • Catalogue available samples and omics data in the network • Generate de novo genomics and radiomics data for data-poor diseases • Optimise automated data extraction and analysis pipelines | ||
for genomics and radiomics across multiple diseases | |
Methods | We will generate a national registry of omics data and omics- amenable samples that will be exploited to test and validate analytical pipelines to extract clinically useful knowledge from omics analyses in semi-automated fashion. Data/samples will be registered with a minimal metadata set, harmonized with ongoing efforts within the European B1M genome project, of which ACC is an official partner. The registry will build on existing tools developed within ACC, rely on a centralized data ingestion infrastructure through the ongoing collaboration with INFN, and will be populated with data already generated within existing ACC- promoted trials (lung, Gersom, UNIC for rare tumors, others) or newly generated in data-poor contexts (rare tumors, novel omics). Finally, a series of pilot projects will be run on registry data for the validation of analytical pipelines preliminarily developed within ACC (machine-learning based knowledge extraction, data visualization) Statistical note: As stated in WP1, the primary aim of the project is to lay the foundations for subsequent growth of the registry with specific cohorts dedicated to training and validating ML-based predictors for specific clinical questions. The project is, by design, not hypothesis- driven therefore sample size are estimated on the basis of the expected availability within the time frame and resources afforded by the grant call. However, it is possible to calculate the precision with which the registry will allow to estimate the prevalence of samples passing predefined quality thresholds, which will be: -for genomics, % of samples with median coverage > 400x -for radiomics, % of samples with homogeneity of slice thickness and pixel spacing considered adequate for quantitative thickness within the tumor of interest -for liquid biopsy, % of samples with > 20 ng of DNA Based on estimated accrual in the database, assuming a true prevalence in the real population of high quality samples =80% (a prevalence that would assure that a significant share of the collected samples are of quality sufficient for conducting subsequent studies), we will be able to estimate the prevalence in our cohort with 95% confidence level and a margin of error of or genomics: 2.48 with n=986 For radiomic: 3.73 with n=440 For liquid biopsy: 4.61 with n=288 |
PROJECT IMPLEMENTATION Describe IRCCS involved in the implementation of the activities: what will be their roles and responsibilities. | |
For each Work Package describe the role of IRCCS involved through the task to it attributed. | ||
WP 1 | Generation of an omics registry | |
IRCCS WP leader | Ospedale San Xxxxxxxx – X. Xxxxx | |
WP 1 description | Aims: generation, population and maintenance of a national omics registry | |
start date-end date: 1/1/2022-31/12/2022 | ||
activities of the WP: The registry will collect harmonized and extensive metadata associated with cancer patients samples and analyses, to rapidly query for relevant parameters such as standardized diagnosis, quality check, technology used (e.g. sequencer, library prep method, CT scanner etc). The registry will represent an evolution of existing structures in ACC, currently in use to track data and metadata within ACC studies: the ACC LIMS to collect sample metadata and generate pseudonymization codes, and the INFN One Data, which collects data and metadata of different nature, including genomics and radiomics; metadata standardization procedures will be harmonized with ongoing work within the Beyond 1million project (Xxxxxxxxxx-IEO, Tonon-HSR and Tebaldi-IRST are active B1M participants). INFN will co-develop and operate innovative services that will enable IRCCSs to store and analyse genomic data in a secure, GDPR-compliant, integrated, federated, vendor-agnostic and standard-based cloud platform (INFN Cloud). LIMS and INFN OneData databases are currently designed with an architecture flexible enough to ingest multidimensional data. For data-rich diseases for which large ACC studies are running (lung, breast, colon, rectum, ovarian cancers, lymphoma), computerized routines for metadata extraction will be developed, to automatically obtain minimal clinical info (date of collection, disease, stage, originating institute, gender, type of tissue, type of omics) and defined quality metrics (for genomics: total and clinically relevant coverage, average read quality; for radiomics: integrity of extracted imaging features). Data quality will be manually and automatically checked to ensure reliability. Cutting edge quality assurance procedures and standardization methodologies for the annotation and extraction of radiomics features will be applied aiming to guarantee radiomics data robustness and actionability (e.g. batch size optimization for machine learning applications). For data-poor diseases and liquid biopsies, existing or upcoming datasets collected at WP2 will be harmonised and extracted as above, but this will be supported by conventional data management practice. It is important to stress that the type of metadata with which the present project is primarily concerned are invariant to the type of tumor or clinical setting involved. The training of routines for metadata extraction and data visualization or genomic variant interpretation is considered a foundation for more advanced studies on outcome prediction, in which tumor site or stage clearly play a key role. These studies require adequate sample size for each of the specific clinical setting and are foreseen as a subsequent step in the growth of the ACCORD registry. Clearly, these additional data cannot be achieved within the time frame (1 year) of the present project, but the standardization of methodologies to collect and query data of adequate quality will allow such future growth. | ||
IRCCS involved & roles | ||||
IRCCS | Contribution of IRCCS to the realization of the WP 1 (describe expertise applied) | Tasks | ||
1. | Istituto Europeo di Oncologia | Data-rich registry, database population | ||
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | database population | ||
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | Radiomics registry, database population | ||
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx | Xxx Bio registry, database population | ||
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | database population | ||
6. | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | database population | ||
7. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | Coordination, database population | ||
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | database population | ||
9. | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | Radiomics features QA pipeline, database population | ||
10. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | database population | ||
11. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | database population | ||
12. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | database population | ||
13. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | database population | ||
14. | Istituto Ortopedico Rizzoli | database population | ||
15. | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | database population | ||
16. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | database population | ||
17. | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | database population | ||
18. | Centro di Riferimento Oncologico | Data-poor registry, database population | ||
19. | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | database population | ||
20. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | database population | ||
21. | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | database population | ||
22. | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | database population | ||
23. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | database population | ||
24. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | database population | ||
25. | IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola | database population | ||
Milestone 1.1: M7 definition of minimal dataset Milestone 1.2: M8 omics metadata extraction pipeline Milestones 1.3: M9 production of the registry Milestones 1.4: M12 data freeze for data check | ||||
Expected results: We expect to generate one of the largest European registries of omics data and omics-amenable samples (tumor tissue, germline DNA, plasma, radiological images). This resource will maintain an agile structure with | ||||
carefully selected metadata that will not compromise personal data protection, so as to allow the cataloguing of all samples and data prospectively and retrospectively generated within ACC. The registry will allow the generation of ad hoc patient cohorts for omics-outcome correlation or clinical validation of novel analytical tools. It is foreseen that the scope of the registry will be progressively enlarged in the years to come, allowing the ingestion not only of metadata but also of deeper clinical and omics data, for projects in which specific consent will be acquired. Finally, semi-automated feature extraction pipelines generated within the project will likely be transferable outside the present scope | ||
Deliverables: D 1.1: Definition of minimal metadata for data-rich, data-poor, liquid biopsy, radiomics registries D 1.2: Creation of a database architecture D 1.3: Generation of semi-automated feature extraction pipelines for omics data D 1.4 Quality control and standardization of annotation process and radiomic feature extraction | ||
WP 2 | Omics data generation for data-poor settings | |
IRCCS WP leader: Ospedale San Xxxxxxxx – X. Xxxxxxxxxxx | ||
WP 2 Description | Aims: generation of novel omics data for data-poor settings | |
start date-end date: 1/1/2022-31/12/2022 | ||
activities of the WP: This WP will be responsible for carrying out de novo data generation for clinical contexts in which existing data, both in the literature and within the institutes, is not considered sufficiently large and adequately annotated to inform clinical decision through computerized methods. These analyses will occur within the context of existing observational trials within ACC, in which consent already allows for the generation and possibly exchange of genetic and other personal data Two orders of data will be generated ex novo: -in data-poor settings such as rare tumors, WES or RNAseq analyses to enrich existing small- scale cohorts in order to improve statistical power. Ongoing studies4-9 will include: • UNIC1 (Breast Angiosarcoma) • UNIC2 (Cholangiocarcinoma) • UNIC3 (Thymic Carcinoma) • UNIC4 (Neuroendocrine tumors) • UNIC5 (Xxxxxx cell tumors) • ARMANI (Gastric cancer) • RCR 2021 (Ovarian cancer liquid biopsy) • RCR 2021 (Glioma and glioblastoma genome sequencing and liquor nucleic acid analyses) • INTHEMA (TP53-mutated Acute Myeloid Leukemias and Lymphomas) • INTHEMA (Hodgkins Lymphoma) • INTHEMA (Mediastinal Lymphoma) • NCT03099681, NCT03838744, NCT0438311, NCT04305548, RCR ACC 2021 WG sarcoma, for different types of sarcomas (Leiomyosarcoma, chondrosarcomas, | ||
liposarcomas) • FAMMEL (Melanoma NGS) In specific contexts, “next-level” omics analyses will be performed, including: • Search for novel structural variants in NSCLC using combined WES/RNAseq (THERAPY study) • High throughput ctDNA sequencing for breast cancer outcome prediction (RENOVATE study) • sequencing of Breast cancer genomes in the neoadjuvant setting (NEOGENE) • Whole Genome Sequencing with long-read sequencing (Nanopore) for breast angiosarcoma, within the UNIC1 project • Spatial transcriptomics for cholangiocarcinoma, within the UNIC3 project • Liquid biopsy methylomics in the WG Glioblastoma project • Single Cell RNAseq for T-ALL (WG hematology) These are exploratory projects aimed at gauging feasibility of novel techniques in the clinical space | ||||
IRCCS involved & roles: | ||||
IRCCS | Contribution of IRCCS to the realization of the WP 2 (describe expertise applied) | Tasks | ||
1. | Istituto Europeo di Oncologia | De novo omics generation | ||
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | De novo omics generation | ||
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | De novo omics generation | ||
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | De novo omics generation | ||
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | De novo omics generation | ||
6. | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | De novo omics generation | ||
7. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | Coordination, De novo omics generation | ||
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | De novo omics generation | ||
9. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | De novo omics generation | ||
10. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | De novo omics generation | ||
11. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | De novo omics generation | ||
12. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | De novo omics generation | ||
13. | Istituto Ortopedico Rizzoli | De novo omics generation | ||
14. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | De novo omics generation | ||
15. | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | De novo omics generation | ||
16. | Centro di Riferimento Oncologico | De novo omics generation | ||
17. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | De novo omics generation | ||
18. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | De novo omics generation | ||
19. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | De novo omics generation | ||
Milestone 2.1: M10: sequencing of 30% of expected omics analyses (n=237) Milestone 2.2: M12: sequencing of 100% of expected omics analyses (n=792) | ||||
Expected results: Results obtained within this WP will significantly and rapidly advance the capability of the ACC network to deploy high-level genomics analyses, facilitating the implementation of data-intensive characterization as clinically useful tool. Currently, analyses that are routine in the research environment such as WES and RNAseq are not feasible in the clinical routine as technological barriers in most if not all institutes cause turnaround times and reproducibility that are not compatible with clinically meaningful timing. | ||||
Deliverables: D 2.1: harmonized omics dataset across multiple diseases and platforms D 2.2: performance metrics of multiple omics across multiple diseases and platforms | ||||
WP 3 | Feasibility of distributed genomics, radiomics and radiogenomics analytical pipelines | |||
IRCCS WP leader: Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx – X. Xxxxxxxx | ||||
WP 3 Description | Aims: optimise and validate automated omics analyses workflow in the clinical setting, using available and newly generated data | |||
start date-end date: 1/1/2022-31/12/2022 | ||||
activities of the WP: This WP will be responsible for generating computer-based tools for diagnosis and outcome prediction These analyses will be conducted on datasets for which centralized data analysis is already allowed by the existing trial and consent framework, and both omics and clinical (e.g. outcome) data of adequate size are or will be available by the end of 2022 as in the ACC lung 6 and the newly activated GerSom studies. In particular: 1. For genomics: -Reclassification of Variants of Unknown Significance (VUS). VUS emerging from all sequencing efforts will be automatically annotated through a locally deployed annotation pipeline to harmonize variant nomenclature and ClinVar interpretation. Harmonized variants will then be stripped of all identifiers to allow their sharing in anonymized fashion and centrally deposited in a dedicated section of the registry. Variants will then be bulk- reanalysed using our previously published tool Renovo3; the ensuing Pathogenicity Likelihood Scores will be used to flag variants at high likelihood of reclassification as pathogenic or benign, and communicated to the originating institution. The system will rely on an architecture similar to Beacon 10 -RNAseq data visualization. To investigate and dissect the heterogeneity of the Transcriptomics datasets (RNA-seq) generated during the project, an automated process comprising of Gene Ontology Enrichment Visualization on multiple samples and conditions will be set up via Bioinformatics tools already laid up to this aim 11. Starting from primary transcriptomics analysis, this process will be generated from functional heatmaps of ontology and gene-sets related to specific samples clusters down to Single- | ||||
Samples enrichment of hallmark signatures for rare tumors (ssGSEA). Sample clusters and conditions will be defined via basic clinical and histopathological grouping of the submitted datasets. 2. For radiomics: -multilevel, disease-specific radiomics and radiogenomics features extraction and analysis pipeline for their integration in the framework of multiomics modelling as previously published within the consortium 12. - Metaradiomics features in data-dense contexts: investigation of the existence of mutual relationships among radiomics features predictive of response across different treatment modalities (i.e. chemotherapy, radiotherapy and chemoradiotherapy). These features are defined “metaradiomics signatures”, and their identification may disclose unprecedented image based cancer hallmarks. This research question will be addressed analyzing images already included in prior studies run by the Alleanza Contro il Cancro Radiomics Working Group (i.e. lymphomas, rectal and breast cancer). 3. In rare tumors: - Central nervous system (CNS): investigation of the impact on follow up management of cfDNA and radiomics features extracted from MRI images during follow up of patients affected by CNS tumors - Soft tissue sarcomas: radiomics validation of multidimensional molecular profiling (WES, Target-Seq, RNAseq, miRNAseq, methylome) of sarcomas series included in ongoing clinical trials, as well as on retrospective tumor series to readily identify molecular determinants that impinge upon clinic-pathological parameters. 4. For liquid biopsy: Circulating nucleic acids (particularly circulating tumor DNA, ctDNA) will be quantitatively assessed by multigene targeted NGS panels on retrospective collections of plasma samples, building on previous experience13. These will be representative of data- dense (e.g. lung cancer) and data-poor (e.g. rare tumors and CNS) cancers. To turn liquid biopsy into a clinical-grade tool (so far missing in EU), we will devote special attention to develop dedicated and separated metrics in early cancer and advanced settings. This section envisages cross-reference and cross-fertilization with omics above (see WP3 sections 1 and 2). Likewise, special sources of tumor DNA (e.g. cerebrospinal fluid, CSF) will be considered whenever synergistic with ongoing ACC efforts. Ultimately, hundreds of carefully selected, single-point and serial sample collections will provide used cases of typical real-life ctDNA technical applications and clinical scenarios. | ||||||
IRCCS involved & roles: | ||||||
IRCCS | Contribution of IRCCS to the realization of the WP 3 (describe expertise applied) | Tasks | ||||
1. | Istituto Europeo di Oncologia | Machine learning applied to genomic variant interpretation | ||||
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | |||||
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | Coordination, radiomics analyses | ||||
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | Data visualization, liquid biopsy analyses | ||||
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | ||||
6. | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | Genomic and transcriptomic bioinformatic analyses, radiomics analyses | ||||
7. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | Genomic and transcriptomic bioinformatic analyses, radiomics analyses | |||
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | Genomic and transcriptomic bioinformatic analyses, radiomics analyses | |||
9. | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
10. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | Genomic and transcriptomic bioinformatic analyses, radiomics analyses | |||
11. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
12. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
13. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
14. | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
15. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
16. | Centro di Riferimento Oncologico | Genomic and transcriptomic bioinformatic analyses, radiomics analyses | |||
17. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | radiomics analyses | |||
18. | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
19. | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | radiomics analyses | |||
20 | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | radiomics analyses and radiomic metadata extraction | |||
Milestone 3.1: M7 Case selection Milestone 3.2: M8 Radiomics features extraction Milestone 3.3: M9 Analysis for informative metaradiomic identification Milestone 3.4: M11 Models training Milestone 3.5: M12 Model validation Milestone 3.6 M10: Contribution of the 50% of the required plasma samples from 50% of the institutes Milestone 3.7 M12: Finalization of the plasma biobank with >90% of sample-specific molecular and clinical annotation | |||||
Expected results: We expect to implement pipelines for visualization, advanced analyses and processing, multiomics modelling of genomics, transcriptomics, radiomics, metaradiomics and liquid biopsy data. These pipelines will facilitate the development of integrated computer-based tools for accurate diagnosis, effective treatments and robust outcome prediction, supporting the clinical decision-making to fully realize the potential of personalized medicine in cancer care. | |||||
Deliverables: D 3.1: A large set of genetic variants with associated Pathogenicity likelihood Scores and allelic frequencies in the ACCORD registry D3.2 A shared framework for RNAseq visualization for clinical purposes D 3.3: Radiomics based predictive models of tissue characterization and outcome prediction for specific desease D 3.4: Atlas of metaradiomics signatures significantly correlated with prognostic power specific for the selected disease and potentially applicable across different treatment modalities in data dense contexts D 3.5: Realization of a disease-specific radiomics extraction pipeline for multiomics modelling D 3.6: Release of graphic interface for the management, visualization and statistical analysis of radiogenomics data D 3.7: Set up of a standard procedure for liquid biobanking D 3.8: Sequencing of N>50 samples with clinical-grade NGS panels D 3.9: Banking of N>50 plasma samples with minimal clinical and molecular annotation | |||
Section C | BUDGET PROPOSAL | ||
TOTAL PROPOSED BUDGET | |||
COST (categories) | TOTAL BUDGET (€) A=B+C | PROJECT COSTS PROPOSED FOR FUNDING TO THE MOH (€) B The amounts must be reported without the decimal fraction. | CO-FUNDING if applicable (€) C |
staff salary | 377.000,00 | 377.000,00 | |
research contracts | 500.000,00 | 500.000,00 | |
travel | 27.000,00 | 27.000,00 | |
equipment (leasing-rent) | 25.000,00 | 25.000,00 | |
supplies and materials | 675.500,00 | 675.500,00 | |
publication costs | 15.000,00 | 15.000,00 | |
conferences | |||
staff training | |||
subcontracts | 65.000,00 | 65.000,00 | |
other costs | 5.000,00 | 5.000,00 | |
overhead | 162.450,00 | 162.450,00 | |
total | 1.851.950,00 | 1.851.950,00 | |
COSTS STRUCTURE PER EACH UNIT-IRCCS | ||||
N. | Name | Fiscal code number | Public-private | (€) The amounts must be reported without the decimal fraction. |
1. | Istituto Europeo di Oncologia | 08691440153 | Private | 283.775,00 |
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | 80018230153 | Public | 49.500,00 |
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | 13109681000 | Private | 142.650,00 |
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx | 02153140583 | Public | 138.875,00 |
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | 00727270720 | Public | 33.000,00 |
6. | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | 02060250996 | Public | 192.000,00 |
7. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | 07636600962 | Private | 160.650,00 |
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | 10125410158 | Private | 167.800,00 |
9. | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | 01288650631 | Private | 22.000,00 |
10. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | 00138660717 | Private | 104.000,00 |
11. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | 80403930581 | Private | 38.500,00 |
12. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | 97519070011 | Private | 31.900,00 |
13. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | 04074560287 | Public | 108.900,00 |
14. | Istituto Ortopedico Rizzoli | 00302030374 | Public | 30.250,00 |
15. | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | 03154520401 | Private | 22.000,00 |
16. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | 93002460769 | Public | 33.000,00 |
17. | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | 97831400581 | Private | 17.600,00 |
18. | Centro di Riferimento Oncologico | 00623340932 | Public | 121.550,00 |
19. | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | 00303490189 | Public | 22.000,00 |
20. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | 00396070187 | Private | 17.600,00 |
21. | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | 01598570354 | Public | 22.000,00 |
22. | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | 00577500101 | Public | 22.000,00 |
23. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | 01668320151 | Public | 33.000,00 |
24. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | 00911350635 | Public | 16.500,00 |
25. | IRCCS Azienda Ospedaliero- Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola | 92038610371 | Public | 20.900,00 |
Section D | REFERENCES |
1 | Xxxxxx et al, Feasibility of whole genome and transcriptome profiling in pediatric and young adult cancers Nat Communications 2022 May 18;13(1):2485. doi: 10.1038/s41467-022-30233-7. |
2 | Horak et al, Comprehensive Genomic and Transcriptomic Analysis for Guiding Therapeutic Decisions in Patients with Rare Cancers Cancer Discov. 2021 Nov;11(11):2780-2795 |
3 | Favalli V, Xxxx G, Xxxxxxx E, et al. Machine learning-based reclassification of germline variants of unknown significance: The RENOVO algorithm. Am J Hum Xxxxx. 2021;108(4):682-695. doi:10.1016/j.ajhg.2021.03.010 |
4 | Liverani C, Xxxxxxxxxxx A, Xxxxxxxxx L, et al. Diagnostic and Predictive Role of DLL3 Expression in Gastroenteropancreatic Neuroendocrine Neoplasms. Endocr Pathol. 2021;32(2):309-317. doi:10.1007/s12022-020-09657-8 |
0 | Xxxxxx XX, Xxxxxxxx XX, Xxxxx XX, et al. Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples . Nat Commun. 2020;11(1):4748. Published 2020 Sep 21. doi:10.1038/s41467-020-18151-y |
6 | Xxxxxxxxxx L, Xxxxxxxx L, Xxxxxx T, et al. Genome-wide Copy-number Alterations in Circulating Tumor DNA as a Novel Biomarker for Patients with High-grade Serous Ovarian Cancer. Clin Cancer Res. 2021;27(9):2549-2559. doi:10.1158/1078-0432.CCR-20-3345 |
7 | Trombetta D, Xxxxxxxx A, Xxxxxxxx FP, Xx Xxxxx CM, Xxxxx A, Xxxxxxxxxx LA. NRG1 and NRG2 fusions in non-small cell lung cancer (NSCLC): seven years between lights and shadows. Expert Opin Ther Targets. 2021;25(10):865-875. doi:10.1080/14728222.2021.1999927 |
8 | Xxxxxxxxx D, Xxxxxx M, Xxxxxxxx D, et al. Next-Generation Sequencing Approaches for the Identification of Pathognomonic Fusion Transcripts in Sarcomas: The Experience of the Italian ACC Sarcoma Working Group [published correction appears in Front Oncol. 2020 Jun 23;10:944]. Front Oncol. 2020;10:489. Published 2020 Apr 15. doi:10.3389/fonc.2020.00489 |
9 | Xxxxxxx X, Xxxxxxxxxx L, Xxxxxxx C, et al. Prospective Validation of the Italian Alliance Against Cancer Lung Panel in Patients With Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer. Clin Lung Cancer. 2021;22(4):e637-e641. doi:10.1016/j.cllc.2020.12.007 |
10 | Rambla J, Xxxxxx M, Xxxxxx R, et al. Beacon v2 and Beacon networks: A "lingua franca" for federated data discovery in biomedical genomics, and beyond. Hum Mutat. 2022;43(6):791-799. doi:10.1002/humu.24369 |
11 | Bruschini S, Xxxxxxxx M, Xxxxxxxxx E, et al. Deconvolution of malignant pleural effusions immune landscape unravels a novel macrophage signature associated with worse clinical outcome in lung adenocarcinoma patients. J Immunother Cancer. 2022;10(5):e004239. doi:10.1136/jitc-2021-004239 |
12 | Xxxxxxxxxx M, Xxxxxxxx M, Xxxx K, et al. Bringing radiomics into a multi-omics framework for a comprehensive genotype-phenotype characterization of oncological diseases. J Transl Med. 2019;17(1):337. Published 2019 Oct 7. doi:10.1186/s12967-019-2073-2 |
13 | Xxxxxxxxxx et al Liquid biopsy identifies actionable dynamic predictors of resistance to Trastuzumab Emtansine (T-DM1) in advanced HER2-positive breast cancer, Mol Cancer . 2021 Nov 29;20(1):151.doi: 10.1186/s12943-021-01438-z. |
NETWORK Legal Representative 1 Xxxxx Xx Xxxxx
IRCCS Project Leader Istituto Europeo di Oncologia
Scientific coordinator2 Xxxx Xxxxxxxx Xxxxxxx
Legal Representative3 Xxxxx Xxxxx
Scientific coordinator4 Xxxx Xxxxxxxxxx
Scheda Ricerca Corrente Reti RCR – Fondo progetti
La scheda deve riportare, seppure in maniera sintetica, i medesimi contenuti redatti in lingua italiana delle corrispondenti sezioni del documento “ Ricerca corrente Reti IRCCS 2022 - Fondo progetti di ricerca: Proposal Form”
RICERCA CORRENTE RETI IRCCS 2022 PROGETTO “ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer “omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models” | ||||
SEZIONE ANAGRAFICA | ||||
Rete Proponente: Alleanza Contro il Cancro (ACC) | ||||
COORDINATORE della Rete | ||||
Cognome De Xxxxx | Xxxx | Xxxxxxx | ||
Codice fiscale XXXXXX00X00X000X | IRCCS di appartenenza | Policlinico Xxxxxxxx Xxxxxxx | ||
LEGALE RAPPRESENTANTE della Rete | ||||
Cognome | De Paoli | Nome | Xxxxx | |
Codice fiscale | XXXXXX00X00X000X | |||
LEGALE RAPPRESENTANTE/DELEGATO | ||||
Cognome | - | Nome | - | |
Codice fiscale | - | |||
Atto delega alla firma degli atti | - | |||
IRCCS Capofila: Istituto Europeo di Oncologia | ||||
Codice fiscale IRCCS capofila | 08691440153 | |||
PEC | Telefono | 02/574891 | ||
LEGALE RAPPRESENTANTE IRCCS | ||||
Cognome | Melis | Nome | Xxxxx | |
Codice fiscale | XXXXXX00X00X000X | |||
LEGALE RAPPRESENTANTE/DELEGATO | ||||
Cognome | - | Nome | - | |
Codice fiscale | - | |||
Atto delega alla firma degli atti | - | |||
P.I. di Progetto | ||||
Cognome | Xxxxxxxxxx | Nome | Luca | |
IRCCS di appartenenza del P.I. | Istituto Europeo di Oncologia | |||
Codice fiscale | XXXXXX00X00X000X | |||
n. IRCCS aderenti alla Rete | 29 | n. IRCCS partecipanti al progetto di Rete | 25 | |
RICERCA CORRENTE RETI IRCSS 202 PROGETTO “titolo” | ||
Nota ministeriale avviso procedura XXX 0000 prot. n. 1401 del 13/04/2022 | ||
SEZIONE DESCRITTIVA PROGETTO | ||
TITOLO ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer “omics” data to develop computer-assisted diagnostic and predictive models | ||
DURATA DEL PROGETTO | 12 MESI | |
VALORE PREVISIONALE (€) | FINANZIAMENTO MINISTERIALE RICHIESTO (€) | FINANZIAMENTO TERZI/AUTOFINANZIAMENTO (€) |
€ 1.851.950,00 | € 1.851.950,00 | - |
ABSTRACT | ||
Il piano di ricerca descritto in questa domanda deriva dal programma Ricerca Corrente dal titolo "Programma Oncologico Personalizzato Nazionale per IRCCS (National Cancer Research Hospitals) della Rete ACC". Avviato nel 2018, il programma mirava a facilitare il trasferimento delle ultime scoperte e innovazioni tecnologiche dagli IRCCS all'intero sistema sanitario nazionale, per fornire ai malati di cancro l'accesso a cure personalizzate, idealmente più efficaci perché adattate al profilo genomico e immunologico del tumore di ogni paziente. L'attuale proposta di ricerca intitolata “ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage Observational cancer “omics” data to development computer-assisted diagnostic and predictive models” rappresenta l'estensione delle attività avviate da diversi ACC Working Groups (Genomics, Radiomics, Ematologia, Sarcoma, Glioblastoma, Mammella e Melanoma) nell'ambito del programma “Medicina Personalizzata”. Il progetto riunisce i principali esperti italiani di genomica del cancro, radiomica e ricerca clinica e mira a promuovere l'implementazione di strumenti diagnostici ad alto “throughput” come il sequenziamento del DNA/RNA, la radiomica e le analisi computazionali in clinica e a ridurre le barriere tecnologiche e le disuguaglianze tra gli istituti. | ||
OBIETTIVI | ||
OBIETTIVO GENERALE | ||
Descrizione dell’obiettivo generale Xxxxxxxxxx un ambiente di dati strutturato per strumenti computazionali basati sull'omica per migliorare la diagnosi e la previsione dei risultati utilizzando i dati ottenuti attraverso studi osservazionali in corso. | ||
Risultato/i atteso/i I risultati attesi comprendono: guadagno in salute (accuratezza diagnostica; personalizzazione della terapia; riduzione delle tossicità; ottimizzazione del processo decisionale) e per il sistema sanitario nazionale (riduzione dei costi diretti e indiretti). È previsto anche un impatto sul settore delle parti interessate (ad es. farmaceutico, diagnostica avanzata, IT). | ||
OBIETTIVI SPECIFICI | ||
Obiettivo specifico 1: | ||
Descrizione dell’obiettivo specifico 1 | ||
Creazione di un registro nazionale dei dati “omici” | ||
Indicatore (descrizione) | Fonte di verifica | Valore atteso |
Numero di campioni di genomica di cui sono raccolti i metadati | Database ACCORD | 986 |
Numero di campioni di radiomica di cui sono raccolti i metadati | Database ACCORD | 440 |
Numero di campioni di plasma per biopsia liquida di cui sono raccolti i metadati | Database ACCORD | 288 |
Obiettivo specifico n2 | ||
Descrizione dell’obiettivo specifico 2 Generazione di dati omici per le malattie con scarsità di dati | ||
Indicatore (descrizione) | Fonte di verifica | Valore atteso |
Numero di librerie omiche convenzionali generate | Database ACCORD | 500 |
Numero di librerie omiche nuove (non-convenzionali) generate | Database ACCORD | 110 |
Obiettivo specifico n3 | ||
Descrizione dell’obiettivo speciico 3 Fattibillità del progetto di analisi dei dati genomici, radiomici e radiogenomici | ||
Indicatore (descrizione) | Fonte di verifica | Valore atteso |
Numero di VUS rianalizzate | Database ACCORD | 200 |
Numero di immagini radiomiche caratterizzate | Database ACCORD | 500 |
Report di “Data Visualization” finalizzati | Database ACCORD | 50 |
WORKPACKAGES (WP) PROGETTO | ||
WP 1 | ||
Descrizione: Generazione e mantenimento di un registro di analisi “omiche”: il registro raccoglierà metadati per interrogare parametri rilevanti (diagnosi standardizzata, controllo di qualità, tecnologia utilizzata). Per le malattie “ricche di dati” si svilupperanno routine computerizzate per l'estrazione di metadati, per ottenere informazioni cliniche minime e metriche di qualità definite. Per le malattie con scarsità di dati e le biopsie liquide, si prevede il supporto dalla pratica convenzionale. | ||
Obiettivo/i del WP: Generazione e mantenimento di un registro di analisi “omiche” |
IRCCS WP leader: Ospedale San Xxxxxxxx – X. Xxxxx IRCCS coinvolti: 1. Istituto Europeo di Oncologia 2. Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori 3. IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx 4. Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena 5. Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico 6. IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx 0. IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx 8. IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center 9. Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS 10. Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS 11. Ospedale Pediatrico Bambino Gesù 12. Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo 13. Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS 14. Istituto Ortopedico Rizzoli 15. Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS 16. IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata 17. Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata 18. Centro di Riferimento Oncologico 19. Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx 20. IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx 21. Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx 22. Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx 23. Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx 24. Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx 25. IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola |
Risultati attesi: Prevediamo di generare uno dei più grandi registri europei di dati omici e campioni suscettibili di omics (tessuto tumorale, DNA germinale, plasma, immagini radiologiche). Questa risorsa manterrà una struttura agile con metadati accuratamente selezionati che non compromettono la protezione dei dati personali, in modo da consentire la catalogazione di tutti i campioni e dei dati generati in modo prospettico e retrospettivo all'interno dell'ACC. Il registro consentirà la generazione di coorti di pazienti ad hoc per la correlazione omics-outcome o la validazione clinica di nuovi strumenti analitici. Si prevede che l'ambito del registro sarà progressivamente ampliato negli anni a venire, consentendo l'ingestione non solo di metadati ma anche di dati clinici e omici più approfonditi, per progetti in cui si acquisirà specifico consenso. Infine, le pipeline semiautomatiche di estrazione delle caratteristiche generate nell'ambito del progetto saranno probabilmente trasferibili al di fuori dell'ambito di applicazione attuale. |
WP 2 |
Descrizione: Generazione di nuovi dati “omici” per contesti poveri di dati: si genereranno dati ove gli esistenti non sono sufficientemente grandi e annotati per una decisione clinica attraverso metodi computerizzati. In contesti poveri di dati, si eseguiranno analisi WES/RNAseq per arricchire coorti esistenti al fine di migliorare la potenza statistica. In contesti specifici, si eseguiranno analisi omiche più sofisticate (combinazione WES/RNAseq, sequenziamento del ctDNA ad alto rendimento, etc.). |
Obiettivo/i del WP: Generazione di nuovi dati “omici” per contesti poveri di dati |
IRCCS WP leader: Ospedale San Xxxxxxxx – X. Xxxxxxxxxxx IRCCS coinvolti: 1. Istituto Europeo di Oncologia 2. Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori 3. IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx 4. Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena 5. Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico 6. IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx 0. IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx 8. IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center 9. Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS 10. Ospedale Pediatrico Bambino Gesù 11. Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo 12. Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS 13. Istituto Ortopedico Rizzoli 14. IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata 15. Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata 16. Centro di Riferimento Oncologico 17. IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx 18. Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx 19. Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx |
Risultati attesi: I risultati ottenuti all'interno di questo WP faranno avanzare significativamente e rapidamente la capacità della rete ACC di implementare analisi genomiche di alto livello, facilitando l'implementazione della caratterizzazione ad alta intensità di dati come strumento clinicamente utile. Attualmente, le analisi che sono di routine nell'ambiente di ricerca come WES e RNAseq non sono fattibili nella routine clinica poiché le barriere tecnologiche nella maggior parte se non in tutti gli istituti causano tempi di consegna e riproducibilità che non sono compatibili con tempi adeguati per la pratica clinica. |
WP 3 |
Descrizione: Fattibilità procedure di analisi genomica, radiomica e radiogenomica distribuite: sviluppo di strumenti informatici per diagnosi e previsione su dati di: 1. Genomica: riclassificazione delle VUS; dati di RNAseq; 2. Radiomica e radiogenomica: caratteristiche multilivello e metaradiomiche in contesti ricchi di dati; 3. Tumori rari: impatto sul follow up del cfDNA e delle caratteristiche radiomiche; validazione radiomica del profilo molecolare multidimensionale; 4. Biopsia liquida: NGS multigene. |
Obiettivo/i del WP: ottimizzare e validare il flusso di lavoro delle analisi omiche automatizzate in ambito clinico, utilizzando i dati disponibili e quelli generati ex novo |
IRCCS WP leader: Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx – X. Xxxxxxxx IRCCS coinvolti: 1. Istituto Europeo di Oncologia 2. Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori 3. IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx 4. Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena |
5. Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico 6. IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx 0. IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx 8. IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center 9. Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS 10. Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS 11. Ospedale Pediatrico Bambino Gesù 12. Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo 13. Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS 14. Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS 15. IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata 16. Centro di Riferimento Oncologico 17. IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx 18. Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx 19. Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx 20. Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx |
Risultati attesi: Ci aspettiamo di implementare pipeline per la visualizzazione, analisi ed elaborazione avanzate, modelli multiomici di genomica, trascrittomica, radiomica, metaradiomica e dati di biopsia liquida. Queste pipeline faciliteranno lo sviluppo di strumenti integrati basati su computer per una diagnosi accurata, trattamenti efficaci e una solida previsione dei risultati, supportando il processo decisionale clinico per realizzare appieno il potenziale della medicina personalizzata nella cura del cancro. |
RICERCA CORRENTE RETI 2021 PROPOSTA PROGETTO RETI IRCCS | ||||
SEZIONE BUDGET DI PROGETTO | ||||
IRCCS ATTUATORI – FINANZIAMENTO MINISTERIALE RICHIESTO | ||||
N. | Denominazione breve Workflow | Codice fiscale | Pubblico/ Privato | Quota prevista (€) |
1. | Istituto Europeo di Oncologia | 08691440153 | Privato | 283.775 |
2. | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | 80018230153 | Pubblico | 49.500 |
3. | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | 13109681000 | Privato | 142.650 |
4. | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Xxxxx | 02153140583 | Pubblico | 138.875 |
5. | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | 00727270720 | Pubblico | 33.000 |
6. | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | 02060250996 | Pubblico | 192.000 |
7. | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | 07636600962 | Privato | 160.650 |
8. | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | 10125410158 | Privato | 167.800 |
9. | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | 01288650631 | Privato | 22.000 |
10. | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | 00138660717 | Privato | 104.000 |
11. | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | 80403930581 | Privato | 38.500 |
12. | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO- IRCCS di Candiolo | 97519070011 | Privato | 31.900 |
13. | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | 04074560287 | Pubblico | 108.900 |
14. | Istituto Ortopedico Rizzoli | 00302030374 | Pubblico | 30.250 |
15. | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | 03154520401 | Privato | 22.000 |
16. | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | 93002460769 | Pubblico | 33.000 |
17. | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | 97831400581 | Privato | 17.600 |
18. | Centro di Riferimento Oncologico | 00623340932 | Pubblico | 121.550 |
19. | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | 00303490189 | Pubblico | 22.000 |
20. | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | 00396070187 | Privato | 17.600 |
21. | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | 01598570354 | Pubblico | 22.000 |
22. | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | 00577500101 | Pubblico | 22.000 |
23. | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | 01668320151 | Pubblico | 33.000 |
24. | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | 00911350635 | Pubblico | 16.500 |
25. | IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola | 92038610371 | Pubblico | 20.900 |
Totale complessivo | 1.851.950 | |||
N. | Denominazione estesa IRCCS partecipanti1 | Quota prevista (€) | ||
WP1 | Istituto Europeo di Oncologia | 50.600 | ||
1 Dati integrativi
WP1 | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | 22.000 |
WP1 | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | 37.767 |
WP1 | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | 38.133 |
WP1 | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | 22.000 |
WP1 | IRCCS Xxxxxxxx Xxxxxxxxxxx Xxx Xxxxxxx | 00.000 |
WP1 | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | 29.200 |
WP1 | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | 34.700 |
WP1 | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | 1.100 |
WP1 | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | 27.000 |
WP1 | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | 22.000 |
WP1 | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | 22.000 |
WP1 | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | 22.000 |
WP1 | Istituto Ortopedico Rizzoli | 22.000 |
WP1 | Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) S.r.l., IRCCS | 22.000 |
WP1 | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | 6.600 |
WP1 | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | 6.600 |
WP1 | Centro di Riferimento Oncologico | 30.250 |
WP1 | Fondazione IRCCS Policlinico San Xxxxxx | 22.000 |
WP1 | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | 9.350 |
WP1 | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | 11.550 |
WP1 | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | 11.550 |
WP1 | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | 5.500 |
WP1 | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | 5.500 |
WP1 | IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna Policlinico S. Orsola | 20.900 |
Totale WP1 | 539.750 | |
WP2 | Istituto Europeo di Oncologia | 161.150 |
WP2 | Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori | 27.500 |
WP2 | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | 46.567 |
WP2 | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | 60.683 |
WP2 | Istituto Tumori "Xxxxxxxx Xxxxx XX" IRCCS Ospedale Oncologico | 11.000 |
WP2 | IRCCS Ospedale Policlinico San Xxxxxxx | 154.550 |
WP2 | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | 86.900 |
WP2 | IRCCS Istituto Clinico Humanitas – Humanitas Cancer Center | 133.100 |
WP2 | Fondazione “Casa Sollievo della Sofferenza” - Opera di San Pio da Pietrelcina, IRCCS | 77.000 |
WP2 | Ospedale Pediatrico Bambino Gesù | 16.500 |
WP2 | Fondazione del Piemonte per l’Oncologia, FPO-IRCCS di Candiolo | 9.900 | ||
WP2 | Istituto Oncologico Veneto IOV - IRCCS | 86.900 | ||
WP2 | Istituto Ortopedico Rizzoli | 8.250 | ||
WP2 | IRCCS CROB Centro di Riferimento Oncologico della Basilicata | 26.400 | ||
WP2 | Fondazione Xxxxx Xxxxx Xxxxx Istituto Dermopatico dell'Immacolata | 11.000 | ||
WP2 | Centro di Riferimento Oncologico | 88.550 | ||
WP2 | IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Xxxxxxxx Xxxxxxx | 8.250 | ||
WP2 | Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Xxxxx Xxxxx | 27.500 | ||
WP2 | Istituto Nazionale Tumori IRCCS Fondazione X. Xxxxxxx | 11.000 | ||
Totale WP2 | 1.052.700 | |||
WP3 | Istituto Europeo di Oncologia | 72.025 | ||
WP3 | IRCCS Fondazione Policlinico Universitario Xxxxxxxx Xxxxxxx | 58.317 | ||
WP3 | Istituti Fisioterapici Ospitalieri, IRCCS Istituto Nazionale Tumori Regina Elena | 40.058 | ||
WP3 | IRCCS Ospedale San Xxxxxxxx | 44.550 | ||
WP3 | Istituto di Ricerca Diagnostica e Nucleare – SDN S.p.A., IRCCS | 20.900 | ||
WP3 | Centro di Riferimento Oncologico | 2.750 | ||
WP3 | Azienda Unità Sanitaria Locale – IRCCS Reggio Xxxxxx | 10.450 | ||
WP3 | Istituto Xxxxxxxx Xxxxxxx | 10.450 | ||
Totale WP3 | 259.500 | |||
Totale complessivo | 1.851.950 | |||
BUDGET CONTO ECONOMICO | ||||
Voce di spesa | Importi (€) | Importi finanziati dal Ministero (€) | Inc. % Importi finanziati dal Ministero | |
01 - Personale di Ruolo | 377.000,00 | 377.000,00 | 100% | |
02 - Personale a Contratto | 500.000,00 | 500.000,00 | 100% | |
03 - Personale Borse di Studio | ||||
04 - Altre Tipologia di Personale | ||||
Totale personale | 877.000,00 | 877.000,00 | ||
05 - Missioni | 27.000,00 | 27.000,00 | 100% | |
06 - Apparecchiature a Noleggio/Leasing | 25.000,00 | 25.000,00 | 100% | |
07 - Materiale d'uso dei Laboratori di Ricerca | 675.500,00 | 675.500,00 | 100% | |
08 - Altro Materiale d'Uso | ||||
09 - Biblioteca | ||||
10 - Organizzazione Convegni | |||
11 - Formazione Personale | |||
12 - Subcontratti | 65.000,00 | 65.000,00 | 100% |
13 - Altre Tipologie di Spese (pubblicazioni + altro) | 20.000,00 | 20.000,00 | 100% |
14 - Overhead | 162.450,00 | 162.450,00 | 100% |
Totale complessivo | 1.851.950,00 | 1.851.950,00 |
Per i criteri di eleggibilità delle spese del personale e delle spese di overheads si fa riferimento ai parametri indicati nella nota DGRIC n.2302 del 23/06/2020.
(1)X.xx Legale rappresentante IRCCS Capofila Xxxxx Xxxxx
(1)X.xx Coordinatore Rete (*) Xxxxxxx Xx Xxxxx
*se diverso dal Legale Rappresentante
(1)X.xx P.I. di Progetto Xxxx Xxxxxxxxxx
(1) Documento sottoscritto dalle parti con firma digitale
Pianificazione progetto - RCR-2022-23682293 "ACCORD, the ACC Omics Registry: a digital environment to leverage observational cancer "omics" data to develop computerassisted diagnostic and predictive models"
Selezionare un periodo da evidenziare a destra. | Evidenziazione periodo: | 1 | Durata piano Inizio % stato Effettiva (oltre % Stato att. effettivo attuativo piano) (oltre piano) | ||||||||||||||||||||||||
ATTIVITÀ | INIZIO DEL PIANO | DURATA DEL PIANO | INIZIO DURATA % STATO EFFETTIVO EFFETTIVA ATTUATIVO | ANNO/PERIODI | |||||||||||||||||||||||
2022 | 2023 | ||||||||||||||||||||||||||
Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | ||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | ||||
Attività WP1.1: Definizione del dataset minimo per il registro dei dati “omici” | 1 | 13 | 1 9 20% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP1.2: Pipeline di estrazione dei metadati “omici” | 10 | 5 | 0% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP1.3: Produzione del registro di dati “omici” | 10 | 9 | 0% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP1.4: Validazione del registro di dati “omici” | 14 | 5 | 0% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP2.1 Generazione di dati “omici” per malattie con scarsità di dati | 1 | 18 | 1 9 20% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP3.1: Selezione dei casi per analisi di dati genomici, radiomici e radiogenomici | 1 | 13 | 1 9 20% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP3.2: Estrazione di features radiomiche | 9 | 6 | 9 1 10% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP3.3: Analisi per l'identificazione dei campionio informativi per metaradiomica | 12 | 4 | 0% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP3.4: Training e validazione dei modelli | 13 | 6 | 0% | ||||||||||||||||||||||||
Attività WP3.5: Popolamento della biobanca del plasma con annotazioni cliniche e molecolari specifiche dei campioni > 90% | 8 | 11 | 8 2 10% | ||||||||||||||||||||||||