Umowa nr APP1/20/NCN33/2023

Umowa nr APP1/20/NCN33/2023

Zamówienie realizowane na podstawie Zarządzenia nr 1/2021 Kanclerza Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego z dnia 18 stycznia 2021 roku w sprawie wprowadzenia Regulaminu udzielania zamówień publicznych bez stosowania przepisów ustawy – Prawo zamówień publicznych w Warszawskim Uniwersytecie Medycznym w związku z art. 2 ust.1 pkt 1 ustawy z dnia 11 września 2019 roku Prawo zamówień publicznych (Dz.U. z 2022 roku, poz.1710 z późń. zm.) o wartości nieprzekraczającej kwoty 130 000 złotych netto,

pomiędzy:

Warszawskim Uniwersytetem Medycznym z siedzibą w Warszawie, adres: ul. Xxxxxx x Xxxxxx 00, 00- 000 Xxxxxxxx, NIP: 5250005828, REGON: 000288917, reprezentowanym przez:

prof. dr hab. n. med. Xxxxxx Xxxxxxxxxx – Prorektora ds. Nauki i Transferu Technologii

zwanym dalej „Zamawiającym”,

a

………………………………………………………………………, z siedzibą w ………………………………….. przy ulicy

………………………………………………………………., posiadającym REGON:

…………………………………………………….. oraz NIP: ……………………………………wpisaną do rejestru przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego pod numerem KRS:

…………………………………………………………………., reprezentowaną przez:

……………………………………… – ……………………………………………………… zwanym dalej „Wykonawcą”.

Zamawiający i Wykonawca zwani są dalej łącznie „Stronami”, osobno zaś „Stroną”. Pomiędzy nimi została zawarta Umowa następującej treści, zwana dalej „Umową”:

Niniejsze zamówienie realizowane jest w ramach projektu badawczego finansowanego ze środków Narodowego Centrum Nauki pn. „Koliste RNA, nowy panel biomarkerów oraz nauczania maszynowe w predykcji ostrego uszkodzenia nerek u dorosłych pacjentów hematoonkologicznych” w ramach umowy nr UMO-2020/39/O/NZ5/02171.

§ 1

Przedmiot umowy

1. Wykonawca zobowiązuje się do świadczenia usługi polegającej na trawieniu i sekwencjonowaniu

30 próbek RNA.

2. W ramach realizacji Przedmiotu Zamówienia, Wykonawca zobowiązany jest do:

1) Trawienia próbek RNA RNazą R,

2) Wzbogacenia materiału metodą RiboErase (lub równoważną),

3) Konstrukcji bibliotek RNA-Seq, ich analiza jakościowa i ilościowa,

4) Sekwencjonowania 30 próbek circRNA, zawierających po 5 powtórzeń biologicznych dla każdego z 2 warunków doświadczalnych, spełniającego poniższe warunki:

i. z użyciem systemu Illumina NovaSeq6000;

ii. w trybie paired-end (PE);

iii. z długością odczytu 2x100 pz;

iv. z głębokością 50 milionów odczytów/próbkę.

5) Analizy bioinformatycznej danych z sekwencjonowania względem wskazanej przez zamawiającego referencji Homo sapiens (1,00 szt.), obejmującą przycinanie i filtrowanie otrzymanych sekwencji ze względu na jakość odczytów i obecność adapterów, usuwanie duplikatów, mapowanie do genomu referencyjnego, zliczanie transkryptów, analizę porównawczą między zdefiniowanymi grupami.

§ 2

Warunki realizacji Umowy

1. Zamawiający dostarczy wyizolowane wcześniej RNA zawieszone w wodzie/buforze TE/lub równoważnym w ilości min. 1000 ng (preferencyjnie 4000 ng) , o stężeniu min. 4 ng/µl, oraz czystości określonej parametrami spektrofotometrycznymi: A260/A280 w zakresie wartości: 1.7-2.1 oraz A260/A230 w zakresie wartości: 1.7-2.2.

2. W przypadku gdy próbki dostarczone przez Zamawiającego nie będą spełniać warunków opisanych w ust. 1 Wykonawca wystąpi do Zamawiającego z prośbą o przesłanie kolejnej partii próbek, spełniających warunki opisane w ust. 1. W przypadku gdy 2 kolejne partie próbek nie będą spełniały wymagań opisanych w ust. 1, Wykonawca zastrzega sobie prawo do obciążenia Zamawiającego zryczałtowaną opłatą manipulacyjną 1 000 zł netto, która zostanie powiększona o odpowiednią, na dzień wystawienia faktury, wartość podatku VAT.

3. W przypadku braku możliwości dostarczenia przez Zamawiającego próbek spełniających wymagania określone w ust. 1, Wykonawca dopuszcza realizację przedmiotu zamówienia, na pisemną prośbę Zamawiającego, bez możliwości wnoszenia uwag do wyników zamówienia przez Zamawiającego.

4. Wykonawca nie odpowiada za jakość wyników, będącą następstwem braku lub błędów w informacjach przekazanych przez Xxxxxxxxxxxxx nt dostarczonych próbek, w szczególności nt:

a. pochodzenia materiału biologicznego;

b. metodyki izolacji kwasu nukleinowego;

c. listy nazw próbek zgodnej z fizycznym opisem probówek (preferencyjna forma przekazania informacji w załączonym do umowy Formularzu Próbek).

5. Wyniki sekwencjonowania zostaną zapisane w formacie FASTQ. Wyniki analizy bioinformatycznej zostaną przekazane w postaci zestawu tabel opisujących: istotność (“p- value”) i krotność (“fold-change”) różnicowania poszczególnych transkryptów, skuteczność mapowania do genomu referencyjnego, ilość wykrytych duplikatów i zanieczyszczeń.

6. Wyniki sekwencjonowania i analizy bioinformatycznej zostaną przekazane drogą elektroniczną

- dane zostaną udostępnione do pobrania Zamawiającemu pod wskazanym xxxxxxx przesłanym drogą elektroniczną na adres wskazany przez Xxxxxxxxxxxxx przy zamówieniu.

7. Wykonawca zobowiązuje się do archiwizacji przesłanych przez Zamawiającego próbek, oraz wykonanych analiz, w formie plików elektronicznych, przez okres 6 miesięcy, licząc od dnia przekazania wyników zgodnie z ust. 6. Po tym terminie próbki oraz wyniki zostaną zutylizowane, lub przekazane Zamawiającemu na jego koszt.

8. Niezależnie od zapisów ust. 7, obowiązek archiwizacji wyników przekazanych Zamawiającemu

zgodnie z ust. 6, spoczywa w całości na Zamawiającym.

9. Wykonawca zapewnia, że badania stanowiące przedmiot umowy będą wykonywane przez

osoby o odpowiednich kwalifikacjach.

10. Wykonawca zobowiązuje się do wykonywania świadczeń objętych zakresem umowy

z najwyższą starannością, zgodnie ze wskazaniami aktualnej wiedzy technicznej i analitycznej.

11. Wykonawca oświadcza, iż posiada warunki lokalowe, aparaturę i sprzęt oraz dysponuje odpowiednią liczbą personelu o kwalifikacjach zawodowych niezbędnych do właściwego wykonywania Przedmiotu umowy.

12. Osobą upoważnioną ze strony Zamawiającego do odbioru przedmiotu umowy jest lek. Xxxxxx Xxxxx, Katedra i Klinika Nefrologii, Dializoterapii i Chorób Wewnętrznych, ul. Xxxxxxx 0x, Xxxx X, XX xxxxxx, 00-000 Xxxxxxxx.

13. Osobami odpowiedzialnymi za nadzór nad realizacją niniejszej umowy są:

• ze strony Zamawiającego: lek. Xxxxxx Xxxxx, e-mail: Xxxxxx.xxxxx@xxx.xxx.xx, Katedra i

Klinika Nefrologii, Dializoterapii i Chorób Wewnętrznych,

• ze strony Wykonawcy: …………………………………………………………………………………..

§ 3

Terminy realizacji przedmiotu Umowy

1. Niniejsza umowa wchodzi w życie z dniem podpisania przez ostatnią ze Stron.

2. Przedmiot umowy zostanie wykonany w terminie 11 tygodni od dnia dostarczenia Wykonawcy przez Zamawiającego 30 próbek spełniających warunki opisane w §2 ust. 1 lub - w sytuacji wskazanej w § 2 ust. 3 - doręczenia prośby Zamawiającego o wykonanie usługi.

3. Z zastrzeżeniem § 2 ust. 3 Zamawiający, w terminie 14 dni kalendarzowych od dnia przekazania wyników zgodnie z § 2 ust. 6 może zgłosić uwagi do dostarczonych wyników. Uwagi powinny być wysłane w formie mailowej na następujące adresy email:

a) …………….

b) ……………

4. Wykonawca w terminie 14 dni kalendarzowych od dnia otrzymania uwag prześle Zamawiającemu odpowiedź na uwagi i, o ile będzie to konieczne, uzgodni z Zamawiającym termin wykonania dodatkowych badań. W przypadku, gdy Zamawiający nie zgłosi uwag w terminie 14 dni od otrzymania wyników lub odeśle podpisany i zaakceptowany bez uwag protokół odbioru prac, Xxxxxx przyjmują, że usługę uznaje się za kompletną, zrealizowaną i odebraną, i że Wykonawca może wystawić Zamawiającemu fakturę VAT.

§ 4

Wynagrodzenie

1. Za wykonanie usługi Strony ustalają wynagrodzenie umowne w wysokości zł

netto + VAT 23%, tj. …………………………………… zł brutto (słownie:

…………………………………………………………………………………………….).

2. Wynagrodzenie brutto za przedmiot umowy zawiera całkowity koszt realizacji przedmiotu zamówienia z uwzględnieniem wszystkich opłat i podatków - dotyczy podmiotów będących płatnikiem podatku VAT, zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług.

3. Wyżej wymieniona cena brutto nie może ulec zwiększeniu w czasie realizacji umowy.

§5

Warunki płatności

1. Zamawiający dopuszcza złożenie faktury VAT w formie:

a) papierowej;

b) ustrukturyzowanego dokumentu elektronicznego, złożonego za pośrednictwem Platformy Elektronicznego Fakturowania, zwanej dalej PEF, zgodnie z Ustawą o elektronicznym fakturowaniu w zamówieniach publicznych, koncesjach na roboty budowlane lub usługi oraz partnerstwie publiczno-prywatnym z dnia 9 listopada 2018 r. (x. x. Xx. U. 2020 poz. 1666 z xxxx.xx.).

2. Zamawiający zobowiązuje się dokonać zapłaty należności za dostarczony przedmiot Umowy, w

terminie do 30 dni od:

a) daty złożenia w Kancelarii WUM, ul. Xxxxxx x Xxxxxx 00, 00-000 Xxxxxxxx, xxxxx 0, oryginału prawidłowo wystawionej faktury VAT, z zastrzeżeniem dopuszczalności złożenia takiej faktury w formie pliku pdf na adres: xxxxxxxx@xxx.xxx.xx. W takim przypadku w tytule wiadomości należy podać numer faktury, numer postępowania i nazwę wystawcy faktury;

b) daty przesłania ustrukturyzowanej faktury elektronicznej za pośrednictwem PEF.

3. Podstawą wystawienia faktury VAT jest Protokół Odbioru, przygotowany zgodnie ze wzorem stanowiącym załącznik nr 1 do umowy, podpisany bez uwag przez osobę wskazaną w §2 ust. 13, jako upoważnioną ze strony Zamawiającego do odbioru przedmiotu Umowy, z zastrzeżeniem §3 ust. 4. Podpisany Protokół Odbioru winien być złożony przez Wykonawcę w Kancelarii WUM łącznie z fakturą, z zastrzeżeniem §3 ust. 4. Zamawiający nie dopuszcza przesyłania innych ustrukturyzowanych dokumentów elektronicznych, za wyjątkiem faktury.

4. Wykonawca zobowiązany jest do wystawienia faktury VAT, o której mowa w ust. 1, nie później niż do 15. dnia miesiąca następującego, po miesiącu, w którym dokonano odbioru przedmiotu Umowy Protokołem Odbioru, z zastrzeżeniem §3 ust. 4. Faktura powinna być dostarczona do Zamawiającego niezwłocznie.

5. Zapłata nastąpi na rachunek bankowy Wykonawcy nr Zmiana

numeru rachunku bankowego wymaga formy pisemnej pod rygorem nieważności. Za dzień zapłaty uznaje się dzień obciążenia rachunku bankowego Zamawiającego.

6. Strony zgodnie ustalają, że płatność nastąpi wyłącznie na numer rachunku bankowego, który znajduje się w wykazie, o którym mowa w art. 96b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2022 r. poz. 1561 z xxxx.xx.), dalej jako „Wykaz”. Wykonawca jest zobowiązany do zawiadomienia Zamawiającego o usunięciu rachunku bankowego z Wykazu niezwłocznie nie później jednak niż na trzy dni robocze przed upływem terminu płatności faktury. Zawiadomienie powinno nastąpić na adres e-mail: xxxxxxxx@xxx.xxx.xx. Zamawiający zastrzega sobie prawo do wstrzymania płatności faktury do chwili zmiany numeru rachunkowego, który będzie znajdował się w Wykazie, bez prawa żądania przez Wykonawcę odsetek za opóźnienie w transakcjach handlowych, na co Wykonawca wyraża zgodę, z zastrzeżeniem ust. 7.

7. Postanowienia ust. 6 mają zastosowanie wyłącznie do Wykonawców będących czynnymi

podatnikami podatku VAT w Polsce.

8. Ustrukturyzowana faktura elektroniczna (w przypadku wyboru tej formy dokumentu) winna składać się z danych wymaganych przepisami Ustawy o podatku od towarów i usług oraz min. danych zawierających:

a) informacje dotyczące odbiorcy płatności;

b) wskazanie umowy zamówienia publicznego.

9. Zamawiający informuje, że identyfikatorem PEPPOL/adresem PEF Zamawiającego, który pozwoli na złożenie ustrukturyzowanej faktury elektronicznej jest: NIP 5250005828.

10. W przypadku opóźnienia terminu płatności Wykonawca ma prawo do naliczenia odsetek ustawowych za opóźnienie płatności w transakcjach handlowych, o których mowa w art. 4 pkt. 3 ustawy z dnia 8 marca 2013 r. o przeciwdziałaniu nadmiernym opóźnieniom w transakcjach handlowych (t. j. Dz. U. 2022, poz. 893 z xxxx.xx.).

11. Zobowiązanie Zamawiającego dotyczy należności określonej w Umowie. Jeżeli należność naliczona na fakturze VAT Wykonawcy przewyższy cenę uzgodnioną, Zamawiający dokona zapłaty jedynie do

ceny uzgodnionej, a Wykonawca zobowiązuje się do niezwłocznego wystawienia faktury korygującej.

12. W przypadku zmiany rachunku bankowego Wykonawcy, jest on zobowiązany do niezwłocznego poinformowania Zamawiającego o tej okoliczności, poprzez złożenie pisemnego oświadczenia osób uprawnionych do reprezentacji i wskazania aktualnego numeru rachunku do rozliczeń. Zmiana ta nie wymaga sporządzenia aneksu do umowy.

§6

Kary umowne

1. W przypadku niewykonania lub nienależytego wykonania umowy Zamawiający ma prawo do naliczenia następujących kar umownych:

a) za nieterminową realizację przedmiotu umowy w wysokości 0,1% całkowitej wartości brutto przedmiotu umowy określonej w § 4 ust. 1 za każdy rozpoczęty dzień zwłoki;

b) w przypadku odstąpienia od umowy przez Zamawiającego z przyczyn, za które odpowiada Wykonawca, w wysokości 10% całkowitej wartości brutto przedmiotu umowy określonej w § 4 ust. 1;

2. Przyczynami odstąpienia od umowy przez Zamawiającego, za które odpowiada Wykonawca są:

a) zwłoka w realizacji przedmiotu umowy przekraczająca 30 dni;

b) brak stosownych zezwoleń lub pozwoleń przez cały okres trwania Umowy.

3. Prawo odstąpienia od umowy, o którym mowa w ust. 2 pkt przysługuje Zamawiającemu w terminie 30 dni od dnia powzięcia informacji o przyczynie stanowiącej podstawę do odstąpienia od umowy.

4. Łączna wysokość kar umownych nie przekroczy 20% łącznej wartości brutto przedmiotu umowy określonej w § 4 ust. 1.

5. Wykonawca wyraża zgodę na potrącenie kwoty kary umownej, bezpośrednio przy zapłacie faktury VAT dotyczącej realizacji przedmiotu umowy.

6. Zamawiający zachowuje prawo do dochodzenia odszkodowania uzupełniającego, gdy wartość kar umownych jest niższa niż wartość powstałej szkody. Dochodzenie roszczeń jest możliwe jedynie do wartości powstałej straty.

§ 7

Postanowienia końcowe

1. Zmiana niniejszej umowy wymaga formy pisemnej pod rygorem nieważności.

2. Prawa i obowiązki wynikające z niniejszej umowy nie mogą być przeniesione przez Wykonawcę na osoby trzecie bez uprzedniej pisemnej zgody Zamawiającego.

3. W sprawach nieuregulowanych w niniejszej umowie stosuje się przepisy prawa polskiego, w tym

przepisy ustawy - Kodeks cywilny.

4. W trybie porozumienia Stron Umowa może być rozwiązana w każdym czasie.

5. Kwestie sporne powstałe w związku z realizacją niniejszej umowy strony zobowiązują się rozstrzygać ugodowo w terminie 14 dni, a w przypadku braku porozumienia rozstrzygać w drodze postępowania sądowego przed sądem powszechnym właściwym dla siedziby Zamawiającego.

6. Umowę sporządzono w trzech jednobrzmiących egzemplarzach: jeden dla Wykonawcy i dwa dla Zamawiającego lub formie elektronicznej w przypadku zawarcia umowy przy użyciu elektronicznego podpisu kwalifikowanego.

Integralną część umowy stanowią następujące Załączniki:

Załącznik nr 1 – wzór Protokołu Odbioru.

Załącznik nr 2 – Informacja o przetwarzaniu danych osobowych

Wykonawca Zamawiający

nr wniosku w Workflow……………….

Załącznik nr 1 do Umowy nr ……………..………..

Protokół Odbioru

Symbol i nazwa jednostki docelowej:

………………………………………….

………………………………………….

Tel. …………………………………….

Lp.	Przedmiot odbioru (zadania/ czynności)
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Przyjęto*:

□ bez zastrzeżeń w dniu: ……………..…………………

□ z zastrzeżeniami w dniu: ……..........…………….…

Stwierdzono następujące wady lub braki:

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………

………………

Termin usunięcia wad:

............................................................................................................................................

W imieniu Zamawiającego	W imieniu Wykonawcy
- Kierownik Projektu ………..………………………………………………………………… …..	- funkcja osoby upoważnionej ……………………………………………………………………………..

UWAGA: Powyższy protokół podpisany „bez zastrzeżeń” jest podstawą do wystawienia faktury VAT.

Załącznik nr 2 do umowy nr ......................................

Informacja o przetwarzaniu danych osobowych osób fizycznych, których dane przetwarza Zamawiający w związku z realizacją niniejszej umowy

1. Zamawiający informuje, że w przypadku:

1) osób fizycznych będących Wykonawcą,

2) osób fizycznych, prowadzących jednoosobową działalność gospodarczą będących Wykonawcą,

3) pełnomocnika Wykonawcy będącego osobą fizyczną,

4) członka organu zarządzającego Wykonawcy będącego osobą fizyczną,

5) osoby fizycznej skierowanej do realizacji niniejszej umowy przez Wykonawcę

- będzie przetwarzał dane osobowe, które uzyskał bezpośrednio od Wykonawcy w celu realizacji

Umowy.

2. W związku z powyższym, zgodnie z art. 13 ust. 1 i 2 oraz art. 14 ust. 1 i 2 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) (Dz. Urz. UE L 119 z 04.05.2016, str. 1), dalej „RODO”, Zamawiający informuje Xxxxx/Pana, że:

1) Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest: WARSZAWSKI UNIWERSYTET

MEDYCZNY, ul. Xxxxxx x Xxxxxx 00,00-000 Xxxxxxxx;

2) Administrator powołał Inspektora Ochrony Danych Osobowych, z którym można się kontaktować na adres e-mail: xxx@xxx.xxx.xx, lub pod nr tel.: x00 00 00 00000;

3) Pani/Pana dane osobowe przetwarzane będą na podstawie art. 6 ust. 1 lit. b, c i f RODO w celu realizacji niniejszej umowy, w celu wykonania obowiązków prawnych ciążących na administratorze oraz w celu wynikającym z prawnie uzasadnionych interesów realizowanych przez administratora, tj. w celach kontaktowych, ewentualnego dochodzenia roszczeń lub obrony przed roszczeniami;

4) odbiorcami Pani/Pana danych osobowych będą osoby lub podmioty, upoważnione do dostępu do Pani/Pana danych osobowych na podstawie obowiązujących przepisów prawa;

5) Pani/Pana dane osobowe będą przechowywane przez cały czas trwania umowy lub okres wskazany w dokumentach programów operacyjnych krajowych, regionalnych, jak i w zawieranych umowach o dofinansowanie, jak również przez czas określony dla poszczególnych kategorii archiwalnych, którymi jest oznaczona dokumentacja zgromadzona w WUM zgodnie z Jednolitym Rzeczowym Wykazem Akt WUM opracowanym na podstawie rozporządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 20 października 2015r. w sprawie klasyfikowania i kwalifikowania dokumentacji, przekazywania materiałów archiwalnych do archiwów państwowych i brakowania dokumentacji niearchiwalnej, ewentualnie przez czas dochodzenia roszczeń lub obrony administratora przed roszczeniami;

6) obowiązek podania przez Panią/Pana danych osobowych bezpośrednio Pani/Pana dotyczących jest wymogiem ustawowym lub wynika z zawartej z wykonawcą umowy;

konsekwencją niepodania określonych danych jest brak możliwości zawarcia lub realizacji

umowy;

7) w odniesieniu do Pani/Pana danych osobowych decyzje nie będą podejmowane w sposób

zautomatyzowany, stosowanie do art. 22 RODO;

8) posiada Pani/Pan:

a) na podstawie art. 15 RODO prawo dostępu do danych osobowych Pani/Pana dotyczących;

b) na podstawie art. 16 RODO prawo do sprostowania Pani/Pana danych osobowych;

c) na podstawie art. 18 RODO prawo żądania od administratora ograniczenia przetwarzania danych osobowych z zastrzeżeniem przypadków, o których mowa w art. 18 ust. 2 RODO;

a) prawo do wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, gdy uzna Pani/Pan, że przetwarzanie danych osobowych Pani/Pana dotyczących narusza przepisy RODO;

b) prawo do przenoszenia danych osobowych, o którym mowa w art. 20 RODO.

c) prawo sprzeciwu, o którym mowa w art. 21 RODO, z zastrzeżeniem pkt 9 lit. b) poniżej.

9) nie przysługuje Pani/Panu:

a) w związku z art. 17 ust. 3 lit. b, d lub e RODO prawo do usunięcia danych osobowych;

b) na podstawie art. 21 RODO prawo sprzeciwu, wobec przetwarzania danych osobowych, w sytuacji gdy podstawą prawną przetwarzania Pani/Pana danych osobowych jest art. 6 ust. 1 lit. b i c RODO.

10) Pani/Pana dane osobowe Zamawiający otrzymał od Wykonawcy.

3. Zamawiający jednocześnie informuje, że Wykonawca jest zobowiązany do przekazania treści ust. 1 i 2 powyżej, osobom których dane osobowe udostępnia Zamawiającemu w związku z niniejszą umową, chyba że ma zastosowanie art. 14 ust. 5 RODO.