Betalningsproblematiken. Under den administrativa handeln genomfördes alla betalningar till och från Jordbruksverket. Vid fri handel passerar inga pengar Jordbruksverket utan detta hanteras av parterna via egna uppgörelser. Det fanns en risk att detta skulle medföra ett problem då ingen tradition i ursprunglig bemärkelse kunde ske av mjölkkvoten och affärens giltighet var beroende av Jordbruksverkets godkännande. En situation kunde uppstå där säljaren inte ville skriva på överföringsansökan innan betalning hade skett, medan köparen inte ville betala innan Jordbruksverket godkänt affären. En situation där den ena parten inte presterade var också en risk, dvs. en säljare som inte skrev på ansökan när han fått pengarna eller en köpare som inte betalade trots att affären blivit godkänd. Trots att parterna i bästa fall reglerat affären via ett civilrättsligt avtal finns det en risk för tvister med affärer som gäller den form av rättighet som en mjölkkvot är. Information gick ut från Jordbruksverket om vikten av att ha ett civilrättsligt köpeavtal vid sidan av den gemensamma handelsansökan som parterna skickade in. Trots detta var det ett stort antal transaktioner som gjordes upp utan ett köpeavtal. Det informerades också om möjligheten att via en bankgaranti deponera pengar villkorat med en av Jordbruksverket godkänd transaktion för utbetalning. Visserligen har en del affärer genomförts via bankgaranti men långt ifrån alla transaktioner har säkrats på detta sätt. Trots dessa riskmoment verkar det inte under de första drygt 6000 transaktionerna ha uppstått några problem med betalning eller andra oegentligheter mellan mjölkproducenterna, åtminstone inte som lett till att någon av parterna tagit kontakt med Jordbruksverket. Detta faktum ändrar dock inte att det är ett osäkerhetsmoment som tillkommit jämfört med den administrativa handeln. Under den administrativa handeln var det däremot många mjölkproducenter som hade problem med att betala in ersättningen för kvoten till Jordbruksverket vilket medförde att betalningen till de som sålt kvot dröjde. Kvotförmedlingarnas ökande andel av handeln har dock varit stabiliserande på detta område eftersom flera av de stora förmedlarna också förvarar pengarna under den tid som ärendet handläggs på Jordbruksverket. Det är naturligtvis möjligt att detta kan vara en bidragande orsak till att en del av producenterna väljer att göra affärer via förmedlingar.
