国内にある恒久的施設（所得税法第 2 条第 1 項第 8 号の. 4、法人税法第 2 条第 12 号の 19。一般的に「Permanent Establishment」又は「PE」とも呼ばれる。）を通じて事業を行う組合の組合員である非居住者又は外国法人（以下「非居住者等」という。）は、国内に恒久的施設を有する非居住者等（所得税法第 164 条第 1 項第 1 号、法人税法第 141 条第 1 号）に該当するものとして取り扱われ、組合が当該恒久的施設を通じて行う事業から生ずる国内源泉所得（所得税法第 161 条第 1 項第 1号、第 4 号、法人税法第 138 条 1 項第 1 号）について国内で課税されるのが原則である。しかし、投資事業有限責任組合の有限責任組合員である非居住者等については、共同で組合の事業を行う事業者というよりも、組合の事業に対して投資を行う投資家に近いという実態に鑑み、一定の要件を満たす者については、国内に恒久的施設を有しないものとみなされ（外国組合員に対する課税の特例。租税特別措置法第 41 条の 21、第 67 条の 16）、組合の事業から生ずる国内源泉所得について国内では原則非課税とされる（所得税法第 164 条第 1 項第 2 号、法人税法第 141 条第 2 号）。 の改正を含み、以下同じ。）第 178 条第 4 項）とともに、一定時点で当該内国法人の発行済株式等の総数の 25以上に相当する株式等を所有している場合に、同一年又は同一事業年度内に合計で当該内国法人の発行済株式等の総数の 5以上に相当する株式等を譲渡した場合の当該譲渡をいう。所得税法施行令第 281 条第 6 項、法人税法施行令第 178 条第 6 項）等一定のものに限って課税対象とさ れるところ（所得税法第 161 条第 1 項第 3 号、所得税法施行令第 281 条第 1 項第 4 号、法人税法第 138 条第 1 項第 3 号、法人税法施行令第 178 条第 1 項第 4 号）、組合員である非居住者等が組合を通じて内国法人の発行する株式等を譲渡した場合は、事業譲渡類似株式譲渡の要件該当性について、当該組合の組合員全員を「特殊関係株主等」に含めて判断することになる（所得税法施行令第 281 条第 4 項第 3 号、法人税法施行令第 178 条第 4 項第 3 号）。従って、組合単位で内国法人の発行済株式等の総数の 25以上に相当する株式等を所有し、5以上に相当する株式等を譲渡した場合には、組合員である非居住者等の組合に対する持分の保有割合にかかわらず、当該譲渡による所得が課税対象とされるのが原則であるが、外国組合員に対する課税の特例と同様の趣旨から、投資事業有限責任組合の有限責任組合員である非居住者等のうち、一定の要件を満たす者が行った内国法人の発 行する株式等の譲渡については、「特殊関係株主等」に当該投資事業有限責任組合の他の組合員を含めないものとされ、事業譲渡類似株式譲渡の要件該当性の判断は、組合員単位で行われることになる（外国組合員の課税所得の特例。租税特別措置法施行令第 26 条の 31、第 39 条の 33 の 2。以下、外国組合員に対する課税の特例及び外国組合員の課税所得の特例を「税制特例」と総称する。）。 有限責任組合員である非居住者等が税制特例の要件を満たすためには、当該非居住者等が、投資組合事業に係る業務執行又は業務執行の決定についての承認、同意その他これらに類する行為（以下「税法上の業務執行承認」という。）を行わないことが求められるため（租税特別措置法第 41 条 の 21 第 1 項第 2 号、租税特別措置法施行令第 26 条の 30 第 1 項第 3 号、第 26 条の 31 第 1 項第 2号）、外国有限責任組合員が税制特例の適用を受けるためには、有限責任組合員に認められる権限の行使が、税法上の業務執行承認に該当しないことが必要となる。 この点については、有限責任組合員の権限に関する個別の規定（例えば、第 17 条第 2 項、第 7 項 から第 9 項まで等）において、有限責任組合員の当該権限が、税法上の業務執行承認に該当しないよう規定を整備する必要がある。しかし、場合によっては、有限責任組合員の権限規定が、税法上の業務執行承認に該当するのではないかとの疑義が生じる可能性もあるところ、かかる契約条項における解釈基準として、第 15 条第 7 項のような規定を設けることが考えられる。すなわち、第 15 条第 7 項では、本契約における有限責任組合員の権限に関する個別の規定が税法上の業務執行承認に該当するのではないかとの疑義がある場合において、当該規定を制限的に解釈することとしている。 なお、第 15 条第 7 項はあくまで、疑義が生じる場合の解釈指針を目的とした規定に過ぎないため、それを超えて、明らかに税法上の業務執行承認に該当する承認権限が有限責任組合員に与えられている場合にも税制特例の要件が具備される効果を導こうとすることを意図したものではない点に留意されたい。あくまで、契約書の作成においては、まず、個別の権限規定において税法上の業務執行承認に該当しないよう規定を整備することが目指されるべきである。
