Účinky rozhodnutí v přezkumném řízení. V důsledku aplikace § 99 správního řádu mohou nastat účinky rozhodnutí, kterým se veřejnoprávní smlouva nebo její část ruší, buď zpětně ode dne jejího uzavření, nebo až od právní moci nebo předběžné vykonatelnosti rozhodnutí v přezkumném řízení, a to podle toho, zda v důsledku jejího uzavření bylo přiznáno právo, nebo uložena povinnost. V případě přiznání práva by tak měla být obecně veřejnoprávní smlouva zrušena s účinky ex nunc, v případě uložení povinnosti potom ex tunc, nebudou-li okolnosti odůvodňovat řešení jiné. Tato pravidla by se s ohledem na zásadu rovnosti měla uplatnit především u veřejnoprávních smluv subordinačních, kterými je nahrazováno správní rozhodnutí. U ostatních však situace zřejmě tak jednoznačnou není. Z povahy institutu smlouvy, jejímž obsahem jsou vzájemná práva a povinnosti stran, je totiž aplikace těchto pravidel sporná, jelikož každému právu jedné smluvní strany zpravidla odpovídá právě povinnost strany druhé. Proto bude v ostatních případech převažovat zřejmě rušení veřejnoprávních smluv s účinky ex nunc. Se stejnými účinky budou podle § 165 odst. 4 správního řádu potom rušeny i veřejnoprávní smlouvy, na základě nichž došlo k převzetí působnosti a mají tedy normativní charakter. V tomto případě půjde zejména o veřejnoprávní smlouvy koordinační uzavřené podle § 160 odst. 5 a 6 správního řádu. Jejich zrušení se s ohledem na princip právní jistoty nikterak nedotkne úkonů již učiněných vůči třetím osobám, přičemž teprve po právní moci nebo předběžné vykonatelnosti rozhodnutí, jímž bude taková smlouva zrušena, přejde působnost zpět na ty správní orgány, které byly příslušnými před jejím uzavřením, popřípadě na ty orgány, na něž mezitím přešla v důsledku změny okolností rozhodných pro její určení. Za takových okolností by totiž rušení těchto veřejnoprávních smluv s účinky ex tunc postrádalo smyslu. Obdobně bude třeba postupovat i tehdy, budou-li tyto smlouvy stiženy vadou nicotnosti.
Účinky rozhodnutí v přezkumném řízení. Důsledkem přezkumu veřejnoprávní smlouvy může být zrušení takové smlouvy nebo její části, což v závislosti na tom, zda bylo uzavřením této smlouvy přiznáno právo nebo uložena povinnost, bude mít vliv na účinky takového rozhodnutí.121 Pokud by došlo ke zrušení veřejnoprávní smlouvy subordinační, v jejímž důsledku bylo přiznáno nějaké právo, pak by toto zrušení mělo mít účinky ex nunc. V druhém případě, kdyby došlo ke zrušení veřejnoprávní smlouvy zakládající nějakou povinnost, účinky zrušení takové smlouvy by měly být ex tunc, ledaže by okolnosti