MINUTA DO CONTRATO

ESTUDO DE DNA DE AMOSTRAS SANGUÍNEAS PARA DIAGNÓSTICO GENÉTICO DE DOENÇAS RARAS E OUTROS

CPV: 85148000-8 (Serviços de análises clínicas)

Entre

Instituto de Biologia Molecular e Celular - IBMC, sito na Xxx Xxxxxxx Xxxxx, 000, 0000-000 Xxxxx, pessoa coletiva n.º 503 828 360, matriculada na Conservatória do Registo Comercial do Porto sob o mesmo número, representado por Xxxxxx Xxxxx Xxxxxxx Xxxxxx xx Xxxxx, na qualidade de Presidente, e por Xxxxx Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxxx, na qualidade de Vice-Presidente, eleitas em Assembleia Geral Ordinária no dia seis de maio de dois mil e vinte e um, adiante designado por Contraente Público;

[Completar], sito [Completar], pessoa coletiva n.º [Completar], representada por [Completar] na qualidade de [Completar], que declarou ter poderes para o presente ato, adiante designado por Cocontratante.

Quando referidas conjuntamente, designadas por as "partes".

Considerando que:

1. O Contraente Público é uma Pessoa Coletiva, de Utilidade Pública cujo objeto incide no apoio à atividade de investigação científica no âmbito da Biologia Fundamental e Aplicada nas Áreas da Saúde, Biotecnologia e do Ambiente. O CGPP – Centro de Genética Preditiva e Preventiva é um serviço do Contraente Público que presta serviços à Comunidade na área da saúde, nomeadamente serviços diferenciados de diagnóstico genético de doenças hereditárias, com especial ênfase nas áreas de Neurologia, Pediatria e Hematologia; prestação de serviços de aconselhamento genético e genética preditiva para doentes e familiares em risco para estes grupos de doenças hereditárias. Este serviço do Contraente Público é um serviço acreditado pelo IPAC - Instituto Português de Acreditação de ensaios laboratoriais e atividades clínicas, segundo os requisitos da norma ISO 15189, sendo o primeiro laboratório acreditado para realizar testes genéticos em doenças neurológicas e na hemocromatose em Portugal.

2. O Cocontratante é uma empresa, privada, de referência no âmbito da prestação dos serviços objeto do presente contrato;

3. O Cocontratante é detentor de tecnologia e “Know-How” amplamente reconhecido e certificado/acreditado, entre outras por DIN EN ISO 15189:2014 (Laboratórios de Diagnósticos Médicos);

Acreditação pelo Colégio Americano de Patologistas; Centros de atendimento médico e “Medicaid” – Alterações de melhoria de laboratórios clínicos (Centers for Medicare and Medicaid Services; clinical laboratory improvement amendments “CLIA”.

4. O Contraente Público e o Cocontratante detêm todas as licenças legalmente exigíveis para o exercício das suas atividades;

5. O Contraente Público tem necessidade de adquirir serviços de estudo de DNA de amostras sanguíneas para fins de diagnóstico genético de doenças raras e outros, uma vez que não dispõe de recursos próprios que permitam satisfazer esta necessidade;

É celebrado o presente contrato, que se rege pelas seguintes cláusulas:

Cláusula 1.ª Objeto do Contrato

1. O presente contrato tem por objeto a aquisição, pelo Contraente Público, de Serviços de estudo de DNA de amostras sanguíneas, para diagnóstico genético de doenças raras e outros, nos exatos termos e condições aqui previstas e, em conformidade com as características, especificações e requisitos constantes no Anexo I.

2. À prestação dos serviços objeto do contrato é aplicável o disposto no Artigo 6º-A do Código dos Contratos Públicos (doravante “CCP”).

Cláusula 2.ª Contratação Excluída

1. Em conformidade com o disposto no n.º 1 do art.º 6.º-A do CCP, à formação do presente contrato, não é aplicável a Parte II daquele diploma legal.

2. À celebração do presente contrato, são especialmente aplicáveis os Princípios Gerais da Contratação Pública, designadamente o Princípio da Concorrência, da Transparência e da Boa Fé.

3. O Contraente Público publicitou um anúncio, com a referência CM_23/2024, com intenção de contratar os serviços objeto de contrato em 05 de abril 2024, especificando os requisitos técnicos dos serviços objeto de consulta de mercado.

4. O Contraente Público aprovou o teor proposto pelo Relatório do Processo de Consulta de Xxxxxxx e Proposta de Adjudicação em [Completar].

Cláusula 3.ª

Início de Vigência e Duração do Contrato

O contrato entrará em vigor na data da sua assinatura e terá a duração 1 (um) ano, sem prejuízo das obrigações acessórias que devam perdurar para além da cessação do mesmo.

Cláusula 4.ª

Local da Prestação dos Serviços

Os serviços objeto do contrato serão prestados nas instalações do Cocontratante, sito na [Completar].

Cláusula 5.ª

Principais Obrigações do Cocontratante

1. Sem prejuízo de outras obrigações previstas na legislação aplicável, da celebração do contrato decorrerão para o Cocontratante e/ou Subcontratado, as seguintes obrigações principais:

a) Prestar o serviço, ao Contraente Público, em conformidade com os requisitos legais e normativos, de acordo com os procedimentos técnicos, eficiência, segurança e os padrões de qualidade exigidos no âmbito das boas práticas laboratoriais;

b) Possuir, e fazer prova, desde que solicitada pelo Contraente Público, de todas as autorizações, consentimentos, aprovações, registos e licenças necessários para o cumprimento das obrigações assumidas no presente contrato.

c) Executar todas as tarefas que se mostrem necessárias à pontual e cabal execução dos serviços objeto do contrato, nos prazos indicados no Anexo I, com respeito por todas as normas aplicáveis e com elevados padrões de qualidade, eficiência e segurança;

d) Garantir a conformidade dos serviços com o contrato;

e) Obrigação de continuidade de prestação dos serviços, durante a vigência contratual;

f) Prestar, de forma correta e fidedigna, as informações referentes às condições em que são prestados os serviços, assim como prestar todos os esclarecimentos necessários e que se justifiquem, de acordo com as circunstâncias;

g) Disponibilizar os ficheiros FASTQ resultantes do serviço prestado via FTP para morada a enviar pelo Contraente Público;

h) Para efeitos da prestação de serviços objeto do presente contrato, o Cocontratante realiza o tratamento dos dados do Contraente Público, comprometendo-se a não utilizar tais dados para diferentes fins;

i) Observar toda a legislação aplicável, nomeadamente a que respeita à matéria laboral e clínica, no cumprimento das suas obrigações contratuais;

j) Comunicar, de imediato, ao Contraente Público, quaisquer ocorrências e/ou impedimentos que possam comprometer a execução atempada dos serviços objeto do contrato ou a confidencialidade dos dados fornecidos pelo Contraente Público;

k) Não alterar as condições da prestação, sem prévio acordo/consentimento do Contraente Público;

l) Efetuar todas as comunicações, requerer e manter válidas, durante a vigência do contrato, todas as autorizações e licenças exigíveis, nos termos da legislação em vigor, para o exercício da sua atividade e pagar todas as quantias que se mostrem necessárias àquela obtenção sendo responsável por quaisquer sanções decorrentes da violação da referida obrigação.

2. Após receção das amostras, o Cocontratante e/ou Subcontratado, reconhece que será o único e exclusivo responsável, em qualquer caso, pelos seus atos ou omissões, e pelos danos e prejuízos que sejam causados a pessoas e bens, correndo às suas expensas, sem quaisquer responsabilidades, ónus ou encargos para o Contraente Público, o ressarcimento ou indemnização que tais danos ou prejuízos possam motivar.

Cláusula 6.ª Substituição do Cocontratante

1. O Contraente Público poderá intervir na execução da prestação de serviços, nomeadamente, através da contratação de serviços de terceiros, sempre que ocorra a cessação ou interrupção total ou parcial da prestação de serviços, ou se verifiquem graves deficiências na realização dos trabalhos prestados, suscetíveis de comprometer a regularidade desta prestação.

2. Sem prejuízo do direito de resolver o contrato, ao Cocontratante serão imputados, os custos de intervenção suportados pelo Contraente Público respeitantes, não apenas, com o dever de assegurar da continuidade da prestação dos serviços, como também, em caso do restabelecimento da normalidade dos mesmos.

Cláusula 7.ª Prestação dos Serviços

1. O Cocontratante prestará os serviços objeto do contrato de acordo com os prazos definidos no Anexo I

do presente contrato.

2. A contagem do prazo referido no número anterior, inicia-se com a receção da(s) amostra(s) para sequenciação.

3. Para o efeito de requerer ao Cocontratante que lhe sejam fornecidos os serviços objeto do contrato, o Contraente Público remeterá, através de correio eletrónico xxxxxxx@xxxx.xx.xx ao Cocontratante as respetivas requisições, as quais incluirão as seguintes menções obrigatórias:

a) Identificação dos serviços a executar;

b) Quantidade;

c) Número de requisição;

d) A referência deste contrato.

Cláusula 8.ª Preço Contratual

1. Pela prestação dos serviços objeto do contrato, bem como pelo cumprimento das demais obrigações constantes do presente Contrato, o Contraente Público deve pagar ao Cocontratante os valores unitários constantes do presente contrato, cujo valor efetivo a debitar será em função das quantidades efetivamente prestadas.

2. O preço contratual não poderá ultrapassar, em caso algum, o valor de € 745.000 (setecentos e quarenta e cinco mil euros).

3. O valor contratual mencionado no número anterior, dependerá das necessidades efetivas do Contraente Público, não havendo lugar a qualquer tipo de indemnização, no caso do valor contratual não ser atingido.

4. Os preços referidos na presente cláusula, inclui todos os custos, encargos e despesas relativos à prestação dos serviços objeto do contrato, cuja responsabilidade não esteja expressamente atribuída ao Contraente Público, relativas ao serviço a executar.

Cláusula 9.ª

Condições de Pagamento do Preço

1. Os valores devidos pelo Contraente Público nos termos da Cláusula anterior serão faturados, mensalmente, com a discriminação do tipo e de quantidades relativas aos serviços efetivamente prestados.

2. O valor devido pelo Contraente Público ao Cocontratante, será pago, mensalmente, através de transferência bancária para a conta do Cocontratante, ou para qualquer outro que o mesmo venha a indicar.

3. A(s) fatura(s) serão pagas no prazo de 30 (trinta) dias, a contar da data de receção da(s) fatura(s).

4. As faturas, devem ser enviadas, em formato eletrónico, cumprindo todos os requisitos previstos na lei Portuguesa, para o endereço de correio eletrónico: xxx@xxxx.xx.xx, ou para outro endereço que o Contraente Público venha a indicar ao Cocontratante.

5. Aos mecanismos de faturação aplicados no decorrer da vigência do contrato a celebrar, são especial e conjugadamente aplicáveis, os art.º 299.º do CCP; nos números 2, 3 e 4 do artigo 2.º do DL 123/2018, de 28 de dezembro, na sua redação vigente, e o Despacho 8/2022-XXIII, de 13/12/2022 do Secretário de Estado dos Assuntos Fiscais.

6. De modo a dar cumprimento ao estabelecido no ponto anterior, o Contraente Público notificará o Adjudicatário, ao longo da execução contratual, quanto ao modo de faturação aplicável.

7. Em caso de discordância por parte do Contraente Público, quanto ao(s) valor(es) indicado(s) na(s) fatura(s), deve este comunicar ao Cocontratante, por escrito, os respetivos fundamentos, ficando este obrigado a prestar, também por escrito, os esclarecimentos necessários e, se for o caso, a proceder à correção do(s) mesmo(s).

8. O atraso no pagamento de uma ou mais faturas, não determina o vencimento das restantes.

Cláusula 10.ª

Resolução do Contrato por parte do Contraente Público

1. Sem prejuízo de outros fundamentos de resolução do contrato previstos na lei, o Contraente Público pode resolver o contrato, a título sancionatório, no caso de o Cocontratante violar de forma grave ou reiterada qualquer das obrigações que lhe incumbem, desde que o incumprimento não seja sanado no prazo dos 15 (quinze) dias subsequentes à data da sua comunicação, por escrito, pelo Contraente Público.

2. Em caso de resolução do contrato por incumprimento do Cocontratante, o Contraente Público pode exigir-lhe uma pena pecuniária correspondente a 10% (dez por cento) do valor das requisições/serviços em incumprimento.

3. A indemnização a que se refere o número anterior será paga pelo Cocontratante no prazo de 30 (trinta) dias, após a notificação da resolução do contrato.

4. A cessação dos efeitos do contrato não prejudica a verificação da responsabilidade civil ou criminal por atos ocorridos durante a execução da prestação.

5. Em caso de resolução do contrato o Cocontratante é obrigado a entregar de imediato toda a documentação e informação, independentemente da forma que esta revista, produzida no âmbito do contrato e que esteja em sua posse, a qual é, para todos os efeitos, propriedade exclusiva do Contraente Público.

6. O direito de resolução previsto nos números anteriores exerce-se mediante declaração escrita, enviada ao Cocontratante por carta registada, e produz efeitos no terceiro dia útil posterior à data do registo.

7. O disposto na presente cláusula não prejudica a reclamação de indemnização pelo dano excedente.

Cláusula 11.ª

Resolução do Contrato por parte do Cocontratante

1. O Cocontratante poderá resolver o contrato nos casos previstos no artigo 332.º do CCP.

2. A resolução do contrato não determina a repetição das prestações já realizadas pelo Adjudicatário, cessando, porém, todas as obrigações deste ao abrigo do contrato, com exceção daquelas a que se refere o artigo 444.º do CCP, por remissão do artigo 451.º.

Cláusula 12.ª Modificações do Contrato

3. Qualquer intenção de alteração ao contrato deverá ser comunicada, por escrito, pela parte interessada na mesma à outra parte com uma antecedência mínima de 15 (quinze) dias em relação à data em que pretende ver introduzida a alteração.

4. As modificações contratuais ficam sujeitas ao disciplinado nos termos dos artigos 311º a 315º do CCP, igualmente o estatuído na Parte III, Título II, Capítulo V (Arts 450.º a 454.º) do CCP.

Cláusula 13.ª

Subcontratação e Cessão da Posição Contratual pelo Cocontratante

À cessão da posição contratual e à subcontratação pelo Cocontratante é aplicável o disposto no Capítulo VI do Título I da Parte III do Código dos Contratos Públicos.

Cláusula 14.ª Suspensão do Contrato

1. Sem prejuízo do direito de resolução do contrato, o Contraente Público pode, em qualquer altura, por comprovados motivos de interesse público, designadamente quando estiverem em causa razões de segurança pública, suspender total ou parcialmente a execução do contrato.

2. A suspensão referida no número anterior produz os seus efeitos a contar do dia seguinte ao da notificação do Cocontratante, salvo se da referida notificação constar data posterior, e é efetuada através de carta registada com aviso de receção.

3. O Contraente Público pode, a qualquer momento, levantar a suspensão da execução do contrato.

4. Para efeitos do disposto nos números anteriores, o Cocontratante não pode reclamar ou exigir qualquer compensação ou indemnização com base na suspensão total ou parcial do contrato.

Cláusula 15.ª

Cessão da Posição Contratual pelo Contraente Público

1. Em conformidade com o disposto no art.º 324.º do CCP, salvaguarda-se a possibilidade de Cessão da Posição Contratual do Contraente Público, no decorrer da vigência do contrato a celebrar.

2. Para os efeitos do disposto no número anterior, consideram-se integralmente transmitidos para o cessionário, todos os direitos e deveres adquiridos pelo Contraente Público, ao abrigo do contrato a celebrar.

Cláusula 16.ª Força Maior

1. Não podem ser impostas penalidades ao Cocontratante, nem é havida como incumprimento, a não realização pontual das prestações contratuais a cargo de qualquer das partes que resulte de caso de força maior, entendendo-se como tal as circunstâncias que impossibilitem a respetiva realização, alheias à vontade da parte afetada, que ela não pudesse conhecer ou prever à data da celebração do contrato e cujos efeitos não lhe fosse razoavelmente exigível contornar ou evitar.

2. Podem constituir força maior, se se verificarem os requisitos do número anterior, designadamente, tremores de terra, inundações, incêndios, epidemias, sabotagens, greves, embargos ou bloqueios internacionais, atos de guerra ou terrorismo, motins e determinações governamentais ou administrativas injuntivas.

3. Não constituem força maior, designadamente:

a) Circunstâncias que não afetem os subcontratados do Cocontratante, na parte em que a intervenção destes nos termos deste Contrato, permita evitar ou suprir os respetivos efeitos;

b) Greves ou conflitos laborais limitados ao Cocontratante ou a grupos de sociedades em que este se integre, bem como associações ou grupos de sociedades suas subcontratadas;

c) Determinações governamentais, administrativas ou judiciais de natureza sancionatória ou de outra forma resultantes do incumprimento pelo Cocontratante de deveres ou ónus que sobre ele recaiam;

d) Manifestações populares devidas ao incumprimento pelo Cocontratante de normas legais;

e) Incêndios ou inundações com origem nas instalações do Cocontratante cuja causa, propagação ou proporções não sejam determinadas ou se devam a dolo ou negligência seus ou ao incumprimento de normas de segurança;

f) Xxxxxxx nos sistemas informáticos ou mecânicos do Cocontratante que não sejam devidas a sabotagem ou ataques por meios eletrónicos;

g) Eventos que estejam ou devam estar cobertos por seguros.

4. A ocorrência de circunstâncias que possam consubstanciar casos de força maior deve ser imediatamente comunicada à outra parte.

5. Quando uma das partes não aceite por escrito que certa ocorrência invocada pela outra constitua força maior, cabe à parte que a invocou fazer prova dos respetivos pressupostos.

6. A força maior determina a prorrogação dos prazos de cumprimento das obrigações contratuais afetadas apenas pelo período de tempo comprovadamente correspondente ao impedimento resultante da força maior.

Cláusula 17.ª Confidencialidade

1. O Cocontratante compromete-se, na vigência do contrato, a manter como reservado e confidencial o respetivo conteúdo, assim como toda a informação e documentação, técnica e não técnica, comercial ou outra, relativa ao Contraente Público, de que possa ter conhecimento ao abrigo ou em relação com a execução do contrato, sob pena de ser responsável pelos prejuízos que daí decorrerem.

2. A informação e a documentação abrangidas pelo dever de confidencialidade não podem ser transmitidas a terceiros, nem objeto de qualquer uso ou modo de aproveitamento que não os destinados direta e exclusivamente à execução do contrato.

3. A obrigação de confidencialidade do Cocontratante estende-se a todos os seus trabalhadores, colaboradores, agentes e a quaisquer outras pessoas que, direta ou indiretamente, intervenham na execução do contrato.

4. O Cocontratante fica obrigado a devolver ao Contraente Público, no termo do contrato, todos os dados na sua posse, assim como outra informação e documentação obtida durante a execução do contrato.

5. A obrigação de confidencialidade prevista na presente cláusula vigorará por todo o período de duração do presente contrato e manter-se-á em vigor após a cessação deste, por qualquer causa.

6. Exclui-se do dever de confidencialidade previsto nesta cláusula a informação e a documentação que fossem comprovadamente do domínio público à data da respetiva obtenção pelo Cocontratante ou que este seja legalmente obrigado a revelar, por força da lei, de decisão judicial transitada em julgado ou a pedido de entidades reguladoras ou outras entidades administrativas competentes.

Cláusula 18.ª

Proteção e Tratamento de Dados Pessoais

1. O Cocontratante obriga-se a cumprir as obrigações decorrentes do Regulamento Geral de Proteção de Dados (RGPD) e demais legislação que lhe seja aplicável relativa a dados pessoais, durante a vigência do contrato e, sempre que exigível, após a sua cessação.

2. O Cocontratante será responsável por qualquer prejuízo em que o Contraente Público venha a incorrer em consequência do tratamento, por parte do mesmo e/ou dos seus colaboradores, de dados pessoais em violação das normas legais aplicáveis.

Cláusula 19.ª Propriedade Industrial

1. Toda e qualquer utilização de imagens e marcas, propriedade de uma das partes, para os fins neste contrato previstos, carecerá, necessariamente, da prévia autorização e por escrito, da outra parte, sem prejuízo do disposto nos números seguintes.

2. A utilização do nome, marca, imagem ou logótipo, por uma das partes, para quaisquer fins alheios ao presente contrato, designadamente fins publicitários ou comerciais, encontra-se expressamente condicionada à prévia autorização, por escrito, da outra parte.

3. Encontra-se expressamente vedada, a possibilidade de manipulação de elementos que constituam e suportem os respetivos nomes, logótipos, imagens ou marcas, assim como a prática de quaisquer atos que, direta ou indiretamente, sejam suscetíveis de afetá-los ou prejudicá-los.

4. A autorização da utilização das imagens e marcas pode ser limitada, mediante comunicação por escrito à outra parte.

Cláusula 20.ª Interpretação e Validade

1. O contrato e demais documentos contratuais regem-se pela lei portuguesa, sendo interpretados de acordo com as suas regras.

2. As partes no contrato que tenham dúvidas acerca do significado de quaisquer documentos contratuais, devem colocá-las à parte contrária a quem o significado dessa disposição diga diretamente respeito.

3. Se qualquer disposição do contrato ou de quaisquer documentos contratuais for anulada ou declarada nula, as restantes disposições não serão prejudicadas por esse facto, mantendo-se em vigor.

Cláusula 21.ª Foro Competente

Para resolução de todos os litígios decorrentes do contrato fica estipulada a competência do Tribunal Administrativo e Fiscal do Porto, com expressa renúncia a qualquer outro.

Cláusula 22.ª Lei Aplicável

O contrato tem natureza administrativa e rege-se pela lei portuguesa, designadamente pela Parte III do Código dos Contratos Públicos, redação vigente, e demais legislação e regulamentação aplicáveis.

Cláusula 23.ª Comunicações e Domicílio Convencional

1. Salvo se outra formalidade estiver especialmente prevista neste contrato, todas as comunicações e notificações a efetuar entre as partes, nos termos e ao abrigo do contrato, deverão ser efetuadas por escrito e enviadas por correio registado com aviso de receção ou por correio eletrónico com recibo de leitura para as moradas e endereços de correio eletrónico que de seguida se indicam, ou para quaisquer outros que as partes venham a designar, mediante comunicação prévia, por escrito à contraparte, sob pena de se consideram como não realizadas.

2. As comunicações ou notificações feitas por correio eletrónico consideram-se recebidas na data constante na respetiva comunicação de receção transmitida pelo recetor para o emissor.

Para o Contraente Público:

À atenção de: Serviço de Logística IBMC

Morada: Xxx Xxxxxxx Xxxxx, 000; 0000-000 Xxxxx

Endereço de correio eletrónico: xxxxxxxxxxxxxxxx@xxxx.xx.xx

Para o Cocontratante:

Nome completo: [Completar], Morada: [Completar],

Endereço de correio eletrónico: [Completar],

3. As moradas indicadas serão válidas para efeitos de eventuais citações ou notificações judiciais.

4. Qualquer alteração das informações de contacto constantes nesta cláusula deve ser comunicada à outra parte.

Cláusula 24.ª Gestão do Contrato

1. Nos termos do artigo 290.º-A do CCP, aquando da outorga do contrato, será incluído no clausulado do mesmo a designação do Gestor do Contrato.

2. A execução do contrato será monitorizada e sujeita a avaliação por parte do Gestor do Contrato, nomeado pelo Órgão Competente para a decisão de contratar, tendo este por função a deteção de desvios, defeitos ou outras anomalias na execução do presente contrato pelo Cocontratante, nos termos do disposto no supracitado artigo.

3. Caso sejam detetados desvios ou outras anomalias na execução do presente contrato, deve o Gestor do Contrato, comunicá-los aos responsáveis do Contraente Público, propondo em relatório fundamentado as medidas corretivas que, em cada caso, se revelem adequadas.

4. Gestor do Contrato nomeado: [Completar],

5. Contacto do Gestor do Contrato: [Completar],

6. O Cocontratante obriga-se a nomear um representante, responsável pelo acompanhamento da execução do contrato e que desempenhe o papel de interlocutor, com o Contraente Público, para todos os fins associados à execução do contrato.

Cláusula 25.ª Contagem dos Prazos

À contagem de prazos na fase de execução do contrato são aplicáveis as seguintes regras:

a) Os prazos são contínuos, não se suspendendo nos sábados, domingos e feriados;

b) O prazo fixado em semanas, meses ou anos, a contar de certa data, termina às 24 (vinte e quatro) horas do dia que corresponda, dentro da última semana, mês ou ano, a essa data, se no último mês não existir dia correspondente, o prazo finda no último dia desse mês;

c) O prazo que termine em sábado, domingo, feriado ou em dia em que o serviço, perante o qual deva ser praticado o ato, não esteja aberto ao público, ou não funcione durante o período normal, transfere-se para o 1.º dia útil seguinte.

Cláusula 26.ª Disposições Finais

O Cocontratante prestará os serviços com plena autonomia técnica e científica, desprovido de qualquer subordinação ou dependência hierárquica.

ANEXO I

Objetivo

Os serviços objeto do presente contrato têm como objetivo a identificação da causa genética de doenças raras e outras, com recurso à sequenciação completa do exoma (WES) realizado a partir de amostras de DNA extraídas de sangue periférico.

Especificações Técnicas do Serviço a Prestar

O Cocontratante obriga-se a prestar os serviços abaixo descritos, com as seguintes especificações:

✓ Cobertura útil da sequenciação completa do exoma (WES) superior a 100x (12Gb de sequenciação total por amostra);

✓ As amostras a serem enviadas pelo Contraente Público devem cumprir os seguintes requisitos (quando aplicável):

Para realizar a sequenciação do exoma, é necessária uma quantidade de DNA ≥ 250 ng de DNA de alto peso molecular e com uma concentração ≥ 10 ng/µl e pelo menos 25 µl de volume total.

Deverá ser determinada a concentração da amostra bem como avaliada a qualidade da amostra. É recomendado o uso de amostras de DNA exclusivamente tratadas com RNase, resultando numa OD a 260/280 nm de 1,8 - 2,0. O DNA deve ser enviado em água com grau de biologia molecular, Tris-HCl 10 mM pH 8 ou EB, livre de EDTA. No caso de ser necessário também o isolamento de DNA, é necessário 1 a 2 ml de sangue periférico em EDTA. Deverá ser acompanhado de um ficheiro que inclua os valores de concentração e pureza das amostras, bem como os métodos de quantificação utilizados. A cobertura vertical útil do WES dependerá da qualidade da amostra.

Requisitos adicionais:

✓ Se uma amostra falhar em preencher os requisitos técnicos acima referidos, deverá ser repetida sem custos adicionais, numa nova corrida única, no prazo máximo de 14 (catorze) dias, para o prazo normal, e 7 (sete) dias, para o prazo urgente;

✓ Quaisquer alterações que sejam passíveis de afetar a sensibilidade e especificidade da deteção/análise de variantes, mais particularmente CNVs através do perfil de cobertura das sequências de leitura, tais como, a quantidade de DNA utilizada, método de enriquecimento ou amplificação clonal da biblioteca, química da própria sequenciação, protocolo laboratorial ou equipamento/plataforma de sequenciação, deverão ser comunicadas e discutidas previamente com o cliente;

Testes de diagnósticos complementares

Tempo de resposta / dias úteis

Valor/unitário máximo

Comentários

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras (qualquer número de amostras em várias corridas) por WES com recurso ao kit de captura Twist Human Core Exome com genes RefSeq e Painel Mitocondrial (Twist Bioscience) gerando 8 Gb e uma cobertura média

mínima de 80x

15-20

205,00 €

mínima de 100x

15-20

219,00 €

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras - urgentes (até 5 amostras numa única corrida, comunicadas 2 dias antes da sua chegada) por XXX com recurso ao kit de captura Twist Human Core Exome com genes RefSeq e Painel Mitocondrial (Twist Bioscience) gerando 12 Gb e uma cobertura média mínima de 100x -

bioinformatic analysis included (CNV calling)

10-12

329,00 €

(Twist Bioscience) gerando 24 Gb de sequenciação

15-20

429,00 €

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras por exoma, estendido através de kits de captura customizados para incluir as regiões genómicas onde estão localizadas todas as variantes causadoras de doença conhecidas e com espaçamento para análise de CNVs com maior resolução, gerando 18 Gb e uma cobertura média

mínima de 100x - apenas sequenciação

15-20

279,00 €

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras - urgentes (até 5 amostras numa única corrida, comunicadas 2 dias antes da sua chegada) por exoma, estendido através de kits de captura customizados para incluir as regiões genómicas onde estão localizadas todas as variantes causadoras de doença conhecidas e com espaçamento para análise de CNVs com maior resolução, gerando 18 Gb e uma cobertura média mínima de 100x, análise

bioinformática (incluindo CNVs)

10-12

379,00 €

amostras/mês)

30-45

875,00 €

ExomeFocus 650 €

(upgrade option to Trio for additional 1000 €)

amostras/mês)

30-45

790,00 €

ExomeFocus 650 €

(upgrade option to Trio for additional 1000 €)

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras por exoma em TRIO, estendido através de um kit de captura personalizado para incluir as regiões genómicas onde estão localizadas todas as variantes causadoras de doença conhecidas e com espaçamento adequado para identificação de CNVs com maior resolução, gerando 18 Gb por amostra e uma cobertura média mínima de

100x - sequenciação e relatório clínico

30-45

1 550,00 €

Estudo de ADN em amostras clínicas para diagnóstico genético de doenças raras e outras por exoma, estendido através de um kit de captura personalizado para incluir as regiões genómicas onde estão localizadas todas as variantes causadoras de doença conhecidas e com espaçamento adequado para identificação de CNVs com maior resolução, gerando 18 Gb - sequenciação e relatório clínico recorrendo a uma análise

focada a termos fenotípicos (ExomeFocus)

30-45

650,00 €

Estabelecimento bioinformático de um painel de genes multigene personalizado para filtragem de variantes ou atualização bioinformática de um painel multigene

(adicionar/remover genes)

10-12

100,00 €

Alargar a análise de 1 gene para 12 genes no mesmo painel

com elevada cobertura vertical "deep sequencing" (Painel multigene PAS-CAN)

10-12

300,00 €

Análise bioinformática de dados de WES: dados em bruto (ficheiros FASTQ), sequências alinhadas (ficheiros BAM), lista de variantes (SNV/INDELs) (ficheiros VCF), lista de variantes anotadas (ficheiros TSV), e alterações do número de cópias

(CNVs) (TSV files), de acordo com o genoma de referência: hg19

10-12

20,00 €

Macrodissecção e revisão histopatológica

10-12

190,00 €

Extração de ADN a partir de uma amostra

35,00 €

Extração de ADN a partir de uma amostra de sangue periférico (em EDTA)

35,00 €

Extração de ADN a partir de uma amostra em FFPE

60,00 €

Painel multigene PAS-CAN sem relatório, incluindo dados em bruto

20-30

399,00 €

Painel multigene PAS-CAN com relatório (até 9 genes)

20-30

680,00 €

Painel multigene PAS-CAN com relatório (até 29 genes)

20-30

880,00 €

Painel personalizado - Conjunto de genes individuais com 30 genes ou mais

20-30

1 100,00 €

Painel personalizado - Conjunto de genes individuais até 29 genes

20-30

900,00 €

Painel personalizado - Conjunto de genes individuais até 9 genes

20-30

700,00 €

Estudo de variante familiar por sequenciação de Sanger com relatório, uma variante por indivíduo

15-20

150,00 €

Uma amostra para sequenciação de Sanger e MLPA do gene ABCD1

30-45

604,00 €

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene BCHE

30-45

249,00€

Uma amostra para sequenciação NGS do gene PKHD1 (incluindo CNVs)

30-45

449,00€

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene BTD

30-45

249,00 €

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene AVP

30-45

249,00 €

Uma amostra para sequenciação NGS do gene MKRN3 (incluindo CNVs)

30-45

212,50 €

Uma amostra para sequenciação NGS do gene CSF2RA (incluindo CNVs)

30-45

449,00€

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene SERPINC1

30-45

349,00 €

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene CFTR

30-45

449,00€

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene GBA

30-45

449,00€

Uma amostra para sequenciação NGS do gene SERPING1 (incluindo CNVs)

30-45

349,00€

Uma amostra para sequenciação NGS do gene OTUD6B (incluindo CNVs)

30-45

349,00€

Uma amostra para sequenciação NGS do gene CYP11B1 (incluindo CNVs)

30-45

349,00€

Uma amostra para análise do gene GRN por MLPA

30-45

255,00 €

Uma amostra para análise do gene GBA por MLPA

30-45

255,00 €

Uma amostra para análise do gene ABCD1 por MLPA

30-45

255,00 €

Uma amostra para análise do gene MECP21 por MLPA (Kit P015)

30-45

255,00 €

Uma amostra para sequenciação NGS dos genes PKD1 & PKD2 (incluindo CNVs) e complementados por sequenciação de Sanger

30-45

950,00 €

Complemente d by Sanger whenever needed (not always).

Uma amostra para sequenciação de Sanger do gene SHOX

30-45

249,00 €

Uma amostra para sequenciação NGS do gene ACAN (incluindo CNVs)

30-45

449,00€

As partes aceitam o presente contrato, com todas as suas condições, das quais tomaram conhecimento e a cujo cumprimento se obrigam nos termos nele expressos.

Feito no Porto, em [Completar], em 1 (um) único exemplar, assinado pelas partes, ficando cada um deles na posse de um documento digital final, devidamente assinado. A versão em inglês será igualmente assinada nesta data, apenas para fins informativos. No caso de discrepâncias entre as versões, a versão em português prevalecerá.

O Contraente Público: Instituto de Biologia Molecular e Celular – IBMC

Xxxxxx Xxxxx	Xxxxx Xxxxxxxxx
Presidente	Vice-Presidente

O Cocontratante: [Completar]

[Nome]

[Função na empresa]

Xxxxx XX

(English Version of the Contract)

CPV: 85148000-8 (Medical analysis services)

CONTRACT DRAFT

DNA STUDY OF BLOOD SAMPLES FOR GENETIC DIAGNOSIS OF RARE DISEASES AND OTHERS

Between

Institute of Molecular and Cellular Biology - IBMC, with head office at Xxx Xxxxxxx Xxxxx, 000, 0000-000 Xxxxx, Xxxxxxxx, with VAT number PT503 828 360, registered in the Commercial Registry of Porto under the same number, represented by Xxxxxx Xxxxx Xxxxxxx Xxxxxx xx Xxxxx, in her capacity as Chairman, and by Xxxxx Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxxxx Xxxxxxx Xxxxxxxx, in her capacity as Vice-Chairman, elected at the Ordinary General Meeting on the sixth day of May of the year two thousand and twenty-one, herein after referred to as Public Contractor.

and

[Complete], with head office at [Complete] VAT Number [Complete], hereby represented by [Complete] acting as [Complete], herein after referred to as Co-Contractor.

When referred together, designated as the "parties"

Considering that:

1. The Public Contractor is a collective person of public utility, whose purpose is to support scientific research activity in the context of Fundamental and Applied Biology in the areas of Health, Biotechnology and Environment. The CGPP - Predictive and Preventive Genetics Center is a service of the Public Contractor that provides services to the Community in the area of health, namely differentiated genetic diagnosis services for hereditary diseases, with special emphasis in the areas of Neurology, Pediatrics and Hematology; providing predictive genetic and genetic counseling services to patients and families at risk for these hereditary disease groups. This service of the Public Contractor is accredited by IPAC - Portuguese Institute of Accreditation of laboratory tests and clinical activities, according to the requirements of ISO 15189, being the first accredited laboratory to perform genetic tests on neurological diseases and hemochromatosis in Portugal.

2. The Co-Contractor is a private company of reference in the scope of the provision of the services object of this contract;

3. The Co-Contractor holds a widely recognized and certified / accredited technology and know-how, among others by DIN EN ISO 15189: 2014 (Medical Diagnostic Laboratories); Accreditation by the American College of Pathologists; Medical and Medicaid Centers - Clinical Laboratory Improvement Changes (CLIA).

4. The Public Contractor and Co-Contractor hold all legally required licenses to carry out their activities;

5. The Public Contractor needs to purchase DNA study services of blood samples for the genetic diagnosis of rare diseases and others, as it does not have its own resources to meet this need;

Clause 1 Object of the Contract

1. This contract has as object the acquisition, by the Public Contractor, of DNA study services of blood samples, for genetic diagnosis of rare diseases and others, under the exact terms and conditions set forth herein and, in accordance with the characteristics, specifications and requirements in Annex I.

2. The provisions set in Article 6-A of the Public Procurement Code (hereinafter “PPC”) are applicable to the services subject to contract.

Clause 2

Excluded Public Procurement

1. In accordance with the provisions of paragraph 1 of art. 6-A of the PPC, Part II of that legal diploma is not applicable to the formation of the present contract.

2. The General Principles of Public Contracting, namely the Principles of Competition, Transparency and Good Faith shall be especially applicable to the execution of the present contract.

3. The Public Contractor published a notice, with reference CM_23/2024, with the intention to contract the services object of the contract on 05 April 2024, specifying the technical requirements of the services subject to market consultation.

4. The Public Contractor approved the proposed content of the Market Consultation Process Report and Award Proposal on [Complete]

Clause 3

Entry Into Force and Duration of the Contract

The contract will enter into force on the date of its signature and will have a duration of one (1) year, without prejudice to the ancillary obligations that should last beyond its termination.

Clause 4

Provision of Services Location

The services to be provided under the contract shall be rendered in the facilities of the Co-Contractor, [Complete].

Clause 5

Main Obligations of the Co-Contractor

1. Without prejudice to other obligations provided for in applicable law, the following main obligations shall apply to the Co-Contractor and/or Sub-Contractor upon conclusion of the contract:

a) Provide the service to the Public Contractor in accordance with legal and regulatory requirements, in accordance with the technical procedures, efficiency, safety and quality standards required under good laboratory practices;

b) Xxxxxxx, and prove having, when requested by the Public Contractor, all the authorizations, consents, approvals, registrations and licenses necessary to fulfill the obligations assumed in this contract.

c) Perform all tasks deemed necessary for the timely and thorough execution of the services object of the contract, within the period indicated in Annex I, respecting all applicable norms and with high standards of quality, efficiency and safety;

d) Ensure the compliance of the services with the contract;

e) Obligation to continue providing services during the contractual term;

f) Provide, correctly and reliably, the information regarding the conditions under which the services are provided, as well as providing all necessary and justified explanations, according to the circumstances;

g) Make available FASTQ files resulting from the service provided via FTP to an address to be sent by the Public Contractor;

h) For the purpose of the provision of services under this contract, the Co-Contractor shall process the Public Contractor’s data and undertake not to use such data for different purposes;

i) Comply with all applicable laws, in particular as regards labor and clinical matters, when fulfilling the contractual obligations;

j) Immediately report to the Public Contractor any occurrences and / or impediments that may compromise the timely execution of the services object of the contract or the confidentiality of the data provided by the Public Contractor;

k) Not alter the conditions of the provision of services without the prior agreement / consent of the Public Contractor;

l) Make all communications, request and maintain valid, during the term of the contract, all authorizations and licenses required under the law in force, for the exercise of its activity and pay all amounts that are necessary for obtaining them and being responsible for any sanctions arising from breach of such obligation.

2. Upon receiving the samples, the Co-Contractor acknowledges to be solely and exclusively responsible, in any case, for the acts or omissions of its employees or agents, in any way, and for damages and losses to persons and property, providing at its own expenses any reimbursement or compensation such damages or losses may cause, without liability, encumbrance or charge to the Public Contractor.

Clause 6 Replacement of the Co-Contractor

1. The Public Contractor may intervene in the execution of the provision of services, namely by contracting third party services, whenever total, partial cessation or interruption of the provision of services occurs, or if there are serious deficiencies in the performance of the work provided, likely to compromise the regularity of these services.

2. Without prejudice to the right to terminate the contract, the intervention costs incurred by the Public Contractor respecting, not only the obligation to ensure the continuity of the provision of services, but also the resumption of their normality, will be charged to the Co-Contractor.

Clause 7

Provision of the Services

1. The Co-Contractor shall provide the services object of the contract, within the execution times set in

Annex I.

2. The deadline referred to in the previous number with the reception of the sample(s) for sequencing.

3. For purposes of requesting the services to be provided by the Co-Contractor, the Public Contractor shall send by e-mail xxxxxxx@xxxx.xx.xx, the respective purchase orders, which shall include the following mandatory particulars:

a) Identification of the services to be provided;

b) Quantity;

c) Purchase Order number;

d) The present contract reference;

Clause 8 Contractual Price

1. For the provision of the services object of the contract, as well as for the fulfillment of the other obligations contained in this contract, the Public Contractor shall pay to the Co-Contractor the unit values set in this contract, whose effective value to be debited will be based on the quantities actually provided.

2. The contractual price may under no circumstances exceed the value of € 745,000 (seven hundred and forty-five thousand euros).

3. The contract value mentioned in the previous number will depend on the effective needs of the Public Contractor, there being no place for any type of compensation in case the contract value is not reached.

4. The prices referred to in this clause include all costs, charges and expenses with the provision of the services object of the contract, whose responsibility is not expressly attributed to the Public Contractor, for the service to be provided.

Clause 9

Payment Conditions of the Price

1. The amounts due by the Public Contractor, under the terms of the previous Clause, shall be invoiced, monthly, after the delivery of the results and must identify the services provided, quantities and applicable prices.

2. The amounts due by the Public Contractor to the Co-Contractor shall be payed, monthly, through bank transfer to the account of the Co-Contractor, or for any other by him indicated.

3. The invoice (s) shall be paid within 30 (thirty) days from the date of receipt of the invoice (s).

4. Invoices should be preferably sent in electronic format, fulfilling all the requirements of Portuguese law, to the following email address: xxx@xxxx.xx.xx, or to another address indicated by the Public Contractor to the Co-Contractor.

5. The billing mechanisms applied during the term of the contract to be concluded are particularly and jointly applicable to article 299 of the PPC; in paragraphs 2, 3 and 4 of article 2 of DL 123/2018, of December 28, in its current wording, and Order 8/2022-XXIII, of 13/12/2022 of the Secretary of State for Tax Affairs.

6. In order to comply with the provisions of the previous point, the Public Contractor will notify the Contractor, throughout the contractual execution, as to the applicable billing method.

7. In the event of disagreement on the part of the Public Contractor as to the amount (s) indicated on the invoice (s), the latter shall inform the Co-Contractor in writing, about the respective grounds, remaining the

latter obliged to render all necessary clarifications, also in writing, and, if necessary, issue a new corrected invoice;

8. Any delay in the payment of one or more invoices does not determine the maturity of the remaining ones.

Clause 10

Contract Termination by the Public Contractor

1. Without prejudice to other grounds for termination of the contract provided for by law, the Public Contractor may terminate the contract, as a sanction, in the event that the Co-Contractor seriously or repeatedly breaches any of his obligations provided that the non-compliance is not remedied within 15 (fifteen) days following the date of its communication, in writing, by the Public Contractor.

2. In the event of termination of the contract due to non-compliance of the Co-Contractor, the Public Contractor may demand a penalty corresponding to 10% of the value of unprocessed purchase orders.

3. The compensation referred to in the preceding paragraph shall be paid by the Co-Contractor within 30 (thirty) days after notification of termination of the contract.

4. Termination of the effects of the contract shall not prejudice the verification of civil or criminal liability for acts occurring during the performance of the performance.

5. In the event of termination of the contract, the Co-Contractor is obliged to promptly deliver all documentation and information, regardless of the form in which it is produced under the contract and in its possession, which is for all exclusive property of the Public Contractor.

6. The right of withdrawal provided for in the preceding paragraphs shall be exercised by written declaration sent to the Co-Contractor by registered letter and shall take effect on the third working day following the date of registration.

7. The provisions of this clause are without prejudice to the claim for compensation for excess damage.

Clause 11

Contract Termination by the Co-Contractor

1. The Co-contractor may rescind the contract in the cases foreseen in article 332 of the PPC.

2. The termination of the contract does not determine the repetition of the services already performed by the Contractor, but all his obligations under the contract cease, with the exception of those referred to in Article 444 of the PPC, by reference to Article 451.

Clause 12

Contract Modifications

1. Any intention to change the contract must be communicated in writing by the interested party to the other party at least 15 (fifteen) days before the date on which it intends to see the amendment.

2. Contract modifications are subject to the provisions of Articles 311 to 315 of the PPC, as well as the provisions of Part III, Title II, Chapter V (Articles 450 to 454) of the PPC.

Clause 13

Subcontracting and Assignment of the Contractual Position

Pursuant to number 1, paragraph a) of the article 317 of the PPC, in this Public Procurement Procedure, the assignment of the contractual position and subcontracting are prohibited.

Clause 14 Suspension of the Contract

1. Without prejudice to the right to terminate the contract, Public Contractor may, at any time, for proven reasons of public interest, namely when public safety reasons are at stake, suspend all or part of the execution of the contract.

2. The suspension referred to in the preceding paragraph shall take effect from the day following notification of the Co-Contractor, unless the notification is later, and shall be made by registered letter with acknowledgment of receipt.

3. The Public Contractor may, at any time, lift the suspension of the execution of the contract.

4. For the purposes of the preceding paragraphs, the Co-Contractor may not claim or demand any compensation or indemnity based on the total or partial suspension of the contract.

Clause 15

Assignment of Contractual Position by the Public Contractor

1. In accordance with article 324 of the PPC, the possibility of Assignment of the Contractual Position of the Public Contractor is safeguarded during the term of the contract to be entered into.

2. For the purposes of the preceding paragraph, all rights and duties acquired by the Public Contractor under the contract to be concluded shall be deemed to be fully transferred to the assignee.

Clause 16 Force Majeure

1. No penalties may be imposed on the Co-Contractor, nor is it considered as non-compliance, the punctual non-performing of the contractual services by any party, resulting from force majeure, being understood as such the circumstances that make it impossible to perform, unrelated to the affected party which it could not know or anticipate at the date of conclusion of the contract and whose effects it was not reasonably required to circumvent or avoid.

2. When verified the stated in the previous clause, earthquakes, floods, fires, sabotage, strikes, embargoes or international blockage, acts of war or terrorism, riots and governmental or administrative injunctive determinations may, namely, constitute force majeure.

3. The following circumstances do not constitute force majeure:

a) Any circumstances that do not constitute force majeure for the subcontracted, auxiliary staff or suppliers of the Co-Contractor, in the part in which they intervene;

b) Strikes or labor conflicts limited to the Co-Contractor or to groups of companies in which the latter is incorporated, as well as subcontracted associations or groups of companies;

c) Governmental, administrative or judicial determinations of penalty nature or in any other way arising from the breach by the Co-Contractor of his obligations or encumbrances;

d) Popular demonstrations due to the non-compliance by the Co-Contractor of legal provisions.

e) Fires or floods with source in the Co-Contractor’s facilities, cause, spread and proportions of which are not determined or should be attributed to willful misconduct or negligence of the Co- Contractor or to the non-compliance of safety regulations;

f) Failure in the computer or mechanical systems of the Co-Contractor;

g) Events that are or should be covered by insurance.

4. The occurrence of circumstances that may substantiate situations of force majeure should be immediately communicated to the other party.

5. When a party does not accept, in writing, that a certain occurrence invoked by the other party constitutes a situation of force majeure, the party that invoked said situation has to prove the respective requirements.

6. The occurrence of a force majeure situation determines the extension of the delays for compliance of the affected contractual obligations only for the period of time demonstrably corresponding to the impediment arising from the force majeure.

Clause 17 Confidentiality

1. The Co-Contractor undertakes, for the duration of the contract, to keep the content of the contract private and confidential, as well as all information and documentation, technical and non-technical, commercial or other, related to the Co-Contractor, of which he might have knowledge under or in relation with the execution of the contract, under penalty of being held accountable for the damages arising there from.

2. The information and documentation covered by the confidentiality obligation cannot be transferred to third parties nor be subject to any use or as a mean for advantage apart from those directly and exclusively intended for the execution of the contract.

3. The Co-Contractor ´s confidentiality obligation is extended to all his workers, employees, agents and to any other person who directly or indirectly intervenes in the execution of the contract.

4. The Co-Contractor is obliged to return to Public Contractor, at the end of the contract, all data in its possession, as well as other information and documentation obtained during the execution of the contract.

5. The confidentiality obligation set out in the present clause shall be in force for all duration of the present contract and shall remain in force after its termination whatever the cause may be, up to ten (10) years.

6. The information and documentation proven to be of public domain at the time of its acknowledgement by the Co-Contractor or which the latter is legally obliged to disclose by law, judicial decision or at the request of regulatory entities or other entities with jurisdiction, is/are excluded from the confidentiality obligation set out in this clause.

Clause 18

Protection and Processing of Personal Data

1. The Co-Contractor undertakes to comply with the obligations arising from the General Data Protection Regulation (RGPD) and other legislation applicable to it relating to personal data, during the term of the contract and, where required, after its termination.

2. The Co-Contractor shall be liable for any damage that the Public Contractor may incur as a result of the processing, by the same and/or its employees, of personal data in violation of applicable legal standards.

Clause 19

Industrial and Intellectual Property

1. Any use of images and trademarks owned by either party for the purposes of this contract shall necessarily require the prior written consent of the other party, subject to the provisions of the following paragraphs.

2. The use of the name, trademark, image or logo by either party for any purpose other than this agreement, namely advertising or commercial purposes, is expressly subject to the prior written consent of the other party.

3. It is expressly forbidden to manipulate elements that constitute and support their names, logos, images or trademarks, as well as the practice of any acts that, directly or indirectly, are likely to affect or harm them.

4. Authorization to use the images and trademarks may be limited by giving written notice to the other party.

Clause 20 Interpretation and Validity

1. The contract and other contractual documents are governed by Portuguese law, being interpreted in accordance with its rules.

2. Any party to the contract who has any doubts about the meaning of any contractual documents shall put them to the opposing party to whom the meaning of that provision directly relates.

3. If any provision of the contract or any contractual documents is annulled or declared void, the remaining provisions shall not be affected by that fact and shall remain in force.

Clause 21 Competent Jurisdiction

For the resolution of all disputes arising from the contract, the jurisdiction of the Administrative and Fiscal Court of Porto is stipulated, with express waiver of any other.

Clause 22 Governing Law

The contract has an administrative nature and is governed by Portuguese law, namely by Part III of the Public Contracts Code, current wording, and other applicable legislation and regulations.

Clause 23

Notices and Conventional Domicile

1. Except if otherwise foreseen in this contract, all communications and notices to be carried out between the parties, under the terms and in respect to the agreement, shall be made in writing and sent by registered mail with acknowledgement of receipt or by e-mail with read receipt to the addresses and e- mails indicated below, or to any other that the parties indicate by prior communication in writing to the counterpart, under penalty of being considered as not carried out.

2. Communications or notifications made by electronic mail shall be deemed to have been received on the date stated in the respective acknowledgement of receipt transmitted by the recipient to the sender.

To the Public Contractor:

At the attention of: Serviço de Logística - IBMC

Address: Xxx Xxxxxxx Xxxxx, 000 0000-000 Xxxxx – Xxxxxxxx E-mail: xxxxxxxxxxxxxxxx@xxxx.xx.xx

To the Co-Contractor:

At the attention of: [Complete] Address: [Complete]

E-mail: [Complete]

3. The indicated addresses shall be valid for purposes of eventual summons or judicial notifications.

4. Any change to the contact information in this clause shall be communicated to the other party.

Clause 24 Contract Management

1. Under the terms of Article 290-A of the PPC, when the contract is signed, the Contract Manager's name will be included in its clauses.

2. The execution of the contract will be monitored and subject to evaluation by the Contract Manager, appointed by the Competent Bodies for the decision to contract, having this function to detect deviations, defects or other anomalies in the execution of this contract by the Co-Contractor, under the terms of the provisions of the aforementioned article.

3. If deviations or other anomalies are detected in the execution of the present contract, the Contract Manager must communicate them to the management of the Public Contractor, proposing in a reasoned report the corrective measures that, in each case, are appropriate.

4. Appointed Contract Manager: [Complete]

5. Contact details of the Contract Manager: [Complete]

6. The Co-Contractor undertakes to appoint a representative, responsible for monitoring the execution of the contract and to act as liaison, with the Public Contractor, for all purposes associated with the execution of the contract.

Clause 25

Calculation of Deadlines

The following rules shall apply to the deadlines counting in the contract performance phase:

a) The deadlines are continuous, not being suspended on Saturdays, Sundays and holidays;

b) The term fixed in weeks, months or years, starting from a certain date, ends at 24 (twenty-four) hours of the day that corresponds, within the last week, month or year, to that date, if in the last month there is no corresponding day, the term ends on the last day of that month.

c) The deadline that ends on a Saturday, Sunday, public holiday or on a day when the service, before which the act must be performed, is not open to the public or does not operate during the normal period of time, shall be transferred to the first following working day.

Clause 26 Final Provisions

The Co-Contractor shall provide the services with full technical and scientific autonomy, without any subordination or hierarchical dependence;

Annex I

Goal

The services subject of the present consultation aims to identify the genetic cause of rare diseases and other conditions, through whole-exome sequencing (WES) performed on DNA samples extracted from peripheral blood.

Technical Specifications of the Service to Be Provided

The Co-Contractor undertakes to provide the services described below, with the following specifications:

✓ Useful coverage for whole-exome sequencing (WES) above 100x (12Gb total sequencing output per sample);

✓ Samples to be sent by the Public Contractor should comply with the following requirements (when applicable):

To perform the exome sequencing, a quantity of ≥ 250 ng of high molecular weight DNA and with a concentration ≥ 10 ng/µl and at least 25 µl of total volume is necessary. Sample concentration should be determined as well as its quality assessed. DNA samples should be treated with RNAses, resulting in an OD at 260/280 nm of 1.8 - 2.0. DNA should be submitted in molecular biology grade water, 10 mM Tris-HCl pH 8 or EB, free of EDTA. In case DNA isolation is also requested, 1 to 2 ml of peripheral blood in EDTA is required. All DNA samples should be accompanied by a file, that includes sample concentration and purity values, as well as the detection methods used. The useful vertical coverage of the WES depends on sample quality.

Additional requirements:

✓ If a sample fails to meet the above technical requirements, it shall be repeated without additional costs, in a single new run, within a maximum of 14 (fourteen) days for the standard deadline and 7 (seven) days for the urgent deadline;

✓ Any changes that may affect the sensitivity and specificity of variant detection/analysis, CNVs particularly through the coverage profile of the read sequences, such as, the amount of DNA used, method of enrichment or clonal amplification of the library, chemistry of the sequencing itself, laboratory protocol or sequencing equipment/platform, should be communicated and discussed in advance with the client;

Complementary diagnostic tests

Turn around time / Working

Days

Máx.Value/Unit

Comments

DNA study of clinical samples for genetic diagnosis of rare diseases and others (multiple runs for any number of samples) through WES using Twist Human Core Exome kit with RefSeq and Mitochondrial Panel (Twist Bioscience) and generating an output of 8 Gb (80x minimum average

coverage depth)

15-20

205,00 €

coverage depth)

15-20

219,00 €

DNA study of clinical samples for genetic diagnosis of rare diseases and others – urgent (up to 5 samples, sent in one batch, announced two days before arrival) through WES using Twist Human Core Exome kit with RefSeq and Mitochondrial Panel (Twist Bioscience) and generating an output of 12 Gb (100x minimum average coverage depth);

bioinformatic analysis included (CNV calling)

10-12

329,00 €

coverage depth)

15-20

429,00 €

DNA study of clinical samples for genetic diagnosis of rare diseases and others through Exome extended to include the genomic regions harboring all known disease causing- variants, including genomic backbone for CNV analysis and

generating an output of 18 Gb - sequencing only

15-20

279,00 €

bioinformatic analysis included (CNV calling)

10-12

379,00 €

than 11 samples per month)

30-45

875,00 €

ExomeFocus 650 €

(upgrade option to Trio for additional 1000 €)

DNA study of clinical samples for genetic diagnosis of rare diseases and others through Exome extended to include the genomic regions harboring all known disease causing-

variants, including genomic backbone for CNV analysis and

30-45

790,00 €

ExomeFocus 650 €

(upgrade option to Trio

generating an output of 18 Gb - sequencing & report (at least 11 samples per month)

for additional 1000 €)

report

30-45

1 550,00 €

DNA study of clinical samples for genetic diagnosis of rare diseases and others through Exome extended to include the genomic regions harboring all known disease causing-

variants - sequencing & report (ExomeFocus)

30-45

650,00 €

Custom bioinformatic setup of virtual gene panel for filtering or gene panel update (add/ remove genes)

10-12

100,00 €

Extending the analysis from 1 gene to 12 genes in the same deep sequencing panel (PAS-CAN multigene panel)

10-12

300,00 €

Bioinformatic analysis for WES: Delivery of raw data (trimmed FASTQ files), mapped data (BAM files), variant lists (VCF files), annotated variant lists (TSV files), and copy

number variant calls (TSV files), reference genome: hg19

10-12

20,00 €

Pathological review and macrodissection

10-12

190,00 €

DNA extraction of one sample

35,00 €

DNA extraction from human blood (in EDTA)

35,00 €

DNA extraction from FFPE samples

60,00 €

PAS-CAN multigene panel (raw data only)

20-30

399,00 €

PAS-CAN multigene panel with report (set up to 9 genes)

20-30

680,00 €

PAS-CAN multigene panel with report (set up to 29 genes)

20-30

880,00 €

Custom panel - Individual gene set with 30 genes or more

20-30

1 100,00 €

Custom panel - Individual gene set up to 29 genes

20-30

900,00 €

Custom panel - Individual gene set up to 9 genes

20-30

700,00 €

Study of familial variants by Sanger sequencing with report

15-20

150,00 €

1 sample for ABCD1 - Sanger sequencing + MLPA

30-45

604,00 €

1 sample for BCHE gene sequencing

30-45

249,00 €

1 sample for PKHD1 gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

449,00€

1 sample for BTD gene sequencing

30-45

249,00 €

1 sample for AVP gene sequencing

30-45

249,00 €

1 sample for MKRN3 gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

212,50 €

1 sample for CSF2RA gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

449,00€

1 sample for SERPINC1 gene sequencing

30-45

349,00 €

1 sample for CFTR gene sequencing

30-45

449,00€

1 sample for GBA gene sequencing

30-45

449,00€

1 sample for SERPING1 gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

349,00 €

1 sample for OTUD6B gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

349,00€

1 sample for CYP11B1 gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

349,00 €

1 sample for GRN gene MLPA analysis

30-45

255,00 €

1 sample for GBA gene MLPA analysis

30-45

255,00 €

1 sample for ABCD1 gene MLPA analysis

30-45

255,00 €

1 sample for MECP2 gene MLPA analysis (Kit P015)

30-45

255,00 €

1 sample for PKD1 & PKD2 genes NGS sequencing (including CNVs) and complemented by Sanger sequencing

30-45

950,00 €

Complemented by Sanger whenever needed (not

always).

1 sample for SHOX gene sequencing

30-45

249,00 €

1 sample for ACAN gene NGS sequencing (including CNVs)

30-45

449,00 €

The Parties accept this Agreement, in all its conditions, of which they have become aware and to be bound by it under the set terms.

Made in Porto, on [Complete], in 1 (one) single copy, signed by the parties and each one being in possession of a duly signed final digital document. The English version shall also be initialed on this date, for information purposes only. In the event of discrepancies between the versions, the Portuguese version shall prevail.

Public Contractor: Instituto de Biologia Molecular e Celular – IBMC

Xxxxxx Xxxxx	Xxxxx Xxxxxxxxx
Chairman	Vice-Chairman

Co-Contractor: [Complete]

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MINUTA DO CONTRATO

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