Gejala. Penyakit karat daun adalah penyakit terpenting pada kopi arabika. Gejala serangan di lapangan dapat ditemukan pada bagian bawah daun kopi. Pada daun yang terserang akan muncul bercak yang meluas berwarna jingga dan kadang terdapat serbuk menyerupai tepung. Serbuk yang terdapat pada bagian bawah daun merupakan uredospore dari jamur penyebab penyakit karat daun. Bercak yang sudah tua berwarna coklat hingga hitam dan mongering. Pada tingkat serangan parah, daun akan mengalami kerontokan sehingga menyebabkan tanaman gundul. Tanaman rentan yang terserang parah akan meranggas. Banyaknya daun yang gugur akan meningkat seiring dengan tingkat serangan. Tanaman kopi akan semakin lemah seiring dengan tingkat serangan penyakit karat daun. Tanaman yang terserang akan mengalami pembentukanbuah yang terlalu banyak sehingga menyebabkan tanaman kekurangan nutrisi dan dapat berakibat kematian. Pembentukan buah yang terlalu banyak akan menurunkan hasil produksi pada tahun berikutnya. Kerugian hasil akibat serangan karat daun bersifat akumulatif setiap tahunnya sehingga sulit untuk diperhitungkan.
Gejala. Daun yang terserang akan terdapat nekrosis berbentuk bercak. Gejala pada daun akan tampak berwarna coklat kemerahan hingga coklat tua. Bercak pada daun membentuk batas yang tegas. Bercak Cercospora terlihat lebih jelas jika diamati dari bagian atas daun. Bercak mempunyai inti yang berwarna coklat kemerahan hinga tua dan dikelilingi cincin-cincin dengan warna yang lebih terang. Tingkat serangan dengan intensitas yang tinggi dapat menyebabkan kerontokan daun. Serangan penyakit pada tanaman dewasa tidak menimbulkan kematian tanaman. Perkembangan penyakit sangat dibantu oleh kondisi lingkungan yang mempunyai kelembapan tinggi. Pada umunya, serangan lebih banyak terjadi pada kebun- kebun yang berada di dataran rendah daripada di dataran tinggi. Serangan penyakit akan meningkat pada saat musim penghujan.
Gejala. Penyakit ini menyerang bagian pangkal batang dari bibit kopi. Gejala yang muncul pada bibit tanaman kopi ialah terjadinya pembusukan pangkal batang yang menyebabkan rebah sehingga bisa disebut dengan penyakit rebah batang. Akibat serangan penyakit ini, bibit akan mengalami kematian. Gejala awal serangan ialah batang membusuk kemudian akan mongering dan tanaman akan mati. Jamur Rhizoctonia solani bersifat soil borne,yaitu jamur bertahan dan penularannya di tanah. Tanah bekas pertanaman kopi yang endemis terdapat jamur R. solani dapat menjadi sumber penularan penyakit ini.
Gejala. Penyakit jamur upas merupakan salah satu penyakit pada tanaman kopi. Penyakit menginfeksi ranting dan mengakibatkan kematian pada ranting kopi. Jamur upas timbul pada cabang yang kulitnya sudah berwarna coklat, tetapi belum membentuk lapisan gabus yang tebal. gejala penyakit jamur upas terbagi menjadi lima stadium yang tersusun dalam daur seksual (stadium I,II, dan III ) yang terjadi pada sisi cabang terlindung dan daur aseksual (stadium IV dan V ) pada sisi cabang yang tidak terlindung (sisi atas cabang). Stadium pada jamur upas antara lain, stadium sarang laba-laba (I) yaitu bagian ranting/cabang yang terinfeksi diselimuti oleh hifa yang berwarna putih keperakan dan mengkilat seperti sarang laba-laba. Pada stadium ini, jamur belum masuk ke dalam jaringan inang. Kemudian, miselium jamur membentuk kumpulan- kumpulan hifa yang terbentuk di depan lentisel dan tampak seperti bongkol; stadium ini disebut sebagai stadium bongkol semu(II). Stadium selanjutnya adalah stadium teleomorph (III), yaitu miselium jamur membentuk kerak berwarna merah muda seperti ikan salmon dan menyelimuti ranting. Kulit cabang di bawah kerak yang berwarna merah muda tersebut sudah membusuk dan jamur membentuk banyak basidium yang menghasilkan basidiospora. Pada bagian ranting yang tidak terlindung, stadium sarang laba-laba (I) akan berkembang menjadi stadium bongkol (IV), jamur akan terus berkembang dan membentuk sporodokium yang berwarna merah tua dan berkembang menjadi stadium anamorph (V). sporodikium akan membentuk spora yang lain, yaitu konidium. Stadium anamorph jamur upas disebut jamur upas hanya membentuk dua atau tiga stadium dari daur seksual, tetapi pada tanaman kopi dapat membentuk lima stadium.